PLoS ONE: Integroitu analyysi kilpirauhassyövän Public Tietoaineistot paljastaa rooli posttranskriptionaalisella asetus taudin etenemiseen mukaan kohdentaminen Immuunijärjestelmän Sovittelijat
tiivistelmä
papillaarinen kilpirauhassyövän (PTC) on hyvin erilaistunut kilpirauhasen kasvain, joka vastaa noin 80% kilpirauhasen syöpätapauksista. On Toisaalta anaplastinen kilpirauhassyöpä (ATC) on harvinaisempaa, mutta aggressiivinen alatyypin, huonon ennusteen. MikroRNA (miRNA), pienet ei-koodaavat RNA: t, ovat nousseet voimakas transkription jälkeinen säätävät geenien ilmentymisen, jotka moduloivat ilmentymisen syöpään liittyvien geenien. Laskennallinen analyysit arvioivat, että yksittäinen miRNA voi moduloida satoja mRNA tavoitteita ja samalla yhteistyötä muiden kanssa säännellä yhden mRNA transkriptin. Koska suuri määrä ennusti tavoitteet ja mahdolliset yhteisvaikutukset, vain pieni joukko miRNA ovat ominaista biologisia rooleja, ja panoraama miRNA-välitteisen sääntelyn kilpirauhasen syöpä on edelleen ymmärrettävä. Ottaen huomioon suuri määrä geenin ilmentymisen tietojen talletettu julkisiin tietokantoihin me linjassa miRNA tavoite ennustaminen ja geenien ilmentyminen tietoja julkisista PTC ja ATC aineistoja rakentaa verkosto transkription jälkeinen sääntely kilpirauhassyöpä. Jälkeen geeniperimä rikastamiseen analyysi tunnistimme signalointireittejä ja biologisten prosessien mahdollisesti moduloidaan miRNA vapautettiin PTC ja ATC. Tuloksemme osoittavat miRNA-mRNA vuorovaikutus, joilla voitaisiin edistää kanssa de-sääntelyn keskeisten kasvaimeen isäntä välittäjäaineita, kuten solunulkoisen matriisin molekyylejä, interleukiinit ja interleukiinireseptorit, joka voisi ajaa enemmän aggressiivista käyttäytymistä ja syövän etenemiseen. Lisäksi meidän analyysiin Cancer Genome Atlas (TCGA) tietokannasta paljasti, että poikkeava ilmentyminen ECM ja sytokiinien geenit on yleistä PTC ja liittyy aggressiivista käyttäytymistä ja pieneni eloonjäämisaste. Lopuksi me valottaa transkription jälkeisellä geenin ilmentymisen säätelyyn eriytetty ja erilaistumaton kilpirauhassyövän, paljastaen mahdollista roolia miRNA modulaatioon kasvaimeen isäntä vuorovaikutus molekyylien, erityisesti ECM molekyylejä ja immuunijärjestelmän välittäjiä, jotka voivat stimuloida ylikuulumisen kasvaimet ja immuunijärjestelmän tuottamaan enemmän aggressiivista käyttäytymistä. Ehdotamme uutta otaksuttu miRNA: mRNA verkko, joka voisi johtaa uuden polun kohti toiminnalliset tutkimukset.
Citation: Geraldo MV, Kimura ET (2015) Integroitu analyysi kilpirauhassyövän Public Tietoaineistot paljastaa rooli posttranskriptionaalisella asetuksen kasvaimen etenemistä mukaan kohdentaminen Immuunijärjestelmän sovittelijoita. PLoS ONE 10 (11): e0141726. doi: 10,1371 /journal.pone.0141726
Toimittaja: Soheil S. Dadras, University of Connecticut Health Center, Yhdysvallat