Krooninen sairaus

tiivistelmä

Vaikka munasarjasyöpä on usein aluksi kemoterapia-herkkä, valtaosa kasvaimista lopulta relapsi ja potilaat kuolevat yhä aggressiivinen tauti. Syöpä kantasolut uskotaan olevan ominaisuuksia, joiden avulla ne hengissä hoitoa ja voi ajaa toistuva kasvaimen kasvua. Syöpä kantasolut tai syöpään aloittamista solut ovat harvinaisia ​​solupopulaation ja vaikea erottaa kokeellisesti. Geenit, jotka ilmaistaan ​​kantasoluja voidaan luonnehtia osajoukko vähemmän eriytetyn kasvaimia ja tukea prognostisten luokittelu munasarjasyöpään. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli genomisen ja luonnehdinta alatyypin munasarjasyöpään joka on kantasolujen kaltaisia ​​geenin ilmentymisen. Käyttäen ihmisen ja hiiren geeni allekirjoitukset alkion, aikuinen tai syövän kantasoluja, teimme valvomattoman bipartition luokan löytö ekspressioprofiileja 145 vakavasta munasarjakasvaimia tunnistaa varsi kaltainen ja eriytetympää alaryhmä. Alatyyppejä olivat toistettavissa ja olivat lisäksi siitä, neljä itsenäistä, heterogeeninen munasarjasyöpä aineistoja. Olemme tunnistaneet varsi kaltainen alatyypin ominaista 51-geenin allekirjoitus, joka on merkittävästi rikastettu kasvaimissa ominaisuuksiin tyypin II munasarjasyövän; korkealaatuista, vakavien kasvaimet, ja huono selviytyminen. Sitä vastoin eriytetty kasvaimet jakaa ominaisuuksia tyypin I, myös alempia laatu ja sekoitetaan histologisia alatyyppejä. Kantasolujen kaltaisia ​​allekirjoitus oli ennustetekijöiden sisällä korkean vaiheessa vakavien munasarjasyöpä, luokittelemalla pieni joukko korkean vaiheen kasvaimista parempi ennuste, että eriytetty alatyyppi. Monimuuttuja malleja oikaistu yhteiset kliiniset tekijät (kuten luokka, vaihe, ikä), alatyypin luokitus oli edelleen merkittävä ennustaja uusiutumisen. Prognostisia varsi kaltainen geeni allekirjoitus saadaan uutta tietoa ennustetekijöiden eroja munasarjasyöpä, tarjoaa perimän kontekstin määriteltäessä tyypin I /II alatyyppejä, ja mahdollisten geenikohteet jotka seuraavat lisävalidointia voivat olla arvokkaita kliinisessä hoidossa tai munasarjasyövän hoitoon.

Citation: Schwede M, Spentzos D, Bentink S Hofmann O, Haibe-Kains B, Harrington D, et al. (2013) Stem Cell-Like Gene Expression munasarjasyövässä ennustaa tyypin II alalaji ja ennuste. PLoS ONE 8 (3): e57799. doi: 10,1371 /journal.pone.0057799

Editor: Vincenzo Coppola, Ohio State University Kattava Cancer Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 17 elokuu 2012; Hyväksytty: 29 tammikuu 2013; Julkaistu: 11 maaliskuu 2013

Copyright: © 2013 Schwede et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Rahoitusta tämä työ tarjosi National Institutes of Health 1U19CA148065 (JQ, BHK), Dana-Farber Cancer Institute Naisten Syövät Program (myönnetään ACC, MS, ACC) ja Claudia Adams Barr Foundation (JQ ja ACC). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: SB on työntekijä eksosomi Diagnostics GmbH; JQ on eksosomi Diagnostics Scientific Advisory Board Member ja on minimaalinen optio yhtiössä. Tässä sen enempää kuin mikään muu tytäryhtiöistä muuttaa tekijöiden noudattaminen kaikki PLoS ONE politiikan tietojen jakamista ja materiaaleja.

Johdanto

munasarjasyöpä on viidenneksi yleisin syy syöpäkuolemista naisten keskuudessa ja on johtava kuolinsyy gynekologisista neoplastisen taudin [1]. Valtaosa alunperin reagoivat munasarjasyöpiä lopulta taudin uusiutumiseen [2], ja tämä voidaan selittää alaryhmästä kantasolujen kaltaisia ​​kemoterapia-resistenttejä kasvaimia soluissa [3] – [5].

rintojen syöpä, on olemassa laajalti hyväksyttyjä molekyyli alatyyppejä. Noin 15% rintasyövistä estrogeenireseptori (ER) -negatiivinen, korkea-asteen ja usein pohjapinta-kuin rintasyöpä, joka rikastetaan soluissa, jotka ilmentävät otaksuttu kantasolujen merkkiaineita CD44

+ /CD24

– [6] ja yli-ilmentää geenejä, jotka liittyvät kantasolujen geeni allekirjoitukset [7]. Tämä ”stemness” voidaan selittää osittain se havainto, että BRCA1, joka raportoidaan säätelemään rintarauhasen kantasolun kohtalon [8], on usein mutatoitunut pohjapinta-kasvaimia [9].

Vastakohtana , munasarjasyöpä ei ole yksimielisyyttä molekyyli- alatyypin luokitus. Tothill et ai. käytetyt k-means klusterointi microarray tietojen ja kuvattu kuusi molekyylitason alatyyppien vakavien ja endomet- munasarjasyöpä [10]. Cancer Genome Atlas (TCGA) konsortio tunnistettu neljä molekyyli- alatyyppiä korkealuokkaisesta vakavien munasarjasyöpiä [11]. Toiset ovat ehdottaneet patologian päällä on perustanut alatyypitys munasarjasyövän osaksi tyypin I kasvaimia, jotka ovat matala-asteinen ja histologisesti heterogeeninen, ja tyypin II kasvaimia, jotka ovat korkealaatuisia ja enimmäkseen serous [12], [13]. Tyypin II uskotaan aiheutuvan suurelta munanjohtimeen epiteelin vaikka tyyppi I: n syntypaikalla uskotaan olevan munasarja, vaikka kenno alkuperämaa jää epäselväksi [12], [13]. Ei Tyyppi I /II molekyyli allekirjoitus on olemassa, ja luokittelemalla kasvainten tyypin I tai II perustuva clincopathologic analyysi ei yleensä, mutta ei aina ole yksinkertaista [14].

Kirjoittajat raportoivat tunnistaminen munasarjasyöpä alatyyppejä perustuen liittyvien geenien ilmentymistä kantasolujen allekirjoituksia. Käyttäen laskennallinen lähestymistapaa osoitamme, että läsnä on huono ennuste, kantasolujen kaltaisia ​​alatyypin munasarjasyövän, että linjassa tiiviisti alkuperä- solunsa luokittelun ja tarjoaa ensimmäisen genomisen määritelmä tyypin I /II munasarjasyöpä. Tämä geeniekspressioprofiili ei toteen alapopulaation syövän kantasoluja näissä kasvaimissa. Sen sijaan se havaitsee yhteinen molekyyli reittejä ilmaisema näiden syöpien ja kantasoluja. Kasvaimet näyttämällä ilmaus varren kaltaisia ​​geenejä voi olla vähemmän eriytetty fenotyyppi. Discovery tämän kantasolujen alatyypin antaa meille enemmän tietoa munasarjasyövän n molekyyli- monimuotoisuutta ja avaa mahdollisuuksia uusille ja suunnattu lähestymistapoja hoitoon ja hallintaan sairauden.

Methods

Data

Stem kaltainen klusteri löytö levitettiin munasarjasyöpään geeniekspressiota julkaisemien tietojen Tothill et al. [10], osana Australian munasarjasyövän Study (AOCS) tiedot, ja jotka on ladattu Gene Expression Omnibus (GEO) [15] (GSE9891). AOCS näytteitä (n = 206), saatiin Royal Brisbane Hospital (n = 22), Westmead Hospital (n = 54), ja Alankomaiden Cancer Institute (NKI-AVL; n = 3) [10], ja geenin ilmentyminen oli analysoituna Affymetrix GeneChip- U133 plus 2.0 taulukot [10]. Raakadataa normalisoitiin käyttäen RMA [16] mukautettuja solujen kuvaus tiedostot (CDFS), joka perustuu Ensembl geenikartoitukseen (versio 12) sen mukaan kuin Microarray Lab Michiganin yliopistossa [17]. Custom CDFS käytettiin, koska päivitetty koetinsarjaa määritelmiä tarjota parempaa tarkkuutta ja täsmällisyyttä verrattuna Affymetrix koetinsarjaa määritelmiä [18].

Neljä validointi munasarjasyöpä geeniekspression aineistoja käytetään tässä analyysissä olivat Dressman et al. [19]; Wu et ai. (GSE6008) [20]; Tone et al. (GSE10961) [21]; ja Crijns et ai. [22]. Kolme validointi rintasyöpä aineistot olivat Miller et al. (GSE3494) [23]; Desmedt et al. (GSE7390) [24]; ja yhdistettyä aineisto yhdistetään GSE2034 [25] ja GSE5327 [26], jota kutsutaan ”Veridex.” Kaikki aineistot ladattiin GEO, paitsi Crijns aineisto, joka saatiin kirjoittajat vuonna normalisoitu muodossa kuvatulla paperitehdasprojekteihin [22 ], ja Dressmann aineisto on ladattu kirjoittajien verkkosivuilla [19]. TCGA munasarjasyöpä microarray aineisto (n = 518) on ladattu TCGA data portaalin [11]. Kaikki aineistot muut kuin Crijns, Wu, ja Tone aineistot olivat RMA-normalisoitui mukautettuja Ensembl CDF: n [17].

RMA-normalisoituminen käytettiin useimmissa aineistoja, koska sen erittäin toistettavia tuloksia ja korrelaatio RT-PCR data [27]. Kuitenkin johtuen sisällyttämisten normaalin munanjohtimen että Tone aineisto ja normaalin munasarjan pintaepiteelissä näytteiden Wu aineisto, nämä aineistot normalisoitiin käyttäen muuttumattomia Set normalisoinnin menetelmää [28] välttämiseksi oletukseen kuluessa RMA vastaavan geenin ilmentymisen jakautuminen. Kaikki validointidataa oli kerätty Affymetrix GeneChip- U133a paneelit, paitsi Tone ja Crijns aineistoja, jotka oli kerätty Affy U133 Plus 2.0 sirut ja Operon ihmisen v3 ~35 K 70-mer kaksivärinen oligonukleotidigeenisirumenetelmää, vastaavasti.

Desmedt ja Veridex rintasyöpä aineistoja, me ennustettu molekyyli- alatyyppiä kuvanneet Desmedt et al. (2008) [29]. Erityisesti alatyyppiä perustuen geenimerkkejä ESR1, erbB2, ja AURKA luotiin käyttäen

subtype.cluster

funktion malli

scmgene

vuonna Bioconductor paketti genefu. Tämä merkitsi käyttävät seosta mallinnus ryhmään potilaita HER2 +, ER- /HER2- (pohjapinta-like), tai ER + /HER2- (luminal) [29]. Vaikka triple-negatiivinen rintasyöpä ei vastaa perus-kuin rintasyövän [30] – [32], useimmat triple-negatiivinen rintasyöpä luokitella sen pohjapinta-kaltainen molekyyli alatyypin [32] johtaa meidät pitämään ennustamiseen ER- /HER2 – approksimaatio ”perus-like”.

tilastollinen analyysi

tilastolliset analyysit, ellei toisin ole kuvattu, suoritettiin käyttäen kaikkia saatavilla olevia tietoja ja standardi toimii T versiossa 2.10.1. ISIS-algoritmi [33] levitettiin AOCS aineisto tuottaa ilman valvontaa ehdokas bipartitions potilaista. Jokaisen ehdokkaan bipartition, ISIS laskee lävistäjä lineaarinen erotteluanalyysi (DLD) pisteet merkittävimpien geenit tukevat bipartition. Oletusparametrit R täytäntöönpanon ISIS käytettiin, paitsi että geenien lukumäärä, joita käytetään pisteytys ( ”p”) oli 100, tasolle, joka on aiemmin käytetty [34]. Olemme myös käytti hyväkseen toisen paramater ( ”p.offs”) ohittamalla top 5 samansukuisin geenejä, jotta vaikutusten vähentämiseksi suuri vipuvaikutus geenien pisteytys, jolloin 95-geenin allekirjoitusta käytetään pisteytys jokaiselle bipartition.

Vähentääksemme sekoittavien vaikutusten ero stroomasta ja ei-kasvainsolujen eri puettu sivustoja (esim vatsakalvon tai munasarjoissa) (julkaisemattomia tuloksia), vain AOCS ryhmät munasarjojen mRNA pahanlaatuinen, vakavien, ja ensisijainen sivusto munasarjojen kasvaimia potilailta että eivät saaneet neoadjuvant hoitoa sisällytettiin vähentäen aineisto 285-145 potilasta. Analyysit AOCS aineisto tehtiin tällä osajoukko, jos emme määritä ”koko” AOCS aineisto (n = 285) tai ”muut” AOCS data (n = 140), jotka kasvaimia ei käytetä ISIS luokan löytö.

geenit käytetään alatyypin klusterin löytö rajoittui 83 hiiren ja ihmisen geeni allekirjoitukset aikuinen, syöpä, tai alkion kantasoluja saadaan GeneSigDB [35], joka oli vähintään 5 ja enintään 1000 geenejä. Jokaista geeniä allekirjoitusta, me haettu artikkeli kuvaavat geenin allekirjoitus vahvistaa sen kuvaus ja yhdessä aikuisen, syöpä, tai alkion kantasoluja. Stem kaltainen geeni allekirjoitukset sisältävät usein leviämisen geenejä [7]. Välttämiseksi jakamalla potilaille perustuu leviämisen, me myös poistettu geenit (n = 580, taulukko S1 Methods S1), joka liittyy leviämisen (katso Methods S1), samanlainen analyyseihin Ben-Porath me käymme al. [7].

Tuloksena matriisi 2632 varsi kaltaisten geenien edellytti ISIS bipartition löytö. Eniten pisteitä bipartition että oli merkitsevästi (p 0,05), joka liittyy luokan ja taudista vapaan eloonjäämisen valittiin jatkotutkimuksiin. Nämä kriteerit perustuivat toteamukseen, että kantasolun kaltainen alaryhmästä rintasyövän kasvaimia löysi Ben-Porath et al. oli ominaista korkea laatu ja huono ennuste [7]. Yhdistyksen ennuste oli toissijainen, koska Ben-Porath et al. analyysi ensisijaisesti kuvattu yhdistyksen välillä kantasolun kaltainen geenien ilmentyminen ja korkeamman asteen [7]. Valitsimme bipartition joka parhaiten täyttää kriteerit ja kutsui tätä bipartition ”stemness bipartition”. Jätä-one-out ristivalidointi käytettiin tarkentaa geeni listan määritellään stemness bipartition, ja geenit, jotka olivat kukin 95-geenin lista kaikissa 145 taittuu muodosti munasarjasyöpä ”51-geeni stemness signature” (taulukko S2 menetelmät S1).

Gene-Set-Enrichment Analysis (GSEA) kanssa nonparametric päättely lineaarisen malleja toteutettu

gsealmPerm

pakkauksessa gsealm in Bioconductor [36] suoritettiin kuratoituja geenin sarjaa (C2) ja Gene ontologia (GO) geenin sarjaa (C5) geenistä set tietokannan MSigDB versio 3.0 [37]. GSEA suoritettiin myös käyttämällä 13 kantasolujen geenin sarjaa Ben-Porath et al .: kaksi kuvaavat alkion kantasolut; neljä aktivoitu Nanog, Oct4, ja /tai Sox2; neljä sitoo Polycomb- tukahduttava monimutkainen 2 PRC2; ja kaksi aktivoida c-Myc [7].

Class Prediction

Vahvista läsnäolon varren kaltainen alatyyppiä munasarjasyöpä, varsi kaltainen alatyypin luokitus on sovellettu useita itsenäisiä mikrosirujen aineistot. Jotta ennustaa luokan uusien kasvaimia, ensin tarvitaan tuottamaan ”stemness molekyyli luokittelija,” malli geenin painon jotka syrjivät varsi kaltaiset ja eriytetty kasvaimia. Diagonaalinen lineaarinen erotteluanalyysi (DLD) analyysi [38] käytettiin kouluttaa tätä geeniä luokittelija käyttämällä ilmentymisen profiilit 51 geenien AOCS aineisto (taulukko S2 Methods S1). Ennustamiseksi alatyypin uusien kasvaimia, ekspressioprofiileja heijastettiin täydentävinä pistettä päälle DLD akselilla ja DLD pistemäärä oli painotettu summa geenien ilmentymistä. Koska DLD tulokset uusien munasarjojen kasvaimia heijastetaan tällä akselilla olivat bimodally jaettu (kuva S1 Methods S1), Gaussin seos mallintaminen [39] käytettiin määrittelemään kahden populaation ja antaa uusia kasvaimia joko varren kaltainen tai eriytetty alatyyppi. DLD pisteet on lineaarinen yhdistelmä painotettu ilmaisun monien geenien ja vaikka emme vaikutuksen tutkimiseksi eräkohtainen tekninen muutos [40] perusteellisesti, löysimme se mittaa luotettavasti lievä melua puuttuvat tiedot ja harha, että aineistot testattu . Tämä stemness molekyyli luokittelija on sovellettu kuhunkin validointi aineisto.

munasarjasyövän aineistot käytetään validointi ovat fenotyypiltään ja kliinisesti heterogeeninen, ja sisältävät erilaisia ​​histologisia alatyyppejä, laadut, ennusteet, hoidot ja seuranta protokollia. Ellei emme kontrolloida fenotyyppi vaihtelua; vaan me hyödynnetty heterogeenisyys aineistot, erityisesti histologian ja laatu, tutkia miten bipartition liittyvät fenotyypit pidemmälle kuin edustettuna AOCS aineisto ja määrittää, missä määrin stemness molekyyli luokittelija voidaan yleistää.

tulokset

Discovery kantasolun kaltainen alatyyppi munasarjasyövässä

Tutkitaan onko munasarjasyöpä on varsi kaltainen komponentti, testasimme geenejä raportoitu ilmaistaan ​​kantasolut myös ilmaisseet alaryhmässä munasarjojen kasvaimia. Voit tehdä tämän, poimimamme liitto kaikkien aikuinen, syöpä, tai alkion kantasoluja (ES) solujen geenien ilmentyminen allekirjoitusten GeneSigDB [35] Menetelmät kuvatulla tavalla S1 tuottaa luettelon 2632 varsi kaltaisten geenien (taulukko S3 Menetelmät S1 ).

otti sitten AOCS munasarjasyöpä geenien ilmentyminen tietojen (n = 145 potilasta) ja pidetään ainoastaan ​​2632 geenejä raportoitu ekspressoituvan kantasoluja. Tähän haimme ISIS [33], valvomattoman bipartition klusterointialgoritmi että satunnaisesti osittaa näytteet kahteen subsets ja valitsee geenit, jotka merkittävimmin liittävät osio. ISIS tunnistettu kaksikymmentäkahdeksan erillinen selvä, tilastollisesti merkitsevä potilas bipartitions datan, ja jokainen, joka vielä testattiin yhdessä luokan ja tautivapaan elinajan.

Eniten pisteitä bipartition, jäljempänä munasarjojen syöpä stemness bipartition eriytetty kaksi erillistä alaryhmää munasarjasyöpä potilaat: joukko 121 potilaalla on huonompi taudista vapaa (p = 0,0541), kokonaiseloonjääminen (p = 0,102), ja korkeampi laatu (p = 0,00326), joka tulkittiin enemmän ”varsi kennomainen ”koska nämä kasvaimet yli-ilmentynyt useiden geenien tiedetään liittyvän kanssa stemness, ja pienempi ryhmä 24 potilasta paremmin selviytymisen ja alemman luokan, että me kutsumme” eriytetty ”alaryhmä (kuva 1).

(A) heatmap geeniekspression profiileja 24 eriytetty (vihreä) ja 121 varsi kaltaiset (sininen) kasvainten AOCS aineisto [10]. Kasvaimet tilataan lisäämällä stemness molekyylien alatyyppi pisteet, ja 51 luokittelija geenit tilataan ylhäältä alas lisäämällä yli-ilmentyminen varren kaltainen alatyypin mukaan yhdistettyä

t

-testi. Kaplan-Meier käyrät ovat suhteessa (B) tautivapaan elinajan ja (C) yleiseen eloonjäämiseen ja eivät ole merkitsevä p 0,05, mutta tämä on mahdollisesti johtuen pienestä koosta eriytetyn alatyypin.

hiuksiin yhden potilas-out ristivalidointi suoritettiin poimia vahvin geeni allekirjoittamista bipartition, tuloksena on 51-geenin stemness allekirjoitus (taulukko S2 Methods S1). Vaikka bipartition osallistumisesta kokonaiselinajassa osoitti suuntausta ja eivät saavuttaneet tavanomaisen tilastollista merkittävyyttä, allekirjoitus oli merkitsevästi ennustetekijöiden myöhemmissä analyyseissä kun otoksen koko oli suurempi (katso jäljempänä).

Tarjota lisätukea fenotyyppien paljastamat bipartition, testasimme jos geenikohteet tiedetään ilmaistava kantasolut säädellään eri tavalla ruodin kaltainen ja eriytetty alatyyppejä käyttäen geeniperimä rikastus analyysi (GSEA). Kolmetoista luettelot geenien (taulukko S4 Menetelmät S1), joka on aiemmin käytetty kuvaamaan kantasolujen [7], mutta eivät kuuluneet alkuperäiseen 83 allekirjoituksia käytetään löytää varsi kaltaiset munasarjojen alatyyppiä tutkittiin. Aktivointi tavoitteet Nanog, Oct4, Sox2 ja c-Myc, joita säädellään ylöspäin kantasoluja, myös säädellään ylöspäin varren kaltainen alatyyppi, ja kahdeksan näistä yhdeksän geenin luettelot olivat merkitsevästi (p 0,05) eri koko alatyyppejä (taulukko 1). Neljä sarjaa Polycomb- geenien, jotka ovat ominaisia ​​enemmän erilaistuneet solut, olivat säädellään ylöspäin Vaihtelevan alatyypin verrattuna varsi kaltainen alatyyppi ja oli lähellä merkitsevyyttä (p 0,10). Koska osa näistä geenin sarjat on raportoitu olevan riippuvainen leviämisen geenejä [7], me myös suorittaa muunnettua geeniperimä analyysi leviämisen geenien ulkopuolelle aikaisemmin kuvatulla [7]. Vaikka tämä muutos, varsi kaltainen alatyypin rikastui geenin ilmentyminen ES [41] (p 0,0001), Nanog [42] (p 0,05), ja c-Myc [43] (p 0,05) tavoitteita. Korkea ilmaus samasta ES geeniperimä raportoidaan korkealaatuisesta, estrogeenireseptori (ER) -negatiivinen rintasyövistä [7].

tunnistaminen Functional Linkit Basal kaltainen Rintasyöpä

edelleen karakterisoimiseksi kasvaimia varren kaltainen alatyyppiä, suoritimme GSEA käyttäen kaikki geenin setit MSigDB [37] mitkä geeni sarjaa rikastuneet geenit ilmentyvät differentiaalisesti välillä kasvaimia varren kaltainen ja eriytetty alatyyppejä ( kerran, nämä sarjat ei sisältänyt geenin sarjaa aluksi hyödyntää löytää bipartition). Geenit over-ilmaiseman varsi kaltaiset kasvaimia erityisesti rikastettu (p 0,0001) geenin sarjaa kuvataan huono ennuste ja erilaistumaton syövät; korkealaatuista, invasiivisen munasarjasyövän; Myc tavoitteet; ja alkion kantasoluja, BRCA1-mutaatio, estrogeenireseptori (ER) -negatiivinen tilan ja pohjapinta-kaltainen alatyypin rintasyövässä (taulukko S5). Sen sijaan geeni sarjaa voimakkaasti rikastettu eriytetty alatyypin mukana niitä, jotka liittyvät solujen ulokkeet (taulukko S6), ER-positiivista rintasyöpää, ja matala pahanlaatuistumisriskin (LMP) ja heikompilaatuisen munasarjasyöpä (taulukko S5 Methods S1).

sekä korkea-asteen, serous munasarjojen ja pohjapinta-kuin rintasyöpä nähdään naisilla mutantti BRCA1 [9], [44]. Tutkia GSEA ennustus, että varsi kaltainen serous munasarjasyöpään molekyyli alatyyppi rikastetaan geenien myös ilmaistu korkealaatuista pohjapinta-kuin rintasyöpä, haimme diagonaalinen lineaarinen erotteluanalyysi [38], että AOCS munasarjasyöpä dataa kouluttaa stemness molekyyli- luokittelija ja ennusti ”varsi-like” tai ”eriytetty” luokittelu kasvaimia kahdessa julkaistu rinnan geenien ilmentymisen aineistot (Desmedt [24] ja Veridex [25], [26] aineistot). Geeni lista me levittää rintasyöpä aineistoja ei ollut optimoitu rintasyöpä, ja DLD tulokset eivät osoittaneet bimodaalisen jakaumat. Kuitenkin johdonmukaisuuden säilyttämiseksi menetelmä, jolla munasarjasyöpä tietojen käytimme samoja Gaussin seoksen mallintamiseen lähestymistapa dichotomize DLD tulokset rintasyövistä määrittelemällä ne varren kaltainen tai eriytetty. Tuloksena stemness luokittelu rintasyövistä vahvistivat geeni asettaa analyysi ennusteita; rintojen kasvaimia määrätty varren kaltainen alatyyppiä merkittävästi rikastettu basaali kaltainen molekyyli alatyyppi ja korkea-asteen (logistinen regressio uskottavuusosamäärä p = 1,42 x 10

-9 ja p = 0,00964, Desmedt ja Veridex aineistot vastaavasti – Taulukko 2) rintasyöpä.

toistettavuus ”stemness” fenotyyppejä Independent Tietoaineistot

validoida meidän munasarjojen varsi kaltaiset ja eriytetty molekyylien alatyyppejä, me soveltanut stemness DLD molekyyli luokittelija kolme riippumatonta munasarjasyöpä mikrosirulla aineistoja ja ”jäljellä AOCS data” (n = 140) ei käytettiin alkuperäisessä bipartition löytö. Kaksi aineistoja, Crijns et al. [22] ja Dressman et ai. [19], muodostui korkea-vaiheessa, vakavien kasvaimia, kun taas kaksi muuta, Wu et al. aineisto [20] ja loput AOCS data [10] olivat histologisesti heterogeenisiä.

Ensinnäkin varmistimme yhdistyksen välillä luokan ja varsi kaltainen molekyyli alatyyppiä. Näissä riippumatonta tietoa, varsi-kasvaimia oli ylempään palkkaluokkaan Wu (n = 103, logistinen regressio p = 1,63 x 10

-5), loput AOCS (n = 140, p = 1,16 x 10

– 7), ja Dressmann (n = 118, p = 0,073) aineistot.

Seuraavaksi tutkimme joka histologisia alatyyppejä munasarjasyövän luokiteltiin varsi kaltainen. Serous on yleisin histologinen muoto munasarjan epiteelin kasvain, mutta epiteelin munasarjasyöpä on heterogeeninen sairaus sekavin pahanlaatuisen potentiaalit ja histologinen alatyyppi, kuten endomet-, kirkas solu, ja mucinous [12], [13]. Vaikka alustava luokitus suoritetaan vain pahanlaatuinen, vakavasta kasvaimia, The stemness molekyyli- luokittelija syrjinyt eri histologisia alatyyppejä. Vuonna Wu aineisto [20], useimmat vakavien kasvaimet (29/41) olivat ”varsi-like”, mutta useimmat endomet- (22/37), lähes kaikki kirkas solu (7/8), ja kaikki mucinous (13/13) kasvaimet, sekä kaikki neljä (4/4) ”normaali” munasarjojen pinnan epiteeli näytteet olivat ”eriytetty.”

edelleen arvioimista yhdessä histologinen alatyyppi, selvitimme koko AOCS aineisto (n = 285). Tämä suurempi aineisto koostui vakavien AOCS löytö aineisto (n = 145) ja jäljellä AOCS tiedot (n = 140), joka sisälsi LMP serous kasvaimia ja pahanlaatuiset endomet- ja serous kasvaimia järjestetään joukkoon muualle kuin munasarja. Havaitsimme, että eriytetty alatyyppi oli merkittävästi rikastettu endomet- kasvaimissa (9/20, Fisherin testi p 0,05 kuluttua FWER korjauksen [45]). On huomioitava, että stemness DLD tulokset olivat merkittävästi alhaisemmat LMP vakavien kasvaimet (Wilcoxonin-sum test p-arvo = 1,09 x 10

-4) kuin pahanlaatuinen, eriytetty kasvaimia, ja lähes kaikki (17/18) LMP kasvaimet luokiteltiin eriytetty. Lisäksi sisällä varsi kaltainen alatyyppiä DLD pisteet oli merkitsevästi yhteydessä korkeampaan palkkaluokkaan (p = 0,00159), vaikka se ei korreloi (p 0,05, kun FWER korjaus) kanssa vaiheessa kokonaiselinaika tai tautivapaan elinajan, mikä viittaa siihen, että lisätutkimisesta kliinistä arvoa jatkuvan DLD pisteet sisällä alatyyppejä on perusteltua.

varsi kaltainen alatyypin luokitus ei vastaa luokitusta äskettäin ehdottaman Tothill et al. jossa serous ja endomet- kasvaimet ovat nimetty yhdeksi kuudesta molekyyli- alatyyppejä, C1-C6 [10]. Varsi kaltainen kasvain (n = 233), ei luokitella yhdeksi molekyyli alatyypin vaan käytti enimmäkseen jaettu huono ennuste alatyyppejä C1 (n = 80), C2 (n = 48), C4 (n = 39), C5 ( n = 29) ja Ei luokiteltu (n = 30). Huomattava määrä eriytetty kasvaimia oli hyvää ennustetta molekyyli- alatyyppejä C3 (n = 25) ja C6 (n = 4), ja loput 23 eriytetty kasvaimia jaetaan muihin alatyyppeihin (taulukko 3). Joten, kun taas bipartition karkeasti erottaa paremmin ennuste huonolaatuisen alatyyppejä C3 ja C6 muista ja päällekkäisiä molekyyli alatyypin luokitus oli merkittävä, ei yhdistelmä AOCS alatyyppejä täysin selitti bipartition. On kuitenkin syytä huomata, että C1-C6-alatyypin luokitus on saapunut käyttäen

k

Keinot ryhmittely [10], menetelmän, joka ei ole deterministinen siinä mielessä, että uudelleen käynnissä algoritmi voi tuottaa erilaisia ​​klustereita , joten toimeksiannoista AOCS olisi pidettävä vain approximate.Prognostic arvo varren kaltainen fenotyyppi.

kolme riippumatonta validointi aineistoja ja jäljellä AOCS data, kasvaimia varsi kaltainen alatyypin oli huonompi ennuste (kuva 2). Varsi kaltainen alatyyppi oli sekä merkittävästi huonompi kokonaiselossaoloaika (log-rank-testi p = 4,41 x 10

-7) ja taudista vapaan eloonjäämisen (p = 0,00127) jäljellä AOCS aineisto (n = 140) ja huonompi yleistä selviytyminen Crijns (n ​​= 157, p = 0,021) ja Dressmann aineistot (n = 118, p = 0,0354). Vaikka Wu aineisto [20] ei ollut selviytymisen tietoa, varsi kaltaiset alatyypin n kasvaimia oli merkittävästi korkeammat vaiheessa (n = 103, p = 1,03 x 10

-6), mikä viittaa siihen, pahempi ennustetta.

Muissa AOCS aineisto, varsi kaltainen alatyyppi on voimakkaasti huonompi (A) taudista vapaan elinajan (p 0,001) ja (B) yleiseen eloonjäämiseen (p = 0,00127). Vuonna (C) Crijns ja (D) Dressman aineistoja, varsi kaltainen alatyyppi on merkittävästi huonompi kokonaiselinaikaa (p = 0.022 ja p = 0,035, tässä järjestyksessä).

toteaminen mahdollista kliinistä merkitystä on, että stemness molekyyli- luokittelija voi myös olla ennustetekijöiden sisällä korkea-asteen, korkea-vaiheen vakavasta munasarjasyöpään. Varsi kaltainen alatyyppiä oli huonompi taudista vapaan (p = 0,0053) ja kokonaiseloonjääminen (p = 0,0299) korkea-asteen, pahanlaatuiset kasvaimet koko AOCS aineisto. Itsenäisessä analyysin kustakin histologia, varsi kaltaiset alatyyppiä on yhteydessä heikompaan tautivapaan eloonjäämisen korkealaatuisesta vakavien (p = 0,0447), mutta ei ollut merkittävää ennustaja korkealaatuista endomet- kasvaimet (p = 0,278). Vuonna Crijns ja Dressmann aineistot, jotka olivat yksinomaan korkean vaiheessa vakavasta kasvaimia, The stemness molekyyli luokittelija tunnistettu pienessä määrässä eriytetty alatyypin kasvainten paremmalla kokonaiselinaikaa (kuva 2). Samoin poikki aineistot eriytetty alatyyppi sisältyi pieni määrä korkealaatuisia kasvaimet (asteet 2 tai 3) [14] kanssa parempaa ennustetta. Tarkempi analyysi, jotta voitaisiin selvittää, jos tämä luokittelu on hyödyllinen tunnistamisessa korkealaatuisesta kasvaimet todennäköisemmin suotuisaan lopputulokseen.

varsi kaltaiset alatyypin liittyi fenotyypit usein ennakoivaa Huonon lopputuloksen (taulukko 3), mutta varsi kaltaiset alatyypin n ennustetekijöiden kykyä ei ole täysin selittää näiden yhteisten kliinisten muuttujien. Koko AOCS DataSet varsi kaltainen alatyyppi oli vahva ennustaja tulos (yhden muuttujan analyysin DFS p = 3,23 x 10

-6, OS p = 0,00122), liittyi suurempi potilaan iän (p 0,05), ja oli vahvasti (p 0,001 jälkeen FWER korjauksen [46]), johon liittyy korkea vaiheessa; vatsakalvon puettu sivusto, sivusto, johon korkealaatuista munasarjasyövän usein leviää; ja enemmän sairautta jäljellä leikkauksen.

Näistä yhdistysten, monimuuttuja analyysiin, stemness bipartition edelleen vahva ennustaja huonompi tautivapaan elinajan. Bipartition jäi merkittävä ennustaja taudista vapaan eloonjäämisen säädettäessä yhden (p 0,005) tai kahden muuttujan joukossa vaiheessa, laatu, ja jäljellä tauti (taulukko 4) tai mitä tahansa kahden muuttujien (p 0,05) taulukossa 3 lukuun ottamatta säätämisen sekä vaiheessa ja matalan maligniteetin potentiaali (p = 0,0785). On huomattava, että varsi kaltainen alatyyppi oli merkittävästi huonompi tautivapaan elinajan (p = 0,0143) in monimuuttujamenetelmin säätämisen asteen, histologiset alatyypin, ja alhainen maligniteetti potentiaali. Silloinkin säädettäessä vaiheessa, alhainen maligniteetti potentiaali, histologinen alatyyppi, ja laatu, varsi kaltainen alatyyppi oli vielä 54% lisääntynyt todennäköisyys uusiutumisen, vaikka tämä ei ollut merkittävä (p = 0,126).

Stem kaltainen kasvaimet ovat Ominaisuudet tyypin II munasarjasyövän

äskettäin patogeneesi malli munasarjasyövän jakaa kasvaimia osaksi tyyppi I, joka on matala-asteinen ja histologisesti monipuolinen, ja tyypin II, joka on korkealaatuinen ja enimmäkseen serous [12], [13]. Geeni allekirjoitus perustuva molekyyli luokittelu tyypin I /II munasarjasyöpä ei ole vielä kuvattu, ja tyypin I /II on tunnusomaista perustuu suurelta osin niiden morfologiset ominaisuudet (taulukko 5). Verrattaessa Meidän molekyyli alatyypeistä näihin morfologisia luokitusten, löysimme varsi-kasvaimia hallussaan ominaisuuksia tyypin II munasarjojen kasvaimia ja eriytetty kasvaimet olevan samanlainen tyyppi I (taulukko 5).

Sekä Type II ja varsi kaltaiset alatyypin liittyy huono ennuste, laadukkaat vakavien kasvaimet (taulukko 5). Vaikka virallista arviointia varren kaltainen ja eriytetty alatyyppejä ”esiintyvyyttä ja kuolleisuutta vaatisi mahdollisille satunnaisotannalla munasarjakarsinoomat ja myöhempi luokittelu, varsi kaltainen alatyypin ominaisuudet näyttäisi olevan sopusoinnussa raportit tyypin II: n suhteellinen yleisyys ja kuolleisuutta (taulukko 5 ).

mutaatiot ominaisuus tyypin II munasarjasyövän löytyy varren kaltainen alatyyppi. Tyypin II kasvaimet arvellaan johtuvan esiasteleesioita in Munanjohdin epiteelin ja on ”p53 allekirjoitukset”, joka on vahva p53 immunoreaktiivisuus ja yleensä p53 mutaatioita [13]. On todettu, että suurin osa tyypin II munasarjojen kasvaimia ( 80%) on p53-mutaatio [12]. TCGA munasarjasyöpä aineisto koostuu 489 korkealaatuisesta serous munasarjojen adenokarsinomia ja lähes kaikki ovat TP53 mutaatio (96%) [11].