PLoS ONE: sääntelyn purkaminen Rab ja Rab Effector Geenit virtsarakon syövän
tiivistelmä
Kasvava näyttö osoittaa, että Rab GTPaaseja, avain sääntelyviranomaisten solunsisäisen kuljetuksen eukaryoottisoluissa, on tärkeä rooli syövän. Analysoimme sääntelyn transkriptiotasolla geenien koodaavat Rab proteiineja ja Rab-vuorovaikutuksessa proteiinien virtsarakon syövän synnyssä, erotetaan toisistaan kaksi tärkeintä etenemistä väyliä toistaiseksi tunnistettu virtsarakon syövän: Ta reitin tunnusomaista tiheä
FGFR3
mutaatio ja karsinooma
in situ
polku, jossa ei tai harvoin
FGFR3
mutaatioita on tunnistettu. Systemaattinen kirjallisuushaku tunnistettu 61 geeniä, jotka koodaavat Rab proteiineja ja 223 geeniä, jotka koodaavat Rab-vuorovaikutuksessa proteiineja. Transcriptomic tulokset saatiin normaali uroteeliin näytteitä ja kaksi riippumatonta virtsarakon syövän tietoryhmiä vastaavien 152 ja 75 kasvaimia. Gene vapauttaminen analysoitiin SAM (merkittävä analyysi microarray) testin tai binomisen testi. Kaiken kaikkiaan 30 geenejä alassäädetty, ja 13 säädellään ylöspäin kasvain näytteissä. Viisi näistä vapautettu geeneistä (
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23
,
STXBP1
,
SYTL1
) on nimenomaan vapautettiin
FGFR3
non-mutatoitunut lihas-invasiivisia kasvaimia. Ei koodaava geeni Rab tai Rab-vuorovaikutuksessa proteiinin havaittiin erikseen vapautettiin
FGFR3
-mutated kasvaimia. Cluster-analyysi osoitti, että
RAB27
geeniklusterista (joka käsittää geenit, jotka koodaavat RAB27 ja sen kanssa vuorovaikutuksessa kumppanit) on vapautettu, ja että tämä vapauttaminen on liittynyt molempien reittien virtsarakon syövän synnyssä. Lopuksi havaittiin, että ekspressio
KIF20A
ja
ZWINT
liittyi että leviämisen markkereita ja että ilmentyminen
MLPH
,
MYO5B
RAB11A
,
RAB11FIP1
,
RAB20
ja
SYTL2
liittyi että urothelial solujen erilaistumisen markkereita. Tämä systemaattinen analysointi Rab ja Rab efektori geeni sääntelyn purkamisesta virtsarakon syövän, kun asiaa kasvain alaryhmien huomioon, tarjoaa tietoa mahdollisista rooleista Rab proteiinien ja niiden efektoreina virtsarakon syövän synnyssä. Tämä lähestymistapa on sovellettavissa muihin ryhmän geenien ja syöpien.
Citation: Ho JR, Chapeaublanc E, Kirkwood L, Nicolle R, Benhamou S, LEBRET T, et ai. (2012) Puretaan Rab ja Rab Effector Geenit virtsarakon syövän. PLoS ONE 7 (6): e39469. doi: 10,1371 /journal.pone.0039469
Editor: Wanjin Hong, Institute of Molecular and Cell Biology, Singapore
vastaanotettu: 27 tammikuu 2012; Hyväksytty: 21 toukokuu 2012; Julkaistu: 19 kesäkuu 2012
Copyright: © 2012 Ho et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.
Rahoitus: Työ tukivat avustusta Centre National de la recherche Scientifique (CNRS) ja Institut Curie. Molecular Oncology joukkuetta kannattavat La Ligue Nationale Contre le Cancer ( ”Equipe labellisée”). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.
Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.
Johdanto
Solunsisäiset kaupan on olennainen prosessi eukaryoottisoluissa. Se perustuu vesicular tai putkimainen liikenteen harjoittajille että välinen edestakainen solun osastojen helpottaa jatkuvaa vaihtoa proteiinien ja lipidien. Monissa tutkimuksissa on korostettu sen monimutkaisuutta ja johti tunnistamiseen useita proteiineja, jotka liittyvät eri vaiheet solunsisäisten liikenteen, eli muodostumista liikenteen harjoittajat luovuttajalta kalvoja, niiden liikkumisen pitkin solun tukirangan kappaleita ja niiden jaon /fuusio kohde kalvoja. Pienet GTPaasit on Rab perhe ovat nousseet keskeisiksi säätelijöinä näiden eri vaiheita. Kuten muidenkin GTPaaseja, Rab proteiinit sykli välillä inaktiivisessa BKT (guanosiinidifosfaatti) -bound muodon ja aktiivisen GTP (guanosiinitrifosfaatin) -bound muodossa. Aktiivisen GTP: hen sitoutuneen muodon Rab on kalvoon sitoutunut taas hydrolyysi GTP BKT tuloksia sen dissosiaatio sytosoliin. Nämä kaksi jaksoa ohjataan monimutkainen sääntelyverkon proteiineja, jotka sisältävät guaniininukleotidien vaihto tekijät (GEFs), GTPaasi aktivoivat proteiinit (GAP) ja guaniininukleotidiä dissosiaation estäjät (GDI). Heidän aktiivinen muoto Rab GTPaaseja vuorovaikutuksessa monipuolista efektoriproteiinit, kuten molekyyli moottoreita, rasva-kinaasien, tethering tekijöitä ja rakennustelineitä proteiinit (katso [1] tarkistettavaksi).
Viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet rooli useita Rab proteiinien ihmisen syövissä. Useat ilmaisun tutkimukset ovat osoittaneet, että niillä voisi olla sekä aktivoivaa ja estämällä rooli syövän etenemiseen.
RAB1A
yliekspressoituu kielen okasolusyöpä [2].
RAB3A
ilmaistaan insulinooma, mutta ei normaalissa haiman saarekesolujen [3].
RAB11A
ja
RAB20
ilmentyminen lisääntyy aikana ihon syövän synnyn [4] ja exocrine haiman adenokarsinooman [5], tässä järjestyksessä. Sen sijaan
RAB37
on säädellä vähentävästi etäpesäkkeitä keuhkosyöpään [6]. Molemmat
RAB5A
ja
RAB7
osoitettiin olevan säädellään ylöspäin autonominen kilpirauhasadenoomiin tällainen ylössäätöä ollessa korreloi nopeutetun tyreoglobuliinipitoisuuksien endosytoosin ja hormonin tuotantoa [7].
Useat toiminnalliset tutkimukset ovat vahvistaneet roolin Rab proteiinien syövän etenemiseen. RAB5A, yli-ilmentynyt maksasolukarsinoomat, näyttää olevan määräävä maksasyövän etenemisen, ehdottivat havainto, että vallitsevaa negatiivista muotoa RAB5A vaimentaa EGF-välitteistä signalointia ja solujen kulkeutumista ihmisen hepatoomasolulinjassa [8]. Muut tulokset ovat osoittaneet, että
RAB23
, vahvistetaan ja yli-ilmentynyt hajanainen-tyyppinen mahasyöpä, toimii hyökkäys välittäjänä geeni [9]. RAB25 on rooli kehitettäessä sekä munasarja- ja rintasyöpiä [10], [11]. Kuitenkin päinvastainen merkitys
RAB25
on myös dokumentoitu, so kasvainsuppressorigeenin paksusuolen syövän [12]. Lisäksi jotkin proteiinit, jotka osallistuvat Rab solusyklin säätelyssä on myös osallisena karsinogeneesissä. Esimerkiksi
RIN1
, joka koodaa RAB5 GEF, osoitettiin olevan rinta tuumorisuppressorigeenin [13], kun taas
TBC1D3B
, joka koodaa RAB5 GAP, on osoitettu olevan onkogeenin monistettiin eturauhassyövän [14].
virtsarakon syöpä on neljänneksi yleisin syöpä sekä Euroopan ja Amerikan miehet. Naisilla se on yhdeksäs yleisin syöpä Yhdysvalloissa ja 14
th yleisin syöpä Euroopassa [15], [16]. Vaiheen mukaan, on ensimmäinen esitys, noin 50% rakkosyöpä- ovat Ta kasvaimia, jotka ovat yleensä huono laatu (Ta kasvaimet ovat papillaarinen kasvaimia, jotka eivät hyökätä pidemmälle tyvikalvon), 20% ovat T1 kasvaimia (kasvaimia, jotka hyökätä pidemmälle tyvikalvon, mutta ei taustalla muscularis propria) ja 30% ovat lihas-invasiivisia kasvaimet (T2-4). Karsinooma
in situ
(cis) koostuu tasainen, korkea-asteen vaurioita ei valtaavat pidemmälle tyvikalvon ovat harvoin löytyy eristyksissä. Sen sijaan, Cis on pääasiallisesti kohdataan muiden urothelial kasvaimia. Kliiniset ja molekyylitason todisteet viittaavat siihen, että rakkokasvaimista syntyy ja kehitykseen erityisesti kahdella väyliä: asetuksen ”TA” polku ja ”karsinooma
in situ
” polku. Ta kasvaimet näyttää korkea toistumisen määrä (60%, [17]), mutta on pieni todennäköisyys (5-10%) ja etenee T1 kasvaimia ja sitten lihas-invasiivisia kasvaimet (T2-4). Sen sijaan, cis usein edetä (noin 50% tapauksista), T1 kasvaimet ja sitten lihas-invasiivisia kasvaimet ([18] tarkistettavaksi). Ta reitti on tunnusomaista tiheä aktivoivia mutaatioita
FGFR3
geenin (koodaa tyrosiinikinaasin fibroblastikasvutekijäreseptori 3).
FGFR3
mutaatiot ovat läsnä 70-75% Ta kasvainten ja poissa Cis. Niiden suhteellisen alhainen taajuus T1 (20%) ja T2-4 kasvaimia (10-15%) on yhdenmukainen korkea Cis etenemistä ja alhainen Ta eteneminen [19] – [24].
tavoitteena tämän työn tarkoituksena oli tehdä systemaattinen tutkimus tunnistaa Rab proteiinien ja Rab-vuorovaikutuksessa proteiinien jonka ilmentymistä vapautettu aikana Ta ja cis reitit virtsarakon kasvain synnyssä on transcriptomic tasolla.
tulokset
tässä tutkimuksessa olemme soveltaneet strategiaa esitetty kuvassa 1 (vuokaavio). Lyhyesti: 1. tyhjentävästi koodaavien geenien Rab ja Rab-vuorovaikuttavan perustettiin julkisista tietokannoista, 2. vapautettu geenit (ylä- tai alassäädetty verrattuna normaaliin uroteeliin) kussakin kahden reitin (
FGFR3
-mutated kasvain polku ja
FGFR3
non-mutatoitunut kasvain reitti) tunnistettiin kaksi transcriptome aineistoja, 3. vapautettu geenit mahdollisesti koska kasvain strooman tai kasvain – stroomavuorovaikutuksiin tunnistettiin ja sitten jätetty pois tarkempaa analyysiä (analyysi transcriptome tietojen virtsarakon tuumorisolulinjoja verrattuna normaaleihin soluihin viljelmässä (NHU)), 4. jokaisen vapautuneilla geenin erityinen yhdistys joko
FGFR3
-mutated kasvain ryhmä tai ei -mutated kasvain ryhmä tutkittiin sekä yhteyden johonkin erilaistumisen tai proliferaation fenotyyppiä. Lisäksi tutkimme kunkin Rab klusterin (koostuu tietyn Rab-proteiinia ja sen vuorovaikutuksessa yhteistyökumppanit), onko se voisi liittyä virtsarakon syöpä synnyssä.
Ensimmäinen askel on tunnistaa julkisten tietokantojen ja asiantuntemusta kiinnostavat geenit tutkia, tässä rabs ja niiden efektoreja. Toinen vaihe koostuu valitaan alaryhmien kasvainten ja analysoimalla ilmentyminen eri geenien valittu ensimmäinen vaihe näissä alaryhmissä verrattuna normaaliin uroteelin. Subgrouping täällä on tehty ottaen huomioon
FGFR3
mutaatiostatus, lavan ja luokka, joka erottaa kasvaimet kahteen reittejä. Vertailu ekspressiotaso havaittiin virtsarakon syövän solulinjoissa ja viljellyissä normaalin ihmisen urothelial solujen annettiin heitetään pois geenejä, joiden ekspressiota voi olla mahdollisesti koska läsnä peruskudoksen (verrattuna normaaleihin soluihin, säätelyyn ylöspäin virtsarakon kasvaimissa, mutta ei virtsarakon kasvainsolulinjoja). Erilaisia analyysi suoritettiin sitten valitun vapautettu geenit: 1) vertailun ilmaisun
FGFR3
-mutated kasvaimia ja
FGFR3
non-mutatoitu kasvainten annettiin geenien tunnistamiseen, jotka spesifisesti vapautettiin yhdessä kahden reitin virtsarakon syövän synnyssä; 2) ryhmittelemällä geenejä klusterin geenien (tässä Rab klusterit), tunnistimme klustereiden vapautetuilla ilme; 3) analysoimalla mahdollista korrelaatiota ilmentymisen vapautettu geenien ja ilmaisu leviämisen tai erilaistumisen markkerigeenin, olemme tunnistaneet vapautettu liittyvien geenien proliferaatiota tai erilaistumista.
saadut tulokset kussakin vaiheessa analyysien on esitetty yhteenvetona kuviossa 2.
tulokset kunkin analyysin vaiheessa on esitetty vuokaaviossa esitetty kuviossa 1.
Määritelmä luettelon geenien analysoidaan
ensimmäinen osa tätä työtä koostui luettelon laatimisesta koodaavien geenien Rab proteiineja ja Rab-vuorovaikutuksessa proteiineja, kuten aktivoimalla GEF ja inaktivoivat GAP proteiineja (kuva 3). 61 ihmisen
RAB
geenien havaittiin. Luettelo Rab-vuorovaikutuksessa proteiinien perustettiin kirjallisuushaun kerätä paperit, jotka ovat raportoineet tunnistaminen ja /tai karakterisointi proteiinien suoraan vuorovaikutuksessa Rab GTPaaseja käyttäen erilaisia lähestymistapoja (kaksi-hybridi määritykset, GST-pull down, coimmunoprecipitation jne). Tämä lista käsitti 217 proteiineihin: 23 GEFs, 20 aukkoja ja 174 efektoriproteiinit. Lisäsimme tähän luetteloon kaksi geeniä, jotka koodaavat kahta GDI (BKT dissosiaatio estäjä) proteiinit (
GDI1
ja
2
), jotka ovat yhteisiä kaikille Rab GTPaaseja. Olemme myös neljä geenejä, jotka koodaavat proteiineja, jotka liittyvät translaation jälkeisen modifikaation ja kalvo yhdistys kaikki vasta-syntetisoitu rabs:
CHM
ja
CHML
koodaavat Rab escort proteiinit (REP) ja kaksi isoformeja Rab geranyyligeranyylitransferaasia (
RABGGT
ja
B
). Tämä teki yhteensä 284 rabs ja Rab-vuorovaikutuksessa proteiineja (kuva 2).
Rab GTPaaseja sykli välillä aktiivisen GTP-sitoutunut muoto ja inaktiivisen GDP-sitoutunut muoto. Rab aktivointi välittää guaniini vaihto tekijä (GEF). Hydrolyysi sitoutuneen GTP katalysoi GTPaasia aktivoiva proteiini (GAP), jolloin inaktivaatiota Rab proteiinia. Sen aktiivisessa muodossa Rab liittyy kalvot ja voi olla vuorovaikutuksessa eri efektoriproteiinien. Sen aktiivinen muoto proteiini on sytosolin ja on monimutkainen BKT dissosiaation estäjä (GDI) proteiinia.
Luettelo geenit analysoitiin tässä tutkimuksessa sekä luettelo papereita, joissa ne oli alunperin kuvattu on esitetty taulukossa 1 ja taulukossa S1. Kuvio 4 esittää klusterin proteiinien osoitettu olevan vuorovaikutuksessa RAB27A /B (esimerkkinä) ja kuvio S1 esittää kaikki Rab klustereita analysoidaan; Rab proteiinit ovat keltaisia, GEFs vihreä, aukkoja vaaleanpunainen ja efektoriproteiinit sinisellä.
Esimerkki Rab27 klusterin. Rab27 klusteri koostuu kahdesta
RAB27
isoformeja (
RAB27A
ja
RAB27B
), GEF
MADD
, GAP
TBC1D10A
ja 12 efektoriproteiinit. Toinen Rab ja Rab-vuorovaikutuksessa proteiinien esitetään täydentäviä Kuva S1.
Malli virtsarakon syövän synnyssä Tässä tutkimuksessa käytetyt
Kaksi keskeistä etenemisen reittejä ovat olleet toistaiseksi tunnistettu virtsarakon syövän, Ta reitin tunnusomaista tiheä
FGFR3
mutaatio ja karsinooma
in situ
(cis) polku, jossa ei tai harvoin
FGFR3
mutaatiot ovat tunnistettu. Tässä tutkimuksessa vuoksi katsotaan kahta reittiä:
FGFR3
-mutated kasvain polku ja
FGFR3
non-mutatoitunut kasvain polku (kuva 5).
FGFR3
-mutated kasvain polku koostui Tag1 ja TAG2
FGFR3
-mutated kasvaimia, T1
FGFR3
-mutated kasvaimia ja lihas-invasiivisen
FGFR3
-mutated kasvaimet (T2-4 kasvaimet). Analysoimme kaksi virtsarakon kasvain (n = 152 ensimmäisen tietojoukon ja n = 75 toisella data set). Määrä
FGFR3
-mutated TAG3 oli liian pieni tunnistaa ne omana ryhmänään (2 kasvaimia ensimmäisen datajoukon ja 1 kasvain toisen tietojoukon), mutta niitä ei myöskään voida sisällyttää Tag1 /TAG2 ryhmä johtuen niiden erilaiset kliiniset ja molekyylitason ominaisuudet niin niitä ei pidetty analyysissä.
FGFR3
non-mutatoitunut kasvain polku koostui TAG3
FGFR3
non-mutatoitunut kasvaimia, T1
FGFR3
non-mutatoitunut kasvaimia ja lihas-invasiivisia
FGFR3
non-mutatoitunut kasvaimia. Transcriptomic tietoja cis kasvaimia ei ollut saatavilla meidän sarjassa. Käytimme
FGFR3
non-mutatoitunut TAG3 kasvainten cis-. Nämä kasvaimet useita samoja ominaisuuksia cis, koska ne etenevät invasiivisen vaiheessa [25] todennäköisyys on korkea (45%, [26]). Lisäksi sekä vauriot ovat mikroskooppisen hyvin samankaltaisia at yksittäisen solun tarkastelua. Tag1 /TAG2 kasvaimia ei mutatoitunut varten
FGFR3
(9 näytettä ensimmäiset tiedot, 2 näytettä toisessa datajoukon) ei katsottu analyysissä koska ne eivät sovi Cis polku: todellakin nämä kasvaimet ovat huono laatu ja ne harvoin edetä T1 ja sitten lihas-invasiivisia kasvaimia [26].
tunnistetiedot ylä- tai alas- geenien
jotta voitaisiin tunnistaa geenejä ylös – tai alassäädetty aikana virtsarakon syövän etenemisessä, kaksi väyliä on ”FGFR3 malli” analysoitiin erikseen. Käytimme kolme ryhmää, TAG3, T1, ja T2-4, aiemmin määritetty
FGFR3
non-mutatoitunut reitti ja kolme ryhmää, TaG1G2, T1, ja T2-4 että
FGFR –
mutatoitunut kasvain polku (kuva 5). Kullekin kasvain ryhmä, ilmaus Rab ja Rab-vuorovaikutuksessa proteiinin geenien taulukossa S1 verrattiin niiden ilmentyminen normaalissa uroteelin (lääkäri ei strooman) ryhmä käyttäen tilastollista SAM testi. Tulokset suodatettiin seuraavat kynnysarvot: Taita Change (FC) 1,5 ylössäätöä (ja 0,667 (= 1 /1,5) ja alassäätöä) ja qValue 5%. Ensin analysoidaan kokoelma näytteistä sisältää 4 normaalin uroteeliin ja 141 kasvainnäytteet (katso materiaalit ja menetelmät) käyttäen Affymetrix HG U133 Plus 2.0 DNA mikrosiruja. 269 284 geenien taulukossa S1 olivat läsnä näissä mikrosiruja. Sillä
FGFR3-
mutatoimattomaan kasvain reitin, 19 geenejä havaittiin alassäädetty ja 12 geenien säädelty (taulukko 2); että
FGFR-
muuntunut kasvain koulutusjakson, 21 geenejä havaittiin alassäädetty ja 4 geenien säädelty (taulukko 3) (yhteenveto kuviossa 2).
”FGFR3 malli ”virtsarakon syövän etenemisen erottaa
FGFR3
non-mutatoitunut kasvain polku ja
FGFR3-
mutatoitunut kasvain kautta. Cis: karsinooma
in situ
. Vaiheet määriteltiin 1997 TNM luokittelu ja laadut vuoden 1973 Maailman terveysjärjestön luokitus (katso materiaalit ja menetelmät viite).
analysoitiin toinen joukko kasvainten todentaa tulokset. Tämä setti, kerättävä erillään ensimmäiset, analysoitiin Affymetrix HG U95A /U95Av2 DNA mikrosiruja ja sisälsi 5 normaali uroteeliin ja 72 kasvaimen näytteitä (katso materiaalit ja menetelmät). Vain 165 284 geenien taulukossa S1 (58%) oli läsnä näissä mikrosiruja. Niistä 31 geenit todettu ylä- tai alassäädetty
FGFR3-
mutatoimattomaan kasvain reitin (taulukko 2), 17 oli läsnä Affymetrix HG U95A /U95Av2 DNA mikrosiruja:
CASP1
,
CAV1
,
CD2AP
,
EEA1
,
ICA1
,
ITGA5
,
MICAL2
,
PIGR
,
RAB11A
,
RAB14
,
RAB31
,
RAB4A
,
RABAC1
,
STXBP1
,
TBC1D30
,
TBC1D4
ja
ZWINT
. Niistä 25 geenit todettu ylä- tai alassäädetty
FGFR3-
mutatoitunut kasvain koulutusjakson (taulukko 3), 14 oli läsnä Affymetrix U95A /U95Av2 DNA mikrosiruja:
CAV1
EEA1
,
ICA1
,
ITGA5
,
PIGR
,
RAB11FIP2
,
RAB14
,
RAB27A
,
RAB27B
,
RAB9A
,
RABGAP1L
,
SDC1
,
TBC1D30
ja
UNC13B
. Näistä geeneistä, 56% saatujen tulosten kanssa ensimmäiset tiedot on validoitu toisen datajoukon ainakin yhteen raja läpäissyt: FC 1,5 (tai 0,667) ja /tai qValue 5% (taulukko S2). Toinen tulokset eivät olleet merkittäviä. Huomattavaa on, että ei ole ristiriitainen tulos kahden datasarjan todettiin.
Expression analyysejä ilmen- tymisen lisääntymisen geenien in vitro
kasvain muodostuu sekä kasvaimen ja stroomasoluissa. Koska transcriptomic analyysi suoritetaan tämän sekoitus solujen säätely ylöspäin tietyn geenin voisi johtua läsnäolosta strooman (geenien säädelty stroomaan tai kasvainsolut takia stroomasolulinja – kasvainsolu vuorovaikutus) .
tämän kysymyksen, analysoimme normaaleissa ihmisen urothelial (NHU) soluja kasvatetaan viljelmässä alle uudistava ja erottaa olosuhteet [27], [28] ja 7 perustettu virtsarakon syövän solulinjoissa (ilman stroomasoluissa) ilmaus 13 geenien havaittiin olevan säädellään ylöspäin
FGFR3-
mutatoitumatonta ja mutatoitunut kasvain reitit:
CAV1
,
ITGA5
,
KIF20A
,
LEPRE1
,
MICAL1
,
MICAL2
,
RAB23
,
RAB31
,
RABAC1
,
SDC1
,
STXBP1
,
TMEM22
ja
ZWINT
(taulukko 2 ja taulukko 3). Useimpien geeneistä, löysimme ainakin yhden tasyöpäsolulinja jossa sen ilme oli ainakin kaksi kertaa suurempi kuin viljellyissä normaalin urothelial soluissa. Tämä ei päde
MICAL1
,
RABAC1
ja
SDC1
(kuva 6). Yli-ilmentyminen
MICAL1
ja
RABAC1
johtuu todennäköisesti läsnä peruskudoksen solujen tuumorin
MICAL1
ilmentyy suuresti eri hematopoieettisten solujen (dendriittisolut , syöttösolut ja NK-solujen) ja
RABAC1
mast-soluissa (tietoja ei ole esitetty). Yli-ilmentyminen
SDC1
voisi johtua stromal-epiteelin vuorovaikutusta.
MICAL1
,
RABAC1
ja
SDC1
suljettiin lisäanalyysiä (katso yhteenveto kuviossa 2).
ilmentymistä 13 sääteli geenejä (taulukko 2 ja 3) (
CAV1
,
ITGA5
,
KIF20A
,
LEPRE1
,
MICAL1
,
MICAL2
,
RAB23
,
RAB31
,
RABAC1
,
SDC1
,
STXBP1
,
TMEM22
ja
ZWINT
) mitattiin Affymetrix array 7 virtsarakon syövän solulinjoissa (KK47, MGHU3, RT112, RT4, SCaBER, SD48 ja T24) ja normaalin ihmisen urothelial (NHU) soluja kasvatetaan viljelmässä. Kynnys geenien pidettävä säädellään ylöspäin kasvainsolulinjoissa (2 taittaa ilmaisu mitattuna NHU soluja) edustaa musta viiva.
Genes nimenomaan ylä- tai säädellä vähentävästi jokainen polku
Niistä geenit todettu vapautettu aikana virtsarakon syövän etenemisen (taulukot 2 ja 3), 13 oli yhteinen molemmille polkuja, 10 alassäädetty:
EEA1
,
ICA1
,
MLPH
,
MYO5B
,
MYO5C
,
PIGR
,
RAB14
,
RPH3AL
,
SYTL2
,
TBC1D30
ja 3 sääteli:
CAV1
,
ITGA5
,
MICAL1
. Jotta etsiä geenejä nimenomaan vapautettiin kussakin koulutusjakson, etenimme kahdessa vaiheessa. 1. Valitsimme geeneistä löytyy huomattavasti ylä- tai alaspäin säännellään ainoastaan sisällä
FGFR3-
mutatoimattomaan kasvain kautta tai sisällä
FGFR3
-mutated kasvain kautta. 9 alassäädetty ja 8 ylös geenien valittiin
FGFR3
non-mutatoitunut kasvain polku ja 11 alas geenien valittiin
FGFR3-
mutatoitunut kasvain polku (taulukko S3, vasen sarake). 2. Käytimme tilastollinen SAM testi vertaamaan ekspressiota valittujen geenien kasvaimen ryhmä samassa vaiheessa, mutta vastakkainen
FGFR3
-mutaatio (taulukko S3, oikea palsta).
SYTL1
oli merkitsevästi alassäädetty että T2-4 (
FGFR3
non-mutatoitu) kasvain ryhmä taas
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23
ja
STXBP1
olivat merkittävästi ajan säädellä samalla kasvain ryhmään (taulukko 4 ja kuva 7, katso yhteenveto kuviossa 2). Ei geenin havaittiin erikseen vapautettu varten
FGFR3-
mutatoitunut kasvaimia.
Expression of
SYTL1
,
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23
ja
STXBP1
mitattuna Affymetrix array normaaleissa näytteissä (n = 4) ja
FGFR3
-mutated kasvainnäytteet (TaG1G2, n = 28; T1 , n = 13; T2-4, n = 9), ja
FGFR3-
mutatoimattomaan näytettä (TAG3, n = 3, T1, n = 25, ja T2-4, n = 63). Ovat edustettuina 10. persentiilin (alla bar), 25. prosenttipiste (laatikko alhaalla), mediaani (bar laatikossa), 75
persentiili (laatikko ylhäällä) ja 90
persentiili (ylempi bar) . Pisteet edustavat poikkeavien näytteiden.
SYTL1
on säädellä vähentävästi
FGFR3
non-mutatoitunut kasvaimia, kun taas
LEPRE1
,
MICAL2
,
RAB23
ja
STXBP1
ovat säädelty.
Analyysi klustereita geenien
edellisessä osassa tässä tutkimuksessa käytimme tilastollista SAM testi analysoida erikseen jokaisen näistä geenin aikana virtsarakon syövän etenemisessä. Tutkia, Rab klusteri (koostuu tietyn Rab-proteiinia ja sen vuorovaikutuksessa kumppanit, katso kuva 4 ja kuva S1) voitaisiin nimenomaan liittyy virtsarakon syövän etenemisessä, käytimme tilastollista binomimallia testi onko prosenttiosuuden geenien vapautettu sisällä annettuja Rab klusteri oli merkitsevästi suurempi kuin prosenttiosuus saadaan analysoimalla kaikki Rab ja Rab-vuorovaikutuksessa proteiinin geenejä. Tämä testi sovellettiin kuhunkin Rab klusterin kunkin kasvaimen ryhmässä ja tulokset suodatettu kynnys pvalue 1%. Mielenkiintoista, Rab27 klusterin läpäisseet kynnys T2-4 kasvain ryhmiä sekä
FGFR3-
mutatoitumatonta ja mutatoitunut kasvaimen väyliä (taulukko 5 ja Taulukko S4; katso yhteenveto kuviossa 2). Lisäksi
RAB27A
ja
RAB27B
, geenit alassäädetty Tämän ryhmän muodostavat
GCC2
,
MLPH
,
RPH3AL
,
SYTL1
ja
SYTL2
.
Genes liittyy leviämisen
jotta voitaisiin arvioida mahdollisen yhdistys vapailla luetelluista geeneistä taulukot 2 ja 3, joissa solujen lisääntymistä, laskimme Pearsonin korrelaatio niiden ilmaisun ja että leviämisen markkerigeenin:
MKI67
[29]. Tätä analyysiä kesken 6 muodostettuja ryhmiä tähän tutkimukseen, työskentelimme kahden homogeeninen kasvain ryhmissä korkeampi määrä näytteitä: Ta G1 /G2 (
FGFR3
-mutated) kasvain ryhmä (28 näytettä) ja vaihe T2-4 (
FGFR3
non-mutatoitu) kasvain ryhmä (63 näytettä). Ensin huomanneet, odotetusti, että ilmaus
MKI67
oli merkitsevästi korkeampi T2-4 (
FGFR3
ei-mutatoidun) ryhmässä kuin Ta G1 /G2 (
FGFR3
-mutated) ryhmä (noin 3-kertaiseksi, Student testi, p = 8.8E-10). Päätimme suodattaa Pearson korrelaatio arvot kynnyksen: