Krooninen sairaus

tiivistelmä

Hippo polku rajoittaa toimintaa transkription koaktivaattoreiden TAZ (

WWTR1

) ja YAP. TAZ ja YAP raportoidaan yliekspressoituvan erilaisiin syöpiin, mutta niiden ennustetekijöiden merkitys kolorektaalisyövissä edelleen luonteva. Ilmentymistasojen TAZ ja YAP, ja niiden alavirran transkription tavoitteet,

AXL

ja

CTGF

, uutettiin kaksi itsenäistä paksusuolisyöpäpotilaalta aineistot saatavilla Gene Expression Omnibus tietokanta, yhteensä 522 potilasta . Huomasimme, että mRNA ilmauksia sekä TAZ ja YAP korreloivat positiivisesti niiden kanssa

AXL

ja

CTGF

(

p

0,05). Korkean tason mRNA ilmentymä TAZ,

AXL

tai

CTGF

korreloi merkitsevästi lyhyempi selviytymistä. Tärkeää on, potilaat yhteistyössä yli-ilmentävät kaikki 3 geenit oli huomattavasti lyhyempi elinaika, ja kombinatorisista ilmentymistä näiden 3 geeneistä oli itsenäinen ennustaja hengissä. Loppupään kohdegeenien varten TAZ-AXL-CTGF yliekspressio tunnistettiin Java MyStats. Mielenkiintoista on, että geenit, jotka liittyvät paksusuolen syövän etenemisessä (

ANTXR1

,

EFEMP2

,

SULF1

,

TAGLN

,

VCAN

ZEB1

ja

ZEB2

) on yläreguloituja potilailla, joille yliekspressoivia TAZ-AXL-CTGF. Tämä TAZ-AXL-CTGF geeniekspression allekirjoitus (GES) levitettiin sitten Yhteys Kartta tunnistaa pieniä molekyylejä, jotka voivat hyödyntää kääntämään tätä GES. Top 20 pienten molekyylien tunnistaa yhteyden karttaa, amiloridi (a kaliumia säästävät diureetti,) ja tretinoiinia (all-trans retinoiinihappo) ovat osoittaneet terapeuttista lupaaviksi esto paksusuolen syövän solujen kasvua. Käyttämällä MyStats, huomasimme, että alhainen ilmentyminen joko

ANO1

tai

SQLE

liittyi parempaan ennusteeseen potilailla, joilla oli mukana yli-ilmentyy TAZ-AXL-CTGF, ja että

ANO1

oli itsenäinen ennustaja selviytymisen yhdessä TAZ-AXL-CTGF. Lopuksi vahvistettiin, että TAZ säätelee Axl, ja sillä on tärkeä rooli kyky muodostaa klooneja ja tarttumattomat kasvu

in vitro

ja kasvainten muodostumisen

in vivo

. Nämä tiedot viittaavat siihen, että TAZ voisi olla terapeuttinen kohde hoidettaessa paksusuolen syöpä.

Citation: Yuen H-F, McCrudden CM, Huang Y-H, Tham JM, Zhang X, Zeng Q, et ai. (2013) TAZ Expression kuin Prognostiset indikaattorin peräsuolen syövän. PLoS ONE 8 (1): e54211. doi: 10,1371 /journal.pone.0054211

Editor: Gabriele Saretzki, Newcastlen yliopisto, Yhdistynyt Kuningaskunta

vastaanotettu: 29 kesäkuu 2012; Hyväksytty: 10 joulukuu 2012; Julkaistu: 23 tammikuu 2013

Copyright: © 2013 Yuen et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus rahoittaa viraston of Science, Technology and Research (A * STAR), Singapore. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Hippo reitti on tärkeä rooli solujen lisääntymisen, elimen koko ohjaus, ja syövän kehittymisen ja etenemisen [1], [2], [3], [4]. YAP ja TAZ ovat transkription co-aktivaattoreita, jotka inhiboivat Hippo polku [1], [2], [3], [4]. Poikkeava inaktivoinnin Hippo reitin ja /tai yli-ilmentyminen TAZ ja YAP johtaa transkription aktivoituminen niiden loppupään tavoitteet [1], [2], [3], [4].

YAP yliekspressio indusoi solujen lisääntymisen ja epiteelin mesenkymaalitransitioon (EMT), ja se estää apoptoosin ja yhteystiedot esto [5], [6], [7]. Transkription aktivointi epidermaalisen kasvutekijän reseptori-ligandi amfireguliini voi selittää YAP-välitteisen induktion soluproliferaation, erityisesti seerumista ehtyminen [7], kun taas YAP myös yhteistyössä Myc edistää soluproliferaatiota [8]. Äskettäin YAP on osoitettu olevan keskeinen rooli kantasolujen biologiassa. Se indusoidaan aikana pluripotenttien kantasolujen uudelleenohjelmointi, kun taas hiljentäminen on YAP vähentää pluripotenttisuuden alkion kantasolujen [9]. YAP edistää munasarjasyöpä etenemistä, ja korkea ydinvoiman ilmaisun ovat kääntäen liittyy elossaololuku [10]. Erityisesti YAP liittyy selkeä cell munasarjakasvainten, munasarjojen maligniteetti alatyypin huonon ennusteen [11]. YAP on myös osoitettu olevan kasvaimia synnyttävää rooli ruokatorven okasolusyöpä [12]. Vuonna maksasyövän, microRNA estoa YAP estää kasvainten ominaisuuksiin myös solujen jakautumista ja invaasiota [13]. Sen sijaan mikään käy ilmi vastakkainen kasvain tukahduttava, rooli YAP edistämisessä p73-välitteisen apoptoosin [14], [15]. Rintasyövän ja pään ja kaulan alueen syöpien, YAP on osoitettu toimivan tuumorisuppressorina tietyissä olosuhteissa [14], [16].

TAZ on rakenteellisesti homologinen YAP, on myös estää Hippo reitin, ja edistää myös EMT-välitteisen syövän etenemisessä [17], [18], [19]. TAZ säätelee mesenkymaalisten kantasolujen erilaistumista moduloimalla Runx2- ja PPARgamma riippuvaisen geeniekspression [20], sekä kantasoluja itseuudistumisen ohjauskeinoilla lokalisoinnin Smad [21]. TAZ on tärkeä rooli etenemisen rintojen [22], [23] ja ei-pienisoluinen keuhkosyöpä [24], [25]. Tärkeää on, TAZ annetaan syövän kantasoluja liittyvät piirteet rintasyövästä soluihin, edelleen korostaen sen merkitys kasvaimen taudin alkamisen ja etenemisen [26]. TAZ yli-ilmentyy myös papillaarinen kilpirauhassyövän [27].

TAZ ja YAP on osoitettu olevan vuorovaikutuksessa useiden transkriptiotekijöitä [2], [3], [4], jossa TEAD perheen transkriptiotekijöitä ( TEAD1-4) on kaikkein merkitystä solujen lisääntymisen ja syövän etenemistä [19], [28], [29]. X-ray kiderakenteet YAP-TEAD komplekseja on ratkaistu ja ehdotettu vuorovaikutusta tukevat ja johdonmukainen toiminnallinen analyysi [30], [31], [32], mikä osoittaa, että YAP-TEAD kompleksit aktivoi geenin transkription.

YAP ilmentymistä havaittiin koolonadenokarsinooma [33], [34], [35]. Se on yli-ilmentynyt ihmisen paksusuolen syövän yksilöitä ja yli-ilmentyminen YAP edistää solujen lisääntymistä ja selviytymistä koolonkarsinoomasoluissa [36]. Viimeaikaiset havainnot osoittavat, että knockdovvn TAZ johtaa vähentää solujen lisääntymistä viljelmässä ja kasvaimen kasvu

in vivo

[26].

Huolimatta näyttöä siitä potentiaalia seuraus YAP ja TAZ paksusuolen syöpä etenemisen, niiden ennustetekijöiden merkitys peräsuolen syöpä ei tunneta. Tässä tutkimuksessa olemme analysoineet mRNA ilmaus YAP ja TAZ, ja kaksi sen loppupään kohdegeenien,

AXL

ja

CTGF

, kaksi erillistä paksusuolensyöpä potilasaineistoihin käsittää 522 potilasta. Huomasimme, että TAZ, mutta ei YAP, on ennusteen merkki paksusuolen syövän etenemiseen. Lisäksi TAZ-

AXL-CTGF

co-yliekspressio, jotka on määritelty sekä ilmentymistä TAZ ja sen transkription aktiivisuus kohdegeenin ilmentymisen, on uusi prognostinen indikaattori, joka on riippumaton kasvaimen ja vaihe, paksusuolen syöpäpotilailla. Rooli TAZ paksusuolen syövän solujen lisääntymisen ja oncogenesis validoitiin toiminnallinen tutkimus.

Materiaalit ja menetelmät

Extraction kliinisten ja microarray geenien ilmentyminen tietoja paksusuolisyöpäpotilaalta aineistot

Kaksi paksusuolisyöpäpotilaalta aineistoja, GSE14333 [37] ja GSE17538 [38], saatavilla Gene Expression Omnibus (GEO) Tietokanta (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds) on mukana tässä tutkimuksessa. GEO sivusto on standardoitu URL-osoitteita sen yksittäisiä aineistoja, esim. yleinen tiivistelmä tietoa microarray aineisto GSE14333 löytyy osoitteesta https://www.ncbi.nlm.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE14333. Kutakin GEO datasarjojen linkit ovat alaosassa sivun Series Matrix File (s), jotka sisältävät ilmaisun arvot kullekin geeni (probeset) ja kukin mikrosirujen. URL-osoitteet, Series Matrix tiedosto (t) on myös standardoitu. Sillä GSE14333, jolloin URL-osoite ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE14333. Tiedostot gzip-muodossa sitten purettu sen sarkaineroteltuna tekstimuodossa, jotka sisältävät yksityiskohtaisia ​​tietoja tilastollisiin analyyseihin. GSE14333 ja GSE17538 aineistot ovat kaksi suurinta paksusuolisyöpäpotilaalta aineistoja tietokantaan, ja käsittää 522 potilasta, 458 jonka Eloonjääntitulokset on saatavilla tietokannassa. GSE17538 arvosarja koostuu neljästä alasarjan: GSE17536, GSE17537, GSE19072 ja GSE19073. GSE19072 ja GSE19073 jätettiin pois tästä tutkimuksesta koska sillä ei ole kliinistä tietoa. Microarray geenien ilmentyminen tietoja haettiin tietoa matriiseista talletettu GEO tietokantaan alkuperäiset tekijät. Geeni ekspressiotasot GSE14333 ja GSE17538 edustaa base-2 logaritmin MAS5 arvon ja RMA arvot vastaavasti hyväksymä alkuperäiset tekijät. R scripting käytettiin poimia ilmaus arvoja pieni määrä geenejä (probesets) kohteisiin ja kliinisen Tiedonkeruun matriisien ladata GEO.

Demografiset ja kliiniset tiedot kahden potilasaineistoihin

sekä ikä ja sukupuoli potilaista oli saatavilla väestötiedot kahdessa aineistot analysoitiin tässä tutkimuksessa. Potilaiden mediaani-ikä oli 67 vuotta (vaihteluväli: 26-92 vuotta vanha) ja 65,5 vuotta (alue: 23-94 vuotta vanha) in GSE14333 ja GSE17538, vastaavasti. Oli 43% ja 46% naisia, vastaavasti, kohortti GSE14333 ja GSE17538. GSE14333 kohortti koostuu 290 potilasta, joille 226 selviytymisen tiedot olivat saatavilla. Viisitoista, 32, 31 ja 21%: lla potilaista oli vaiheen A, B, C ja D kasvaimia, vastaavasti. Eloonjääntitulokset puuttuivat kaikki potilaat vaiheen D. Survival tietoja saatavilla kaikkiin 232 potilaille GSE17538 kohortissa. Kaksitoista, 31, 33 ja 24%: lla potilaista oli kasvaimia AJCC vaiheen I, II, III ja IV, vastaavasti, ja 8, 78 ja 14%: lla potilaista oli luokan A, B ja C kasvaimet vastaavasti.

korrelaatioita geeniekspression tasot ja kliinisten tietojen

Kaikki tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen SPSS19.0. Liitot välinen ekspressiotasoja geenien analysoitiin Spearmanin rank-testi. Ekspressiotasoja jaettiin edelleen korkea ja alhainen käyttämällä mediaani ilmentymisen tasolla kuin cut-off-piste Kaplan-Meier selviytymisen analyysi. Tuloksia vertailtiin log-rank-testi. Univeriate Coxin regressioanalyysiä käytettiin korreloida geeniekspressiotasot ja potilaiden eloonjäämisen ja monimuuttuja Coxin regressioanalyysiä käytettiin tunnistamaan riippumattomia ennustavat elossaololuku käyttämällä taaksepäin vaiheittain kanssa merkintä raja p 0,1 ja poistamalla raja p 0,05 . Potilaat jaettiin edelleen 4 ryhmään perustuu ekspressiotasot TAZ, AXL ja CTGF; TAZ-AXL-CTGF-alhainen ryhmä koostui potilaista, jotka ilmaisivat kaikki nämä 3 geenit matalalla tasolla; TAZ-AXL-CTGF-väli-alhainen ryhmä koostui potilaista, jotka ilmaisivat yksi näistä kolmesta geenien korkealla tasolla; TAZ-AXL-CTGF-väli-korkea ryhmä koostui potilaista, jotka ilmaisivat kaksi näistä kolme geeniä korkealla tasolla; TAZ-AXL-CTGF-korkea ryhmä koostui potilaista, jotka ilmaisivat kaikki kolme geeniä korkealla tasolla. Elinaika potilaiden ositettu tämä ryhmittymä menetelmällä analysoitiin Kaplan-Meier-analyysi ja Coxin regressio edellä kuvatulla tavalla.

tunnistaminen TAZ-AXL-CTGF koekspressoivan geenejä

Potilaat olivat kerrostunut neljään ryhmään perustuen ekspressiotasot TAZ, Axl ja CTGF kuten edellä on kuvattu. Geeniekspressiota malleja potilaita TAZ-AXL-CTGF alhainen alaryhmä ja ne, jotka ovat TAZ-AXL-CTGF korkea alaryhmä (jonka selviytyminen oli merkitsevästi huonompi) verrattiin. Probesets jotka ilmentyvät differentiaalisesti näiden kahden alaryhmän tunnistettiin 2-näyte Welch T-testi. Tällä testillä välttää tyypin I virhe epätasa-arvoiset varianssit arvojen probesets välillä alaryhmien. Lyhyesti, Welch t-testi kumpaankin probeset vastaa tiettyä geeniä Datamatriisin omilla Java-sovellus MyStats. P-arvot ja ero ilmaisun kertamuutoksia kaikille probesets kertyi sarkaineroteltuna työkirjoja Excel tarkempaa analysointia varten. Geenit priorisoitiin nousevalla p-arvot. Top 100 probesets priorisoitiin molemmissa potilaan aineistoja, ja geenit yhteisiä kummallekin aineistoja analysoitiin tarkemmin.

Mahdollisten estävien yhdisteiden kohdistaminen TAZ-AXL-CTGF yliekspressoivia paksusuolensyöpä (Connectivity Map) B

geenien ilmentyminen yhteyden kartoitus tehtiin käyttämällä tilastollisesti merkittävä yhteys: n kartta (sscMap) tunnistaa ehdokas pienimolekyyliset yhdisteet, jotka voivat estää geenien ilmentymistä, jotka ovat yhteistyössä säädellään TAZ-AXL-CTGF koekspressoivan aggressiivinen paksusuolensyöpä [39], [40], [41]. Niistä probesets identifioitu koekspressoitu TAZ-AXL-CTGF 33 oli läsnä Affymetrix HG-U133A microarray alustalle, jota käytettiin tuottamaan microarray tietokanta Connectivity Map [39]. Koottu geeni allekirjoitus syötettiin sitten Java-sovellus sscMap [41], koska kyselyn allekirjoitusta, ja se on yhdistetty 6000 geeniekspressioprofiilien muodostaa käsittelemällä syöpäsolut yli 1000 pienten molekyylien verrattiin. Geeni allekirjoitus häiriön menettely, mikä lisää spesifisyyttä lähdön tulosten, sovellettiin aikaisemmin kuvatulla [42]. Kaikki pienimolekyylisiä yhdisteitä, jotka negatiivisesti liittyvät TAZ-AXL-CTGF-GES, lajiteltiin ja asettaa paremmuusjärjestykseen niiden

p

-arvo, häiriön vakautta ja standardoitu liitäntä pisteet.

p

-arvo, joka pidettiin merkittävä asetettiin tiukat raja (p = 1/1309), varmistaa, että tuloksia syntyy sccMap tuottaa vain maksimaalisesti odottanut väärä positiivinen pienimolekyylisiä yli 1309 pienet molekyylit testataan että sccMap [42]. Top 20 pienten molekyylien sitten syötetään PubMed (www.pubmed.com) hakukoneen yhdessä paksusuolensyöpä yksilöidä tutkimus- artikkeleita, jotka ovat kuvailleet niiden vaikutuksia erityisesti molekyylien hoitoon paksusuolen syöpä.

Identification terapeuttisia tavoitteita paksusuolen syöpäpotilaiden yliekspressoivia TAZ-AXL-CTGF

potilaat, jotka tekevät yhteistyötä yli-ilmentyy TAZ-AXL-CTGF stratifioitiin kahteen ryhmään niiden selviytyminen tilat. Differential ilmauksia eri probesets välillä potilasta TAZ-AXL-CTGF-alive alaryhmä ja ne, jotka ovat TAZ-AXL-CTGF-kuolleen alakonsernin tunnistettiin edellä kuvatulla tavalla.

Soluviljely ja retrovirus- transduktio

HCT116 ja SW620-solut saatiin American Type Culture Collection ja ylläpidetään F12K /DME väliaineessa, jota täydensi 10% naudan sikiön seerumia (FBS), 10 ug /ml penisilliiniä /streptomysiiniä (P /S) (Life Technologies, Carlsbad, CA ). Amfotrooppinen Phoenix pakkaus-solulinja saatiin Nolan Laboratory (Stanfordin yliopisto) ja pidettiin DMEM-väliaineessa, jota oli täydennetty 10% FBS: ää ja 10 ug /ml P /S. Retrovirusinfektiota suoritettiin, kuten aiemmin on kuvattu [18]. Lyhyen hiusneulan (shRNA) ihmisen TAZ rakentaa (5′-AGGTACTTCCTCAATCACA-3 ’) kuljettaa pSuperRetro-puro-vektoriin (shTAZ) käytettiin TAZ pudotus (Oligoengine, Seattle, WA), kun taas sekoituskoodin shRNA konstrukti (5’ CCTAAGGTTAAGTCGCCCTCG-3 ’; shScr) käytettiin kontrolli. Stabiilit solulinjat perustettiin valitsemalla traduced solut 2 ug /ml puromysiiniä (Sigma Aldrich, St. Louis, MO).

Western blot-analyysi

Immunoblottaus suoritettiin, kuten aiemmin on kuvattu [18 ] käyttäen SuperSignal West Pico (Thermo Scientific, Rockford, IL). Kaupallinen TAZ vasta-aine saatiin IMGENEX (San Diego, CA).

Anchorage riippumaton pehmeä agar ja klonogeeniset määrityksissä

pehmeä agar määrityksessä, 5000 solua suspendoitiin uudelleen 0,35% (w /v) agaroosia viljelyväliaineessa peitettiin on kiinteytetty 0,5% (w /v) agaroosigeelissä viljelyväliaineessa. Ylempi kerros annettiin jähmettyä. Medium kanssa puromysiinin lisättiin seuraavana päivänä ja soluja inkuboitiin sitten 37 °

C 5% CO

2. Tuoretta kasvualustaa puromysiini täydennettiin ja muodostuneiden pesäkkeiden värjättiin 1 mg /ml tiatsolyylisininen liumbromidi (Sigma Aldrich) 4 tuntia inkubaattorissa 37 ° C: ssa 5% CO

2. Ylimääräinen väriaine poistettiin värinpoisto useita kertoja vedellä ja pesäkkeiden lukumäärä määritettiin.

klonogeenisten määritystä, 500 solua ympättiin kuoppaa kohti kolminkertaisena 6-kuoppaiselle levylle. Viljelyväliaine päivitetään joka viikko, ja solut kiinnitettiin 4% paraformaldehydillä PBS: ssä sen jälkeen, kun 2 viikkoa inkuboinnin 37 ° C: ssa, 5% CO

2. Kiinnitetyt solut värjättiin 0,5% kristallivioletilla (Sigma Aldrich) 20% etanolissa yön yli. Solut huuhdeltiin vedellä, kuivattiin ja pesäkkeiden lukumäärä analysoitiin.

tuumorigeneesiä nude-hiirissä

Sata ui solususpensiota 1,5 x 10

7 /ml inokuloitiin subkutaanisesti vasen ja oikea takajalan kyljissä neljä-to-kuusi viikkoa vanha nainen nude-hiiriin. Kasvaimen kehitystä seurattiin sfter 2 viikkoa. Sitten hiiret tapettiin ja tuumorit poistettiin analyysiä varten.

Tulokset

TAZ ja YAP mRNA ilmaisuja positiivisesti korreloi mRNA: n ilmentymisen niiden loppupään kohdegeenien, Axl ja CTGF

aiemmin me ja muut ovat osoittaneet, että

AXL

ja

CTGF

kaksi tärkeää alavirtaan kohdegeenien TAZ ja YAP [23], [43], [44]. Esillä olevassa tutkimuksessa olemme tutkineet, onko mRNA: n ilmentymisen tasoja kahden transkription co-aktivaattoreita on Hippo reitin, TAZ ja YAP, korreloi mRNA: n ilmentymisen on

AXL

ja

CTGF

. Vuonna 290 paksusuolensyöpä potilaita GSE14333 aineisto, TAZ ilmentyminen korreloi merkitsevästi sekä AXL (Spearmanin rank testi,

r

= 0,547,

p

0,001; kuvio 1A) ja CTGF (

r

= 0,543,

p

0,001; kuvio 1 B) ilmaisuja. YAP-mRNA myös korreloi positiivisesti AXL (

r

= 0,154,

p

= 0,009; kuvio 1C) ja CTGF (

r

= 0,141,

p

= 0,016; Kuva 1 D) mRNA: n ilmentymisen samassa aineisto, mutta vähemmässä määrin. Vuonna 232 paksusuolensyöpä potilaita GSE17538, TAZ-mRNA merkittävästi korreloi positiivisesti sekä AXL (

r

= 0,752,

p

0,001; kuvio 1 E) ja CTGF (

r

= 0,686,

p

0,001, kuvio 1 F) mRNA ilmaisuja, kun YAP mRNA oli myös merkittävästi korreloi positiivisesti mRNA molempien geenien ilmentymistä, jälleen vähemmässä määrin (Axl:

r

= 0,343,

p

0,001, Kuvio 1G ja CTGF:

r

= 0,387,

p

0,001; Kuva 1H).

sirontakaavioissa varten (A) TAZ mRNA ilmaisu versus

AXL

mRNA ilmaisun, (B) TAZ mRNA ilmaisu versus

CTGF

mRNA ilmaisun, (C) YAP mRNA ilmaisu versus

AXL

mRNA ilmaisun, ja (D) YAP mRNA ilmaisu versus

CTGF

mRNA ilmaisun GSE14333 paksusuolen syöpä aineistoja, ja (E) TAZ mRNA ilmaisu versus

AXL

mRNA ilmaisun, ( F) TAZ mRNA ilmaisu versus

CTGF

mRNA ilmaisun, (G) YAP mRNA ilmaisu versus

AXL

mRNA ilmaisun, ja (H) YAP mRNA ilmaisu versus

CTGF

mRNA ilmaisun että GSE17538 paksusuolen syöpä aineistoja.

TAZ, mutta ei YAP, mRNA ilmaisu on ennustaja elossaololuku

226 potilasta, joiden selviytyminen tietoja oli saatavilla GSE14333 paksusuolen syöpä potilas kohortti, korkeatasoinen TAZ mRNA ilmaisun korreloi merkitsevästi lyhyempi elinaika (korkea taso: keskimääräinen eloonjääminen = 72,3 kuukautta, 95%: n luottamusväli (CI) = 63-81 kuukautta; alhainen: keskimääräinen eloonjääminen = 129 kuukautta, 95% luottamusväli = 121-136 kuukautta,

p

0,001; Kuvio 2A). Cox-regressioanalyysi, TAZ mRNA ilmentyminen korreloi merkitsevästi eloonjäämisen (vaarat Ratio (HR) = 2,251, 95% CI = 1,626-3,116,

p

0,001; kuvio 2C) on GSE14333 paksusuolen syöpä potilaan kohortissa. Monimuuttuja-analyysissä (kuvio 2C), TAZ mRNA ilmaisu (HR = 2,062, 95% CI = 1,472-3,116,

p

0,001) ja kasvaimen lavastus (

p

0,001) ovat molemmat riippumattomia ennustajia säilyminen samassa kohortin. Samoin korkean tason TAZ mRNA ilmaisun korreloi merkitsevästi lyhyempi potilaan selviytymistä GSE17538 paksusuolisyöpäpotilaalta kohortti (korkea taso: keskimääräinen eloonjääminen = 84 kuukautta, 95% CI = 72-96 kuukautta, alhainen: keskimääräinen eloonjääminen = 109 kuukausi , 95% CI = 97-120kuukautta,

p

= 0,011; kuvio 2B). Cox-regressio, TAZ mRNA ilmaisu on ennustaja selviytymisen tässä kohortissa (HR = 1,743, 95% CI = 1,177-2,582,

p

= 0,006; Kuva 2D). Mulivariate Cox-regressioanalyysi osoitti myös, että TAZ mRNA ilmaisu (HR = 1,998, 95% CI = 1,245-3,205,

p

= 0,004; Kuva 2D) oli itsenäinen ennustaja selviytymisen yhdessä vaiheessa (

p

0,001) ja laatu (

p

= 0,03) ja syövät tämän paksusuolisyöpäpotilaalta kohortissa. Toisaalta, YAP mRNA ilmaisu ei merkittävästi korreloineet elossaololuku Kaplan-Meier-analyysi (GSE14333:

p

= 0,519, Kuvio 2E ja GSE17538:

p

= 0,634; Kuva 2F ) tai Cox-regressioanalyysi (GSE14333:

p

= 0,673, Kuvio 2G ja GSE17538:

p

= 0,979; Kuva 3H) joko aineisto. Nämä tulokset viittaavat siihen, että TAZ mRNA: n ilmentymisen on uusi prognostinen markkeri paksusuolen syövän potilaille, mutta YAP ei ole.

Kaplan-Meier-analyysit TAZ mRNA: n ekspression (A) GSE14333 ja (B) GSE17538 paksusuolisyöpäpotilaalta aineistot . Yhden ja usean Coxin regressio analyysit TAZ mRNA ilmaisun, iän, kasvaimen vaiheesta ja kasvaimen sisään (C) GSE14333 ja (D) GSE17538 paksusuolisyöpäpotilaalta aineistoja. Kaplan-Meier-analyysit YAP mRNA: n ekspression (E) GSE14333 ja (F) GSE17538 paksusuolisyöpäpotilaalta aineistoja. Yhden ja usean Coxin regressio analyysit TAZ mRNA ilmaisun, iän, kasvaimen vaiheesta ja kasvaimen in (G) GSE14333 ja (H) GSE17538 paksusuolisyöpäpotilaalta aineistoja.

Kaplan-Meier analyysit

AXL

mRNA: n ekspression (A) GSE14333 ja (B) GSE17538 paksusuolen syövän potilaan aineistoja. Yhden ja usean Coxin regressio analyysit

AXL

mRNA ilmaisun, iän, kasvaimen vaiheesta ja kasvaimen sisään (C) GSE14333 ja (D) GSE17538 paksusuolisyöpäpotilaalta aineistoja. Kaplan-Meier-analyysit

CTGF

mRNA: n ekspression (E) GSE14333 ja (F) GSE17538 paksusuolisyöpäpotilaalta aineistoja. Yhden ja usean Coxin regressio analyysit

CTGF

mRNA ilmaisun, iän, kasvaimen vaiheesta ja kasvaimen in (G) GSE14333 ja (H) GSE17538 paksusuolisyöpäpotilaalta aineistoja.

Molemmat AXL ja CTGF, alavirran kohdegeenien TAZ ja YAP, ennustavat potilaan eloonjäämisen

Sen tutkimiseksi, toiminnallisen tuloksen transkription ohjelman välittämä TAZ ja YAP annetaan ennusteen arvioinnissa paksusuolen syöpäpotilailla, analysoimme onko mRNA ilmaus AXL ja CTGF, kaksi eniten hyvin määritelty kohdegeenien TAZ /YAP-TEAD komplekseja, korreloivat selviytyminen potilaista kaksi paksusuolensyöpä potilasaineistoihin.

korkea mRNA ilmaus AXL korreloivat lyhyempi paksusuolensyöpä elossaololuku aikaa GSE14333 kohortissa, vaikka tämä korrelaatio ei ollut merkitsevä (korkea taso: keskimääräinen eloonjääminen = 80 kuukautta, 95% CI = 71-88 kuukautta, alhainen: keskimääräinen eloonjääminen = 114 kuukautta, 95% CI = 101 -129kuukausi,

p

= 0,064; Kuva 3A). Vuonna GSE17538 kohortin korkea mRNA ilmentymistä AXL korreloi merkitsevästi lyhyempi elinaika (korkea taso: keskimääräinen eloonjääminen = 84 kuukautta, 95% CI = 72-96 kuukautta, alhainen: keskimääräinen eloonjääminen = 104 kuukautta, 95% CI = 94 -114kuukausi,

p

= 0,004; Kuva 3B). Cox-regressioanalyysi, Axl mRNA ilmaisu oli ennustaja elossaololuku sekä GSE14333 (HR = 1,839, 95% CI = 1,230-2,748,

p

= 0,003; Kuva 3C) ja GSE17538 (HR = 2,158, 95% CI = 1,141-4,081,

p

= 0,018; Kuva 3D) ikäryhmät. Vuonna GSE14333 kohortin AXL mRNA ilmaisu (HR = 1,631, 95% CI = 1,076-2,471,

p

= 0,021; Kuva 3C) oli itsenäinen ennustaja potilaan selviytymisen kasvain lavastus (

p

0,001), kun taas GSE17538 kohortin AXL mRNA ilmaisu (HR = 3.700, 95% CI = 1,665-8,220,

p

= 0,001; Kuva 3D) oli itsenäinen ennustaja elossaololuku yhdessä jossa vaiheessa (

p

0,001) ja laatu (

p

= 0,055) ja syövistä.

Samanlaisia ​​tuloksia saatiin CTGF. Korkea CTGF mRNA ilmaisun korreloi merkitsevästi lyhyempi elossaololuku molemmissa GSE14333 (korkea taso: keskimääräinen eloonjääminen = 87 kuukautta, 95% CI = 74-102kuukausi, alhainen: keskimääräinen eloonjääminen = 98 kuukautta, 95% CI = 88 -108kuukausi,

p

= 0,012; Kuva 3E) ja GSE17538 (korkea taso: keskimääräinen eloonjääminen = 85 kuukautta, 95% CI = 73-97 kuukautta, alhainen: keskimääräinen eloonjääminen = 105 kuukautta, 95% CI = 95-114 kuukautta,

p

= 0,004; Kuva 3F) ikäryhmät. Univariate Cox-regressioanalyysi osoitti myös, että CTGF mRNA ilmaisu oli ennustaja potilaan selviytymistä sekä ikäluokat (GSE14333: HR = 1,667, 95% CI = 1,260-2,232,

p

0,001, Kuvio 3G ja GSE17538 : HR = 1.433, 95% CI = 1,126-1,825,

p

= 0,004; Kuva 3 H). Lisäksi CTGF mRNA ilmaisu on itsenäinen ennustaja hengissä niin ikäluokat (GSE14333: HR = 1,543, 95% CI = 1,155-2,061,

p

0,001, Kuvio 3G ja GSE17538: HR = 1,902, 95 % CI = 1,385-2,612,

p

0,001; Kuva 3H) yhdessä vaiheen (GSE14333:

p

0,001 ja GSE17538:

p

0,001 ) ja arvosana (GSE17538:

p

= 0,053) ja syövistä.

TAZ, AXL ja CTGF voidaan käyttää yhdessä ennustamaan paksusuolensyöpä elossaololuku

Kuten edellä ilmaus TAZ,

AXL

ja

CTGF

kaikki korreloi paksusuolensyöpä elossaololuku. Tutkimme lisäksi, onko niiden ilmaisua voidaan käyttää yhdistelmänä ennustetyövälineenä merkki paksusuolen syöpäpotilaiden. Vuonna GSE14333 kohortin potilaista, joiden kasvaimet olivat alhainen ilmentyminen kolme geeniä oli keskimääräinen elinaika on 117 kuukausi (95% CI = 110-123 kuukautta), kun taas ne, joiden kasvaimet yli-ilmentynyt vain yksi kolmesta geenien oli myös keskimääräinen selviytyminen 117 kuukausi (95% CI = 101-132 kuukautta). Potilaat, joiden kasvaimet olivat korkean tason ilmentymisen kaksi kolme geeniä oli keskimääräinen eloonjäämisaika 65 kuukautta (95% Cl = 57-74 kuukautta), kun taas ne, joiden kasvaimet olivat korkean tason ilmentymisen kaikki kolme geeniä oli tarkoittaa eloonjäämisen aika 72 kuukautta (95% Cl = 60-84 kuukautta). Elinaika potilailla näiden neljän alaryhmät olivat merkittävästi erilaisia ​​(

p

= 0,001, kuvio 4A). Cox-regressioanalyysi käyttäen alaryhmä kuuluu potilaita, joiden kasvaimet oli alhainen ilmaus kaikki kolme geeniä vertailuryhmänä, huomasimme, että potilaat, joiden kasvaimet yli-ilmentynyt yksi (HR = 3,953, 95% CI = 1,070-+14,607,

p

= 0.039), kaksi (HR = 6,503, 95% CI = 1,894-+22,330,

p

= 0,003) tai kaikkien kolmen geenin (HR = 7,656, 95% CI = 2,287-+25,628,

p

= 0,001) oli yhä suurempi riski taudin etenemiseen (kuvio 4C).

Potilaat jaettiin 4 ryhmään mukaan määrä geenejä, että ne yli-ilmentynyt (ilmaistu yläpuolella mediaani tasolla ) joukossa TAZ,

AXL

ja

CTGF

. Kaplan-Meier-analyysit TAZ-AXL-CTGF mRNA: n ekspression (A) GSE14333 ja (B) GSE17538 paksusuolisyöpäpotilaalta aineistoja. Yhden ja usean Coxin regressio analyysit TAZ-AXL-CTGF mRNA ilmaisun, iän, kasvaimen vaiheesta ja kasvaimen sisään (C) GSE14333 ja (D) GSE17538 paksusuolisyöpäpotilaalta aineistoja.

Samanlaisia ​​tuloksia saatiin että GSE17538 potilaan kohortissa. Potilaat, joiden kasvaimet ilmaisivat kolme geeniä matalalla tasolla oli keskimääräinen eloonjäämisaika 108 kuukautta (95% CI = 97-119kuukausi), joiden kasvaimet olivat korkean tason ilmentymisen yksi kolmesta geenien oli keskimääräinen elinaika 88 kuukautta (95% CI = 72-104kuukautta), joiden kasvaimet yli-ilmennetään kaksi kolme geeniä oli keskimääräinen eloonjäämisaika on 99 kuukautta (95% CI = 78-121kuukautta), kun taas ne, joiden kasvaimet yli-ilmentynyt kaikki kolme geeniä oli tarkoittaa elinaika 77 kuukautta (95% Cl = 63-91 kuukautta). Lisääntyvä yliekspressio näiden kolmen geenin johtivat huomattavasti lyhyempi eloonjäämisen näillä potilailla (Kaplan-Meier-analyysi,

p

= 0,01; kuva 4B). Cox-regressioanalyysillä kasvaimia, jotka yli-ilmentynyt yksikään kolmesta geenien referenssinä paljasti, että potilaat, joiden kasvaimet yli-ilmentynyt yksi (HR = 1,675, 95% CI = 0,75-3,741,

p

= 0,203), kaksi (HR = 1,770, 95% CI = 0,790 = 3,966,

p

= 0,166), ja kaikki kolme geeniä (HR = 2,807, 95% CI = 1,482-5,317,

p

= 0,002) oli lisääntynyt riski taudin etenemiseen (kuvio 4D).

Itse potilailla, joiden kasvaimet ilmaisivat TAZ,

AXL

ja

CTGF

mRNA alhaisella tasolla (GSE14333: keskiarvo selviytyminen = 117 kuukautta, 95% luottamusväli = 110-123; GSE17538: keskimääräinen eloonjääminen = 108 kuukautta, 95% CI = 95-121kuukautta) oli ylivoimainen selviytymisen verrattuna, joiden kasvaimet yli-ilmentyy kaikki kolme geeniä (GSE14333: keskimääräinen eloonjääminen = 96, 95 % CI = 84-108,

p

0,001; GSE17538: keskimääräinen eloonjääminen = 91 kuukautta, 95% CI = 81-101kuukausi,

p

= 0,037; Kuva S1).

kumpikaan ikä eikä sukupuoli potilaista oli tekijä, joka määräytyy määrän TAZ, AXL ja CTGF että yli-ilmentynyt joko paksusuolisyöpäpotilaalta kohortissa. TAZ-AXL-CTGF ilmentyminen oli olennaisesti alhaisemmat kasvaimissa vaiheessa verrattuna kasvainten muihin vaiheisiin (

p

= 0,022), mutta ei ollut merkitsevää eroa muissa vaiheissa GSE14333. Vuonna GSE17538, TAZ-AXL-CTGF ilmaisua ei merkitsevää eroa AJCC vaiheita tai kasvain laadut. Kun potilaat olivat ositettu niiden vaiheessa huomasimme, että TAZ-AXL-CTGF ilmentyminen oli vielä merkittävästi korreloi huonon selviytymisen potilailla, joilla on korkeampi vaiheessa kasvaimia. Vuonna GSE14333, yhä useammat geenien yli-ilmennetään keskuudessa TAZ, AXL ja CTGF korreloi merkitsevästi lyhyempi elinaika (HR = 1,414, 95% CI = 1,031-1,938,

p

= 0,032) potilailla, joilla on vaiheen C kasvaimia . Samanlaisia ​​tuloksia saatiin GSE17538, jossa, TAZ-AXL-CTGF ilmentyminen oli yhteydessä heikompaan selviytymisen potilailla, joilla on kasvaimia korkeampiluokkaisiin ja korkeampi vaiheessa.