Krooninen sairaus

tiivistelmä

Telomeres ovat kriittisiä ylläpitämisessä genomista vakautta. Geneettisiä variantteja telomeerin reitin geenit saattavat vaikuttaa telomeerien ja telomeraasi- toiminta, ja tämän jälkeen syöpäriskiä. Arvioimme 126 SNP 10 liittyvistä geeneistä telomeerivasta sääntelyä suhteessa virtsarakon syövän riskiä. Viisi SNP: t, 4 päässä TEP1 geenistä ja 1 välillä PINX1 geenin, havaittiin olevan erittäin merkitsevä (P 0,01). Näistä merkittävin yhdistys löytyi rs2228041 of TEP1 (OR 1,66, 95% CI 1,19-2,31), kun taas rs1469557 of PINX1 oli suojaava vaikutus (OR 0,75, 95% CI 0,61-0,93). Haplotyyppianalyysi osoitti, että TEP1 haplotyypin, joka koostuu variantin alleelin 7 SNP: iden osoitti 2,28-kertaisesti lisääntynyt riski (95% CI 1,13-4,60). Suoritimme sitten kumulatiivinen analysoidaan eri riski variantteja, samoin kuin luokittelu ja regressio puu (CART) etsiä geeni-geeni vuorovaikutusta. Kumulatiivinen vaikutus analyysissä, ryhmä 4-5 riski variantteja oli OR 2,57 (95% CI = 1,62-4,09) verrattuna vertailuryhmään 0 riski variantteja. Kärry analyysi luokitellaan henkilöt viiteen alaryhmään eri virtsarakon syöpä riskiprofiili perustuu niiden erilliset genotyypin tausta. Tietääksemme tämä on yksi suurimmista, kattavin tutkimuksia virtsarakon syövän riski koskee telomere säätelevä polku geenin SNP ja tuloksemme tukevat että geneettisiä muunnelmia telomere huolto moduloida virtsarakon syövän riskiä yhdessä ja erikseen.

Citation : Chang J, Dinney CP, Huang M, Wu X, Gu J (2012) geneettisiä variantteja in Telomeeri-Huolto Geenit ja virtsarakon syövän riski. PLoS ONE 7 (2): e30665. doi: 10,1371 /journal.pone.0030665

Toimittaja: Arthur J. Lustig, Tulanen yliopiston Health Sciences Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 19 syyskuu 2011; Hyväksytty: 27 joulukuu 2011; Julkaistu: 17 helmikuu 2012

Copyright: © 2012 Chang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat National Institutes of Health myöntää CA131335, CA74880, CA91846, ja CA127615. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Telomeres muodostavat päät kromosomien ja koostuvat nukleotidisekvenssin TTAGGG sekvenssin toistoja ja siihen liittyvä proteiini-kompleksin shelterin nisäkässoluissa [1], [2]. Telomeres estää päät kromosomien todistaessa double-säikeen katkoksia ja ovat elintärkeitä genomista eheys, estäen end-to-end fuusio, nukleolyyttiset hajoamista, ja epätyypillinen rekombinaatio [3]. Shelterin monimutkainen, koostuu kuudesta ydinproteiineiksi, auttaa estämään tunnustamista telomeres DNA vahinkosaneeraus reittejä [2], ja myös moduloi telomeraasiaktiivisuuteen [2], [4]. Telomerase, erikoistunut käänteistranskriptaasi, lisää TTAGGG toistaa venyttää telomeres sisäisellä RNA mallin [5].

somaattisten solujen, telomeres vähitellen lyhentää mennessä 30-200 emäsparin jokaisen mitoosi jako epätäydellisestä replikointi telomeerinen DNA: DNA-polymeraaseja, joka tunnetaan nimellä end-replikaation ongelma [6]. Kun telomeeripituuden on kriittisen lyhyt, menetys telomere suoja synnyttää aloittamisen solujen vanhenemista ja lopulta johtaa apoptoosin, liipaisu DNA-vaurioita vastetta telomeerisesti kromosomissa päät, jotka kirjataan kaksinkertainen säikeen katkoksia [7]. Tällainen prosessi johtaa vahva valinta solujen vialliset DNA-vaurioita vasteita, jotka voivat ohittaa tämän telomere tarkistuspisteen [8]. Rajoittamaton leviämisen voitetaan säätelyä telomeraasin joka kompensoi telomere eroosio syöpäsoluissa [9]. Telomeraasiaktiivisuus on havaittu -85% syövistä, ja on luonteenomaista useimmat syövät [10], [11]; Useissa tert- siirtogeenisen hiiren mallia, konstitutiivinen telomeraasi ilmaisu lisääntynyt syövän esiintymisen [12]. Menetys telomere toiminta ja jatkuvaa lisääntymistä johtaa lopettaa päähän fuusiot, rikki kromosomit, rikkoutuminen-fuusio silta syklit, ja yleinen geneettinen epävakaus; tulos kiihdytetään geneettisiä muutoksia vastaava lisäkasvun etuja ja syöpäsolun kehitystä [13].

käänteinen suhde telomeeripituuden ja ikä on myös hyvin dokumentoitu [9]. Määrä telomere poistuma on riippuvainen monista tekijöistä: tupakointi, liikalihavuus, epäterveellisten elämäntapojen, ja oksidatiivisen stressin liittyvät kaikki lyhyemmät telomeerit [14]. Genetics vaikuttavat voimakkaasti telomeeripituuden ja geneettinen periytyvyys valkosolujen telomeeripituuden on arvioitu noin 80% [15]. Telomere lyhentäminen on liittynyt lisääntyneitä riskejä useita syöpiä, virtsarakon syöpä on kaikkein johdonmukainen [16]. Aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että yhden nukleotidin polymorfismien (SNP) telomeerin reittiin liittyvien geenien muuttuneeseen syöpäriskiä; Esimerkiksi tuore tutkimus löytyy variantteja telomeraasia liittyvä proteiini (

TEP1

) liittyy lisääntynyt virtsarakon syövän riskiä [17]. Tässä nykyisessä tutkimuksessa, otimme polku lähestymistapa arvioida yhdistyksen haplotyypin koodaus ja toiminnallinen SNP kriittisissä telomeeri- huolto geenejä, mukaan lukien shelterin komponentti, telomeraasi, ja telomeerivasta /telomeraasi liittyvät geenit, virtsarakon syövän riski on suuri tapaus- control study.

tulokset

Potilasominaisuudet

kaikkiaan 803 valkoihoisiin diagnosoitu virtsarakon syöpä ja 803 valkoihoinen verrokeilla oli mukana tässä tutkimuksessa (taulukko 1). Kotelot ja kontrollit Hyväksytty sukupuoli (p = 0,95) ja ikä (p = 0,10). Tapaukset oli suurempi osuus nykyisistä tupakoitsijoista (47,45%) verrattuna kontrolleihin (23,29%, p = 5.15E-21), ja joukossa koskaan tupakoitsijoita, tapauksia oli korkeampi keskimääräinen askivuosi (43,02 ± 30,73 vuotta) vastaan ​​kontrollit (29,92 ± 27,87 vuotta, p = 2.78E-12).

liittyvät riskit yksittäisten SNP

Niistä 126 määritetään SNP, 24 SNP (19%) olivat merkitsevästi yhteydessä virtsarakon syöpä riskin 5% tasolla. Poistamisen jälkeen SNP korkea sidoksen (r

2 0,8 muutamasta koodaus SNP ja koodaus SNP), 18 SNP pysyi myöhempää analyysiä (taulukko 2). On huomionarvoista, että 7 SNP sekä

TEP1

ja

PINX1

geeni oli merkitsevä p 0,05. Kaikki SNP

TEP1

liittyi lisääntynyt riski, ja kaikki SNP paitsi yksi

PINX1

liittyi vähäisempi riski virtsarakon syöpään. Yksi SNP POT1, yksi TRF2, ja kaksi TNKS olivat myös merkittäviä. Koska useita testaus suoritettiin, laskimme Q-arvo (väärä löytö määrä voidaan säätää P-arvo) säätää merkitsevyystaso yksittäisten SNP: ja Q-arvot näille 18 SNP: olivat välillä 0,08 ja 0,12 (tietoja ei esitetty).

erityisen kiinnostava, 5 SNP havaittiin olevan erittäin merkitsevä (p 0,01), 4 alkaen

TEP1

ja 1 välillä

PINX1

. Jakautuminen Näiden SNP on esitetty taulukossa 3. Näistä merkittävin yhdistys löytyi rs2228026 on

TEP1

(OR 1,72, 95% CI 1,20-2,44), kun taas rs1469557 on

PINX1

oli suojaava vaikutus (OR 0,75, 95% CI 0,61-0,93). Tutkitaan yhteisvaikutuksia geneettisiä variantteja tupakointi, iästä, ja kasvain vaiheessa teimme ositettu analyysi seuraavilla 5 erittäin merkittäviä SNP, mutta emme huomanneet mitään merkittävää eroa syrjäisimpien koskaan ja koskaan tupakoineet, vanhoissa ikäiset ja nuoret vuotiaita yksilöitä, ja ei-lihas- invasiivisia ja lihasten-invasiivisen kasvaimet (tuloksia ei ole esitetty).

Koska monet SNP

TEP1

geeni liittyi lisääntynyt riski, ja 4 ulos 5 erittäin merkittävä SNP: t olivat

TEP1

, teimme haplotyyppianalyysi on 7 merkittäviä

TEP1

SNP: t (taulukko 4). Verrattuna halpotype kanssa villityypin alleelit lainkaan 7 SNP-kohdat, haplotyyppi, joka sisältää variantin alleeleissa kaikki 7 SNP: t osoittivat huomattavasti kasvanut riski (OR 2,28, 95% CI 1,13-4,60, p = 0,022). Mikään muu haplotyyppien osoitti merkitys vaikuttaa virtsarakon syövän riskiä.

Useamman SNP

5 erittäin merkitsevä SNP (p 0,01) harkittiin kumulatiiviset vaikutukset SNP virtsarakon syövän riskiä. Löysimme merkittävän geeni-annos vaikutus kasvaa virtsarakon syövän riski lukumäärän kasvaessa epäsuotuisa genotyyppien (p muutossuunnat = 3.31E-06), ja potilaat luokitellaan 3 riskiryhmiin määrän mukaan epäedullinen genotyyppien. Verrattuna yksilöitä, joilla ei ole epäsuotuisa genotyyppejä, riski virtsarakon syöpään progressiivisesti lisääntynyt lisäämällä epäsuotuisa genotyyppien, jossa syrjäisimpien alueiden 1,2 (95% CI 0,92-1,62) vähäriskisiä ryhmä 1 epäsuotuisa genotyyppi, 1,64 (95% CI 1.22- 2.21) keskisuurta riskiryhmään 2-3 epäsuotuisa genotyyppiä, ja 2,57 (95% CI 1,62-4,09) ja riskiryhmään 4-5 epäsuotuisa genotyyppien (taulukko 5).

OSTOSKORIIN analyysi

Kaikki merkittävästi niihin liittyvät SNP: t (taulukko 2) analysoitiin mahdollisten geeni-geeni vuorovaikutusten kautta OSTOSKORIIN analyysi. Alkuperäinen split oli rs2228041 on

TEP1

merkittävin SNP pois arvioitujen virtsarakon syövän riskiä. Lopullisen puu oli 5 terminaali solmua (kuva 1). Taulukossa 6 on yhteenveto riskiestimaattien yksilöille kussakin napaliitäntä. Node 1 (N = 101), käytettiin viite, oli alhaisin riski ja koostui potilaista, jotka olivat GG rs11250080 on

PINX1

, TC /CC rs1469557 on

PINX1

, ja AA for rs2228041 on

TEP1

. Verrattuna yksilöitä solmussa 1, muut solmut liittyvän kohonneeseen virtsarakon syövän riskiä syrjäisimmille alueille vaihtelevat 1,74-3,28 perustuu erilliseen genotyypin yhdistelmiä. Yksilöt solmu 5 (N = 177), jossa AG /GG rs2228041 on

TEP1

oli suurin riski (OR 3,28, 95% CI 1,94-5,57).

keskustelu

Tässä tutkimuksessa arvioitiin yhdistyksen välillä joukon SNP telomeerien huolto geenien ja virtsarakon syövän riskiä. Kahdeksantoista merkittäviä SNP löydettiin: joukossa SNP erittäin merkittävää yhteyttä (p 0,01), 4 olivat telomeraasiproteiinia komponentti 1 (

TEP1

) ja 1 oli peräisin PIN2 /TRF1-vuorovaikutuksessa proteiini 1 (

PINX1

). Olemme myös löytäneet merkittävän kumulatiivinen vaikutus useita SNP, ja mahdolliset geeni-geeni vuorovaikutusta koskeva riski.

Telomeeri lyhentäminen ja telomeraasin aktivointi liittyy genomin epästabiilisuuden ja kasvaimen kehittymisen. Useat tutkimukset osoittivat, että lyhyempi telomeeripituuden liittyy suurempi riski useita syöpiä [18], [19], [20], [21], [22], [23], [24], jossa vahvin todisteita virtsarakon syöpä [25]. Telomerase toimii useimmat syövät ja on kriittinen kasvaimien synnyn. On todennäköistä, että tutkittu perimä vaikuttaa syövän riskiä muuttamalla mekanismeja käsittäen telomeeri- sääntelyn, telomeeripituuden tai telomeraasia toiminto.

Aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet valittu geneettisiä variantteja geenien telomeerien koulutusjakson ja virtsarakon syövän riskiä [26 ], [27].

TEP1

on osa ribonukleoproteiiniyti- monimutkainen ja sitoutuu telomeraasia. SNP (rs1760897) in

TEP1

on hiljattain liitetty suurentunut riski virtsarakon syöpään [17]. Olemme myös genotyyppi tämä SNP tässä nykyisessä tutkimuksessa ja löytänyt tämän SNP liittyi rajatapaus merkittävästi lisääntynyt riski virtsarakon syöpään (OR 1,17, 95% CI +0,94-1,45 ja OR 1,27, 95% CI 0,91-1,79 varten heterotsygoottinen ja homotsygoottinen variantti genotyypit , vastaavasti, p muutossuunnat = 0,08). Lisäksi Tutkimuksessamme löysimme 7

TEP1

SNP liittyy lisääntynyt virtsarakon syöpäriskiä. Merkittävin SNP oli rs2228041. Tämä SNP on ei-synonyymi SNP, Arg1155Gln. Muuttaminen vahva emäksinen aminohappo (arginiini) on neutraali aminohappo (glutamiini) on omiaan vaikuttamaan proteiinien rakenteeseen ja toimintaan. Tulevaisuuden tutkimuksia tarvitaan määrittämään, kuinka tämä

TEP1

SNP vaikuttaa TEP1 toiminto, telomeraasiaktiivisuutta, ja virtsarakon syövän riskiä. Meidän haplotyyppianalyysissä tukee roolia TEP1 virtsarakon syövän etiologiassa.

Lisäksi

TEP1

, löysimme korkeat merkitys SNP on

PINX1

geeni ja alempi virtsarakon syövän riskiä.

PINX1

säätelee telomeraasi- funktio ja voi suoraan sitoutua TERT- ja estää telomeraasiaktiivisuuteen; esto

PINX1

lisää telomeraasiaktiivisuutta, kun taas yli-ilmentyminen tekee päinvastoin [28]. Aiemmassa tutkimuksessa on osoitettu, että

PINX1

esto johtaa poikkeavaan telomerase aktivointia ja telomeerivasta venymä, vaarantamatta telomeerien toiminta ja aiheuttaa kromosomi epävakautta, ja on olemassa todisteita roolista

PINX1

tuumorisuppressorina, välitystä telomeraasiestäjä riippuvaisen mekanismin [29]. Meidän havainnot tukevat edelleen, että

PINX1

on mahdollinen kasvain vaimennin. Mahdollisesti geneettinen vaihtelu

PINX1

geeni voisi muuttaa syövän riskiä mekanismien telomeerien sääntelyn, ja lisää tutkimuksia perusteltua arvioida geneettisiä variantteja sisällä

PINX1

geeni ja yhdessä virtsarakon syövän riski, sekä määrittää, miten

PINX1

säätelee telomeres kautta telomeraasia riippuvia tai riippumattomia mekanismeja.

Me tehdään kumulatiivinen analysoidaan eri SNP. Vaikka analysoitiin SNP yksitellen oli kohtalainen vaikutus virtsarakon syövän riski, löysimme vahvemman kumulatiivinen vaikutus. Nämä tulokset vahvistavat multigenicity virtsarakon syövän, kuten edellä aiemmissa tutkimuksissa [30], [31], [32], ja tunnistaminen moninkertaisen riskien muunnelmia voitaisiin entisestään parantaa riskien ennustamiseen. Samoin suoritimme OSTOSKORIIN analyysi tutkia korkean jotta geeni-geeni vuorovaikutus SNP. Koska virtsarakon syöpä on monen tekijän sairaus, vuorovaikutukset geneettisten vaihtelut sekä ympäristötekijät, kuten tupakointi ja työperäinen altistuminen ja todennäköisesti auttavat kanssa kertyvä vaikutus riskin.

On olemassa useita vahvuuksia tämän tutkimuksen . Näytteen koko on suhteellisen suuri ehdokas geenin tutkimus. Tutkimusaineisto on homogeeninen minimaalisella sekoittavia väestön rakennetta. Potilaat olivat kaikki histologisesti varmennettu. SNP-paneeli on kattava. On myös joitakin rajoituksia tämän tutkimuksen. Käytimme väärä löytö määrä (FDR) lähestymistapa säätää useita testaus ja FDR-oikaistu P-arvot olivat välillä 0,08 ja 0,12 varten merkittäviä SNP. FDR kynnys 0,2 ehdotti aiempien tutkimusten kandidaattigeenifragmenttikloonien tutkimuksissa [33]. Jotkut järjestöt ovat todennäköisesti mahdollisuus havaintoja. Tulevaisuuden ulkoinen vahvistukset itsenäisissä tutkimuksissa on perusteltua tulosten varmistamiseksi tutkimuksemme. Lisäksi CART analyysi oli tutkivan ja tuloksia on tulkittava varoen. Kuitenkin meidän tutkimus viittaa vahvasti siihen, että geneettiset vaihtelut telomeeri- huolto geenien moduloida virtsarakon syövän riskiä yhdessä ja erikseen.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

Kaikki potilaat allekirjoittaneet kirjallisen tiedon, suostumus ja tämä tutkimus on tarkistettu ja hyväksynyt Institutional Review Boards (IRB) MD Anderson Cancer Center, Baylor College of Medicine, ja Kelsey-Seybold Clinic.

Tutkimuskanta ja tiedonkeruu

tutkimuksessa mukana virtsarakon syöpä potilailla, jotka rekrytoitiin The University of Texas MD Anderson Cancer Center ja Baylor College of Medicine, rekrytointi alkaa vuonna 1999. Tapaukset olivat kaikki histopatologisesti vahvistettiin ja aiemmin hoitamaton varten chemotheraphy tai sädehoitoa ennen rekrytointia. Ei ole asetettu rajoituksia rekrytointi iän, sukupuolen tai vaiheessa. Verrokeilla rekrytoitiin Kelsey Seybold, suurin yksityinen multispecialty lääkärin ryhmä Houstonissa. He olivat terveitä henkilöitä, joilla ei ole aiemmin ollut syöpää lukuun ottamatta ei-melanooma ihosyöpä, ja ne sovitetaan Potilastapausten iän (± 5 vuotta), sukupuoli, ja etnisyys. Yksityiskohtaisen kyselyn tiedot mukaan lukien demografiset, suvussa, tupakointi, alkoholin juominen, ammattihistoriasta, ja sairaushistoria kerättiin kaikista aiheista kautta henkilökohtainen haastattelu. Yksilöt, jotka oli polttanut alle 100 savuketta niiden vaikutusaikaa määriteltiin tupakoimattomia henkilöt, jotka olivat savustettu ainakin 100 savuketta elämänsä aikana, mutta oli lopettaa yli 12 kuukautta ennen diagnoosia (tapaukset) tai haastattelu (valvonta) määriteltiin entinen tupakoitsijoita, ja henkilöillä, jotka olivat parhaillaan tupakoinnin tai jotka olivat lopettaneet 1 vuosi ennen määriteltiin tupakoijilla. Entinen ja nykyinen tupakoitsijoita määriteltiin koskaan tupakoitsijoita. Response hinnat tapauksissa ja kontrollit olivat 92% ja 76,7%, tässä järjestyksessä. Koska 90,6%: n potilasryhmässä oli valkoihoisia, olemme mukana vain valkoihoiset tässä tutkimuksessa.

SNP valinta ja genotyypityksen

Valitsimme 10 tärkeimmistä geenit koodaavat proteiineja, jotka liittyvät telomeeri- huolto, kuten telomeraasi, shelterin proteiineja, ja useat telomeerivasta liittyviä proteiineja, jotka perustuvat kirjallisuuteen kaivos. Koodaus SNP: ssa valittiin laatikointi algoritmi LDSelect ohjelmisto (https://droog.gs.washington.edu/ldSelect.pl) (r

2 0,8, MMM 0,05) 10 kb ylävirtaan 5 tulkitsemattoman alue (UTR) ja 10 kb alavirtaan 3 ’UTR: kunkin geenin. Olemme myös kaikki vahvistivat koodaus SNP dbSNP tietokannassa (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/). Lopullinen määrä SNP: iden kunkin geenin alue oli seuraava:

PINX1

, 27; POT1, 8; PIP1, 1;

TEP1

, 42; TRF2, 2; TRF2IP, 2; TERT, 12; TNKS, 21; TNKS1BP1, 5; ja TNKS2, 6. Genominen DNA eristettiin perifeerisestä verestä käyttäen QIAamp DNA veren Maxi Kit (Qiagen) mukaan valmistajan protokollaa. Genotyypin tehtiin käyttäen Illumina n IValitse mukautetun SNP array alustan mukaan valmistajan Infinium II määritysprotokollassa (Illumina). Genotyyppaustulokset analysoitiin sitten ja viedään käyttäen BeadStudio ohjelmistoa (Illumina). Keskimääräisten korko SNP array oli 99%. Satunnaisesti valitut 2% näytteistä ajettiin kaksoiskappaleet ja konkordanssin genotyypin puheluita oli 99,9% monistaa näytteitä.

Tilastollinen

Tilastollinen analyysi suoritettiin käyttäen STATA 10,0 ohjelmistoa (Stata Corp ). χ

2 testiä ja Fisherin testiä käytettiin vertaamaan kategorinen muuttujia, ja Opiskelijan

t

testiä käytettiin jatkuvien muuttujien. Hyvyys fit χ

2 analyysiä käytettiin testaamaan Hardy-Weinberg tasapaino. Vaikutukset SNP virtsarakon syövän riski arvioitiin kerroinsuhde (OR) ja 95%: n luottamusväli (CI). Ehdoton monimuuttujasäätöjen logistinen regressio suoritettiin alla hallitseva, resessiivinen, ja lisäaine malleja perintöoikeuden säätämisen ikä, sukupuoli, ja tupakointi tarvittaessa. False löytö määrä (FDR), joka Q-arvo laskettiin yksittäisten SNP säätää useita testejä. Käytimme kynnys 0,20 Q-arvo, aiemmin ehdotettiin sopivampi kohtalainen kokoinen tutkimuksissa kandidaattigeenifragmenttikloonien lähestymistapoja [33]. Haplotyyppianalyysissä tehtiin SNP

TEP1

geeni.

kumulatiivinen vaikutus useita SNP syöpäriskiin, SNP kanssa merkittävää yhteyttä (P-arvo parhaiten sopiva malli 0,01) olivat arvioidaan. Käyttämällä aihe ryhmä ilman epäedullisia genotyyppien ohjearvon, syrjäisimpien alueiden ja 95% CI laskettiin muiden ryhmien avulla ehdoton monimuuttuja logistista regressiota oikaistu ikä, sukupuoli, tupakointi ja pakkaus vuotta. Epäsuotuisa genotyypit olivat alaluokat 3 ryhmään (matala-, keski-, ja korkean riskin) määrän mukaan epäedullinen genotyyppien. Viiteryhmä oli yksi ilman epäedullisia genotyypit. Korkeamman asteen geeni-geeni vuorovaikutuksia tutkittiin kautta Luokittelu ja regressio puu (CART) analyysi, suoritetaan käyttämällä HelixTree Genetics Analysis Software (v. 4.1.0, Golden Helix). Lyhyesti, OSTOSKORIIN käyttää rekursiivista osioinnin luoda päätös puun mahdollistaa tunnistamisen erilaisia ​​yhdistelmiä muuttujat eritasoisia riskejä. Analyysi alkaa juurisolmussa kaikkien tapausten ja kontrollien, määrittää optimaalisin split, eli pienin P-arvo, kustakin seuraavasta solmulle, jossa moninaisuus suhteutettu P-arvot ohjata puiden kasvua (p 0,05). Prosessi jatkuu, kunnes pääte solmut ole tilastollisesti merkittäviä split tai saavuttaa ennalta määrätty minimikoko. Syrjäisimmillä alueilla ja 95% CI kunkin napaliitäntä laskettiin logistista regressiota. P value≤0.05 pidettiin kynnys merkitystä tässä tutkimuksessa; kaikki tilastolliset analyysit olivat kaksipuolisia.