Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

peräsuolen syöpä on kolmanneksi eniten tapaus syöpä ja syöpään liittyvän kuoleman Yhdysvalloissa. MikroRNA, luokka pienet ei-koodaavat RNA: t, ovat patogeneesiin ja ennusteen peräsuolen syövän, vaikka muutamat tutkimukset ovat tarkastelleet suhdetta ituradan mutaatio MikroRNA riskien ja ennusteeseen. Siksi tutkittiin yhdistyksen välillä SNP

HSA-mir-608

, joka sijoittuu 10q24-lokuksen, ja peräsuolen syöpä.

Menetelmät ja tulokset

kohortti koostuu 245 tapausta ja 446 kontrolleihin genotyypitettiin rs4919510. Taajuus GG-genotyyppi oli huomattavasti korkeampi Afrikkalainen amerikkalaiset (15%) verrattuna valkoihoiset (3%) valvontaa. Ei ollut merkittävää yhdistyksen välillä rs4919510 ja peräsuolen syövän riskiä (Afrikkalainen amerikkalainen: OR

GG

vs.

CC 0,89 [95% CI, 0,41-1,80]) (valkoihoinen: OR

GG

vs.

CC 1,76, ([95% CI, +0,48-+6,39]). emme kuitenkaan tarkkailla yhdessä selviytymisen. GG-genotyyppi liittyy suurentunut kuolemanriski valkoihoisilla (HR

GG

vs.

CC 3,54 ([95% CI, 1,38-9,12]) mutta riski pieneni kuoleman Afrikkalainen amerikkalaiset (HR

GG

vs.

CC 0,36 ([95 % CI 0,12-1,07).

Johtopäätökset

Nämä tulokset viittaavat siihen, että rs4910510 voi liittyä peräsuolen syövän selviytymisen tavalla, joka on riippuvainen rotu.

Citation: Ryan BM, McClary AC, Valeri N, Robinson D, Paone A, Bowman ED, et al. (2012) rs4919510 in

HSA-mir-608

liittyy tulos, mutta ei paksusuolisyövän riskin. PLoS ONE 7 (5): e36306. doi: 10,1371 /journal.pone.0036306

Editor: Paolo Peterlongo, IFOM, Fondazione Istituto FIRC di Oncologia Molecolare, Italia

vastaanotettu: 09 helmikuu 2012; Hyväksytty: 31 maaliskuu 2012; Julkaistu: 11 toukokuu 2012

Tämä on avoin-yhteys artikkeli, vapaa kaikki tekijänoikeudet, ja saa vapaasti jäljentää, levittää, välittää, modifioitu, rakennettu, tai muuten käyttää kuka tahansa laillista tarkoitusta. Teos on saatavilla Creative Commons CC0 public domain omistautumista.

Rahoitus: Tätä työtä tukivat Intramural tutkimusohjelma National Institutes of Health, National Cancer Institute, Center for Cancer Research ja osittain National Cancer Institute Center of Excellence kotouttamista kromosomista biologian ja genetiikan. Ei ylimääräistä ulkoista rahoitusta saanut tätä tutkimusta varten. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

kolorektaalisyöpää on kolmanneksi eniten tapaus syöpä ja syöpään liittyvän kuolleisuuden Yhdysvalloissa. Arviot vuodelle 2011 ennustamaan 141210 uutta tapausta ja peräsuolen syövän ja 49380 kuolemantapausta [1]. Viimeisten kymmenen vuoden aikana on tapahtunut merkittäviä edistysaskeleita ymmärrystämme luonnonhistorian ja molekyylitason mekanismien peräsuolen syövän kehitystä. Lisäksi aineelliset suuntaviivat seulontaan on kehitetty Yhdysvaltain Ennaltaehkäisevä Services Task Force. Terapeuttinen parannuksia on saavutettu myös, varsinkin vuoden 2004 hyväksymisen bevasitsumabia (Avastin®) varten edenneen taudin. Näistä edistysaskeleista huolimatta viiden vuoden eloonjääminen ja peräsuolen syöpä on kasvanut vain -5 prosenttiyksikköä viime vuosina [1].

Vaikka tämä selviytyminen suuntaus pätee sekä Afrikkalainen amerikkalaiset ja valkoihoisten, helposti todettavissa terveyden epätasa olemassa Afrikkalainen amerikkalaiset. Iän 65, Afrikkalainen amerikkalaiset ovat noin 25% suurempi todennäköisyys sairastua kolorektaalisyöpää verrattuna valkoihoiset [1], [2]. Lisäksi peräsuolen syövän ilmaantuvuus Afrikkalainen amerikkalaiset vuonna 2007 arvioitiin olevan pohjimmiltaan sama kuin vuonna 1975, kun taas valkoisilla ovat kokeneet 17 prosenttiyksikön lasku esiintyvyys. Kaksikymmentä neljä prosenttia peräsuolen syöpiä havaitaan myöhäisessä vaiheessa Afrikkalainen amerikkalaiset, verrattuna 19% valkoihoisilla. Tämä saattaa osittain selittää merkittävästi huonompi yleistä eloonjääntiaste Afrikkalainen amerikkalaiset, joilla on 15% suurempi riski kuolla kolorektaalisyövän verrattuna valkoihoiset [1], [2].

MikroRNA (miRNA) ovat luokan pienen, ei-koodaavat RNA: t, joka koostuu noin 22-25 nukleotidin niiden käsittelyä, kypsä muoto. Tähän mennessä yli 1000 miRNA on löydetty ihmisissä, joidenkin arvioiden ennustavat lopullinen määrä useita tuhansia [3], [4], Fysiologisesti miRNA toimia säätövastuksen, hienosäätö translationaalinen lähtö kohdennetun mRNA sitova ja tukahduttaminen. Tavoitteena ohjelmisto on miRNA määritellään ensisijaisesti sen

siemen

järjestyksessä, nukleotidien 2-6 3’päähän sen kypsän muodon. Erilaisia ​​patologisen yhdistysten on katsottu johtuvan muuttunut miRNA verkkoihin erityisesti syövän, jossa miRNA pystyy toimimaan sekä onkogeenien ja tuumorisuppressoreita [5], [6], [7].

Useat tutkimukset ovat sidoksissa molemmissa poikkeava ilme ja geneettistä vaihtelua miRNA peräsuolen syövän riskiä, ​​diagnoosi, ennuste, ja lääkevaste [8], [9], [10], [11]. Yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) in miRNA voi vaikuttaa niiden biogeneesin, jalostuksen ja /tai kohdepaikkaan sitova eri tavoin, kuten korostetaan Äskettäisen [12]. Esimerkiksi koska MikroRNA käsitellään vaiheittaisella muotia

pri

osoitteeseen

pre

kypsä säikeen, prosessin ohjaavat stereotyyppisiä sekundaarirakenteissa, voidaan käsitteellistää kuinka yhden emäsparin muutos voi vaikuttaa käsittely tai tunnustaisi ohjauskomponentit [12]. Vaihtoehtoisesti SNP kypsä sekvenssi voi muuttaa kohdesivustoa vuorovaikutusta joko vahvistamalla tai heikentämällä hybridisaatiolla kinetiikka, tai jos siemenet järjestyksessä, se voi merkittävästi muuttaa kohde kirjaston miRNA itse. Mielenkiintoista, esiintyvyys nämä SNP miRNA on huomattavasti pienempi kuin ennustettu jäljellä genomin, puhuminen evoluution säilyttämiseen ja merkitys näiden pienten biomolekyylien [13], [14]. Kuitenkin muutamia raportteja äskettäin esiin yhdistyksen näiden matalataajuista ituradan variaatiot ja syövän riskiä ja /tai prognoosi [12].

Heterotsygoottisuuden menetys on 10q24-lokuksen on raportoitu useissa ihmisen syövissä, mukaan lukien, mutta ei rajoittuen peräsuolen, eturauhasen, haiman, ja aivojen [15], [16], [17], [18]. Huolimatta lukuisista tutkimuksia mahdollisen tuumorisuppressorigeeniä tässä hotspot, vahva näyttö puuttuu [19]. Mielenkiintoista on, että

HSA-mir-608

, joka on microRNA ja joka käytännössä ei tiedetä mitään toiminnallisesti, sijoittuu introni

SEMA4G

tällä alueella. Lisäksi

HSA-mir-608

satamat SNP, rs4919510, BP 22 sen kypsän 25 ep: n sekvenssi. Tämä C-G polymorfismi on yleinen useissa populaatioissa. Kirjoittajat raportoivat, että rs4919510 ituradan polymorfismiin

HSA-mir-608

liittyy peräsuolen syövän selviytymisen, rodun sifisistä.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics selvitys

Kaikki osallistujat antoivat kirjallisen tietoon perustuvan suostumuksen. Protokolla oli noudattaen Helsingin julistuksen ja hyväksynyt Institutional Review Boards of National Cancer Institute. Eettisen vapautusnumero on 11289.

Tutkimus Väestö: NCI-University of Maryland peräsuolen syövän tapauskontrollitutkimuksessa

Tutkimus koostui 691 aiheita. Incident peräsuolen syöpätapausta (n = 245) ja valvonta (n = 446) rekrytoitiin 1992-2003 ja 1998-2003 vastaavasti suurempi Baltimore, Maryland alue. Kontrollit kertynyt sekä sairaalassa (n = 236) ja yhteisön asetus (n = 210). Sisällyttäminen ja poissulkemisperusteet on kuvattu aiemmin [20]. Lyhyesti, potilas oli itse ilmoitettu valkoihoinen tai Afrikkalainen-amerikkalaiset syntynyt Yhdysvalloissa, ja jätettiin jos he itse ilmoitettu historia syövän muiden kuin peräsuolen, HIV, HBV, HCV tai IV huumeiden käyttöä, oli institutionalisoitu, tai oli henkinen vajavuus. Tiedot määrittää sairauden vaiheessa hoitoa, ja eloonjääminen saatiin potilastiedot ja patologiaraporteista, Social Security Death Index, ja National Death Index. Tauti lavastus valmistui mukaan kasvain-solmu-etäpesäke järjestelmä American sekakomitean Cancer. Selviytymisen ajanjakso määritettiin päivästä sairaalaan leikkaukseen, milloin viimeinen valmistunut etsiä kuolema merkinnät Social Security Death Index (2010). Tietoinen suostumus saatiin kaikille osallistujille, ja epidemiologiset kyselyt mukaan lukien, henkilökohtainen historia, perhe sairaushistoria, ohi sairaushistoria, tupakka historia, ravinnon tietoa sekä tietoa työympäristöä, annettiin kaikki aiheet. Tutkimuksen hyväksyi institutionaalisten tarkastuslautakunta osallistuvien laitosten.

Kaplan Meierin eloonjäämiskäyristä kuvaa suhdetta rs4919510 ja peräsuolen syövän selviytymisen A) valkoihoisilla (n = 145) ja B) Afrikkalainen amerikkalaiset (n = 94). Sensuroitu yksilöt on merkitty suljettu kehä.

genotyypin määritys.

Perimän DNA eristettiin buffy coat tai peräsuolen kudokseen Qiagen FlexiGene DNA Kit tai DNAeasy kudoksen kit, tässä järjestyksessä ( Qiagen, Valencia, CA). Tapausten ja kontrollien genotyypattiin käyttäen Taqman määritystä (Life Technologies, Carlsbad, CA) rs4919510 in

mir-608

Ohio State University Genotyping Core. Tapaus, ohjaus, negatiivisten kontrollien ja päällekkäisiä näytteitä jaettiin satunnaisesti järjestyksen käsittelyn, 10% kaksoiskappaleita testata sekä sisäiseen ja levy aloista. Kaikki osapuolet genotyypitys sokaisi tapaukseen, ohjaus, ja kahtena tila näytteitä. Näytteitä että epäonnistuneet genotyypin kirjattiin määrittelemätön. Sekä sisäiseen ja levy kaksoiskappaleet olivat 100% yhtäpitävät. Valmistuminen oli 98%.

KRAS-mutaatio analyysi.

Näytteitä, joissa kasvainkudoksen lähetettiin KRAS mutaation analyysi Bioserve (BioServe Biotekniikka, Ltd. Beltsville, MD). DNA eristettiin käyttäen Trizol ™ mukaan valmistajan ohjeiden. Seuraavista mutaatioista arvioitiin: kodoni 12 (nukleotidi 1, 0,8%), kodonissa 12 (nukleotidi 2; 20%), kodonissa 13 (nukleotidi 1, 2,3%) ja kodonin 61 (nukleotidi 3, 0,8%). Data tässä tutkimuksessa edustaa normaalisti tai mutantti tahansa mutaatioista edellä mainittu (26% kokonaisuudessaan).

Tilastollinen analyysi.

Tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen STATA 11,0 (College Station, TX). P-arvo on alle 0,05 käytettiin kriteerinä tilastollista merkittävyyttä, ja kaikki tilastolliset testit olivat kaksipuolisia. Lähdöt Hardy-Weinberg tasapaino määritettiin käyttäen χ

2 testiä. Kertoimet suhde (OR) ja niiden vastaavat 95%: n luottamusväli (CI) arvioitiin käyttämällä univariable ehdoton logistinen regressiomalli ja oikaistu malli joka sisälsi kovariaatit ikä (jatkuva) ja sukupuoli (kategorinen). Hazard suhde (HR) ja 95%: n luottamusväli arvioitiin käyttämällä univariable Coxin suhteellisen vaarat regressiomallia ja oikaistu malli kovariaatit ikä (jatkuva), sukupuoli (kategorinen) ja taudin vaiheesta (kategorinen). Elinaika laskettiin jona leikkaus mennessä joko viimeisen tunnetun seurata (viimeinen NDI päivitys 12.31.2008) tai kuolinpäivä takia peräsuolen syöpä. 245 potilaasta oli 117 tapahtumaa, joista 52 oli Afrikkalainen amerikkalaiset, joista 45 oli valkoihoisilla. Suhteellinen vaarat olettamuksia tarkistetaan silmämääräisesti log-log tontteja ja käyttäen nollasta kaltevuus testi Schoenfeld jäännösten [21] (p = 0,91 varten Afrikkalainen amerikkalaiset, p = 0,79 ja valkoihoiset). Menetelmä Kaplan ja Meier käytettiin piirtämistä genotyyppien ja selviytymistä, joissa kuolema johtuu peräsuolen syöpä jälleen pitää päätepisteenä. Nämä kaaviot luotiin käyttäen SigmaPlot 12,0 (Systat Software, San Jose, CA). Merkittävyys testattiin käyttämällä Log-Rank menetelmällä. Testit lineaarisen trendin suoritettiin myös sisällyttämällä genotyypin muuttuja mallissa jatkuvana järjestysluku muuttuja (

P

trendi). Erot rs4919510 genotyypit normaalissa verrattuna KRAS kasvaimia arvioitiin käyttämällä Fisherin testiä.

Tulokset

Tutkimuskanta ja miR-608 genotyypin analyysi

Tutkimme suhdetta rs4919510 SNP on kypsän sekvenssin

HSA-mir-608

, suhteen riskejä ja sairauksien lopputulos 245 peräsuolen syöpätapausta ja 446 valvontaa. Asiaankuuluvat väestön ominaisuudet on kuvattu taulukossa 1. Kaiken tapaukset eivät poikkea valvonnan kannalta ikään tai rotuun; kuitenkin, kun kyseessä kohortti sisälsivät huomattavasti enemmän miehillä kuin kulloisenkin verrokkiryhmään (väestö, sairaala, tai koko) (taulukko 1). Vähäinen alleelin taajuus [22] rs4919510 oli merkitsevästi korkeampi Afrikkalainen amerikkalaiset verrattuna valkoihoiset; 40,5% ja 17,5%, vastaavasti (taulukko 2). Lisäksi taajuus GG-genotyyppi oli huomattavasti korkeampi Afrikkalainen amerikkalaiset (15%) verrattuna valkoihoiset (3%) valvonnan kanssa havaintoja tämän SNP HapMap [23]. Koska taajuudet rs4919510 genotyyppien ei ollut eroa sairaalassa ja väestön kontrolliryhmää, kaikki analyysit on esitetty käyttäen yleistä kontrolliryhmässä (taulukot 2 ja 3). Rs4919510 ei poikennut Hardy-Weinberg tasapainoon mittasuhteet joko väestön tai sairaalaan valvontaa.

Ei yhdistyksen välillä rs4919510 ja peräsuolen syövän riskiä

GG tai CG-genotyypin rs4919510 eivät liittyneet peräsuolen syöpäriski (taulukko 2). Vuonna koko väestöstä, taajuus GG genotyypin oli 8% tapauksista ja 8% valvontaa. Vuonna Afrikkalainen amerikkalaiset, GG-genotyyppi oli edustettuna 15% valvonnan, ja 13% tapauksista, mikä vastaa säätää OR 0,89 (95% CI, 0,41-1,80). Valkoihoisista, GG-genotyyppi oli läsnä 3% valvonnan ja 5%: ssa tapauksista, joissa OR = 1,76, (95% CI, 0,48-6,39). Ei ole assosiaatio SNP ja KRAS mutaatiostatusta koko kohortissa. Vuonna Afrikkalainen amerikkalaiset, se oli huomattava, että GG-genotyyppi ei havaittu KRAS kasvaimia, mutta ero ei ollut tilastollisesti merkitsevä (kuvio S1).

Association välillä rs4919510 ja peräsuolen syövän selviytymisen

Löysimme merkitsevä yhteys rs4919510 ja peräsuolen syövän selviytymisen. Valkoihoisista, homotsygoottinen variantti genotyyppi, GG, liittyi merkittävä kasvu riski kuolla peräsuolen syöpä edustaa univariable vaaran suhde (HR) oli 3,54 (95% CI, 1,38-9,12), joka pysyi huomattavan säätämisen jälkeen ikä, sukupuoli, histologia ja vaihe meidän monimuuttujasäädin mallia; HR

GG

vs.

CC 2,95 (95% CI, 1,13-7,71) (taulukko 3) (kuvio 1A). CG genotyyppi osoitti myös suuntaus huono tulos, vaikka verrattuna CC vertaisverkko genotyyppi ei ollut tilastollisesti merkitsevä (taulukko 3).

Afrikkalainen amerikkalaiset, havaitsimme suojaava assosiaatio GG genotyypin ja selviytymistä, vaikka malli lähestyi merkitys sekä säätää (HR

GG

vs.

CC 0,38 [95% CI, 0,13-1,13; p = 0,082]) ja ei-säädettävä (HR

GG

vs.

CC 0,36 [95% CI, 0,12-1,07; p = 0,066]) malleissa (taulukko 3) (kuvio 1 B). Kaplan-Meier eloonjäämiskäyristä graafisesti kuvaavat erilaiset vaikutukset tämän SNP näissä potilasryhmissä (kuvio 1). Mitään merkittäviä selviytyminen yhdistysten havaittiin, kun rs4919510 analysoitiin ilman kerrostumista, tai kun kohortin stratifioitiin kunkin syövän vaiheen (taulukko 3 ja tuloksia ei esitetty).

Keskustelu

Tuloksemme osoittavat yhdistyksen välillä ituradan muunnelma

HSA-mir-608

kanssa ennusteeseen, mutta ei riskiä, ​​paksusuolen syövän. Valkoihoisista, se liittyy kohonnut kuolleisuusriski takia peräsuolen syöpä. Kuitenkin suuntauksena vastakkainen vaikutus havaittiin Afrikkalainen amerikkalaiset. Aikaisemmat tutkimukset ovat myös osoittaneet, kuinka kilpailu voivat moduloida vaikutusta SNP kolorektaalisyövässä [24]. Huomionarvoista kuitenkin, kun yhdistys oli tilastollisesti merkitsevä valkoihoisilla (n = 145), yhdistys vain lähestyi merkitys Afrikkalainen amerikkalaiset. Tämä voidaan ymmärtää, että suhde ei ole epidemiologisesti merkityksellisellä, mutta koska pienempi määrä yksilöiden Afrikkalainen amerikkalainen ryhmä (n = 94), on ehkä enemmän heijastava meidän alennetulla teholla. Molemmissa populaatiot, SNP liittyi eloonjäämisen resessiivinen malli.

Vaikka tämä käsikirjoitus oli valmisteilla, Xing

et al.

Julkaisi tutkimuksen peräsuolen syövän ennusteeseen yhdessä rs4919510 sisällä kiinalainen väestö 408 potilasta [25]. He kertoivat, että variantin alleelin (C) liittyi pienempi riski toistumisen vapaan ja kokonaiselinaikaa (riskisuhde = 0,61, 95% CI = 0,41-,92), siis G-alleelin liittyi vahingollisia. Tämä on yleisesti ottaen yhtä mieltä havaintomme valkoihoisilla. Xing

et al.

Ei sisältynyt ohjausvarren tutkia riski yhdistyksille, vaikka kuten edellä on kuvattu, tuloksemme eivät tue rooli tämän SNP kolorektaalisyövässä. Nämä tutkimukset vahvistavat oletusta, että yhdistyksen välillä rs4919510 ja peräsuolen syövän ennuste, joka saattaa olla rotu-erityinen.

Vaikka emme voi tällä hetkellä selittää tarkkaa toimiva mekanismi, jonka kautta tämä SNP voi vaikuttaa peräsuolen syövän ennustetta, on useita uskottavalta hypoteeseja. Kuten edellä mainittiin, rs4919510 sijoittuu kypsän sekvenssin miR-608, ja sijaitsee yhteisen varren kanssa kanonisen hiusneulasilmukka. Koska tämä jäykkä sekundaarinen rakenne on edellytys tunnustamista, ja siten käsittely, on esiaste miRNA että RNAasi Drosha, on mahdollista, että häiriö rakenne tässä kriittisessä vaiheessa saattaa vaikuttaa tunnustamista tai myöhempää käsittelyä. Jokaisella miRNA on satoja tavoitteita, mikä yksittäinen muutos solun miRNA kineettinen profiili voi olla eksponentiaalisesti suuri vaikutus proteiinien tuotanto, ehkä vaikutuksiltaan niin suuri se voisi mennä vinoon, jopa hieman, yleinen ennusteeseen sairaus.

muutosta miRNA: n kypsän sekvenssin voisi teoriassa muuttaa sen kohde ohjelmistonsa käsittelyn jälkeen [26], [27]. Vaikka rs4919510 ei sijoituttava siemen sekvenssin miR-608, hybridisaatio kinetiikka ulkopuolella tämän alueen on osoitettu olevan tärkeitä kohde tunnustamista [28]. Tarkka merkitys, suhteellinen paino, ja myöhemmin siirtyminen parempana johtuen miRNA sekvenssivariaatioita ole vielä täysin selvitetty, mutta esimerkkejä on [12]. Laajentaminen tätä periaatetta voitaisiin soveltaa SNP

HSA-mir-608

suhteessa peräsuolen syöpä, jonka otaksuttu kohteita ovat

BCL-xL

,

SEPT9

ja

CDK6

(www.targetscan.org). Itse muutos transkriptipitoisuuksissa kohdistamista miR-608 mihinkään näistä geeneistä voi vaikuttaa suoraan liittyvät syöpäsolun selviytymisen.

Mielenkiintoista, Xing

et al.

Kertoi myös, että yhdistyksen välillä GG-genotyyppi ja huono tulos havaittiin vain niillä potilailla, joita oli hoidettu kemoterapiaa, joista suurin osa oli ollut FOLFOX hoito. Mielenkiintoista, miR-608 ennustetaan kohdistaa vähintään 2 avaimen osallistuvien entsyymien aktivaatioon 5-FU, tymidiinikinaasi ja folylpolyglutamate syntaasi (www.targetscan.org). Lisäksi on ollut useita tutkimuksia tutkimalla variantin kemoterapeuttisen hoitovasteen kolorektaalikarsinoomasta rotu. Eräässä tutkimuksessa, vaikkakin aika taudin etenemiseen ei vaikuttanut rodun, on huomattavasti suurempi prosenttimäärä Valkoihoisilla vastannut FOLFOX tai IROX järjestelmää [29]. Siksi rs4919510 voisi teoriassa olla merkitystä ero vasteluvuissa terapeuttisia aineita poikki väestölle.

Lisäksi oletetun toiminnallinen yhdessä miR-608, kytkentäepätasapainossa SNP naapurimaassa geenejä ei voida sulkea pois. Huomattavaa on, että on olemassa huomattavasti vähemmän sidos ennustettu rs4919510 nykyisestä 1000 genomien tietoja Afrikkalainen Amerikan väestöstä, jossa vain 7 SNP 2 ainutlaatuisia geenejä ennustetaan olevan kytkentäepätasapainossa kanssa rs4919510, toisin kuin 39 SNP 5 ainutlaatuisia geenejä valkoihoisilla (www.broadinstitute.org/mpg/snap/ldsearch.php#, r

2 0,8 ja etäisyyden 500 kb). Erityisen kiinnostavia keskuudessa luettelo differentiaalisesti liittyy geenin alleelien kaukasialaisissa on leusiinivetoketju tuumorisuppressorigeenin 2 (

LZTS2

), joka sisältää useita SNP ensimmäisen intronin ja 5 ’UTR ennustetaan olevan voimakkaasti yhteydessä rs4919510. Viimeaikaiset havainnot kaksi erillistä tutkimukset ovat osoittaneet, että knockdovvn LZTS2 ilmaisun herkistää soluja paklitakselihoidon lisäksi antagonisoinnissa leviämisen useiden syöpäsolun riviä alas-säätely myc ja sykliini D1 kautta sitoutuminen NF-KB-reitin [30], [ ,,,0],31]. Jos G-alleelin rs4919510 on todella in liittyvätkö SNP

LZTS2

Ilmaisulla tämän geenin voidaan muuttaa, edistää huonon ennusteen tämän variantin genotyypin meidän valkoihoinen kohortissa. Kuitenkin tämä hypoteesi jää tutkittava.

Yhteenvetona Tutkimuksemme vahvistaa oletusta, että SNP on kypsän sekvenssin

HSA-mir-608

voi merkittävästi vaikuttaa ennusteeseen kolorektaalisyövän potilailla. Kiinnostavaa kyllä, tämä vaikutus tämän SNP näyttää vaihtelevan juoksukohtaisesti osoituksena tulokset ja muut [25]. Vaikka yhdistyksen välinen SNP ja peräsuolen syövän selviytyminen on merkittävä kuten osoitettiin kolmessa väestöotoksessa lisätutkimuksia olisi tehtävä vahvistaa rotu-erityinen luonne SNP: n vaikutuksesta. Lisäksi etsintä toiminnallista roolia tämän SNP, mekanismi sen vuorovaikutusta 5-FU, sekä sen mahdollinen osallistuminen muiden syöpien on perusteltua.

tukeminen Information

Kuva S1.

rs4919510 ja KRAS-mutaatio asema. Prosenttiosuus KRAS mutaatioiden rs4919510 CC, CG ja GG näytteiden koko väestön A), valkoihoiset B), ja Afrikkalainen amerikkalaiset C). Tarkat prosenttiosuudet esitetään D). WT merkitsee villityypin, mut tarkoittaa mutantti.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0036306.s001

(PDF) B

Kiitokset

Kiitämme Majda Haznadar ja Mike Bekkerman rakentavan analyysi, palaute ja kommentit; Glenwood Trivers, Donna Perlmutter, Leoni Leonaridis, sekä kirurgian ja patologian osastot yhdistetään osallistuvien sairaalat; Audrey Salabes ja John Cottrell niiden vaikutusta potilaan suoriteperusteisen; ja Karen Yarrick hallinnollista tukea.