Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Tällä hetkellä se on hyvin todennut, että syöpä syntyy kroonisesti tulehtuneeseen kudokseen. Useita NOD-, kuten reseptorit (NLRs) muodossa inflammasomes, solunsisäinen Multiproteiinikompleksit kriittinen tuottaa kypsän pro-inflammatoristen sytokiinien (IL-1β: n ja IL-18). Koska krooninen tulehdus mahalaukun limakalvo on seurausta

Helicobacter pylori

infektion, tutkimme rooli geneettisten polymorfismien ja geenien ilmentymistä mukana NLR signalointireitin on

H. pylori

infektioiden ja niihin liittyvien mahasyövän (GC).

Materiaalit ja menetelmät

Viisikymmentäyksi geneettisten polymorfismien genotyypattiin 310 kiinalaisten (87 ei-cardia GC tapauksissa ja 223 säätimet toiminnallinen dyspepsia). Lisäksi geeni-ilmentymisen 84-molekyylien mukana NLR signalointireitin arvioitiin THP-1-solut altistettiin kaksi

H. pylori s

junia, GC026 (GC) ja 26695 (gastriitti).

Tulokset

CARD8

-rs11672725,

NLRP3

-rs10754558,

NLRP3

-rs4612666,

NLRP12

-rs199475867 ja

NLRX1

-rs10790286 osoitti merkittäviä assosiaatioita GC. On Monimuuttuja-analyysissä,

CARD8

-rs11672725 pysyi riskitekijä (OR: 4.80, 95% CI: 1,39-16,58). Edelleen,

NLRP12-

rs2866112 lisäsi riskiä

H. pylori

infektio (OR: 2,13, 95% CI: 1,22-3,71). Tilastolliset analyysit arvioidaan yhteisvaikutus

H. pylori

infektio ja valitun polymorfismien paljasti vahvan assosiaatioita GC (

CARD8

,

NLRP3

,

CASP1

ja

NLRP12

polymorfismit). Geenien ilmentyminen analysoidaan, viisi geeniä, jotka koodaavat NLRs merkittävästi säännelty

H. pylori

-challenged solut (

NLRC4

,

NLRC5

,

NLRP9

,

NLRP12

ja

NLRX1

). Mielenkiintoista, jatkuva säätely ylöspäin

NFKB1

samanaikaisesti alas-säätely

NLRP12

ja

NLRX1

havaittiin

H. pylori

GC026-haastoi soluissa. Lisäksi NF-KB kohdegeenien koodaavat proinflammatoristen sytokiinien, kemokiinien ja molekyylit osallistuvat karsinogeneesissä olivat selvästi säädellään ylöspäin

H. pylori

GC026-haastoi soluissa.

Johtopäätökset

Novel assosiaatioita polymorfismien NLR signalointireitin (

CARD8

,

NLRP3

,

NLRP12

,

NLRX1

, ja

CASP1

) ja GC havaittiin Chinese yksilöitä. Meidän geneettisten polymorfismien ja geenien ilmentymisen tulokset korostavat merkitystä NLR signalointireitin vuonna mahasyövän ja sen tiiviissä vuorovaikutuksessa NF-KB.

Citation: Castaño-Rodríguez N, Kaakoush NO, Goh KL, Fockin KM, Mitchell HM (2014) NOD-kaltainen reseptori merkinanto Pathway in

helikobakteeri

Infektio ja Related mahasyövän A tapauskontrollitutkimuksessa ja Gene Expression analyysit. PLoS ONE 9 (6): e98899. doi: 10,1371 /journal.pone.0098899

Toimittaja: David M. Ojcius, University of California Merced, Yhdysvallat

vastaanotettu: 02 maaliskuu 2014; Hyväksytty: 08 toukokuu 2014; Julkaistu: 05 kesäkuu 2014

Copyright: © 2014 Castaño-Rodríguez et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tuettiin osittain syövän neuvosto New South Wales, Australia (Grant No.66 /04). EI. Kaakoush tukee Early Career apurahan National Health ja Medical Research Council, Australia. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

yleinen esiintymistiheys mahasyövän (GC) vaihtelee suuresti eri maissa. Mukaan globaali syövän tilastoja, yhteensä 952000 uutta GC tapauksissa ja 723000 GC liittyvät kuolemat arvioidaan tapahtuneen vuonna 2012, mikä vastaa 6,8% kaikista syöpätapauksista ja 8,8% kaikista syöpään liittyvien kuolemien [1]. Yli 70% uusista tapauksista ja kuolemista tapahtuu kehitysmaissa, joissa on korkein ilmaantuvuus on raportoitu Itä-Aasiassa, Itä-Euroopassa sekä Keski- ja Etelä-Amerikka [2].

taudinaiheuttajabakteerin

Helicobacter pylori

on olennainen etiologisista tekijä GC (IARC, 1994), mutta aiemmat tutkimukset viittaavat siihen, että sen lisäksi,

H. pylori

infektio ja ruokavaliotekijät, isäntä genetiikka edistää GC [3]. Geneettisten polymorfismien ovat viime vuosina määrittäjinä alttius sairauksille ja vakavuus, mikä pätee erityisesti ruoansulatuskanavan pahanlaatuisen [4]. Siksi polymorfismit sisällä liittyvät geenit synnynnäisen ja adaptiivisen immuniteetin saattaisi olla tärkeä rooli patogeneesissä

H. pylori

infektio ja kehittäminen

H. pylori

-aiheiset komplikaatioita, mukaan lukien GC.

Germ-line koodattu reseptorit tunnetaan kuvio tunnustamatta reseptorit (PRRS) ovat osa synnynnäisen immuunijärjestelmän ja ovat keskeinen havaitsemiseen muuttumattoman mikrobien motiivien tunnettu taudinaiheuttaja -associated molekyyli- kuviot (PAMPs). PRR on jaettu viiteen erillistä geneettistä ja toiminnallista tyyppejä: nukleotidi-sitova oligomerointi domeeni (NOD) kaltaisia ​​reseptoreita (NLRs), Toll-like-reseptorien, C-tyypin lektiini-reseptoreihin, retinoiinihappo-geenin, (RIG) -I-like reseptoreihin ja poissa melanooman 2 (AIM2) kaltaisia ​​reseptoreita [5] [6].

NLR perhe ei vain tunnista PAMPs mutta myös vahingoittaa liittyvä molekyyli kuviot (vaimentaa) sytoplasmassa, jotka ovat endogeenisten ligandien jälkeen valmistetuissa kudosvaurion tai solukuolema [7]. NLRs ominainen rakenne sisältää keskellä nukleotidin sitova ja oligomerointi (NACHT) domain, joka on läsnä kaikissa NLR perheenjäsenet, C-terminaalista leusiinirikkaita toistoja (LRR) sekä N-terminaalista kaspaasi rekrytointi (CARD) tai pyrin (PYD ) verkkotunnus. Perustuen fylogeneettistä analyysiin NACHT verkkotunnuksia, se määritettiin, että NLR perhe käsittää kolme subfamilies: 1) NOD perhe, johon kuuluu NOD1-2, NOD 3 /NLRC3, NOD4 /NLRC5, NOD5 /NLRX1 ja CIITA, 2) NLRPs lukien NLRP1-14 (tunnetaan myös nimellä NALPs), ja 3) IPAF alaperhe, joka koostuu IPAF (NLRC4) ja NAIP [7]. NLRP3 inflammasome, kaikkein täysin tunnettu inflammasome, koostuu NLRP3 telineen proteiinia, apoptoosin liittyvät pilkkuja kaltaisen proteiinin (ASC) ja kaspaasi-1. NLRP3 vuorovaikutuksessa ja rekrytoi sovittimen ASC kautta PYD-PYD vuorovaikutus [8]. Tämä vuorovaikutus johtaa rekrytointiin kaspaasi-1, solunsisäinen aspartaatti erityisiä kysteiiniproteaasiin, mikä myöhemmin johtaa kypsymisen ja vapauttaa proinflammatoristen sytokiinien, kuten IL-1β ja IL-18.

H. pylori

infektio, ensimmäiset neljä fysikaalis-kemialliset esteet ovat Limakerroksen, mahalaukun epiteeli- solujen TLR ja NLRs. Muutamissa tutkimuksissa on arvioitu vuorovaikutusta NLR signalointireitin ja

H. pylori

. Esimerkiksi, ensimmäinen tutkimus Basak et al. [9] osoitti, että ei vain

H. pylori

lipopolysakkaridi (LPS) aktivoi kaspaasi-1, mutta että tämä kaspaasi-1 aktivaatio osallistuu LPS-indusoidun IL-1β kypsymistä. Myöhemmin, Hitzler et ai. [10] osoitti, että

H. pylori

infektio aktivoi kaspaasi-1, joka johtaa IL-1β /IL-18-käsittely ja eritys, sekä viljellyissä dendriittisolut (DC) ja

in vivo

. Johdonmukaisesti, kahteen tuoreeseen tutkimukseen, joissa käytetään ihmisen mahalaukun solulinjoja, vahvisti lisääntynyt ilmentyminen kaspaasin 1, IL-1β ja IL-18

H. pylori

infektoiduista soluista [11], [12]. Lisäksi tuoreessa tutkimuksessa Kim et al. [13] on osoittanut, että eritystä IL-1β by DC tartunnan

H. pylori

vaatii TLR2, NOD2 ja NLRP3 inflammasome.

Siksi aiemmat tutkimukset osoittavat selvästi, että vastauksena

H. pylori

, inflammasome riippuva kaspaasi-1 aktivointi on kriittinen tuottaa kypsän proinflammatoristen sytokiinien jotka ovat keskeisiä Th1 vasteet liittyvät mahan immunopatologia. Ottaen huomioon, että tiedetään vähän rooli inflammasomes ja muiden molekyylien mukana NLR signalointireitin vastauksena

H. pylori

infektio, ja että toiminnallisesti asiaankuuluvat polymorfismeilla geeneissä tämän varren immuunijärjestelmän on potentiaalia vaikuttaa suuruutta ja suuntaa isännän vasteen infektio, tutkimme rooli NLR signalointireitin, kuten inflammasome- liittyviä molekyylejä, vuonna

H. pylori

-aiheiset GC kehitystä arvioimalla 51 geneettinen polymorfia kiinalaisten yksityishenkilöiden, tunnettu Riskipopulaatioon GC, ja käsitellään geenin ilmentymistä 84 molekyylien mukana NLR signaalireaktioteissä monosyyttisolulinjalla linja altistuessaan

H . pylori

.

Materiaalit ja menetelmät

genotyypin polymorfismit Osallisena NOD kaltainen Receptor merkinanto Pathway

Ethics selvitys.

Tutkimus oli hyväksymä Human eettisen komitean (HREC) ja University of New South Wales (UNSW) (HREC 08115 ja HREC 02144). Kirjallinen suostumus saatiin kunkin yksittäisen rekrytoitiin tutkimukseen.

Tutkittavat.

Oppiaineet olivat kiinalaisten henkilöille, joille tehtiin ruoansulatuskanavan yläosan tähystykseen Changi General Hospital (Singapore) ja University Hospital Malesian (Kuala Lumpur), tammikuusta 2004 huhtikuu 2007 Potilaita, joiden tiedetään saaneen ihmisen immuunikatovirus tai jolle olisi määrätty steroideihin kuulumattomien tulehduskipulääkkeiden, antimikrobiaineisiin tai happoa hillitsevien kahden kuukauden jakson aikana ennen rekrytointia jätettiin pois.

kahdeksankymmentäseitsemän potilaille äskettäin diagnosoitu primaarinen cardia GC (International Classification of Diseases, 9

th tarkistamista, koodi 151), joka perustuu histologista vahvistusta kutsuttiin osallistumaan tutkimus. Vertailuryhmä koostui 223 yksilöiden diagnosoitu toiminnallisen dyspepsian (FD), joka määriteltiin jatkuva tai uusiutuva oireita (kipua tai epämukavuutta keskitetty ylävatsassa) puuttuessa orgaanisen sairauden (kuten yllä endoskopia) mukaisesti Rooma II luokitusjärjestelmän [14].

Helicobacter pylori

havaitsemiseen.

H. pylori

IgG näissä kiinalaisten yksityishenkilöiden määritettiin käyttämällä in-house entsyymi-immunosorbenttimääritys [15] ja immunoblot (MPD helikobakteerin Blot 2,1, MP Biomedicals, Australia).

polymorfismit valinta.

Sähköiset tietokannat (PubMed, Scopus, Science Direct, Ovid, Biosis Ennakot, Scirus tietokannat, CINAHL, IMBIOMED, ​​Scielo ja syreenit) etsittiin helmikuuhun 2013 polymorfismien mukana NLR signalointireitin jotka olivat yhteydessä syöpään, tarttuva tauti tai olivat toiminnallisesti merkityksellisiä. Viisikymmentä yksi polymorfismien 6 geenejä, joita raportoitiin olevan vähäinen alleelifrekvensseiltään 1% National Center for Biotechnology Information (NCBI) dbSNP, valittiin analyysin (taulukko S1 taulukoissa S1).

genotyypin määrittäminen tekniikoilla.

genotyypitys 51 valitun polymorfismien NLR signalointireitin kunkin mukana tutkimuksessa, genominen DNA uutettiin perifeerisen kokoverinäytteistä käyttäen QIAamp veren DNA Mini Kit, kuten on kuvattu valmistajan (Qiagen, Chadstone, Australia). DNA rehydratoitiin steriiliin veteen ja normalisoitiin 10 ng /ul räätälöityjä SNP genotyypin soveltamalla matriisin laserdesorptio ionisaatio-lentoaika (MALDI-TOF) massaspektrometria, The Sequenom MassARRAY iPLEX? Määrityksessä (San Diego, CA , USA) [16], [17] Australian Genome Research Facility Ltd, St Lucia, University of Queensland, Australia.

Yksi polymorfia, joita ei voitu sisällyttää Sequenom MassARRAY iPLEX määrityksessä, joka tunnetaan nimellä

NLRP3-

42 emäsparin-VNTR, oli genotyyppi kautta standardi-PCR. Alukkeet suunniteltiin Oligo Primer Analysis Software versio 6,71 (Molecular Biology Insights, Inc; Colorado Springs, USA). Kokeet suoritettiin käyttäen 2720 Thermal Cycler (Applied Biosystems, Foster City, USA). PCR-tuotteet alistettiin 1,5% agaroosigeelielektroforeesilla ja visualisoitiin UV-läpivalaisulla käyttäen Gel Doc 2000 System (Bio-Rad, Hercules, USA). Alukesekvenssejä ja lämpökäsittelyyn ehdot genotyypityksen polymorfismi on kuvattu taulukossa S2 taulukoissa S1.

neljä polymorfismien (

CARD8

-rs2043211,

CARD8

-rs6509368

CARD8

-rs12984929 ja

NLRP3

-rs10754558) genotyyppi MALDI-TOF-massaspektrometrialla valittiin satunnaisesti vahvistusta tuloksista käyttäen reaaliaikaista PCR. Alukkeen sekvenssit ja lämpökäsittelyyn olosuhteissa esitetään taulukossa S2 taulukoissa S1. Koska menetelmän validointi täytäntöön genotyypin määritystä

NLRP3-

42 emäsparin-VNTR, sekvensointi analyysit tehtiin 10% satunnaisesti valittua tutkittavat näytteet, klo Ramaciotti Centre, UNSW, Australia.

tilastollinen analyysi.

paritonta Studentin

t

-testi käytettiin analysoimaan kliinisiä tekijöitä. Suora laskenta menetelmää käytettiin arvioitaessa genotyypin ja alleeli taajuuksilla. Poikkeaminen Hardy-Weinberg tasapaino (HWE) testattiin käyttäen chi-neliö hyvyys fit testi (χ

2). Määritys kytkentäepätasapainossa (LD) perustui uskottavuusosamäärä jossa merkitystä havaittu todennäköisyys suhde löytyy laskemalla null jakelu tämä suhde alle hypoteesi nostolaitteen tasapainossa, käyttämällä permutaatio menettelyä [18]. Haplotyypin inference suoritettiin avulla Odotus-maksimointi (EM) algoritmia monen lokuksen genotyypin data [19]. Kertoimet suhde (OR) ja 95% luottamusvälit (CI) laskettiin avulla Fisherin todennäköisyys testi (kaksisuuntainen

p

-arvot). Korjaamiseksi varten häiritsevien tekijöiden binäärinen logistinen regressio (LR) säätää

H. pylori

asema ja sukupuoli suoritettiin.

P

-arvot 0,05 pidettiin tilastollisesti merkitsevä. Laatu suodattimet sulkeminen polymorfismien tilastolliseen analyysiin sisältyi soittaa hinnat alle 95% ja poikkeama HWE. Aineisto analysoitiin ohjelmien Arlequin versio 3.1 [20], GraphPad Prism versio 5.02 (GraphPad Software Inc, San Diego, USA) ja SPSS versio 19.0.0 (SPSS Inc., Chicago, USA).

Gene Expression molekyylien Osallisena NOD kaltainen Receptor merkinanto Pathway

Nisäkässoluviljelmillä.

ihmisen monosyyttileukemiasolulinja THP-1 (koodi: TIB-202) (American Type Culture Collection, Manassas, USA), kasvatettiin RPMI 1640-elatusaineessa, jota oli täydennetty 10% lämmöllä inaktivoitua naudan sikiön seerumia (FBS) (Invitrogen, Mulgravessa, Australia), 1 mM natriumpyruvaattia (Invitrogen), 2500 mg /ml natriumbikarbonaattia (Invitrogen ) ja 100 ug /ml penisilliini-streptomysiiniä liuos (Invitrogen). Soluja ylläpidettiin 25-cm

2 kudosviljelypulloon (Greiner-Bio-On; Frickenhausen, Saksa) 37 ° C: ssa 5% CO

2.

bakteeriviljely.

H pylori

kanta GC026 (

Caga

+,

häkki

+,

CAGL

+,

CAGT

+

vaca

s1 m1 +,

Baba

+,

oipA

+,

Dupa

+ ja

Saba

+) eristettiin GC potilas yliopistollisessa sairaalassa Malesian Kuala Lumpur [21], [22].

H. pylori

kannan 26695 (

Caga

+ ja

vaca

s1m1 +) eristettiin potilaalta, jolla gastriitti [23] (ATCC koodi 700392). Molemmat

H. pylori

kantoja kasvatettiin kaksi päivää hevosen veriagarlevyille (veri agar Base No.2 täydennetty 6% steriiliä defibrinoidusta hevosen verta (Oxoid, Heidelberg West, Vic., Australia) 37 ° C: ssa anaerobiseen astiaan, joka sisälsi kaasungenerointijärjestelmän kit (Oxoid) tarjota mikroaerobisen ilmakehässä 6% O

2, 10% CO

2 ja 84% N

2.

Infektio määrityksessä.

THP-1-solut ympättiin 6-kuoppaiselle viljelylevylle pitoisuutena 5 x 10

5 solua /ml, ja sen jälkeen erotellaan makrofagien forboli myrastate asetaattia (Sigma-Aldrich) 72 tuntia. [24] ennen bakteeri-infektio, nisäkkään soluja inkuboitiin antibiootti-väliaineessa.

H. pylori

-kannat GC026 ja 26695 lisättiin sitten alustassa infektiokertoimella 1, ja inkuboitiin 6 tuntia 37 ° C ja 5% CO

2. bakteerien pitoisuus lisätään määritettiin perustuen standardikäyrä ja optinen tiheys (OD) lukemat 595 nm käyttäen Bio-Rad mikrolevylukijalla malli 550 (Bio-Rad). Varsinainen pitoisuus lisätty vahvistettiin laskemalla pesäkkeen muodostavat yksiköt (CFU) viljeltiin hevosen veriagarlevyille jälkeen sarjalaimennokselle bakteerisuspensiota.

RNA: n uutto, cDNA valmistamiseksi ja PCR-taulukot.

jälkeen infektio, ei-haastoi ja

H. pylori

-challenged THP-1-soluja käytettiin mRNA: n eristämiseksi käyttäen Qiagen RNeasy Mini Kit, kuten on kuvattu valmistajan (Qiagen). Analysointia varten geeni-ilmentymisen 84-molekyylien mukana NLR signalointireitillä, cDNA syntetisoitiin 0,8 ug kokonais-RNA: sta käyttäen RT

2 First Strand cDNA Kit (Qiagen) ja edelleen analysoitiin käyttäen Human Inflammasome RT

2 Profiler PCR array (PAH-097R) (Qiagen) suositusten mukaan valmistaja. Geeniekspressioprofiilien saatiin kolmesta itsenäisestä kokeesta on

H. pylori

GC026-tartunnan,

H. pylori

26695-tartunnan ja vastaavat ei-tartunnan (kontrolli) näytettä. Kokeet suoritettiin käyttämällä Roottorin Gene Q cycler (Corbett Life Sciences, Doncaster, Australia).

geeniekspression data analyysi, ΔΔ Ct-tekniikkaan perustuva menetelmä suhteellisen kvantifioinnin toteutettiin käyttäen Web-pohjainen RT

2 Profiler PCR Array Data Analysis versio 3.5 (https://pcrdataanalysis.sabiosciences.com/pcr/arrayanalysis.php). Ainakin kaksi-kertaiseksi muutoksia (≥2, ≤0.5) ja

P

-arvot 0,05 pidettiin tilastollisesti merkitsevä.

SDS-PAGE ja Western-blottaus

THP -1-solut ympättiin, eriytettyä ja infektoitiin MOI-arvolla 1, kuten aiemmin on kuvattu. Proteiinit uutettiin käyttäen RIPA-puskuria, erotettiin 12% natriumdodekyylisulfaatti-polyakryyliamidigeelielektroforeesi geelit, ja siirrettiin metanoli-käsitelty polyvinylideeni dimembraaneille käyttäen Trans-blot-solujen siirtojärjestelmän (Bio-Rad). Kalvot immunomerkatut kanin anti-ihmis-polyklonaalisia vasta-aineita vastaan ​​NLRX1 (1:200) tai hiiren anti-humaani monoklonaalisia vasta-aineita β-aktiini (1:1000) (Santa Cruz). Vuohen anti-kani-anti-hiiri-IgG-vasta-aineita on kytketty HRP (1:2000; Bio-Rad) käytettiin sekundaarisia vasta-aineita, vastaavasti. Kalvot tutkittiin mukaisesti Pierce ECL Western blotting Alustan protokolla (Thermo Scientific; Scoresby, Australia).

Tulokset

Kliininen Ominaisuudet

kliininen ominaisuudet oppiaineista kuten sukupuoli,

H. pylori

infektiotilanteesta ja mediaani-ikä on esitetty taulukossa S3 taulukoissa S1. Miessukupuoli havaittiin olevan enemmän hallitseva GC potilailla kuin FD valvonta, joka osoittaa positiivinen yhteys kehittämisen GC tässä kiinalaisten väestö (OR: 2,15, 95% CI: 1,29-3,58,

P

-arvo: 0,0036).

H. pylori

infektio havaittiin olevan läsnä 68,7% ihmisistä tässä tutkimuksessa (73/87 GC potilasta ja 140/223 FD valvonta). Vertailu esiintyvyys

H. pylori

infektion GC potilaiden ja FD valvonta osoitti, että

H. pylori

infektio oli riskitekijä kehittämiseen GC (OR: 2,38, 95% CI: 1,41-3,99,

P

-arvo: 0,0001). Vaikka aiheita tässä tutkimuksessa oli sovitettu mukaan 5-vuotiaat ikäryhmissä, mediaani-ikä GC potilaista (65,3 vuotta) oli merkittävästi suurempi kuin FD valvonta (54,3 v) (

P

-arvo: 0,01 GC tapauksissa (taulukko S5 taulukoissa S1). Käyttämällä suuria haplotyyppi kontrolliryhmässä ohjearvon haplotyyppi, kaksi

CARD8-NLRP12

(HAP1 ja Hap8), yksi

NLRP3

(Hap3) ja kolme

NLRX1-CASP1

(Hap21, 23 ja 24) haplotypes havaittiin lisäävän GC tässä kiinalaisessa väestöstä. Mielenkiintoista, HAP1 suhtautuu

CARD8

-rs11672725 T-alleelin, ja Hap21 ja Hap23 satama

NLRX1

-rs10790286 C-alleelin, joka osoittaa yhdenmukaisuus saadut tulokset alleeli ja genotyyppi analyysejä.

polymorfismit Geenit Osallisena NOD kaltainen Receptor merkinanto Pathway liittyy

Helicobacter pylori

Infektio kiinalaisessa Yksilöt

Koska

H. pylori

tiedetään olevan merkittävä riskitekijä liittyy GC edelleen analyysit suoritettiin arvioimaan yhdistyksen välillä geneettisten polymorfismien osallistuvien NLR signalointireitin ja

H. pylori

infektio. Mielenkiintoista, meidän kiinalaisten tapauskontrollitutkimuksessa osoitti, että

NLRX1

-rs10790286,

NLRP12

-rs2866112,

NLRP12

-rs4419163 ja

ASC

-rs8056505 liittyi merkitsevästi suurentunut

H. pylori

infektio näillä henkilöillä (taulukko S6 taulukoissa S1). Monimuuttuja tilastollinen analyysi vahvisti, että

NLRP12

-rs2866112 liittyi suurentunut

H. pylori

Kiinan yksilöt (OR: 2,13, 95% CI: 1,22-3,71).

yhteinen vaikutus

Helicobacter pylori

Infektio ja geneettisten polymorfismien Merkittävästi lisää riskiä mahasyövän kiinalaisten Yksilöt

lisäksi analyysit tehtiin sen arvioimiseksi paitsi läsnäolo tai puuttuminen valitun polymorfismien mutta myös

H. pylori

asemaa suhteessa riskin GC, joka yrittää määrittää olemassaolon biologisen vuorovaikutuksen muodossa synergiasta tai antagonismin. Silmiinpistävän, yksilöt kätkeminen kymmenen valitun polymorfismien (

CARD8

-rs10405717,

NLRP3

-rs12079994,

NLRP3

-rs3806265,

NLRP3

-rs4612666,

NLRP12

-rs2866112,

NLRP12

-rs4419163,

NLRX1

-rs10790286,

CASP1

-rs2282659,

CASP1

-rs530537 ja

CASP1

-rs61751523) ja tartunnan

H. pylori

havaittiin olevan suurin riski GC, suurin osa näistä syrjäisimpien on alueella 4,0-5,0 (taulukko 3). Sitä vastoin ilman

H. pylori

infektio,

CARD8

-rs2043211 merkittävästi vähensi GC (OR: 0,19, 95% CI: 0,06-0,63).

Helicobacter pylori

vaikuttaa ilmentäminen useita molekyylejä Osallisena NOD kaltainen Receptor merkinanto Pathway

edelleen karakterisoimiseksi vaikutuksen

H. pylori

molekyylien mukana NLR signalointireitillä, arvioimme ilmentymistä 84 geeniä, jotka koodaavat NLRs, muut inflammasome komponentit, alipaineensäätöventtiileillä, pro-inflammatoristen sytokiinien, pro-inflammatoristen kaspaasien ja molekyylien mukana alavirran signalointia, THP-1- -johdannainen makrofagit altistuksen jälkeen kaksi erilaista

H. pylori

kantoja (GC026 ja 26695). Vuonna

H. pylori

GC026-haastoi THP1 soluja, 49-geenit ilmentyvät differentiaalisesti verrattuna kontrolliryhmään (taulukko S7 taulukoissa S1 ja kuvio S1 kuvissa S1). Näistä tilastollisesti merkitsevä ylössäätöä ja alas-säätely vähintään kaksinkertaiseksi löydettiin 17 ja 28 geenit, vastaavasti (taulukot 4 ja 5). Kolmekymmentä viisi geenit ilmentyvät differentiaalisesti välillä kontrolliryhmän ja ryhmä altistettiin

H. pylori

26695 (taulukko S7 taulukoissa S1 ja kuvassa S2 kuvissa S1). Näistä tilastollisesti merkitsevä ylössäätöä ja alas-säätely vähintään kaksinkertaiseksi löydettiin 5 ja 23 geenit, vastaavasti (taulukot 4 ja 5).

Helicobacter pylori

Kannat Associated mahasyövän sekä gastriitti johtavat eri ekspressiotasoja sytokiinit ja kemokiinit

Koska tulehdus on tunnusmerkki mahasyövän, me edelleen analysoineet ilmentymisen proinflammatoristen sytokiinien ja kemokiinien altistettaessa kaksi

H. pylori

kantoja. Ilmaisu yhdeksän geeniä, jotka koodaavat pro-inflammatoristen sytokiinien (

IFNB1

,

IL1B

,

IL12B

,

IL6

,

IL33

ja

TNF

) ja kemokiinien (

CXCL1

,

CXCL2, CCL5-

) olivat merkittävästi säädellään ylöspäin THP-1-solujen altistettiin sekä

H. pylori

GC026 ja 26695 kantoja (taulukko 4). Lisäksi voimakas immuunivaste (

CXCL1

,

CXCL2

,

CCL5-

,

IL6

,

IL12B

,

TNF

ja

IFNB1

) vastaan ​​aloitettiin

H. pylori

GC026 (kuvio 1A). Mielenkiintoista on, useita geenejä, jotka koodaavat kemokiinien (

CCL2

ja

CCL7

) ja sytokiinien (

IL18

,

TNFSF11

ja

CD40LG

) on säädellä vähentävästi

H. pylori

-challenged THP-1-soluja (taulukko 5).

A) Gene sytokiinien ja kemokiinien

H. pylori

-challenged THP-1-solut, B) Geenien ilmentyminen NOD kaltaisten reseptorien

H. pylori

-challenged THP-1-solut, C)

NFKB1

ilmaisun

H. pylori

-challenged THP-1-solut ja D)

PTGS2

ja

BIRC3

ilmaisun

H. pylori

-challenged THP-1-soluissa. Fold-muutos (2∧ (delta Delta Ct)) on normalisoitu geenien ilmentymisen (2∧ (delta Ct)) THP-1-solujen altistettiin

H. pylori

(GC026 ja 26695) jaettuna normalisoitu geenien ilmentymisen (2∧ (delta Ct)) omilla kontrolliryhmässä. Fold-asetus edustaa fold-muutos johtaa biologisesti mielekkäällä tavalla. Fold-muutos arvo on suurempi kuin yksi osoittaa ylössäätö, ja kansi-asetus on sama kuin kertamuutosta. Fold-muutos arvojen alle osoittavat alassäätöä, ja kansi-asetus on negatiivinen käänteistä kertamuutosta. Fold-ero verrattuna kontrolliryhmään osoittaa *

P

-arvo 0,05 ja **

P

-arvo 0,01.

P

-arvot saatiin Studentin t-testiä.

Helicobacter pylori

Infektio Tulokset Up-regulation

NFKB1

kanssa samanaikainen merkitty alas-asetus

NLRP12

ja

NLRX1

Kolmetoista geenit koodaavat NLRs arvioitiin tässä tutkimuksessa jäsenet mukaan luettuina IPAF alaperheen (NAIP, NLRC4), NLRPs ( NLRP1, NLRP3-6, NLRP9, NLRP12) ja nyökkää (NOD2, NLRC5, NLRX1 ja CIITA) (kuvio 1 B). Ilmentymisen viisi geeniä, jotka koodaavat NLRs merkittävästi säännelty H. pylori-altistettiin soluja (NLRC4, NLRC5, NLRP9, NLRP12 ja NLRX1) (taulukko 5). Näistä NLRP12 (taita sääntely: 0,03, p-arvo: 0,016298) ja NLRX1 (taita sääntely: 0,02, p-arvo: 0,01762) oli merkittävästi säädellä vähentävästi helikobakteeri GC026-haastoi soluissa. Koska validoivien lisäksi Western blot analyysit tutkimalla NLRX1 ilme, tehtiin. Johdonmukaisesti, vähentynyt NLRX1 tasot löytyivät THP-1-solujen altistettiin sekä helikobakteeri GC026 ja 26695 (tukeminen Information kuva S3).

Koska NF-KB säätelee negatiivisesti NLRP12 ja NLRX1, me edelleen verrattuna ilmaus

NFKB1

ja

RELA

välillä

H. pylori

GC026- ja 26695-haastoi soluissa. Huomattavasti, vaikka

RELA

osoittivat alentuneita tasoja THP-1-solut altistuvat sekä

H. pylori

kantoja (fold sääntely: 0,49,

p

-arvo: 0,044673 ja taita sääntely: 0,26,

p

-arvo: 0,131017 varten

H. pylori

GC026 ja 26695, vastaavasti), tilastollisesti merkitsevä säätely ylöspäin

NFKB1

havaittiin vain

H. pylori

GC026-haastoi soluja (fold sääntely: 2,50,

p

-arvo: 0,006825) (kuvio 1 C).

Helicobacter pylori

Kasvattaa Expression of

PTGS2

ja

BIRC3

Expression muiden molekyylien mukana ei vain NLR signalointireitin mutta myös karsinogeneesissä analysoitiin myös vertaamalla THP-1-solujen vasteita sekä

H. pylori

kantoja. Mielenkiintoista,

PTGS2

oli merkitsevästi säädellään ylöspäin THP-1-soluissa altistettaessa sekä

H. pylori

kantoja,

H. pylori

GC026-haastoi soluja (fold sääntely: 54,03,

p

-arvo: 0,0247) osoittaa huomattavasti suuremmat ekspressiotasoja verrattuna

H. pylori

26695-haastoi soluja (fold sääntely: 19.56,

p

-arvo: 0,016089) (kuvio 1 d). Edelleen, toinen geeni osallistuu Karsinogeneesin

BIRC3

, oli yksinomaan säädellään ylöspäin

H. pylori

GC026-haastoi soluja (fold sääntely: 12,28,

p

-arvo: 0,001638) (kuvio 1 D).

Keskustelu

GC pidetään nyt monitekijäinen prosessi, jossa bakteeri-, ympäristö- ja isäntä genetiikan tekijät ovat mukana eri vaiheissa syövän patofysiologiassa. Tällä hetkellä se on vakiintunut, että syöpä syntyy kroonisesti tulehtunut kudos, ja tämä on erityisen merkittävä ruoansulatuskanavassa [4]. Koska krooninen tulehdus mahalaukun limakalvo on seurausta

H. pylori

infektio ja tämä bakteeri on aluksi kohdistettu PRRS tutkimme roolia molekyylien mukana NLR signalointireitin in

H. pylori

infektio. Taulukko S1. Taulukko S2. Taulukko S3. Taulukko S4. Taulukko S5. Taulukko S6. Taulukko S7.