PLoS One A BAP1 Mutaatio Tanskan Perhe Altistaa Uveal Melanooma ja muut Cancers
tiivistelmä
katkaiseminen ituradan mutaatioita tuumorisuppressorigeenin BRCA-1 liittyvä proteiini-1 (
BAP1
) on raportoitu perheiden taipumusta saada monenlaisia erilaisia syöpätyyppejä, mukaan lukien uveal melanooman ja ihomelanooman. Siellä on myös yhdistyksen välillä amelanoottinen kasvainten kehittymiseen ja ituradan
BAP1
mutaatio viittaa mahdolliseen fenotyyppinen ominaisuus
BAP1
mutaation kantajia. Vaikka on ollut monia syöpätyyppejä liittyy ituradan
BAP1
mutaatio, koko kirjon tauti yhdistyksen on vielä selvitettävä. Tässä kuvaamme tanskalainen perheen pääasiassa uveal melanooma vaan myös monia muita kasvaimia kuten keuhko-, neuroendokriini, vatsa, ja rintasyöpä; sekä pigmentoituneet ihovaurioita. Koko-exome sekvensointi tunnisti
BAP1
jatkos mutaatio sijaitsee c.581-2A G, joka johtaa ennenaikaiseen katkaisu
BAP1
yksilössä kanssa uveal melanooma. Tämä mutaatio toteutettiin useiden muiden perheenjäsenten kanssa melanoomaa tai erilaisiin syöpiin. Havainto laajenee kasvavilla profiilia
BAP1
tärkeänä uveal ja ihomelanooman tuumorisuppressorigeeniä ja syytöksiä sen osallistumista kehittämiseen keuhko- ja mahasyöpä.
Citation: Aoude LG, Wadt K, Bojesen A, Cruger D, Borg Å, Trent JM, et al. (2013)
BAP1
Mutaatio tanskalaisen Perhe Altistaa Uveal Melanooma ja muita syöpiä. PLoS ONE 8 (8): e72144. doi: 10,1371 /journal.pone.0072144
Toimittaja: Soheil S. Dadras, University of Connecticut Health Center, Yhdysvallat
vastaanotettu: 27 helmikuu 2013; Hyväksytty: 05 heinäkuu 2013; Julkaistu: 19 elokuu 2013
Tämä on avoin-yhteys artikkeli, vapaa kaikki tekijänoikeudet, ja saa vapaasti jäljentää, levittää, välittää, modifioitu, rakennettu, tai muuten käyttää kuka tahansa laillista tarkoitusta. Teos on saatavilla Creative Commons CC0 public domain omistautumista.
Rahoitus: Tätä työtä tukivat Melanooma Research Alliance, Ruotsin Cancer Society, Ruotsin Research Council, Berta Kamprad Foundation, National Health ja Medical Research Council (NHMRC) Australian, ja Fight for Sight, Tanska. NKH ja LGA saavat palkkaa tukea kautta NHMRC Senior Principal Research Fellowship ja ANZ Ph.D. stipendin, vastaavasti. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.
Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.
Johdanto
BRCA-1 liittyvä proteiini-1 (
BAP1
) on kasvainsuppressorigeenin sijaitsee kromosomissa 3, alueella, joka on liitetty uveal melanooma (UMM). Ensimmäisessä raportissa tehdä yhdistyksen välillä
BAP1
ja UMM Harbour ja kollegoineen seuraavan sukupolven sekvensointi lähestymistapa exome-sekvenssin kaksi kasvaimia Metastasoivassa UMM [1].
BAP1
havaittiin olevan ainoa geeni, joka on mutatoitu kromosomissa 3 kussakin näistä näytteistä ja molemmat mutaatiot johtivat proteiinin typistämisen. He seuraavana kuulusteltiin 57 UMM kasvaimia käyttämällä Sangerin sekvensointia ja totesi, että
BAP1
mutaatioita esiintyi pääasiassa kasvaimia, jotka oli etäpesäkkeitä. Kaiken 26/31 on metastasizing (suuri riski) kasvaimet olivat inaktivoimalla
BAP1
somaattisia mutaatioita verrattuna vain 1/26 matalan riskin (ei-metastasoituneen) ryhmä. Sillä 20 näytteitä sovitetun normaalin DNA-näytteen, melkein kaikki
BAP1
mutaatioita havaittiin hankitaan somaattisesti, poikkeuksena yksittäinen tapaus on samansuuruinen ituradan lukukehyksen. Tämä mutaatio otettiin käyttöön mahdollisuus, että
BAP1
vikoja saattaa altistaa UMM. Johtavat alkaa tutkimuksesta Harbour et. al., useat ryhmät ovat tutkineet sairastumisriskiä myönnetyn ituradan
BAP1
mutaatio. Testa ja työtovereiden tutkittu
BAP1
mutaatioita kahdessa amerikkalaisissa perheissä, joilla oli mesoteliooma ja jotka eivät ole olleet kosketuksissa tahansa tunnetuista ympäristön riskitekijät tähän sairauteen [2]. He löysivät kaksi erilaista lukukehysmutaatioita in
BAP1
vastuussa kohonnut riski mesoteliooma näillä henkilöillä. Kiinnostavaa kyllä, nämä perheet myös esitetään erilaisia syöpiä, jotka sisältyvät UMM ja ihomelanooman (CMM). Toinen tutkimus tukee myös näitä havaintoja kyselemällä ituradan DNA perhe, joka esittelyyn mesoteliooma, meningeooma ja UMM [3]. Tässä perheen nonsense-mutaation aiheuttama ennenaikainen katkaisu BAP1 proteiinin harjoittajille. Raportti Wiesner osoitti
BAP1
mutaatioita kaksi perhettä, jotka oli autosomaalinen dominantti oireyhtymä ominaista UMM, CMM ja epätyypillinen hyvänlaatuinen melanocytic nevi [4]. Kaksi perheet esittelyyn ainutlaatuinen lukukehysmutaatioita että yhteistyössä erillisiä kanssa sairausfenotyyppi. Vuonna seurata raportin, Wiesner ja työtovereiden tunnistaa kolmannen perheen kanssa
BAP1
mutaatio, joka yhteistyössä erillisiä mesotelioomaa ja osoitti myös todisteita melanocytic vaurio mutaatio kantaja [5]. Muut ryhmät ovat myös kuvattu
BAP1
mutaatioita henkilökortin esittävä epätyypillisiä intradermaalinen kasvaimia, ehdotetaan, että nämä muutokset voivat olla fenotyypin ominaisuus
BAP1
mutaation kantajia [6], [7]. Tuoreessa tutkimuksessa Portugali sisarukset harvinainen alatyypin epithelioid mesoteliooma paljastui ituradan
BAP1
mutaation mahdollinen syy ainoa tunnettu familiaalinen klusterointi hyvin erilaistunut papillaarinen mesoteliooma. Erityisesti yksi sisarukset myös kehittänyt UMM [8]. Äskettäin arvoituksellisesti jatkos mutaatio
BAP1
havaittiin yhteistyöhön eristää tanskalaisessa perheen UMM, paragangliooma ja epätyypillinen CMM [9].
BAP1
mutaatio on myös ollut mukana kehittämässä munuaissyövän ja joitakin sukulaisia näistä tapauksista on ollut UMM tai CMM myös [10]. Osoituksena kirjallisuudessa, on suuri kasvain spektri, joka näyttää mukana
BAP1
ituradan mutaatio.
Tässä artikkelissa kerromme tanskalaisen perheen taipumusta saada UMM pääasiallisesti mutta myös esittelee kanssa monenlaisia näennäisesti liity kasvaimia. On 7 perheenjäseniä, jotka ovat olleet UMM, jossa nuorin alkamisiällä on 20. Yksi kehitetty UMM iässä 30 ja myöhemmin lähti kehittämään rintasyövän vuotiaana 45. On yksilöllinen keuhkosyöpä, joka oli kaksi lasta joka kehittyi melanooma, yksi UMM ja toinen CMM. Toinen yksittäinen kehitetty UMM iässä 69 ja on kaksi lasta, jotka oli diagnosoitu UMM iässä 27 ja 41. On yksi instanssi hajanainen soluttautua mahasyövän ja tämä yksilö oli myös lapsi UMM, diagnosoitu vuotiaana 57. , toisessa tapauksessa Umm oli diagnosoitu vuotiaana 56. Katso Kuva 1 perheen sukupuu, jossa yksilöidään syöpää historian jokaisen yksittäisen.
sukupuu yksilöitä, jotka ovat uveal melanooma (UMM) edustaa mustat ympyrät (nainen) tai laatikot (mies) ja yksilöiden ihomelanooman (CMM) on merkitty harmaalla ympyröitä tai laatikoihin. Ikä diagnoosin kunkin melanooma on sulkeissa. Viiva kautta symboli osoittaa, että henkilö on nyt kuollut. Jos henkilö kantaa
BAP1
jatkos mutaatio se on merkitty ”M”, ja jos ne ovat villityypin tähän variantti on merkitty kanssa ”WT”. Jos mutaatio tila sulkeissa henkilö on oletettu velvoittanut kantaja, ”(M)”. Muita syöpätyyppejä merkitty myös sukutaulusta iän diagnoosin suluissa. Tähdellä osoittavat kaksi henkilöä, jotka olivat exome sekvensoitiin. Kunnossa sisarukset edustavat timantteja, numero keskellä osoittaa ihmisten määrä.
lisäksi silmiinpistävää syövän, tämä perhe esittelee muita kliinisiä piirteitä, joista on tullut viitteitä
BAP1
mutaatio. Neljä viidestä yksilöiden UMM kuoli maksan etäpesäke peräisin UMM. Yksittäiset III: 6, joka oli diagnosoitu UMM-vuotiaana 20, oli eristetty iiris melanooman ja myöhemmin kehittyi kolme tyvisolukarsinoomat. Tällä hetkellä hän on 61 vuotias ja hyvin. Yksittäiset III: 8, jossa CMM diagnosoitu 35 oli kasvain sijaitsi takaraivo alueen, joka todennäköisesti oli ensisijainen CMM mutta etäpesäkkeitä ei voitu sulkea pois. Hän kuoli 39-vuotias kanssa levitetään CMM.
Methods
Ethics lausunto
eettisen hyväksynnän tämän hankkeen myönsi Human Research Ethics valiokunnat Queensland Institute of Medical Research ja Lundin yliopisto. Kirjallinen suostumus saatiin kunkin yksittäisen.
Näytteitä
Kokoveri kerättiin tauti vaikuttaa yksilöiden tiheässä uveal melanooman perheitä. Genomi-DNA uutettiin käyttäen standardimenetelmiä. DNA-näytteet käytettiin sitten exome ja Sangerin sekvensoinnilla kokeita.
Whole-Exome Sequencing
Jotta voitaisiin löytää sairauteen liittyvän variantteja, koko-exome sekvensointi suoritettiin avainhenkilöt edustaja tuumoritaakka tässä perheessä. Kaksi UMM tapauksissa, jotka oli kolme meioses toisistaan (III: 14 ja III: 17, kuvio 1) on valittu ja sekvensointi suoritettiin käyttäen Illumina Hiseq 2000 ja Illumina TruSeq Exome Enrichment Kit. Lukuoperaatioita, jotka oli muodostettu kartoitettiin viitata genomiin UCSC hg19 käyttämällä BWA algoritmilla [11]. SAMTOOLS käytettiin sitten havaitsemaan SNP: iden ja indeleitä [12]. Tämä prosessi tuottaa suuria määriä tietoa ja jotta veistää pitkä lista saatujen varianttien hallittavissa varianttien paneeli useita suodatusehtoja sovellettiin tietojen käyttöä. Ensinnäkin muunnokset havaitut dbSNP (rakentaa 132) tai ilmoittama 1000 Genomes Project (helmikuu 2012) oli suodatettu pois, jättäen vain uusia variantteja harkittavaksi. Toiseksi synonyymi muutoksia poistettiin, jättäen vain proteiini muuttavia variantteja. Leikkaus pois 40 levitettiin sitten laatupisteet palautetaan kunkin variantin, jotta rajoitetaan väärien positiivisten keskuudessa nimeltään variantit. 20% katkaista myös sovellettu monta varajäsentä lukee, että on, jos muunnelma ei ole riittävän korkea prosenttiosuus lukee varten vaihtoehtoisen alleelin jälkeen se poistetaan huomioon. Mikä pysyi tämän jälkeen suodatuksen prosessi oli 140 uusia variantteja yksittäisten III: 14 ja 145 uusia variantteja yksittäisten III: 17. Exome tietoja näitä henkilöitä voidaan saattaa tutkimustarkoituksiin pyynnöstä tekijöille.
Exome-sekvensointi paljasti
BAP1
liitos mutaatio, joka johtaa ennenaikaiseen proteiinin typistämisen, vuonna yksi (III: 17) kahden yksilöiden ja nähtiin todennäköisin ehdokas vastaa UMM alttius johtuu tuki- kirjallisuuteen. Tuloksena varmistettiin käyttävä henkilö Sangerin sekvensointia (katso kuva 2). Tämän jälkeen yhteistyö eriytyminen analyysi suoritettiin selvittää, miten hyvin variantti erillisiä sairauden perheessä ja oliko läsnä yksilöiden eri syöpätyyppejä. Jokainen käytettävissä veren DNA-näyte tämän perheen seulottiin variantti. Yksittäisten II: 11 DNA: ta saatiin kasvainkudoksessa. Lisäksi, uusi otettiin verinäyte yksittäisistä III: 14, koska alkuperäisessä näytteessä ei osoittanut läsnä ituradan
BAP1
mutaatio. Toinen verinäyte seulottiin erityiseen mutaation
BAP1
käyttäen Sangerin sekvensointia.
(A) Vasemmassa paneelissa näkyvät villin tyypin kromatogrammissa kun taas oikea paneeli esittää kuin
BAP1
liitos mutaatio. (B) Villityypin nukleotidi- ja aminohapposekvenssit on esitetty ylemmässä paneelissa, kun taas alempi paneeli esittää osaa katkaistun BAP1 proteiinia menetyksestä eksonin 8
RT-PCR
RT-PCR suoritettiin cDNA yhdestä operaattorin (III: 6) tarkistaa, että
BAP1
mutaatio oli todellakin silmukoivat. RNA: ta muutettiin cDNA käyttäen Superscript II (Life Technologies) ja alukkeita, jotka reunustavat eksonit vaikuttaa oletetun silmu- oli suunniteltu. Tämän jälkeen PCR-tuotteet ajettiin akryyliamidigeelillä (katso Kuva 3).
Vasemmalta ensimmäinen kaista näyttää Kokomarkkerina, seuraavaksi kaksi kaistaa osoittavat villityypin
BAP1
RT -PCR tuotteita, ja viimeinen kaksi kaistaa osoittavat poikkeavasti saumattu saatu tuote c.581-2A G mutaatio.
Case-Control genotyypin
enemmän täysin ymmärtää roolin, joka tällä muunnos voisi olla melanooman riski Australian tapaus-verrokki näyte genotyyppi tämän romaanin muunnos. Sequenom iPLEX ajettiin 1655 vaikutti probands perheistä, jotka oli joko CMM, UMM tai molempia, ja 1596 tarkastuksia. Otosjoukko sisälsi laajan läpileikkauksen tapauksia monipuolinen historia melanoomaa. Osa probands ovat tiheä melanooma perheet taas toiset ovat satunnaisia tapauksia. Tämä ryhmä sisältää myös tapaukset, joissa laaja kirjo iät puhkeamista, jotka vaihtelevat lapsuuden taudin myöhemmällä iällä melanooma.
Tulokset
Koko-exome-sekvensoinnilla tunnistettiin
BAP1
liitos mutaatio (c.581-2A G) yksittäisinä kanssa UMM tanskalaisesta perheen taipumusta saada UMM sekä lukuisia muita syöpiä. Co-eriytyminen analyysi osoitti, että kolme neljästä UMM tapauksissa DNA saatavilla tutkimuskäyttöön olivat kantajilla mutaatio, joka aiheuttaa ennenaikaista katkaisu
BAP1
. Lisäksi oli neljä muuta yksilöiden eri syöpätyyppejä, että myös suorittaa mutaatio. Nämä syövät olivat CMM, keuhkosyöpä ja mahasyöpä. Sen vahvistamiseksi, että yksittäiset III: 14 oli villityyppisen varten
BAP1
mutaatio vastikään saatu verinäyte seulottiin. Itse asiassa analyysi vahvisti puuttuminen
BAP1
mutaatio viittaa siihen, että tämä asia on phenocopy. Loss Heterotsygoottisuuden (LOH) on
BAP1
mutaatio havaittiin myös DNA kasvain kudosta II: 11.
Yhdenmukainen tietoja 1000 Genomes Project, genotyypitys tulokset osoittivat, että tämä muunnos oli läsnä vain nykyisessä perheessä, joka on vain 1/1655 melanooma probands kantoi variantti ja 0/1596 valvontaa. Tiedot ovat peräisin NHLBI GO Exome Sequencing Project (ESP) heijastaa myös tämä toteamus tämä silmukoivat ei löydy missään 6500 yksilöiden sekvensoitiin Yhdysvalloista [13]. Exome tietoja 200 terveen tanskalaisen valvontaa tutkittiin myös
BAP1
mutaatio eikä proteiini muuttamalla variantti nähtiin [14]. Tämä viittaa siihen, että yksilöt kuvattu tässä todennäköisesti mutaatio ”yksityinen” tälle perheelle.
Keskustelu
On ollut useita syöpätyyppejä liittyy
BAP1
ituradan mutaatioita mutta koko kirjon kasvain alttius on vielä selvitettävä. Raportoimme tässä tanskalainen perheen UMM ja pigmentoitu ihovaurioita sekä keuhko-, neuroendokriini, vatsa, ja rintasyöpiä. Koko-exome sekvensoinnin UMM tapauksessa tunnistanut
BAP1
liitos mutaatio (c.581-2A G), joka johtaa ennenaikaiseen katkaisu
BAP1
. Tämä lukukehyksen poikkeama vastaa julkaistun ituradan mutaatioita nähty muiden perheiden alttiita UMM. Sopusoinnussa muiden Scandinavian ituradan
BAP1
kantajia, myös tarkkailla nuorempi ikä diagnoosin UMM (taulukko 1). Esillä ja aiemmin julkaistu Scandinavian perheitä, keskimääräinen ikä diagnoosin UMM oli 42 vuotta yhdeksän vaikuttaa yksilöiden, verrattuna 53 vuotta UMM harjoittajien kuin Scandinavian perheet (taulukko 1 ja niiden viitteet). Tätä voidaan verrata mediaani ikä diagnoosin UMM välillä 58-62 vuotta in väestöpohjaisen satunnaisia tapauksia Skandinaviassa [15] ja Yhdysvalloissa [16]. Rooli
BAP1
kuin kasvainsuppressorigeenin edelleen tuettu LOH villityypin alleeli UMM tuumorikudoksessa II: 11. Villityypin yksilö, joka sairastaa UMM osoittaa, että tiheä perheiden on mahdollista tarkkailla phenocopies vaikka kasvain tyyppi yhtä harvinainen kuin UMM. Exome sekvenssi tiedot henkilön kanssa UMM ja villityypin
BAP1
ei paljastanut mutaatioita muiden tunnettujen syövän alttiuden geenejä.
Yhteenvetona, tämä havainto laajentaa kasvavilla profiilia
BAP1
tärkeänä uveal ja ihomelanooman estävä geeni. Perhe on kuvattu tässä oli myös useita muita syövän tyyppejä, joista osa on liitetty, jossa
BAP1
mutaatio (keuhko), ja joitakin, jotka eivät ole (vatsa, neuroendokriinisten). Arvioida mahdollista osallistumista
BAP1
sisään alttius näiden ei-melanooma syöpien ja täydellisemmin ymmärtää kirjo liittyvä sairaus kuten mutaatioita, suuri väestöpohjainen tutkimuksia edellytetään.
tukeminen tiedot Tool menetelmät S1.
Lisäys tietoa koko-exome sekvensointi, Sangerin sekvensointia ja Sequenom iPLEX menetelmiä.
doi: 10,1371 /journal.pone.0072144.s001
(DOCX) B
Kiitokset
Kiitämme perheenjäseniä niiden osallistumisesta tässä tutkimuksessa.