Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Host geneettiset tekijät saattavat vaikuttaa etenemisen riskiä infektiosta karsinogeenisia ihmisen papilloomaviruksen (HPV), aiheut- taja kohdunkaulan syövän, pysyviä HPV-infektio, ja täten kohdunkaulan precancer ja syöpä.

Menetelmät /Principal havainnot

arvioitiin 18310 tag yhden emäksen monimuotoisuus (SNP: t) alkaen 1113 geenien 416 CIN 3 (CIN3) /syöpätapausta, 356 naiset pysyviä karsinogeenisia HPV-infektio (mediaani pysyvyys 25 kuukautta) ja 425 satunnaisesti valitun naiset (ei-tapaukset ja ei-HPV pysyviä) päässä 10,049 naisia ​​Guanacaste, Costa Rica HPV luonnonhistorian kohortissa. Geeniterapiassa ja SNP yhdistysten, me lasketaan ikävakioitu riskisuhde ja p-trendi. Kolme vertailut tehtiin: 1) yhdessä CIN3 /syöpä (verrattuna CIN3 /syöpätapausta satunnaisia ​​tarkastuksia), 2) yhdessä pysyvyys (verrattuna HPV pysyvyys pistokokeita), ja 3) etenemistä (verrattuna CIN3 /syövistä on HPV-pysyviä ryhmä). Alueet tilastollisesti merkitsevää yhteyttä CIN3 /syöpään sisältyvät geenit peroxiredoxin 3

PRDX3

, ja ribosomaalinen proteiini S19

RPS19

. Merkittävin yksittäinen SNP kustakin geenistä liittyy CIN3 /syöpä oli

PRDX3

rs7082598 (

P

suuntaus 0,0001), ja

RPS19

rs2305809 (

P

trendi = 0,0007), tässä järjestyksessä. Molemmat SNP: tä liittyy myös etenemiseen.

Johtopäätökset /merkitys

Nämä tiedot viittaavat siihen osallistuminen kaksi geeniä,

RSP19

ja

PRDX3

tai muu SNP kytkentäepätasapainossa, kohdunkaulan syövän riskiä. Lisätutkimukset osoittivat, että ne voivat olla mukana sekä pysyvyys ja etenemistä siirtymävaiheita. Meidän tulokset vaativat replikaatiota, mutta jos se on totta, ehdottaa rooli ribosomaalisen toimintahäiriö, mitokondrioiden prosesseja, ja /tai oksidatiivisen stressin, tai muita tuntemattomia tehtävä näiden geenien kohdunkaulan syövän synnyssä.

Citation: Safaeian M, Hildesheim A, Gonzalez P, Yu K, Porras C, Li Q, et al. (2012) Yhden nukleotidin polymorfismit

PRDX3

ja

RPS19

ja vaara HPV Pysyvyys ja kohdunkaulan Precancer /syöpä. PLoS ONE 7 (4): e33619. doi: 10,1371 /journal.pone.0033619

Toimittaja: Javier S. Castresana, Navarran yliopisto, Espanja

vastaanotettu: 06 lokakuu 2011; Hyväksytty: 14 helmikuu 2012; Julkaistu: 09 huhtikuu 2012

Tämä on avoin-yhteys artikkeli, vapaa kaikki tekijänoikeudet, ja saa vapaasti jäljentää, levittää, välittää, modifioitu, rakennettu, tai muuten käyttää kuka tahansa laillista tarkoitusta. Teos on saatavilla Creative Commons CC0 public domain omistautumista.

Rahoitus: Tutkimuksen rahoittivat sisäiset NCI ja NIH Office of Research naisten terveyteen. Kirjoittajat ovat kiitollisia Sabrina Chen päässä Information Management Services, Inc. (IMS) tiedonhallinnan ja ohjelmoinnin tukea. Ne ovat myös kiitollisia Amy Hutchinson ja belynda Hicks niiden hallintaan tämän genotyypitys pyyntiponnistukseksi NCI Core genotyypin Facility ja heidän tieteellistä panosta tekijöiden tutkimustyötä. Q. Li on osittain tuettu National Young Science Foundation of China nro 10901155. Rahoittajat ei ollut roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Laurie Burdette ja Stephen J. Chanock työskentelee Core genotyypin Facility (CGF), joka on sisällä Division of Cancer Epidemiology and Genetics (DCEG) National Cancer Institute (NCI) ja tukee SAIC-Frederick Inc. Information Management Services, Inc. tukee myös tässä tutkimuksessa, yhdessä Amy Hutchinson ja belynda Hicks niiden hallinnoinnin genotyypitys pyyntiponnistukseksi NCI Core genotyypin Facility ja heidän tieteellistä panosta tekijöiden tutkimustyötä. Tämä ei muuta tekijöiden sitoutumista kaikkiin PLoS One politiikkaa jakaa tietoja ja materiaaleja.

Johdanto

Vaikka on tunnettua, että syöpää aiheuttava ihmisen papilloomavirusten (HPV) ovat aiheuttavat mikrobit kohdunkaulan syöpä, HPV-infektiot ovat erittäin yleisiä suhteessa harvinaisia ​​syövän esiintyvyys, mikä osoittaa, että monet infektiot spontaanisti ratkaista [1], tai jatkuvat ilman etenemistä. Isäntä geneettiset tekijät voivat olla rooli kohdunkaulan syövän synnyn ja niiden ajatellaan vaikuttavan joka kehittää pysyviä HPV-infektio ja ehkä joka edelleen etenee syöpään [2] – [7].

rooli isännän geneettisten tekijöiden ja muiden co -factors liittyvät kohdunkaulan syöpä ovat erityisen mielenkiintoisia, koska vaiheittain sairauden patogeneesiin on tutkittu laajasti. Sen vireillepanosta läpi HPV-infektio on kohdunkaulan muutoksen vyöhyke, ja myöhemmät vaiheet liittyvät virus- pysyvyys, eteneminen precancer, ja hyökkäys [1], samat tai erilaiset tekijät voivat liittyä kuhunkin askel synnyssä. Rooli ei-geneettisten co-tekijöiden pysyvyys ja etenemisessä on hyvin tutkittu, mutta on vähemmän tutkimuksia isäntä genetiikan rooli patogeneesissä kohdunkaulan syövän. Siten geneettiset tutkimukset kohdunkaulan syövän täydentää vertailuja syöpätapauksista ei-syöpä tai infektoitumattomien valvontaa, tutkimalla jokainen välillinen syy vaiheessa, nimittäin jatkuva infektio ja etenemistä CIN3 /syöpään.

Käytimme tietoja hyvin- tunnettu, pitkittäinen kohorttitutkimus HPV luonnonhistorian (NHS) Guanacaste, Costa Rica, ja viime aikoina raportoitu tuloksia paneelia 7140 ehdokkaan yhden emäksen monimuotoisuus (SNP). Nämä polymorfismit valittiin edustamaan vaihtelua 305 geeneistä perustuen

a priori

olettamuksiin yhdessä HPV-infektio ja kohdunkaulan syöpä (DNA korjaus, virusinfektio ja solun merkintä polkuja). Tämä vaivaa tunnistettu 8 mahdollisten liittyvien geenien kanssa kohdunkaulan syöpä, mukaan lukien immuunijärjestelmän geenit 2 ’, 5’ oligoadenylaattisyntetaasi geenin 3 (

OAS3

) ja sulfataasi 1 (

SULF1

), ja epidermaalista dysplasia verruciformis (EV) -associated

EVER1

ja

EVER2

geenejä,

TMC6

ja

TMC8

[

8

]. Nyt raportoimme toteamukset jäljellä 18310 SNP (joka kattaa 1113 geenejä), jotka genotyypattiin samalle IValitse sirulle. Nämä ylimääräiset SNP valittiin perustuen niiden

a priori

hypoteesit suhde monenlaisia ​​syöpiä, mutta ei erikseen HPV pysyvyys ja kohdunkaulan syöpä. Nämä geenit valittiin perustuu yhteisiin ponnisteluihin lukuisten syöpätutkijoita ja sisältävät geenit useissa immuuni, sytokiinien ja tulehdusta vastauksen, DNA: n replikaatio ja erilaistumista, makrofagien erilaistuminen, Toll-kaltainen reseptori signalointi, ja T-solureseptorin signalointireittejä, muutamia mainitakseni , ja oletettavasti on pienempi ennen todennäköisyydet yhteydessä kohdunkaulan syöpään kuin tutkittu raportissa Wang et al. [8].

Tulokset

Gene alueella toimivia järjestöjä

Taulukko 1 esittää tulokset 14 geenien /alueilla, joiden p 0,005 yhdistettäväksi joko sairaus (CIN3 /syöpä vs. kontrollit), taudin etenemiseen (CIN3 /syöpä vs. HPV pysyvyys), tai pysyvän infektion (HPV pysyvyys vastaan ​​kontrollit) (järjestää p-arvo tauti yhdistykset). Tämä analyysi tunnistettu 9 geenialueisiin tilastollisesti merkitsevää yhteyttä CIN3 /syövän p-arvo ≤0.005 (

PRDX3

p-arvo 0,00015;

RPS1

9 p-arvo 0,00045;

DDX1

p-arvo 0,0006;

TELO2

p-arvo 0,0009;

C1RL

p-arvo 0,00165;

ILDR1

p-arvo 0,00285;

THRAP4

p-arvo 0,0037;

GDF10

p-arvo 0,004 ja

GDF2

p-arvo 0,004). Kaksi geenialueisiin tunnistettiin tilastollisesti merkitsevää yhteyttä sairauden etenemisestä p-arvo ≤0.005 (

GC

p-arvo 0,0004, ja

IL2RA

p-arvo 0,00115). Lisäksi 2-geenin alueet tunnistettiin merkittävästi liittyy tyypille ominaisia ​​HPV pysyvyys (

TYMS

p-arvo 0,0015, ja

EVPL

p-arvo 0,0018). Geenien tunnistettu liittyvän CIN3 /syöpä

RPS19

myös etenemiseen liittyvä CIN3 /syöpään (p-arvo 0,006). Vastaavasti, on geenejä, jotka liittyvät CIN3 /syöpä,

C1RL

,

GDF10

, ja

GDF2

myös liittyy pysyvyys (p-arvot 0,00875, 0,0423, ja 0,04080, vastaavasti). Vain kaksi geenien –

PRDX3

ja

RPS19

, olivat merkittäviä joiden FDR≤0.2 verrataan CIN3 /syövät satunnaisia ​​tarkastuksia. Kaikki geenipohjaisten tulokset on esitetty taulukossa S1.

SNP-pohjainen yhdistysten

Kuusi SNP 6 geenejä tunnistetaan geeni perustuva analyysi liittyivät merkittävästi CIN3 /syöpä, taudin etenemistä, tai jatkuvaa onkogeenisten HPV-infektiota (taulukko 2) SNP-analyysi.

PRDX3

rs7082598 vähäinen alleeli variantteja liittyi tilastollisesti merkitsevä vähentynyt kohdunkaulasyövän riskin verrattuna kontrolleihin (OR

TT /TT = 0,41, 95% CI 0,30-0,58,

P

suuntaus 0,0001), ja tämä suojaava vaikutus havaittiin sekä etenemisen (CIN3 + verrattuna HPV-pysyvyys) ja HPV-pysyvyys (persisters verrattuna kontrolleihin) (OR

TT /TT = 0,58, 95% CI 0,40 -0,83

P

trendi = 0,008, ja 0,71, 95% CI ,52-0,97,

P

trendi = 0,02 vastaavasti).

RPS19

rs2305809 T-alleelin liittyi myös tilastollisesti merkitsevä vähentynyt kohdunkaulasyövän riskin (OR

CT = 0,66, 95% CI 0,48-0,91; OR

TT = 0,43, 95% CI 0,28 -0,66,

P

trendi = 0,00007). Lisätutkimuksia välivaiheiden osoittivat, että tämä vaikutus säilyi siirtymisestä pysyvyys CIN3 + (OR

CT = 0,83, 95% CI 0,59-1,15; OR

TT = 0,51, 95% CI 0,33-0,78,

P

trendi = 0,003). Lopuksi

IL2RA

rs2476491 T variantti liittyi myös merkittävästi vähentynyt kohdunkaulasyövän riskin (OR

AT /TT = 0,69, 95% CI 0,51-0,92,

P

trendi = 0,02). Tämä yhdistys oli voimakkainta siirtymisestä HPV-pysyvyys CIN3 + (OR

AT /TT = 0,53, 95% CI +0,39-,71,

P

trendi = 0.00002).

vaihtoehdot alleelien

TELO2

rs4786772 (OR

AG = 1,54, 95% CI 1,14-2,09; OR

GG = 2,51, 95% CI 1,59-3,94,

P

trendi = 0,00002),

C1RL

rs12227050 (OR

AG /GG = 2,85, 95% CI 1,71-4,74,

P

trendi = 0,0001 ), ja

TYMS

rs2342700 (OR

CG = 1,56, 95% CI 1,17-2,09; OR

GG = 2,18, 95% CI 1,30-3,64,

P

trendi = 0,0002) liittyi merkitsevästi suurentunut riski kohdunkaulan syövän (taulukko 2). Lisääntynyt riski variantteja

TELO2

pysyi siirtymisestä pysyvyys CIN3 +, kun taas lisääntynyt riski

C1RL

ja

TYMS

jäi pysyvyys verrattuna satunnaisia ​​tarkastuksia.

Veimme yksi tilastollinen analyysi mukaan lukien kaikki SNP, ja totesi, että SNP RS7082598 (

PRDX3

geeni) säilytetään merkitystä tässä analyysissä verrattaessa CIN3 + vs. satunnaisvalvontaa (moninkertainen verrattuna oikaistu p -arvo 0,011).

keskustelu

tässä analyysissä geenien ja SNP tunnistettu olevan pitkälti merkitystä syövän etiologiaa, mutta ei erityisesti kohdunkaulan syövän synnyn, löysimme 14 geenejä /alueet, jotka olivat merkitsevästi liittyvä CIN3 /syövän p 0,005. Kaksi näistä geeneistä –

RPS19

ja

PRDX3

– oli merkittävä klo FDR≤0.2. Replikointi Näiden tulosten on perusteltua poistaa roolin sattumalöydös.

Effects oletettujen geneettisten etiologic tekijät kohdunkaulansyövän voidaan kartoittaa erityisiä siirtymätilat HPV-infektio kohdunkaulan muutoksen vyöhyke, etenemistä pysyvästi tartunnan kohdunkaulan solujen precancer ja kohdunkaulan syöpä. Tässä tutkimuksessa oli mahdollisuus tutkia ja geenien tunnistamiseksi, jotka voivat vaikuttaa joidenkin näiden vaiheiden kohdunkaulan syövän synnyn. Toteamme, että suojaava vaikutus havaittiin

PRDX3

ja

RPS19

SNP pysyivät sekä taudin etenemiseen (HPV-pysyviä tartunnan CIN3 +) ja HPV-pysyvyys.

mutaatiot ribosomaalisen geenin

RPS19

on liitetty Diamond-Blackfan anemia (DBA), joka on perustuslaillinen punasoluaplasiaa tunnettu siitä puuttuvia tai alentuneita erytrosyyttiesiasteiden, joka potilasryhmässä. Potilaat, joilla on DBA on suurentunut osteosarkooman. Tämä yhdessä DBA ehdottaa mahdollista extra-ribosomaalisen toiminto tämän geenin erytropoieettisten erilaistumista ja lisääntymistä, lisäksi sen ribosomaalisen toiminto. Joissakin ensisijainen paksusuolikarsinoomat, korkeammat ekspressiotasot tämän geenin on havaittu verrattuna vastaaviin normaaleihin paksusuolen kudoksiin [9].

PRDX3

on peroxiredoxin perhe, joka koodaa proteiinia, jossa antioksidantti-toiminto, on lokalisoitu mitokondrioissa, ja se voi toimia suojaamaan mitokondrioita oksidatiivista stressiä. Sequence vertailuja äskettäin kloonattu nisäkäshomologeja viittaavat siihen, että nämä geenit koostuvat perhe, joka on vastuussa säätelyyn solujen proliferaatiota, erilaistumista, ja antioksidantti toiminnot [10], [11]. Kumpikaan näistä geeneistä on selvä suhde tunnetaan syöpää prosesseja, jotka johtavat kohdunkaulan syöpä.

On olemassa useita tutkimus rajoituksia pidetään. Yhdistimme CIN3 + tapausta NHS kohortti-based study kanssa CIN3 + täydentävän tapauksissa peräisin yhteisöä samana aikana lisääntyneen analyyttistä teho. Oli suurempi osuus CIN3 (erottamattomasti havaitsemisen seulomalla NHS sijaan oireita) NHS tapauksissa kuin täydentävät tapauksissa; lisäksi täydentäviä tapaukset olivat vanhempia, pääasiassa siksi, että suurempi osa syövistä verrattuna NHS kohortti-pohjainen tapauksissa, joissa oli suurempi osuus CIN3. Testit yhdistysten välillä NHS ja täydentävän populaatioiden 94,2% (17149/18208), että SNP eivät olleet merkitseviä 5% tasolla, tärkeintä, kaikki SNP liittyy kaksi kiinnostavat geenit (

PRDX3

ja

RPS19

) on samalla tavalla jaettu NHS ja täydentävää tapauksissa perusteltua yhdistämällä kaksi ikäryhmät. Lisäksi tämä tutkimus päällä yhdistetyn päätepiste CIN3 ja syövän; 95,5% (17394/18208), että SNP eivät olleet tilastollisesti erilaiset CIN3 ja syöpätapausta. Tärkeää on, mikään SNP liittyy kaksi kiinnostavat geenit (

PRDX3

ja

RPS19

) olivat tilastollisesti merkitsevää eroa CIN3 ja syövät. Koska SNP valittiin koodaus markkereita geneettisiä alueiden sijaan toiminto, havaitut yhdistysten kanssa SNP voi johtua kytkentäepätasapaino- muiden syy mittaamatta SNP. Olimme alimitoitettu suorittamaan analyysejä rajoitu syöpää aiheuttava HPV-tyypit johtuen pienen otoksen koon vain naisia ​​kirjoilla alkuperäisessä NHS oli HPV kirjoittamalla tiedot. Jatkotutkimuksissa olisi näin ollen harkittava HPV genotyyppien analyysissä. Olimme myös voinut arvioida geneettiset tekijät liittyvät invasiivisen kohdunkaulan syövän erikseen. Jatkotutkimuksissa on suuri määrä tapauksia tarvitaan käsittelemään ovatko tietyt geenit liittyvät siirtymistä in situ invasiivisen kohdunkaulan syövän. Vaikka suoritimme haplotyyppi perustuvia analyyseja (määritelty lohkojen kytkentäepätasapainossa); Tulokset olivat yleensä yhdenmukaisia ​​geenin alue- ja SNP-pohjainen havaintoja. Ei uusia kiinnostavia alueita tunnistettiin haplotyyppianalyysissä käyttämällä liukuvan ikkunan lähestymistapa 3 SNP. Geenit arvioitiin tässä ei myöskään valittu perustuu heidän aiemmin raportoitu yhdistysten kohdunkaulan syöpä, vaan agnostikko analyysi, johon kuuluu maailmanlaajuisia toimia geenien tunnistamiseen mukana erilaisia ​​infektio ja ei-infektioihin liittyvien syöpien.

Yhteenvetona, nämä tiedot viittaavat siihen, osallistuminen kaksi geeniä,

RSP19

ja

PRDX3

, tai muita SNP: kytkentäepätasapainossa, kohdunkaulan syövän riskiä. Lisätutkimukset osoittivat, että ne voivat olla mukana sekä pysyvyys ja etenemistä siirtymävaiheita. Jos monistaa nämä tulokset voi ehdottaa rooli ribosomaalisen toimintahäiriö, mitokondrioiden prosesseja, ja /tai oksidatiivisen stressin, tai vielä tuntemattoman funktion kohdunkaulan syövän synnyssä.

Materiaalit ja menetelmät

Tutkimuskanta

tiedot ovat Guanacaste HPV Natural History Study (NHS), väestöpohjaisen kohorttitutkimuksen Guanacaste, Costa Rica. Tiedot kohorttitutkimuksessa menetelmillä [12], [13] ja väestöryhmästä valittu geneettisiä analyysejä [14], [15] on raportoitu muualla. Lyhyesti, NHS on väestöpohjaisen kohortin 10049 naisten palvelukseen yli 18 kuukauden jakson 1993-4 ja seurasi seitsemän vuotta. Ensisijaisena tavoitteena NHS oli tutkia luonnon historiasta HPV-infektion ja CIN-muutos (CIN). Kohdunkaulan solut olivat käytettävissä HPV DNA-testillä, ja valkosolukerros näytteet olivat saatavilla isäntä geenin polymorfismin tutkimuksia.

isäntä geneettinen osatutkimuksessa oli sisäkkäin NHS, kuten aiemmin on kuvattu [14], [15]. Lyhyesti, yksilöitä valittu geneettinen osatutkimuksessa sisältyvät: (i) kaikki naiset kohortin histologisesti vahvistettu olevan häiriöitä tai vaaratilanteen CIN3 tai syöpä (CIN3 +: CIN3 = 140, syöpä = 45); (Ii) kaikki naiset kohortin joka on valintahetkellä osaksi tutkimus oli todisteita HPV pysyvyys, määritellään naiset positiivinen saman HPV-tyypille (joko karsinogeenisia tai ei) kahden käynnin vähintään 12 kuukauden välein (n = 432) (mediaani pituus havaittujen pysyvyys: 25 kuukautta); ja (iii) satunnaisessa osallistujien ilman CIN3, tai syöpä perustasosta kohortin (n = 492). Lisätä valtaa tutkimuksiin isännän genetiikka, teimme täydentävää alatutkimus joka jää kaikki CIN3 (n = 240) ja syöpätapausta (n = 87), jotka eivät olleet osallistujille NHS mutta olivat itsenäisesti diagnosoitu CIN3 tai syövän Social Security klinikoilla alkaen samassa tutkimuksessa alue ja samana ajanjaksona, jonka NHS tehtiin [15]. Tutkimuksen hyväksyi sekä USA NCI ja Costa Rica Institutional Review Boards ja kaikista aiheista allekirjoittivat tietoon perustuva suostumus.

Laboratory Methods

DNA uutetaan verestä.

DNA uutettiin buffy kerrosta Puregene puhdistuskittejä /Autopure protokolla (Gentra Systems) klo SeraCare (Frederick, MD). Täydentäville tapauksissa DNA uutto tehtiin yliopistossa Costa Rican käyttäen samaa kit.

HPV testauksen.

PCR-pohjainen HPV-DNA-testausta suoritettiin käyttäen L1 MY09 /MY11 konsensus pohjamaali menetelmillä [12], [16], [17] kohdunkaulan soluissa tallennetaan näytteen kulkuvälineissä (Qiagen, USA) päässä luonnonhistorian tutkimusta vain. Koska kohdunkaulan soluja ei saatu täydentävää tapauksissa HPV tulokset rajoittuvat naisten alkuperäisen kohortin.

Host genotyypitys.

Paneeli suunniteltiin osa pyrkimystä useiden tutkijoiden perustuvan niiden asiantuntemusta tiettyjen syöpien. Genotyypitys tag SNP 990 ehdokas geenialueisiin arveltu olevan osallisena useilla syöpien, kuten paksusuolen, osteosarkooma, ruokatorven ja mahan, sapen, Fanconin anemia, virtsarakko-, rinta- ja muissa syövissä, suoritettiin NCI Core genotyypityksen Facility (Advanced Technology Center, Gaithersburg, MD, https://snp500cancer.nci.nih.gov) [18] käyttäen mittatilaustyönä IValitse Infinium määritys (Illumina, www.illumina.com). Infinium mukana yhteensä 27904 tag SNP. Tag SNP geeneistä valittiin päässä designable yhteiset SNP (pienet alleelin taajuus (MAF 5%) genotyyppi käyttäen kaikki 3 HapMap populaatioiden koodaus riippuvainen väestö kiinnostaa tutkijan viittaa kandidaattigeeni (Data Release 20 /Phase II, NCBI Build 36,1 kokoonpano, dbSNPb126) ohjelmiston avulla Tagzilla (https://tagzilla.nci.nih.gov/), joka toteuttaa koodaus algoritmi perustuu pairwise laatikointi menetelmä Carlson

et al

. [19]. kullekin alkuperäisen kohdegeenin, SNP: t sisällä alueella, joka kattaa 20 kb 5 ’transkription alusta (eksoni 1) 10 kb: n 3’-pään viimeinen eksoni ryhmiteltiin käyttäen binning kynnys r

2 0,8 määritellä geenialueen. Kun oli useita selostukset saatavilla geenien ainoastaan ​​ensisijainen transkriptin arvioitiin.

Laadunvalvonta (QC).

Tag SNP joka epäonnistui valmistus (tilattu mutta epäonnistui määrityksen kehitys), epäonnistunut validointi (ei vahvistusta tai klustereiden) ja määritykset, jotka oli vähemmän kuin 80% loppuun tai 80% yhteensopivuutta 270 HapMap käytetyt näytteet validointi jätettiin (n = 269). SNP alhaisen kurssin suoritusta ( 90% näytteistä) on edelleen suljettu pois (N = 482). SNP kanssa QC discordance keskuudessa 100 QC kaksoiskappaleet ja joukossa HapMap näytteitä 98% suljettiin pois (n = 1703). Olemme myös ulkopuolelle näytteitä loppuun asti 90% (n = 7). Hardy-Weinberg tasapaino arvioitiin kontrollien joukossa, 49 SNP ilmeni merkkejä poiketaan Hardy-Weinberg mittasuhteet. Meidän QC tiedoista ei saatu mitään ilmeistä genotyypityksen Virhe näissä 49, ja niiden tulokset esitetään siksi. Niistä 20764 SNP, 18310 SNP alkaen 1113 geenit mukana tämänhetkiseen analyysiin.

Final analyyttinen väestöstä.

arvioitiin yhteensä 416 naisten diagnosoitu CIN3 tai syöpä, 356 naisia ​​HPV pysyvän infektion, ja 425 satunnaisotannalla joille validoitu -genotyypitystulosten saatiin.

tilastollinen analyysi

Gene-analyysin perusteella.

Saimme geeni-tason yhteenveto yhdistyksen avulla adaptiivinen yhdistelmä p-arvot [20], joka yhdistää geeni-tason yhdistys näyttöä kautta mukautuva sijoitus katkaistu tuote menetelmällä. Korostamme tulokset geenejä, jotka olivat merkitseviä p-arvo 0,005. Koska jotkut tulokset voivat johtua vääriä positiivisia löydöksiä, laskimme väärä löytö määrä (FDR) joukossa yhdistysten pitää huomattavana käyttäen julkaisun Benjamini ja Hochberg [21] on geenialueen tehtävät kokeet

19. Me pidetään FDR arvo 0,2 merkittävinä.

SNP-pohjainen yhdistyksiä.

Laskimme kertoimet suhdeluvut (OR) ja 95%: n luottamusväli (95% CI) kunkin genotyypin kanssa kukin sairaus tulos (CIN3 /syövät vs. satunnaisvalvontaa, HPV-pysyvyys vs. CIN3 /syöpiä, HPV-pysyvyys vs. satunnaisvalvontaa), käyttäen PCR-tuotteiden (WT) genotyyppi kuin tarkoite ryhmään. Ensin verrataan CIN3 /syöpätapausta satunnaisia ​​tarkastuksia. Arvioimme lisäksi niiden yhteenliittymien HPV etenemisen ja /tai pysyvyys vertaamalla: ryhmä CIN3 /syöpätapauksista (n = 415) ja HPV persisters (n = 356) arvioimiseksi SNP asiaan etenemiseen ja (ii) HPV persisters (n = 356) ja pistokokeita (n = 425) arvioimiseksi SNP merkityksellisiä pysyvyys. Toteamme, että pysyvyys ei aina ennen CIN3, koska se voi olla seurausta CIN3 vaurion.

Olemme suorittaneet sekä raakaöljyn ja ikävakioitu ( 30, 30-49, 50+ vuotta) analysoi. Kunkin tulos, laskimme

P

suuntaus perustuu kolmen tason järjestysluku muuttuja (0, 1, ja 2) sekä homotsygootti villityyppisen, heterotsygootti, ja homotsygoottinen variantti logistiikkaregressiomallin. Koska pieni solukoko tarkastellaan joitakin SNP: iden (alle 5%), osoitamme myös, yhdistetty vaikutus heterotsygoottinen ja homotsygoottinen variantti genotyyppejä; Näin, tulokset kahden tason mallia käsitellään. Kaikki logistinen regressio mallit olivat ehdottomia ja suoritetaan käyttämällä SAS versiossa 9,1 (SAS Institute, Cary, NC).

tukeminen Information

Taulukko S1.

Tulokset kaikille geeni perustuvat testit joko yhdessä (i) kohdunkaulan precancer /syöpä, (ii) etenemistä kohdunkaulan precancer /syöpä, tai (iii) HPV pysyvyys.

doi: 10,1371 /journal.pone. 0033619.s001

(XLS) B