Krooninen sairaus

tiivistelmä

proproteiinia-kon- (PC) on proteiini perhe, johon kuuluu yhdeksän erittäin spesifinen subtilisiinin kaltaisina seriini endopeptidaasit vuonna nisäkkäitä. Järjestelmä tietokoneita on mukana syövän synnyn ja tasot PC mRNA: iden muuttaa syövän, mikä viittaa ilmentymistilanne tietokoneita mahdollisena markkeri syövän kirjoittamista ja ennustetta. Tavoitteena Tämän työn tavoitteena oli arvioida tiedon arvo ilmentymisen profiloinnin PC geenejä. Kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktio käytettiin ensimmäistä kertaa analysoida mRNA-tasojen kaikkien PC geenien sekä matriksimetalloproteinaasin geenit

MMP2

ja

MMP14

, jotka ovat substraatteja PC, 30 pareittain näytteiden ihmisen keuhkosyövän kasvain ja viereisten kudosten ilman patologian. Merkittävät muutokset ilmaus PC on paljastunut tuumorikudoksissa: lisääntynyt

furiinin

mRNA tasolla (p 0,00005) ja väheni mRNA tasot

PCSK2

(p 0,007),

PCSK5

(p 0,0002),

PCSK7

(p 0,002),

PCSK9

(p 0,00008), ja

MBTPS1

(p 0,00004) kuin sekä taipumus kasvaa tasolle

PCSK1

mRNA. Neljä erillistä ryhmää näytteitä on todettu klusterianalyysillä ilmaisun malleja PC geenien kasvain vs. normaalia kudosta. Kolme näistä ryhmistä, jotka kattavat 80% näytteistä on vahva korkeus ilmaus yhden geenin syöpä:

furiinin

,

PCSK1

tai

PCSK6

. Täten muutokset ilmentymistä PC geenien on rajallinen määrä skenaarioita, jotka voivat heikentää erilaisia ​​reittejä kasvaimen kehitystä ja arvoituksellinen ominaisuuksia kasvaimia. Tämä havainto voidaan tarkastella mRNA: iden PC geenien mahdollisesti tärkeää kasvaimen merkkiaineita.

Citation: Demidyuk IV, Shubin AV, Gasanov EV, Kurinov AM, Demkin VV, Vinogradova TV, et ai. (2013) Muutokset Gene Expression of proproteiinia-kon- Human Lung Cancer on rajallinen määrä skenaariot. PLoS ONE 8 (2): e55752. doi: 10,1371 /journal.pone.0055752

Editor: Rossella Rota, Ospedale Pediatrico Bambino Gesu ”, Italia

vastaanotettu: 06 syyskuu 2012; Hyväksytty: 30 joulukuu 2012; Julkaistu: 07 helmikuu 2013

Copyright: © 2013 Demidyuk et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tuettiin osittain Program Venäjän tiedeakatemian Molecular and Cell Biology, Program Venäjän tiedeakatemian ”Fundamental Science for Medicine”, venäläinen perustutkimusrahaston (hanke nro. 12-04-00961 ja 12 -04-01438), liittovaltion ohjelma ”R samaan aikaan, ominaisuuksia tietokoneiden päällekkäin. Spesifisyys ja irtisanomisia havaitaan paitsi tasoilla substraattispesifisyys ja solusijaintipaikan mutta myös ajallisen /kudosten profiilit ja mahdollisesti sääntelyä mekanismeja geenien ilmentymisen. Tässä yhteydessä yksilöllisten fysiologisten ominaisuuksien ja luonnollisia kumppaneita entsyymien Tämän ryhmän ei ole helppo asia, jota voidaan asianmukaisesti ratkaista vain, jos tietokoneita pidetään integroitu järjestelmä.

Monet substraattien tietokoneet ovat liittyy pahanlaatuisia sairauksia. Esimerkiksi suora osallistuminen kasvaimen etenemisen ja etäpesäkkeiden on osoitettu insuliinin kaltainen kasvutekijä 1 (IGF-1) ja sen reseptori (IGF-1 R), transformoiva kasvutekijä β (TGF-β), verisuonen endoteelin kasvutekijä C (VEGF-C), ja matriisi (MMP) (katsaus [3]). Aktivoimalla avain syöpään liittyvien proteiinien, PC vaikuttaa soluproliferaatioon, liikkuvuuteen ja tarttuvuus sekä kasvaimen invaasio, jotka viittaavat siihen, tietokoneet lupaavina terapeuttisina kohteina [4].

Ensimmäinen tiedot yhdistyksen tietokoneiden syövän julkaistiin vuonna 1987 [5]. Sittemmin lukuisat tutkimukset analysoitiin ilmentymistä PC syövän ja korrelaatiot PC ekspressiotasot ja syövän ominaisuuksia käyttämällä erilaisia ​​kokeellisia lähestymistapoja [6] – [21]. Kaiken saadut tiedot osoittivat, muuttuneita tasoja PC mRNA syöpä. Korrelaatiot PC ekspressioprofiileja ja syövän aggressiivisuus [9], [12], [16], eloonjäämisaste [18], ja neuroendokrii- erilaistuminen syöpäsolujen [6], [7], [13] näytettiin. Näin voimme ehdottaa ilmaisun tilan PC-järjestelmän mahdollisena markkeri syövän kirjoittamista ja ennusteen.

Keuhkosyöpä on yleisin onkologian tauti, joka aiheuttaa 1,4 miljoonaa kuolemaa vuodessa [22]. Ei ole yllättävää, PC ekspressiotietojen ensin saatu tämän syöpätyypin [5] – [7]. Nämä samoin kuin uudemmissa julkaisuissa [8], [11] – [13] osoitti muuttunut ilmentyminen

furiinin

,

PCSK1

,

PCSK2

, ja

PCSK6

geenien keuhkosyöpä. (Tämän jälkeen geeni symboleja noudata suosituksia HUGO Gene nimikkeistökomitea, www.genenames.org. Vastaava yhteinen proteiini nimityksiä on esitetty taulukossa 1.) Korkea

furiinin

ekspressio havaittiin ei-pienisoluista keuhkosyöpää karsinoomat (NSCLCs) vs. pienisoluinen keuhkosyövän (SCLCs) [5], [8] ja korreloi aggressiivisuuden keuhkosyövän solulinjat [12].

PCSK1

ja

PCSK2

ilmentymistä pitkälti havaitaan syöpiä neuroendocrine ominaisuuksia, erityisesti, SCLC [6] – [8], [11], [13]. Samalla,

PCSK6

ilmaisua ei välttämättä havaita keuhkosyöpään, vaikka se on yleisempää NSCLC kuin SCLC [8]. Näin ollen vaste PC-järjestelmän vaihtelee keuhkosyöpä tyyppejä. Geenien ilmentyminen tutkimukset, joihin liittyy mikrosiruanalyysi (mukaan lukien koko-transcriptome niistä) osoittavat huomattavaa epäyhtenäisyyttä keuhkosyövän näytteiden [13], [23] – [26], ja paljasti eroja korreloinut potilaiden eloonjäämisaste [23], [24 ], [26]. Kaiken kaikkiaan tämä ehdottaa keuhkosyöpä kuin testijärjestelmä arvioida tiedon arvo perustuvan lähestymistavan ilmentymisen profilointia PC geenien.

Tässä yhteydessä esillä työtä ensimmäistä kertaa arvioidaan mRNA tasot kaikki PC geenit keuhkosyövän käyttäen käänteistranskriptio seuraa kvantitatiivinen reaaliaikainen polymeraasiketjureaktio (qPCR). Lisäksi olemme tutkineet geeniekspression kahden matriisin metalloproteinaasien (MMP2 ja MMP14), jotka ovat keskeisiä tekijöitä syövän eteneminen ja metastaasit [27] ja substraatteja tietokoneiden [28] – [30].

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

tutkimus hyväksyttiin Institutional Review Board of Blokhin Cancer Research Center (Moskova, Venäjä), ja kirjallinen suostumus saatiin kunkin potilaan mukana tutkimuksessa.

kerääminen kudosnäytteiden

näytteet syövän kasvain kudosten ja viereisten kudosten ilman histologista patologia (edelleen kutsutaan normaalia kudosta) otettiin 30 potilasta, joilla on diagnosoitu pienisoluinen keuhkosyöpä ja ei-pienisoluisen keuhkosyöpä (kasvain vaiheen I-III) leikkauksen aikana (kuvio 1, taulukko S1). Jokaisessa tapauksessa lokalisointia primaarikasvain solmu määritettiin. Jos kasvain peräisin pienimmistä keuhkoputkien reuna segmenteillä keuhko- ja ei ollut mitään yhteyttä keuhkoputkien onteloon, sen lokalisoinnin pidettiin oheislaitteiden. Jos kasvain on peräisin suuri keuhkoputken lokalisointiliiketoimintansa pidettiin keskustassa. Normaali kudos näytteet otettiin reunasta resektion (välinen etäisyys kasvaimen ja normaaleissa kudoksissa ei ollut alle 20 mm). Kaikki potilaat olivat lääkärin valvonnassa on Blokhin Cancer Research Center (Moskova, Venäjä) aikana toukokuusta 2004 marraskuussa 2005. Mikään näistä potilaista sai radio- tai kemiallisen hoidon hetki tutkimuksessa.

SCC , levyepiteelisyöpä keuhkosyöpä; ADC, adenokarsinooma; AdC /SCC, sekä AdC ja SCC solujen havaittiin kasvaimen kudoksessa; SCLC, pienisoluinen keuhkosyöpä; P, perifeerinen kasvain sijainti; C, Keski kasvaimen sijainnista; Y, kasvain keratinisaatio-; N, kasvain ilman keratinization; ’-’, ei dataa. Lämpö kartta esitetään log

2 mittakaavassa. Gray solut osoittavat yksilöt havaita mRNA sekä kasvaimen ja normaaleissa kudoksissa.

Kukin näyte jaettiin kahteen osaan. Ensimmäinen on pakastettiin välittömästi nestetyppeen mRNA eristämistä. Toinen osa käytettiin histologiseen tutkimukseen sen jälkeen, kun hematoksyliinillä ja eosiinilla värjäytyminen parafiinileikkeet. Kasvain kudosnäytteitä sisälsi yli 70% pahanlaatuisten solujen. Normaalissa kudosnäytteet, ei pahanlaatuisia soluja ei löytynyt. SCC näytteitä läsnäolo keratinazation määritettiin. Olemassaolo keratinization sallitaan viitata näytteen ryhmään hyvin erilaistunut syöpä.

RNA: n eristys ja puhdistus

Koko RNA eristettiin homogenoitu kasvain tai normaali kudoksista guanidiini-isotiosyanaatin hajoamiseen ja happo fenolia uuttamalla poistoa polysakkaridin lisäaineiden [31]. Lisäpuhdistus suoritettiin RNA saostamalla käyttämällä RNeasy Mini Kit (Qiagen, USA). Jatkokäsittelyä DNaasi I (Promega, USA) suoritettiin mukaisesti toimittajan suositusten. Saatu RNA-näytteet karakterisoitiin elektroforeettisesti 1% agaroosigeelillä. RNA-pitoisuus määritettiin spektrofotometrisesti.

Double cDNA synteesi

Oligonukleotidit AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCrGrGrG ja AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACT

30VN (V = C tai G tai A) (Syntol, Venäjä) käytettiin että käänteistranskriptioreaktio. Ensimmäisen juosteen cDNA-synteesi, 1 ug RNA: ta eristettiin inkuboitiin käänteiskopioijaentsyymin PowerScript (Clontech, USA), kuten on kuvattu julkaisussa Y. Zhu et al. [32]. Saatuun reaktioseokseen jota käytettiin toisen juosteen synteesi ja sen jälkeen PCR: llä käyttäen Advantage 2 DNA-polymeraasia (Clontech, USA) ja aluketta AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT seuraavissa olosuhteissa: 95 ° C 1,5 min; jopa 17 sykliä 95 ° C 20 s; 65 ° C: ssa 20 s; ja 72 ° C 3 min. Saadakseen yhtä paljon kaikkien vahvistus tuotteiden jaksojen määrä vaihteli (yleisesti, 15 sykliä).

Reaaliaikainen PCR

Reaaliaikainen PCR suoritettiin käyttäen alukkeita ja koettimia TaqMan Gene Expression Assays järjestelmän (Applied Biosystems, USA) (taulukko 1). TaqMan Pre-Kehitetty Assay Reagent GAPDH 20 × (Applied Biosystems, USA) käytettiin määrällisesti viittaus geeni, glyseraldehydi 3-fosfaattidehydrogenaasi (

GAPDH

). PCR suoritettiin käyttäen Chromo4 Dyad Disciple cycler (BioRad, USA) toimittajan suosituksia seuraava ohjelma: 50 ° C 2 min; 95 ° C: ssa 10 min; 45 sykliä 95 ° C 15 s ja 60 ° C: ssa 60 s; Reaktion tilavuus oli 20 ui. Jokainen näyte testattiin ainakin kahdesti kaksoiskappaleet. Kynnyssykli määriteltiin käyttäen Opticon Monitor 3 ohjelmisto (BioRad, USA).

Kokeelliset tietojenkäsittely

Kokeelliset tiedot on saatu geenit tutkitaan normalisoituivat

GAPDH

mRNA-tasot kaavalla:, ja tulokset olivat keskimäärin (taulukko S1). Arvot kasvain ja normaaleissa kudoksissa nimettiin Expr

T ja Laus

N, tässä järjestyksessä. Expr-

T Expr

N-suhde (suhde

T /N) ja 95%: n luottamusväli laskettiin kunkin geenin.

joitakin näytteitä, mRNA: t tiettyjen geenien ei havaittu kasvaimen tai normaaleissa kudoksissa yksi kahdesta toisistaan ​​riippumattomasta kokeesta. Näissä tapauksissa Expr ja suhde-arvot laskettiin datan toisen kokeen. Joissakin näytteissä, real-time PCR ei havaita mRNA: iden tiettyjen geenien in kasvain tai normaaleissa kudoksissa kummassakin kokeessa; Näissä tapauksissa C

T asetettiin sama 42 Ratio

T /N laskelmia. Jos mRNA: t olivat havaittavissa kasvaimen ja normaaleissa kudoksissa molemmissa kokeissa Ratio

T /N-arvot ei laskettu.

Tilastolliset analyysit

Wilcoxonin parittaista listalla-summa testillä arvioida merkitystä eroa mRNA-tasoja geenien kasvaimen ja normaaleissa kudoksissa. Kruskalin-Wallisin yksisuuntainen varianssianalyysi suoritettiin arvioimaan vaikutusta kasvaimen tyyppi, vaiheessa, ja TNM ominaisuuksien mRNA tasoilla tutkittu geenejä. Spearmanin korrelaatiokertoimet laskettiin arvioida suhdetta parien geeniekspressioprofiilit. Cluster analyysit geeniekspressiomalleja ja ekspressioprofiileja tehtiin Expr- ja suhde

T /N arvoja Wardin menetelmällä käyttäen Spearmanin korrelaatiokertoimet etäisyyden toimenpide. Kaikki edellä tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen Statistica 8.0 ohjelmisto (StatSoft, USA). Heat karttoja rakennettiin käyttäen Matrix2png ohjelmistotyökalu [33].

Tulokset ja keskustelu

Tässä työssä kvantitatiivinen PCR käytettiin ensimmäistä kertaa analysoida mRNA-tasojen kaikkien PC geenien (lueteltu Taulukko 1) sekä matriksin metalloproteinaasi-geenien

MMP2

ja

MMP14

30 pareittain näytteitä ihmisen keuhkosyövän kasvain ja viereisten normaaleissa kudoksissa (taulukko S1, kuvio 1). Expression of

MBTPS1

,

PCSK7

,

MMP2

, ja

MMP14

havaittiin kaikissa kasvain ja normaali kudosnäytteiden; ja

PCSK5

, lähes kaikissa näytteissä. Kääntäen,

PCSK4

mRNA havaittiin kaksi kasvain näytteissä vain. Ekspression profiileja muiden geenien oli monimutkaisempi.

PCSK9

transkripti havaittiin 29 normaalissa kudosnäytteistä mutta vain 18 kasvain itse.

PCSK6

ekspressiota havaittiin noin kaksi kolmasosaa normaalin ja kasvaimen kudokset; ja

PCSK2

, 15 ja 11, tässä järjestyksessä. Selvin erot normaalin ja kasvainkudoksen ilmaisun havaittiin

furiinin

ja

PCSK1

. Näytteet, joissa mRNA: t näistä geeneistä havaittiin oli kaksi kertaa useammin kasvain kuin normaaleissa kudoksissa, kun taas niiden ekspressio oli havaittavissa huomattavassa osa sekä kasvaimen (21/30 ja

PCSK1

ja 8/30 varten

furiinin

) ja normaaleissa näytteissä (26/30 ja 20/30, vastaavasti). Kaiken kaikkiaan nämä havainnot osoittavat merkittäviä eroja ilmaisua yksittäisten PC geenien ihmisen keuhkojen, toisaalta, ja suurta vaihtelua niiden ilmentyminen malleja (eli yhdistelmät ekspressiotasoja geenien) yksilöiden välillä, toisaalta.

saadut tiedot ovat yleensä hyvä kanssa julkaistut tulokset.

PCSK4

osoitettiin rajoittuu lähinnä kivesten ja munasarjojen itusolujen [34] – [36]. PCSK1 ja PCSK2, pääasiallinen aktivaattorit prohormones ja proneuropeptides sisällä säänneltyjen eritysreitin, ovat pitkälti havaitaan hermo ja endokriinisten solujen [37]. Kaikki muut geenit tutkittu (koodaavat sekä PC MMP) ovat yleisesti raportoidaan kaikkialle tai laajasti ilmaistuna. Sekä muut kirjoittajat, löysimme mRNA

MBTPS1

,

PCSK5

,

MMP2

, ja

MMP14

kaikissa tai lähes kaikkien näytteiden kasvain ja normaali keuhkojen kudoksia (esim [38], [39], aineistoja GDS1650, GDS1673 ja GDS2491 Gene Expression Omnibus tietokantaan www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/). Mikäli PCSK6, täysin yhdenmukainen muiden julkaistujen tietojen ([8], GDS1650, GDS1673, ja GDS2491), löysimme mRNA ei kaikissa, mutta suuri osa näytteistä analysoidaan. Tuloksemme koskevat

PCSK9

ovat myös kanssa julkaistut tiedot (GDS1673), vaikka nykyinen tietoa tämän geenin ilmentyminen keuhkoissa on niukkaa. Löysimme

furiinin

mRNA noin puolet kaikista näytteistä, mikä on yhtäpitävä saatuja tietoja sirutekniikalla (GDS1650, GDS1673, ja GDS2491), mutta ristiriidassa julkaistuihin tietoihin hankkimia Nothern blot analyysi [5] , [8]. Syy tähän ristiriita voidaan selittää piirteitä käytetyistä menetelmistä. Suurin epäjohdonmukaisuus koskee

PCSK7

. On olemassa muutamia tietoa sen ilmentymistä keuhkoissa. Esitetyt tiedot tähän mennessä saadaan sirutekniikalla ja eivät vastaa toisiaan. Löysimme

PCSK7

mRNA kaikissa näytteissä, Gruber työtovereiden löysimme sen 14 pois 40 ei-sairaiden keuhkonäytteissä ([40] ja GDS1673), ja Stearman kollegojen mielestä ei ole missään 20 kasvain ja 19 normaalin keuhkokudoksen kudosnäytteitä ([41] ja GDS1650). Se ei näytä olevan mahdollista selittää syitä on eroja, mutta se näyttää hyvin todennäköisesti johtuvan eroista kokeiluympäristöjä käytetty: qPCR ja eri sukupolvien Affymetrix pelimerkkejä.

Näin saadut ja julkaistut tiedot osoittavat suuri poikkeama PC geeniekspression yksilöiden välillä. Tämä ei anna syytä olettaa, että mRNA-tasot mikrotietokoneita kasvaimen tai normaali kudos voi yksin olla mitään ennusteen arvioinnissa tai voidaan käyttää syövän kirjoittamalla. Itse asiassa ei ole merkittäviä eroja ekspressiotasot geenien analysoitu tai niiden ilmaisua kuviot ovat paljastaneet ryhmille normaali tai syöpänäytteissä samanlaisia ​​kliinisiä piirteitä. Samoin klusterianalyysi ei voitu todeta ryhmiä näytteitä, joilla on samanlaiset geeniekspressiomalleja.

Samalla olemme havainneet, kohtalainen, mutta merkitsevä (p 0,05) pareittain väliset korrelaatiot ilmentymisen profiilien geenien tutkittu (taulukko 2). Huomaa, että sarjaa korreloi profiilien olennaisesti erilainen kasvainten ja normaaleissa kudoksissa. Olettaen, että paljasti korrelaatiot osoittavat koordinoitua geeniekspression säätelyssä, voidaan ehdottaa, että asetus ilmaisun tietokoneiden ja MMP muokataan keuhkosyöpään. On tärkeää huomata, tämä koskee suurin osa PC geenejä. Lisäksi korrelaatioita profiilien muutoksia ilmaisun kasvaimen vs. normaaleissa kudoksissa (ero ilmentymisen profiilit) voidaan katsoa johtuvan mekanismeista ilmaisu muuttuu yhteinen useita geenejä.

analyysi mRNA tasoilla tutkittu geenien osoittivat merkittäviä eroja kasvaimen ja normaaleissa kudoksissa: keskimääräisen tason

furiinin

mRNA lisääntyi (p 0,00005); mRNA tasot

PCSK2

(p 0,007),

PCSK5

(p 0,0002),

PCSK7

(p 0,002),

PCSK9

( p 0,00008), ja

MBTPS1

(p 0,00004) vähentynyt; kun taas

PCSK1

mRNA tasolla osoitti taipumusta lisätä (kuva 1). Siten ilmaisu seitsemän kahdeksasta PC geenien (paitsi

PCSK6

), jonka mRNA on havaittavissa keuhkoissa, osoitti yksisuuntainen muutoksia keuhkosyövän meidän näytteitä. Vaikka ilmaus tietokoneiden analysoitiin useissa julkaisuissa, tämä on alkuperäinen havainto, koska mRNA-tasot useimpien PC geenien kasvaimen vs. normaaleissa kudoksissa määrää ei ole aikaisemmin. Samaan aikaan korkea

furiinin

ilmaisun NSCLC [5], [8] ja muut syöpätyyppeihin [10], [16], [18] on raportoitu aikaisemmin.

rooli MMP syövän etenemisen säätelijöinä kasvaimen microenvironment parhaillaan saamassa paljon huomiota (tarkistetaan [42], [43]). Tässä tutkimuksessa analysoitiin ilmentymisen kahden MMP-geenien eri tyyppiä: erittyy MMP2 и kalvoon ankkuroitunut MMP14. Nämä proteaasit ovat tärkeimmät MMP osallisena syöpäsolujen invaasiota ja lisääntymistä, kasvaimen angiogeneesiä ja vaskulogeneesin soluadheesiota ja muuttoliike sekä immuunivalvonnalle. Kun tämä otetaan huomioon, ettei merkittäviä eroja

MMP2

ja

MMP14

ekspressiotasot kasvaimen ja viereisten kudosten ilman histologista patologian voi näyttää yllättävää. Kuitenkin tämä tulos on yhtäpitävä runsaasti todisteita korkeita niiden ilmaisun sekä syövän ja stroomasoluissa NSCLC [38], [39], [44] – [52]. Samaan aikaan, suora vertailu

MMP2

ja

MMP14

ilmentymistä syöpäkasvain vs. viereisten normaaleissa kudoksissa on raportoitu vain kaksi julkaisua, ja niiden päätelmät ovat ristiriidassa. Entinen samanlainen Tutkimuksessamme havaittiin merkittäviä eroja ei

MMP2

eikä

MMP14

[46]. Jälkimmäinen julkaisu osoitti kohonnut ilmaus

MMP14

syövän suhteessa normaaliin keuhkojen näytteitä [39]. Todennäköisesti tämä ristiriita johtuu eri mallin tyyppiä analysoidaan: okasolusyöpää (SCC) vallitsi entisessä tutkimuksessa [46] ja työmme, kun taas adenokarsinoomat (ADC) analysoitiin jälkimmäisessä raportissa [39].

Katsomme, näkyvin tulos saatiin vertaamalla kuvioita muutosten ilmentymistä PC geenien välillä kasvain ja normaaleissa kudoksissa. Klusterianalyysi jaettu tutkittu näytteitä neljään ryhmään (kuvio 2), joka ei korreloinut käytettävissä kliinisiä piirteitä kasvaimia. Kolme näistä ryhmistä (C1, C2, ja C3) kattaa 80% näytteistä. Jokainen ryhmä on melko yhtenäinen ja on yksi keskeinen geeni:

furiinin

C1,

PCSK1

C2, ja

PCSK6

C3. Yleensä avain geenin ilmentyminen on kohonnut syövän; vaikka se voi olla muuttumaton tai laski hieman taustaa vasten huomattavaa laskua mRNA tasoilla muihin tietokoneisiin (kuvio 1). Huomaamaton

PCSK6

ilmentymistä useimmissa näytteissä on ylimääräinen luonne C1, kun taas C3 varustelu havaita ilmaus

PCSK1

ja /tai

furiinin

yli puolet näytteistä. C4 on heterogeeninen. Näytteet Tämän ryhmän osuus vastaava ilmaisu muutokset

PCSK5

,

PCSK7

,

PCSK9

, ja

MBTPS1

sekä havaita mRNA

furiinin

ja

PCSK1

useimmissa tapauksissa. Täten muutokset ilmentymistä PC geenien keuhkosyöpä on rajallinen määrä skenaarioita, jotka voivat vastata aiemmin havaitsematta NSCLC tyyppejä.

Näytteet numerointi vastaa kuviota. 1. Ratio

T /N arvot lämpökartassa olivat rivi-normalisoitu ja esitetään lineaarista asteikkoa. Gray solut osoittavat yksilöt havaita mRNA sekä normaali syöpä kudoksiin. Branch pituus vastaa etäisyyttä dendrogrammi solmujen. Klusterit löytyi on merkitty C1, C2, C3 ja C4.

On kiintoisaa, että entsyymit koodattu avaimella geenit paljasti ryhmien kuuluvat eri tyyppisiä tietokoneita [53]. Furiinin, PCSK1, ja PCSK6 on erilaisia ​​C-terminaalisia pidennyksiä. Nämä tietokoneet ovat erilaisia ​​ekspressioprofiileja: PCSK1 on lokalisoitu hermo ja endokriinisten solujen, PCSK6 esiintyy laajalti, ja furiinin on kaikkialla. Lopuksi, niillä erilaisia ​​eritys kuvioita: PCSK1 seuraa säänneltyä eritysreitin, kun taas furiinin ja PCSK6 konstitutiivisesti erittyy. Tässä yhteydessä voidaan ehdottaa erilaisia ​​skenaarioita muutoksen ilmentymistä PC geenien aiheuttaa erilaisia ​​muutoksia alueella aktivoitujen substraattien.

Tiedot käytettävissä mennessä voi antaa vain vihjaa alkuperästä paljasti ryhmien . Esimerkiksi C2 aktiivinen

PCSK1

voi vastata NSCLCs merkkejä neuroendocrine eriyttämisen [54] – [65], mikä voi viitata alkuperä näistä kasvaimista. Muodostuminen C1 (

furiinin

) ja C3 (

PCSK6

) voidaan välittyy E2F1 transkriptiotekijä, jossa nimenomaan ylössäätelee

PCSK6

mutta ei

furiinin

tai

PCSK5

[66]. Näitä tietoja ei anneta luotettavaa selitystä mekanismeista tyypillisiä skenaarioita muutosten transkriptio tietokoneiden keuhkosyöpään. Silti ainakin kaksi täysin erilaista näkökohtia voidaan edistää. Toisaalta, havaitut vaikutukset voivat johtua eroista edeltävään pahanlaatuisiksi, esim genotyyppi erot yksilöiden tai solutyypissä erot yksittäisen. Toisaalta, se voi johtua muutoksista tuli esiin syövän muodostumisen, erityisesti paikallisten häiriöiden ilmaisemisessa yksittäisten PC geenien tai lajikkeiden globaalin dysregulaatio geenien ilmentymisen. Lisäksi havaitut tapahtumat voivat johtua vaikutuksesta useat tekijät samanaikaisesti.

Kaiken analyysi malleja muutosten ilmentymistä PC geenien yksilöt antoi meille mahdollisuuden paljastaa useita NSCLC tyyppejä ja osoittamaan että ilmaus muutokset on rajallinen määrä skenaarioita, jotka voivat heikentää erilaisia ​​reittejä kasvaimen kehitystä ja arvoituksellinen ominaisuuksia kasvaimia. Tämä havainto optio lisätutkimuksia, ja mahdollistaa harkitsemaan mRNA PC geenien mahdollisesti tärkeitä tuumorimerkkiaineiden.

tukeminen Information

Taulukko S1.

ominaisuudet yksilöiden ja geenien ilmentyminen tietoja.

doi: 10,1371 /journal.pone.0055752.s001

(XLS) B

Kiitokset

Myönnämme professori Evgeny D. Sverdlov varten korvaamaton panos raskaaksi tutkimuksen ja kriittisten käsittelyyn käsikirjoituksen.