Krooninen sairaus

tiivistelmä

Genetic variantteja sijaitsevat 12p13.33 /

RAD52

lokus ovat olleet liittyy keuhkojen okasolusyöpä (LUSC). Täällä sisällä 5947 UADT syöpien ja 7789 tarkastuksia 9 eri tutkimuksista, löysimme rs10849605, yhteinen introni muunnelma

RAD52

, joka liittyy myös ylemmän aerodigestive suolikanavan (UADT) levyepiteelikarsinooma tapauksissa (OR = 1,09 , 95% CI: 1,04-1,15, p = 6×10

-4). Olemme lisäksi tunnistettu rs10849605 kuin

RAD52 cis

-eQTL inUADT (p = 1×10

-3) ja LUSC (p = 9×10

-4) kasvaimia, jossa UADT /LUSC riski alleeli korreloi lisääntynyt

RAD52

ekspressiotasoja. 12p13.33 lokus, joka kattaa rs10849605 /

RAD52

, tunnistettiin merkittävä somaattinen polttoväli kopioluvun amplifikaation UADT (n = 374, q-arvo = 0,075) ja LUSC (n = 464, q-arvo = 0,007) kasvaimet ja korreloi korkeamman

RAD52

kasvain ekspressiotasot (p = 6×10

-48 ja p = 3×10

-29 vuonna UADT ja LUSC, vastaavasti). Yhdessä nämä tulokset osoittavat lisääntynyt

RAD52

ilmaisua sekä geneettinen alttius ja kasvaimen kehittymisen sekä UADT ja LUSC kasvaimia.

Citation: Delahaye-Sourdeix M, Oliver J, Timofeeva MN, Gaborieau V, Johansson M, Chabrier A, et al. (2015) 12p13.33 /

RAD52

Locus ja geneettinen alttius Okasolusyöpä Syövät Ylä Aerodigestive Tract. PLoS ONE 10 (3): e0117639. doi: 10,1371 /journal.pone.0117639

Academic Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat |

vastaanotettu: 16 heinäkuu 2014; Hyväksytty: 29 joulukuu 2014; Julkaistu: 20 maaliskuu 2015

Copyright: © 2015 Delahaye-Sourdeix et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: kaikki asiaankuuluvat tiedot kuuluvat paperin ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoitus: Rahoitusta tutkimuksen koordinointia, genotyypitys replikointi tutkimuksia ja tilastollinen analyysi saatiin Yhdysvaltain National Institutes of Health (R01 CA092039 05 /05S1) ja National Institute Dental ja kallon ja kasvojen tutkimus (1R03DE020116). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Ylä aerodigestive suolikanavan (UADT) syövät, joka käsittää suuontelon, kurkunpään ja ruokatorven, ovat neljänneksi yleisin syy syövän kuoleman maailmanlaajuisesti [1]. Vaikka tupakan ja alkoholin ovat tärkeimmät UADT syöpien riskitekijöitä [2], geneettinen alttius on oletettu olevan rooli patogeneesissä tämän taudin [3,4].

Altistuminen tupakan ja alkoholin johdot solun vaurioita ja DNA muutoksia, että jos asianmukaisia ​​korjaus-, voi aiheuttaa solusyklin sääntelyn ja syövän kehityksen [5,6]. Homologinen rekombinaatio (HR) on tärkeä tapa, jolla solut korjaamaan DNA vaurioita [7,8].

RAD52

geeni osallistuu homologiseen rekombinaatioon DNA korjausprosessin [9] välittämällä RAD51, keskeinen HR geenin, joka muodostaa kierteisen nukleoproteiini- hehkulanka mukana etsinnässä homologian ja lohkon pariksi [10].

Genome laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS) ovat sekaantuneet rs10849605 geneettinen variantti 12p13.33, lokuksessa, joka käsittää

RAD52

ihmisen perimässä, liittyvän vaatimaton, mutta tilastollisesti merkitsevä, lisääntynyt keuhkosyövän riskiä [11,12]. Näyttää siltä kannalta olennaisimmat keuhkojen okasolusyöpä (LUSC) ja pienisoluisessa keuhkosyövässä, mutta vähän näyttöä sisällä keuhkojen adenokarsinooman (LUAD) [11,12]. Vaikka molekyylitason mekanismeja, jotka auttavat taudin alkamisen ja etenemisen tunnetaan edelleen huonosti, levyepiteelikarsinoomien (SCC) eri anatomisia sivustojen monia yhteisiä fenotyyppiset ja molekyylitason ominaisuuksia keskenään [13]. Tavoitteena tässä tutkimuksessa oli selvittää

RAD52

yhteydessä geneettinen alttius SCC on UADT, tutkia, miten tämä yhdistys voisi välittää ja tarkastella somaattisen mutaation tapahtumista

RAD52

12p13.33 locus.

Materiaalit ja menetelmät

Tutkittavat

kaikkiaan 9 tapausverrokkitutkimukset of UADT syövän osallistui tämänhetkiseen tutkimuksessa yhteensä 5947 UADT syöpätapausta ja 7789 tarkastuksia. Tutkimus suunnittelee ja väestön ominaisuudet on kuvattu tarkemmin aiemmin [3,14,15] ja on kuvattu lyhyesti taulukossa 1. Useimmissa tutkimuksissa verrokeilla oli taajuus sovitetaan tapausten iän, sukupuolen, ja muita tekijöitä (esim , tutkimuspaikan ja sairaala). Kirjallinen suostumus saatiin kaikilta koehenkilöistä, ja tutkimukset hyväksyttiin institutionaalisten tarkastuslautakunta jokaisessa tutkimuskeskuksen. Analyysi rajoitettiin levyepiteelikarsinoomia.

genotyypin

rs10849605 oli genotyyppi käyttäen Illumina helmi paneelit tai TaqMan genotyypityksen (C__1244798_10, Applied Biosystems, Carlsbad, CA) IARC kuten muualla on kuvattu [3]. Suorituskyky Taqman vahvistivat uudelleen genotyypitys näytteitä tunnetun genotyypin (esim HapMap). Genotyyppijakauman oli mukaisesti, että odotetaan Hardy-Weinberg tasapaino kussakin maassa /tutkimus. Kaikki seuraavat genotyypitys saavuttaa sisäisessä tutkimuksessa kahtena konkordanssin nopeudella 99%.

Cancer Genome Atlas data

näytetty, että pään ja kaulan Okasolusyöpä (HNSC), Lung Okasolusyöpä karsinooma (LUSC) ja Lung Adenokarsinooma (LUAD) osat TCGA tietojen (TCGA Project Number # 3230 ja # 2731). Tämä tieto on saatavilla käyttämällä dbGAP kautta TGCA (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/). Tiedot ladattiin joko https://cghub.ucsc.edu/varten exome sekvensointia tai suoraan https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/RNA sekvensointi, metylointi genotyyppitietoon.

exome sekvensointi.

näytetty TCGA exome sekvensointi ”taso 1” (käsittelemättömät) tiedot 363 HNSC ja 459 LUSC TCGA yksilöiden ja suorittanut bioinformatiikan analyysi niiden sekvenssin dataa Picard, GATK, MuTect ja somaattinen Indel ilmaisin (Methods A S1 File). Myöhemmin käytimme talon bioinformatiikan putkistoja (Methods A S1 File) määrittämiseksi korkealaatuista variantti puhelut. Somaattiset pistemutaatiot olivat eksoni toiminnallisia variantteja määriteltiin joko Typistävä, vaikuttaen liittämiseen tai missensemutaatio variantteja ennustettu vahingollisia mukaan SEULOA /POLYPHEN2 [16,17].

Kopioi numero vaihtelu.

Näytteitä hybridisoitiin käyttämällä Genome-Wide Human SNP Array 6.0 alustan klo Genome Analysis Platform laajojen instituutin. Me haetaan taso 3 TCGA tiedot 374 HNSC, 464 LUSC ja 476 LUAD yksilöitä sisältäviä normalisoitu log

2 suhteet fluoresenssivoimakkuudet välillä kohdeotokseen ja vertailunäyte. Olemme vain mukana meidän analyysi henkilöä, joista sekä kasvaimen ja vastaavat normaalit puhelut olivat saatavilla. Segmentille, me pidetään log

2 (suhde) -0,5 Olevan osoitus tappion, ja log

2 (suhde) 0.5 osoittaa voittoa. Segmentit log

2 (suhde) on välillä -0,5 ja 0,5 jääneet niin somaattisia kopioluvun muutoksia. Lisäykset tehtiin lisäämällä geenit sisältyvät jokaiseen jäljellä segmenttien avulla Ensembl tietokannoista [18].

RNA sekvensoinnilla.

RNA sekvensoinnilla (RNA-seq) TCGA Aineisto hakenut ”taso 3 ”tiedot 263 HNSC, 223 LUSC ja 125 LUAD yksilöitä. Normalisoituminen tämä tieto on tarkemmin sisällä tilastollisia menetelmiä osiossa.

metylointi.

TCGA metylaatio Aineisto analysoitiin Illumina Infinium HumanMethylation 450K BeadChip määrityksessä. Me näytetty TCGA metylaatio ”taso 2” tietoja 263 HNSC, 223 LUSC ja 125 LUAD yksilöitä. Olemme arvioineet metyloitu taso kunkin CpG sivuston laskemalla M-arvo (log

2 (suhde Metyloitujen ja metyloimattomien koettimet)) käyttäen TCGA taso 2 data [19]. Metylointi taso 2 data on jo tausta-korjattu.

rs10849605 TCGA genotyyppejä.

rs10849605 sijaitsee sisällä 5 ’alueella

RAD52

ja ei kuulu exome sekvensoinnilla. Siksi johdettu genotyypit 263 HNSC, 223 LUSC ja 125 LUAD yksilöitä käyttämällä Affymetrix 6,0 SNP array TCGA tiedot.

Tilastolliset menetelmät

Association analyysi.

välinen yhteys variantit ja UADT syöpäriskin arvioitiin kerroinsuhde (syrjäisimmillä alueilla) ja 95%: n luottamusvälit (CI) kohti alleeli alle log-lisäaine malli ja genotyyppi johdettu monimuuttuja ehdoton logistinen regressio, sukupuolen ja tarkastelemaan tiettyjä alkuperämaan sisältyvät mallin covariates (S1 taulukko). Heterogeenisyys syrjäisimmät alueet arvioitiin käyttäen Cochranin Q testiä. Tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen SAS versiossa 9,3 (SAS Institute, Cary, NC, USA).

Voit hallita mahdollisia etninen heterogeenisyys tapausten ja kontrollien välillä, teimme pääkomponenttianalyysi käyttäen EIGENSTRAT paketti EIGENSOFT 5,0 ohjelmisto [20] käyttäen 12898 markkereita matalan kytkentäepätasapainossa [21]. Käytimme tuloksena 12 tilastollisesti merkitsevä eigen vektorit (kuten määritelty Tracy-Widom tilastot) herkkyysanalyysiin (taulukko A S1 File).

eQTL analyysejä.

yhdistyksen välillä rs10849605 ituradan genotyyppi ja

RAD52

kasvain ekspressiotasot (eQTL) testattiin 263 HNSC, 223 LUSC ja 125 LUAD käyttäen lineaarista mallia. Se on toistuvasti havaittu, että kasvaimia hankkia somaattisia muutoksia, jotka voivat myös vaikuttaa geenien ilmentyminen, erityisesti kopioluvun muutoksia ja DNA: n metylaatio [22-24]. Siksi testasimme eQTL vaikutus rs10849605 on

RAD52

kasvain ilmaisua käyttäen sekä säätää ja ei-säädettävä lineaarisia malleja kuten taulukossa B S1 File. Nämä tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen R tilasto-ohjelmalla (R säätiö Tilastollinen tietojenkäsittely, https://www.R-project.org).

Jotta kontrolloida vaikutuksia väestön heterogeenisyys, me päätellä väestö rakenne 263 HNSC, 223 LUSC ja 125 LUAD TCGA tapauksissa kanssa Structure [25] käyttäen Hapmap julkaisu # 23 ohjearvon väestöstä [26] ja rajoitti eQTL analyysien 215 HNSC, 192 LUSC ja 113 LUAD tapausten ennustetaan määritetään Euroopan syntyperä (CEU 0,8). Näillä me edelleen toteutettiin pääkomponenttianalyysi samanlainen GWAS yhteen. Tuloksena merkittävä eigen vektorit (kuten määritelty Tracy-Widom tilastot) käytettiin sisällä eQTL herkkyysanalyysi (taulukko C S1 File).

Kopioi numero analyysi-synergisillä.

Käytimme julkisesti saatavilla menetelmää, jota kutsutaan Genomic merkityksellisten tavoitteet Ravussa (synergisillä) [27,28], versio 2.0 löytää merkittävästi laajemmat tai poistaa alueita käyttämällä TCGA kopioluvun tietoja. Synergisillä algoritmi laskee p-arvot kullekin markkerin vertaamalla pisteet jokaisen lokuksen tausta pisteet jakautuminen syntyvät satunnainen permutaatio merkkiaineen paikoissa kussakin näytteessä. Sitten he korjaa p-arvot usean hypoteesin testauksen käyttäen Benjamini-Hochberg vääriä löytö määrä (FDR) menetelmällä. Näin ollen synergisillä tulokset edustavat merkittäviä tasoja, ja ne ilmaistaan ​​q-arvot (merkitsevä alle 0,25).

RNA-sekvensoinnilla normalisointi.

taso 3 RNA-sekvensoinnilla kasvaimen tietoja, joita olemme pääsee TCGA oli jo normalisoitu ke miljoonasosaa lukee (RPKM) -standardin, joka korjaa lajien pituus ja lukea syvyys [29], mutta ei monimuotoisuuden RNA väestöstä. Voit hallita tätä haimme TMM (Trimmatut keskiarvo M-arvot) normalisoituminen [30], että RPKM tiedot. Tämä mahdollisesti liittyy menetys tilastollisen tehokkuuden suhteen soveltamalla TMM raakatietojen, koska tarkkuus painoarvo TMM eivät enää toimi. Emme kuitenkaan saisi lisätä mitään harhaa ja tehokkuuden menetyksestä on pieni, jos luettu tiheys on lähellä yhtenäinen. Käytimme toteutuksista särmäysautomaatin paketti Bioconductor [31] ja Voom toiminta Bioconductor Limma paketti [32]. Normaali ilme tiedot ovat käytettävissä vain muutamia tapauksia, se ei ollut mahdollista suorittaa mitään ero ilmentymisanalyysiä.

Tulokset

ituradan geneettisen vaihtelun rs10849605 ja alttius UADT syöpiin

Me genotyyppi rs10849605 vuonna 5947 UADT syöpätapausta ja 7789 ohjaus yksilöitä 9 tutkimuksista. Taajuus alaikäisen alleelin rs10849605 vaihteli jonkin verran maittain, jolloin vaarana alleeli (C) ollessa yleisempää Euroopassa ja Latinalaisessa Amerikassa maissa verrattuna Aasiaan (51% ja 49% vs. 40%: lla).

havaittu okasolusyöpä keuhkojen, C alleeli liittyi vaatimaton kasvu UADT syöpäriskiä (Fig. 1, p = 6×10

-4), jossa kertoimet suhde (OR) ottaa yksi lisäriski alleeli oli 1,09 (95% CI: 1,04-1,15). Yhdistyksen vaikuttivat melko yhdenmukaisia ​​koko maantieteellisen alueen (Fig. 1), ja ei näyttänyt herkkä kryptisen väestörakennetta sisällä 1791 tapauksissa ja 2531 tarkastuksia, joissa genomin laaja tiedot olivat saatavilla päätellä geeniperimästä (taulukko A S1 File). Yhdistys oli myös yhdenmukaisia ​​UADT syövän alisivustot ja kulutusta. Kuitenkin oli huomattavampi jotka alkoholia verrattuna ei-juovat (p_het 0,03) (Fig. 1). Oli vähän todisteita siitä, tämä muunnos muutti kulutustottumuksia tupakan ja alkoholin (p = 0,53 ja p = 0,40, vastaavasti, pakkaus /vuosi ja etanoli /päivä otetaan jatkuvana muuttujana).

neliöt edustavat syrjäisimmille alueille, koko neliön edustaa käänteistä varianssi tukin syrjäisimpien alueiden, vaakaviivat edustavat 95% CI. Kiinteä pystyviiva ilmaisee OR = 1 ja pystysuora katkoviiva yleistä TAI alla log-lisäaine malli. p_het on p-arvo heterogeenisyys eri alaryhmien. I2 on% on havaittu vaihtelua alaryhmissä (negatiivinen I2 asetettiin 0).

Integrated

in-silico

hieno kartoitus 12p13.33 lokuksen

Me ensi sitoutui

in-silico

analyysi rs10849605 variantin ja

RAD52

/12p13.33 lokukseen pään ja kaulan ja keuhkojen syövät genomisesti ominaista Cancer Genome Atlas (TCGA) .

Expression polygeeninen ominaisuus (eQTL) on rs10849605 vuonna HNSC ja LUSC

rs10849605 sijaitsee lähellä otaksuttu promoottori 5 ’

RAD52

geeniä, siis me arveltu, että tämän tai korreloituneen välityspalvelimen variantti, saattavat vaikuttaa

RAD52

geeniekspressiota. Suoritimme ilmaus polygeeninen ominaisuus (eQTL) analyysi välillä rs10849605 ja

RAD52

ekspressiotasot HNSC (n = 263), käyttäen tietoja jossa molemmat RNAseq kasvainten ja genotyypityksen oli suoritettava TCGA samassa yksilöitä. rs10849605 oli merkitsevästi yhteydessä

RAD52

geeniekspressiotasot in HNSC (Fig. 2, n = 263, p = 9×10

-4), mikä viittaa siihen, että rs10849605 on

cis

-eQTL lokus

RAD52

. C-alleelin rs10849605, liittyy riski HNSC, korreloi lisääntynyt

RAD52

ekspressiotasoja (Fig. 2). Yhdistys ei ollut herkkä myöskään oikaisua somaattisten tapahtumia (kopiomäärä tai metylaatiostatuksen, jotka voivat vaikuttaa eQTL analyysi kasvaimissa [22]), HNSC alatyypin (kurkunpään /hypopharynx, suuontelon, nielun) tai väestörakenne (taulukot B ja C S1 File). Vastaava vaikutus havaittiin LUSC (Fig. 2, n = 223, p = 8×10

-4), mutta mitään selkeää eQTL yhdistys havaittiin keuhkon adenokarsinooma (LUAD, Fig. 2, n = 125, p = 0,75) . Vaikka tilastollisesti merkittäviä, eQTL varten rs10849605 muodosti vain pienen osan varianssi (noin 4%) in

RAD52

ilmaisun HNSC ja LUSC kasvaimet, havainto mukaisesti suhteellisen vaatimaton geneettinen riski havaittu tähän variantti.

Boxplots, joka osoittaa genotyyppi SNP:

RAD52

rs10849605 on

RAD52

kasvaimen ekspressiotasot HNSC, LUSC ja LUAD. Riski alleeli (C) lisää merkittävästi

RAD52

ekspressiotasot (p = 9×10

-4 ja 8×10

-4 vastaavasti) molemmilla levyepiteelikarsinooma syöpiä muttei keuhkoadenokarsinooma (p = 0,75). Sen sijaan ei ollut näyttöä yhdistyksen välillä rs10849605 ja ekspressiotasot muiden geenien 12p13.33 alueella (taulukko D S1 File).

Somaattiset solumuutokset RAD52 /12p13.33 Head ja Neck Okasolusyöpä (HNSC) ja LUSC

Within somaattisia mutaatioita saatu palautetuksi pariksi normaali-kasvain exome sekvensointi näytteitä 305 HNSC ja 243 LUSC,

RAD52

harvoin mutatoitunut somaattisesti (pistemutaatiot ja insertioita poistot), jossa on vain 2 HNSC (0,60% kasvainten) ja yksi LUSC (0,40% kasvainten) potilailla, kätkeminen somaattisen missense variantti, eikä somaattisten insertio tai deleetio havaittiin.

Sitä vastoin olemme analysoineet TCGA somaattiset kopioluvun vaihtelu (CNV) data 374 HNSC, 464 LUSC ja 476 LUAD kasvaimia ja totesi, että 12p13.33 lokus oli usein alue kopioluvun vahvistus HNSC (7,2% tapauksista) ja LUSC (11,2% tapauksista ). Kopioi numero voitto 12p13.33 havaittiin pienempi osuus LUAD kasvaimia (3,9% tapauksista) (Fig. 3). Oli merkitsevä ero somaattisen kopiomäärä vahvistuksen taajuusvälillä SCC ja LUAD (p = 3×10

-5). Lisäksi käytimme GISTIC2 tilasto-ohjelman määrittää suhteellinen merkitys 12p13.33 vahvistuksen verrattuna taustalla määrä kopioluvun muutoksia koko genomin [27,28] käyttämällä TCGA somaattisia kopiomäärä tiedot. 12p13.33 alue tunnistettiin GISTIC2 merkittävänä polttoväli vahvistus vuonna HNSC ja LUSC (q-arvo = 0,075 ja 0,007, tässä järjestyksessä), mutta ei LUAD (kuvassa A S1 File).

Yksilöt tilattiin by valvomatta ryhmittely perustuu

RAD52

ekspressiotasoja. Heatmap edustaa skaalattu RPKM normalisoidut arvot korkeammat ekspressiotasot edustettuna punainen ja alempi ekspressiotasot sinisellä. Yksilöt kuljettaa kopio vahvistuksenkertojan (log

2 (suhde) 0,5)

RAD52

on korostettu vihreällä (vaaleankeltainen muutoin).

RAD52

voitto harjoittajat näyttävät samat korkeat ekspressiokuviota ja klusterin yhdessä. Erityisesti LUAD yhdessä 3 vahvistuksen harjoittajien on korkein

RAD52

ekspressiotaso.

Läsnäolo somaattisten kopiomäärän voitto oli myös korreloi korkeamman

RAD52

ilme tasoilla sekä HNSC ja LUSC kasvaimet, (p = 6×10

-48 ja 3×10

-29, vastaavasti) (Fig. 3), jossa kopiomäärä tässä lokuksessa osuus suuri osa varianssia

RAD52

kasvain ekspressiotasot (57% vuonna HNSC ja 45% vuonna LUSC). Kuten odotettua, geeniekspressiotasot korreloivat kopioluku muiden geenien 12p13.33 (11 out of 26). Kuitenkin rs10849605 näytti vaikuttavan vain

RAD52

ekspressiotasot (taulukon D S1 File).

Keskustelu

Tutkimuksemme on tunnistanut rs10849605 liittyvän UADT syöpään (p = 6×10

-4). Vaikka vaatimaton luonne yhdistys rajoittanut kyky havaita välisten substrata heterogeenisuus, yhdistys oli suhteellisen yhdenmukaisia ​​koko monipuolinen etiologinen asetuksia Euroopassa, Japanissa, Latinalaisen Amerikan ja Saharan Manner Aasiassa (joissa tupakan pureskelu on tärkeä UADT syövän riskitekijä ). Toteamme, että erilaiset LD kuvioita tai arvoituksellinen väestörakenne jossa emme pystyneet hallitsemaan varten, saattavat vaikuttaa näihin tuloksiin. Siitä huolimatta meidän havainnot ovat yhdenmukaisia ​​sen havainnon kanssa, että rs10849605 (tai variantit korreloi sen) on myös liitetty keuhkosyöpä, ja erityisesti keuhko- okasolusyöpää. Kuten todettu keuhkosyöpä [12], alleelin C herkkyys variantin rs10849605 liittyi vaatimaton lisääntynyt riski UADT.

rs10849605 sijaitsee kromosomissa 12p13.33 lokus, joka sisältää

RAD52

geeni.

RAD52

solujen rooli on DNA kaksinkertainen lohkon murtuma korjaus homologisen rekombinaation kautta, vuorovaikutuksessa useita DNA: n korjaukseen liittyvä geenien toimintoa ja siksi uskottava ehdokas geeni selittää tämän järjestön [33]. Silti emme voi sulkea pois mahdollisuutta vaihtoehtoisen alttius geenin

RAD52

takia kytkentäepätasapaino-. Siksi käyttäneet

in-silico

integroiva analyysin avulla TCGA ilmaisua, genotyyppi ja somaattisen muutos tietojen sakottaa kartta Tämä alttius lokuksen. 12p13.33 oli alueella merkittävä somaattisten kopioluvun voitto HNSC ja LUSC, viittaa siihen, että somaattiset monistuminen 12p13.33 on tärkeä molekyyli tapahtuma osajoukko kasvaimia. Kuitenkin 3MBp monistettu alue oli useita geenejä lisäksi

RAD52

. Tärkeää on, rs10849605 oli eQTL vuonna HNSC ja LUSC varten

RAD52

vain, mikä viittaa siihen,

RAD52

todennäköisimpänä Hakijan geeni sekä geneettinen alttius ja kasvaimen kehittymisen tässä lokuksessa. Koska eQTL The rs10849605 UADT ja LUSC riskejä alleelin (alleeli C) korreloi lisääntynyt

RAD52

ekspressiotasoja. Tämä korkeampi

RAD52

ilme näkyy mukana sekä geneettinen alttius ja somaattisten tapahtumia UADT ja LUSC voi ilmoittaa, että RAD52 toiminta mahdollistaa kasvainsolujen on riittävästi genomin eheyttä välttää apoptoosin, piirre, joka voi olla erityisen tärkeää sisällä genotoksisten ympäristö luoma tupakansavun ja alkoholin kulutusta. Erityisesti sekä eQTL ja somaattisen voitot havaittiin HNSC ja LUSC, mutta ei LUAD, sopusoinnussa keuhkosyöpä geneettinen alttius [11,12], vahvistavat, että on tärkeää tässä lokuksessa SCC.

avainasemassa on

RAD52

on tarjota solujen tason irtisanomisten DNA korjaukseen [34].

RAD52

on siksi erityisen tärkeää soluissa puutteellinen BRCA1-palb2-BRCA2-reitin, joka tarjoaa vaihtoehtoisen mekanismin DNA korjaukseen [35,36]. Kohdennettu esto

RAD52

in

BRCA2

vajaiden solujen tuloksia genomin epästabiilisuuden ja solujen kasvun estäminen, mikä ehdotusta

RAD52

mahdollisena terapeuttisena kohteena synteettisiä kuolleisuutta lähestymistapoja [37]. Tuloksemme yhdistää

RAD52

korkeampi geeniekspression UADT ja LUSC, yhdessä meidän hiljattain havainto, että harvinaisen Typistävä

BRCA2

geneettinen variantti, rs11571833 (K3326X) liittyy 2,5-kertainen riski squamous solu keuhko- ja UADT [38,39], viittaa siihen, että tällaiset täsmähoitoihin lähestymistavat voivat olla syytä tutkia vuonna UADT ja LUSC kasvaimia.

tukeminen Information

S1 File. Menetelmät A.

Kuva A, Amplification huiput tunnistaa poikki genomiin GISTIC2 vuonna HNSC, LUSC ja LUAD. Synergisillä-tulokset näkyvät ylä- ja q-arvot pohjassa. Merkitys viiva on piirretty Q-arvo = 0,25 ja merkittävästi laajemmat lokus ovat selityksin oikealla puolella kullekin lohkolle. 12p13.33 monistettu alue on kehystetty ja merkitty nuolella. Taulukko A, Population kerrostuminen herkkyysanalyysi. Malli 1 on alkuperäinen yhdistys analyysi logistinen regressio, oikaistu sukupuolen ja tarkastelemaan tiettyjä alkuperämaa. Malli 2 edelleen säätää väestön kerrostuminen lukien 12 merkittävät eigen vektorit (kuten määritelty Tracy-Widom tilastot) kovariantteja on logistinen regressio. Taulukko B, eQTL analyyseistä säädetty ja ei-säädettävä lineaarisia malleja mitata vaikutusta rs10849605 genotyypin

RAD52

kasvain ekspressiotasoja. Malli mittaa vaikutus suojaavan alleelin T for rs10849605. Yksilöiden määrä huomioitu mallissa, beeta arvioita ja p-arvo annetaan kolmelle eri syöpätyyppien ja käyttäen seuraavia lineaarisia malleja: 1) Ei-oikaistu, miten genotyyppi vaikuttaa geenien ilmentymisen. 2) HNSC syöpä, alatyyppi (suuontelon, kurkunpään /hypopharynx tai suunielun) käytetään kovariaattina. 3)

RAD52

somaattinen kopioluku käytetään kovariaattina. 4) Koska olemme kiinnostuneita täällä vaikutuksen somaattisen determinantteja kasvua ilmaisun ja koska metylointi korreloi käänteisesti ilme (hypermetyloitunut sivustot vähentävät ilme, kun hypometyloidut sivustoja indusoi ilmentymisen lisääntyminen), valitsimme 8 24 CpG sivustoja for ollessa hypometyloidut (kuten määritelty negatiivinen M-arvo kaikissa yksilöitä kaikissa 3 eri syöpä sivustoja). Näistä 8, vain cg15612927 oli merkitsevästi yhteydessä ilmaus

RAD52

kaikissa 3 syövissä (p-arvo 0,05). Näin ollen kasvaimen metylaatio tasoilla cg15612927 käytettiin kovariaattina. 5) Ensimmäinen malli on säädetty kaikissa kolmessa somaattisten muutokset (alatyypit HNSC, somaattisten kopiomäärä ja metylaatiotasoilla). Taulukko C, eQTL herkkyysanalyysi. Lineaarinen malli mittaa vaikutus rs10849605 genotyypin RAD52 kasvaimen ekspressiotasoja. Ensimmäinen rivi esittää tulokset kaikista TCGA tapauksissa voimme käyttää. Toinen rivi rajoittaa analyysin TCGA tapauksissa ennustettu olevan eurooppalaista alkuperää. Viimeinen rivi näyttää tulokset saman lineaarisen mallin mutta oikaistu tilastollisesti merkitsevä eigen vektorit, jotka on määritelty Tracy-Widom (5 HNSC ja LUSC, 8 LUAD). Taulukko D, 12p13.33 kopiomäärä vs. ilmaisun ja eQTL analyysi HNSC ja LUSC. Association analyysi välillä kopiomäärä ja ekspressiotasot kunkin annetun geenin 12p13.33 alueella (vasemmalla puolella pöydän, ”NA”, jos ei uudissuonittumista tai lauseke tietoa saatavilla). Sillä merkitseviä vain, teimme eQTL analyysi tarkistaa, kuinka rs10849605 genotyyppi vaikuttaa jokaisen annetun geeniekspressiotasot (oikealla puolella taulukko). Merkittäviä tuloksia on korostettu vihreällä (Bonferroni korjaus useita testaus).

Doi: 10,1371 /journal.pone.0117639.s001

(DOCX) B S1 Taulukko. Tutki epidemiologinen vastuut ja geneettiset tiedot.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0117639.s002

(XLSX) B

Kiitokset

Tekijät Kiitokset kaikille osallistujille, jotka osallistuivat tässä tutkimuksessa sekä rahoittajien ja tukea ja teknistä henkilökuntaa, jotka tekivät tämän tutkimuksen mahdollista. Olemme myös tunnustaa ja kiittää Cancer Genome Atlas aloite, jonka tiedot vaikuttivat voimakkaasti tämän tutkimuksen.