Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Mahalaukun syöpä on yleisin syöpä. Löytämässä uusia geneettisiä biomarkkereiden voisi auttaa tunnistamaan korkean riskin henkilöitä. Kopioluvun vaihtelu (CNV) on äskettäin osoitettu vaikuttavan riskiä useita syöpiä. Tavoitteena tässä tutkimuksessa haettiin testata yhdistyksen välillä kopiomäärä on muunnelma alue ja GC.

Methods

yhteensä 110 mahalaukun syöpäpotilaiden ja 325 tervettä vapaaehtoista osallistuivat tähän tutkimus. Me etsittiin CNV ja löysi CNV (Variation 7468), joka sisältää osa

APC

geeni,

SRP19

geenin ja

REEP5

geeni. Valitsimme neljä antureista kohdistuksen

APC-intron8

,

APC-exon9

,

SRP19

ja

REEP5

kuulustella tämän CNV. Erityiset Taqman leimata eri toimittaja fluoroforeilla käytettiin reaaliaikaisessa PCR alustan saamiseksi kopiomäärä. Sekä alkuperäinen ei-kokonaisluku tiedot ja muuttaneet kokonaisluku tiedot kopioluku käytettiin analyyseihin.

Tulokset

Mahalaukun caner potilailla oli merkitsevästi vähemmän kuin kokonaisluvun kopioluku kuin ohjauslaitteet

APC-exon9

koetin (Mukautettu p = 0,026) ja

SRP19

koetin (Mukautettu p = 0,002). Analyysi kokonaisluvun kopioluvun tuotti samansuuntainen joskin vähäisempi (Mukautettu p = 0,07

APC-exon9

koetin ja Oikaistu p = 0,02

SRP19

koetin).

Johtopäätökset

tappioita CNV on 5q22, erityisesti DNA-alue ympäröivä

APC-eksoni 9

, saattaa liittyä suurempi riski mahasyöpä.

Citation : Tsai PC, Huang SW, Tsai HL, Ma CJ, Hou MF, Yang IP, et al. (2014) Association välinen DNA Kopioi numero Aberrations kromosomissa 5q22 ja mahasyövässä. PLoS ONE 9 (9): e106624. doi: 10,1371 /journal.pone.0106624

Editor: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, Yhdysvallat

vastaanotettu: 29 huhtikuu 2014; Hyväksytty: 30 heinäkuu 2014; Julkaistu: 11 syyskuu 2014

Copyright: © 2014 Tsai et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Tällä kirjoittajat vahvistavat, että kaikki tiedot taustalla olevat havainnot ovat täysin saatavilla rajoituksetta. Kaikki asiaankuuluvat tiedot ovat paperi- ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoitus: Tätä työtä tukivat avustusta Kaohsiung Medical University Hospital (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), Excellence for Cancer tutkimuskeskus Grant läpi rahoitusta Department of Health, Executive Yuan, Taiwan, Kiinan tasavalta (MOHW103-TD-B-111-05), ja National Science neuvosto Kiinan tasavallan (NSC 99-2320-B- 037-014-MY3, NSC 94-2314B037-104). Perustajat ollut roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Mahasyöpää (GC) on neljänneksi yleisin syöpä ja kolmanneksi yleisin syy syöpäkuolemista maailmanlaajuisesti miehillä; viidenneksi yleisin syöpä ja viides johtava syöpäkuolemien syy naisten [1]. Mukaan International Agency for Research Cancer (IARC), Japani, Kiina ja Korea on suurempi ilmaantuvuus GC [2]. Taiwanissa, GC oli kuudes merkittävä syy syöpään liittyvät kuolemat vuonna 2010 (https://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm; näytetty kesäkuussa 2011). Mahalaukun syöpä on erittäin monimutkainen ja osoittaa heterogeenisyys kliinisissä, biologisten ja geneettisten näkökohdat. Tunnetut vaikuttavien ympäristötekijöiden GC sisältävät

Helicobacter pylori (H. pylori) B-infektio, ruokailutottumukset, tupakointi, suvussa, ja sukupuoli (korkeampi uros-naaras suhde) [3]. Koska suvussa on merkittävä riskitekijä GC, viimeaikaiset tutkimukset ovat keskittyneet geneettiset tekijät osansa GC. Useat tutkijat ovat dokumentoineet geneettisiä muutoksia, jotka ovat mukana kehittämässä GC [4].

Mahasyöpää usein esiintyy myöhään potilaan kliinisen tilan ja se diagnosoidaan yleensä pitkälle edennyt ja kuljettaa huono ennuste. Varhainen havaitseminen GC on ratkaisevan tärkeää parantaa terapeuttista tehoa ja vähentää kuolleisuutta, siis kartoittamalla sellaiset geneettiset biomarkkereita voisi auttaa varhaiseen toteamiseen GC. Suuri määrä assosiaatioita rakenteellisten genomista muutoksia ja sairauksia herkkyys on unraveled [5], [6]. Useita erityisiä geneettisiä muutoksia myös päällekkäisyyttä ja mutaatio on epäilty tai osoitettu liittyvän GC etenemisen [7]. DNA kopioluvun vaihtelut (CNVs) ovat yleisiä useissa syöpien ja muiden sairauksien päätepisteet. Vaihtelut DNA kopiomäärä saattaa olla osoitus suuri riski GC yksilöissä. Käyttämällä vertaileva genominen hybridisaatio (CGH) /array-CGH (aCGH) analyysi, useat genomialuetta on löydetty GC soluissa tai GC potilaita saamaan voittoja DNA alueet mukaan lukien 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12, sekä 20q11-13 ja häviöt DNA-alueita kuten 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13, ja 18q22 [8] – [13]. Nämä tulokset osoittavat, että kuviot kromosomi epävakaus saattaa korreloida klinikalla-patologinen ominaisuudet GC.

Aikaisemmat tutkimukset ovat dokumentoitu poikkeavuuksia adenomatoottisen polypoosin coli (

APC

) geeni kromosomissa 5q22 kohteeseen tulos familiaalinen adenomatoottisen polypoosin (FAP), perinnöllinen ei-polyposis paksusuolen syöpää ja muita syöpiä [14] – [16]. Yleisimpiä tappiot kopioluvun klo 5q22 GC potilailla ero rotuun on koottu taulukkoon S1 File S1 [8] – [10], [12], [13], [17] – [22]. Tutkimuksesta osoitti, että 15,4% Japanin [10], 35% Korean [21], ja 21% Turk [20] GC potilaista oli geenimutaatioita klo 5q14-22. Menetykset kopioluvun kromosomissa 5q22 on todettu merkittävästi liittynyt histologisia type [13], [18], [19], imusolmuke tila [12] ja etäpesäkkeiden [12] GC potilailla. Sen lisäksi, että suhde mahasyövän, 5q menetys oli myös usein mukana esiasteen [17], [22]. Nämä tutkimukset ovat osoittaneet, että

APC

geeni voi olla merkittävä rooli GC. Siksi tässä tutkimuksessa testasimme yhdistys kopioluvun klo 5q22 GC taiwanilaisyrityksen väestöstä.

Methods

Tutkimuskanta

Kaikkiaan 110 GC potilaiden ja 325 tervettä verrokkia otettiin vuodesta Kaohsiung Medical University Hospital Taiwanissa. Kaikki potilaat olivat joko taiwanilaisten tai mannerkiinalaisten. Läsnäolo GC myös patologisesti vahvistettu. Histologinen arvosana luokiteltiin kriteerien mukaan Lauren [23]. Kasvain lavastus oli mukaisesti Amerikan sekakomitean Cancer (AJCC) pysähdyspaikan järjestelmä [24]. Potilaat, joilla on muita maligniteetteja suljettiin pois tutkimuksesta. Ohjaus henkilöä olivat terveitä vapaaehtoisia, jotka osallistuivat säännöllisesti terveystarkastukset samaan sairaalaan. Mikään valvonnan oli henkilökohtainen historia syöpä tai muu todettu merkittävää mahalaukun sairaudet aikaan ilmoittautuminen. Tutkimuksessa protokollia ja menetelmiä hyväksyi Institutional Review Board of Kaohsiung Medical University Hospital. Kaikki osallistujat toimitti kirjallisen tietoon perustuvan suostumuksen ennen aloittamista tutkimuksen.

Valitse ehdokas CNV GC liittyvien

ehdokas CNVs kattaa

APC

geeni kromosomissa 5q22 haettiin julkisesta tietokannasta (tietokanta genomista variantteja, PO V, https://projects.tcag.ca/variation). Vasta marraskuussa 2010 tietokanta lueteltu fyysinen asentoja 66741 CNVs sijaitsevat 15963 yhteistä CNV alueilla. Niiden joukossa oli CNV (Variation 7468) klo 5q22 span 127,5 kb (kromosomi sijainti: 112138707 ja 112266194, joka perustuu NCBI rakentaa 36 /hg18 versio), joka kattaa osan

APC

geeni ja

SRP19

geenin eteenpäin DNA-juosteen ja

REEP5

geenin käännetyn DNA-juosteen. Perustuen array CGH tietoja 50 tervettä French men, taajuus voitto ja tappio kopioiden tällä alueella olivat 2% ja 2%: lla [25]. Kirjallisuus osoittaa kuusi mutaatioita vaihtoehtoisesti-saumattu alue eksoni 9

APC

geenin liittyvän FAP [26] ja paksusuolen syöpä [27], mutta mitään ei ole raportoitu suhteessa GC.

Valitsimme kaksi vierekkäistä antureista kyselevän intron8 ja exon9 että

APC

geeniä, vastaavasti, yksi koetin varten

SRP19

geeni, ja yksi koetin varten

REEP5

geenin havaitsemiseksi kopioluvun tämän CNV taas

RPPH1

käytettiin viite-geenin. Nämä koettimet ovat kaupallisesti saatavissa TaqMan (Applied Biosystems Inc. (ABI), CA, USA) ja niiden yksityiskohtaiset tiedot genomit (rakentaa 36 /hg18) on esitetty taulukossa S2 File S1 ja kuvio S1 File S1.

Genomisen DNA: n valmistus ja reaaliaikainen PCR-kopio tunnistus

DNA eristäminen suoritettiin käyttäen kaupallisesti saatavilla DNA eristys sarjat (QIAamp DNA mini kit, Qiagen, Hampuri, Saksa). RNaasi A: ta (Qiagen) käytettiin sulattaa yhden RNA: n eristämiseksi RNA-vapaan DNA: ta. Genomi-DNA uutettiin periferaalisen veren leukosyyteistä. DNA kvantifioitiin ensimmäinen UV-absorptiolla (Beckman DU 640 Spektrofotometri, Beckman Coulter, Brea, CA, USA) ja sitten monistetaan Real-Time PCR. DNA pitoisuudet säädettiin 10 ng /ul ennen genotyypitys. Real-Time PCR suoritettiin käyttäen Taqman ABI 7900HT Real-Time PCR väline (ABI). Kaupallisesti saatavissa FAM väriaine-leimatut koettimet suunniteltiin monistamaan

APC

,

SRP19

ja

REEP5

. VIC väriaine-leimatun

ribonukleaasi P RNA komponentti H1 (RPPH1) B käytettiin endogeenisen ohjaus, koska

RPPH1

on täsmälleen kaksi kopiota diploidinen ihmisen genomia, joka sijaitsee kromosomissa 14q11.2 [ ,,,0],28]. Alukkeiden ja koettimien suunniteltiin genomisesta sekvenssistä (rakentaa 36 /hg18) käyttämällä ABI omaa ohjelmistoa. Taqman kopioluku määritys sisälsi 1 ui

APC, SRP19 tai REEP5

koetin (20x, FAM leimattu), 1 ui

RPPH1

koetinseosta (20x, VIC leimattu), 10 ui TaqMan Universal PCR Master Mix (2 x), 1,5 ui genomista DNA: ta ja 6,5 ​​ui vettä. Monistamiseen käytetty protokolla reaktio on 95 ° C: ssa 10 min, mitä seurasi 95 ° C 15 sekuntia ja 60 ° C: ssa 1 min 40 sykliä. Manuaalinen kynnys syklin kynnys (Ct) 0,2 ja automaattinen perustason käytettiin havaitsemaan mallin määrä kohdegeenien ja

RPPH1

geenin sekvenssin havaitsemisen laiteohjelmiston (ABI, versio 2.4). Kunkin näytteen neljä antureista (

APC-intron8, APC-exon9, SRP19,

ja

REEP5

) tehtiin sekä sisäinen kontrolli. Tavoitteena antureista ja sisäistä valvontaa ladattiin samaan hyvin ja kukin reaktio suoritettiin neljänä rinnakkaisena. CopyCaller ohjelmisto (ABI, versio 1.0) käytettiin laskettaessa kokonaisluvun kopioluvun kunkin koettimen, joka perustuu reaaliaikainen PCR-datan. Laskimme keskiarvo ja keskihajonta (SD) on nelinkertaisesti of ACt kuhunkin aiheeseen. Kontrolloida tietojen laadun, tietojen suodatettiin käyttäen kolmea vaihetta. Vain henkilöillä, jotka läpäissyt kaikki kolme vaihetta tietojen laadunvalvonnan käytettiin myöhemmissä analyyseissä.

Kopioi numero laadunvalvonta

laadunvalvonta datan, kopioluku kunkin koettimen oikeilta -aika PCR suodatettiin kolme vaihetta. Ensimmäisessä vaiheessa, tiedot yksittäisistä reaaliaikainen PCR-ajojen tutkittiin. Seuraavat perusteet haettiin ilman analysointia varten: 1) VIC Ct 32, mahdollisesti vian vuoksi täydentää sisäistä

RPPH1

signaali, 2) mitä tahansa anturin ACt 4,0 tai 3) FAM Ct 40 . Tiedot, jotka tapasi kaksi jälkimmäistä kriteerit ehdotti epäonnistumisen monistamisen kohde antureista, ja siksi tietoja pitää luotettavina. Kun ensimmäinen vaihe, laskimme keskiarvo ACt kunkin tutkimuksen kohteena.

Toinen vaihe oli sulkea harha keskimääräisen ACt käyttäen ± 3 SDS kuin cutoffs. Sen jälkeen, kun ensimmäinen ja toinen vaiheet, kopioluku kukin koetin kunkin laskettiin kaavalla 2

-ΔΔCt x 2. Näin ollen, kopio lukumäärä ei voi olla kokonaisluku. Koska kopioluvun on teoreettisesti kokonaisluku, olemme edelleen seuraa ohjeita CopyCaller ohjelmiston arvioida kokonaisluku kunkin kopioluvun automaattisen suurimman todennäköisyyden analyysimenetelmä, joka perustuu todennäköisyystiheysfunktion jakautuminen kaikissa näytteissä.

Lopuksi mukaan jakeluun kokonaisluvun kopioluvun, standardoitu z pisteet ja luottamuksen arvo laskettiin. Korkeampi absoluuttinen arvo standardoidun z pisteet ja alemman luottamus arvo hiljaista suurempi vaihtelu. Ehdottivat käyttäjän suuntaviivojen CopyCaller ohjelmisto (ABI, versio 1.0), kolmas vaihe tietojen laadunvalvonta on sulkea pois kaikki näytteet, tapasi molemmat seuraavat kriteerit: 1) itseisarvo tulee z 2,65 ja 2) luotettavuusarvo 0,9. Vain osallistujat, jotka läpäissyt kaikki kolme vaihetta tietojen laadunvalvonnan käytettiin myöhemmissä analyyseissä.

Tilastollinen analyysi

Koska vain muutama osallistujista oli kopiomäärä on suurempi kuin 3 tai alle, kopioluvun luokiteltiin kolmeen ryhmään (≤1, = 2, tai ≥3). Testaamiseksi yhdistyksen välillä luokka kappale numero kunkin anturin ja tautistatuksen, käytimme logistinen regressio oikaistuna iän ja sukupuolen. Kertoimet suhde (syrjäisimmillä alueilla) ja niiden 95% luottamusväli (CI) laskettiin. Olemme myös laskettu viskositeettiluku määrä kopioluvun luokan kaikkien neljän antureista. Cochran-Armitage suuntaus testiä käytettiin löytää lineaarinen suhde kopion kohdennettujen antureista ja GC riski. Studentin t ja Mann-Whitney U (jos ei normaalisti jakautunut) käytettiin vertaamaan kopioluvun kunkin koettimen välinen GC potilaiden ja terveiden verrokkien. Kahden pyrstö p-arvo 0,05 katsottiin tilastollisesti merkitsevä. Tilastolliset analyysit tehtiin JMP-ohjelmiston versio 9.0 (SAS Institute Inc., NC, USA).

Tulokset

Tutkittavat

Kaikki 110 GC potilaita ja 325 verrokeilla oli kopioluvun tietoa ainakin yksi neljästä koettimien 5q22. Jakauma kopioluvun arvot kullekin anturi on esitetty kuvassa 1. GC potilaat olivat huomattavasti vanhempia kuin terveillä verrokeilla (ikä; keskiarvo ± SD: GC potilaat = 66,5 ± 13,8, Controls = 62,5 ± 9,7; p = 0,001). Miesten osuus oli suurempi osa (61,8%) GC potilaista, mutta se koostui vain 46,4% ja terveillä verrokeilla (p = 0,005). Niistä GC potilaista, 55 oli

H. pylori

infektio, 28 ei tarttunut

H. pylori,

ja 27 ei ollut tällaisia ​​tietoja. 37 GC potilaista histologinen Laurenin luokittelu (19 hajanainen, 16 suoliston, ja 2 sekoitettu alatyypit); 34 oli eriyttäminen asteen (3 hyvin eriytetty, 9 kohtalaisen eriytetty ja 22 huonosti eriytetty); 45 oli AJCC kasvain vaiheessa (12 vaiheessa I, 7 vaihe II, 13 vaiheen III, ja 13 vaihe IV).

.

APC_intron8

; B.

APC_exon9

; C.

SRP19

; D:

REEP5

. * Viiva edustaa mediaani ei-kokonaisluvun kappalemäärinä GC ryhmiin ja terve ryhmät,

† Adj_p: oikaisu ikä ja sukupuoli.

Association välillä CNV ja mahasyövän

Kuten odotettua, useimmat tutkimukseen osallistuneet oli 2 kopiota lähellä CNV segmentti: vaihtelee 78,2-92,6% joukossa 4 koettimet kontrolleissa ja 87,3-93,6% GC potilailla. Yhtäpitävän korko kopiomäärä poikki 4 koettimet vaihteli 80,5-93,1% (taulukko S3 File S1). Tämä kopiomäärä oli usein vaihteleva suuremmassa alueella tunnettua toiminnallista

APC

ja

SRP19

. Siksi vaihtelut saattavat selittää matkan pituuden ja toiminnallisia muunnelmia (taulukko S3 File S1). Jotta anturi

APC-exon9

, 9,1% GC potilaiden kuului kopioida numeroluokka 3, kun taas 17,5% kontrollit olivat luokan 3 (OR = 0,48, 95% CI: 0,22-0,93; Raaka p = 0,04, ikä /sukupuoli-oikaistu p = 0,07, taulukko 1). Vastaavasti vähemmän GC potilasta oli luokan 3 verrattuna verrokkeihin kolmen muun antureista, mutta erot eivät olleet merkittäviä (taulukko 1). Lisäksi annoksesta riippuvainen suhde havaittiin GC ja kopioluvun koettimen

APC-exon9

(taulukko 1). Tämä merkitsee sitä, että valvonta yleensä on suurempi osuus voitto kopio numeroita kuin tapaukset suuntaus p-arvo 0,026 (ikä /sukupuoli säätää p = 0,067 varten suuntaus testi).

Koska kopioluku arvioitiin reaaliaikaisen PCR data, alkuperäinen kopioluku ei ollut kokonaisluku eikä normaalisti jakautunut. Siksi me myös testata nonparametric assosiaatiota ei ole kokonaisluku tiedot kopiomäärä ja tautitilanne. Medians ja kvartiiliväliä (IQRs) kopion määrä kunkin koettimen (

APC-intron8, APC-exon9, SRP19,

ja

REEP5

) verrattiin välillä GC potilaiden ja terveiden verrokkien ( Pöytä 1). Samanlaisia ​​tuloksia kokonaisluvusta kopiomäärä, GC potilailla oli merkittävästi pienempi kopiomäärä verrattuna säätimet

APC-exon9

(raakaa p t testi = 0,006, raa’at p Mann-Whitney U testi = 0,013, sukupuoli /ikävakioitu p = 0,026) ja

SRP19

(raakaa p t testi = 0,0004, raa’at p U-testi = 0,017, sukupuoli /ikävakioitu p = 0,002) koettimia (Kuva 1B ja kuviossa 1C). Ei ollut mitään merkittävää eroa kahden muun CNV koettimia (

APC-intron8

ja

REEP5

) (kuvio 1A ja kuvio 1 D). Edelleen analyysi korrelaatioita kopiomäärä ja GC kliinisiä patologisia luokituksia, tulokset osoittivat, että merkittävää kopiomäärä eroa eksoni-9

APC

geeni riippumatta histologiset, erilaistumisen laadut tai TNM, jotka saattavat johtua pieni näyte koot (taulukko 2).

keskustelu

Tässä tutkimuksessa käytettiin 4 antureista tutkia yhdistyksen välillä kopiomäärä vaihtelu kromosomissa 5q22 ja GC. Tämä alue kattaa kolme geeniä: 3 ’päähän

APC

geenin koko

SRP19

geenin, ja 3′

REEP5

geenin. Jotta anturi

APC-exon9

, ohjaus oli korkeamman kopioluvun arvoja kuin GC potilaat kaikissa kolmessa analyysejä (so kopioi numeroluokka, trendi testi, ja ei-kokonaisluku kopioluku). Koetin on

SRP19

oli myös merkitsevästi suurempi kopiomäärä (perustuu kopiomäärä luokka ja ei-kokonaisluku analyysit) kontrollien kuin GC potilailla. Sillä

APC-intron8

ja

REEP5

antureista, kopioluvun arvot eivät olleet merkittävästi erilaiset välillä GC potilaiden ja kontrolliryhmään tahansa kolmesta analyysejä. Tulokset Tämän tutkimuksen mukaan pienempi kopiomäärä alueella tämän CNV voi liittyä suurempi riski mahasyöpä.

APC

geenin sisältävä 15 eksonien sijaitsee kromosomissa 5q21-22. Useimmat mutaatiot

APC

geenin havaittiin eksonissa 15 FAP potilailla [26] ja GC potilaille [29]. Kuusi mutaatiot vaihtoehtoisesti-saumattu alue eksoni 9 on dokumentoitu liittyvän FAP [26] ja paksusuolen syöpä [27], mutta nämä mutaatiot eivät ole raportoitu liittyvän GC. Tämä tutkimus on ensimmäinen ilmoittaa assosiaatiota kopiomäärä osoitteessa

APC-exon9

ja GC. Mahdollinen Wnt /β kateniinin /Tcf signaalitransduktioreittiin liittyy APC on raportoitu GC [30]. Yksi päätehtävä APC sen ajatellaan säätelevän vapaa β kateniinin ja niin menetys APC toiminta saattaa aiheuttaa epävakautta β kateniinin monimutkainen ja solujen kertymistä β kateniinin. Kun translokaatio tumaan, β kateniinin toimii aktivaattorina T-solujen tekijä-riippuvaista transkriptiota, mikä johtaa lisääntyneeseen ekspressioon useita erityisiä kohde- geenejä, jotka voivat olla mukana esiintyminen mahavaurioita vaihtelevat krooninen gastriitti, mahalaukun surkastuminen, suoliston metaplasia , dysplasia vihdoin mahalaukun adenokarsinooman [31].

CGH alusta on käytetty laajasti syövän tutkimuksiin, ja koettimet tämän foorumin usein kattavat DNA-alue on yli 1 kb DNA-alueen. Siksi CGH lähestymistapa on rajoitettu paikantamisessa CNV segmentteihin, kun muutokset ovat alle 1 kb. Tässä tutkimuksessa käytimme erityisiä Taqman leimata eri toimittaja fluoroforeilla (VIC ja FAM) yhtenä reaktion. Tämä lähestymistapa pystyimme havaitsemaan hienovaraisempaa DNA muutosta. PCR-monistaminen kutakin testattua anturi perustuu ABI TaqMan on arvioitu olevan lähes 100% tehokas [32]. Viime aikoina tätä menetelmää on käytetty laajasti muiden sairauksien, kuten ikään liittyvä makularappeuma ja allergisen astman [33], [34]. Ennen kopiomäärä genotyypityksen, meidän genomista DNA pitoisuudet tiukasti määrällisesti ja ohjata kahta itsenäistä menetelmistä: UV-absorbanssi (järkevä suhde välillä OD 260/280: 1,8 ± 0,2) ja PCR-monistus

RPPH1

(järkevä Ct alue VIC: 25-27). Monistaminen

RPPH1

suoritettiin samalla sekä anturi suojaamaan keinotekoista vaihtelut (kuten erot DNA lastaus- tai virheellinen tunnistus null genotyyppi). Siksi meidän menetelmää voidaan pitää luotettavina kvantitatiivista karakterisointia katkonainen CNV. Edellisen perusteella CGH kokeita, tutkimusten mukaan 2% menetys kappaletta ja 2% vahvistuksen kopioita 5q22 terveillä French men [25]. Käytimme Taqman, joilla on suurempi tarkkuus tunnistaa pienemmän alueen kopioluvun vaihtelua, ja totesi, että prosenttiosuus menetyksen kappaleena 4 koettimet vaihteli 0-2,7% terveillä Taiwanin. Kuitenkin suurempi osuus voitto kopioita vaihtelee 2,7% (

REEP5

) 14,1% (

APC-exon9

), havaittiin terveillä miehillä. Samanlainen tietojen miesten osallistujille, taajuus voitto kopioita

APC-exon9

oli myös suuri naisten osallistujille (20,2% voiton kappaletta). Kuitenkin toinen tutkimus tutkii Japani väestö myös raportoitu suurempi osuus (20,6%) ja voitto kopioluvun at 5q missä tutkitaan CNV sijaitsee [9].

Kuten odotettua, useimmat osanottajat oli 2 kopiota CNV segmentti yksi neljästä koettimet kaikissa aineissa. Vain 80% yhtäpitävät korko ei havaittu kopioluvut mitattuna

APC-exon9

anturin ja

SRP19

koetin (taulukko S3 File S1). Tämä on itse asiassa pienin konkordanssin osuus kaikista pareittain hinnat välillä antureista, kuitenkin molemmat koettimet merkitsevästi yhteydessä GC. On mahdollista, että vaihtelu 7468 ei ole yhtenäinen CNV, mutta sitä pidetään niin, koska se tunnistettiin käyttäen array CGH, tekniikka, jolla on pienempi resoluutio kuin saatavilla tänään (eli se voi koostua useista lyhyempiä alueiden vaihtelevalla kopio numerot) . Siksi muuttuva raja geenin saattaa kaventua alkaen

APC-exon9 ja SRP19

. Mitä tulee eteen

APC-exon9

osalta onko muita vaihtelevat alueet liittyvät GC olemassaoloa on tutkia edelleen. Tässä tutkimuksessa ei ollut merkittäviä eroja Kopiomääränä välillä GC potilaiden ja valvonnan

APC-intron8

ja jopa

APC-intron7

(tuloksia ei ole esitetty).

samoin kuin useimpien tutkimustyö, Tutkimuksemme oli rajoituksia. Otoskoko Tässä tutkimuksessa käytetty ei ehkä ollut riittävä havaitsemaan CNV pienellä vaikutus. Lisäksi meillä on rajoitetusti tietoa klinikan patologinen ominaisuudet (esimerkiksi

H. Pylori

infektio, histologinen, erilaistumista laatu ja kasvaimen vaiheessa vaikeuttaa testaus vuorovaikutusta CNV ja näiden parametrien. Enemmän tutkittaville tarvitaan vahvistaa tämän seurauksena tulevaisuudessa. Johtopäätöksenä tappioita CNV klo 5q22 (Variation 7468), erityisesti DNA-alue ympäröivän APC-eksoni 9, saattaa liittyä suurempi riski mahasyöpä. tappio tämän CNV voivat toimia uusi biomarkkereiden tunnistamiseen korkean riskin yksilöitä. kuitenkin suuri yhdistys-tutkimus on perusteltua vahvistaa hyödyllisyyttä biomarkkereiden ja yksityiskohtaiset mekanismi on vielä selvittämättä.

tukeminen Information

Tiedosto S1.

Yhdistetty tukeminen Tietopaketti. taulukko S1 File S1. Geneettinen poikkeavuus kromosomissa 5q22 GC tutkimuksissa. Taulukko S2 File S1. Tiedot neljästä antureista kromosomissa 5q22 ja sisäinen anturi kromosomissa 14q11. Taulukko S3 File S1. konkordanssi kopioluvun jokaisen vierekkäisen koettimen (110 GC potilasta ja 325 tervettä verrokkia). Kuva S1 File S1. Sijainnit neljän koettimien CNV sisältävät

APC /SRP19 /REEP5

geenejä.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0106624.s001

(DOCX)