Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Syöpä-kivesantigeenien (CTA: t) ovat potentiaalisia kohteita syövän immunoterapiaa. Monet Toimintakehotukset sijaitsevat X-kromosomissa ja ne epigeneettiseltä säädellään. Menetys X-kromosomin inaktivaation (XCI) havaitaan rinta- ja munasarjasyövän syöpien ja on ajateltu liittyvän yliekspressio Toimintakehotukset. Tutkimme suhde ilmaus Toimintakehotukset ja menetys XCI endometriumin syöpä.

Materiaalit ja menetelmät

Käytimme tuottamien tietojen Cancer Genome Atlas Genome Data Analysis Centers ja tiedot

Xist

hiirten saatavilla Gene Expression Omnibus.

tulokset

asema XCI arvioitiin metylaatiostatuksen, ja poisto tai voitto X-kromosomi. Kohdun syöpiä luokiteltiin kolmeen ryhmään: säilynyt inaktivoitu X-kromosomi (Xi) (n = 281), osittainen aktivoituminen Xi (n = 52), ja kaksi kopiota aktiivista X (n = 38). Menetys XCI oli yleisempää vakavasta adenokarsinooma. Expression of Toimintakehotukset kasvoi endometriumsyöpään menetys XCI, joka oli mukana globaalin hypometylaatio. Expression of Toimintakehotukset ei kasvanut

Xist

hiirten.

Johtopäätökset

Menetys XCI on yleinen vakavasta adenokarsinooma. Global hypometylaatio, eikä menetys XCI, on tärkein mekanismi yliekspression Toimintakehotukset.

Citation: Kang J, Lee HJ, Jun SY, Park ES, Maeng Ls (2015) Cancer-Kivesten antigeenin ilmentäminen seroosit kohdun limakalvon syöpä Loss of X-kromosomin inaktivaatiota. PLoS ONE 10 (9): e0137476. doi: 10,1371 /journal.pone.0137476

Editor: Riccardo Dolcetti, IRCCS National Cancer Institute, ITALIA

vastaanotettu: toukokuu 10, 2015; Hyväksytty: 17 elokuu 2015; Julkaistu: 11 syyskuu 2015

Copyright: © 2015 Kang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: Seuraavat tiedot ovat saatavilla osoitteessa Figshare: https://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.1518535.

rahoitus: kirjoittajat eivät tuki ja rahoitus raportoida.

Kilpailevat edut: tällä kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Syöpä on immunogeeninen. Syöpäsolut poikkeuksellisesti ilmentävät antigeenisiä proteiineja, jotka ovat yleensä ei ilmentyy normaaleissa soluissa. Nämä antigeeniset proteiinit aiheuttaa syöpää immuniteetin. Syöpä immunoterapiassa parantaa syövän koskemattomuus [1, 2]. Cancer-kivesantigeenien (CTA: t) ovat potentiaalisia kohteita syövän immunoterapiaa [3, 4]. CTA: t ovat antigeenisiä, koska ne eivät ilmenny normaaleissa soluissa, paitsi sukusoluissa kiveksissä [5-10]. Monet Toimintakehotukset sijaitsevat X-kromosomissa ja ne epigeneettiseltä säännellään [11]. Global hypometylaatio syöpäsolujen aiheuttaa poikkeavaa ilmentymistä Toimintakehotukset syöpäsoluissa [12, 13].

nainen on kaksi kappaletta X-kromosomia, kun taas miespuolinen on yksi. Kompensoimaan X-kromosomi annostus, yksi kaksi kappaletta X-kromosomia on satunnaisesti inaktivoidaan aikana prosessia kutsutaan X-kromosomin inaktivaatiota (XCI) naisten. XCI aloitetaan ja ylläpitää X-aktiivinen tietyn transkriptin (Xist), joka on 17 kilo- ei-koodaava RNA.

Xist

transkriptio kerrosta inaktiivisen X-kromosomia (Xi). Menetys XCI esiintyy munasarjojen ja rintasyöpiä [14-17]. Arvellaan, että tämä menetys lisää X-kromosomin annostus ja ilmaisun onkogeenien sijaitsee X-kromosomissa [18]. Aikaisemmassa tutkimuksessa osoitimme, että menetys XCI lisääntyneen ilmentymisen Toimintakehotukset sijaitsee X-kromosomissa (XCTAs), kuten X-antigeeni perheenjäsen 3 (

XAGE3

) ja melanooma-antigeeni perhe A4 (

MAGEA4

). Tämä tulos viittaa siihen, että ilmentyminen Toimintakehotukset säätelee paitsi maailmanlaajuinen hypometylaatio vaan myös menetys XCI [15].

menetys XCI esiintyy korkealaatuisesta munasarjojen serous adenokarsinooma ja pohjapinta-kuin rintasyövän [19] . Vakavien adenokarsinooma kohdun limakalvon on monia viittaavia tekijöitä ja genomin muutoksia munasarjojen ja pohjapinta-kuin rintasyöpiä. Kohdun limakalvon syöpä on luokiteltu endomet- adenokarsinooma ja serous adenokarsinooma [20]. Endomet- adenokarsinooma liittyy estrogeenin liikaa ja kohdun limakalvon polyyppi. Serous adenokarsinooma ilmenee vanhemmilla potilailla ja liittyy usein TP53 mutaatio ja korkea kromosomi kopioluvun vaihtelut (CNV) [19].

Tässä tutkimuksessa määritimme onko menetys XCI esiintyy kohdun limakalvon syöpä serous tyyppi ja onko tämä menetys johtaa lisääntyneeseen XCTA ilme.

Materiaalit ja menetelmät

Cancer Genome Atlas (TCGA) data

käytetty avoimen lähdekoodin tuottamat tiedot TCGA genomi data-analyysi keskuksia [19]. Tiedot metylaatio 450K oli ladattu TCGA Data Portal (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp). Tiedot CNV ja RNA ilmentyminen ladata Broad genomitiedon analysointikeskuksen Firehose verkkosivuilla (https://gdac.broadinstitute.org/). Tiedot RNA ilmaus

Xist

ja kliiniset tiedot kerättiin käyttämällä CGDS-R paketti, joka on paketti R istä Cancer Genomics datapalvelinta ja isännöi Computational Biology Center Memorial-Sloan- Kettering Cancer Center [21]. Beeta-arvot ovat DNA: n metylaatio tila arvioitiin käyttämällä Illumina Infinium Human Metylointi 450K taulukot. Beeta-arvon laskettiin arvio suhde intensiteettien välillä metyloituneiden ja metyloitumattomien alleelien. Segmentoitu kopiomäärä arvioitiin log2 kokonaispituuden suhde intensiteetti kasvain ja normaali kudos käyttämällä Affymetrix SNP6.0. Normalized RNA-Seq by odotus maksimoinnin (RSEM) käytettiin arvio mRNA ilmaisun [22]. Yksityiskohtaiset tiedot potilaille ja koe menetelmiä on kuvattu muualla [19].

Gene Expression Omnibus tietoa

Analysoimme geeniekspressioprofiili tiedot

Xist

poistettu verisoluja, mukaan lukien B-lymfosyyttejä, myeloidinen, erytroidisolut, ja hematopoieettiset kantasolut, hiirien käyttäen Cre /LoxP järjestelmässä. Aineisto ladata Gene Expression Omnibus verkkosivuilla (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/GDSbrowser?acc=GDS4755) [18]. Ilmaisu data muodostettiin Affymetrix hiiren Gene 1.0ST paneelit (Affimetrix). Yksityiskohtainen kokeellisia menetelmiä on kuvattu muualla [18].

Ethics selvitys

Tissue käyttämä TCGA kerättiin hyväksynnän saatuaan paikallisen hallintoviranomaisten tarkastuslautakunta (https://cancergenome.nih.gov/abouttcga /politiikka /tietoon perustuva suostumus). Kirjoittajat eläimen tutkimuksen kudosspesifisiä

Xist

poisto oli saanut hyväksynnän Institutional Animal Care ja Käytä lausunnon [18].

TCGA molekyyli- alatyypin

TCGA tutkimusverkosto luokiteltu endometriumsyöpään neljään TCGA molekyyli- alatyyppiä lukien

PYLVÄS

(ultramutated), MSI (hypermutated), copy-numero alhainen (endomet-) ja kopioi-numero korkea (serous kaltainen) [19].

POLE

alatyyppi oli endometriumsyöpään suurella Mutaatiofrekvenssi ja ottaa

POLE

eksonukleaasi mutaatioita. MSI alatyyppi oli endometriumsyöpään suurella Mutaatiofrekvenssi ja mikrosatelliittien epävakaus (MSI) korkea. Kopioluvun alhainen alatyyppi oli kohdun limakalvon syövän vähäinen CNV ja endomet- histologinen tyyppi. Kopioluvun korkea alatyyppi oli endometriumsyöpään on suurella CNV ja vakavien histologinen tyyppi.

klusterointi analyysi X-kromosomin metylaation

Valitsimme 5441 metylaatio array antureista, jotka kohdistuvat CpG-saarekkeiden X-kromosomissa . CpG saaret ovat suuria sivustoja metylaation aikana XCI. Beta-arvot valituista antureista analysoitiin käyttäen hierarkkinen klusterointi täysin taajamassa. Klusterijärjestelyssä tehtiin erikseen kunkin serous ja kohdun limakalvon histologinen tyyppi. Expression of

Xist

ja menetys p tai q käsivarteen X-kromosomi arvioitiin tilan arvioimiseksi X-kromosomin inaktivaation.

ilmentäminen Toimintakehotukset

Valitsimme 48 XCTAs ja kahdeksan Toimintakehotukset sijaitsevat somaattisten kromosomeissa analysointiin TCGA tietoja. Mean RNA ilmentyminen valitun Toimintakehotukset verrattiin mukaan TCGA molekyyli- alatyyppi, histologinen tyyppi, ja tila XCI käyttämällä

t

-testin tai varianssianalyysillä (ANOVA). Valitsimme 16 XCTAs (20 array koettimet) analysointia varten

Xist

hiirien. Mean RNA ilmentymistä verrattiin kynäpiirturilla analyysi. Tilastollinen analyysi ei suoritettu, koska pienet otoskoko. Nimet valittujen Toimintakehotukset listattiin (S1 Text).

metylointi somaattisten kromosomi varten arvioida globaalin hypometylaatio

Valitsimme 239905 metylaatio array antureista, jotka kohdistuvat CpG-saarekkeiden somaattiseen kromosomeja. Mean beta arvot valittujen koettimien verrattiin mukaan TCGA molekyyli- alatyyppi, histologinen tyyppi, ja tila XCI käyttämällä

t

-testi tai ANOVA testi.

Kliiniset tiedot ja selviytymisen

Potilaan ominaisuudet ja kasvainten ominaisuuksiin verrattiin mukaan tilan XCI. Merkittävyys arvioitiin käyttäen Fisherin testiä kategorisen muuttujien ja ANOVA testi jatkuvia muuttujia. Univariate eloonjääminen analyysi suoritettiin käyttäen log-rank-testi. Monimuuttuja eloonjääminen analyysi suoritettiin käyttäen Coxin regressiotestit säätää kliinisen vaiheen.

Tulokset

Klusterointi X-kromosomin metylaation

sisältyi kaksi histologisia tyyppejä (endomet- ja serous) in Tämä tutkimus. Olemme luokiteltu 276 endomet- ja 95 serous kohdun karsinoomat kuuteen klusterit mukaan X-kromosomi metylaatio (kuvio 1A). Asema XCI klustereiden luonnehdittiin

Xist

ilmaisun ja käsivarren tason X-kromosomi poistetaan. Tiedot

Xist

ilme ei ollut saatavilla 253 (68,2%) tapauksista. Klusterit A-C olivat endomet- adenokarsinomia ja Clusters D-F olivat vakavasta adenokarsinooma. Klusterit A ja D osoittivat hypermetylaatiota useimpien loci mukana X-kromosomissa (kuvio 1A) ja korkea

Xist

ilmaisu (kuvio 1 C ja 1 D). Nämä tulokset viittaavat siihen, että klusterit A ja D olivat molemmat aktiivisia (Xa) ja Xi. Klusterit B ja F osoittivat hypometylaatio korkeintaan loci X-kromosomissa (kuvio 1A) ja alhainen

Xist

ilmaisu (kuvio 1 C ja 1 D). Molemmat hypometylaatio koko X-kromosomi ja alhainen

Xist

ilmaus osoitti puuttuessa Xi. Koska Xi voi olla joko tulosta yhden Xa oheisten poistetaan koko Xi, tai seurauksena useita kopioita Xa ilman Xi vuoksi segregaatiota virhe. Koska poistetaan kokonaisuudessaan Xi ei lisännyt annosta X-kromosomi, päätimme onko puuttuminen Xi oli mukana poistamista koko Xi vai ei. Koko X-kromosomi poisto ei havaittu Clusters B tai F (kuvio 1 B). Nämä tulokset viittaavat siihen, klusterit B ja F oli kaksi kopiota Xa. Klusterit C ja E osoittivat korkeaa

Xist

ilmaisu (kuvio 1 C ja 1 D), kuten klusterit A ja D, mutta vain osittain hypometyloidut (kuvio 1A). Korkea

Xist

ilmaisu ehdotti läsnäoloa Xi. Osittainen hypometylaatio ehdotti, että Xi on Clusters C ja E osittain uudelleen. Valikoiva arm-tason hypometylaatio X-kromosomin havaittiin p varsi (kolme viimeistä tapausta Cluster D kuviossa 1A) ja q varsi (viimeiset viisi tapausta Cluster E ja kolmanneksi viimeinen kyse Cluster F kuviossa 1A). Nämä selektiiviset arm-tason hypometylaatio vastasi arm-tason deleetioita X-kromosomi (kuvio 1 B). Selektiivinen varsi tason hypometylaatio ehdotti, että deleetiot tapahtui Xi, mutta ei Xa. Kohdun syöpiä luokiteltiin kolmeen ryhmään: 1) ”säilötty Xi” asioissa klusterit A ja D, sekä tapauksissa, joissa q käsivarteen menetys Xi of Clusters E ja F; 2) ”osittainen aktivoituminen Xi” (Xa

+) ja klusterit C ja E; ja 3) ”kaksi kopiota Xa” (kaksi Xa) ja klusterit B ja F.

A) Klusterointi 371 endometriumin karsinoomia beta-arvo metylaation CpG-saarekkeiden X-kromosomissa. Klusterointi analyysit tehtiin erikseen serous ja endomet- adenokarsinooman. Sarake näyttää metylaatio array antureista järjestää X-kromosomi paikkaan. Rivi näkyy TCGA tapauksissa tilata klusteri ryhmä. Vasen puoli-pylväät osoittavat histologinen tyyppi, cluster, TCGA alatyyppi ja

Xist

ilme. Useimmat vakavien histologinen tyyppi ovat kopioluvun korkea (serous kaltainen) TCGA alatyyppi. Tapauksia endomet- histologinen tyyppi sekoitetaan neljä TCGA alatyyppejä. B) Värit edustavat segmentoituja kopioluvun vaihtelua X-kromosomi kohdun limakalvon syöpä. Rivi näkyy TCGA tapauksissa järjestetty vastaamaan metyloinnin klustereita. C, D) tiheys viivat osoittavat jakelu

Xist

ilmentymistaso kussakin klusterissa. Klusterit ovat ominaisia ​​eri värejä. Scale of X-akseli on log transformoidaan RSEM. A, B) Arrow päät osoittavat arm-tason poisto aktiivinen X-kromosomi.

ilmentäminen Toimintakehotukset ja menetys XCI

Näistä 371 tapauksessa 110 tapausta (29,6%) oli sulkea pois analyysin ekspression CTA: t, koska ei ole ilmaisun tietoja. Ilmaisu taso vaihteli Toimintakehotukset (kuvio 2A ja 3A). Useimmat Toimintakehotukset harvoin ilmaisivat ja poikkeava ilme rikastui Xa

+ ja kaksi Xa. Kuitenkin jotkut Toimintakehotukset olivat erittäin ilmaistaan ​​useimmiten ja yliekspressoitu Xa

+ ja kaksi Xa; nämä Toimintakehotukset olivat Maged geeniperheen,

melanooma-antigeeni Family H

, 1 (

MAGEH1

),

Akrosiinin sitova proteiini

(

ACRBP

) ja

CCCTC-sitova tekijä (Zinc Finger Protein) -mäisen

(

CTCFL)

.

) väri soluista edustavat RNA ekspressiotason (log muuttaneet RSEM). Sarakkeessa on syöpää kivesantigeenien sijaitsee X-kromosomissa. Rivi näkyy tapaukset tilata klusteri ryhmä. Vasen puoli-sarake kertoo ryhmän metylaation klusterointi. B-D) Rasiakuvaajat edustavat jakelu keskiarvo RNA ilmentymisen syöpää kivesantigeenien sijaitsee X-kromosomissa (log transformoitu RSEM). Ylä- ja alareunassa box ovat 75. ja 25. prosenttipisteet vastaavasti ja linja laatikossa on mediaani. Expression of cancer-kivesantigeenien verrataan mukainen asema X-kromosomin inaktivaatioon endomet- histologisia osajoukko (C) ja vakavien histologinen osajoukko (D). NS: ei merkittävää, *:

P

0,05, **:

P

0,01, ***

P

0,001

) väri soluista edustavat RNA ekspressiotason (log muuttaneet RSEM). Sarakkeessa on syöpää kivesantigeenien sijaitsee somaattisten kromosomi. Rivi näkyy tapaukset tilata klusteri ryhmä. Vasen puoli-sarake kertoo ryhmän metylaation klusterointi. B-D) Rasiakuvaajat edustavat jakelu keskiarvo RNA ilmentymisen syöpää kivesantigeenien sijaitsee somaattisten kromosomeja (log muuttaneet RSEM). Ylä- ja alareunassa box ovat 75. ja 25. prosenttipisteet vastaavasti ja linja laatikossa on mediaani. D) Expression of Cancer-kivesantigeenien sijaitsevat somaattisten kromosomi verrataan mukaan aseman X-kromosomin inaktivaatioon endomet- histologisia osajoukko (C) ja vakavien histologinen osajoukko (D). E-G) Rasiakuvaajat edustavat jakelu keskiarvo metylaation CpG-saarekkeiden somaattisissa kromosomeja (beeta-arvo). Ylä- ja alareunassa box ovat 75. ja 25. prosenttipisteet vastaavasti ja linja laatikossa on mediaani. G) keskimääräinen metylaatio CpG-saarekkeiden somaattisissa kromosomeja (beeta-arvo) verrataan mukaan aseman X-kromosomin inaktivaatioon endomet- histologisia osajoukko (C) ja vakavien histologinen osajoukko (D). NS: ei merkittävää, *:

P

0,05, **:

P

0,01, ***

P

0,001

XCTAs olivat korkeammin ilmaistuna kopioluvun korkea (serous kaltainen) TCGA molekyyli- alatyyppi ja serous histologinen tyyppi kuin muut TCGA molekyyli- alatyyppi ja endomet- histologinen tyyppi. Xa

+ ja kaksi Xa osoitti korkeampi ilmentyminen XCTAs kuin säilynyt Xi sekä endomet- ja vakavasta histologisia tyyppejä. Kuitenkin

P

arvo ei ollut merkittävää välillä Xa

+ ja säilynyt Xi vakavien histologinen tyyppi (kuva 2).

Expression of Toimintakehotukset sijaitsee somaattisten kromosomeissa oli samanlainen kuin XCTAs . Se oli korkeampi kopioluku korkea (serous kaltainen) TCGA molekyyli- alatyyppi ja serous histologinen tyyppi kuin muut TCGA molekyyli- alatyyppi ja endomet- histologinen tyyppi. Xa

+ ja kaksi Xa osoittivat korkeampia ilmentymistä Toimintakehotukset sijaitsee somaattisten kromosomeissa kuin säilynyt Xi sekä endomet- ja vakavasta histologisia tyyppejä.

P

arvo oli vain merkittävä välillä kaksi Xa ja säilynyt Xi endomet- histologinen tyyppi, mutta

P

arvo muiden joukossa eivät olleet merkittäviä (kuvio 3).

Global hypometylaatio

keskimääräinen beeta-arvo CpG-saarekkeiden somaattisten kromosomien oli pienempi kopioluvun korkea (serous kaltainen) TCGA molekyyli alatyyppi, vakavien histologinen tyyppi, Xa

+ ja kaksi Xa kuin muut TCGA molekyyli alatyyppi, endomet- histologinen tyyppi ja säilötty Xi (kuvio 3F-3I).

ilmentäminen Toimintakehotukset in

Xist

hiirten

Expression of XCTAs oli korkeampi Veren kantasolut kuin muissa verisolujen, mukaan lukien myelooinen, B-solujen, ja erytroidi–soluissa (kuvio 4A). Keskimääräinen ilmaus XCTAs ollut merkitsevästi erilainen eri

Xist

genotyyppejä, kuten heterotsygoottisia poisto, homotsygoottinen deleetio ja villin tyypin (kuvio 4B).

edustavat keskimääräistä RNA ilmaus 16 syöpää kivesantigeenien sijaitsee X-kromosomissa joukossa verisolutyyppien (A) ja

Xist

genotyyppien (B). Pylväät edustavat mediaanit (B).

Kliininen ja kasvainten ominaisuuksiin

Xa

+ ja kaksi Xa olivat tavallisempia serous histologinen tyyppi ja kopioi-numero korkea (serous kuten) TCGA molekyyli alatyyppi. Lisäksi Xa

+ ja kaksi Xa käytti enimmäkseen havaittu kopioluvun korkea (serous like) TCGA molekyyli- alatyyppi (taulukko 1). Xa

+ ja kaksi Xa potilasta olivat vanhempia ja vaihdevuosien tilassa kuin säilynyt Xi potilasta (taulukko 2). Ei ollut tilastollisesti merkitseviä eroja rodun, etnisen alkuperän, kliinisessä vaiheessa, tai jäljellä kasvain tila ryhmien kesken tilan mukaan Xi.

Prognostic merkitys

Poissa 371 potilasta, viisi (1,3%) ja 174 (46,9%) suljettiin pois yleisestä ja taudista vapaan eloonjäämisen analyysit vastaavasti puuttumisen vuoksi käytettävissä olevien tietojen. Kaksi Xa potilaista havaittiin huonompi yleistä ja taudista vapaan eloonjäämisen Yksiulotteisissa selviytyminen analyysi (kuvio 5A). Xa

+ potilasta osoitti huonompi kokonaiselinaika, mutta ei taudista vapaan elinajan (kuvio 5B). Kun tulokset vakioitiin kliinisessä vaiheessa ero ryhmien kesken tilan mukaan Xi ei ollut merkitsevä (taulukko 3). Riskisuhde haitallisia kliinisiä tuloksia menetyksen XCI oli noin 1,6, jossa on laaja luottamuksellisia sisäisiä (0,7-3,5). Saharan analyysi kullekin histologinen tyyppi, kaksi Xa näytti huonompi yleistä selviytymistä endomet- histologinen tyyppi ja huonommin taudista vapaan eloonjäämisen serous histologinen tyyppi; mutta

P

-arvo ei ollut merkitsevä (S1 Kuva). Kun tulokset vakioitiin kliiniseen vaiheeseen, kaksi Xa osoitti merkittävästi huonompi taudista vapaan eloonjäämisen vakavien histologinen tyyppi (S1 taulukko).

Overall (A) ja taudista vapaan eloonjäämisen (B) verrattiin tilan mukaan X kromosomin inaktivaatio. Merkittävyys arvioitiin yleisen log-rank-testi.

Keskustelu

Menetys XCI voidaan saada aikaan erottelun virhe, joka aiheuttaa tytär syöpäsolujen periä kaksi uniparentaalinen Xa ( kaksi Xa) yhden sijasta Xa ja yksi Xi [23]. Toinen mekanismi menetys XCI on demetylaation Xi (Xa

+), joka liittyy maailmanlaajuisen hypometylaatio. Olemme aiemmin raportoitu, että sekä erottelua virhe ja demetylaation Xi esiintyy korkealaatuista munasarjan serous adenokarsinooma [15]. Tässä tutkimuksessa yritimme selvittää menetys XCI esiintyy myös vakavasta adenokarsinooman kohdun limakalvon. Huomasimme, että menetys XCI lähes yksinomaan tapahtunut vakavasta adenokarsinooma kohdun limakalvon tai vakavien kaltainen TCGA molekyyli alatyyppiä. Kuten munasarjasyöpä, menetys XCI johtuu kummankin erottelun virhe ja demetylaation Xi on kohdun limakalvon syöpä. Yksinomainen esiintyminen menetys XCI vuonna vakavasta adenokarsinoomat kohdun limakalvon ja munasarjojen on hyvin korreloi korkea CNV näissä karsinoomia. Tämä viittaa siihen, että menetys XCI voi esiintyä muissa syövissä, joilla on korkea CNV, kuten kolorektaalisyöpä, ei-pienisoluinen keuhkosyöpä, sekä pään ja kaulan okasolusyöpä [24-27].

edellisessä tutkimuksessa, jotkut XCTAs, kuten

XAGE3

ja

MAGEA4

, oli yli-ilmentynyt munasarjasyöpä menetyksen kanssa XCI [15]. Haluamme tietää, onko Toimintakehotukset myös yliekspressoituvat endometriumsyöpään menetys XCI. Tässä tutkimuksessa ilmaisee yleisesti XCTAs kasvoi endometriumsyöpään menetys XCI, sekä kaksi Xa ja Xa

+. Lisäksi molemmat Xa

+ ja kaksi Xa osoitti maailmanlaajuista hypometylaatio ja yli-ilmentyminen Toimintakehotukset sijaitsevat somaattisen kromosomeja. Edellisessä tutkimuksessa kaksi Xa munasarjasyöpä oli maailmanlaajuisesti hypometyloidut, kuten että kohdun limakalvon syöpä [15]. Oli epävarmaa, että vaikutus ilmaus XCTAs menetyksen XCI on riippumaton maailmanlaajuinen hypometylaatio. Analysoimme ilmentyminen XCTAs in

Xist

hiirten onko menetys Xi kasvattaa ilmentymisen XCTAs riippumatta globaalin hypometylaatio. Expression of XCTAs ei kasvanut

Xist

hiirien. Olemme päätellä, että menetys XCI on paljon pienempi vaikutus ilmaus XCTAs kuin globaalin hypometylaatio. Yli-ilmentyminen XCTAs syöpä menetys XCI voidaan ensisijaisesti aiheuttamasta oheisten maailmanlaajuinen hypometylaatio. Kuitenkin vaikutus ilmaus XCTAs menetyksestä XCI ei voida yleistää muihin syöpäsairauksia. Lisäksi seurauksena

Xist

hiirten on rajoitus soveltaa ihmisen kiinteiden elinten syöpäsairauksia. Jatkotutkimuksia tarvitaan yleistää päätelmän.

Menetys XCI on onkogeenisten hiirillä, mikä viittaa siihen, että menetys XCI voisi olla rooli syövän etenemisen tai huono potilaan ennustetta. Riskisuhde haitallisia kliinisiä tuloksia menetyksen XCI oli noin 1,6 leveillä luottamuksellinen sisäinen (0,7-3,5), joka on samanlainen kuin munasarjasyövän [15]. Sairaus-elinaika tulos ei vastannut yleistä selviytymistä. Tämä ero saattaa johtua bias takia suuri osa puuttuvia tietoja. Suuntaus huonompi ennuste kahden Xa havaittiin Saharan analyysi endomet- ja vakavien histologisia osajoukot. Yhdessä tulokset viittaavat siihen, että menetys XCI liittyy hieman suurempi riski haitallisia kliinisiä tuloksia, mutta vähän näyttöä.

Johtopäätös

havainnot todistivat, että menetys XCI on yleistä vakavasta adenokarsinooma kohdun limakalvon ja serous kaltaiset adenokarsinooma, joka osoitti suurta CNV. Tämä tulos viittaa siihen, että menetys XCI esiintyy paitsi serooseista munasarjasyövän tai pohjapinta-kaltainen rintasyöpään mutta myös syövän on suurella CNV. Huomasimme, että maailmanlaajuinen hypometylaatio, eikä menetystä XCI, oli tärkein mekanismi yli-ilmentymisen XCTAs, ja että menetys XCI on hieman suurempi riski haittavaikutusten kliininen tulos, mutta vain vähän näyttöä.

tukeminen tiedot

S1 Text. Luettelo valittu syöpä-kivesantigeenien.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0137476.s001

(DOCX) B S1 Kuva. Sub-analyysi selviytymisen kunkin histologinen tyyppi.

Merkitys arvioitiin yleisen log-rank-testi.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0137476.s002

(TIF) B S1 Taulukko. Sub-analyysi monimuuttuja Coxin testausalusta kunkin histologinen tyyppi.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0137476.s003

(DOCX) B

Kiitokset

Käytimme tietoja, olivat tuottamat TCGA Research Network. Tekijät haluavat kiittää TCGA Research Network ja näytteen luovuttajien. Haluamme myös kiittää professori Jeannie T. Lee antaa meille mahdollisuuden käyttää tietoja hiirten.