Krooninen sairaus

tiivistelmä

mTOR (nisäkkään rapamysiinin kohde) signaalinvälitysreitin integroi eri signaalien, säännellään ribosomin biogeneesissä ja proteiinien synteesiä funktiona saatavan energian ja aminohappoja, ja varmistaa asianmukainen kytkentä soluproliferaation kasvun kanssa solun kokoa. Lisäksi viimeaikaiset todisteet on kiinnittivät vuorovaikutus mTOR ja p53 polkuja. Olemme tutkineet geneettisen muuntelun 67 keskeisten geenien mTOR reitin ja geenit p53-reitin, jotka ovat vuorovaikutuksessa mTOR. Testasimme yhdistys 1084 koodaus SNP eturauhassyövän riskiä tutkimus 815 eturauhassyövän tapauksista ja 1266 tarkastuksia sisäkkäin tulevaisuuteen suuntautuva eurooppalainen tutkimus syövästä ja ravitsemuksesta (EPIC). Valitsimme SNP (n = 11), jossa vahvin yhdessä riski (p 0,01) ja pyrki jäljittelemään niiden yhdistyksen ylimääräinen sarja 838 eturauhassyövän tapauksissa ja 943 kontrollit EPIC. Kun yhteinen analyysi ensimmäisen ja toisen vaiheen kaksi SNP

PRKCI

geeni osoitti yhdessä eturauhassyövän riskiä (OR

alleeli = 0,85, 95% CI +0,78-+0,94, p = 1,3 x 10

-3 rs546950 ja OR

alleeli = 0,84, 95% luottamusväli 0,76-0,93, p = 5,6 × 10

-4 rs4955720). Me vahvisti tämän meta-analyysissä käyttäen replikointi asettaa dataa toisesta vaiheesta Tutkimuksemme yhdessä ensimmäisen vaiheen Cancer Genetic merkkiaineet herkkyys (CGEMS) projekti. Lopuksi löysimme assosiaatio eturauhassyövän riski kaksi SNP kuuluvien

PRKCI

, geeni, joka on usein yli-ilmentynyt eri kasvaimet, kuten eturauhassyöpä.

Citation: Campa D, Hüsing A, Stein A, Dostal L, Boeing H, Pischon T, et al. (2011) geneettisen monimuotoisuuden ja mTOR Pathway ja Eturauhassyöpä Risk in tulevaisuuteen suuntautuva eurooppalainen tutkimus syöväntutkimuskeskuksen (EPIC). PLoS ONE 6 (2): e16914. doi: 10,1371 /journal.pone.0016914

Editor: Irina Agoulnik, Florida International University, Yhdysvallat

vastaanotettu: 06 lokakuu 2010; Hyväksytty lukien: 1. tammikuuta 2011; Julkaistu: 23 helmikuu 2011

Copyright: © 2011 Campa et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Erityiset tulosta tässä tutkimuksessa saatiin taloudellista tukea Yhdysvaltain armeijan Medical Research ja Material Command (W81XWH-05-1-0156). https://cdmrp.army.mil/pcrp/default.shtml. EPIC Tutkimuksen rahoittivat ”Eurooppa syöpää vastaan” ohjelma Euroopan komission (SANCO); Ligue contre le Cancer (Ranska); Société 3M (Ranska); Mutuelle Générale de l’Education Nationale; Institut National de la Sante et de la Recherche médicale (INSERM); Saksan Syöpä Aid; Saksan Cancer Research Center; Saksan liittovaltion opetus- ja tutkimus; Tanskan Cancer Society; Health Research Fund (FIS) Espanjan terveysministeriön; osallistuvien alue- ja instituutiot Espanjassa; Cancer Research UK; Medical Research Council, UK; Kreikan terveysministeriön ja sosiaalisen yhteisvastuun; Stavros Niarchos Foundation ja Helleenien Health Foundation; Italian Association for Research on Cancer; Italian kansallisen tutkimusneuvoston; Alankomaiden Ministry of Public Health, Welfare ja Urheilu (VWS), Alankomaiden terveysministeriön, Alankomaat Syöpärekisteri (NKR), LK Research Funds, Hollanti Prevention Funds, Hollanti ZON (Zorg Onderzoek Nederland), Maailman Cancer Research Fund (WCRF) (Sen Alankomaat); Tilastot Alankomaat; Swedish Cancer Society; Ruotsin tieteellinen neuvosto; Aluehallitus Skåne, Ruotsi; Norja Cancer Society. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

sisällä eturauhasen kudosta, kasvaimen edistävät vaikutukset endogeenisten hormonien ja kasvutekijöiden arvellaan liittyvän solukasvun stimulointia ja mitoosia ja apoptoosin inhibitioon. Lisäksi signalointia IGF-I (mutta myös insuliinia, ja muut kasvutekijät), kasvua ja solujen lisääntymisen ovat yhdessä määritetään määriä energiaa ja välttämättömiä aminohappoja käytettävissä soluun [1], [2],.

Viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että mTOR (nisäkkään rapamysiinin kohde) signaalinvälitysreitin yhdistää nämä eri signaalit, säätämiseen ribosomin biogeneesiä ja proteiinien synteesiä funktiona saatavan energian ja aminohappoja, ja varmistaa asianmukaisen kytkennän solun leviämisen lisääntyneeseen solukoko [1], [2]. MTOR polku säädellään kaskadin entsymaattisen fosforylaation reaktioiden kautta fosfatidyyli-inositoli-trifosfaatin kinaasi (PI3K) /proteiinikinaasi B (PKB-AKT1), epätyypillinen proteiinikinaasi C (aPKC), AMP-aktivoitu proteiinikinaasi (AMPK), hamartin /tuberiini (koodaa vastaavasti tuberous skleroosi kompleksi-1 (

TSC1

) ja 2 (

TSC2

) geenejä), ras-homologin rikastunut aivoihin (Rheb), sääntelyyn liittyvän proteiinin kanssa mTOR (raptor), ja nisäkkään rapamysiinin kohde (mTOR). mTOR aktivaatio puolestaan ​​johtaa fosforylaatioon alavirran elementtejä, jotka ohjaavat suoraan ribosomin biogeneesiä ja ribosomaalisen mRNA käännös proteiinisynteesiä [4], [5], [6], [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], [14], [15], [16]. Täydentävä kuvio S1 esittää yksinkertaistetun rakenteen vuoksi mTOR kautta.

Tämä toteutustapa sisältää useita vakiintuneita esikasvaintekijät (

PI3K, AKT1

) ja tuumorisuppressorigeeneille (

PTEN

– joka vähentää mTOR aktiivisuutta estämällä

PI3K /AKT1 – TSC1, TSC2

). Nämä geenit ovat usein mutatoitunut tai poikkeuksellisesti ilmaistuna ihmisen maligniteettien, mukaan lukien eturauhas- kasvaimet [9], [17], [18], [19], [20], [21], [22], [23].

lisäksi viimeaikaiset todisteet on korostanut mielenkiintoisen vuorovaikutus mTOR ja p53 reitit (tarkastelleet Levine et al., 2006) [24]. On olemassa kaksi suurta yhteyksiä näiden reittejä, jotka johtavat muuttuneeseen vastauksena korostaa signaalien aktivoinnin jälkeen p53, aktivoimalla AMPK, TSC2 ja p53 fosfataasi, joka koostuu alfa-4-alayksikön ja PP2A katalyyttinen alayksikkö.

Oletimme, että geenien mTOR reitin ja geenit p53-reitin, jotka liittyvät suoraan mTOR voidaan keskitetysti osallisena eturauhasen syövän synnyn, ja että polymorfisten alleelien näissä geeneissä voivat muuttaa niiden ilmentymistä tai aktiivisuutta, mikä annetaan muuttunut eturauhassyöpää alttius. SNP geeneissä kuuluvat mTOR polku on jo tutkittu suhteessa syöpäriskiä, ​​joitakin lupaavia tuloksia [25], [26], [27].

Tässä raportissa tutkittiin geneettisen muuntelun 67 avain geenit edellä mainitussa reittejä. Testasimme yhdistys 1084 koodaus SNP eturauhassyövän riski on tapauskontrollitutkimuksessa sisäkkäin tulevaisuuteen suuntautuva eurooppalainen tutkimus syövästä ja ravitsemuksesta (EPIC). Tietääksemme tämä on ensimmäinen raportti polymorfismit näiden geenien ja eturauhassyövän riskiä.

Tulokset

Yhteenveto ominaisuuksista tutkimuspopulaatiossa esitetään taulukossa 1. Ensimmäisessä vaiheessa selvitettiin analysoimme 1084 SNP 67 geenien mukana mTOR-reitin (josta on yhteenveto täydentävän taulukon S1) in 815 eturauhassyöpätapauksia ja 1266 verrokkiin. Me monistaa paras osumia itsenäisessä väestö koostuu 838 eturauhassyövän tapauksista ja 943 verrokkia.

genotyypin onnistumisastetta ja laadunvalvonta

Meillä oli 1163 SNP meidän GoldenGate array, joista 30 sisällytettiin laadunvalvontaa ja 1133 olivat kandidaattigeeni kiinnostavilla alueilla tässä tutkimuksessa. Kolmekymmentäneljä SNP pudotettiin koska heillä oli puhelun alhaisempi kuin 75%, mikä on yleensä merkki huonosta genotyypitys laadusta. Yksitoista SNP (1% kokonaismäärästä) osoitti vahvaa poikkeaminen Hardy-Weinberg Equilibrium (p 10

-5), ja näin ollen ei analysoitu tarkemmin. Neljä SNP olivat monomorphic tässä potilasryhmässä. Tämä jätti yhteensä 1084 SNP (96% näistä on valittu alun perin) on 67 kandidaattigeeneihin analysoitavaa.

keskimääräinen verokanta on 1,084 SNP käytetty tilastollinen analyysi oli 99,8% (vaihteluväli 85,2% – 100%).

Kolmekymmentä SNP: tä mukana, joka oli aiemmin genotyyppi on samat näytteet yhteydessä eri tutkimuksessa. Konkordanssi Uuden genotyyppien vanhaan genotyyppien oli 100%.

sisälsivät alun perin 2099 näytettä, ja poistamisen jälkeen koehenkilöillä näytteitä puhelun alhaisempi kuin 75% (n = 39), meillä oli aineisto lukien 815 eturauhassyöpä tapauksia ja 1239 tarkastuksia. Ilmaantuvuus tiheys näytteenotto johti päällekkäisiä valintaan 27 valvonnan niin, että 1266 tarkastukset sisällytettiin ehdollinen analyyseissä.

Satunnainen kaksoisnäytteillä (-5%) on myös yksimielisiksi ja niiden genotyyppien oli 100,0%.

Tärkeimmät vaikutukset genotyyppi SNP

Yksitoista SNP liittyi merkittävästi eturauhassyövän riskiä, ​​klo kynnyksellä p 0,01 (p

suuntaus 0,01 tai p

2df 0,01) ( rs520820 in

GADD45A

, rs546950 ja rs4955720 in

PRKCI

; rs706711, rs13156223 ja rs831123 in

PIK3R1

; rs6797860 in

TP63

; rs11763144 in

PRKAG2

; rs388372 in

RPS6KA2

; rs13337626 in

TSC2

; rs3783501 in

GADD45B

). Täydentävä taulukko S2 esitetään yksityiskohtaiset tulokset kaikista 1084 SNP.

Replikointi

genotyyppi yhdestätoista SNP ensimmäisestä vaiheen ylimääräinen 838 eturauhassyövän tapauksista ja 943 verrokkiin. Toisessa vaiheessa SNP rs546950

PRKCI

geeni havaittiin tilastollisesti merkittävää yhteyttä eturauhassyövän riskiä, ​​on tavanomainen kynnyksellä p 0,05 (p

2df = 0,02).

kun analysoimme yhdessä tulokset kahdesta näytteestä sarjaa, sekä

PRKCI

SNP osoitti yhdessä riski (OR

alleeli = 0,84, 95% CI = 0,76-0,93, p

2df = 0,0028 , p

suuntaus = 0,0007 varten rs4955720 TAI

alleeli = 0,86, 95% CI = 0,78-0,95, p

2df = 0,0014, p

suuntaus = 0,0020 varten rs546950). Tulokset ensimmäisen vaiheen, replikointi asetettu sekä yhteisen analyysin esitetään taulukossa 2.

Laskimme M

eff arvot kullekin ehdokkaalle geenin erikseen ja koko tutkimuksen (lisäämällä yksittäisten geeni M

eff arvot; yksityiskohdat on esitetty täydentävien taulukossa S3). Reitti laajuinen M

eff oli 849. Näin ollen käytetään tutkimuksessa laajuinen merkitys p-kynnysarvon 0,05 /849 = 5,9 x 10

-5. Käyttämällä tätä kynnystä, ei merkitseviä (p

suuntaus 5.9.x10

-5 tai p

2df 5,9 x 10

-5) välillä ei havaittu mitään polymorfismien genotyyppi ja yleistä eturauhassyövän riskiä.

kaksi SNP

PRKCI

myös genotyyppi on yhteydessä syövän Genetic merkkiaineet herkkyys (CGEMS) hanke (https://cgems.cancer.gov/), yksi ensimmäisen genomin laajuinen yhdistys tutkimukset eturauhassyöpään alttiuteen. Liitot havaittu ensimmäisen vaiheen CGEMS (OR

alleeli = 0,85 p

suuntaus = 0,0024 varten rs4955720, OR

alleeli = 0,94 p

suuntaus = 0,089 varten rs546950) olivat samaa luokkaa kuin vuonna tämän kertomuksen. Meta-analyysi käyttäen ehdoton TAI-arvio tiedoista toisen vaiheen Tutkimuksemme yhdessä tulosten CGEMS, kaksi SNP osoitti hyvin samanlaisia ​​tuloksia kuin ne, jotka saadaan kanssa EPIC tiedoilla (OR

alleeli = 0,91 , 95% CI +0,83-,99, p = 0,029 varten rs546950 ja OR

alleeli = 0,87, 95% CI +0,79-+0,95, p = 0,002 varten rs4955720). Meta-analyysin ottaen yhteinen data ensimmäisen ja toisen vaiheen meidän tutkimuksen tulokset CGEMS osoittivat olennaisesti samat tulokset (OR

alleeli = 0,91, 95% CI +0,84-+0,98, p = 0,019 rs546950 ja OR

alleeli = 0,85, 95% luottamusväli 0,78-0,92, p = 0,00016 varten rs4955720).

Effects of genotyyppi SNP alaryhmissä sairauden aggressiivisuus

Analysoimme yhteenliittymien SNP eturauhassyövän riski ryhmittelemällä tapaukset mukaan taudin aggressiivisuutta, mutta emme tarkkailla tilastollisesti merkitsevä (p 0,05) epäyhtenäisyys välillä kerroksiin. Tulokset yhdestätoista SNP että genotyypattiin on täydellinen aineisto on esitetty täydentävien taulukossa S4.

Keskustelu

mTOR polku on osallisena kasvainten kehittymiseen, ja analogit rapamysiinin – luonnollinen antibiootti, joka nimenomaan häiritsee mTOR toiminnan kautta (ylimääräinen reseptoriproteiini) – ovat osoittaneet suurta lupausta mahdollisina terapeuttisina aineina hoidettaessa tietyntyyppisten kiinteiden kasvainten [28], [29], [30]. Oletimme, että geenit kuuluvat mTOR reitti voi olla keskitetysti osallisena syövän kehittymisessä, mukaan lukien eturauhassyöpä, ja että polymorfisten alleelien näistä geeneistä saattavat vaikuttaa eturauhassyövän riskiä.

Tässä tutkimuksessa olemme perusteellisesti jää yhteinen geneettinen vaihtelu yli 67 geenien mTOR koulutusjakson ja tietojemme mukaan tämä on kaikkein kattava arviointi yhteisten ja koodaus vaihtelua mTOR reitin geenit suhteessa eturauhassyövän riskiä. Löysimme yhdistys kaksi SNP

PRKCI

geeni, rs546950 ja rs4955720, joiden vähentynyt eturauhassyövän riskiä. Ensimmäinen SNP osoitti yhdistyksen ensimmäisessä seulonnassa, joka replikointi asettaa ja meta-analyysi meidän toisen vaiheen tiedoilla CGEMS, kun taas rs4955720 osoitti yhdistyksen vain seulonta asettaa ja meta-analyysi. Koska molemmat SNP valittiin koodaus SNP ne eivät ole vahvoja LD, mutta emme voi sulkea pois, että ne saattavat heijastaa sama signaali johtuu kohtalaisen taustalla LD (r

2 kahden SNP on 0,53).

rooli geneettisen vaihtelun

PRKCI

geeni eturauhassyövässä etiologian uskottava, koska epätyypilliset proteiinikinaasi C lambda /iota (aPKCλ /ι), jota koodaa

PRKCI

geeni , on proteiinikinaasi C: n isotsyymi, joka pelaa monitoiminen rooleja solujen ylläpitoon ja kasvuun epiteelisolujen [31], [32], [33], [34], [35], [36], [37]. Yksi fysiologiasta aPKCλ /ι on toimia välittäjänä insuliinin aiheuttamaa nousua glukoosinkuljetuksen. Insuliini säätelee glukoosin kulkeutumista fosfatidyyli-inositoli-trifosfaatin kinaasi (PI3K). Distal efektorit PI3K sisältää proteiinikinaasi B (PKB /Akt) ja aPKC isoformeja ζ ja λ /ι [38].

PKC-isotsyymien ovat myös mukana solujen lisääntymistä, eloonjääntiä, erilaistumisen ja apoptoosin. Tutkimukset keuhkojen, munasarjojen, paksusuolen, ja rintasyöpiä ovat osoittaneet suhde aPKCλ /ι ilmaisun ja syövän etenemistä ja ehdottaa, että aPKCλ /ι ilmaus voisi ennustaa huono selviytyminen [21], [22], [23], [39], [40], [41], [42], [43]. On olemassa useita raportteja, joissa tehostettu aPKCλ /ι ilmentymistä ihmisen eturauhasen syöpä kudoksiin, mutta suhde aPKCλ /ι ja eturauhassyövän etenemiseen on epäselvä [44], [45]. Lisäksi kokeissa käyttäen eturauhassyöpäsolulinja DU145 paljasti, että aPKCλ /ι osallistuu eturauhassyövän kasvua sekä

in vivo

ja

in vitro

[46]. Yliekspressio aPKCλ /ι voidaan selittää, laajennetaan

PRCKI

-geeni, joka on raportoitu keuhko- ja munasarjasyöpä [22], [23], [39] tai vahvistus kromosomin 3q mukaan lukien

PRCKI

geeni, joka on raportoitu eturauhasen syöpäsolulinjoissa [47]. Toinen mahdollisuus on, että aPKCλ /ι ilmaisu on säädelty läpi transkription aktivoitumisen

PRCKI

promoottori [48].

Tässä raportissa todettiin, että kaksi alleelivariantit

PRKCI

geeni liittyi at tutkimus-viisasta merkittävää alentuneeseen eturauhassyövän riskiä. rs546950 ja rs4955720 eivät sijaitse koodaavan geenin alue, ja se ei ole välittömästi selvää, kuinka liittyvät geneettistä vaihtelua geenin toiminnon. Haimme julkisista tietokannoista tahansa raportoitu toimintojen kaksi SNP mutta emme löytäneet todisteita osoittaen ero geeniekspression tai mRNA vakautta. Ei raportin päivämäärä on julkaistu joko SNP suhteessa tautiin suceptibility. Olemme myös juoksi in silico analyysi mahdollisista muutoksista trasciption sitoutumiskohtia. Nämä analyysit ennustaa ero sitoutumisen alleelien kaksi SNP eri transkriptiotekijöiden. Erityisesti MYOD1 ennustetaan sitoutuvan vain vähäisiä alleelin (A) rs546950 ja POU3F3 on vähäinen alleelin (A) rs4955720. Molemmat transkriptiotekijät ovat pro-erilaistuminen, anti-leviämisen vaikutus [49], [50]. Se, että molemmat sitoutuvat pieniä, suojaava alleelit on kiehtova, joskin MYOD1 ja POU3F3 on raportoitu vain käyttämään niiden tehtävä lihasten ja aivoissa, vastaavasti. rs546950 sijaitsee ensimmäisen intronin

PRKCI

, hyvin lähellä alussa geenin, siksi tämä on sopusoinnussa mahdollinen osallistuminen sääntelyn geenin transkriptio. Koska variantti alleeli kohdistaa suojaava vaikutus eturauhassyövän riskiä voidaan oletuksen, että se vähentää tai lisää kykyä transkriptiotekijöiden sitoa ja siten, että tuloksena lasku geenin ilmentymisen, ja siten vähentää riskiä eturauhasen syöpä.

on vaikeampi ymmärtää yhdistyksen välillä rs4955720 ja laski eturauhassyövän riskiä biologisesta näkökulmasta. Kuitenkin yhteinen analyysi p arvo tämän SNP oli merkittävämpi on kaksi. Tämä SNP sijaitsee 3 ’geenin, päättymisen jälkeen viimeisen eksonin, ja mahdollinen funktio ei ole välittömästi ilmeistä. Myös mahdollinen ero sitova transkriptiotekijöiden tuntuu olevan vähemmän merkitystä tässä tapauksessa. rs4955720 voisi olla korkea kytkentäepätasapainossa (LD) toisen SNP että vaikuttaa suoraan transkriptioon ja /tai toiminta

PRKCI

. Kuitenkin kaikki tunnetut yhteinen

PRKCI

SNP korkean LD rs4955720 sijaitsevat intronit geenin, eivätkä ne näytä toiminnallisesti merkitystä. Lopuksi on vaikea ymmärtää biologinen mekanismi, joka voisi selittää yhdistyksen kahden polymorfismin kanssa eturauhassyövän riskiä ja edelleen toiminnallisia tutkimuksia ovat perusteltuja.

SNP joistakin PI3K geenien tutkimme täällä on tutkittu in Breast ja Eturauhassyöpä Cohort Consortium (BPC3) (Koutros 2010). Tässä tutkimuksessa rs7556371, SNP on

PIK3C2B

, oli osoitettu liittyvän lisääntyneeseen eturauhassyövän riskiä. Tutkimuksessamme olemme genotyyppi rs4951384, mitkä tunnisteet rs7556371 (r

2 = 1), mutta emme noudata mitään todisteita yhdistyksen (täydentävä taulukko S2). Kuitenkin on huomattava, että kasvu riskin saapuvat Koutros et al oli hyvin vaatimaton ja voi siten havaita vain tutkimus, jossa on valtava otoskoko, kuten BPC3.

Intensiivinen SNP koodaus lähestymistapa käytetty tarjosi lähes tyhjentävä analyysi mahdollisista mono-alleelinen (pääasiallinen vaikutus) yhteenliittymien eturauhassyövän riskiä yhteisiä polymorfisia variantteja tunnetaan kunkin loci tutkittu. Meillä oli riittävä teho (0,80 codominant mallin yhteisessä analyysi) havaitsemiseksi OR = 1,40 (tai OR = 0,71 yhdistysten alentuneeseen) at alfa = 5,9 × 10

-5 (tutkimus-laajuista merkitystä p-kynnysarvon ) on SNP vähäisellä alleelin taajuus 0,30.

Vaikka yli 97% EPIC aiheita arvioidaan olevan valkoihoisia, erot Alleelifrekvenssien Euroopassa voisi teoriassa aiheuttaa sekoittava väestön kerrostuneisuus. Emme kuitenkaan eivät havainneet suuria vaihteluita alleelifrekvenssit eri maissa SNP tutkittu tässä (tuloksia ei ole esitetty).

Yksi mahdollinen haittapuoli tässä työssä on suuri määrä testejä suoritettiin, vaikka useita vihjeitä viittaavat todellinen yhdistys: 1) havaitsimme yhdistysten (p 0,05) molemmissa vaiheissa tutkimuksessa 2) korjatut testien määrä (n = 11) suoritetaan toisessa vaiheessa yhdistyksen välillä rs546950 ja eturauhassyövän riski on edelleen merkittävä, 3 ) yhdistys on biologisesti uskottava ja 4) meta-analyysissä CGEMS /EPIC (2743 tapausta ja 3088 tarkastukset) osoitti hyvin samanlaisia ​​tuloksia kuin ne, jotka saadaan kanssa EPIC tiedoilla (p = 0,002 varten rs4955720 ja p = 0.029 varten rs546950.

Yhteenvetona löysimme assosiaatio eturauhassyövän riski kaksi SNP kuuluvien

PRKCI

, geeni, joka on usein yli-ilmentynyt erilaisissa syövissä, mukaan lukien eturauhassyöpä. Tämä havainto optio replikointi laajemmassa tutkimuksessa .

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

Kaikki osallistujat allekirjoittivat tietoisen kirjallisen suostumuksen. Tutkimuksen hyväksyi eettisen arvioinnin hallituksissa International Agency for Research Cancer, ja yhteistyötahojen vastaavien aihe rekrytointi kussakin EPIC rekrytointi keskukset.

EPIC- kohortti

täysin yksityiskohtainen kuvaus EPIC kohortin on julkaistu muualla [51]. Lyhyesti, EPIC koostuu noin 370000 naisista ja 150000-vuotiaita miehiä 35-69, palvelukseen vuosien 1992 ja 2005 10 Länsi-Euroopan maissa.

Suurin osa ( 97%) potilaista palvelukseen EPIC kohortissa ovat eurooppalaisten (valkoihoinen) alkuperä. Kaikki EPIC oppiaineista edellyttäen antropometrisiä mittauksia (pituus, paino, ja vyötärön ja lantion ympärykset) ja laaja, standardoitu kyselyn tietoa sairaushistoria, ruokavalio, liikunta, tupakointi ja muut elintapoihin liittyvien tekijöiden. Noin 260000 naista ja 140.000 miestä edellyttäen verinäyte.

syöpätapausta jälkeinen värväämistä kohortin ja verenluovutus tunnistetaan paikallisten ja kansallisten syövän rekisterien 7 10 maassa, ja Ranskassa, Saksassa, ja Kreikka yhdistelmällä yhteyksiä kansallisten terveysvakuutukseen ja /tai aktiivinen seuranta tutkimuksen avulla tai heidän läheisilleen. Seuranta elintärkeää tila saavutetaan tiedostojen yhdistämistä kanssa kuolleisuusrekistereistä.

valinta tapaus ja verrokeilla

Case aiheita valittiin miesten keskuudessa kehittyi eturauhassyövän jälkeen verinäytteen. Verrokeilla (1-2 valvonta tapausta kohti) valittiin satunnaisesti esiintyvyys tiheys näytteitä, yhteensovitus tapauksissa keskustan rekrytoinnin, ikä verenluovutus ja keston seurantaa. Kaikkiaan 815 invasiivisen eturauhassyövän tapauksista ja 1266 tarkastukset, yhteensä 2081 aiheita, sisältyivät ensimmäisen vaiheen tässä tutkimuksessa. Kukin valvonta olisi pitänyt vapaa syövän jopa keston seurantaa indeksitapauksen.

SNP valinta

Kunkin 67 kandidaattigeeneihin valitsimme genomialue välillä 5 kb 5 ’alussa ensimmäinen tunnettu eksonin ja 5 kb: n 3’-pään ja viimeisen tunnetun eksonin. Luettelo SNP kaikilla 67 geenialueisiin koottiin käyttäen tietoja HapMap (release 22, joka perustuu dbSNP versio 126 ja NCBI genomi rakentaa 36), ja koodaus SNP valittiin käyttämällä lisääjä algoritmin [52], kuten se on toteutettu Haploview ohjelmisto. Käytetyt parametrit lisääjä valinnassa olivat vähäisiä alleelin esiintymistiheys ≥5% valkoihoisista, pienin r

2 = 0,8 välillä kunkin parin merkintä, ja koodaus SNP, pareittain koodaus (havaitsimme keskimäärin tarkoittaa r

2 välillä koodaus SNP ja SNP he tag 0,95). SNP jotka ennustettiin heikkoa kanssa Illumina GoldenGate genotyypityksen tekniikka oli joko korvattu SNP korkea LD (r

2 = 0,8, laskettuna HapMap data), tai pudonnut luettelosta, jos ei välityspalvelinta ollut saatavilla. Tämä antoi meille listan 1133 SNP. Lopuksi, laadunvalvontaan tarkoitukseen, lisäsimme 30 SNP, joka oli genotyyppi samalla näytteistä liity hankkeeseen.

Näytteiden valmistus ja genotyypityksen

DNA eristettiin verinäytteistä koskevasta Autopure väline (Qiagen, Hilden, Saksa), jossa Puregene kemia (Qiagen, Hilden, Saksa). Järjestys DNA: t tapausten ja kontrollien oli satunnaistettu PCR levyt, jotta varmistetaan, että yhtä monta tapausten ja kontrollien voitaisiin analysoida samanaikaisesti.

Genotyping suoritettiin käyttäen Illumina GoldenGate tekniikka (San Diego, CA , USA), protokollan mukaisesti ilmoittaa valmistaja.

Data suodatus ja tilastollinen analyysi

Jokainen näyte, jossa on yli 25%: n SNP epäonnistuneet oli kaikki SNP asetettu puuttuvat ja näiden aiheita olivat laskeneet analyysiin. Sitten suodatettu data poistaa tehottomat SNP: kaikki SNP joka epäonnistui 25% näytteistä tai useamman asetettiin puuttuu, niinkuin kaikki SNP, joka osoitti tilastollisesti merkitsevä (p 10

-5) poikkeamat Hardy-Weinberg tasapainon (HWE) kontrollien joukossa.

Analysoimme yhdistyksen välillä eturauhassyövän riskiä ja genotyyppien kunkin SNP käyttävät ehdollista logistista regressiota. Genotyypit koodattu joko laskee vähäisistä alleelien (trendi testi) tai kahtena indikaattorimuuttujien, yksi hetero- ja yksi pieni-alleelin homozygoottien (kaksi vapausastetta testi).

suoritettu analysoidaan myös alaryhmissä taudin aggressiivisuus (aggressiivinen tauti määriteltiin extraprostatic laajennus (vaihe C /D) tai korkea histologinen (Gleason ≥8).

Kaikki tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen SAS 9.11.

jotta ottaa huomioon suuri määrä testejä suoritetaan tässä projektissa, laskimme kunkin geenin määrä tehokkaiden riippumattomien muuttujien, M

eff, käyttämällä SNP Spectral Hajoaminen lähestymistapa [53]. Saimme geeni laajuinen M

eff arvo kullekin geeniä ja myös tutkimus laajuinen M

eff arvo, laskemalla geeni M

eff n.

replikointi

monistaa SNP voimakkaimmin yhdistysten kanssa eturauhassyövän riskiä (p

suuntaus 0,01 tai p

2df 0,01; n = 11) ylimääräinen 838 tapausta ja 943 valittujen tarkastusten sisällä EPIC kohortissa. Kaikki ylimääräinen genotyypitys suoritettiin käyttäen Taqman määritystä. MGB Taqman koettimia ja alukkeita hankittiin Applied Biosystems (Foster City, CA), kuten ennalta suunniteltuja määrityksiä. Reaktioseosta oli 10 ng genomista DNA: ta, 10 pmol kutakin aluketta, 2 pmol kutakin koetinta ja 2,5 ui 2x master mix (Applied Biosystems) lopullisessa tilavuudessa 5 ul. Termosyklisointireaktio mukana 40 sykliä 30 s 95 ° C: ssa, jota seuraa 60 s 60 ° C: ssa. PCR Levyt luettiin ABI PRISM 7900HT väline (Applied Biosystems).

Kaikki näytteet, jotka eivät anna luotettavaa tulosta ensimmäisellä kierroksella genotyypityksen oli uudelleen jopa kaksi kierrosta genotyypitys. Datapisteiden ei vieläkään täytetty tämän toimenpiteen jälkeen jätettiin tyhjäksi. Toistuva laadunvalvonta genotyyppien (5% kokonaismäärästä) oli konkordanssin 100,0%.

bioinformatiikka- analyysi

Mahdolliset sitoutumiskohtia transkriptiotekijöiden sekvenssin sisällä kattaa kaksi tutkimus-viisasta merkittävästi niihin liittyvien SNP suoritettiin Matlnspector Professional (https://genomatix.de/cgi-bin/matinspector_prof/mat_fam.pl) [54].

tukeminen Information

Kuva S1.

Cartoon on mTOR kautta.

doi: 10,1371 /journal.pone.0016914.s001

(PNG) B Taulukko S1.

Candidate geenejä ja niiden SNP.

doi: 10,1371 /journal.pone.0016914.s002

(DOC) B Taulukko S2.

Tärkeimmät vaikutukset 1084 SNP genotyyppi ensimmäisessä vaiheessa. Pylväät tässä taulukossa osoittavat: geeni nimi, NCBI dbSNP rs numero, numerot tapausten ja säätimet kunkin kolmen genotyyppien, kertoimet suhteet heterotsygootteja, homotsygoottisia harvinainen alleelin (viittasi homotsygoottisia yhteisen alleelin) ja kohti alleeli, 95%: n luottamusväli, p-arvo testissä kahdella indikaattorimuuttujien (2 df testi), p-arvo suuntaus testin.

doi: 10,1371 /journal.pone.0016914.s003

(XLS)

Taulukko S3.

M

eff kunkin geenin tutkimuksessa.

doi: 10,1371 /journal.pone.0016914.s004

(XLS) B Taulukko S4.

analyysit alaryhmissä sairauden aggressiivisuus. Pylväät tässä taulukossa osoittavat: geeni nimi, NCBI dbSNP rs määrä, mahdolliset genotyypit, numerot tapausten ja säätimet kunkin kolmen genotyyppien, kertoimet tunnusluvut heterotsygooteilla ja homotsygoottisia harvinainen alleelin (viittasi homotsygoottisia yhteisen alleelin) , jossa 95%: n luottamusväli, Cochranin Q-parametri, I

2 tilastotieto, p-arvo testi heterogeenisyys, p-arvo suuntaus testi kullekin ositteelle, nimi stratum.

doi: 10,1371 /journal.pone.0016914.s005

(XLS) B