Krooninen sairaus

tiivistelmä

Patient johdettuja ksenografti (PDX) mallit syntyvät kirurgisista näytteistä ovat saamassa suosiota kuin kokeellisissa malleissa syövän. Kuitenkin perustaminen PDX linjat pienisoluinen keuhkosyöpä (SCLC) potilasta on vaikeaa johtuen hyvin rajoitettu määrä käytettävissä biopsialaitteet. Kysyimme onko SCLC saatuja soluja endobronkiaalinen ultraääni-ohjattu transbronchial neula toive (EBUS-TBNA) voisi tuottaa PDX linjat että ylläpidetään fenotyyppisiä ja geneettisiä ominaisuuksia primaarikasvaimen. Onnistuneen EBUS-TBNA näytteenottoa diagnoosia varten, saimme ylimääräisen näyte cytologic analysointia ja istuttaa kyljissä immuunivajaisiin hiirillä. Eläimiä seurattiin ymppäytyä enintään 6 kuukautta. Histopatologisten ja immunohistokemiallista analyysiä, ja kohdennettuja seuraavan sukupolven uudelleenjärjestely-, sitten suorittaa sekä perusnäytteeseen ja johdannainen PDX linja. Yhteensä 12 potilasta otettiin tutkimukseen. EBUS-TBNA aspiraateissa tuotti suuria määriä elinkelpoisia tuumorisoluja riittävä pistää välillä 18750 ja 1487000 solua kylki, ja jolloin saadaan mikrogrammaa määriä korkealaatuista DNA: ta. Näistä näytteistä 10 potilaalla syntyy ksenografteja (siirteen korko 83%), jonka keskimääräinen latenssi 104 päivää (vaihteluväli 63-188). Yhtä lukuun ottamatta kaikki yllä tyypillistä SCLC fenotyypin tiivisti sovitettu alkuperäisen näytteen. Identtiset mutaatiot, jotka ovat tyypillisiä SCLC tunnistettiin molemmissa perusnäytteeseen ja ksenograftin linja. EBUS-TBNA on potentiaalia olla tehokas väline uusien kohdistamisen strategioita SCLC potilaille tarjoamalla suuria määriä elinkelpoisten kasvainsolujen soveltuu sekä ksenografti ja koko genomin analyysi.

Citation: Leong TL, Marini KD, Rossello FJ, Jayasekara SN, Russell PA, Prodanović Z, et al. (2014) Perimän karakterisointi pienisoluinen keuhkosyöpä potilaasta peräisin ksenoqraftit luoman peräisin endobronkiaalinen ultraääni-ohjattu Transbronchial punktiomenetelmällä näytteet. PLoS ONE 9 (9): e106862. doi: 10,1371 /journal.pone.0106862

Toimittaja: Prasad S. Adusumilli, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 10 kesäkuu 2014; Hyväksytty: 02 elokuu 2014; Julkaistu: 05 syyskuu 2014

Copyright: © 2014 Leong et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Tällä kirjoittajat vahvistavat, että kaikki tiedot taustalla olevat havainnot ovat täysin saatavilla rajoituksetta. Kaikki tiedot ja metatiedot ovat saatavilla NIH Short Lukee Archive, (www.ncbi.nlm.nih.gov/sra), hakunumero SRP044662.

Rahoitus: Tätä työtä tukivat Victorian Cancer Agency (www .victoriancanceragency.org.au), National Health ja Medical Research Council of Australia (www.nhmrc.gov.au), ja Victorian osavaltion Operational Infrastructure Support Program (www.business.vic.gov.au/grants-and-assistance/programs/medical-research-operational-infrastructure-program). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Pieni keuhkosyöpä (SCLC) kattaa noin 15% kaikista rintakehä maligniteettien [1]. Potilaat, joilla tauti rajoittuu rinnassa käsitellään kemosädehoidon, kun taas potilailla, joilla on pitkälle edennyt sairaus hoidetaan pelkkää kemoterapiaa [2]. Pitkälle edenneessä sairaudessa, platina-pohjainen kaksinkertainen kemoterapia indusoi täydellinen vaste jopa 20%, kun taas yhdistetyt kemosädehoidon taudin rajoitettu rinnassa tuottaa täydellinen vaste jopa 50%: lla potilaista [3]. Kuitenkin tappava uusiutumista 12 kuukauden kuluessa esiintyy lähes kaikissa tapauksissa. Lisäksi tutkimuksissa useiden sytostaattien, annoksen tehostuminen, tai uusien kohdennettujen hoitomuotojen eivät tuoneet parannusta tulokseen viimeisten kolmen vuosikymmenen aikana [3].

Tarkka nonkliinisissä ja laadukkaita kudosnäytteitä ovat välttämättömiä kehittämiselle uusi syövän hoitomuotoja. Koska resektioleikkaukselle SCLC on harvinaista, diagnoosi ja biologisten merkkiaineiden tutkimukset tukeutuvat vahvasti näytteistä saadaan ihon kautta hieno neula toive tai bronkoskooppiset pihtejä koepala [1]. Molemmat tekniikat tarjoavat hyvin vähän materiaalia tutkijoille, ja ne johtavat vakavaan riippuvuus tavanomaisen solulinjoissa, jotka eivät välttämättä heijasta monimutkaisten biologisten ja genomista heterogeenisuus ihmisten sairauksien [4]. Viime aikoina PDX mallit ovat kasvattaneet suosiotaan keskuudessa syöpätutkijoita. Tässä, kudos saadaan tuoreista kirurgisista näytteistä voidaan istuttaa immuunivajaissa hiiret ja ylläpidetään rajaton lähde kasvaimen materiaalista, joka muistuttaa läheisesti primaarikasvaimen [4] – [7]. Lisäksi ”co-kliinisiä” tutkimukset ovat nyt mahdollisia, jos potilas ja hiiri saavat saman hoito [8]. Kuitenkin rajallinen saatavuus laadukkaan SCLC kudos tekee tällaisen lähestymistavan erittäin haastava [4].

EBUS-TBNA on uusi kehitys diagnostisia bronkoskopia joka sallii erittäin tarkka toive näytteenotto kasvaimia ja imusolmukkeiden vieressä hengitystiet, jotka eivät ole näkyvissä tavanomaisilla bronkoskopia [9]. Koska SCLC liittyy yleisesti välikarsinan lymfadenopatia [1], EBUS-TBNA on ihanteellinen tapa saada aineellista diagnosointiin ja lavastus. Siksi testasimme mahdollisuutta käyttää elävien solujen saatuja EBUS-TBNA näytteenotto tuottaa PDX linjat SCLC potilaista.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics

Ihmisen kokeilu tehtiin jossa ilmoitettiin, kirjallisen suostumuksen mukaisesti politiikkaa National Health ja Medical Research Council of Australia, Monash Health, Melbourne terveysministeriön ja Helsingin julistuksen. Kliininen ja tutkimussuunnitelmissa hyväksyttiin australialainen Multisite Human Research Ethics Committee (Protocol # HREC /12 /SHA /8). Eläinkokeet hyväksyi Monash University Animal Ethics Committee (Protocol # 09072A), ja suoritettiin mukaisesti National Health ja Medical Research Council of Australia ja National Research Council. Lopettamisien hiirten tehtiin käyttämällä inhaloitavien hiilidioksidianestesian mukaisesti institutionaalisten ja kansallisten ohjeiden mukaisesti.

Potilaille ja tutkimuksen suunnittelu

Potilaat, joilla epäillään keuhkosyöpä käynnissä EBUS-TBNA osana rutiinia kliinisen hoidon antoi tietoon perustuva suostumus yksi ylimääräinen koepala otettava tutkimustarkoituksiin. Ne, jotka todettiin SCLC Sitten mukana analyysiin esitetty alla.

EBUS-TBNA

Kaikki toimenpiteet toteutettiin avohoidossa menettelyjä kuten aikaisemmin on kuvattu [10], mukaisesti British Thoracic Society suuntaviivat [11], alle perussedaatiossa yhdessä ajankohtaisia ​​hengitystiet anestesian käyttämällä lidokaiinia 2%. Kaikki toimenpiteet suoritettiin käyttämällä siihen lineaarisen bronkoskoopin (BF-UC180F-OL8, Olympus, Tokio, Japani). Ultraääni kuvat käsittelivät oma Doppler-mode ultraääni skanneri (EU-ME1, Olympus, Tokio, Japani).

Ensimmäinen näyte saatiin normaalin kliinisen protokollia. Alkuperäinen 3 tippaa aspirate otettiin talteen päälle positiivisesti varautunut dia, ilmakuivattua, ja sitten samanaikaisesti kiinnitettiin ja värjättiin käyttäen Diff-Quik-protokollaa ja arvioidaan paikan päällä jonka cytopathologist. Loput näyte laitettiin sitten steriilin liuoksen ja kuljetetaan diagnostisten patologian laboratoriossa, jossa se sentrifugoidaan, kiinteä formaliiniin, upotettiin parafiiniin ja leikattiin tavanomaisesta histopatologian ja immunohistokemiallinen analyysi. Kun paikan päällä diagnoosi varmistettiin, toinen näyte otettiin sitten tutkimustarkoituksiin.

Jalostus tutkimuksen EBUS-TBNA näytteen

Koko tutkimus näyte otettiin talteen steriiliin 1,5 ml: n Eppendorf putki, asetetaan märkää jäätä, ja sitten kuljetetaan välittömästi laboratorioon. Jääkylmää, steriiliä fosfaattipuskuroitua suolaliuosta (PBS) lisättiin näytteen, jotta kokonaistilavuudeksi 500 ui, ja sitten sentrifugoidaan 1000 g: ssa 5 sekunnin ajan. Näytettä sekoitetaan varovasti 1 ml: n pipetillä ja pannaan jäihin. Näyte jaetaan sitten seuraavasti: (i) 200 pl siirrettiin Nunc kryoputkeen ja säilytettiin -80 ° C: ssa myöhempää DNA: n puhdistus; (Ii) 50 ui sotkee ​​positiivisesti varautunut dia, ilmakuivattiin ja sitten värjättiin käyttäen Diff Quik protokolla määrittää kasvainsolun puhtautta; (Iii) 50 pl siirrettiin tuoreen Eppendorf-putkeen, ja voimakkaasti trituroitiin 200 ui pipetillä mekaanisesti erotella solut sen jälkeen laskemalla hemosytometrillä määrittää solujen kokonaismäärä; (Iv) jäljelle jäänyt 200 ui käytettiin tuottamaan PDX. Kokonaismäärä kasvainsolujen pistetään arvioitiin määrittämällä määrä kasvainsoluja nähty Diff-Quick värjättyä dioja osuus kaikista tumallisten solujen keskiarvo laskee 10 satunnaista kenttien 40X.

Generation of PDX linjat

EBUS-TBNA näytettä sekoitettiin yhtä suuren tilavuuden kanssa jääkylmää Matrigel (BD Biosciences), sijoitetaan steriiliin 1 ml: n ruisku peitettiin 26 G: n neulalla, ja kuljetetaan välittömästi eläinten laitokseen. Aseptisissa olosuhteissa, solususpensio ruiskutettiin ihonalaisesti oikeaan kylkeen on NSG hiiren (NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl /SzJ). Nämä syvästi immuunivajaisiin eläimet ovat peräisin NOD /SCID rasitusta lisäämällä homotsygoottinen interleukiini-2-reseptorin gamma-ketjun Knockout, ja ovat mahdollisimman tehokkaita luomaan ksenograftikasvaimissa pienestä määrä luovuttajan solujen [12]. Kun ensisijainen siirteen toimiminen on saavutettu, PDX linjat sitten siirrostettiin nude-hiirissä, kuten aikaisemmin on kuvattu [4].

immunohistokemia

Värjäys suoritettiin 5 um formaliinilla, parafiiniin upotetut leikkeet, kuten on kuvattu [13 ], käyttämällä Vectastain Elite ABC Kit (Vector Laboratories; PK-6101) ja hiirellä Mouse Basic Kit (Vector Laboratories; BMK-2202). Vasta-aineet ja laimennokset olivat seuraavat: kanin polyklonaalista anti-NCAM (CD56) hermostoputken ja neuroendokrii- merkki, (H-300) (Santa Cruz Biotechnology, sc-10735), 1:200; kanin monoklonaalista anti-TTF1 (EP1584Y, Novus Biologicals, NB100-8006), 1:400; Hiiren monoklonaalinen anti-synaptofysiinin (Ventana Clone SP11 esilaimennettua).

Kohdennettu uudelleen sekvensoinnilla

Snap jäädytetty EBUS ja PDX näytteitä käytettiin tuottamaan puhdistettua DNA käyttäen Qiagen DNeasy kit (# 69504) ja Qiagen RNAasi hoitovaihtoehto (# 19101) mukaisesti valmistajan ohjeiden mukaisesti. DNA analysoitiin ja laatua valvotaan käyttämällä Qubit 2,0 -fluorimetrissä (Invitrogen # Q32866) mukaisesti valmistajan ohjeiden mukaisesti.

Kohdennettu uudelleen sekvensointi suoritettiin käyttäen Ion AmpliSeq kattavan syövän paneeli v2 (Life Technologies # 4477685), joka tavoitteet eksonit 409 kasvaimen ja onkogeeneihin. Kirjaston rakennus suoritettiin käyttäen Ion AmpliSeq -kirjastokitti 2,0 (Life Technologies, # 4478379) ja kirjasto malleja valmistettiin ja viivakoodilla sekvensointiin käyttämällä Ion OneTouch järjestelmä valmistajan ohjeiden mukaisesti. Neljä viivakoodilla näytteet kanavoidaan Ion PI Chip (Life Technologies) ja sekvensoitiin sen Ion Proton Sequencer System (Life Technologies). Sekvensointi lukee käsiteltiin käyttäen Ion Torrent Suite -ohjelmisto v 4.0.2 (Life Technologies). Demultipleksoitu näytteet arvioitiin sekvensointia laatu ja korkea laatu sekvensointi lukee kartoitettiin täydelliseen hg19 ihmisen genomin (UCSC versio, helmikuu 2009). Variant löytö tehtiin käyttämällä Torrent Variant Soittajan v 4.0 (Life Technologies), plug in Ion Torrent Suite -ohjelmistoa. Näyte tunnistettiin variantit yhdistettiin ja verrattiin käyttäen VcfTools [14] ja SnpSift [15]. Variant toiminnallinen merkintä suoritettiin käyttäen SnpEff [15], ja SnpSift kanssa dbNSFP [16], tietokannan toiminnallinen merkintään ei-synonyymejä variantteja. Kaikki tiedot ja metatiedot ovat saatavilla NIH Short Lukee Archive, (www.ncbi.nlm.nih.gov/sra), hakunumero SRP044662.

Tulokset

Patient ja näytteen ominaisuudet

yhteensä 12 potilasta, joilla on diagnosoitu SCLC vietiin tutkimuksessa, ja on esitetty yhteenvetona taulukossa 1. EBUS näytteet otettiin määritelty solmukohtien asemilla tai suurista massat paratracheal, hilar tai välikarsinan alueilla. Kaikki näytteet arvioitiin käyttämällä rutiinia sytopatologialle kriteereitä olevan sopusoinnussa diagnoosi SCLC. Jos on käytettävissä, solu lohkot leikattiin ja H tai (ii) missensemutaatio variantit ennustetaan heikentää proteiinin toiminnan kanssa SEULOA [17] pisteet ≤0.05. Jaettu koodaavan alueen variantteja suodatettiin sitten käyttäen seuraavia poissulkukriteereitä: (i) tunnetaan ituradan SNP (ii) todennäköisesti satunnaisista mutaatioista (https://mutagenetix.utsouthwestern.edu); ja (iii) variantit geeneissä yleisesti mutatoitunut syöpä, jotka todennäköisesti ole mitään toiminnallista merkitystä [18]. Nämä variantit ovat taulukossa S2. Olemme ensi sijalla kärsivän geenit mukaan niiden mutaatio taajuus COSMIC tietokannassa (https://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/cosmic) Raportoitu esiintyvyys ≥5%. Kuten kuvassa 4, kun yhteinen kuljettaja mutaatiot olivat läsnä perusnäytteeseen, ne säilytetty vastaavalla ksenograftin. Mutaatiot läsnä vain perusnäytteeseen (

IGFR1

,

TET1

,

mTOR

) ja vain ksenograftissa (

RB1 ​​

,

NTRK1

) havaittiin seitsemässä perusnäytteeseen-vierassiirrettä parit (kuva 4). Mutaatiot

KRAS

, tyypillisempiä keuhkoadenokarsinooma, ei ole havaittu.

Geenit paremmuusjärjestykseen% niiden esiintyvyys COSMIC tietokantaan. Mutaatiot havaittu sekä Perusnäytteeseen ja ksenografti- näkyvät.

Keskustelu

PDX mallit ovat viime aikoina tullut tapa tarkemmin mallintaa terapeuttisen vaikutuksen [5] – [7] tulos [12], [19] ja lähteenä laadukasta materiaalia seuraavan sukupolven sekvensointi [20]. Tyypillisesti sukupolven keuhkosyövän PDX linjat on rajoitettu käyttö kirurgisesti resekoitu materiaalista kuin lähde elinkelpoisia tuumorisoluja [19], [21], [22]. Koska alle 20% keuhkosyöpäpotilaiden leikkaukseen, tämä lähestymistapa rajoittaa perustamista PDX linjat alkuvaiheen keuhkosyövässä. Lisäksi SCLC ei juuri koskaan kirurgisesti resektoitiin, kuten korostettiin viimeaikaiset koko genomin tutkimuksia [23], [24]. Meidän ensimmäinen kuvaus kolmesta SCLC PDX rivit, olemme hankitaan materiaalia bronkoskooppiset koepaloja harvoissa tapauksissa, joissa endobronkiaalinen vaurioita voitaisiin helposti tunnistaa [4], [20]. Äskettäin Hodgkinson

et al

[25] on kuvattu onnistunut sukupolven 4 SCLC PDX rivit kiertävän syöpäsolujen 6 potilasta, korostaen aggressiivinen luonne kasvainten, samoin mahdollisuudet tuottaa taipuisa malleja invasiivisia tekniikoita.

Tietääksemme tämä on ensimmäinen kuvaus EBUS-TBNA näytteitä alustana sukupolven PDX linjat. Koska SCLC paljon useammin esittelee intratorakaalisen lymfadenopatia tai välikarsinan massa, EBUS-TBNA voi mahdollisesti tarjota engraftable näytteet melkein kaikilla potilailla, mikä dramaattisesti laajentaa mahdollisuuksia prekliinisen mallinnus tässä sairaudessa. Puutteet PDX malleja, erityisesti puuttuminen isännän immuunijärjestelmälle, on kuvattu hyvin [5] – [7]. Silti käytön lisääntyminen näiden mallien taustalla on näyttöä siitä, että PDX linjat säilyttävät keskeisiä piirteitä primaarikasvaimen jotka menetetään peruuttamattomasti tavanomaisissa kudosviljelmässä [4] – [7]. Esimerkiksi SCLC PDX linjat eivät reagoi Monoterapiassa kanssa BCL2 antagonisti ABT737 toisin ksenograftimalleissa johdettu tavanomaisista SCLC solulinjoista [26]. Tuloksemme osoittavat nyt, että SCLC PDX linjat johdettu EBUS-TBNA säilyttää ominaispiirteet primaarikasvaimen.

jatkuva huolenaihe suhteen PDX malleja on kyky ylläpitää genotyypin primaarikasvaimen. Ottaen huomioon suhteellisen pieni määrä soluja on saatu EBUS-TBNA näytteet, emme pysty määrittämään, onko PDX genotyyppi edustaa laajennus aggressiivisemman subklooni, joka perustuu genomisen heterogeenisyys malli [27], [28]. Vaikka tiedot osoittavat selvästi, että hyvin kuvattu kuljettaja mutaatiot säilyvät meidän EBUS-TBNA PDX linjat vähintään 2 kohtia, ristiriita havaitsemiseen useita mutaatioita viittaa siihen, että prosessi ksenografti voi valita varten geneettisesti erilaista subklooneja johdettu hyvin heterogeeninen perusnäytteelle . In kerran tapauksessa (LX105), mutaatio

RB1 ​​

nähtiin vain PDX n linjan, jotkut ksenografti linjat voivat olla käyttökelpoisia yksinään malleja, pikemminkin kuin identtisiä kopioita potilaan alkuperäisestä kasvaimesta.

määrä ja laatu DNA saatavilla EBUS näytteestä mahdollistaa yksityiskohtaisen, hyvin syvälle Sekvensointianalyysin toisin rajoitetumpi vertailuja voidaan tehdä välillä kiertävien tuumorisolujen ja derivaatta PDX linjat [25]. Mielenkiintoista, näyte tuottaneen PDX linja LX109, joka kasvoi kuin LCNEC kasvain, puuttui mutaatiot yleisesti nähtävissä SCLC, mikä viittaa siihen, että molekyylitason analyysi EBUS-TBNA yksilöitä voi lisätä tarkkuutta tavanomaisten patologisen ja cytologic kriteerit. Koska rakenteelliset variantit geenejä, kuten

MYC

,

MYCN

ja

Sox2

kuvataan hyvin SCLC [23], [24], lähestymistapamme tuottaa PDX linjat EBUS-TBNA yksilöt voivat toimia myös alustana intensiivisempää kuulusteluun käyttäen WGS analyysi määrittää vaikutusten ksenografti kromosomisesta epävakautta SCLC.

Tuloksemme korostavat myös mahdollisuuksia EBUS-TBNA näytteitä lähteenä korkealaatuista DNA molekyyli patologian analysointia. Useat ryhmät ovat osoittaneet, että jälkikäteen analyysi kiinteän EBUS-TBNA näytteitä voidaan käyttää tunnistamaan kliinisesti käytännöllisiä mutaatioita keuhkosyövän [29] – [33], ja että laadukasta DNA, RNA ja proteiini voidaan saada näistä näytteistä [34] , [35]. Tuloksemme ulottaa nämä tutkimukset osoittavat, että vasta eristetty EBUS-TBNA näytteitä voidaan tuottaa korkealaatuista DNA sopii massiivisesti rinnakkaisen kohdennettuja uudelleenjärjestely-, että vältetään formaliini artefakti, ja joka voidaan tarkasti valvottuja strooman artefaktin.

ovat osoittaneet, että SCLC, EBUS-TBNA on käytännöllinen ja vähän invasiivisia tekniikka, joka voi tuottaa laadukkaita DNA seuraavan sukupolven sekvensointi, ja sitä voidaan käyttää lähteenä elävien kasvainsolujen ympätä immuunipuutteisilla hiirillä on erittäin korkea hyötysuhde. Lisäksi nämä siirteet säilyttää tärkeitä ominaisuuksia primaarikasvaimen, mukaan lukien mutaatiot, jotka ovat ominaisia ​​SCLC. Nämä tiedot viittaavat siihen, että EBUS-TBNA on tekniikka, jonka avulla keuhkolääkärit ja rintakehä kirurgit voivat tuottaa näytteitä, jotka voivat muodostaa perustan uusille prekliinisen tutkimuksen, ja lopulta, käytännöllisiä molekyylitason diagnoosin SCLC ja muiden intratorakaalisen syöpäsairauksia.

tukeminen Information

Kuva S1.

ominaisuudet näytteen LX109 ja sen johdannainen ksenograftin. A. Diff-Quick värjätään sytologia preparaatti diagnostisten EBUS-TBNA näyte. Mittakaava = 15 pm. B. Diff-Quick värjätään sytologia preparaatti kokeellisen EBUS-TBNA näyte. Mittakaava = 15 pm. C. hematoksyliinillä ja eosiini värjätään osa diagnostisten selliosasto. Mittakaava = 30 pm. D. Diagnostiset selliosasto värjättiin CD56. Mittakaava = 30 pm. E. hematoksyliinillä ja eosiini värjätään osa johdannaisen ksenograftin. Asteikko bar = 300 pm. F. hematoksyliinillä ja eosiini värjätään osa johdannaisen ksenograftin. Mittakaava = 30 pm. G. § johdannaisen ksenograftissa värjättiin CD56. Mittakaava = 30 pm. H. § johdannaisen ksenograftissa värjättiin TTF1. Asteikko bar = 30 pm.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0106862.s001

(TIF) B Taulukko S1.

yhteenveto kartoituksen tilastojen NGS kokeita.

doi: 10,1371 /journal.pone.0106862.s002

(DOC) B Taulukko S2.

Toiminnallisesti merkittäviä muunnokset jaettu Perusnäytteeseen ja ksenograftin.

doi: 10,1371 /journal.pone.0106862.s003

(DOC)

Tiedoston S1.

Unfiltered variantti vaatii kaikissa näytteissä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0106862.s004

(XLS) B

Kiitokset

Tekijät Kiitokset Australian Cancer Research Foundation Centre for Cancer Perimän Lääkettä tukensa ja teknistä apua.