Krooninen sairaus

tiivistelmä

Teimme tapauskontrollitutkimuksessa munuaisten syöpä (987 tapausta ja 1298 tarkastukset) Keski- ja Itä-Euroopan ja analysoitiin genomista DNA 319 merkitsemisen yhden nukleotidin polymorfismien (SNP) 21 geenien mukana solujen kasvua, erilaistumista ja apoptoosia käyttämällä Illumina Oligo-allas Kaikki (OPA). Haplotyypin perustuva menetelmä (liukuva ikkuna analyysi peräkkäisen SNP) käytettiin tunnistamaan kromosomin kiinnostavia alueita jäi merkitsevä väärä löytö on 10%. Myöhemmin riskiestimaattien syntyi alueilla, joiden korkeatasoisen signaalin ja yksittäisten SNP mukaan ehdoton logistinen regressio säätämisen iän, sukupuolen ja opintokeskus. Kolme aluetta, jotka sisältävät geenejä, jotka liittyvät munuaissyövän havaittiin: kaspaasi 1/5/4/12 (

cASP 1/5/4/12

), epidermaalisen kasvutekijän reseptori (

EGFR

), ja insuliinin kaltaista kasvutekijää sitova proteiini-3 (

IGFBP3

). Havaitsimme, että yksilöiden

CASP1 /5 /4/12

haplotyyppi (ulottuen alue ylävirtaan

CASP1

kautta eksonin 2

CASP5

) GGGCTCAGT oli suurempi riski munuaisten syöpä verrattuna yksilöiden yleisin haplotyyppi (OR: 1.40, 95% CI: 1,10-1,78, p-arvo = 0,007). Analyysi

EGFR

paljasti kolme vahvaa signaalia sisällä introni 1, erityisesti alueella keskittynyt rs759158 globaalinen p = 0.006 (GGG: OR: 1,26, 95% CI: 1,04-1,53 ja ATG: OR: 1,55, 95% CI: 1,14-2,11). Alueella on

IGFBP3

liittyi myös lisääntynyt riski (globaali p = 0,04). Lisäksi määrä tilastollisesti merkitsevä (p-arvo 0,05) SNP yhdistysten havaita näiden kolmen geeneistä oli suurempi kuin voisi odottaa sattumalta geenin tasolla. Tietääksemme tämä on ensimmäinen tutkimus, jossa arvioidaan näiden geenien suhteessa munuaisten syöpään ja on syytä kopioida ja laajentaa havaintoja. Erityiset alueet liittyvä riski voi olla erityisen merkittävä geenien toiminta ja /tai syövän syntymistä. Lopuksi arviomme on tunnistettu yhteisiä geneettisiä variantteja

CASP1

,

CASP5

,

EGFR

, ja

IGFBP3

joka voisi olla yhteydessä munuaisten syöpään riskiä.

Citation: Dong LM, Brennan P, Karami S, Hung RJ, Menashe I Berndt SI, et al. (2009) analyysi Kasvu, Differentiation ja apoptoosi Geenit kanssa riski Munuaisten Cancer. PLoS ONE 4 (3): e4895. doi: 10,1371 /journal.pone.0004895

Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu 24. marraskuuta 2008; Hyväksytty: 19 helmikuu 2009; Julkaistu: 24 maaliskuu 2009

Tämä on avoin-yhteys artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Public Domain ilmoitus, jonka mukaan, kun se on saatettu julkisia, tämä työ saa vapaasti kopioida, levittää, lähetetään, modifioitu, rakennettu, tai muuten käyttää kuka tahansa laillista tarkoitusta.

Rahoitus: Tätä työtä tukivat osittain Intramural tutkimusohjelma Yhdysvaltain National Institutes of Health, National Cancer Institute, osasto syöpä Epidemiology and Genetics. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Munuaisten syöpä on yleisimmin diagnosoitu syövistä miehillä ja naisilla Yhdysvalloissa [1] ja Itä-Euroopassa [2]. Ilmaantuvuus munuaissolukarsinooma (RCC), yleisin maligniteetti munuaisten syöpä, on kasvanut nopeasti kaikkialla maailmassa viime vuosikymmeninä [3], [4] joitakin korkeimmista esiintyviä Keski- ja Itä-Euroopassa [2], [5]. Vain muutama vakiintunut elintapoihin liittyviä riskitekijöitä on tunnistettu: tupakointi, liikalihavuus, verenpainetauti ja diabetes [6]. Lisääntynyt riski havaittu joukossa, joiden suvussa on munuaissyövän ja tunnistaminen perinyt muotojen munuaissyövän perustella arvioimiseksi geneettinen alttius tähän tautiin, jota ei ole täysin selvitetty [6].

mekanismi, jolla on normaali solu etenee karsinooma tavallisesti liittyy häiriöitä kriittisen molekyylipainon reittejä solujen kasvua, erilaistumista ja kehitystä [7]. Niistä vaadittavat toimet kasvainsolujen kasvua ja selviytymistä ovat vahvistus signaalien kasvutekijöiden ja keskeyttämisestä signaaleja edistää solukuoleman tai apoptoosin [8], [9]. Muutokset liittyvät geenit tällaiset reitit ovat siten omiaan edistämään syöpäriskiä. Tämän perusteella logiikkaa tunnistimme geenit osallistuvat solujen kasvuun ja erilaistumiseen (

AKR1C3

,

EGF

,

EGFR

,

IGFBP3

,

IGFBP5

,

PPARg

,

TGFa

,

VCAM1

, ja

VEGF

) ja apoptoosin (

CASP1

,

CASP2

,

CASP3

,

CASP4

,

CASP5

,

CASP6

,

CASP7

,

CASP8

,

CASP9

,

CASP10

,

CASP12

, ja

CASP14

, taulukko 1). Useat näistä geeneistä on liittynyt syöpäriskiä muissa kohdissa [10], [11]; kuitenkin, rooli näiden geenien kehityksessä munuaisten syöpä on edelleen tuntematon.

Kun otetaan huomioon näiden reittien karsinogeneesissä ja puute tutkimusten arvioitaessa geneettisen alttiuden ja munuaissyöpä, arvioimme onko polymorfismit näiden 21 geenit voivat muuttaa riski kehittää munuaissyövän suuressa monikeskustutkimuksessa tapauskontrollitutkimuksessa perustuu Keski- ja Itä-Euroopassa. Oletimme, että yhteinen vaihtelua osallistuvien geenien solujen kasvuun, erilaistumiseen ja apoptoosiin voi lisätä geneettistä alttiutta munuaissyöpäsolujen.

Methods

Tutkimus Väestö

Keski- ja Itä-Euroopan Munuaisten Cancer (CEERC) tutkimus on sairaala-pohjainen tapauskontrollitutkimuksessa munuaisten syöpä (1097 tapausta ja 1555 kontrollit) joka toteutettiin seitsemän asemaa Itä- ja Keski-Euroopassa (Moskova, Venäjä, Bukarest, Lodz, Puola, ja Praha , Olomouc, Ceske Budejovice ja Brno, Tsekin tasavalta). Tutkimuksen yksityiskohtiin on kuvattu aiemmin [12]. Vasta diagnosoitu ja histologisesti varmistettua munuaissyövän (ICD-0-2-koodi C64) ikävälillä 20 ja 79 vuotta rekrytoitiin elokuu 1999 tammikuuhun 2003. Koulutettu hoitohenkilökunta tarkistetaan potilastiedot ja uuttaa tietoa päivämäärä ja Diagnoosimenetelmä histologinen luokitus, kasvaimen sijainti, vaihe ja laatu. Patologian tietoja oli käytettävissä 917 tapausta. RCC määriteltiin seuraavat alatyypit: kirkas solu, kirkas solu papillien ominaisuuksia, kirkas solu sarcomatoid, papillaarinen tyypin I, papillaarinen kuin tyypin I, papillaarinen tyypin II kromofobista leikettä ja hybridi alatyyppi (n = 848). Tyhjennä solu munuaissyövän määriteltiin kolmen ensimmäisen selvää solualatyyppien (n = 760). Hyväksyttävät kontrollit valitaan tuotujen potilaiden samassa sairaalassa kuin tapausten olosuhteet eivät liity tupakoinnin tai urogenitaalinen häiriöt (lukuunottamatta eturauhasen hyvänlaatuisen liikakasvun) ja olivat taajuus-sovitettu tapauksiin iän (3 vuoden kuluessa), sukupuoli, ja tutkimus keskus. Kontrollien joukossa, sairauden tilat, jotka liittyvät sairaalahoitoon olivat seuraavat: synnytyskanavan tai perinataalinen (0,1%), tarttuva (1%), psykiatristen (1%), hormonaaliset (2%), hematologinen (3%), ihoon (3%) vamman tai myrkytyksen (3%), urogenitaalinen (eturauhasen hyvänlaatuisen liikakasvun (4%), keuhkojen (4%), ortopediset tai rheumatologic (9%), sydän- (10%), neurologisia (11%) ja silmätippoina tai otologic (14 %), ruoansulatuskanavan (19%), ja muut (16%). Mikään yksittäinen tauti oli yli 20% kontrolliryhmässä. osa valvonnan rekrytoitiin myös samalla selvittää keuhkosyöpää. Kaikki palvelukseen tapaukset ja tarkastuksia oli valkoihoisia. Hoitovasteet kussakin keskelle vaihteli 90,0-98,6% tapauksista ja 90,3-96,1% valvonnasta.

Haastatteluja tehtiin koulutettu henkilöstö keräämään standardoituja elämäntapojen ja ruoan taajuus kyselyihin. tietoja kerättiin demografisista ominaisuuksista, koulutus, tupakansavu vastuut, alkoholin kulutus, ruokavalion käytäntöjä, Antropometria, sairaushistoria, suvussa, ja työhistoriasta.

verinäytteitä kerättiin ja säilytettiin -80 ° C: ssa ja lähetettiin National Cancer Institute (NCI). Genomi-DNA uutettiin kokoverestä buffy coat standardin fenoli kloroformi menetelmän NCI laboratoriossa. Kaikki aiheet tässä tutkimuksessa ei esittänyt kirjallisia lupaa. Tutkimus hyväksyi institutionaalisten tarkastuslautakunta (IRB) at NCI, International Agency for Research Cancer (IARC), ja kunkin osallistuvan keskus.

genotyypin

Analysoimme 319 koodaus yksin- nukleotidipolymorfismien (SNP) 21 geenien mukana solujen kasvuun, erilaistumiseen (

AKR1C3

,

EGFR

,

EGF

,

IGFBP3

,

IGFBP5

,

PPARg

,

TGFa

,

VCAM1

,

VEGF

) ja apoptoosin (

CASP1

,

CASP5

,

CASP4

,

CASP12

,

CASP2

,

CASP3

,

CASP6

,

CASP7

,

CASP8

,

CASP10

,

CASP9

,

CASP14

) että meidän hypoteesi voisi lisätä RCC riskiä (taulukko 1). Koska useat kaspaasin geenien sijaitsee suhteellisen lähellä toisiaan, tagSNPs valittiin kattavasti arvioida vaihtelua alueella eikä vain geenin (

CASP1 /5/4/12

ja

CASP8 /10

). TagSNPs joukosta valittiin yhteinen variantteja (pienet alleelifrekvenssit ≥5%) löytyy valkoihoisista käyttäen tagSNP menetelmää [13], jossa on r

2 0,80 tarjoamaan korkean genomista kattavuus. Lisäksi tärkeä nonsynonymous SNP tai joilla on mahdollisia toiminnallisia merkitys oli mukana. Kaikki SNP: t raportoidaan NCI SNP500Cancer tietokanta (https://snp500cancer.nci.nih.gov) [14]. Genotyypitys suoritettiin NCI: n Core genotyypin Facility jossa henkilökunta oli sokaissut asia /valvonta-asema ja päällekkäisiä laadunvalvonta näytteet (5% näytteistä) lomaan levyjä. Kaikki tehtiin genotyypin käyttäen Illumina GoldenGate ® Oligo-allas Kaikki (OPA) määritys, joka oli suunniteltu käyttäen julkisesti sekvenssitiedot. Genotyyppi taajuudet kontrollien joukossa ei havaittu poikkeama odotetusta Hardy-Weinberg tasapainoon osuudet (p 0,05). Kaikki SNP oli genotyypin loppuun asti 98% lukuun ottamatta rs3770472 (96%). Laadunvalvontaa konkordanssin hinnat olivat 97% kaikkien SNP paitsi rs10885493 (92%), rs12416109 (92%), rs10752001 (94%), ja rs13392762 (94%).

Replikointi Study

Yhdysvaltain munuaissyövän Study on väestöpohjainen tapaus-control tutkimus Detroit ja Chicago. Tapaukset olivat asukkaat tutkimuksen aloilla, iältään 20-79 vuotta, joilla oli äskettäin diagnosoitu histologisesti varmennettu munuaissolukarsinooma (ICD-O2 C64.9) helmikuusta 2002 kautta tammikuussa 2007. Kontrollit taajuus-sovitetaan tapauksissa tutkimuksen keskus, rotu , ikä ja sukupuoli. Ohjaimet 65-vuotiailla ja sitä vanhemmilla tunnistettiin Medicare tiedostoja, ja alle 65-vuotiaat tunnistettiin Division of Motor Vehicle kirjaa. Afrikkalainen amerikkalainen tapaukset ja verrokit yli-näytteitä. Kirjallinen suostumus saatiin kaikille osallistujille, ja IRB hyväksynnät saatiin kaikkien osallistuvien tutkimus keskuksissa.

Osallistujat haastateltiin koulutettu haastattelijat tuomaan esiin tietoa demografiset tekijät, tupakan ja alkoholin, ruokavalio, työhistorian, pituus ja paino historia, suvussa syöpä, lisääntymis- historia naisten, sairaushistoria, ja lääkitystausta lukien käyttö laihdutusvalmisteita ja verenpainelääkkeet. Kaikkiaan 1568 valkoihoisilla (856 tapausta ja 712 tarkastukset) ja 884 Afrikkalainen-amerikkalaiset (523 tapausta ja 361 valvonta) haastateltiin. Näistä aiheista, 1109 tapauksia ja 1106 tarkastuksia edellyttäen DNA uutettiin käyttäen standardimenetelmiä. Genotyyppaustulokset oli käytettävissä 966 tapausta ja 977 valvontaa riittävän laadun ja määrän DNA: ta. Koehenkilöille pääasiassa rekrytoitiin Detroit-alueella (84%), ja olivat samanlaiset iän (76% 50 vuotta) ja sukupuoli (57% miehiä), jotka sisältyvät vuoden CEERC tutkimuksessa.

TILASTOANALYYSI

Niistä 987 tapausta ja 1298 valvonta, joka oli voimassa tutkimuksen tiedot ja edellyttäen perimän DNA-analyysit perustuvat 777 tapauksissa ja 1035 valvonta, joka oli riittävän laadukkaita DNA ja onnistuneesti genotyyppi on OPA alustan CEERC tutkimuksessa. Yhdistykset arvioitiin useilla erilaisilla menetelmillä. Global p-arvot arvioitiin käyttäen minimi-p-arvo permutaatio testi [15]. Haplotyypin perustuva menetelmä nimeltään HaploWalk, toteutettiin Matlab, käytettiin tunnistamaan kromosomialueita kohteita tarkastelemalla aluejärjestöjen sijaan vaikutukset yksittäisen SNP. Jotta geeni K SNP, The HaploWalk menettely pidetään 3 SNP liukuvan ikkunan kullekin SNP alkaen SNP 2 kautta SNP K-1. Jotta voidaan ottaa huomioon useita testaus poikki

K

SNP,

K-2

p-arvot (yksi kutakin ikkunan) säädettiin monimuuttujille käyttäen False Discovery Rate (FDR) -controlling menettely Benjamini ja Hochberg [16]. Ikkunat pysyivät merkitsevä FDR 10% tasolle pidettiin ehdokkaana kiinnostava alue. Jos vierekkäiset ikkunat olivat merkittäviä, ne yhdistettävä yhteen ehdokas kiinnostava alue. Haplotyyppien ehdokas lohkossa sitten rekonstruoitiin ja vaikutukset arvioitiin käyttämällä Haplostats (versio 1.3.1) R (versio 2.4.1). Yleisin haplotyyppi käytettiin vertailuryhmänä ja haplotyyppien taajuuksilla alle 1% yhdistettiin yhteen luokkaan testaukseen. Myöhemmin oikaisematon ja säätää (ikä, sukupuoli, ja opintokeskus) kertoimet suhdeluvut (OR) ja 95%: n luottamusväli (95% CI) käyttäen log-lisäaine malli luotiin alueilla, joiden korkea signaali.

yhdistyksen yksittäisten SNP ja riskiä munuaissyövän arvioitiin ehdoton logistinen regressio, oikaistu ikä, sukupuoli, ja tutkimus keskus. Genotyypit arvioitiin koodaamalla homotsygoottinen yleisen alleelin kuin vertaisverkko ryhmä ja erikseen vertaamalla heterotsygoottinen ja homotsygoottinen harvinainen alleelin genotyypit kuin tarkoite ryhmään. Lineaarinen testit trendejä tehtiin sisällyttämällä vaihteleva koodattu 0, 1, ja 2, jotka vastaavat useita harvinaisia ​​alleeleja. Yhdistykset SNP pidettiin vankka jos ne olivat merkitseviä (perustuen p-arvo testi trendin) ja FDR tasolla 20% tai vähemmän. Liberaalimpi FDR taso valittiin tässä vaiheessa analyysin, joka ohjaa meitä kohti SNP, joka voi olla etua aiemmin määriteltyjen alueiden kohteisiin. FDR oikaisu perustui määrästä SNP kunkin geenialueen. Muita säätö mahdollisten sekoittavien tekijöiden (painoindeksi [BMI], itse ilmoitettu verenpainetauti, ja tupakointi) ei aiheuttanut merkittäviä muutoksia riskin arvioita ja ei sisällytetty analyyseihin. Lisäksi olemme tutkineet multiplicative vuorovaikutusta yksittäisten SNP ja ikä, sukupuoli, ja BMI käyttäen uskottavuusosamäärä verrata sovitus mallien kanssa ja ilman vuorovaikutusta termejä. Heterogeenisyys genotyypin taajuuksien eri maissa arvioitiin käyttämällä uskottavuusosamäärä verrata sovitus mallien kanssa ja ilman vuorovaikutusta kannalta, mutta emme löytäneet mitään todisteita heterogeenisyys. Analyysit suoritettiin käyttäen SAS versiossa 9,1 (SAS Institute, Cary, NC).

Tulokset

Suuri osa tutkimusväestö Tsekistä, on hieman suurempi osuus keskuudessa tapauksissa ( Taulukko 2). Kontrollit olivat todennäköisesti mies, mutta olivat samankaltaisia ​​tapauksia ikäjakauman. Tapaukset olivat todennäköisemmin kuin valvonta on korkeampi BMI, on suvussa syöpää, ja raportoi verenpainetauti.

Tulokset maailmanlaajuinen geenipohjaisten testit yhdistyksen sisältyvät taulukkoon 1. Niistä saadut tulokset pienin p-arvo testi,

CASP1 /5 /4/12

,

CASP14

, ja

IGFBP3

olivat lupaavimpia geenialueille, mutta eivät olleet merkittäviä säätämisen jälkeen moninaisuus (kokonaismäärä SNP: iden) koko geeni (taulukko 1). Kuitenkin

CASP1 /5 /4/12

,

EGFR

, ja

IGFBP3

oli suurempi useita merkittäviä SNP (p-arvo suuntaus 0,05) kuin voisi odottaa sattumalta. Lisäksi, haplotyypin perustuvaa liukuikkuna menetelmä, tunnistimme samat geenit alueiden kanssa, jotka liittyvät munuaissyövän riski on FDR tasolla 10%:

CASP1 /5 /4/12

,

EGFR

,

IGFBP3

, ja

VCAM1

(Supplementary kuviot S1, S2, S3).

mielenkiintoinen alue havaittiin, että ulottuu yli alueen ylävirtaan on

CASP1

kautta eksonin 2

CASP5

(Täydennyskuvio S1). Tällä alueella, yksilöitä, joilla on erityinen muunnelma haplotyyppi GGGCTCAGT (OR: 1.40, 95% CI: 1,10-1,78) oli 1,4 kertaa suurempi riski munuaissyövän verrattuna yleisimpien haplotyyppi (taulukko 3). Lihavien kanssa haplotyyppianalyysissä, useita yksittäisiä muunnelmia tämän haplotyypin oli myös nimellinen tilastollisesti merkitseviä munuaisten syöpäriski (taulukko 4). Levittämisen jälkeen FDR säätö, neljä

CASP1

ja

CASP5

SNP (rs1785883, rs568910, rs492859 ja rs507879) katsottiin merkitsevä FDR tasolla 20%. Vahvin yhdistys keskuudessa yksittäisten SNP oli rs507879 (Thr90Ala), joka sijaitsee eksonissa 2

CASP5

. Syrjäisimmillä alueilla (95% CI) heterotsygoottianalyysiin ja homozygoottisia harvinainen genotyypit verrattuna homozygoottisia yhteiseen genotyyppien oli 1,29 (1,03-1,60) ja 1,39 (1,07-1,82; p-arvo suuntaus = 0,01), tässä järjestyksessä. OR ja p-arvo tietyn variantin haplotyyppi oli vahvempi kuin yhdistysten (p-arvo suuntaus) havaittiin mitään yksittäistä SNP tällä alueella, mikä viittaa siihen, että syy-varianttia tämä haplotyyppi ehkä ole genotyyppi.

Meillä oli tilaisuus tehdä nopean replikointi kaikkein tilastollisesti merkittävä havainto,

CASP5

SNP rs507879 Yhdysvalloissa munuaissyöpää Tutkimuskanta (taulukko 5). Vaikka tulokset USA munuaissyöpää Study eivät olleet tilastollisesti merkitseviä, piste arviot olivat samansuuntaisia ​​kuin niillä, CEERC tutkimuksessa. Kliinisten arvio 1,22 (95% CI: 1,04-1,42) havaittiin niille, joilla on ainakin yksi kopio harvinainen alleelin rs507879 kesken valkoihoinen osallistujaa. Kliinisten arvion mukaan lukien sekä valkoihoiset ja Afrikkalainen-amerikkalaiset molemmista tutkimuksista ei ollut selvästi erilainen arvion rajattu valkoihoiset (OR: 1,22, 95% CI: 1,05-1,41, taulukko 5).

liukuikkuna analyysi yli

EGFR

paljasti kolme signaalia sisällä introni 1 (Täydennyskuvio S2). Erityisesti kaksi haplotyyppien keskitetty rs759158 (alue 3) liittyi suurempi riski munuaissyövän (GGG: OR: 1,26, 95% CI: 1,04-1,53 ja ATG: OR: 1,55, 95% CI: 1,14-2,11; taulukko 3) verrattuna yhteiseen haplotyyppi. Toisessa

EGFR

alue, variantti haplotyyppi TGA liittyi suurentunut munuaissyövän verrattuna yhteiseen haplotyyppi (OR: 1,32, 95% CI: 1,02-1,70). Assosiaatioita kolme SNP: iden näissä

EGFR

haplotyyppien (rs11238349, rs6954351, ja rs7796139) olivat nimellisesti tilastollisesti merkittäviä, mutta FDR tasoilla 30% (taulukko 4). Kaksi SNP rs6954351 ja rs7796139 näyttävät olevan vastuussa yhdistysten omilla alueillaan; mutta nämä yhdistykset eivät näytä olevan täysin riippumattomia vaikutuksia SNP kohtalaisesti korreloivat (r

2 = 0,47). Arvioimme lisäksi voimakas signaali

EGFR

integroimalla toisen ja kolmannen alueen muodostamiseksi haplotyypin ulottuu seitsemän SNP introni 1 (Täydentävä taulukko S2). Tavallisiin haplotypes, vaikutus arvioihin haplotypes sisältäviä GGG tai GTG näyttävät olevan jatkuvasti yli 1,0. On mielenkiintoista huomata, että joukossa yhteinen haplotyyppien integroitu alueella, variantti haplotyyppi TGA toisesta alue on läsnä vain joko muunnos haplotyyppi GGG tai GTG, tilastollisesti merkitsevä haplotyyppien kolmannesta alueella. Tämä viittaa siihen, että kaksi haplotyyppien voidaan heijastaa samaa signaalia. Vahva haplotyypin vaikutus havaittiin variantin haplotyyppi TGA-A-GGG, jossa OR = 1,84 (95% CI: 1,25-2,71) ja p-arvo 0,002. Tämä vaikutus oli nopeampi kuin yksittäisille alueille ja vahvistaa käsitystä, että nämä kaksi aluetta liittyvät toisiinsa. Toinen muunnelma haplotyypin integroidussa alueella oli myös tilastollisesti merkitsevä (OR: 1,60; 95% CI: 1,09-2,37), mutta emme pystyneet määrittämään, mitä ajoi tämän -alueella.

IGFBP3

, suuri alue poikki geeni pidettiin huomionarvoista käyttämällä liukuvan ikkunan analyysi (Täydennyskuvio S3). Kaksi alueet määriteltiin arvioimalla kytkentäepätasapaino- poikki tunnistettu alueella. Toinen alue, joka ulottuu alueen eksoni 5-3 ’alavirtaan

IGFBP3

, liittyi globaali p-arvo 0,04. Niistä haplotypes tällä alueella, variantti haplotyyppi AGC (OR: 1,27, 95% CI: 1,06-1,54) ja TAT (OR: 1,62, 95% CI: 1,05-2,51) liittyvän kohonneeseen munuaissyövän riskiä (taulukko 3). Niistä SNP haplotyypin, rs6670 oli tilastollisesti merkitsevästi yhteydessä munuaisten syövän riski on FDR tasolla 20%. Havaitsimme välistä positiivista munuaisten syöpäriski aiheita, jotka oli vähintään yksi kopio harvinainen alleelin kanssa OR = 1,27 (95% CI: 1,04-1,56). Association for haplotyypin AGC, joka sisältää harvinaisia ​​alleeli rs6670, oli hieman vahvempi kuin vaikutus havaittiin yksittäisten SNP ja näyttää johtui ensisijaisesti rs6670. Syy muunnos haplotyypin TAT, ei kuitenkaan ole ilmeistä, mikä viittaa siihen, että syy-variantti ei genotyyppi tässä tutkimuksessa.

VCAM1

, varianttia haplotyypin keskittyy rs3917010 liittyi myös lisääntynyt riski munuaisten syöpä (CAT OR: 1,25, 95% CI: 1,01-1,54; taulukko 3). Kuitenkaan yksikään

VCAM1

SNP liittyivät merkittävästi munuaisten syöpäriski jälkeen FDR säädön. Vaikka tilastollisesti merkitsevä assosiaatio havaittiin, tämä yhdistys voisi olla väärä, koska vaikutukset havaittiin haplotyypin eivät ole yhdenmukaisia ​​yksittäisten SNP yhdistystä tämä haplotyyppi (Täydentävä taulukko S1).

Tulokset tarkkoja analyysejä kaikkien SNP löytyvät Supplemental taulukossa S1. Ei tilastollisesti merkittävä vuorovaikutus välillä tilastollisesti merkitsevä SNP: itä ja mahdollinen vaikutus määritteet (ikä, sukupuoli, ja BMI) havaittiin (tuloksia ei ole esitetty). Muita herkkyysanalyysit rajoitu RCC (n = 627 tapausta) ja selkeä solu RCC (n = 564 tapausta) ei merkitsevästi muuttaa mitä tahansa aiemmin havaittujen yhdistysten (tuloksia ei ole esitetty).

Keskustelu

tässä tutkimuksessa teimme valmistelevan analyysin 319 SNP tai noin 21 osallistuvien geenien solujen kasvun /erilaistuminen ja apoptoosin väyliä suhteessa munuaisten syöpäriskiä. Havaitsimme molemmat haplotyyppien ja SNP

CASP1 /5 /4/12

,

EGFR

, ja

IGFBP3

että tilastollisesti merkitsevää yhteyttä riskiä munuaisten syöpään. Yhdistykset välillä SNP muista tutkituista solujen kasvun /erilaistumiseen ja apoptoosireitin geenit olivat heikot ja vähemmän lupaava.

On olemassa vahvaa näyttöä tukemaan biologista merkitystä geneettisten varianttien

EGFR

ja

IGFBP3

ja munuaisten syöpäriskiä.

EGFR

koodaa transmembraanisen kasvutekijän reseptori, joka on keskeisessä asemassa signaalinvälitysreitin säätelevät solujen lisääntymistä, erilaistumista, ja selviytymistä [17], [18]. Tuore tutkimus on ehdottanut ylimääräinen rooli EGFR vuorovaikutuksessa ja vakauttaa natrium /glukoosi kotransportteri 1 (SGLT1), mikä auttaa säilyttämään solunsisäisiä glukoosipitoisuutta alhaisen solunulkoisen glukoosin ympäristöissä ja estää solukuolemaa syntyminen [19]. Tämä on erityisen tärkeää munuaissyövän, koska sekä EGFR ja SGLT1 ilmaistaan ​​munuaisissa, jossa glukoosin otto on tärkeää [20]. Altered glukoosiaineenvaihdunnan on yksi tärkeimmistä hypoteesien ajatellut selittää yhdistyksen välillä diabetes ja munuaisten syöpään. Tähän mennessä useimmat tutkimukset ovat keskittyneet arvioimaan

EGFR

suhteessa syövän etenemiseen ja kohdennettu hoito [21], [22]. On mielenkiintoista huomata, että ensimmäinen intronin

EGFR

( 120 kb) on osoitettu olevan tärkeä sääntelyn ala [21], [23]. Erittäin polymorfinen (CA)

n toistuvat introni 1

EGFR

, noin 1,5 kb myötävirtaan eksonin 1, on liittynyt vähentynyt

EGFR

transkriptio useissa tutkimuksissa [24] , [25]. Tämä mikrosatelliitti näyttää olevan kytkentäepätasapainossa useita SNP tuntematon funktio promoottorialue tästä geenistä, sekä [26]. Yksi näistä variantteja (rs759171) myös genotyyppi tässä tutkimuksessa, mutta ei liittynyt munuaisten syöpäriski (Täydentävä taulukko S1). Tässä tutkimuksessa kolme SNP (rs11238349, rs6954351, ja rs7796139) alkaen intronin 1

EGFR

ja tunnistettu kautta aloitusnäyttö olivat tilastollisesti merkitsevästi yhteydessä riski munuaisten syöpään. Näistä kolmesta SNP vain rs6954351 ja rs7796139 olivat kohtalaisen korreloi (r

2 = 0,47) toistensa kanssa. Myöhemmät analyysit viittaavat siihen, että ehkä haplotyypin, joka sisältää nämä kaksi SNP voidaan ajaa yhdistysten löytyy tällä alueella. Mekanismi, jonka avulla nämä introni-SNP: iden (tai vaihtoehtojen kytkentäepätasapainossa näiden SNP) saattavat vaikuttaa munuaisten syövän riski on tuntematon, mutta ne sijaita toiminnallisesti relevantin alueen

EGFR

joka on liittynyt vähentynyt EGFR transkriptio ja proteiinin ilmentyminen ihmisillä.

Samanlaisia ​​meidän havainnot

EGFR

,

IGFBP3

alueet liittyvät muokattu riski näyttää olevan toiminnallisesti tärkeitä syövän.

IGFBP3

koodaa IGF sitova proteiini 3 ja on ensisijainen kantavan verenkierrossa IGF-1. Alentaminen määrän IGFBP3 saatavilla tuloksia lisääntymiseen määriä vapaata IGF-1, tekijä liittyy kasvua, lisääntymistä, ja kohonnut riski useiden syöpien [27], [28]. Riippumaton IGF-1, IGFBP3 on myös osoitettu vaikuttavan solujen lisääntymisen ja apoptoosin kautta vuorovaikutusta useita signalointireittejä [29], [30]. Suhteessa munuaissyövän, kokeelliset tutkimukset ovat osoittaneet, että

IGFBP3

ilmentyminen lisääntyy keskuudessa selkeä solu munuaisten kasvaimia ja munuaissyövän solulinjoissa [31], [32]. Promoottorialueen

IGFBP3

on myös havaittu olevan usein hypermetyloitunut ensisijainen munuaisten kasvaimet, mutta unmethhylated joukossa normaaleja soluja [33]. Havaitsimme tilastollisesti merkittävä kasvu munuaisten syövän riski rs6670 sijaitsee 3’alue (UTR) on

IGFBP3

. Variantit 3’UTR voisi osallistua vakauden ja ilmentymistä mRNA [34].

IGFBP3

vaihtelua on arvioitu useita muita syöpää sivustoja [35], mutta tämä on ensimmäinen tutkimus, jossa arvioidaan SNP suhteessa munuaisten syöpään. Assosiaatiotutkimuksissa, SNP

IGFBP3

ja IGF liittyvät geenit (

IGF-1

ja

IGFBP1

) ovat liittyneet kiertävien IGF-1 ja IGFBP-3 tasoa [ ,,,0],36], [37].

IGFBP3

SNP rs6670 (A alleeli) ei suoraan liittynyt IGFBP-3 tasoa mutta heikosti liittynyt laskeva verenkierrossa IGF-1 tasot [36]. Tämä ei ole täysin sopusoinnussa positiivinen yhteys havaitsimme kanssa munuaissyövän tutkimuksessamme, mutta ehdottaa, että lisätutkimuksia tarvitaan selvittämään yhdistysten havaittu.

CASP1

,

CASP4

,

CASP5

ja

CASP12

kuuluvat kaspaasi-alaryhmän kutsutaan tulehduksellinen kaspaasit, jotka ovat mukana kypsymisen tulehduksellisten sytokiinien (Il-1β ja IL-18), lisäksi niiden rooli apoptoottisten reittien [9], [38], [39]. Huolimatta niiden osallistuminen kaksi keskeistä karsinogeenisia väyliä, tulehdus ja apoptoosin, harvat julkaistut raportit ovat arvioineet geneettistä vaihtelua näissä neljässä kaspaasi geenit suhteessa syöpään. Tutkimuksessamme kolme

CASP1 /5 /4/12

SNP (rs568910, rs492859, rs507879) liittyi lisääntynyt riski munuaissyövän, kun taas yksi SNP (rs1785883) liittyi pienentynyt riski. Neljä SNP: tä vain heikosti korreloivat keskenään (r

2 0,5), paitsi rs492859 ja rs568910 jotka korreloivat voimakkaasti (r

2 = 0,99) sisällä tietoja. Vahvin yksittäinen SNP yhdessä munuaissyövän havaittiin rs507879, sijaitsevat eksonin 2

CASP5

ja johtaa missensemutaatio ja aminohapposubstituution (Thr90Ala). Toiminta tässä eksonin 2 SNP on epäselvä, ja on ennustettu olevan hyvänlaatuinen mutaation PolyPhen. Kuitenkin yhteinen somaattinen mutaatio eksonissa 2 on myös tunnistettu leukemiat ja, maha-, paksusuoli-, ja keuhkosyöpää, mutta ei ole vielä tutkittu munuaisten kasvaimissa [40] – [43]. Somaattisen mutaation mononukleotidi toisto (A)

10 eksonissa 2 tuottaa siirtymän lukukehyksessä transkription aikana tuloksena on ennenaikainen pysäytys ja katkaistun proteiinin. Tämä viittaa siihen, että tällä alueella

CASP5

voi olla erityisen tärkeää syövän synnyn.

Tietääksemme tämä on ensimmäinen tutkimus, jossa arvioidaan SNP kaikissa paitsi kahdessa näistä kasvun /erilaistuminen ja apoptoosin geenit suhteessa munuaisten syöpään. Ensisijainen painopiste toistaiseksi alalla munuaissyövän herkkyys on ollut geneettisiä variantteja xenobiotic aineenvaihdunnan geeni [12], [44] ja von Hippel-Lindaun (

VHL

) geeni, joka johtaa lisääntyneeseen riskiä perinnöllinen muoto munuaissyövän [45], vain kolme pientä tutkimukset ovat arvioineet variantit

PPARg

ja

VEGF

suhteessa munuaisten syöpään. Smith et ai. (N = 40 tapausta) todettiin, että harvinaisen alleelin

PPARg

P12a polymorfismi (rs1801282) oli aliedustettuina joukossa RCC potilaiden kontrolleihin verrattuna, jossa OR muutossuunnat 0,28 (0,08-1,01) [46]. Tämä havainto on yhtäpitävä tulosten analyysimme (tai trendi: 0,80; 95% CI: ,67-,96), mutta tämä SNP ei pidetty tilastollisesti merkitsevä jälkeen FDR säädön. Kawai et ai. (N = 213 tapausta) [47] havaittiin heikko yhdistys kolmesta

VEGF

promoottori polymorfismien (rs1570360, rs2010963, rs699947) ja munuaissyövän etenemisen ja ennusteen; ja Abe et al. (N = 145 tapausta) [48] havaitsivat nonsignificant yhdistys kolmesta

VEGF

3’UTR polymorfismien (C702T -dbSNP tunniste numero on tuntematon, rs3025039, rs10434) ja munuaissyövän riskiä Japani populaatioissa. Kolme näistä SNP genotyypattiin tutkimuksessamme (rs2010963, rs699947, rs3025039), mutta vain SNP rs699947 osoitti heikkoa mutta nonsignificant yhdessä munuaisten syöpäriskiä. Meidän analyysi

VEGF

paljasti vain yksi nimellisesti merkittävästi SNP promoottorialueella (rs833058; Supplemental Taulukko S1), joka korreloi rs699947 (r

2 = 0,65).

vahvuus