PLoS ONE: väliset suhteet p14ARF Gene Metylointi ja kliinis-paksusuolisyövän: Meta-Analysis
tiivistelmä
Teimme meta-analyysi tutkimaan suhteita p14
ARF geeni metylaatio ja kliinis- paksusuolen syöpä (CRC). Tietokannat, kuten PubMed, EMBASE ja Cochrane Library, etsittiin ja lopulta yhteensä 18 oikeutettuja tutkimuksia kattaa 1988 CRC potilasta valittiin. Yhdistetty kertoimet suhdeluvut (syrjäisimmät alueet), jossa 95%: n luottamusväli (95% CI) arvioitiin alla kiinteiden vaikutusten mallin puuttuminen heterogeenisyys. Merkittäviä yhdistysten välillä ei havaittu p14
ARF geeni metylaatio ja kasvaimen sijainti (OR = 2,35, 95% CI: 1,55-3,55,
P
= 0,001), mikrosatelliittien epävakaus (MSI) tila (OR = 3,28, 95% CI: 2,12-5,07,
P
0,0001). Kuitenkin, ei ollut merkittäviä assosiaatioita p14
ARF geeni metylaatio ja kasvaimen vaiheessa kasvain eriyttäminen. Olemme päätellä, että p14
ARF geeni metylaatio voidaan merkittävästi liittyy kasvaimen sijainti, ja MSI tilan CRC.
Citation: Zhou Z, Zhang H, Lai J, Diao D, Li W, Dang C, et ai. (2016) välinen suhde p14
ARF Gene Metylointi ja kliinis-paksusuolisyövän: meta-analyysi. PLoS ONE 11 (3): e0152050. doi: 10,1371 /journal.pone.0152050
Editor: Bing-Hua Jiang, Thomas Jefferson University, Yhdysvallat |
vastaanotettu: 07 lokakuu 2015; Hyväksytty: 08 maaliskuu 2016; Julkaistu: 21 maaliskuu 2016
Copyright: © 2016 Zhou et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.
Data Saatavuus: Kaikki asiaankuuluvat tiedot ovat paperi- ja sen tukeminen Information tiedostoja.
rahoitus: kirjoittajat eivät tuki ja rahoitus raportoida.
kilpailevat edut: kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä olemassa.
Johdanto
peräsuolen syöpä (CRC) on edelleen yksi yleisimmistä syövistä maailmanlaajuisesti noin 1,3 miljoonaa uutta tapausta ja 700000 kuolemantapausta vuosittain [1]. On tunnettua, että geneettiset ja epigeneettiset muutokset molemmat tärkeitä rooleja etenemistä CRC [2, 3]. Yhtenä tärkeimmistä epigeneettiset muutokset, DNA: n metylaatio on pantu merkille karsinogeneesi monien ihmisen syöpien, mukaan lukien CRC [4-8]. Useat aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että poikkeava metylaatio p14
ARF geeni osallistuu kehittämiseen CRC [9-11].
korjauksilla P53 /MDM2 /p14
ARF koulutusjakson aina tapahtua CRC etenemistä. p14
ARF, sillä se vaikuttaa MDM2 tasoilla lopulta lisää pitoisuus p53-proteiinin, toinen tärkeä tuumorisuppressoriproteiinia joka on välttämätön solujen jakautumista säätelevästä ja apoptoosin. Suojelemalla p53-proteiini, P14
ARF auttaa estämään kasvaimen muodostumisen. Siksi meillä on syytä uskoa, että vaiennettu p14
ARF geeni on mahdollinen tapa vapauttaa solusyklikontrollin häiritsemällä p53-reitin. On osoitettu äskettäin, että hypermetylaatiota p14
ARF geeni laajasti havaitaan ensisijainen CRC, joka johti menetys p14
ARF mRNA ja proteiinin ilmentyminen [12-14]. Kuitenkin väliset suhteet p14
ARF geeni metylaatio ja kliinis-CRC pysyvät kiistanalainen. Lisäksi epigeneettisiä markkereita, kuten p14
ARF-geenin metylaatio voidaan käyttää paremmin luokitella alaryhmiin CRC potilailla. Siksi teimme meta-analyysi määrällisesti assosiaatioita p14
ARF geeni metylaatio ja kliinis-CRC.
Materiaalit ja menetelmät
Haku strategia
Electronic tietokannat, PubMed, Cochrane Library, ja EMBASE, manuaalisesti etsinyt löytää ne asiaan julkaistut tutkimukset ennen 1. toukokuuta 2015. termit käytimme haun aikana olivat: ”p14”, ”p14
ARF”, ”DNA: n metylaatio ”,” hypermetylaatio ”,” metylaatio ”,” paksusuoli ”,” peräsuolen ”,” peräsuolen ”,” syöpä ”ja” karsinooma ”. Jotta saada hieman enemmän potentiaalisia tutkimuksia, myös tarkastetaan viittaukset jokaisessa artikkelissa. Kaikki lähteiden nimiä ja kytkökset oli tarkkaan seulottiin välttää toistuvat tiedot.
Valintakriteerit
Tunnistaa oikeutettuja tutkimuksia, käytimme joukkoa kriteereillä: (1) histopatologinen tiedot CRC potilaista oli vahvistanut patologi tarkastelua; (2) metyloituvuutta p14
ARF geeni tehtiin primaarikasvaimen kudoksissa leikkauksen jälkeen, ei normaalissa paksusuolen limakalvolla, seerumi, ja ääreisverenkierron valkosolujen CRC potilaiden; (3) Tiedot koskevat suhteita p14
ARF geeni metylaatio ja kliinis-CRC potilaista annettiin, mikä on omiaan arvioitaessa yhdistetystä syrjäisimpien alueiden ja 95% CI; (4) Viimeisimmät tai kattavimmat tiedot oli meidän valinta päällekkäisyyksien julkaistiin. (5) pernan taipeet käytettiin anatominen rajan määrittää proksimaalisten ja distaalisten CRC; ja (6) mikrosatelliittien epävakaus (MSI) tila arvioitiin tarkastelemalla viisi riippumatonta genomista sivustoja, mukaan lukien kaksi mononukleotidi toista mikrosatelliitteihin (BAT25 ja BAT26) ja kolme dinukleotidi toista mikrosatelliittia (D2S123, D5S346 ja D17S250) suosittelemia National Cancer Institute Workshop. MSI oli positiivinen, jos kaksi tai useampi markkereita osoitti epävakautta. Kun yksi tai mikään markkereita osoitti epävakaus, MSI oli negatiivinen [15]. Kaksi tekijää (ZJZ ja HZ) suorittaa tämä haku työn erikseen ja hajaantumisen ratkaistiin keskustelu toisen tekijän (JGL).
Data louhinta
Kun oikeutettuja tutkimuksia tunnistettiin, poimimamme tarvittavat tiedot mukaan näiden seuraavat erät: ensimmäinen tekijän nimi, julkaisuvuosi, maantieteellinen sijainti, määrä potilaita, demografisia ominaisuuksia, kliinis-, tunnistusmenetelmä metylaation, määrä P14
ARF geeni metyloitu potilaiden ja potilaiden kokonaismäärä varalta ja valvonta ryhmiä.
Laadunarviointi
Laadunarviointi valitun tutkimuksista suoritettiin perusteella Newcastle-Ottawa Scale (NOS) perusteet [16]. NOS tulokset saatiin perustuu kolmeen kohteita: valinta, vertailtavuus, ja lopputulos, ja pisteet 6 tarkoittaa laadukkaita.
Tilastollinen
Meta-analyysi ja grafiikka saatiin aikaan käyttämällä R ohjelmistoversion 3.2.0 kanssa ”meta” -paketti. Kiinteä tai satunnainen vaikutukset mallia sovellettiin arvioida yhdistetyn syrjäisimpien ja 95% Cl. Heterogeenisyys välillä mukana tutkimuksissa havaittiin käyttäen Cochranin Q-tilastot ja
I
2
testi, ja
p
0,05 tai seurauksena 50% ehdottaa merkittävää heterogeenisyyttä. Tässä tapauksessa sattumanvaraiset vaikutukset malli valittiin; Muutoin kiinteiden vaikutusten mallia käytettiin [17]. Julkaisu esijännitettä graafisesti testattiin suppilo tonttien ja edelleen tilastollisesti arvioidaan Peters testi [18]. Verhoiluun ja täyttää menetelmää sovellettiin säätää yhdistetyn syrjäisimpien alueiden ja 95% CI, kun julkaisu bias olemassa. Tutkia vaikutuksen kunkin yksittäisen tutkimuksen kokonaisarvioinnilla, herkkyysanalyysi tehtiin yhdistämällä jäljellä tutkimusten jälkeen ilman jokaisen yksittäisen tutkimuksen.
Tulokset
Kaikkiaan 101 asiaankuuluvien tutkimusten kartoitettiin alustavan arvioinnin käyttäen kuvattua hakutoimintoa. Otsikot ja tiivistelmät kaikkien tutkimusten seulottiin ja 36 alun perin jätetty mukaisesti kriteerit. Sitten koko teksti jäljellä tutkimukset huolellisesti, ja 47 tutkimukset suljettiin eri syistä. Siksi 18 tutkimukset lopulta mukana meta-analyysit [9, 11, 14, 19-33]. Prosessi Tutkimuksen valinta on esitetty kuvassa 1. perusominaisuudet 18 sisältyi tutkimuksia uutetaan ja yhteenveto taulukossa 1. Kaikkiaan 1988 CRC potilasta mukana tässä meta-analyysi. Nämä 18 tutkimukset julkaistiin 2000-2014 ja olivat hyvälaatuisia, joiden keskimääräinen NOS pisteet 6,3 (5-7). Taulukossa 2 esitetään yhteenveto meidän meta-analyysin tuloksia. Kiinteän vaikutukset mallia käytettiin tässä tutkimuksessa ei esiinny merkittäviä heterogeenisyys.
MSP, metylaatiospesifistä PCR; BGS, bisulfiitti genomista sekvensointi; BSSCP, bisulfiitti yksijuosteista konformaatiossa poly-morfismi; REP, restriktioentsyymiä liittyviä PCR.
MSI, mikrosatelliittien epävakautta.
Tuloksemme osoittivat, että p14
ARF geeni näytteissä naispotilaiden oli todennäköisemmin metyloitavaa kuin tuonti miespotilailla (mies vs. nainen: OR = 0,71, 95% CI: ,53-+0,95,
p
= 0,021) (kuvio 2A). Ikä katsottiin myös tässä analyysissä. Johtuen eri tyylejä muuttujien käyttää yksittäisissä tutkimuksissa, teemme kolme erillistä meta-analyysit, joista kaksi ei osoittanut merkittävää suhdetta iän ja p14
ARF metylaation CRC potilailla, kun taas toinen osoitti päinvastoin tulos (S1 Fig ). Suhde p14
ARF geeni metylaatio ja kasvaimen vaiheessa arvioitiin myös tässä tutkimuksessa, eikä TNM eikä Dukes vaihe liittyi merkittävästi p14
ARF geeni metylaatio (I IV: OR = 0,98, 95% CI: 0,70-1,38,
p
= 0,926; A B vs. C (B) TNM (I IV); (C) Dukes vaiheessa (A B vs. C (D) Location (proksimaalinen vs. Distal); (E) kasvain eriyttäminen; (F) MSI asema; (G) TP53 mutaatiostatus. OR, odds ratio; CI, luottamusväli; CRC, kolorektaalisyöpä
Kanavan tontteja käytettiin tutkimaan julkaisun bias ja, kuten osoitti kuvassa 3, kaikki kuvaajat olivat symmetrinen, mikä osoittaa merkittävää harhat. Peters testi vahvisti lisäksi symmetriaa suppilo tontteja oikeutettuja tutkimuksia sukupuolten kanssa
p
= 0,35. Herkkyysanalyysit osoittivat, että jättämällä yksittäisiä tutkimuksia Lind GE ja Zheng S vaikuttanut merkittävästi yhdistettiin syrjäisimmille alueille ja IVY yhteydestä p14
ARF geeni metylaatio ja sukupuoli, mikä johti kasvuun yhdistetyssä syrjäisimmille alueille alkaen 0,71 (95% CI: 0.53- 0,95) 0,75 (95% CI: 0,55-1,02) ja 0,76 (95% CI: 0,56-1,04), vastaavasti (kuvio 4A). Jättämällä pois Zheng S: n tutkimus, jossa väliseen suhteeseen iän ja p14
ARF metylaatio, huomasimme, että yhdistetyn syrjäisimmille alueille laski 3,38 (95% CI: 0,76-6,0) ja 2,46 (-0,73-+5,64) (S1E kuvio). Vastaavasti vähemmän kuin 0,72 (95% CI: 0,45-1,14) 0,57 (95% CI: ,34-+0,96) näytettiin kun Iacopetta B: n tutkimus, jossa väliseen suhteeseen TP53 mutaatiostatus ja p14
ARF metylaatio oli jätetty pois ( Kuva 4G).
(A) sukupuoli (mies vs. nainen); (B) TNM (I IV); (C) Dukes vaiheessa (A B vs. C (D) Location (proksimaalinen vs. Distal); (E) kasvain eriyttäminen; (F) MSI asema; (G) TP53 mutaatiostatus. MSI, mikrosatelliittien epävakaus
(A) sukupuoli (mies vs. nainen); (B) TNM (I IV); (C) Dukes vaiheessa (A B vs. C (D) Location (proksimaalinen vs. Distal); (E) kasvain eriyttäminen; (F) MSI asema; (G) TP53 mutaatiostatus. MSI, mikrosatelliittien epävakaus
Keskustelu
Tutkimuksessamme selvitimme onko p14
ARF geeni metylaatio liittyi joitakin kliinis-CRC potilaita 18 sisältyi tutkimuksia. Tulokset paljastivat, että p14
ARF geeni metylaatio liittyy sukupuolten CRC potilaista (kuvio 2A). Vaikka mitään merkittäviä heterogeenisyys välillä ollut kaikissa tutkimuksissa (
I
2 = 25,5%,
p
= 0,209), arvio ei ollut vahvana edelleen jätettävissä one-out analyysi. Suorittamatta jätetty Lind GE ja Zheng S: n tutkimukset merkittävästi osallistuneet tämän eron miehen ja naisen. Niin, se oli vaikea päätellä, että p14
ARF metylaatio liittyy sukupuolta CRC potilailla. Se on niin kiistanalainen, että lisää tutkimuksia tarvitaan edelleen tutkia sitä. Samaan aikaan, proksimaalinen CRC kasvaimia todettiin myös olevan suurempi mahdollisuus p14
ARF geeni metylaatio kuin distaalinen ne (Kuva 2D). Nämä havainnot että p14
ARF geeni metylaatio on todennäköisemmin näytteille proksimaaliseen CRC ovat linjassa alussa tutkimuksissa [14, 25, 27]. Tämä epigeneettiset muutos malli voi täydentää methylator fenotyyppi CRC, jopa tukee oletusta, että selvä anatominen alatyypin CRC olemassa [34-36]. Vaikka jotkut aiemmat tutkimukset arveltu, että syövät läheisten ja etäisten paksusuolen olivat erilaisia kasvaimia, koska ne erosivat geneettisiä muutoksia, embryologic alkuperä, ja biologinen identiteetti [37, 38], kun se tulee kysymykseen, miksi p14
ARF taipumus metyloitavaa sisällä proksimaalisen CRC, syvä tutkimuksia keskittyen mekanismia ovat harvinaisia. Enemmän liittyvä tutkimuksia tarvitaan tuoda sen valon.
puute yhtenäinen tyyli vaihteleva, selvitimme suhdetta iän ja p14
ARF metylaation CRC potilaalla kolmessa erilliset analyysit. Vaikka havaitsimme, että p14
ARF metylaatio todennäköisemmin esti vanhemmilla CRC potilailla yhden meta-analyysi, emme voineet tehdä tätä päätelmää helposti Herkkyysanalyysissä. Zheng S: n tutkimuksessa merkittävästi edistänyt tätä eroa, kun taas kaikki muut tutkimukset eivät. Kun se on poistettu, eroa ei voitu havaita enempää. Se on vakiintunut, että ikä on yksi riskitekijöistä ja peräsuolen syövän synnyn. Mutta on p14
ARF todennäköisemmin metyloitavaa vanhempi CRC potilaille? On vaikea sanoa. Ehkä teemme enemmän tutkimuksia tästä ongelmasta.
Lisäksi p14
ARF geeni metylaatio oli todennäköisemmin läsnä kasvaimet näytteille mikrosatelliittien epävakautta kuin ei mukaisesti aikaisempien tutkimusten [29, 30 , 39]. Useimmat CRC todennäköisesti satama viasta DNA mismatch korjaus (MMR) järjestelmä [40, 41], mikä viittaa yhteyden MMR puute ja poikkeava metylaatio CRC. DNA-metyylitransferaasi tiedetään sitoutuvan tehokkaammin DNA substraatteja, jotka sisältävät yhteensopimattoman emäksiä kuin normaali DNA [42, 43], joka nostaa esiin mahdollisuuden, että se edullisesti metyloi näillä paritonta sivustoja. Toinen mahdollinen mekanismi on, että laajentuminen mikrosatelliittimerkkien voi muuttaa paikallista kromatiinirakenteeseen jotta alue muuttuu altis hypermetylaation [44]. Toisaalta, aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että TP53-geeni oli vahva liittyvien MSI [45-47]. Kuitenkin tämä suhde ei määritetty ja mekanismit eivät myöskään ole selvää. Olipa p14
ARF metylaation vaikutusta tilan MSI CRC potilaiden kautta toiminnon p53 ilmaus vielä tajunnut.
Tutkimme myös assosiaatiot p14
ARF geeni metylaatio ja TNM ja Dukes vaiheessa CRC. Vaikka tutkimus Dominguez G ja kollegat osoittivat, että aikaisen vaiheen kasvaimista oli korkeampi p14
ARF geeni metylaatio kuin myöhäisvaiheen niitä [11], emme ei saanut mitään samanlainen ilmiö tässä tutkimuksessa. Lisäksi arvioimme onko p14
ARF geeni metylaatio liittyy kasvaimen erilaistumiseen, ja negatiivinen tulos oli koostuvat useimmissa tutkimuksissa [9, 14, 25]. Vaikka p14
ARF geeni metylaatio on koskaan näytti olevan ensisijaisesti näytteille CRC, jolla on villin tyypin TP53 [32, 39], ei tällaisia merkittäviä havaittu yhteyttä tutkimuksessamme kun jättämällä Iacopetta B: n tutkimus Herkkyysanalyysissä. Tarkempia tutkimuksia tulisi suorittaa vahvistavat nämä epävarmuudet.
Kaikki suppilo tontteja ei osoittanut mitään ilmeistä epäsymmetrisyyttä (kuvio 3). Sitä paitsi, Peters testiä käytettiin varmistamaan symmetriaa suppilo tontti oikeutettuja tutkimuksia sukupuolten kanssa
p
= 0,35, mikä osoitti lisäksi puuttuessa julkaisun puolueellisuudesta. Muut suppilo tontteja ei tilastollisesti tutkittu, sillä kun oli vähemmän tutkimuksia valtaa testi oli liian alhainen erottaa sattumalta todellinen epäsymmetria [48].
Tehdään tämä meta-analyysi tieteellisesti, kattava haku menetelmä ja hyvin määritelty valintakriteerit sovellettiin saamiseksi tukikelpoisten tutkimuksissa. Kun otetaan huomioon vaikutus heterogeenisyys välillä tutkimusten Cochranin Q-tilastot ja
I
2
testiä käytettiin valita kiinteän tai satunnaisvaikutusten mallin. Jotta voitaisiin vähentää ennakkoluuloja, julkaisu bias myös arvioitiin suppilo tontteja sekä herkkyysanalyysi suoritettiin myös arvioimaan vaikutuksen kunkin yksittäisen tutkimuksen kokonaisarvio.
kuitenkin rajoituksia myös syytä huomata tässä meta -analyysiohjelman. Ensinnäkin mahdollisuus tiedon ja valinnan harhojen ei voida täysin välttää, koska kaikki mukana tutkimuksista oli takautuva. Toiseksi, emme onnistuneet saamaan yksityiskohtaisia tietoja metylaation lokus tietojen puute, jotka estivät meitä alaryhmäanalyysi varten tarkempia arvioita. Eräät sisältyvät tutkimukset eivät hyvin määritellä etukäteen mukaanottokriteerinä potilaille, jotka ovat voineet vaikuttaa tuloksemme.
Kaiken kaikkiaan meidän meta-analyysi osoittaa, että p14
ARF geeni metylaatio voidaan merkittävästi liittyvän kasvain sijainti ja MSI asema CRC ja voi täydentää methylator fenotyyppiä CRC potilaista.
tukeminen Information
S1 PRISMA tarkistuslista. PRISMA 2009 muistilista.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0152050.s001
(DOC) B S1 Kuva. Suhde iän ja p14
ARF geeni metylaatio CRC potilailla.
(A) (B) (C) metsäviljelmien kolmessa meta-analyysit; (D) Funnel tontteja; (E) Herkkyysanalyysi.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0152050.s002
(TIF) B
Kiitokset
Kiitämme kaikkia tekijät sisältyvät tutkimuksista tähän meta analyysi. Kiitämme myös verkkosivuilla (https://www.r-project.org/), joka antoi vapaan R-ohjelmiston, ja Guido Schwarzer, joka on toimittanut ”meta” -paketti.