Krooninen sairaus

tiivistelmä

Epidemiologiset tutkimukset osoittavat, että noin 20-30% kroonisten tupakoitsijoiden kehittää krooninen keuhkoahtaumatauti (COPD), kun taas 10-15% keuhkosyövän. COPD valmiiksi olemassa keuhkosyövän 50-90%: ssa tapauksista ja on periytyvyys 40-77%, paljon suurempi kuin keuhkosyöpä kanssa periytyvyys 15-25%. Nämä tiedot viittaavat siihen, että tupakoitsijat ovat alttiita COPD voi myös olla alttiita keuhkosyöpään. Tässä tutkimuksessa tarkastellaan yhdistyksen useita päällekkäisiä kromosomaalisia loci, äskettäin epäillyn GWA opintoja COPD, keuhkojen toimintaa ja keuhkosyöpää, jota (n = 1400) altistaa Saharan fenotyypitettiin läsnäolo COPD ja Hyväksytty tupakoinnin altistumista. Tätä lähestymistapaa käyttäen osoitamme; 15q25-lokuksen antaa alttiutta keuhkosyöpä ja COPD, The 4q31 ja 4q22 lokusten molemmat antavat pienempi riski sekä keuhkoahtaumataudin ja keuhkosyöpää sairastavien 6p21-lokuksen antaa alttiuden keuhkosyöpää tupakoivilla, joilla on ennestään COPD, The 5p15 ja 1q23 loci molemmat anneta alttius keuhkosyövän, joilla ei ollut ennestään COPD. Olemme myös osoittaa 5q33 locus aiemmin liittyy heikentynyt FEV

1, näyttää antavan alttius sekä keuhkoahtaumatauti ja keuhkosyöpää. 6p21 locus aiemmin liitetty pienentää FEV

1 liittyy COPD vain. Suuremmat tutkimuksia tarvitaan erottamaan, ovatko nämä COPD liittyviä vaikutuksia voivat heijastaa osittain yhdistysten ominaisia ​​eri keuhkosyövän histologian. Osoitamme, että kun ”riski genotyypit” johdettu yhden muuttujan analyysiin sisällytetään algoritmin kliinisen muuttujia, itsenäisesti liittyy keuhkosyövän Monimuuttuja-analyysissä, vaatimaton syrjintä on mahdollista vastaanotin operaattori käyräanalyysi (AUC = 0,70). Ehdotamme, että geneettinen alttius keuhkosyöpä sisältää geenejä alttius COPD ja että osa-fenotyyppaus kanssa spirometria on kriittinen tunnistaa geenien taustalla kehittäminen keuhkosyöpään.

Citation: Young RP, Hopkins RJ, Whittington CF, Hay BA, Epton MJ, Gamble GD (2011) Yksilöllinen ja kumulatiiviset vaikutukset GWAS alttiuslokukset in Lung Cancer: Yhdistykset jälkeen Sub-Fenotyypitys COPD. PLoS ONE 6 (2): e16476. doi: 10,1371 /journal.pone.0016476

Editor: Amanda Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 31 heinäkuu 2010; Hyväksytty: 30 joulukuu 2010; Julkaistu: 03 helmikuu 2011

Copyright: © 2011 Young et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Hanke oli yhdessä rahoittanut HRC avustuksen ja Synergenz BioScience Oy rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Dr. Robert Young on tieteellinen neuvonantaja Synergenz BioScience Ltd joka avusti rahoittaa tätä hanketta. Tämä ei muuta tekijöiden noudattaminen kaikki PLoS ONE politiikan tietojen jakamista ja materiaaleja.

Johdanto

Keuhkosyöpä ja keuhkoahtaumatauti (COPD) ovat molemmat keuhkosairaudet, jotka johtuvat yhdistetyt vaikutukset tupakoinnin altistumisen ja geneettinen alttius [1], [2]. Epidemiologiset tutkimukset osoittavat, että vaikka tupakansavu altistuksen osuus on lähes 90% tapauksista, vain 10-15% tupakoitsijoista keuhkosyövän ja 20% -30% kehittyy COPD [3] – [5]. Geneettiset tekijät voivat selittää nämä havainnot periytyvyys keuhkosyövän ja vähentää FEV

1 (uloshengityksen sekunnin joka määrittelee COPD) arvioidaan olevan 15-25% ja 40-77% vastaavasti [6], [7] . Läsnäolo COPD, sairaus, johon ilmavirtauksen toissijainen keuhkojen remodeling (keuhkolaajentuma ja pienten hengitysteiden fibroosi), annetaan 4-6 kertaisesti lisääntynyt riski sairastua keuhkosyöpään verrattuna tupakoitsijat (a) normaali keuhkojen toiminta [8] tai (b ) satunnaisesti rekrytoidaan yhteisön [9]. Tutkimukset osoittavat myös, että jakelu FEV

1 on bimodaalinen in runsaasti tupakoivat ja unimodaalinen valossa tupakoitsijoita, joka tukee geneettinen perusta COPD ja keuhkojen remodeling (FEV

1) vastauksena krooninen tupakointi altistus [ ,,,0],10] – [12]. Tärkeää on, välillä 50-90% niistä, joilla on keuhkosyöpä on aiempi COPD, verrattuna 15% satunnaisesti valitun lähiyhteisön tupakoinnin valvontaa [8], [13] – [15]. Tämä tarkoittaa keuhkosyöpä ei ole vain ”monimutkainen sairaus” geneettisestä näkökulmasta, mutta että se on myös sekoitettu fenotyyppi, joka sisältää COPD kuin osa-fenotyyppi. Kysymys, joka herää on ”Ovatko geneettisiä vaikutuksia taustalla COPD tärkeää myös alttiutta keuhkosyöpää?”

Viime genomin laajuinen yhdistys (GWA) tutkimukset keuhkosyöpä, COPD ja keuhkojen toiminta (FEV

1) ovat ilmoittaneet merkittävistä yhdistyksiä useissa kromosomi loci [16] – [23]. Mielenkiintoista on, että useita näistä loci (ja liitetty kandidaattigeenit) ovat yhteisiä molemmille COPD ja keuhkosyöpä, mikä viittaa siihen mahdollisuuteen, että jaettu patogeeniset reitit voivat taustalla herkkyys näiden tautien (taulukko 1). Edellä epidemiologiset ja geneettiset löydökset viittaavat siihen, että keuhkosyövän ja keuhkoahtaumataudin eivät ole erillisiä liittyvien sairauksien vain tupakointi altistumisen, mutta että monet tupakoitsijat, jotka ovat alttiita COPD voi olla alttiita keuhkosyöpään [8], [12], [24 ] – [28]. Tällaista ehdotettiin, tohtori Tom Petty 5 vuotta sitten [24] ja tarkasteli hiljattain Punturieri et al. [29]. Koska ilmeinen päällekkäisyys alttiuslokukset, se vaikuttaa uskottavalta, että jotkin geneettiset tekijät osallisena COPD voi olla merkitystä keuhkosyövän [24] – [29]. Tämä on analoginen toisiinsa liittyviä reittejä taustalla lihavuuden ja tyypin 2 diabetes, jossa FTO (Fat massa ja liikalihavuus liittyvä) geeni on todettu olevan yhteydessä sekä sairauksien [30]. Tässä yhteydessä BMI on fysiologinen biomarkkereiden käytetään määrittelemään osa-fenotyyppi lihavuuden yhtä FEV

1 määrittelee COPD. Kysymys, joka herää on ”Koska mahdollinen päällekkäisyys geneettinen alttius välillä keuhkoahtaumataudin ja keuhkosyövän, on olemassa vaihtoehtoinen tutkimuksen suunnittelusta nykyistä lähestymistapoja, jotka voisivat paremmin tunnistaa alttius geenien keuhkosyöpää?”

edellä havainnot viittaavat siihen, että vaihtoehtoista geneettinen malli nykyinen tapausverrokkitutkimukset voitaisiin käyttää tautien geeni löytö keuhkosyövän [31]. Tämä malli olisi erilainen kuin äskettäisessä GWA tapausverrokkitutkimukset [17] – [19], jossa geneettiset vaikutukset tutkitaan keuhkosyöpää ja tupakointi säätimet tuntematon, mutta todennäköisesti erilainen, COPD esiintyvyys [26], [ ,,,0],27], [32], [33]. Mitä tulee jälkimmäiseen, sitä mahdollisuutta, että yhteistyössä nykyisiä COPD keuhkosyöpää saattaisivat interaktiivinen tai sekoittavia vaikutus keuhkosyövän assosiaatiotutkimuksiin on nostettu [26], [34]. Ymmärtääksemme paremmin monimutkainen suhde keuhkoahtaumataudin ja keuhkosyövän, tupakoitsijat molemmissa tapauksissa ja valvontaa ihannetapauksessa sovitettava tupakoinnin altistumisen ja Saharan fenotyypitettiin COPD avulla spirometria. Keuhkojen toiminta testaus on tarpeen määritellä tämän fenotyypin kuten keuhkoahtaumatauti on salakavala puhkeaminen ja johtuen laajalti alikäyttöön Spirometriatutkimuksiin alidiagnosoitu 50-80% tapauksista [9], [33]. Sub-fenotyyppaus COPD sitten määrittää kolme tupakointi ikäluokat, joilla on normaali keuhkojen toiminta ( ”resistentti” valvonta), joilla on COPD ja joilla on keuhkosyöpä Saharan fenotyypitettiin yhteistyölle olemassa olevien COPD. Käyttämällä tällaista lähestymistapaa, kirjoittajat ovat osoittaneet, että kromosomissa 15q25-lokuksen, alun perin liittyy keuhkosyövän GWA tutkimuksissa [17] – [19], liittyy myös COPD [26]. Tämä havainto on sittemmin toistettu sekä GWA [20] ja kandidaattigeenifragmenttikloonien tutkimuksissa [35]. Käyttämällä tätä samaa lähestymistapaa, kirjoittajat ovat myös osoittaneet, että kromosomi 4q31 lokuksen, liittyy pienempi riski COPD [21] – [23], on myös itsenäisesti liittyy pienempi riski sairastua keuhkosyöpään [28].

keuhkosyöpä, keuhkojen toimintaa ja COPD GWA tutkimuksissa on tähän mennessä tunnistettu vähintään yhdeksän kromosomialueita ja yksitoista kandidaattigeenit (taulukko 1), jotka näyttävät liittyvän COPD, keuhkojen toiminta ja /tai keuhkosyöpä (1q23 [16], 4q22 [23], 4q24 [22], [23], 4q31 [17], [20] – [23], 5p15 [17], [18], 5q33 [22], [23], 6p21 [17] – [19], [22], [23] ja 15q25 [17] – [21]). Herää kysymys, ”Miten nämä loci vaikuttaa herkkyyteen keuhkosyöpä, kun osa-fenotyyppaus keuhkoahtaumatauti ja niitä voidaan yhdistää määrittelemään korkean riskin tupakoitsija?” Tämän kysymyksen mielessä, käytimme Saharan fenotyyppaus edellä kuvattua tutkia yksittäiset ja kumulatiiviset vaikutukset äskettäin tunnistettu GWA loci olevan yhteydessä sekä COPD (keuhkotoiminnan) [20] – [23] ja keuhkosyövän [1], [17] – [19] tutkimukset. Käyttäen algoritmia peräisin aiemmin julkaistu malli, joka sisältää ikä, suvussa keuhkosyöpään ja ennen diagnoosia keuhkoahtaumataudin [27], [32], yhdistimme sekä herkkiä ja suojaava genotyyppien tästä analyysi johtaa ja vahvistaa riskin pisteet alttiutta keuhkosyöpä.

Materiaalit ja menetelmät

Tutkittavat

Koehenkilöt tässä tutkimuksessa on kuvattu aiemmin [26]. Lyhyesti koehenkilöt olivat valkoihoisia syntyperä perustuen heidän isovanhempiensa syntyperää (kaikki neljä isovanhemmat valkoihoisia laskeutuminen). Keuhkosyöpä ja COPD tapausta rekrytoitiin tertiäärisen sairaalan klinikan vuosien 2000 ja 2007 Auckland taas terve tupakoinnin ehkäiseminen rekrytoitiin samassa yhteisössä jälkeen vapaaehtoistyötä seulontaan spirometria. Sisällyttämiskriteerit oli valkoihoisia syntyperää (katso edellä), iältään 40 vuotta tai enemmän ja viime tupakointi historia (katso alla), kun taas pysty asianmukaisesti täyttää spirometriaa jätettiin (arvioitu 5% vikaantumisaste kussakin ryhmässä). Kaikki osallistujat antoivat kirjallisen tietoon perustuvan suostumuksen, ja tehtiin verinäytteen ottoa DNA: n eristämiseksi, pre-keuhkoputkia spirometria ja tutkijan annettiin kyselylomake. Spirometria suoritettiin käyttäen kannettavaa spirometri (Easy-One ™; Ndd Medizintechnik AG, Zurich, Sveitsi). Keuhkojen toiminta sopeutui American Thoracic Society (ATS) standardit uusittavuus (https://www.thoracic.org/statements/), jolla on korkein arvo kolme parasta hyväksyttäviä puhaltaa käyttää luokitteluun COPD tila. COPD määriteltiin mukaan Global Initiative for Keuhkoahtaumatauti Lung Diseases (GOLD) vaihe 2 tai useamman kriteerin (FEV1 /FVC 70% ja FEV1% ennustettu ≤80%) käyttäen valmiiksi keuhkoputkia spirometrimittaustuloksia [www.goldcopd.com]. Modifioitu ATS hengitysteiden kyselyn (https://www.thoracic.org/statements/käytettiin joka keräsi demografiset tiedot kuten ikä, sukupuoli, sairaushistoria, suvussa keuhkosairaus, historia aktiivisen ja passiivisen tupakoinnin altistuminen, hengitystieoireita ja ammatillista aero-saastuttava vastuita.

keuhkosyöpä kohortti.

Oppiaineet keuhkosyöpä rekrytoitiin tertiäärisen sairaalan klinikalla [26], aged 40 vuotta ja diagnoosi vahvisti kautta histologiseen tai sytologinen yksilöitä 95%: ssa tapauksista. tupakoimattomat keuhkosyöpä suljettiin pois tutkimuksesta ja vain ensisijainen keuhkosyöpää seuraavien patologinen diagnoosi sisällytettiin: adenokarsinooma, okasolusyöpä, pienisoluinen syöpä ja ei-pienisoluinen syöpä (yleensä storcell tai bronchoalveolar alatyyppejä). keuhkojen toiminta mittaus (pre-keuhkoputkia) suoritettiin 3 kuukauden kuluessa keuhkosyöpään diagnoosin, ennen leikkausta ja ilman Pleuraeffuusiot tai keuhkojen romahtaa tavalliselle rinnassa röntgenkuvat [8]. Sillä keuhkosyöpää, joka oli jo tehty leikkaus, ennen leikkausta keuhkojen toimintaa suorittaa sairaalan keuhkotoiminnan laboratorio hankittiin potilastietoja.

COPD kohortti.

Oppiaineet COPD tunnistettiin sairaalassa asiantuntija klinikoilla, kuten aikaisemmin on kuvattu [26]. Aiheet värvätään tutkimukseen olivat iältään 40-80 vuotta, vähintään tupakointi historia 20 pack-v ja COPD varmistettiin hengityselinten asiantuntija perustuu ennalta keuhkoputkia spirometriaparametreille kriteerit (GOLD vaihe 2 tai enemmän).

ohjaus kohortti.

verrokeilla rekrytoitiin perustuvat seuraavat kriteerit: aged 40-80 vuotta ja vähintään tupakointi historia 20 pack-v. Verrokeilla oli vapaaehtoista, jotka rekrytoitiin samasta potilaasta valuma-alueella (asuinalue) kuin palvelevat keuhkosyövän ja keuhkoahtaumataudin sairaalan klinikoilla joko (a) yhteisö posti- mainos tai (b) opiskellessaan lähiyhteisön eläkkeellä sotilas /servicemen kerhot . Controls COPD, joka perustuu ennalta keuhkoputkia spirometria (GOLD vaihe 1 tai enemmän), joka muodosti 35% tupakoinnin vapaaehtoisia, jätettiin pois lisäanalyysiä.

Tutkimus hyväksynyt Multi Centre eettinen komitea ( uusi-Seelanti).

tutkimuksen suunnittelu

Tämä poikkileikkauksen tapauskontrollitutkimuksessa verrattiin tupakoitsijat saman etnisen vertailukelpoisia demografiset muuttujat (erityisesti iän, sukupuolen ja tupakointi historia). Hallintalaitteet nykyisessä tutkimuksessa olivat huolellisesti valittu paras muodostavat enemmistön tupakoitsijoille, jotka ovat säilyttäneet normaalia tai lähes normaalia keuhkojen toiminta huolimatta vuosikymmenien tupakointi ( ”resistentti polttaja”), kuten monet tutkimukset [4], [5], [ ,,,0],10] – [12]. Näin ollen kestävä tupakoitsija ryhmä parhaiten kuvastaa niitä tupakoitsijat vähiten todennäköisesti kehittää keuhkosyöpä tai COPD minimoiden fenotyyppi Luokitteluvirheillä ja parantaa voima havaita eroja poikkeavien ja normaalien tupakoitsijoita [36]. Me arveltu, että SNP yhdistykset voivat tunnistaa suojaavia tai alttius vaikutuksia yhteen tai yhdistelmä COPD vain (G1), COPD ja keuhkosyöpä (G2), keuhkosyöpä vain (G3) tai kumpikaan tauti (G0) (katso kuva 1).

Genotyypin

genominen DNA uutettiin kokoverinäytteistä käyttäen standardeja suola-menetelmiä ja puhdistettua genomista DNA: ta jaettiin (10 ng · ui

-1 pitoisuus) otetaan 96- hyvin tai 384-kuoppalevyillä. Näytteitä genotyypattiin käyttämällä joko Sequenom ™ -järjestelmä (Sequenom ™ AUTOFLEX Mass Spectrometer ja Samsung 24 pin nanodispenser) Australian Genome Research Facility (www.agrf.com.au) tai yliopistomme lab käyttämällä TaqMan® SNP genotyypityksen määritykset (Applied Biosystems , USA) käyttämällä pieneen uraan-sideaine antureista. Sequenom ™ sekvenssit suunniteltiin talon AGRF kanssa vahvistus ja erotusmenetelmiä (iPLEX ™, www.sequenom.com) kuten aiemmin on kuvattu [26], [27], [32]. TaqMan® SNP genotyypin määritysten ajettiin 384-kuoppalevyillä mukaisesti valmistajan ohjeiden mukaisesti. PCR-syklien suoritettiin molemmille GeneAmp® PCR System 9700 ja 7900HT Fast Real-Time PCR System (Applied Biosystems, USA) laitteita. SNP alukkeet suunniteltiin Applied Biosystems. Reaaliaikainen vahvistusta kuvaajia valittujen levyjä käytettiin tarkistaa päätepiste alleelinen syrjintää vahvistaa luotettavuutta Taqman perustuvan genotyypityksen.

Tässä tutkimuksessa selvitettiin genotyyppi taajuudet 11 SNP. Rs16969968 SNP, jotka sijaitsevat asetyylikoliinin nikotiinireseptorin (nAChR) geenin 15q25, The rs1052486 SNP, jotka sijaitsevat HLA-B liittyy transkripti (BAT3) geenin 6p21, ja rs402710 SNP, jotka sijaitsevat sisplatiini-vastus säädellään geenin 9 (CRR9) geenin 5p15, genotyypattiin käyttäen Sequenom ™ -järjestelmän, kun taas loput kahdeksan SNP, The rs7671167 SNP, jotka sijaitsevat Perhe sekvenssin samankaltaisuus 13A (FAM13A) geenin 4q22, The rs1489759 SNP, joka sijaitsee lähellä siili-vuorovaikutuksessa proteiini (HHIP) geenin 4q31, The rs2202507 SNP, joka sijaitsee lähellä glykoforiini A (GYPA) geenin 4q31, The rs2808630 SNP, joka sijaitsee lähellä C-reaktiivisen proteiinin (CRP) geenin 1q21, The rs10516526 SNP, jotka sijaitsevat glutationi S-transferaasi C-terminaalista domeenia (GSTCD) geenin 4q42, The rs1422795 SNP, sijaitsee A disintegriini- ja Metalloproteinase 19 (ADAM19) geenin 5q33, The rs2070600 SNP, sijaitsee reseptorin glykaation lopputuotteiden (AGER) geenin 6p21, ja rs11155242 SNP, jotka sijaitsevat G-proteiinin reseptorin 126 (GPR126) geenin 6q24, genotyypattiin jonka Taqman® SNP genotyypitys määrityksiä. Epäonnistui näytteet toistettiin kunnes puhelun hinnat on ≥95% jokaista SNP kussakin kohortissa saavutettiin. Genotyyppi taajuudet kullekin SNP verrattiin välillä 3 ensisijaisen ryhmän (kontrolli tupakoitsijoita, COPD ja keuhkosyöpä kohortteja) ja osa-fenotyypin keuhkosyöpä kohortin mukaan läsnä tai poissa COPD perustuu GOLD 2 kriteeriä.

algoritmi ja alttius pisteet

kumulatiivinen vaikutus näiden SNP genotyyppiä tunnistettiin alttiita (Ristitulosuhde, OR 1) tai suojaavaa (OR 1), joka perustuu merkittäviä vääristymiä taajuus (P 0,05) välissä tapauksissa tai osa-fenotyyppien ja ohjaus tupakoitsijoita, tutkittiin käyttämällä aiemmin julkaistu algoritmi [27], [32]. Vain keuhkosyöpä ja ohjaus tupakoitsija kohortteja käytettiin tässä analyysissä. Tämän algoritmin, kunkin aihe, numeerinen arvo -1 annettiin kullekin suojaavan genotyyppien esillä joukossa suojaava SNP: ja +1 kunkin alttiita genotyyppien läsnä. Jos yksilöllinen ei ollut joko suojaava tai alttius genotyyppi että SNP, pisteet on 0 (eli ei vaikuttanut geneettisen pisteet). Tämä lähestymistapa on Äskettäin julkaistussa tutkimuksessa eturauhasen syöpä [37]. Kuten aiemmin on kuvattu [27], [32], painottamalla spesifisten alttiiden tai suojaavia genotyyppejä mukaan yksittäisten kertoimet suhteet (syrjäisimpien alueiden välillä yhden muuttujan regressio) ei merkittävästi parantaa syrjivä suorituskykyä kumulatiivinen SNP pisteet (julkaisematon data).

algoritmeihin lähestymistapa tässä mukana johtamalla yleistä ”herkkyys pisteet” jokaiselle koehenkilölle (ohjaus- ja keuhkosyöpä kohortteja) yhdistämällä geneettiset tiedot (kumulatiivinen SNP tulokset) ja kliininen muuttujat, tunnistettiin monimuuttuja-analyysissä kuin aikaisemmin on kuvattu [27], [32]. Kliiniset muuttujat (ja pisteet) olivat ikä 60-vuotiailla (+4), suvussa keuhkosyöpään (+3) ja ennen diagnoosia COPD (+4) [32]. Käyttämällä monimuuttuja logistista ja vaiheittain regressioanalyysi, 9-SNP paneeli tutkittiin yhdessä ennalta määrätty kliininen muuttujia edellä. Kuten tupakointi altistus (pack-v) oli rekrytointi kriteeri tässä tutkimuksessa, ja vertailukelpoiset tapausten ja kontrollien välillä, sitä ei sisällytetty pisteytysjärjestelmään kuvata tässä. Keuhkosyöpä alttius pisteet (torjunta- ja keuhkosyöpä kohortteja) piirrettiin kanssa (

) taajuuden keuhkosyöpään ja (

b

) kelluva absoluuttinen riski (FAR, vastaa OR) poikki yhdistetty tupakoitsija /ex-tupakoitsija kohortti [38], [39]. FAR lähestymistapaa noudatettiin koska se käyttää ”kellui” varianssi kaikissa polychotomous riskiluokkien valitsemisen sijaan on vertaisverkko tasolla ja mahdollistaa luottamusvälit esitettävä kaikkien riskiluokkien.

Analysis

Patient ominaisuudet tapauksissa ja valvonta verrattiin ANOVA jatkuvien muuttujien ja Chi-squared testi erillisen muuttujan (Mantel-Haenszel, kerroinsuhde (OR)). Genotyyppi ja alleelifrekvenssit tarkastettiin kunkin SNP Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE). Väestön sekoittumisen poikki ikäryhmien tehtiin käyttämällä rakenteen analyysi Genotyyppaustulokset 40 etuyhteydettömältä SNP [40]. Vääristymiä genotyyppi ja alleelin esiintyvyys oli vertaamalla keuhkosyöpä (sub-fenotyypitettiin COPD) ja /tai COPD tapauksia ”resistentti” tupakointi ohjauksista kaksi-kahdella virhematriiseja. Sekä lisäaine (alleelinen) ja genotyyppi geneettistä mallia testattiin vaikka jälkimmäinen on edullinen [41]. Korjaus monimuuttujille ei tehty, koska SNP valittiin ”a priori” alkaen GWA tutkimuksista. Yksittäiset SNP eivät sisältyneet yhdistettyyn riskimalliin perusteella tilastollisen merkityksen kuvassa vaan ne on sisällytetty, koska ne tunnistetaan GWA tutkimuksista erittäin merkitsevästi yhteydessä keuhkosyöpään. Tältä osin tässä tutkimuksessa riittävästi virtaa, jotta pieni taso syrjintää tapausten ja kontrollien välillä on osoitettu tuloksena yleistä mallia kuin yksittäiset SNP. Jossa ainakin 450 tapausta ja 450 valvontaa Tässä tutkimuksessa saavutetaan 80% todennäköisyys havaita ala ROC-käyrän 0,55 käyttäen kaksipuolista z-testit 5%: n merkitsevyystaso, eli voimme päätellä, että ROC käyrä SNP malli tarjoaa paremmat kuin mahdollisuudet yhdistys kun ala saa käyttöominaisuuksiltaan käyrä on vähintään 0,55 (Hintze, J (2006) PASS 2002 WWW.NCSS.COM) B

genotyyppi data (9-SNP paneeli) ja kliiniset muuttujat yhdistettiin asteittainen logistinen regressio arvioida niiden suhteellinen vaikutuksia erotteleva matalan ja korkean riskin (pisteeltä arvio ja vastaanotin toimivat (ROC) käyrä), jonka pisteet viidenneksittäin. Frekvenssijakauma keuhkosyöpä herkkyys pisteet verrattiin poikki tapauksissa ja valvontaa. Sen kliininen hyöty arvioitiin käyttäen ROC-analyysi, jossa arvioidaan, kuinka hyvin malli ennustaa riski koko pisteet (eli kliininen suorituskyky pisteet suhteen herkkyys ja spesifisyys).

Tulokset

Väestörakenteen muuttujien

Ominaisuudet keuhkosyöpää, COPD tapauksissa ja terveillä verrokeilla tupakoitsijoita on koottu taulukkoon 2. demografiset muuttujat ja histologisia alatyyppejä ja keuhkosyöpää ovat verrattavissa aikaisemmin julkaistuihin tietoihin [42]. Pysähdyspaikan diagnoosin oli myös verrattavissa tämän julkaistu sarjassa (tuloksia ei ole esitetty), mikä viittaa siihen, keuhkosyöpä kohortti on tyypillinen. COPD tapauksissa olla suurempi pakkaus vuotta altistuksen kuin keuhkosyöpää ja terveisiin tupakoitsijoiden (P 0,05). Tämä kuvastaa harha korkea tupakoinnin historia COPD kohortin että kun log transformaatio Pack-vuotta osoittivat kaikki ryhmät olivat vertailukelpoisia (tuloksia ei ole esitetty). Kaikki ryhmät ovat verrattavissa suhteen iän aloittaneet tupakoinnin, vuosia savustettu, vuotta lopetus ja savuketta /päivä (taulukko 2). Kaiken kaikkiaan uskomme kolme ryhmää ovat hyvin yhteen tupakoinnin altistumista. Toteamme alemmalla taajuudella virran tupakoitsijoista keuhkosyövän ja keuhkoahtaumataudin kohortteja verrattuna terveisiin tupakoitsijoiden (35% vs. 40% vs. 48% vastaavasti), joka voi heijastaa vaikutusta niiden tupakointiin liittyviin diagnoosi. Nykyinen tupakoinnista ei ollut vaikutusta keuhkojen toiminnon keuhkosyöpää ryhmä. Keuhkosyöpä tapauksissa COPD tapauksissa ja tupakointi tarkastukset olivat myös vertailukelpoisia suhteessa muihin aero-epäpuhtauden vastuut (taulukko 2). Ne, joilla on keuhkosyöpä oli korkeampi esiintyvyys myönteiselle suvussa keuhkosyöpään verrattuna COPD tapauksissa ja terve tupakoitsijoiden (19% vs. 11% vs. 9%). Kuten odotettua, keuhkojen toiminta oli huonompi keuhkosyövän ja keuhkoahtaumataudin ikäryhmien verrattuna terveen tupakoitsija valvontaa. Testaus keuhkojen toiminta on keuhkosyöpää (kuten edellä kuvattiin) mahdollisti kerrostumista tulosten testata vuorovaikutteisen tai häiriövaikutukset COPD.

genotyypin

-genotyypitystulosten varten 12 SNP on esitetty taulukossa 3. alleeli ja genotyyppi taajuudet olivat samaa luokkaa kuin kirjallisuudessa ja kansainvälisen Hapmap Project (www.hapmap.org). Havaittu genotyyppien kahden Chr 4q31 SNP (HHIP ja GYPA) tässä tutkimuksessa olivat 65% yhdenmukaisia, mukaisesti raportoitu aste LD näiden SNP. Konkordanssi Muiden SNP ”lähellä” läheisyys (BAT3 ja AGER on 6p21) osoitti erittäin huono vastaavuutta odotetusti. Kuten kaikki SNP oli Hardy-Weinberg tasapainoa ja vahvistusta tontteja käytettiin varmistamaan oikea genotyyppi vaatii merkittäviä genotyypitys virhe on epätodennäköistä. Emme löytäneet mitään todisteita siitä väestön kerrostuminen välillä ikäluokat käyttävät 40 linkitys SNP ulkopuoliselta geeneistä (keskiarvo χ

2 = 3,3, P = 0,58) [40]. Perustuen vääristymiä genotyypin taajuuden välillä 3 ryhmää, riski genotyypit määrätty yleisesti Suojan tai alttius COPD ja /tai keuhkosyöpä kuvion 1 mukaisen

genotyyppi yhdistysten mukaan Saharan fenotyyppaus varten COPD (taulukko 3) B

alla olevat tulokset kuvaavat yksittäisten SNP assosiaatiot kestävä tupakoitsijoita ja ne, joilla COPD tai keuhkosyöpä (yhteensä ja jaettu rinnakkaisiin COPD). Emme löytäneet vaikutuksia sukupuoli, pituus tai tupakointi (nykyinen vs entinen) millä tahansa näistä järjestöistä. Välinen suhde SNP varianttien ja keuhkojen toiminta oli vain löytynyt rs 16969968 on keuhkosyöpää kuin aiemmin julkaistu (26), mutta ei muiden SNP variantteja (julkaisematon data). Numerot pidettiin liian pieni katsomaan keuhkosyöpä osa-ryhmitelty histologia. Genotyyppi tulokset alapuolella on esitetty yhteenvetona taulukossa 3.

Rs16969968, 15q25 (CHRNA 3/5).

Kuten aikaisemmin ilmoitettiin [26], verrattuna kontrolleihin AA-genotyyppi useammin löytyi keuhkosyöpää (N = 454, 16% vs. 9%, OR = 1,76, P = 0,005) COPD tapauksissa (N = 458, 14% vs. 9%, OR = 1,47, P = 0,06) ja kaikille COPD tapauksista (GOLD 2 +) tai ilman keuhkosyöpä (N = 706, 16% vs. 9%, OR = 1,76, P = 0,002). Vielä tärkeämpää on, kun keuhkosyöpä tapauksista oli Saharan fenotyypitettiin noihin kanssa ja ilman COPD (GOLD 2+ kriteerit, n = 429), taajuus AA genotyyppi oli aivan erilainen: 19% (vs. 9% kontrolleissa, OR = 2,26, P = 0,002) ja 11% (vs. 9% kontrolleissa, OR = 1,15, P = 0,64) (taulukko 3). Tietojen perusteella tähän mennessä AA genotyyppi CHRNA 3/5 SNP todennäköisimmin antaa alttiuden sekä keuhkosyövän ja keuhkoahtaumataudin (G2 kuvassa 1 ja taulukko 4).

Rs7671167, 4q22 ( FAM13A).

yhdenmukainen aiempien tutkimusten CC genotyyppi havaittiin useammin verrokeilla verrattuna COPD (N = 458, 30% vs. 23%, OR = 0,71, P = 0,024) ( 63), keuhkosyöpä (N = 454, OR = 0,64, P = 0,003) (taulukko 3) keuhkosyöpä COPD tapauksessa kuulu (N = 207, OR = 0,58, P = 0,006) ja keuhkosyöpä COPD (N = 215 TAI = 0,66, P = 0,03). Ei havaittu yhteyttä kanssa keuhkojen toiminta joukossa keuhkosyöpää. CC genotyyppi FAM13A SNP näyttää antavan suojan sekä keuhkoahtaumatauti ja keuhkosyöpä (G0 kuvassa 1 ja taulukko 4).

Rs1052486, 6p21 (BAT3).

GG-genotyyppi 23% kontrolleissa ryhmässä verrattuna 26% keuhkosyöpä ryhmä (N = 454, OR = 1,19, P = 0,25) ja 21% COPD ryhmässä (N = 458, OR = 0,88, P = 0,44) (taulukko 4). Verrokkeihin verrattuna, GG-genotyyppi oli merkitsevästi suurempi niillä, joilla on keuhkosyöpä ja COPD (N = 215) (23% vs. 31%, OR = 1,50, P = 0,03), mutta ei ole eri keuhkosyöpä vain alaryhmä (N = 207 ) (23% vs 21%, OR = 0,89, P = 0,57). GG-genotyyppi oli merkittävästi suurempi keuhkosyövän COPD ryhmässä kuin keuhkosyöpä ainoa ryhmä (31% vs. 21%, OR = 1,68, P = 0,02). GG genotyypin BAT3 SNP näyttää antavan alttiutta keuhkosyövän joilla COPD (G2 taulukossa 4).

Rs402710, 5p15 (CRR9 /TERT).

Olemme löytäneet mitään eroa että GG genotyypin taajuus valvonta ja COPD tapauksissa (44% vs. 44%, OR = 0,97, P = 0,83) tai keuhkosyöpää (44% vs. 47%, OR = 1,10, P = 0,45) (taulukko 4). Verrokkeihin verrattuna, GG-genotyyppi oli huomattavasti korkeampi keuhkosyöpää vain (N = 207, 44% vs. 53%, OR = 1,40, P = 0,05) mutta ei keuhkosyöpää COPD (44% vs. 42%, OR = 0,90, P = 0,54) (taulukko 4). GG-genotyyppi on merkittävästi suurempi keuhkosyövän vain potilaita verrattuna keuhkosyöpä COPD ryhmässä (53% vs. 42%, OR = 1,54, P = 0,03). GG-genotyypin ja CRR9 (TERT) SNP näyttää antaa alttiuden keuhkosyöpä vain (G3 kuviossa 1 ja taulukossa 4).

Rs1489759 ja rs2202507, 4q31 (HHIP ja GYPA vastaavasti).

GG-genotyyppi on HHIP (rs 1489759) SNP havaittiin olevan yleisempiä kontrolliryhmässä verrattuna COPD (17% vs 11%, OR = 0,59, P = 0,006) ja keuhkosyöpää (17% vs. 13% TAI = 0,70, P = 0,05) ryhmiä (taulukko 4). Samoin vastaava (vähäinen) CC genotyyppi GYPA (rs 2202507) SNP oli yleisempää resistenttien tupakoitsijoiden ryhmässä verrattuna niihin, joilla COPD (27% vs. 19%, OR = 0,65, P = 0,06) ja keuhkosyöpä (27 % vs 21%, OR = 0,70, P = 0,02) ryhmiä (taulukko 4). Kun keuhkosyöpää stratifioitiin saatavilla spirometriaparametreille tieto (n = 419 ja n = 416 HHIP ja GYPA genotyypityksen, vastaavasti), noihin ja ilman COPD (GOLD 2+ kriteerit), jakelu alaikäisen alleelin homozygoottisia molemmille SNP ei muutu merkittävästi. Vaikutus koot homozygoottisia vähäinen alleeli nämä osa-analyysien pysyvät samoina, vaikka p-arvot heikentyy pienempiin otoskoot. Kun ryhmittely kaikilla potilailla, joilla COPD (yhdistetään COPD ja keuhkosyöpä COPD ryhmien, N = 670), suojaava vaikutus oli lähes identtinen käyttämästä COPD kohortti yksin (OR = 0,60, P = 0,003 ja OR 0,66, P = 0,004 että HHIP ja GYPA, vastaavasti). Vähäinen alleeli homotsygoottisia HHIP ja GYPA SNP (GG ja CC, vastaavasti) näyttävät antavan suojaa sekä keuhkosyövän ja keuhkoahtaumataudin (G0 kuvassa 1 ja taulukko 4).

Rs1422795, 5q33, (ADAM19).

verrattuna kontrolleihin, taajuus CC-genotyyppi marginaalisesti keuhkosyöpää (9% vs 13%, OR = 1,44, P = 0,08) ja COPD tapauksissa (9% vs 13%, OR 1,47, P = 0,07) ryhmiä (taulukko 3). Kun keuhkosyöpää jaettiin mukaan COPD vaikutuksen koko pysyi samana, vaikka p-arvot heikentyy pienempi määrä (keuhkosyöpä COPD 13%, OR = 1,51, P = 0,10 ja keuhkosyöpään ilman COPD 13%, OR = 1,40, P = 0,20). Kun CC genotyyppi valvontatoimien tiheys on verrattuna COPD ja keuhkosyöpä COPD (9% vs. 13%, OR = 1,45, P = 0,05) suurempi kohortti tunnistaa merkittävä kasvu CC genotyyppi niissä kanssa COPD fenotyyppi. CC genotyyppi on todennäköisesti liittyä vaatimaton alttiuteen sekä keuhkoahtaumataudin ja keuhkosyövän (G2 kuvassa 1 ja taulukko 4).

Rs2070600, 6q21 (AGER).

Verrattuna kontrolleihin, TT /TC genotyypin esiintymistiheys oli merkittävästi vähentynyt COPD potilailla (10% vs. 15%, OR = 0,60, P = 0,01), mutta ei keuhkosyöpä (13% vs. 15% kontrolleissa, OR = 0,87, P = 0,87). Sub-ryhmittymä keuhkosyöpää mukaan COPD fenotyyppiin ei yksilöity muita yhdistyksiä. TT /TC genotyypit AGER SNP näytti antaa suojaava vaikutus COPD (G1 kuvassa 1 ja taulukko 4).

Rs2808630, 1q23 (CRP).

ompared kontrolleihin, CC-genotyyppi oli hieman harvemmin keuhkosyöpään (11% 8%, OR = 0,68, P = 0,09) ja COPD ryhmät (11% vs 8%, OR = 0,69, P = 0,10), mutta huomattavasti pienemmät keuhkosyövän