Krooninen sairaus

tiivistelmä

Uuden sukupolven sekvensointi teknologia mahdollistaa samanaikaisen analysoidaan eri alttiusgeeniyhdistelmiä kliinisten syövän genetiikkaa. Tässä tutkimuksessa multiplex geneettinen testaus suoritettiin kiinalaisen perheen useita syöpätapausta määrittää vaihtelut syöpä taipumus geenejä. Perhe koostuu äiti ja hänen viisi tytärtä, joista äiti ja vanhin tytär on syöpä ja toissijainen tytär kuoli syöpään. Teimme multiplex geenitestausta 90 syövän alttiusgeeniyhdistelmiä käyttäen ääreisverenkierron DNA äidin ja kaikki viisi tytärtä.

WRN

lukukehyksen pidetään mahdollisena patogeenisten vaihtelua ohjeiden mukaan American College of Medical Genetics. Romaani

WRN

lukukehyksen (p.N1370Tfs * 23) tunnistettiin kolmessa syöpäpotilaiden ja nuorimmassa ennallaan tytär. Muita harvinaisia ​​kuin synonyymi ituradan mutaatioita havaittiin myös

Dicer

ja

ELAC2

. Toiminnallinen mutaatiot

WRN

aiheuttaa Werner oireyhtymä, ihmisen peittyvästi periytyvä sairaus, ennenaikaista vanhenemista ja liittyy geneettinen epävakaus ja lisääntynyt syöpäriskiä. Tuloksemme viittaavat siihen, että

WRN

lukukehyksen on tärkeää valvonnassa muiden tämän perheen jäseniä, varsinkin nuorin tytär, mutta patogeenisuus romaanin

WRN

lukukehyksen on tutkittava edelleen. Koska sen laaja käyttö kliinisessä geeniseulonta multiplex geneettinen testaus on lupaava työkalu kliinisessä syöpää seurantaa.

Citation: Yang L, Wang G, Zhao X, Ye S, Shen P, Wang W, et al. (2015) romaani

WRN

lukukehyksen Merkitty Multiplex Geneettinen testaaminen Perhe Multiple syöpätapausta. PLoS ONE 10 (8): e0133020. doi: 10,1371 /journal.pone.0133020

Editor: Peyman Björklund, Uppsalan yliopisto, Ruotsi

vastaanotettu: 18 syyskuu 2014; Hyväksytty: 23 Kesäkuu 2015; Julkaistu: 04 elokuu 2015

Copyright: © 2015 Yang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: Kaikki sekvenointitulosten (fastq) talletettiin SRA tietokantaan National Center for Biotechnology Information (NCBI, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) seuraavilla liittymisen numerot: SRR1563024, SRR1563027, SRR1563036, SRR1563037, SRR1563039 ja SRR1563041. Taulukossa 2 on esitetty yksittäisille potilaille ja heidän vastaavien SRA liittymisen numeroita.

Rahoitus: tukemana National High Technology Research ja kehittämisohjelma Kiina (863 Program, No. 2012AA02A205), National Natural Science Foundation of China (nro . J20121214), Financial Support of Science Technology Department of Zhejiang Province (nro 2011C23088), Medical Science Research Foundation of Health Bureau Zhejiangin maakunnassa (nro 2012KYB070), National S T Major Project (nro 2012ZX10002017), Projektin Tuetut Foundation for Innovative Research ryhmät National Natural Science Foundation of China (nro 81121002), ja tutkimuksen Special Fund for Public Welfare Industry of Health (nro 201202007).

Kilpailevat edut: kirjoittajat ovat ilmoittaneet, ettei kilpailevia etuja olemassa.

Johdanto

viimeisten 30 vuoden aikana erittäin penetrant geenejä syövän alttiuden on havaittu syövän altis perheet. Nämä geenit seurata Mendelin perintö malleja. Tutkimukset ovat onnistuneesti yhdistetty mutaatiot kanssa erilaisissa olosuhteissa, esimerkiksi

BRCA1

ja

BRCA2

in perinnöllinen rinta-munasarjasyöpään oireyhtymä, DNA mismatch korjaus geenien Lynch oireyhtymä,

P53

Li-Fraumeni oireyhtymä, ja

APC

familiaalisen adenomatoottisen polypoosin [1-3]. Testaaminen ituradan mutaatioiden erittäin läpitunkevaa nestettä syövän alttiuden geenien tarjoaa arvokasta geneettistä tietoa potilaan ja hänen perheensä ja sitä voidaan käyttää syövän valvonta- ja potilasvalvonnan.

teknologia seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) mahdollistaa koko genomin sekvensointi (WGS), koko-exome sekvensointi (WES) sekä kohdennettua sekvensointi tietyille alueille kohteita kuten multiplex geenitestien tunnistaa harvinaisten genomista variantteja. Multiplex geenitestien avulla NGS mahdollistaa tehokkaan ja kustannustehokkaan seulonnan paneelin syövän altistavia geenejä. Lyhyesti, kohde-DNA-fragmentit rikastettu syöpä geenin paneeli ja sekvensoidaan NGS. NGS tuottaa suuren määrän sekvenssin tietojen kartoitukseen, tasausta ja suodatus saada geneettisiä variantteja. Määritellä patogeenisyyden varianttien, arvioimme kaikki tunnistetut mutaatiot ohjeiden mukaan American College of Medical Genetics (ACMG) [4].

Tässä tutkimuksessa kartoitettiin kolme syöpäpotilaiden yhdestä perhe. Äidin ja toinen tytär oli keuhkojen adenokarsinooma, ja vanhin tytär on kohdun limakalvon syöpä. Multiplex geenitestausta 90 syövän alttiuden geenien paljasti

WRN

lukukehysmutaatioita kolmessa potilaille. Testi suoritettiin myös kolme muuta tytärtä, paljastaen että nuorin tytär on myös sama

WRN

lukukehyksen. Edellä mainitut tulokset viittaavat siihen, että

WRN

lukukehyksen voisi olla merkitystä syövän valvontaa varten nuorin tytär.

Methods

Ethics selvitys

Eettinen hyväksyntä tämän tutkimuksen myönsi eettisten toimikuntien ensimmäisen Affiliated sairaala, School of Medicine, Zhejiangin yliopistossa. Potilaat ja heidän perheensä saivat perinnöllisyysneuvontaa. Saimme kirjallinen suostumus potilailta ilmoittautunut tässä tutkimuksessa.

Oppiaineet ja näytteiden

Analysoimme perhe, johon kuului äiti keuhkosyöpä ja hänen viisi tytärtä; vanhin tytär on kohdun limakalvon syöpä, ja toinen tytär kuoli keuhkosyöpään. Vertasimme myös sekvenointitulosten 300 Etuyhteydettömien tervettä verrokkia jättää yhteisen yhden nukleotidin muunnelmia [5]. Kokoveri kerättiin kaikki kuusi perheenjäseniä. Genominen DNA, uutetaan standardimenetelmiä, käytettiin multiplex geneettinen testaus ja validointi Sangerin sekvensoinnilla.

Kliininen tutkimus

Kirurgisesti resektoitiin kohdun limakalvon syöpä kudoksen ja koepala näyte on saatu ihon läpi keuhkojen centesis alistettiin patologisesta arviointi vahvistaa histologiseen diagnoosiin. Seuraavat parametrit tutkittiin: kliiniset ja diagnostiset tiedot (ikä, sukupuoli, ja kliiniset piirteet), Doppler ultraääni tuloksia, ja tietokonetomografia (CT) skannaa. Follow-up tutkimukset tehtiin myös.

DNA-kirjaston valmistelu

Jokainen DNA-näyte kvantitatiivisesti agaroosigeelielektroforeesilla ja NanoDrop spektrofotometrialla (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). Kirjastot valmistettiin käyttäen standardi Illumina protokollaa. Lyhyesti, 3 ug genomista DNA: ta fragmentoidaan sumuttamalla. Hajanainen DNA yhden A ulokkeita ligoitiin 3′- päähän Illumina sovittimia, ja 350-400bp tuotteet valittiin. Koko valittu tuotteet amplifioitiin PCR-menetelmällä, ja kukin näyte oli koodattu ainutlaatuinen indeksi menettelyn aikana. Lopputuote validoitu käyttäen Agilent Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA).

Syöpä geenin paneeli rikastamiseen ja sekvensointi

Monistettu DNA taltioinut ituradan sekvensointi sisältävä paneeli 90 syöpä alttiusgeenit (S1 taulukko), joka perustuu MyGenostics GenCap Enrichment Technologies (MyGenostics, Baltimore, MD, USA). Geeni luetteloa 75 geenejä ladata Cancer Gene Census (www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/Census/) ja 15 lisägeeniä, kuten

AXIN2

ja

BARD1

, joiden on osoitettu olevan syövän riski geenit [6-11]. Biotinyloitu koettimet on suunniteltu laatta pitkin eksonin alueet ja eksoni-introni-rajat kohdegeenien. Pyydystäminen Koe suoritettiin valmistajan protokollan. Lyhyesti, 1 ug sekvensointi kirjaston DNA: ta sekoitettiin Buffer BL ja GenCap 90 kasvaimen geenin paneeli koetin (MyGenostics) ja kuumennettiin 95 ° C: ssa 7 minuutin ajan ja sitten 65 ° C: ssa 2 minuutin ajan -lämpösyklilaitteella. Buffer HY (23 ui, MyGenostics), joka on esikuumennettu 65 ° C: ssa, lisättiin seokseen, ja pidettiin sitten 65 ° C: ssa lämpösyklilaite kansi lämpöä 22 tunnin hybridisaation. MyOne-helmiä (50 ui; Life Technology, Carlsbad, CA, USA) pestiin kolme kertaa 500 ul: aan 1 x sitoutumispuskuria ja suspendoitiin uudelleen 80 ul: aan 1 x sitomispuskurissa. Näin ollen, 64 ui 2 x sitoutumispuskuria lisättiin hybridi seokseen, joka sitten siirrettiin putkeen 80 ui MyOne helmiä. Seosta pyöritettiin 1 h pyörivässä ravistelijassa. Helmet pestiin sitten kerran WB1 puskuria huoneen lämpötilassa 15 minuuttia, ja kolme kertaa WB3 puskurilla 65 ° C: ssa 15 minuutin ajan. Sitoutunut DNA eluoitiin puskurilla Eluoidaan ja monistettiin käyttäen seuraavaa ohjelmaa: 98 ° C 30 s (1 sykli); 98 ° C: ssa 25 s, 65 ° C: ssa 30 s, ja 72 ° C: ssa 30 s (15 sykliä); ja 72 ° C: ssa 5 min (1 sykli). PCR-tuote puhdistettiin käyttäen SPRI helmiä (Beckman Coulter Genomics, Danvers, MA, USA), mukaisesti valmistajan protokollaa. Rikastamista kirjastot sekvensoitiin Illumina HiSeq 2000 sekvensserin pariksi lopussa sekvensointi 100-emäsparin lukee.

Tietojen analysointi ja variantti tulkinta

Kun HiSeq 2000 sekvensoinnin, laadukasta lukee haettiin raaka lukee suodattamalla pois huonolaatuisia lukee ja sovitin sekvenssit käyttäen Solexa QA paketti ja cutadapt ohjelma (https://code.google.com/p/cutadapt/), tässä järjestyksessä. SOAPaligner (https://soap.genomics.org.cn/soapsnp.html) käytettiin kohdistamaan puhtaana luetun sekvenssit hg19 ihmisen viittaus genomin. Sekvensointi Tulokset on esitetty yhteenvetona taulukossa 1.

PCR: n jälkeen päällekkäiset poistettiin Picard ohjelmisto (https://picard.sourceforge.net/), SNP ää, tunnistettiin aluksi käyttäen SOAPsnp ohjelmaa. Lukuoperaatioista myöhemmin ryhmitetään viitteen genomiin käyttämällä BWA (https://bio-bwa.sourceforge.net/), ja indeleitä tunnistettiin käyttäen GATK ohjelmaa (https://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php /HOME_PAGE). Tunnistetut SNP ja indeleitä olivat selityksin käyttäen exome-apuohjelma (https://122.228.158.106/exomeassistant). MagicViewer käytettiin tarkastella lyhyen lukea linjaus ja validoida ehdokas SNP ja indeleitä. Vaihtoehdot alunperin suodatetaan, jos ne ilmestyivät 1000 Genomes Project tietokanta, että ESP6500 tietokannan vähäinen alleelin frekvenssi kynnyksen 0,05, vuonna dbSNP tietokantaan, ja 300 talon Aasian Genome tietokanta [5]. Loput variantit seulottiin edelleen käyttämällä Luettelon Somaattiset mutaatiot Cancer (COSMIC) tietokantaan.

Jos haluat määrittää patogeenisuus varianttien, arvioimme kaikki tunnistetut variantit ja indeleitä mukaan ACMG suuntaviivojen [4]. Variantteja määriteltiin mahdollisesti patogeenisten, jos ne tuottivat lyhennetty kodoni, aloituskodonin, tai silmukointidonoripaikan /akseptorin vaikutus, tai jos vaikutus proteiinien toiminto liittyy sairauden fenotyyppi on raportoitu kirjallisuudessa. Muuten missense, hiljainen, ja introni-variantit määriteltiin variantit epävarmaa merkitys (VUS). VUS arvioitiin edelleen kolme algoritmeja, nimittäin PROVEAN, SIFT, ja PolyPhen-2, ennustaa vaikutukset proteiinin toimintaan [12-15].

Kaikki sekvensointi tiedot (FASTQ) talletettiin SRA tietokanta National Center for Biotechnology Information (NCBI, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) seuraavilla liittymisen numerot: SRR1563024, SRR1563027, SRR1563036, SRR1563037, SRR1563039, ja SRR1563041. Taulukossa 2 on esitetty yksittäisille potilaille ja niitä vastaavat SRA liittymisen numeroita.

Primer suunnittelu, PCR-monistus, ja Sangerin sekvensointia

huonosti kattaa alueita NGS monistettiin ja varmistettiin Sangerin sekvensoinnilla. Muunnokset tunnistaa multiplex geneettinen sekvensointi myös varmennettu Sangerin sekvensoinnilla. Lyhyesti, suunniteltiin alukkeet Primer3-ohjelmisto [16]. Alukesekvenssit validointi on lueteltu S2 taulukossa. Tunnistetut variantit, kuten

WRN

(c.4108DelA),

DICER1

(c.A3334G), ja

ELAC2

(c.A248G), monistettiin kahtena genomisesta DNA kuudesta perheenjäsenten käyttämällä Hot FirePol DNA-polymeraasia (Solis Biodyne, Tartu, Viro). Sanger sekvensointi suoritettiin käyttäen Big Dye Terminator Cycle v1.1 Sequencing Kit (Applied Biosystems, Carlsbad, CA, USA) ja ABI Prism 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems).

Tulokset

Clinical ominaisuudet

proband on 55-vuotias nainen (kuvio 1, II: 1), joka on vanhin viisi sisarusta. Hän koki verenvuoto emättimestä, ja hänen menorrhea oli pysähtynyt iässä 48 vuotta. Transvaginal ultraäänitutkimus osoitti 8 mm patologisen massa oikealla puolella kohdun ontelon. Magneettikuvaus (MRI) lantion pesillä ehdotti kohdun limakalvon syöpä, ja jäädytetty osa massasta oli sopusoinnussa kohdun limakalvon syöpä. Kohdunpoisto tehtiin, ja tulos leikkauksen jälkeisen patologian vahvisti MRI tuloksia. Potilas koki sädehoitoa leikkauksen jälkeen. Hän ei osoittanut oire kasvaimen uusiutumisen tai etäpesäke 6 kuukautta leikkauksen jälkeen ja jatkuu seurannan lääkärintarkastuksia 6 kuukauden välein.

sukutaulun yksilöiden syöpä edustaa mustat ympyrät (keuhkojen adenokarsinooma) ja ristikonmuotoiseen ympyrä (kohdun limakalvon syöpä). Viiva kautta symboli osoittaa, että henkilö on kuollut. Mutaatio tila

WRN

,

DICER1

, ja

ELAC2

esitetään kunkin yksittäisen joille tehtiin multiplex geneettinen sekvensointi. Plusmerkki edustaa mutantti tyyppi, ja miinusmerkki edustaa villityypin.

proband sisko, 50-vuotias maanviljelijä ja tupakoi (kuvio 1, II: 2), oli hyvässä kunnossa, kunnes hän koki wracking yskä, limaneritys ja rintakehän ahdistusta vuonna 2012. hän koki CT ensimmäisessä Affiliated sairaala, School of Medicine, Zhejiangin yliopistossa. Skannaus paljasti useita massoja erikokoisia jakautuu koko keuhkojen ja tehostetaan hajanainen imusuonten läpäisevyyden. CT-ohjattu perkutaaninen biopsia keuhkojen ja histopatologinen tutkimus osoitti keuhkojen adenokarsinooma. Luokka IV kasvain oli estyminen; Näin, hän hyväksyi järjestelmällinen hoito, johon kuului kemoterapiaa ja perinteisen kiinalaisen huumeita. Potilas kuoli helmikuussa 2014 52 vuoden iässä.

proband äiti, 80-vuotias maanviljelijä ja tupakoi (kuvio 1, I: 1), oli hyvässä kunnossa. Hänen lääkärintarkastus, joka toteutettiin vuonna 2013, Rintakehän röntgenkuvaus paljasti 5 cm phyma oikeassa alakulmassa keuhko. Ei muita oireita kirjattiin. Tarkempia diagnoosi ja hoito, hän koki kattava check-up, joka sisälsi rintakehän ja vatsan CT, pään MRI, ja luun päästöjä CT First Affiliated sairaala. Tulokset osoittivat luumetastaasipotilailla neljännessä ja viidennessä nikaman lumbalis. CT-ohjattu perkutaaninen biopsia keuhkojen tehtiin, ja histopatologinen tutkimus osoitti keuhkojen adenokarsinooma. Potilas ei ollut sopiva ehdokas kirurgisen hoidon. Hän luopui hoitoa, sillä korkea ikä ja taloudelliset rajoitteet. Vuonna seurantatutkimuksessa suoritettu 6 kuukautta diagnoosin jälkeen, hän on edelleen elossa, mutta hänen yskää ja luukipu ovat huonontuneet. Proband kolme nuorempaa sisarusta ovat edelleen terve. Heidän isänsä oli kuollut onnettomuudessa 30 vuotta sitten.

WRN

lukukehyksen

tunnistettu uusi

WRN

lukukehyksen c.4108DelA (s. N1370Tfs * 23) on jaettava äiti (I: 1), proband (II: 1), toinen sisko (II: 2), ja nuorin vaikuta sisko (II: 5); kuitenkin, sitä ei ole kahden muun vaikuta sisarukset (II: 3 ja II: 4), määritettynä multiplex geneettinen testaus (taulukko 2).

WRN

mutaatio johti lukukehyksen, joka esitteli lopetuskodonin 23 aminohappoa alavirtaan eksonissa 34, jonka ennustetaan tuottaa katkaistu

WRN

proteiinia. Olemme edelleen seulotaan

WRN

mutaatio kohortin 300 talon merkinnät Aasian Genome tietokantaan. C.4108DelA (N1370Tfs * 23) mutaatiota ei koskaan löydetty terveissä henkilöissä. Kehyksenvaihto mutaatio

WRN

määritellään mahdollisesti patogeenisten, mukaan ACMG ohjeita. Ei tyypillinen esittäminen Wernerin oireyhtymä havaittiin koska vahingollisia

WRN

mutaatiot Heterotsygoottisesti yksilöidyllä tämän perheen jäseniä.

tunnistaminen muista ituradan mutaatioiden

missensemutaatio c .A3334G (p.N1112D) on

DICER1

tunnistettiin sekä keuhkosyöpäpotilaita, nimittäin vaikuttaa äiti (I: 1) ja toinen tytär (II: 2); mutta se oli poissa muiden perheenjäsenten (taulukko 2).

ELAC2

mutaatio c.A248G (p.Y83C) havaittiin kaikissa kuudessa perheenjäsenet (taulukko 2).

DICER1

ja

ELAC2

mutaatioita määriteltiin VUS mukaan ACMG ohjeita. Edelleen tutkia vaikutusta edellä mainittujen ituradan mutaatioita proteiinin funktio, olemme analysoineet kuten mutaatioita käyttämällä ennakointivälineet PROVEAN, SIFT, ja PolyPhen-2.

ELAC2

(p.Y83C) ennustettiin olevan vahingollisia mennessä PROVEAN vahingoittaen jonka SEULOA, ja luultavasti haitallisiksi PolyPhen-2.

DICER1

(N1112D) määriteltiin neutraali, siedetty, ja hyvänlaatuisia mukaan PROVEAN, siivilöidä, ja PolyPhen-2, vastaavasti. Taulukossa 3 esitetään ennusteen tulokset.

validointi ituradan mutaatioiden

WRN

,

DICER1

, ja

ELAC2

Suoritimme Sangerin sekvensointia tunnistetun ituradan mutaatioita

WRN

,

DICER1

, ja

ELAC2

. Tulokset Sangerin sekvensointia olivat yhtäpitäviä multiplex geenitestien (kuvio 2).

(A) Sangerin sekvensoinnin validointi

WRN

lukukehyksen kussakin. Kohdakkain NGS tiedot

WRN

mutaation äidiltä (I: 1).

WRN

lukukehyksen esitti 1 emäsparin deleetio CHR 8: 31024663. Emäkset jälkeen A näkyy punaisena, ja A → C pistemutaatio CHR 8: 31024666 näkyy sinisenä.

WRN

lukukehyksen c.4108DelA (p.N1370Tfs * 23) validoitiin Sangerin sekvensoinnilla äidin (I: 1) proband (II: 1), toinen tytär (II: 2) , ja nuorin tytär (II: 5); mutta se oli poissa kaksi muuta tytärtä (II: 3 ja II: 4). (B)

DICER1

missensemutaatio c.A3334G (p.N1112D) validoitiin Sangerin sekvensoinnilla äidin (I: 1) ja toinen tytär (II: 2), mutta se ei ole yleisen muut tämän perheen jäseniä. (C)

ELAC2

mutaatio c.A248G (p.Y83C) validoitiin Sangerin sekvensoinnilla kaikissa tämän perheen jäseniä.

Keskustelu

Multiplex geneettinen testaus yhdistyvät valikoiva geenien talteenotto ja massiivinen rinnakkaissekvensointijärjestelmät. Se tehokkaasti helpottaa samanaikaista geneettinen analyysi suuri määrä kandidaattigeenien. Verrattuna perinteisiin portaittain geeni-by-geenin seulonta käyttäen Sangerin sekvensointia, qPCR tai nukleotidin massaspektrometria, merkittävä lasku kustannukset DNA sekvensointi tekee multiplex geneettinen testaus tehokkaasti ja taloudellisesti edullisin lähestymistapa. Multiplex geneettinen testaus on sovellettu kliinisessä syöpää genetiikan vuodesta 2012 [17, 18]. Viimeaikaiset julkaistut tutkimukset ovat voimakkaasti osoittautuneet kliininen käyttö multiplex Geneettinen testaus perinnöllinen syöpäriskin arviointiin [19-21]. Tässä tutkimuksessa olemme tunnistaneet uuden

WRN

lukukehyksen kolmella syöpäpotilailla ja oireeton perheenjäsenen käyttäen multiplex testaus.

WRN

, jäsen rekombinaasin Q perhe helikaasit, on tärkeä rooli DNA: n korjaukseen toiminto, mukaan lukien suojella genomin epätavallista rekombinaation aikana kromosomi eriytymistä mitoosin ja ylläpitää genomista vakauden [22]. Puutteita

WRN

aiheuttaa Werner oireyhtymä, joka on harvinainen peittyvästi periytyvä sairaus, jolle ennenaikaista vanhenemista ja syöpäalttiutta [23-26]. Kaikki mutaatiot tunnistettiin

WRN

ennustetaan katkaista

WRN

proteiinia, jossa menetys tumalokalisaatiosignaalin (NLS) C-pään alueen (aa 1370-1375); Lisäksi, mutatoitu

WRN

proteiinia ei voida kuljettaa tumaan [27]. Heikentynyt ydinvoiman tuonti on todennäköisesti tärkeä tekijä molekyyli patologian Werner oireyhtymä. Tässä tutkimuksessa olemme tunnistaneet heterotsygoottinen lukukehyksen (p.N1370Tfs * 23) Maanmittauslaitoksen että

WRN

C-terminaalista domeenia. In vitro-analyysi vahvisti, että solu- linjat

WRN

heterotsygoottinen yksilöiden sisällä alennetuin

WRN

proteiinin ilmentymisen ja vähentää helikaasiaktiivisuutta [28].

WRN

helikaasiaktiivisuus vaaditaan korjaamaan DNA välisen säikeen ristisidosten (ICLs) soluissa, ja

WRN

yhteistoiminnassa

BRCA1

452-1079 solujen vastauksena DNA ICLs [29]. Vaikka

WRN

heterotsygoottianalyysiin vaikutus johtuvat haploinsufficiency on tarkoitus liittyä

WRN

synnyssä, tämä hypoteesi on vielä tutkittava.

DICER1

tärkeä tuumorisuppressorigeeni, on endoribonukleaasi, että on tärkeää tuottaa MikroRNA ja lyhyet häiritsevät RNA: t [30]. Harjoittajien

DICER1

ituradan mutaatio on todettu olevan vaarassa pleiotrooppista kasvainalttius oireyhtymä [31-33]. Mielenkiintoista, sekä äidille ja toinen tytär oli keuhkosyöpä, joka yleisesti esittää geneettisen vaihtelun

DICER1

. Taipumus ehdottaa, että

DICER1

voi olla merkittävä rooli keuhkojen syövän synnyn. Muita funktionaalisia tutkimuksia voidaan selventää mekanismia

DICER1

keuhkosyövässä. Tunnistetut

ELAC2

variantti c.248A G tapahtuu kolmen nukleotidin liitoskohtaan (intron1 /exon2) ja voivat vaikuttaa geenin silmukointi. Koodaava alue

ELAC2

koostuu 826 aminohaposta metallin riippuvuutta hydrolaasi, ja tämän geenin on alttius geeni familiaalinen perinnöllisen eturauhassyövän [34]. Muut tutkimukset havaitsi myös, että genotyyppi

ELAC2

liittyy suuri riski satunnaista eturauhassyövän [35, 36].

Multiplex geenitestausta 90 syövän alttiuden geenien tuottaisi geneettisiä variantteja epävarma kliinistä merkitystä, joita kutsutaan satunnaiset havainnot (IF). Sillä

DICER1

ja

ELAC2

, emme voi suoraan arvioida, onko tunnistettu missensemutaatioita heikentää toimintaa syntyvä valkuainen. Vaikka käytimme laskennallisia työkaluja kuten PROVEAN, siivilöidä, ja PolyPhen-2 ennustaa, onko identifioitu aminohapon muutokset voivat olla toiminnallisesti merkittävää, ei ole suoraa toiminnallista määritystä käytettiin. ACMG julkaisi äskettäin raportointisuositusta IF saatu WGS ja WES kliinisissä ja tutkimukseen testaus [37]. Käytimme ACMG suuntaviivat määrittelemään mutaatiot

DICER1

ja

ELAC2

kuin IF tässä tutkimuksessa. ACMG suosituksia olisi noudatettava multiplex geenitestauksesta Clinical Oncology. Tietoon perustuva suostumus on erittäin tärkeää NGS-pohjainen geneettinen testaus käytetään Clinical Oncology. American Society of Clinical Oncology (ASCO) on hahmotellut peruselementit tietoisen suostumuksen geenitestien käytetään arvioitaessa syöpäriskiä. Lisäksi tiedon tietosuojaan, tietoturvaan, testauslaboratorio licensure, saatavuus geneettisen neuvonnan tai syövän geneettistä riskinarviointiin, ja kaikki mahdollisuudet tulevaa käyttöä DNA-näytteitä olisi sisällytettävä tietoisen suostumuksen [38, 39].

Multiplex geenitestausta onnistuneesti tunnistettu harvinainen vaihtelut syöpä alttiusgeenit tässä tutkimuksessa. Kuitenkin penetrance arvioita sellaiset variantit ovat edelleen epävarmoja. Tutkimuksemme on tiettyjä rajoituksia. 90 syöpä geenit valittiin julkaistusta kirjallisuudesta; kuitenkin, optimaalinen useita geenin paneeli kliiniseen onkologian käyttöön on määriteltävä. Ilman suoraa toiminnallista määritystä, kliinistä vaikutusta, harvinaiset vaihteluita ei voida ennustaa; Siksi, se ei ehkä ole tarkoituksenmukaista käyttää tuloksia ohjata potilaan hoidossa. Lisäksi tulos nuorin tytär

WRN

lukukehyksen vaatii seurantaa. Vaikka enemmän perusteellisia tutkimuksia ovat perusteltuja ohjata kliiniseen käytäntöön, meidän tutkimus osoittaa varhaisessa indikaattori kliininen korrelaatio multiplex geneettinen testaus ja korostetaan sekä hyödyt ja haitat laajamittainen genomista analyysiä syövän riskin arvioinnissa.

tukeminen Information

S1 Taulukko. Syöpäriski geenit Cancer Gene Census.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0133020.s001

(XLSX)

S2 Taulukko. Alukesekvenssit validointi Sangerin sekvensoinnilla.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0133020.s002

(XLSX) B

Kiitokset

Haluamme kiittää potilaille ja heidän perheet yhteistyöstä tutkimuksessa. Kiitämme myös Dr. Jian Wu hänen panoksestaan ​​suorittamisessa kokeissa ja tietojen analysointi.