PLoS ONE: Detection of MET geenikopiomäärä syöpänäytteissä käyttäminen pisaroiden Digital PCR menetelmä
tiivistelmä
Tarkoitus
analyysi
MET
geenikopiomäärä (CN) on pidetty mahdollisena biomerkkiaine ennustaa vaste MET kohdistetun hoitoja erilaisissa syövissä. Kuitenkin nykyinen standardimenetelmiä määrittämään
MET
CN ovat SNP 6,0 genomisessa DNA syöpäsolulinjoista ja fluoresenssia
in situ
-hybridisaatio (FISH) kasvainmalleissa, vastaavasti, jotka ovat kalliita ja edellyttävät kehittynyttä teknistä osaamista ja tuloksen suhteellisen subjektiivisia. Siksi käytimme uutta menetelmää, pisara digitaalinen PCR (ddPCR), määrittää
MET
geenikopiomäärä suurella tarkkuudella ja tarkkuuden.
Methods
genomista DNA syövän solulinjoja tai kasvainmuodoista testattiin ja verrattiin
MET
geeni CN ja
MET /CEN-7
suhde määräytyy SNP 6,0 ja FISH, vastaavasti.
tulokset
solulinjoissa, lineaarinen yhdistys
MET
CN havaita ddPCR ja SNP 6.0 on vahva (Pearsonin korrelaatio = 0,867). Vuonna kasvainmuodosta,
MET
CN havaita ddPCR oli merkitsevästi erilainen
MET
geenin monistuminen ja ei-vahvistus ryhmiin FISH (keskiarvo: 15,4 vs. 2,1;
P
= 0,044). Koska
MET
geenimonistuman määritellään
MET
CN 5,5 ddPCR, viskositeettiluku oli vuosina ddPCR ja FISH oli 98,0%, ja Cohenin kappa kerroin oli 0,760 (95% CI, 0,498-1,000;
P
0,001).
Johtopäätökset
tulokset osoittivat, että ddPCR menetelmällä on mahdollista määrittää
MET
geeni kopiomäärä suurella tarkkuudella ja tarkkuus verrattuna tuloksiin SNP 6,0 ja FISH syöpäsolulinjoissa ja kasvain näytteissä, vastaavasti.
Citation: Zhang Y, Tang ET, Du Z (2016) havaitseminen
MET
geenikopiomäärä syöpänäytteissä käyttäminen pisaroiden Digital PCR Method. PLoS ONE 11 (1): e0146784. doi: 10,1371 /journal.pone.0146784
Toimittaja: Soheil S. Dadras, University of Connecticut Health Center, Yhdysvallat