Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

todisteet osoittavat selvästi, että spontaani kaksinkertainen mutaatioita normaaleissa hiiren kudoksissa yleensä syntyvät chronocoordinate tapahtumista. Nämä chronocoordinate mutaatiot joskus heijastaa ”mutaatio suihkut”, jotka ovat useita chronocoordinate mutaatioita ulottuu paljon kiloemästä. Kuitenkin vähän tiedetään mutageneesiä kaksinkertainen ja multipletti mutaatioita (domuplets) ihmisen syövässä. Keuhkosyöpä osuus on noin 25% kaikista syöpäkuolemista. Tässä analysoimme epidemiologiaa domuplets

EGFR

ja

TP53

geenien keuhkosyöpä.

EGFR

geeni on onkogeenin, joka dubletti ovat yleensä kuljettaja plus kuljettajan mutaatioita, kun taas

TP53

geeni on tuumorisuppressorigeeni entistä tyypillinen tilanne, jossa dubletti peräisin kuljettaja ja matkustaja mutaatio.

Menetelmät /Principal havainnot

EGFR

mutaatiot tunnistettiin sekvensoimalla kerättiin 66 julkaistuja tutkimuksia ja päivitetyt

EGFR

mutaatio tietokanta (www .egfr.org).

TP53

mutaatioita kerättiin IARC versiosta 12 (www-p53.iarc.fr). Sillä

EGFR

ja

TP53

kaksoispiikki, ei selvästi merkittäviä eroja rodun, etnisen alkuperän, sukupuolen ja tupakointi havaittiin. Doublets

EGFR

ja

TP53

geenien ihmisen keuhkosyöpä ovat koholla noin kahdeksan ja kolminkertaiseksi, tässä järjestyksessä, suhteessa spontaani dupleteiksi hiiren (6% ja 2,3% vs. 0,7% ).

Johtopäätökset /merkitys

Vaikka kukaan ominaisuus on lopullinen yhteenlaskettu ominaisuuksia kaksinkertainen ja moninkertainen mutaatiot keuhkosyöpä ovat johdonmukaisia ​​alaryhmä johdettu chronocoordinate tapahtumista

EGFR

geeni: i) kahdeksan kehyksenvaihdon dupleteiksi (läsnä 0,5% kaikista potilaista, joilla

EGFR

mutaatiot) ovat ryhmittyneet ja tuottaa netto-frame muutoksia; ii) noin 32%: kaksoispiikki ovat hyvin lähekkäin (≤30 nt); ja iii) multipleteissä sisältää kaksi tai useampia lähekkäin mutaatioita.

TP53

mutaatiot keuhkosyöpä ovat hyvin lähekkäin (≤30 nt) 33%: kaksoispiikki, ja multipleteissä sisältävät yleensä kaksi tai useampia hyvin lähekkäin mutaatioita. Työ mallissa järjestelmissä on tarpeen vahvistaa merkityksen chronocoordinate tapahtumista keuhko- ja muiden syöpien.

Citation: Chen Z, Feng J, Buzin CH, Sommer SS (2008) Epidemiology Doublet /moninkertainen Mutaatiot keuhkosyöpätapauksista : Evidence että osajoukon tulee esiin Chronocoordinate Events. PLoS ONE 3 (11): e3714. doi: 10,1371 /journal.pone.0003714

Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 04 elokuu 2008; Hyväksytty: 10 lokakuu 2008; Julkaistu 13 marraskuuta 2008

Copyright: © 2008 Sommer et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Institution.

kilpailevat edut: kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Syöpä on heterogeeninen, monivaiheinen, monimutkainen geneettinen sairaus, joka johtuu kertyneen mutaatioista. Syövät yleisesti katsottiin johtuvan siitä, että kertyminen arviolta 5-7 taudinaiheuttajamutaatioita [1], [2]. Viime aikoina on kuitenkin Vogelstein ja muut ovat osoittaneet rintasyövän ja paksusuolen ja peräsuolen syöpiä että yksittäiset kasvaimet kertyvät ~90 somaattisesti mutatoitunut geeni [3]. Kuitenkin huomattavasti pienempi määrä (arviolta ~11) todennäköisesti osallisena kasvainten synnyssä missä tahansa kasvain. Kertyminen niin paljon maksuihin mutaatioita on vaikea selittää yksinomaan taajuus useita itsenäisiä mutaatiotapahtumasta. Mutaatioiden tietyissä syövissä voi heijastaa mutaattori- ilmiasuun maailmanlaajuisesti satunnaisten mutaatioiden [4] – [6]. Juokseva valinta tarjoaa toisen selityksen [7], [8]. Yksi mutaatio aiheuttaa yli-replikointi, synnyttää klooni, joka edelleen yli-jäljittelee johtuen Toinen mutaatio, jne. Viime aikoina olemassaolo mutaation suihkut raportoitu, nostamalla mahdollisuutta ”syöpä hetkessä”, jos hajallaan mutaatio suihkut tapahtua . Mutaatio suihkut havaittiin sen jälkeen, kun analyysit geeninsisäinen dubletti mutaatioita osoitti, että ne olivat kasaantuneet ja chronocoordinate [9].

osoitti, että suurin osa dubletti

EGFR

geeni on eri mutaatio kuvion suhteellinen että aluspaidat ja koostuvat kuljettaja plusterä mutaatioita johtuen peräkkäinen tai chronocoordinate mutaatioita, oletettavasti seuraa toiminnallinen valinta kaksi yksittäin optimaalista mutaatioita [10]. Lisäksi hankittiin toinen mutaatioita (esimerkiksi T790M) neljässä

EGFR

kaksoispiikki on raportoitu hoidon jälkeen gefitinibin ja erlotinibin ja liittyvät lääkeresistensseihin ja taudin uusiutumisen [11], [12]. Sitä vastoin useimmat

TP53

ja

lacI

dupleteiksi näyttää kuljettajalle plus matkustaja mutaatiot keuhkosyövässä ja normaalissa Big Blue hiirikudoksessa, vastaavasti. Kuitenkin epidemiologian ja mekanismeista mutageneesi kaksoispiikki ja useita mutaatioita ovat epäselviä.

Valaistaan ​​taajuuden kaksoispiikki ja erillisten mutaatio malli ja taajuuksien

EGFR

geeni, epidemiologiaa doublet mutaatiot keuhkosyövän analysoidaan ja verrataan että kaksoispiikki

TP53

geeni. Tässä huomaamme, että tupakointi asema, rodun, etnisen alkuperän, sukupuolen ja iän ei riskitekijöitä, kaksinkertainen esiintyminen

EGFR

ja

TP53

geenejä. Suhteellinen taajuus kaksoispiikki on suurempi ihmisen keuhkosyövän kuin normaalissa hiiren kudoksessa. Olemassaolo OMIDI parit (katso Termit ja lyhenteet materiaalit ja menetelmät) in

EGFR

, tiheä alleelista verrattuna yhdisteen heterotsygoottianalyysiin kaksoispiikki, tiheä lähekkäin dubletti, ja klusterointi multipleteissä ovat yhdenmukaisia chronocoordinate mutaatiot vaikuttavat ainakin osajoukko

EGFR

ja

TP53

kaksinkertainen ja moninkertainen mutaatioita löydetty ihmisen keuhkosyöpä.

tulokset

Epidemiology dubletti mutaatioita EGFR ja TP53 geenien keuhkosyövän

analyysi tupakoinnin tilan, sukupuolen ja etnisen alkuperän ei paljasta merkittävää eroa kaksinkertainen taajuus

EGFR

geeni (taulukko 1, taulukko S1). Keski-ikä potilailla, joilla aluspaidat ja dupleteiksi on samankaltainen (61,4 ± 11,3

vs

65,8 ± 10,3).

tulokset

TP53

geenin keuhkoissa syöpä ovat samankaltaisia ​​yhtä poikkeusta lukuun ottamatta. Taajuus

TP53

dubletti on merkittävästi suurempi aasialaisilla kuin kaukasialaisissa (3,2%

vs

1,8%, P = 0,03) (taulukko 1, taulukko S2), mutta tämä ei ole merkittävä, kun korjattu monivertailu (kuusi Fisherin Exact Testit suoritetaan

EGFR

ja

TP53

geenejä). Muita tietoja, joita tarvitaan arvioitaessa tässä vaiheessa.

Kaiken 98/1627 (6,0%) EGFR mutaatioita ja 54/2387 (2,3%) TP53 mutaatioita ihmisen keuhkosyöpää ovat kaksoispiikki, paljon korkeammalla taajuudella kuin että havaittu

lacI

geenin Big Blue hiirillä (8-kertainen ja 3-kertaiseksi) (taulukko 2).

Doublets taipumus keskittyä vuonna EGFR ja TP53 geenien keuhkosyöpä: Tällä ”puoliintumisaika mutaatio väli” on 9 bp ja 15 bp, vastaavasti

Spontaani

lacI

dupleteiksi (0,7% kaikista mutaatioista) ovat ryhmittyneet kanssa välit istuva eksponentiaalista jakelu ja esittävät samanlaista mutaatio malli aluspaidat, osoittaa chronocoordinate tapahtuma [13], [14]. Perustuu kaksinkertainen väli kahden mutaation,

EGFR

dupleteiksi voidaan jakaa kahteen ryhmään: proksimaalisen ryhmä ( 100 emäsparin, keskimääräinen etäisyys 22,8 ± 24,4-bp) ja distaalisen ryhmä ( 809 emäsparin , keskimääräinen etäisyys 12,3 ± 5,1 kb) (taulukko S1). Analogisesti

lacI

kaksoispiikki, alaryhmä [40% (39/98)] on

EGFR

dupleteiksi esiintyvät samassa eksonissa proksimaaliseen välit on esitetty eksponentiaalinen (R

2 = 0,9979 ) kuin lähes tasainen jakautuminen (kuva S1). Puolet dupleteiksi ovat mutaatiot erotetaan 9 bp tai vähemmän (jäljempänä ”puoliintumisaika mutaation väli”, katso Terminologia Materiaalit ja menetelmät).

välit jakelu

TP53

dupleteiksi keuhkossa syöpä esiintyy samassa eksonissa (43%, 23/54) osoittaa myös proksimaalinen etäisyys ( 86 bp, keskimäärin 20,2 ± 20,9 bp) ja sopii eksponentiaalinen jakauma (R

2 = 0,979) (taulukko S2, kuva S1), jonka puoliintumisaika mutaation väli 15 bp. Doublets esiintyvät eri eksonit on distaalinen välit (131-4504 emäsparia, keskimäärin 1317,9 ± 1000 emäsparia) erotettu introni. Samanlainen väli on, että keuhkosyövän löydettiin

TP53

dupleteiksi saman eksonin rinta- ja paksusuolen syövän kanssa puoliintumisaika mutaation väli 24 ja 16 bp, vastaavasti (taulukot S4 ja S5) .

Niinpä noin kolmasosa

EGFR

ja

TP53

dupleteiksi ovat erittäin ryhmittyneet (≤ 30 emäsparia) ja kaikki dupleteiksi esiintyvien yhden eksonin on kansainvälisten mutaatio väli että eksponenttijakaumaa eikä odotettua lähes tasainen jakautuminen, sopusoinnussa chronocoordinate tapahtumia

lacI

normaalissa hiirikudoksessa.

Euroopan OMIDI parit ovat vahvoja todisteita Klusteroitujen chronocoordinate mutaatioiden

suurin osa spontaani ihmisten germlime tai somaattisia hiiren MIDIS ovat OMIDIs (

FIX

, Big Blue); todellakin, noin puolet on yhden emäsdeleetiota [15] – [18]. Sen sijaan on hyvin pieni osuus OMIDIs (0,26%, 4/1526) ja nonsensemutaatiota (0,13%, 2/1526) in

EGFR

aluspaidat, sopusoinnussa vahva valinta mutaatioita, jotka muuttavat, poistamisen sijaan, funktio. Kahdeksan 98 (6%)

EGFR

dupleteiksi sisältävät parin lukukehysmutaatioita (OMIDI paria; katso lyhenteitä materiaalit ja menetelmät). Kaikki kahdeksan OMIDI parit lähekkäin (taulukko 3, kuvio S2), jossa tulos on in-frame-mutaatio. Annettu yksi OMIDI mutaatio, toinen satunnainen mutaatio 3 ’ensimmäiseen (joko IMIDI tai OMIDI) palauttaa lukukehyksen ainoastaan ​​1/3 ajasta, ja osa-osa, joka kolmas on edelleen proteiinin lyhennetty, koska nonsense-mutaatio tapahtuu ennen toisen mutaation. Kaikkiaan 0,49% ilmoitetuista

EGFR

mutaatioita (8/1627) ovat ryhmittyneet OMIDI paria ilman tynkämutaation tapahtuvat ennen toista OMIDI. Nämä kahdeksan OMIDI paria odotetaan sijaita samassa alleeli; muuten yhdiste heterotsygoottinen OMIDI dupleteiksi johtaa kahteen alleeliset katkaisut, poistamalla kaikki

EGFR

geenien toiminnan. Samaan aikaan molemmat ryhmittyneet OMIDIs tulisi myös esiintyä peräkkäin (chronocoordinate mutaatiot) samassa solussa aikana, koska usein toissijaisten mutaatioiden satunnaisesti esiintyvät proliferaatiota solun vajavainen tuloksena yhdestä OMIDI on harvinaista. Loput 14 deleetiot (eksonien), 9 indeleitä ja 3 dupleteiksi ovat lukukehyksessä (IMIDI) mutaatiot (taulukko 2; Taulukko S1).

mutaatioita yhden OMIDI parin raportoitu

TP53

geeni ovat 2309 emäsparin toisistaan, eri eksonit (taulukko S2, ID # 14373), ja, toisin kuin OMIDI paria

EGFR

geeni, eivät yhdessä palauttaa lukukehyksen.

EGFR multipleteissä ovat sopusoinnussa singlet ja erittäin ryhmitelty chronocoordinate toinen mutaatio

Neljä kolmoset ja yksi quadruplet in

EGFR

löydettiin taajuudella 0,3% (5 /1627) keuhkosyövässä mutaatioita ennen käsittelyä tyrosiinikinaasi-inhibiittorilla (TKI) (taulukko 4). On kiinnostava että paria mutaatiot kussakin kolmoset ja kolme mutaatiota sisällä quadruplet tiiviisti ryhmittyneet proksimaaliseen väli (3-60 kp), samanlainen dupleteiksi in

lacI

normaaleissa hiiren kudoksissa. Kolmas mutaatio sijaitsee eri eksonissa jossa distaalinen välit. Tiedot ovat yhdenmukaisia ​​peräkkäinen valinta kahden mutaation, jossa yksi mutaatioista on chronocoordinate dubletti tai tripletin.

TP53

multipletteinä (6 tripletit ja yksi quadruplet) on myös osuus 0,3% ( 7/2387) koko mutaatioita (taulukko S3). Viisi multipletteinä (71%, 5/7) asuvat samassa eksonissa tai kaksi eksonia, sopusoinnussa yksi mutaatio ja yksi chronocoordinate dupletti. Seitsemän multipletit oli mutaatiot erotetaan 15 välit alueilla. Näistä kuusi oli erittäin ryhmittyneet (≤30 nt) ja yhdeksän oli 100 nukleotidin tai vähemmän. Kahdeksankymmentä prosenttia (16/20) eri mutaatioiden rintasyövän ja 76% (25/33) kolorektaalisyövässä myös sijaita yhdessä tai kahdessa eksonia (taulukot S6, S7).

vertailu OMIDI paria ja lähekkäin kaksinkertainen ja moninkertainen mutaatioita

EGFR

ja

TP53

geenien esitetty taulukossa 5. taajuus OMIDI parien

EGFR

geeni on noin 10 kertaa suurempi kuin

TP53

geenin (ja yksi OMIDI pari

TP53

geeni ei johda netto-frame mutaatio), mikä useammin valikoiman mutaatioita jotka muuttavat sen sijaan poistaa, EGFR proteiinin toimintaan. Taajuus lähekkäin mutaatioiden dubletti ja multiplettia molemmat geenit on samanlainen.

Kaikki ominaista EGFR dupleteiksi ovat alleeliset: merkittävä osajoukko chronocoordinate mutaatioiden tarjoaa vaihtoehtoisen selityksen

kasvot arvo, allelism tiedot viittaavat siihen, että kuljettaja /kuljettaja mutaatiot

EGFR

tarvitse olla samassa molekyylissä [10]. Kuitenkin, että on olemassa huomattava osajoukko chronocoordinate mutaatioiden tarjoaa vaihtoehtoinen selitys. Kuusitoista heterotsygoottinen

EGFR

dupleteiksi kolmesta eri tutkimuksissa on analysoitu kloonaamalla tai alleelispesifinen vahvistusta (taulukko S1) [10], [19], [20]. Myöhemmät sekvensointi, paljasti, että kaikki nämä alleelit olivat joko kaksinkertaisesti mutatoitunut tai villityypin, mikä osoittaa, että kaikissa tapauksissa, sekä mutaatiot sijaitsevat samassa alleeli. Jos kaksinkertainen parit johtuvat riippumattomien tapahtumista, puolet voidaan olettaa olevan yhdisteen heterotsygootteja. Havainto on 100% allelism (16/16) vs. nolla yhdistettä heterozygootit (p = 0,002) voi heijastaa että toiminnallisesti, kuljettaja /kuljettaja mutaatiot oltava samassa molekyylissä vaikka EGFR proteiini muodostaa dimeerejä [10] . Kuitenkin tiedot ovat yhdenmukaisia ​​50% chronocoordinate tapahtumia, joilla oletetaan aikana lohkon lisääntymään tai laastari korjata, ja 50% itsenäinen peräkkäisiä mutaatioita ilman vaatimusta, että molemmat mutaatiot olla samassa molekyylissä (8 8 alleelimutaatioiden havaittiin, kun 4 8 ovat odotetaan sattumanvaraisesti, p≤0.08).

Valitettavasti tietojemme mukaan alleelinen tarkastelu ollut suoritettu heterotsygoottinen

TP53

dupleteiksi.

keskustelu

Esitämme ensimmäisen analyysin epidemiologian kaksoispiikki keuhkosyövässä. Tupakointi tila, rodun, etnisen alkuperän, sukupuolen ja iän ei riskitekijöitä, kaksinkertainen esiintyminen keuhkosyöpää. Tiheä ryhmittyneet dupletti, eksponentiaalinen jakauma väli, esiintyminen lukukehyksessä klusteroitu OMIDI paria, alleelinen luonne kaksoispiikki, ja ryhmittämistä multiplettia

EGFR

ja

TP53

ovat yhdenmukaisia ​​merkittävä vähemmistö chronocoordinate mutaatioita ihmisen syövän. Kuitenkin on olemassa varoitukset kutakin edellä havainnot (katso jäljempänä).

osoittaa, että kaksoispiikki ovat yleisempiä

EGFR

ja

TP53

geenejä ihmisen syövässä kuin spontaaniin somaattiset mutaatiot normaalissa hiiren kudoksessa. Rajoitusten puitteissa otoskoko, kaksinkertainen taajuus ei tietenkään riipu tupakointistatus, sukupuolen, etnisen alkuperän tai iän.

TP53

-geeni on mutatoitunut noin puolet kaikista kasvaimista, ja sitä voidaan käyttää ”perimän muutoksia testin”, joka on suhteellinen taajuudet eri mutaatio voidaan käyttää epidemiologinen välineenä tutkia panos eksogeenisen mutageenien vs. endogeeninen prosesseja rintasyöpiä [21], [22]. Oletimme, että korkeampi mutaationopeudet odotettavissa tupakoitsijoilla olisi useammin tuottaa kaksinkertainen mutaatioita. Kuitenkaan ei ole merkittävää eroa tupakoitsijoiden ja tupakoimattomien, sopusoinnussa dubletti ja multipleteissä johtuvat endogeenisen prosesseista.

Data ovat yhdenmukaisia ​​chronocoordinate mutaatioita (jossa varauksin) B

Useat näkökohtia tiedot ovat yhdenmukaisia ​​alaryhmä

EGFR

ja

TP53

dupleteiksi johtuvat choronocoordinate tapahtumista pikemmin kuin hypermutatoitavuuden (random jaetaan väli) tai peräkkäinen valinta. Noin 32-35%: n dupletti löytyy

TP53

(35%, 19/54) ja

EGFR

(32%, 31/98) geenit ovat joko OMIDI pareittain tai erittäin ryhmittyneet dupleteiksi erotettu ≤30 nt. On kuitenkin olemassa epävarmuustekijöitä kunkin katsoa, ​​että on suljettava pois tulevaisuudessa työtä.

Tärkein arvo tässä analyysissä on tuottaa tietoja, jotka rajoittavat meidän hypoteeseja ja, jonka Occam

”

s partakone, luo yksinkertainen hypoteesi (osajoukon chronocoordinate tapahtumat) yhdenmukaisia ​​useita datayhteyksiä.

(1) OMIDI parit ovat paras todiste chronocoordinate mutaatioita. Useimmille geenit, valtaosa spontaani MIDIS ovat OMIDIs, mutta

EGFR

geeni, OMIDIs ovat harvinaisia, sopusoinnussa yleisen valinta muuttuneen funktion sijaan puute toiminto. On huomattava, että kahdeksan

EGFR

dupleteiksi sisältävä OMIDI paria kaikki ovat lähekkäin mutaatioita, jotka johtavat netto-frame mutaatio, tuottaen siten EGFR-proteiinin kanssa mahdollisesti muuttunut sijaan poissa, funktio. Kuitenkaan ole kokeellisia todisteita siitä, että proteiini, joka sisältää yhtä näistä dubletti mutaatioiden on osoitettu. Järkevin selitys tälle esiintymisen kautta chronocoordinate mutaatioita, jotka valitaan yhdessä muuttuneen proteiinin toiminnan. Vaihtoehtoinen selitys on, että OMIDI paria voisi jotenkin olla peräkkäisiä, vaikka satunnaisten mutaatioiden muutaman nukleotidin genomissa on erittäin epätodennäköistä.

(2) suhteellisen korkealla taajuudella aihekokonaisuuksien dubletti mutaatioita

EGFR

geeni on sopusoinnussa chronocoordinate mutaatioita. Eksponentiaalijakauman on väli kaksi mutaatiota

EGFR

ja

TP53

dupleteiksi samassa eksonit (R

2 = 0,98) on erittäin epätodennäköistä sattumalta.

simulaatio suoritettiin aikaisemmin kullekin

TP53

eksonit 5-9 testata nollahypoteesia että mutaatiot

TP53

dupleteiksi ovat riippumattomia tapahtumia ja että jakautuminen väli kaksi mutaatiota riippuu vain spektrin mutaatioiden

TP53

geeni ja koko mutaation kohde [13]. Ensimmäinen mutaatio Jokaisen simuloidun dupletti vedettiin satunnaisesti perustuen havaitun jakeluun singlet mutaatioita tietyssä eksonissa. Käyttäen singlet jakelun päässä TP53 IARC tietokanta (release 8) osuus bias, joka voi johtua lähekkäin kriisipesäkkeisiin. Toinen mutaatio dubletti vedettiin satunnaisesti perustuu tasainen jakauma yli TP53 koodaussekvenssin että eksonin, koska se on todennäköisesti ”hitchhiker” (matkustajien) mutaatio, sen sijaan, että kuljettaja mutaation kasvain.

mutaatio väli simuloidussa dupleteiksi verrattiin 402 todellinen

TP53

dupleteiksi vuonna IARC tietokannasta kaikkien syöpien riskiä. Tulokset osoittivat, että kaksi mutaatioita dubletti eivät ole riippumattomia tapahtumia tilastollisen vertailun todettua ja oletettua jakaumat, ja osoitti, että enemmän dupleteiksi tapahtui mutaatio välinen etäisyys on vähemmän kuin 30 nukleotidiä odotettua sattumalta (P = 0,03, 0,02, 0,0006, ja 0,01 eksonit 5-8). Nämä tulokset ovat yhdenmukaisia ​​esiintyminen chronocoordinate mutaatioita ihmisen

TP53

geenin. Vaihtoehtoista selitystä klusterointi kaksoispiikki on, että ne voivat edustaa jotkut vielä unappreciated toiminnallisia rajoituksia.

(3) alleelinen luonne kaksoispiikki on sopusoinnussa chronocoordinate mutaatioita. Niistä 98 kaksinkertainen paria raportoitu kirjallisuudessa, vain muutama on analysoitu, onko ne ovat läsnä samassa tai eri alleelien. Niistä 16 dubletti paria testata kloonaamalla tai alleeli-spesifinen monistuminen, kaikki 16 paria havaittiin olevan läsnä samassa alleeli. Kuitenkin jäljellä dubletti paria, jossa kloonaus tai alleeli-spesifinen monistaminen ei suoritettu, sitä mahdollisuutta, että mutaatiot olivat läsnä eri alleelien ei voida sulkea pois.

(4) suhteellisen korkealla taajuudella multiplettien kahden tai useamman ryvästettyä mutaatioita ja lisäksi mutaation distaalisessa paikalla myös väittää varten chronocoordinate mutaatioanalyysiä tapahtuma plus riippumaton yksittäinen mutaatiostatuksesta tapahtuma. Jälleen vaihtoehtoinen selitys voi olla joitakin rajoituksia ryhmittyneet mutaatioita.

Kokonaisuudessaan nämä tiedot ovat sopusoinnussa osuus aihekokonaisuuksien chronocoordinate mutaatioita ihmisen syöpään. Ylimäärä dubletti tai multiplettien alijoukon kanssa klusteroitu jakelu tapahtuu useammin kuin ennustettu sattumalta monenlaisia ​​organismeja, mukaan lukien riboviruses, DNA-virukset, prokaryootit, hiiva, ja eukaryoottiset solulinjat ja kudoksissa [23], [24].

Data tukea kuljettaja plus matkustaja TP53 dupleteiksi keuhkosyövässä

Noin 22% toisen mutaatiot dupleteiksi odotetaan olevan hiljaa, jos ne ovat ”matkustaja” mutaatioita, eikä ”kuljettaja” mutaatioita [25].

TP53

kaksoispiikki, on viisi hiljaa ja kaksi introni nukleotidin muutokset (13%, 7/54), ei merkittävästi poikkea 23,5% hiljainen nukleotidin muutoksia odoteta tapahtuvan satunnaisia ​​matkustajan mutaatioiden (p = 0,46 ) [26], [27]. Silent nukleotidin muutokset (18%, 4/22) sisällä

TP53

multipleteissä myös lähellä 23,5%. Yhdessä nämä tiedot viittaavat siihen, että

TP53

dubletti ja multipleteissä koostuvat kuljettajan ja matkustajien mutaatio kuvio, toisin kuljettaja /kuljettaja kuvio löytyy

EGFR

dubletti [10].

Doublet mutaatiot liittyvät mutaatio suihkut hiiren [9]. Kynnyksellä massiivisesti rinnakkaisen sekvensoinnin voidaan helpottaa analysointia riittävän määrän näytteitä määritellä mitään dubletti ja sitten määrittää, ovatko nämä dupleteiksi liittyy mutaatio suihkut syöpä. Ei-satunnainen klusterointia mutaatiot mutaatio suihkut pitäisi tarjota enemmän lopullisten tietojen esiintymistä chronocoordinate mutaatioiden ihmisen syövissä. Panos mutaatio suihkut syöpään on vielä määrittämättä.

Materiaalit ja menetelmät

Terminologia ja lyhenteitä

mutaatio spektrin.

Suhteellinen taajuudet mutaatioiden spesifisissä kohdissa.

mutaatio kuvio.

suhteellinen taajuudet eri mutaatioita, esimerkiksi, C: stä T siirtymiä vs. T ja C siirtymiä.

Singlet.

yksi mutaatio tunnistettu geenin sisällä [13].

Tandem-base mutaatio (TBM).

mutaatio, joka aiheuttaa pohja muuttuu viereisiä nukleotideja [28], [29].

Doublet.

Kaksi mutaatiota tunnistettiin geenin sisällä lukien sekoitus TBM ja ei-TBM mutaatioita.

moninkertainen.

Three tai useampia mutaatioita tunnistettu geenin sisällä, lukuun ottamatta tilannetta, jossa kaikki mutaatiot ovat vierekkäin. Multipletit voi sisältää sekoitus TBM ja ei-TBM mutaatioita.

Domuplets.

mutantti, joka on joko kaksinkertainen tai moninkertainen. Noin 1%

lacl

mutantti plakit ovat domuplets [9].

MIDI.

Microinsertion, deleetion tai Indel; insertion, deleetion tai Indel joka johtaa voitto tai tappio 1 50 nukleotidia [10].

IMIDI.

-frame MIDI

OMIDI.

Out-of-frame MIDI

puoliintumisaika mutaation välit.

Vuodesta eksponentiaalinen sovitus dataan, aikaväli mutaation väli vastaa aikaväli kattaa puolet jäljellä mutaatiot näytteessä. Tämä on analoginen puoliintumisaika radioisotooppi.

Chronocoordinate mutaatio.

Useita mutaatioita esiintyy samassa solusyklin ja nopeasti peräkkäin, tyypillisesti sekunneista minuutteihin [13].

mutaatio suihku.

Chronocoordinate useita mutaatioita, jotka kattavat useita kiloemästä [9].

Silent mutaatio.

neutraali mutaatio, joka ei muutu proteiinin rakenne, myös synonyymi koodaavan alueen muutoksia. On todettu, että satunnainen mutaatio tyypit päällekkäin, esimerkiksi hiljainen mutaatio voi aktivoida kryptisen silmu- tai voivat inaktivoida normaalin silmu-, jos se häiritsee silmukointidonorin konsensussekvenssi [30]. Käytännössä hyvin harvat tällaisia ​​päällekkäisyyksiä löytynyt.

Näytteet ja mutaatioanalyysiin

Tutkiakseen mekanismin ja ominaisuudet dubletti ja multiplettien,

EGFR

mutaatiot tunnistetaan sekvensointi kerätty 66 julkaistuja tutkimuksia ja päivitetyt

EGFR

mutaatio tietokantaan [10], [31] (www.egfr.org).

TP53

mutaatioita kerättiin IARC versiosta 12 (www-p53.iarc.fr) ja sulkea pois mutaatiot keuhkofibroosi ja keuhkosyöpää altistuneilla potilailla savuinen hiilen päästöihin, radon, sinappikaasu, asbesti, raskasmetallit ja atomipommi säteilyä (γ-säteet). Olemme myös jätetty kaksi papereita, joissa useita mutaatioita käsitti 50% koko mutaatioiden, todennäköisesti johtuu PCR esineitä, koska useita mutaatioita muodostavat yleensä vain ~ 3% kaikista mutaatioista.

TP53

mutaatiot rinta- ja paksusuolen ja peräsuolen syöpiä myös haettiin ja etäisyys jakelu kaksoispiikki /multiplettien analysoitiin.

Tilastollinen analyysi

mutaatio kuvioita ja muita kategorinen count jakaumat testattiin merkittäviä eroja, joita Fisherin testiä tai unordered R x C virhematriiseja käyttämällä ”Fisher-Freeman-Halton” test toteuttama StatXact tilastollisen analyysin ohjelmistopaketti (CYTEL Software Corporation, Cambridge, MA).

tukeminen tiedot

Kuva S1.

osajoukko kaksoispiikki osoittaa proksimaalisen välit ja sopii Eksponenttijakauman että EGFR ja p53-geenien keuhkosyöpä. Paneeli A esittää erottaminen (in emäsparia) kahden mutaatioita EGFR proksimaalisen dubletti (n = 37). Erottaminen etäisyydet jaettiin kolmeen ryhmään, joissa etäisyydet 1-41 ep, 42-82 bp, ja 83-123 bp, ja piirrettiin keskikohdassa kunkin ryhmän (20, 60, ja 100, vastaavasti). Erottaminen määritellään tässä nukleotidien lukumäärä välillä, mutta ei, kaksi mutaatioiden dubletti. Sillä MIDIS, erotus määritetään nukleotidien lukumäärä välillä, mutta ei, alusta ensimmäisen ja toisen MIDIS. Paneeli B esittää etäisyys (in emäsparia) kahden mutaatiot p53 proksimaalisen dubletti (n = 23). Erottaminen etäisyydet jaettiin kolmeen ryhmään, joissa etäisyydet 1-31 ep, 32-62 bp, ja 63-93 bp, ja piirrettiin keskikohdassa kunkin ryhmän (15, 30, ja 45, vastaavasti).

doi: 10,1371 /journal.pone.0003714.s001

(0,62 MB PPT) B Kuva S2.

Doublets että EGFR geenin, joka muodostaa OMIDI paria Villityypin (wt) EGFR eksonissa 19 nukleotideista 2227-2280 esitetään. Kahdeksan OMIDI paria keuhkosyöpä on kaaviona näyttää poistot (magenta), insertiot (vihreä) ja alueella, joka on kahdennettu (keltainen). Huomaa, että kaksi dubletti koostuvat kahdesta deleetioiden kunkin viisi dubletti koostua yhdestä poistetaan plus Indel, ja yksi dubletti on päällekkäisyyttä (insertio) plus Indel. Kussakin tapauksessa lukukehys palautuu (katso netto poistetaan).

Doi: 10,1371 /journal.pone.0003714.s002

(0,03 MB DOC) B Taulukko S1.

Täydentävät Taulukko 1

doi: 10,1371 /journal.pone.0003714.s003

(0,07 MB XLS) B Taulukko S2.

Täydentävä Taulukko 2

doi: 10,1371 /journal.pone.0003714.s004

(0,07 MB XLS) B Taulukko S3.

Supplemenatary Taulukko 3

doi: 10,1371 /journal.pone.0003714.s005

(0,03 MB XLS) B Taulukko S4.

Täydentävä taulukko 4

doi: 10,1371 /journal.pone.0003714.s006

(0,08 MB XLS) B Taulukko S5.

Täydentävät Taulukko 5

doi: 10,1371 /journal.pone.0003714.s007

(0,11 MB XLS) B Taulukko S6.

Täydentävä Taulukko 6

doi: 10,1371 /journal.pone.0003714.s008

(0,04 MB XLS) B Taulukko S7.

Täydentävä Taulukko 7

doi: 10,1371 /journal.pone.0003714.s009

(0,06 MB XLS) B

Kiitokset

Kiitämme Wenyan Li ja Jiesheng Chen DNA sekvensoinnilla.