Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Pahanlaatuinen melanooma on aggressiivinen kasvain, ihon ja näyttää olevan vastustuskykyisiä nykyinen terapeuttinen lähestymistapoja. Melanocytic muutos on arveltu tapahtuvan peräkkäinen kertyminen geneettisiä ja molekyylitason muutoksia voi aktivoida Ras /Raf /MEK /ERK (MAPK) ja /tai PI3K /AKT (AKT) signalointireittejä. Erityisesti mutaatiot B-RAF aktivoida MAPK-reitin johtaa solusyklin etenemisen ja apoptoosin ehkäisyyn. Näiden havaintojen MAPK ja AKT reitit voivat edustaa lupaavaa terapeuttista tavoitteita muuten tuhoisa sairaus.

tulos

Tässä näytämme laskennallinen malli pystyy simuloimaan tärkeimmät biokemialliset ja aineenvaihdunnan vuorovaikutusten PI3K /AKT ja MAPK reittejä mahdollisesti mukana melanoomaa kehittämiseen. Kaiken kaikkiaan tämä laskennallinen lähestymistapa voi nopeuttaa Lääkekehitysprosessi ja kannustaa tunnistaminen romaani koulutusjakson aktivaattorien kanssa seurauksena kehittää uusia antioncogenic yhdisteiden voittaa kasvainsolujen vastustuskyky tavanomaisia ​​terapeuttisia aineita. Lähdekoodi eri versioita mallin on saatavana S1-arkisto.

Citation: Pappalardo F, Russo G, Candido S, Pennisi M, Cavalieri S, Motta S, et al. (2016) Computational Modeling PI3K /AKT ja MAPK signaalireaktioteissä Melanooma Cancer. PLoS ONE 11 (3): e0152104. doi: 10,1371 /journal.pone.0152104

Editor: Suzie Chen, Rutgers University, Yhdysvallat |

vastaanotettu: 22 tammikuu 2016; Hyväksytty: 08 maaliskuu 2016; Julkaistu 25 maaliskuuta 2016

Copyright: © 2016 Pappalardo et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Kaikki asiaankuuluvat tiedot ovat paperi- ja tukevana tieto arkisto.

Rahoitus: Tämä työ on osittain tuettu FIR 2014 University of Catania, Italia avustusta. Ei ollut muita rahoituslähteitä tukevat tätä työtä. FIR 2014 osittain tukeneet työtä. Loput ponnistus tulee sisäisestä työskentelee.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

RAS /RAF /MEK /ERK ja PI3K /AKT /mTOR reitit ovat perustavanlaatuisia signaalitransduktioreittiin ja säätelyverkkoja useimpien solun fysiologisia prosesseja, kuten proliferaatiota, erilaistumista ja solujen eloonjäämistä.

Nämä toteutustavat ovat enimmäkseen aktivoidaan muutokset Ras, B-RAF, PI3K , ja PTEN geeni [1]. Aktivointi Tällaisten reittien vastaa hallitsemattoman solujen lisääntymisen ja edistää lääkeresistenssin. Yhdistelmäterapioita farmakologisesti estäjien näistä reiteistä voi olla mahdollisia käyttötarkoituksia varten tukahduttamista syövän solujen lisääntymistä ja voi puolestaan ​​olla tehoa palauttaa vastus. Pahanlaatuinen melanooma on hyvä kasvain malli tutkia aktivointi RAS /RAF /MEK /ERK ja PI3K /AKT /mTOR reitit, koska se on usein vaikuttavat B-RAF

V600E mutaatio, joka aiheuttaa MAPK-reitin [2 ]. Se on aggressiivinen kasvain ihon kanssa huonoon ennusteeseen potilailla, joilla on edennyt sairaus ja se näyttää olevan vastustuskykyisiä nykyistä hoitoa.

melanocytic muutos on arveltu tapahtuvan peräkkäinen kertyminen geneettisiä ja molekyylitason muutokset [3 , 4]. Vaikka patogeeninen mekanismeista melanooma kehitys ovat edelleen suurelta osin tuntemattomia, useiden geenien ja metaboliareittiä on osoitettu kuljettamaan molekyylitason muutoksia melanooma. Tummasolukasvaimet näytteille mutaatiot RAS /RAF /mitogeeni aktivoitua proteiinikinaasi (MAPK) kautta. On osoitettu, että 50% ihon melanoomista näytteille B-RAF

V600E mutaatioita, mikä johtaa aminohapon substituutio asemassa 600 B-RAF, mistä valiini (V) on glutamiinihappo (E). Tämä mutaatio tiedetään avainasemassa proliferaatiossa ja selviytymistä melanoomasoluja, aktivoimalla MAPK-reitin [5]. Erityisesti, se tapahtuu aktivointi segmentti kinaasidomeenin ja se johtaa lisääntyneeseen kinaasin itse. Konstitutiivinen aktivointi kinaasiaktiivisuuden johtaa unresponsitivity negatiivista palautetta mekanismeja MAPK-reitin [6].

Lisäksi, vuorovaikutusta MAPK ja phosphatidylinositide-3-kinaasi (PI3K) /AKT reitit on löydetty ihomelanooma [7]. Mielenkiintoista, nämä tutkimukset viittaavat siihen, että MAPK ja AKT reittejä aktivoituvat samanaikaisesti sekä todisteet siitä, että PI3K /AKT ja MAPK /ERK1 /2 kaskadeja on liitetty toisiinsa suurelta osin kuvattu [8, 9, 10]. On olemassa useita rajat talk pistettä näiden kahden reitin, jonka koordinoitua toimintaa määrittää solun kohtalon [11]. Ei ole yllättävää, että PI3K /AKT ja MAPK reitit vaikuttavat toisiinsa eri vaiheissa signaalin etenemisen, sekä negatiivisesti ja positiivisesti, jolloin dynaaminen ja monimutkaisten ylikuulumista. Näiden havaintojen MAPK ja AKT polkuja voisi edustaa lupaavaa terapeuttisia kohteita muuten tuhoisa sairaus.

Tietokonesimulaatiot ja tietokonemallintaminen ovat hyödyllisiä analysoida ja lisätä tietämystä metaboliareitit ja niiden monimutkainen vuorovaikutus pyritään ymmärtää resistenssimekanismeihin tavanomaisen lääkehoidon melanooman [12, 13, 14].

tässä työssä kehitämme laskennallinen malli, joka simuloi molemmat PI3K /AKT ja MAPK reittejä ja niiden vuorovaikutusta, jotta voidaan analysoida cascade reaktiot vastaavat melanooman kehittämisestä. Lisäksi olemme mallinnettu käyttäytymistä pahanlaatuisen melanooman A375-solulinja, kätkeminen B-RAF

V600E mutaatio, alle hoitoon Dabrafenib kaupallinen selektiivinen B-RAF estäjä, äskettäin hyväksytty potilaiden hoitoon BRAF V600E mutaation positiivinen kehittynyt melanooma [15].

Kaiken kaikkiaan tämä malli voidaan käyttää in silico lab tutkia, mitä vaikutuksia potentiaalisten estäjien, jotka voivat parantaa vastaus tavanomaiset hoidot.

Methods

Computational mallia MAPK ja PI3K /AKT reitit

jotta ymmärtää vaikutukset B-RAF muutoksia molemmilla RAF-ERK ja PI3K-AKT polkuja aloitimme mallin kehittämää Brown ja yhteistyökumppanit [16]. Työssään tutkijat esittelevät laskennallisen mallin epidermaalisen kasvutekijän (EGF) ja hermokasvutekijän (NGF) aktivoitu ERK väylän PC12-soluissa, jotka sisältävät 13 eri proteiinia lajia ja 16 biokemiallisia reaktioita. Mallimme kehitettiin käyttämällä COPASI (kompleksi Pathway Simulator), ohjelmisto simulointiin ja analysointiin biokemiallisten verkkojen ja niiden dynamiikka [17]. Meidän malli on huomattavasti laajentanut Brown mallia. Se koostuu 48 lajia ja 48 biokemiallisia reaktioita.

sisältävät kaikki yhteisöt ja niiden vuorovaikutukset hyötyä tavoite Tämän tutkimuksen, me haetaan kaikki tarvittavat tiedot Kegg (Kioto Encyclopedia of Genes and Genomes) PATHWAY tietokanta [18]. Erityisesti olemme keskittyneet vuorovaikutuksesta kaksi erityistä reittiä: MAPK signalointireitille (Kegg viite: ko04010) ja PI3K-AKT signalointireitin (Kegg viite: hsa04151). Olemme tutkineet monimutkainen käyttäytyminen tärkeimmistä proteiinikinaasi kaskadeja, joissa epidermaalisen kasvutekijän reseptorin (EGFR), fosfatidyyli-inositoli-4,5-bisfosfaatin 3-kinaasi (PIK3CA), RAC seriini /treoniini-proteiinikinaasi (AKT) ja RAF proto -oncogene seriini /treoniini-proteiinikinaasi (RAF1). Tämä väistämättä johtaa meidät pohtimaan muita signaalipolkuja oli korrelaatio ne, jotka voivat aiheuttaa Dabrafenib vastus ilmiöitä. Tätä varten olemme myös malliin Ras-signalointireitin (Kegg viite: ko04014) ja mTOR signalointireitin (Kegg viite: ko041150) tutkimaan mahdollisia mekanismeja ei havaittu ennen.

suhteellinen alkupitoisuuksina kuuluvien yksiköiden mallimme kerätty GSE22301 saatavilla GEO (Gene Expression Omnibus) aineisto (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) sisältäen ilmentymisen profilointi useiden melanoomasolulinjasta sekä A375 tässä tutkimuksessa käytettiin. Microarray matriisi data normalisoitiin log transformaation avulla MeV analysointityökalu [19]. Yhteenveto, käytimme Kegg tietokanta ymmärtää ja mallintaa polku virtauksen ja GEO aineisto saada A375-solulinja ilmentymisen profilointi; Lisäksi asetamme arvot pitoisuuksien proteiinien saapuvat Brown ym.

lakeja, joiden mukaisesti aktivoinnit /purkutyöt, että Brown mallissa perustuivat Henri-Michaelis-Menten-kinetiikka. Tämä kineettinen laki on yksi yleisimmistä malli entsyymin kineettisen. Sen matemaattinen muoto on seuraava:

Se kuvaa nopeudella entsymaattisten reaktioiden, jossa ”V” edustaa suurinta kohosi järjestelmän, kun taas Henri-Michaelis-Menten vakio (Km) on alustan konsentraatio jonka reaktionopeus on puolet V [20].

hieman muutettu klassisen Henri-Michaelis-Menten laki ottaa huomioon sekä alustan ja muokkaaja että oma roolinsa on, kun pohdimme reaktioita, jotka aktivoidaan (ja /tai deaktivoida) erityiset proteiinit. Yhtälö muunnetun Henri-Michaelis-Menten on:

kcat edustaa useita entsymaattisia reaktioita katalysoivat sekunnissa ja yhtälö sisältää kaksi alustoilla. Substrate1 tarkoittaa modifioivaa reaktion, kun taas Substrate2 on yleinen substraatti. Se johtaa lisää sopiva meidän tarkoituksiin, koska se analysoi suhde järjestelmän reaktioista ja niiden affiniteetti substraatin ottaen huomioon tehokkuuden modifioija mukana.

Kaikki biokemiallisia reaktioita, joita käytetään myös malli voi olla siksi jaettu neljään pääluokkaan:

i)

aktivointi /deaktivointi reaktioita mallinnetaan modifioidun Henri-Michaelis-Menten laki (esim Raf1Inactive aktivoituu (Raf1Active) kautta RasActive);

ii) B-reaktioita, jotka fysiologisesti inaktivoivat lajeja, mallinnettu massa toimia lain (esim C3G deaktivointi);

iii) B proteiinien hajoaminen mallinnettu massa toimia lain (esim Dabrafenib hajoamista);

iv) B-proteiinit tuotanto mallinnetaan peruuttamattomia jatkuvassa muutostilassa laki (esimerkiksi tuotantoon vapaan RTK).

Yksi tavoitteista mallin oli analysoida dynamiikkaa kriittinen solmuja A375 melanoomasolulinjasta kätkeminen B-RAF

V600E mutaatio. Siksi me mallinnettu tässä solulinjassa seuraavasti:

i) B toimme uusia lajeja bRafMutated samalla alkupitoisuus bRafInactive 120000 mmol /ml;

ii) B Poistimme B-RAF aktivoitumisen Rap1 kun uusi laji bRafMutated ei vaikuta signalointi (sama koskee Ras);

iii) B me esti deaktivointi B-RAF by Raf1PPtase (kuten Raf1PPtase ei enää vaikuta B-RAF);

iv) B bRafMutated korvaa bRafActive lajien laukaisemiseen Mek aktivointia. Toinen tavoite malli on käyttää sitä in silico lab analysoida käyttäytymistä erityisiä terapeuttisia hoitoja vastaan ​​melanooma, erityisesti sen resistenssin, jonka tavoitteena on ehdottaa uusia strategioita, joita voidaan käyttää näissä olosuhteissa. Me siis työnnetään malliin ominaisuudet jäljentää vaikutus Dabrafenib estäjä monimutkainen dynamiikan PI3K /AKT-reitin. Tähän tehtävään, lisäsimme Dabrafenib laji (eri pitoisuuksina, katso tulokset kohta). Sitten me mallinnettu kaksi reaktiota eli normaalin lääkeaineen hajoamista ja tärkein vaikutus Dabrafenib on inhibition bRafMutated lajeja. Erityiseen kirjallisuudessa on raportoitu, että puoliintumisaika Dabrafenib on 10 tuntia (Euroopan lääkeviraston kotisivuilta: https://www.ema.europa.eu). Käytimme tätä parametrin asettamaan liittyvän massavaikutuksen lain lisääntymään sen hajoamisen.

Toinen tärkeä näkökohta ei pidetä Brownin mallissa on, että kaikki reseptorit ovat hyvin nopeasti laukaisee EGF ja siksi ne pysyvät konstitutiivisesti aktivoitunut, koska niiden malli ei ota huomioon reaktio hajoamista reseptoreihin. Me mallinnettu tämä näkökohta lisäämällä huonontumisprosessi perustuva peruuttamaton joukkotoiminnan laki vaikuttaa sekä vapaan ja sitoutuneen RTK-reseptoreja. Lisäksi alkuperäinen Brown EGR malli ei sisältänyt C3G /Rap1 koulutusjakson perustavanlaatuinen keskeinen asia aktivoituminen B-RAF ja siten myös ERK dynamiikkaan. Tätä varten me mallinnettu aktivointi C3G lajien kautta sitoutuneen RTK-reseptorin, ja Rap1 aktivointi kautta aktivoidun C3G proteiinia.

Lisäksi olemme syvästi analysoitiin keskeinen rooli AKT proteiinikinaasin ylikuulumisen kahden Haitallisia mukana. Erityisesti olemme keskittyneet roolin AKT aktivoinnista mTORC1 reitin ja aktivointi /deaktivointi koneiden useiden proteiinien AKT signalointi. Tuloksena täytäntöönpano polkuja mallin, yhdessä suhteellisen joukko ODES löytyy katsomalla kuvioissa 1 ja 2.

aktivointi /deaktivointi reaktiot (mallinnetaan modifioitu Henri-Michaelis-Menten laki) näkyvät seuraavasti: modifiointiaine eli katalysaattori, joka laukaisee reaktion kuvattu ohut vaaleanvihreä päättyvä vinoneliö; asianomaisia ​​lajeja on yhdistetty nuolilla aloittamalla sininen väri (input lajia) ja päättyen ruskean värin (tuloksena laji). Esimerkiksi Raf1Inactive aktivoituu (Raf1Active) kautta RasActive. Reaktiot että fysiologisesti inaktivoivat lajit (mallinnettu massa toimia lain) on esitetty nuolella alkaen sininen väri ja päättyen ruskean värin, esimerkiksi C3G deaktivointi. Proteiinit hajoaminen (mallinnettu massa toimia lain) on kuvattu kanssa pidetään lajin yhdistetty nuolella päättyen tyhjä joukko symboli, esimerkiksi Dabrafenib hajoamista. Proteiinit tuotanto (mallinnetaan peruuttamattomia jatkuvassa muutostilassa laki) on kuvattu kanssa pidetään lajin yhdistetty nuolella (esimerkiksi tuotantoon vapaan RTK). Arcadia ohjelmisto (https://arcadiapathways.sourceforge.net) on käytetty tuottamaan graafinen esitys mallin.

Käytettävissä olevat versiot Copasi malleja voidaan käyttää S1-arkisto.

solun viiva kulttuuri ja hoito

A375-solulinja saatiin ATCC (LGC Standards, Italia). Tämä solulinja on peräisin 54-vuotias nainen, jolla pahanlaatuinen melanooma ja on hyvä malli tutkimuksiin, jotka koskevat MAPK ja AKT polkuja, koska se vaikuttaa yksittäinen muutos näkyy B-RAF-geeni (V600E) (Ks Cosmic kotisivuilta , https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic). Itse asiassa, kun läsnä on muita geneettisiä muutoksia, kuten mutaatiot KRAS tai sääntelyviranomaisten geenit, voi määrittää MAPK-reitin.

A375 melanoomasolulinja, saatiin ATCC: stä (LGC Standards, Italia), viljeltiin kostutetussa 5% CO 2-inkubaattorissa 37 ° C: ssa RPMI-1640, johon oli lisätty 2 mmol /L L-glutamiinia, 100 IU penisilliiniä, 100 ug /ml streptomysiiniä ja 10% naudan sikiön seerumia (FBS), ostettu LONZA ( Walkersville, USA). A375 maljattiin 70 mm: n solu- viljelymaljoille tiheydellä 500,000 soluja ja 24 tunnin kuluttua käsiteltiin 48 h Dabrafenib (Selleck Chemical, USA) lopulliseen konsentraatioon 2, 1, 0,5, 0,25 ja 0,125 nM. Dimetyylisulfoksidi (DMSO) (Sigma-Aldrich, USA) käytettiin kontrollina.

Western blot-analyysi

Protein profilointi käsiteltyjen A375-solulinjoissa analysoitiin Western blot käyttäen anti-MAP Kinase ERK1 /ERK2 (pThr202 /pThr204) rabbit Ab (cat. n. 442685) ja Anti-MAP Kinase ERK1 /ERK2 rabbit Ab (cat. n. 442704) syötetään Merck Millipore (Darmstadt, Saksa) havaitsemiseksi fosforyloidun ja yhteensä ERK 1 /2-proteiineja, vastaavasti. Anti-beeta Tubulin Ab (ab 15568- Abcam, Cambridge, UK) käytettiin taloudenhoito geeni. Kromogeeninen havaitseminen proteiinien suoritettiin Novex HRP kromogeenisen (Invitrogen, USA). Western blot kuvat analysoitiin kuvan J ohjelmisto. Kaikki kokeet suoritettiin kolmena rinnakkaisena. Studentin t-testiä käytettiin tilastolliseen analyysiin.

Tulokset

simuloidaan mallimme normaaleissa geneerinen kasvutekijän (GF) stimulaatio olosuhteissa tarkistaa, että se antoi voimakkaan ohimenevä aktivoituminen ERK. Sitten simuloitu A375 solu- linjassa B-RAF mutaatio. Tässä tapauksessa odotimme kohonnut ERK toimintaa, joka on ominaista B-RAF

V600E mutatoitunut ihosyövän. Kuvio 3 esittää dynamiikkaa sekä aktivoitua ERK (Perk) ja B-RAF. Vasen paneeli korostaa normaali tila tapauksessa; kun taas, oikea paneeli näyttää B-RAF muuntunut A375 solulinja skenaario. Lopuksi simulaatio ennustaa oikein odotettu toiminta eli lajin ErkActive on vakio kohonnut aktiivisuus. Johtuen epälineaarisuudet esitetyn mallin ja suuri määrä solmuja ja vuorovaikutusten sisällä reitin, vaikka on olemassa selvä suhde bRafActive ja ErkActive, emme voi sanoa, että on olemassa lineaarinen suhde kahden.

Vasen paneeli esittää käyttäytyminen normaaleissa GF stimulaatiota samalla kun oikea paneeli esittää dynamiikkaa B-RAF (bRafMutated) mutaatio A375-solulinjoissa.

erityisesti korkeampi ErkActive ei havaita luultavasti johtuu siitä, että ErkActive on jo lähellä sen kynnyksen tasoa ja /tai johtuen osuus muiden solmujen polku, joka voi vaikuttaa lopputulokseen.

Lisäksi olemme simuloitu käyttäytyminen A375 solulinjojen eri pitoisuuksia Dabrafenib estäjä. B-RAF inhibitio johtaa rajoittamisesta Perk toimintaa. Näin ollen taulukossa 1 prosentteina inhibition Perk on esitetty tuloksena Perk ja ERK-suhde. Lihavien tuloksia saatiin analysointi in vitro ja in silico tiedot.

dynamiikka sekä Perk ja B-RAF mutatoitunut mallinnettiin (kuvio 4). ERK in silico pitoisuus asetettiin 600000 mmol /ml. Viisi levyt näkyvät. Kukin paneeli kuvaa lisäansiot, B-RAF mutatoitunut ja Dabrafenib dynamiikan 48 tunnin simulointi eri Dabrafenib annos eli 0,125 nM (A), 0,250 nM (B), 0,500 nM (C), 1,0 nM (D) ja 2,0 nM (E). Kun hoitoa annetaan (DMSO) Perk pitoisuus saavutti 571950 mmol /ml hetkellä 48 tuntia. Eri annoksia Dabrafenib, Perk pitoisuuksilla, jotka saavutetaan 529602 mmol /ml (A), 368352 mmol /ml (B), 207518 mmol /ml (C), 106758 mmol /ml (D) ja 53385 mmol /ml (E), joka osoittaa, vastaavasti inhibitioprosentti esitetty taulukossa 1.

Perk pitoisuudet vähentävät aikana Dabrafenib hoidon A375 melanoomasolulinja. Käyttäytymistä Perk on suoraan korreloi Dabrafenib pitoisuus. Erilaiset annokset Dabrafenib on esitetty (1 nM = 1e-9 mmol /ml): 1.25e-10 mmol /ml (A), 2.5e-10 mmol /ml (B), 5e-10 mmol /ml (C), 1e -9 mmol /ml (D) ja 2e-9 mmol /ml (E). Kaikissa paneelit oikea y-akseli katkoviivat esittävät bRafMutated pitoisuudet taas kiinteät viivat edustavat Dabrafenib pitoisuuksia.

vähentäminen lisäansiot pitoisuuksien on yhtä mieltä, että havaittu in vitro.

Kuva 5 korostaa western blotting tontteja. Myös tässä tapauksessa, saimme hyvää kanssa in silico tuloksiin. Lopuksi molemmat mallista sekä omasta in vivo kokeissa, voimme todeta, että p-ERK tasot avattavasta johtuen toimintaa estävä vaikutus Dabrafenib yli B-RAFV600E proteiinia. Analysoimme p-ERK, koska se on yksi tärkeimmistä proteiinikinaasi osallistuu solujen lisääntymisen signalointia. Tärkeä näkökohta liittyy inhibition B-RAFV600E proteiini on, että pieni osa käsiteltiin melanoomapotilailla kehittää resistenssin mekanismeja, jotka tekevät hoidon ei tehokkaampi. Malli voi olla hyödyllistä analysoida monimutkaisia ​​PI3K /AKT ja MAPK väyliä, jotta löytää proteiineja, jotka voivat aiheuttaa näitä vastus ilmiöitä.

Western blot-analyysi p-Erk ja yhteensä ERK A375 melanoomasolulinjaa hoidon jälkeen eri annoksilla Dabrafenib 48 tunnin ajan (A). p-ERK signaali normalisoitui kokonaan ERK signaali (B), SD- ja välineet normalisoidun p-ERK-arvot ilmoitettiin.

Johtopäätökset

esitteli laskennallinen malli, joka simuloi molemmat PI3K /AKT ja MAPK reittejä ja niiden vuorovaikutusta, jotta voidaan analysoida kaskadin reaktioita vastuussa melanooman kehittämisestä. Me simuloitu terapia intervention so antamisen tunnettu B-RAF estäjä, Dabrafenib. Tämä tutkimus on osoittanut, miten laskennalliset mallit voivat olla hyödyllisiä työkaluja tutkimiseen ja vertaamalla biologista käyttäytymistä signaalitransduktion polku- tavoin ne voivat ehdottaa uusia hypoteeseja selittämään havaitun biologiset tiedot ja auttaa ymmärtämään dynamiikka miten reitin toimintoja. Lisäksi laskennallisia malleja voidaan helposti käyttää tutkimaan eri tautitilojen ja ehdottaa miten lääkehoitoa voitaisiin parantaa paremmin vaikutusten torjumiseksi taudin. Uskomme, että malli on hyvä esitys PI3K /AKT ja MAPK aktivoidulla ERK koulutusjakso, jota voidaan laajentaa ja soveltaa tulevaisuudessa tutkia tarkemmin dynamiikkaa vastustuskykyisten mekanismeja voidakseen ehdottaa uutta väliintuloa ehdottaa uusia terapeuttisia interventioita.

tukeminen Information

S1 arkisto. Zip-arkisto, on olemassa kolme erilaista saatavilla versiota malli: File PI3K_AKT_Final_V2.1.cps, fysiologinen malli eli ei B-RAF mutaation; Tiedoston PI3K_AKT_Final_V2.1_A375.cps, A375 solulinja malli so, jossa B-RAF mutaation; File PI3K_AKT_Final_V2.1_A375_Dabrafenib.cps, täydellinen malli sekä B-RAF mutaatio ja Dabrafenib inhibiittori asetettu pienemmillä annoksilla.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0152104.s001

(ZIP) B