Krooninen sairaus

tiivistelmä

Hypoksia on liittynyt pahanlaatuinen etenemiseen, etäpesäkkeitä ja kestävyys hoito. Siksi tutkimme ilmentymistä hypoksian geenien 100 eturauhassyöpä (CAP) bulk kudoksiin ja 71 viereisten hyvänlaatuinen kudoksiin. Löysimme 24 selostukset yliekspressoituvat merkittävästi (p≤0.02). Tärkeää on, korkeampi transkriptipitoisuuksissa levyn suuri (Drosophila) homologi liittyvä proteiini 5 (DLGAP5) /levyt suuret homologin 7 (DLG7) /hepatooma säädelty proteiini (hURP), hyaluronaania välittämää liikkuvuutta reseptorin (HMMR) ja sykliini B1 (CCNB1 ) liittyi korkeampi Gleason pisteet ja kehittyneempi systeemisiä etenemistä. Koska tuotteet HMMR ja CCNB1 on tunnistettu äskettäin molekyylimarkkereita CaP etenemisen, meidän olettaisi, että DLG7 on ennusteen arvioinnissa liikaa. Tämän hypoteesin testaamiseksi mittasimme transkriptipitoisuuksissa varten DLG7 on 150-parin tapaus-verrokki kohortti. Tapaukset (eteneminen systeemisairaus kuuden vuoden kuluessa leikkauksesta) ja valvontaa (ei etenemistä kahdeksan vuoden kuluessa) on sovitettu kliinisen ja patologisen ennustetekijöiden muuttujista kuten laatu, vaihe, ja ennen leikkausta seerumin PSA. Yleinen prognostisia kykyä DLG7, jotka on testattu receiver operating ominaisuus analyysi oli 0,74 (95% CI, 0,68-0,8). Kaiken kaikkiaan meidän tiedot osoittavat, että ilmentyminen DLG7, hypoksian ohjattu geenin, pitää ennustetekijöiden potentiaalia korkean riskin YMP Tämä osoittaa myös, että vaihtelu hapen jännitys voi olla väline tunnistamiseen uusien biomarkkereiden Cap.

Citation: Gomez CR, Kosari F, Munz J-M, Schreiber CA, Knutson GJ, Ida CM, et al. (2013) ennusteen arvioinnissa Levyjen Suuri Homologi 7 transkriptipitoisuuksissa eturauhassyövässä. PLoS ONE 8 (12): e82833. doi: 10,1371 /journal.pone.0082833

Editor: Sharon A. Glynn, National University of Ireland Galway, Irlanti

vastaanotettu: toukokuu 20, 2013; Hyväksytty: 29 lokakuu 2013; Julkaistu: 09 joulukuu 2013

Copyright: © 2013 Gomez et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat DOD PC094680 (CRG), PCF Creativity Award (CRG), Minnesota Partnership for Biotechnology ja Medical Genomics (GV), ja Mayo Clinic Eturauhasen SPORE 5P50CA091956 (FK). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

rooli hapen paineen (

potentia oxygenii

,

p

O

2) kasvaindiagnostiikassa on ollut unappreciated pitkään; syynä on ollut suhteellisen happea itsenäisyyttä kasvaimia ( ”Warburg vaikutus” viite [1].), joka johti oletukseen kasvaimen epäherkkyys muutoksille hapen paine. Viime aikoina, kasvaimeen liittyvät hypoksiaa on liittynyt maligni kehittyminen, etäpesäkkeiden, resistenssin hoito, ja huono kliinistä tulosta [2,3]. Samoin kuin muiden kiinteiden kasvainten,

p

O

2 eturauhassyövässä (CAP) vaihtelee, mikä aiheuttaa akuutin ja kroonisen hypoksian [4]. Jotkut väittävät, että alhainen

p

O

2 on itsenäinen indikaattori huonosta kliinisen tuloksen Cap potilaille [5], mutta

p

O

2 mitatuista arvoista korkki nidus eivät aina korreloi kliinisten tutkimusten tulosten [4] viittaa siihen, että tarvitaan enemmän asiaa hypoksia liittyvä biomarkkerit aggressiivisen korkki.

tällä hetkellä käytössä markkereita, jotka ennustavat tulos miehillä cap ovat Gleason pisteet, TNM vaiheessa kirurginen marginaali tila, ja ennen leikkausta seerumin prostataspesifisen antigeenin (PSA) [6-8]. Kun taas jaottelu näiden muuttujien usein tehokkaasti ennustaa taudin kulun, kasvaimista samanlaisia ​​biokemiallisia, histopatologinen, ja kliininen olosuhteet voivat silti käyttäytyvät hyvin eri tavalla. Äskettäin transcriptome tutkimukset CaP tunnistettu useita geenejä, jotka liittyvät tautiin lopputulokseen. Niistä, ilmentymistä hypoksian säännelty molekyylien [esimerkiksi, verisuonen endoteelin kasvutekijä (VEGF), hypoksia-indusoituva tekijä (HIF) -1, osteopontiinia, lysyyli oksidaasi (LOX) ja glukoosin kuljettajan-1 (GLUT-1)] korreloivat patologinen tila ja potilaan ominaisuuksien (tarkistetaan viite [4].). Nämä tutkimukset osoittavat, onko mahdollista tunnistaa biomarkkereiden yhdistää korkki, hypoksia ja ennustetta ja vahvistamisesta osuus hypoksia liittyvien geenien Cap etenemistä. Tunnistaminen hypoksia liittyvien biomarkkerit voivat auttaa tunnistamaan potilaita, jotka voisivat hyötyä hypoksia kohdistettujen hoitojen [4]. Me raportoimme tässä tutkimuksessa geenien transkriptiota, aiemmin löytyy hypoksia valvontaa, CaP potilailla. Tuloksemme osoittavat, että hypoksia-herkkien geenien on ennusteen arvioinnissa korkean riskin korkki ja että vaihtelu hapen jännitys voi olla väline edelleen tunnistamiseksi biomarkkereita korkki.

Materiaalit ja menetelmät

eturauhassyöpä transcriptome

Kaikki tutkimukset tässä raportissa hyväksyi Mayo Clinic Institutional Review Board. Yleensä me seurasimme myös aiemmin kuvattu menetelmä [9]. Lyhyesti, käytimme jäädytetty kudos tutkia transcriptome syöpäsoluissa eristettiin laser-capture mikrodissektion (LCM) tai ilman eristystä ( ”bulk kudos”). Näytteet saatiin ei-neoplastisen eturauhasessa, ensisijainen eturauhasen syöpä, ja eturauhassyöpäetäpesäkkeet. Tiedot jäädytettyjen näytteenotosta, säilyttäminen, leikkaamista, hematoksyliinillä ja eosiinilla värjäys, patologinen arviointi, LCM, analyysi RNA eheys, ja lineaarinen vahvistus on julkaistu aiemmin [10]. Saimme ja analysoi transcriptome 102 LCM-eristetty eturauhasen syöpäsolun näytteitä; 19 näytettä ei-neoplastisten eturauhasen epiteelin vieressä kasvain; 10 näytettä eturauhasen hyvänlaatuisen liikakasvun (BPH); ja viisi näytettä korkea-asteinen eturauhasen intraepiteelinen neoplasia (HGPIN). Kasvain näytteet ovat Gleason pattern (GP) 3 soluja 28 Gleason (GS) (3 + 3) potilaiden ja kolme GS (3 + 4) potilaalla; GP4 soluja 10 GS (4 + 4) potilaalla, 4 GS (4 + 3) potilaalla, ja 6 GS (4 + 5) potilaalla; ja GP5 soluja 5 GS (5 + 5) potilaalla ja 5 GS (5 + 4) potilaalla. Kasvain näytteet ovat myös seitsemän CaP etäpesäkkeitä imusolmukkeista. Expression profiilit kokoomanäyte (n = 37) saatiin korkean riskin potilailla, joilla GS7 ja suurempi; nämä kasvaimet olivat riippumattomia muiden altistetaan solu eristämisen LCM. Näytteet ovat kasvaimia 18 potilasta, joiden sairaus eteni systeemisesti ja jotka kuolivat alle kuuden vuoden kuluttua leikkauksesta (aggressiivinen tauti) ja 19 potilasta, jotka jäivät henkiin yli kahdeksan vuotta leikkauksen jälkeen (ei-aggressiivinen tauti). Tauti tulos ei paljastettu tutkijoita tähän tutkimukseen ennen loppuun kokeiluja ja tekemistä kaiken analyysin.

Probe asettaa ilmaisun arvot saatiin raaka microarray data (.cel tiedostot) käyttäen gcrma paketin R Project Tilastollinen tietojenkäsittely (https://www.r-project.org/). Lisäanalyysiä valitsimme antureista yliekspressoidaan vähintään kaksinkertaista Cap yläpuolelle tarkoittaa ekspressiotasot ei-neoplastisia eturauhasen kudosten ja BPH kudoksissa, sekä irtotavarana ja LCM-eristetyt solut.

Case-ohjaus matching miehistä korkean riskin eturauhassyövän

sata viisikymmentä joiden CaP systeemisesti edennyt (SP, dokumentoitu biopsialla tai röntgenkuvissa todiste etäpesäkkeitä) tai jotka kuolivat metastasoitunutta CaP kuuden vuoden kuluessa eturauhasen tunnistettiin Mayo Clinic Radical prostatektomia tietokannassa vuosien 1994 ja 2004 kudosnäytteitä niille potilaille oli arkistoitu; todisteita siitä biomarkkereiden löytö ja validointihankkeisiin tätä tutkimusta ryhmä on aiemmin julkaistu meidän [9,11,12]. Tietokoneistettu järjestelmä [7] Hyväksytty nämä potilaat 150 ohjaus miehiä, joiden tauti ei ollut edennyt ja jotka eivät kuolleet vähintään kahdeksan vuoden seurannan; matching kriteereinä olivat Gleason pisteet, TNM vaiheessa marginaali tila, leikkausta edeltävän PSA, ja GPSM pisteet (taulukko 1). Monimuuttujamenetelmin että mukana DLG7 ja jokin kliinisiä parametrejä ei lisätä tarkkuutta malliin verrattuna malli, joka sisältyy DLG7 yksin. Näytteet paatuivat kliinisen tilan ja tarkistaa J.C.C., board-sertifioitu patologi. Niistä yhteensä 300 näytettä, 141 SP näytteitä ja 117 kontrollinäytteiden valittiin patologian perusteet ja se, että ne tarjotaan riittävästi kudosta korkeimman Gleason malli kokeellinen analyysi. SP potilaiden mediaani jatkotoimia eturauhasen taudin etenemiseen tai viime seuranta-aika oli 2,4 vuotta; varten verrokeilla mediaani seuranta-aika oli 13,2 vuotta.

ohjaa

asiat

p-arvo

†

Patologiset Gleason (GS) 0.77GS542GS654GS76182GS82317GS93738GS1012TNM stage0.46T2aN0129T2bN02721T3aN02033T3b4N03454TxN + 2928Margin status0.540455518690Preoperative seerumin PSA0.67mean (alue) ng /ML19 0,0 (0,9-119) 20,1 (1,3-143) GPSM0.56mean (alue) 11,5 (6,0-16,0) 11,7 (6,0-16,0) Taulukko 1. Kliiniset parametriarvot tapauksissa ja valvontaa.

† p -arvot viittaavat vertailun tapauksissa ja valvontaa. CSV Lataa CSV

RNA ja reaaliaikaisen PCR varten tapauskontrollitutkimuksessa

hematoksyliinillä ja eosiinilla värjättyjen tuumorisektioiden saatu formaliinilla kiinnitetyt parafinoidut lohkojen sokaisi osalta ne kuuluivat SP näytteet tai kontrollinäytteitä; leikkeet tarkastelleet patologit C.M.I. ja J.C.C. joka osoitetaan ensisijainen ja toissijainen, mutta ei kolmannen asteen Gleason kuvioita. Lohko annettu korkeimman pistemäärän ensisijaisen tai toissijaisen Gleason kuvio ja sisältää eniten kasvain kudoksen että malli valittiin lisäanalyysiä varten. Jokainen lohko oli leikattiin 10 um: n paksuisia leikkeitä. Kasvainkudos parafiini ksyleeniin ja raaputettiin dia alle RNaasittomalla olosuhteet huomioon 1,5 ml putkeen, joka sisältää hajotuspuskuria (RECOVERALL- kit, Ambion, Carlsbad, CA). Yksityiskohtia RNA uuttamalla parafiiniblokit ja laadunvalvonta on julkaistu aiemmin [9]. Kokonais-RNA eristettiin mukaisesti RECOVERALL- menettelyä ja käsiteltiin DNaasi käyttäen Ambion Turbo DNA-free Kit mukaisesti valmistajan ohjeiden mukaisesti. RNA määrällisesti kanssa Quant-iT RiboGreen (Invitrogen, Carlsbad, CA). Kvantitatiivinen PCR käytettiin aiemmin ilmoitettua [11] arvioida transkriptipitoisuuksissa varten levyjen suuren homologi 7 (DLG7) [alias Levyn suuri (Drosophila) homologi liittyvä proteiini 5 tai hepatooma säädelty proteiini], hyaluronaaniin välittämää liikkuvuutta reseptorin (HMMR) ja sykliini B1 (CCNB1). Olemme käänteisesti transkriptoitiin 500 ng RNA: ta 40 ul: n reaktiotilavuudessa käyttämällä Superscript III First Strand Synthesis System (Invitrogen). Alukkeet kvantitatiivinen PCR suunniteltiin käyttämällä Primer Express -ohjelmiston (Applied Biosciences, Carlsbad, CA) monistamaan 70 emäsparin 85-emäsparin fragmentti identtinen kohdesekvenssin on Affymetrix mikrosirulla. Erot syklin kynnys, Δ (

Ct

), saatiin vähentämällä

Ct

arvon normalisoimiseksi geenin

Ct

arvo testi-geenin saman käänteistranskriptio-reaktio. Normalisoi geeni, 40S ribosomaalinen proteiini S28 (RPS28), valittiin aiemmin kaikkein stabiilisti ilmaistu kaikissa normaaleissa ja korkki näytteitä [12]. Tasot DLG7 ja RSP28 transkriptien 22 aggressiivisia ja 32 ei-aggressiivinen kasvaimia ei määritetty riittämättömyyden vuoksi RNA laatua.

Tilastolliset menetelmät

Analysoimme datan R paketti (https://www.r-project.org/). Jakaumat kliinisten ja patologisten parametreja verrattiin että χ

2 ja

t

testejä. Vastaanotin toimii (ROC) käyrä alueet arvioitiin kliinisten ja patologisten parametrit kaikille potilaille. Keskivirheet keskiarvon alueille alla käyrät laskemat listalla korrelaatio sensuroitiin tiedot (rcorr.cens) testi.

Tulokset

Hypoksia-ohjattu selostukset liittyvät tautiin vaiheeseen ja ennusteen

Koska CaP ilmestyy ominaista hypoksinen transcriptome [13-15], me arveltu, että hypoksian säännelty geenit antavat lisänäyttöä mekanismeihin CaP etenemisen. Testasimme tätä hypoteesia täydentäviä data mining [16]. Analysoimme 88 tähän asti tunnettu selostukset säätelee hypoksia-indusoituva tekijä 1 (HIF-1) [17]; 500 hypoksia liittyvien geenien tunnistettu solulinjoissa [17]; 23 geenien konservoituneiden ytimen hypoksia allekirjoitusta [18]; kaksitoista HIF-1 tavoitteet testattu Cap [13]; ja 708 geenien Ingenuity hypoksia signalointireitille [19]. Kaikista hypoksian geenien, meidän näytteitä tunnistimme 24 geenien yliekspressoituvat merkittävästi korkki ainakin kaksinkertaisesti

sekä

irtotavarana kudosten ja LCM-eristetyt solut (

p

≤0.02; Taulukko 2 ). Tärkeää on, transcript tasot DLG7, CCNB1, ja HMMR olivat suuremmat näytteissä ominaista korkeammat Gleason ja potilailla, joilla on huonompi ennuste (kuva 1). Me kuvataan ennustetta tutkimuspotilaat aikaisemmin [9].

Bulk kudos

LCM

Symbol

Name

cap /N log

2 suhde

p arvo

cap /N log

2 suhde

p arvo

ACACAacetyl-koentsyymi karboksylaasi alpha1.501.20.002123CDCA3cell jako sykli liittyvä proteiini 31.701.50CEP55centrosomal proteiini 55kDa1.801.40CCNB1cyclin B11. 801.30CKS2cyclin riippuvaisten kinaasien säätelyalayksikkö 21.10.0000431.20.000001DLGAP5discs suuri homologi 7 (DLG7) 1.801.50SLC7A1high affiniteetti kationisen aminohappojen kuljettajaa 11.601.20.000023HMMRhyaluronan-välitteisen liikkuvuuden receptor2.101.70HIG2hypoxia-indusoituvan proteiinin 21.501.20.000001LOXlysyl oxidase1.10.0000441.50MMP10matrix metalloproteinaasi -10 1.20.0215211.40.000066MCOLN2mucolipin 2 (kationi kanava proteiini) 1.10.0003321.40NLNneurolysin (metallopeptidaasi M3 perhe) 1.201.20.000012PDLIM5PDZ ja LIM domain 5 (Scaffold proteiini) 1.101.20.000121PSD3pleckstrin ja Sec7 verkkotunnuksen sisältäviä 31.10.0000011.20C20orf74Ral GTPaasia aktivoiva proteiini alayksikköä alfa-21.301.20.000092FAM80Aribosomal muutos proteiini rimK kaltaisen perheenjäsenen A1.701.20.000013SDK1sidekick homologi 1, soluadheesion molecule1.501.50STC2stanniocalcin-2 (erittyy) 1.20.0090531.30.000059SOX4transcription tekijä SOX-41.201.20.000001TMEM200Atransmembrane proteiinin 200A1.301.30. 000886TFF3trefoil tekijä 3 (suolen, vakaa eritysproteiinigeenien) 1.20.0018891.20.001276UBE2Cubiquitin-konjugointientsyymiä E2 C1.401.20UBE2E3ubiquitin-konjugointientsyymiä E2 E3 1.801.30.000079Table 2. Hypoksia liittyvien geenien merkittävästi yliekspressoituvan Cap pehmopaperikoneen ja näytteet eristettiin LCM.

lyhenteet: korkki, eturauhassyöpä; N, normaali; LCM, laser kaapata mikrodissektion CSV Lataa CSV

joukossa hypoksian geenien yliekspressoituvat merkittävästi korkki, sykliini B1 (CCNB1), DLGAP5 ja hyaluronaaniin välittämä liikkuvuutta reseptorin (HMMR) liittyivät Gleason pisteet ja sairauksien lopputulos.

Kuva 2 esittää transkriptin tasot CCNB1, DLGAP5 ja HMMR geenit eri tauti vaiheissa. Molemmat kasvainkudoksessa ja LCM-eristetty soluista, transkriptipitoisuuksissa olivat korkeammat CAP kuin normaalissa kudoksessa. Myös nämä transkriptit ilmaistiin merkitsevästi korkeammilla tasoilla soluissa eristettiin Cap kudoksista vaiheissa GP4 ja GP5 kuin GP3 vaiheessa, mikä viittaa yhdessä syövän etenemiseen. Lisäksi selostukset tasot olivat korkeampia etäpesäkkeiden potilailla, jotka eteni kuolemaan, mikä viittaa yhdessä sairaus tulos (katso menetelmät) (kuva 2).

Paneelit vasemmalla vertailla transkriptipitoisuuksissa Cap pehmopaperikoneen (täysi symboleja ) kanssa mitatut tasot hyvänlaatuista eturauhasen kudoksen (avoimet symbolit) ihmisiltä ilman CAP (BP) ja hyvänlaatuista eturauhasen kudoksen (BPC) vieressä korkki yhdistetyn Gleason pisteet 6 (gs6). Paneelit oikealla näytöllä transkriptipitoisuuksissa mitattuna epäneoplastisis- eturauhasen epiteelisolujen eristää laser kaapata mikrodissektion (LCM) hyvänlaatuista kudoksissa (avoimet symbolit): BP, eturauhasen hyvänlaatuinen liikakasvu (BPH) ja BPC vieressä korkki osoitti Gleason ( gs). Täysi symbolit paneelit oikealla merkitsevät transkriptipitoisuuksissa mitattuna LCM-eristetty CaP solut: high-asteinen eturauhasen intraepiteelinen neoplasia (HGPIN), solut eristettiin alueita yhdistetyn Gleason pisteet 6 läpi 8 ja solut eristettiin imusolmukemetastaaseja (met) . CCNB1, sykliini B1; DLG7, levyt suuri homologi 7; HMMR, hyaluronaani-välitteisen liikkuvuuden reseptorin.

tuotteet CCNB1 [20] ja HMMR geenejä [16] on äskettäin tunnistettu molekyylimarkkereita CaP etenemisen. Siksi me posited mahdollinen hyödyllisyys hypoksian liittyvien geenien CAP biomarkkereita kanssa ennusteen arvioinnissa. Tutkia tätä ajatusta, me korreloi DLG7 transkriptipitoisuuksissa kanssa DNA topoisomeraasi 2α (TOP2A), geeni, jonka selostukset ovat prognoosi- merkitys Cap [21], erityisesti korkean riskin muodossa [11]. Löysimme suuri korrelaatio välisiä kahden selostukset (Pearson kerroin = 0,816). Paljastavan Tämän yhdistyksen sai meidät oletuksen, että DLG7 -transkriptien itsenäisesti ennustaa taudin lopputuloksen miehillä, joilla on suuri riski korkki.

DLG7 selostukset mahdollisesti itsenäisesti ennusta CaP tulos

Tutkimme yhdistys of DLG7 transkriptio systeemisen etenemisen ja kuoleman CAP on 150 parin tapaus-verrokki kohortti [11]. Tapaukset ja valvonta olivat hyvin samankaltaisia ​​kliinisissä ja patologisissa ominaisuuksia lukuun ottamatta DNA ploidia [11]. ROC-analyysi löysimme käyrän alapuolisen alueen (AUC) DLG7 0,74 (95% CI, +0,68-+0,8); varten HMMR 0,67 (95% CI, +0,60-+0,74); ja CCNB1of 0,64 (95% CI, 0,57-0,71). ROC pisteet DLG7 osoittaa yleisen erottaminen tapausten ja kontrollien (kuvio 3). Täten voimme päätellä, että DLG7 transkriptipitoisuuksissa ennustaa taudin tulos miehillä suuri riski Cap. Lisäksi olemme havainneet, että transkriptin tasot hypoksia-ohjattu geenien CCNB1 ja HMMR-aiemmin tunnistettu molekyylimarkkereita CaP etenemisvapaan liittyi Gleason pisteet ja sairauden ennusteen samoin.

AUC oli 0,74 (95% CI, 068-+0,80). Upotus: sirontakuvaajaan normalisoidun ilmaisun arvot tapauksia (punainen) ja valvonta (vihreä).

Keskustelu

geeniekspressiomalleja on käytetty välineenä tunnistaa ennustetekijöitä merkkiaineita CaP [22-26]. Aiemmin me ja muut ovat osoittautuneet ennusteen arvioinnissa valittujen selostukset saavilla miehillä eturauhasen [9,11,12,27]. Tässä tiedonannossa osoitetaan, että selostukset DLGAP5, hypoksian liittyvä geeni [17], on ennusteen arvioinnissa korkean riskin korkki.

Vaikka määrällisesti

p

O

2 Cap kudoksessa

in situ

ollessa alustavassa vaiheessa [4,28], hypoksia on ollut itsenäinen indikaattori huonosta tuloksesta [5] ja siihen liittyviä kliinisiä ja patologisia muuttujat [28]. Tärkeää on, transkriptipitoisuuksissa hypoksian reagoivien molekyylien [eli VEGF, HIF-1α, osteo-, LOX ja GLUT-1] korreloivat positiivisesti patologian ja aggressiivisuus (tarkistaa Stewart et al., Viite [4].). Nämä tutkimukset osoittavat mahdollisuutta tunnistaa biomarkkereiden yhdistää hypoksia ja ennusteen korkki ja luoda osuus hypoksia liittyvien geenien Cap etenemiseen.

Koska näennäinen yhdistyksen hypoksia transcriptome ja Cap [13-15], oletimme, että hypoksia liittyvien geenien voisi antamaan lisätietoja mekanismeihin CaP etenemisen. By data mining tunnistimme hypoksia liittyvien geenien ekspressioon merkittävästi muutettu korkki, sekä irtotavarana kudosten ja korkki kudos eristää LCM. Näistä geeneistä, huomasimme, että transkriptin tasot DLGAP5, CCNB1, ja HMMR liittyi Gleason pisteet ja systeemisen etenemistä. Merkillistä, yhdistyksen välillä transkription ja sairauksien lopputulos ei havaittu muita hypoksia-ohjattu geenejä aikaisemmin raportoitu mahdollisina ennustetekijöitä biomarkkereita (Lox, viite [13] .; taulukko 1) viittaa siten potentiaalia selostukset DLG7, CCNB1 ja HMMR kuten hypoksia -regulated biomarkkereita spesifinen korkki.

koska tuotteet CCNB1 ja HMMR geenit on aiemmin liittynyt transformoitujen solujen ja ehdotetaan merkkiaineiden huono ennuste lukuisia syöpäsairauksia [29-33] lukien CaP [16,20 ], keskityimme DLGAP5. DLGAP5 geeni koodaa solun syklin säädelty, mikrotubuluksiin liittyvä proteiini tunnetaan DLG7, DAP-5 tai hURP [34], joka toimii Ran GTPaasia efektori mukana vakauttamiseen mitoosi Kinetokori kuidun [35]. Maksasolukarsinoomassa [36], meningeooma [37] ja lisämunuaiskuoren kasvaimet [38] tasoa transkriptien koodaavat DLG7 kasvoi taudin aggressiivisuus. Nämä transkriptit havaittiin maksan ja paksusuolen kasvaimia, mutta ei normaalissa viereisten kudosten mielikuvan kyseessä on DLG7 ja syövän synnyn [39,40]. Kuitenkin tiedot DLG7 urologisten sairauksien ja erityisesti korkki on rajoitettu [34]. Eräässä tutkimuksessa, selostukset DLG7 havaittiin lähes 90 prosenttia siirtymäkauden cell carcinoma (TCC) virtsarakon, mutta ei hyvänlaatuinen urologiset sairaudet; korkeatasoinen selostukset DLG7 löytyi toistuvien TCC [41].

Kun otetaan tietoja, joiden DLG7 ennustetyövälineenä merkki, selvitimme potentiaaliaan tulos ennustaja korkean riskin korkki. Siksi olemme analysoineet korrelaatio transkriptin tasot DLG7 ja TOP2A koska ennustetekijöiden arvo TOP2A Cap on hyvin dokumentoitu [21,26,42]. Erityisesti olemme raportoitu että TOP2A selostukset [11] ja proteiinituote [12] olivat ennustetekijöiden korkean riskin korkki. Huomasimme, että transkriptin tasot DLG7 ja TOP2A korreloivat voimakkaasti ja viittaavat siihen, että DLGAP5 geenin transkription pitäisi tutkia tarkemmin sen potentiaali ennustaja tuloksiin korkean riskin korkki. Huomattavaa on, että yli-ilmentyminen selostukset TOP2A ja DLG7 on hiljattain tunnistettu luokka III Meningeooma verrattuna grade I Meningeooma [37]. Tämä tieto tuo lisäarvoa ajatus, että co-ilmentyminen TOP2A ja DLG7 on merkitystä kasvainten synnyssä ja olisi tarkasteltava lähemmin etsimään biomarkkereita edenneen taudin.

tarjoavat mahdollisuuden testata ennusteen arvioinnissa on DLG7 korkean riskin CaP puitteissa muiden ennustetekijöiden selostukset, tutkimme potilaita tutkittiin aiemmin [9,11,12]. Men teki ja ei systeemisesti käynnissä tai kuolee CaP oli Hyväksytty Gleason pisteet, TNM vaiheessa marginaali tila, ja ennen leikkausta seerumin PSA. AUC DLG7 oli 0,74 (95% CI, 0,68-0,8). Mielenkiintoista on, että AUC DLG7 oli samanlainen arvo raportoitu TOP2A yksin (0,71, viite [11].). ROC HMMR [0,67 (95% CI, 0,60-0,74)] ja CCNB1 [0,64 (95% CI, 0,57-0,71)] paljasti pienempi AUC-arvot näiden geenien kuin DLG7. Tästä syystä ei ollut HMMR ja CCNB1 in ennusteen syöpä malli. Kuitenkin, verrattuna HMMR ja CCNB1, DLG7 osoitti suurempi AUC viittaa ylivoimainen ennusteen arvioinnissa suuririskisille korkki.

biologian DLGAP5 geeni on yhteensopiva osallistuminen syövän muodostumisen ja etenemisen ja ehdottaa, että geeni ja sen tuote voi olla mahdollisia terapeuttisia kohteita. DLGAP5 transkription nousee aikana S-vaiheen ja pidetään sekä G2-vaiheen ja M-vaiheen solusyklin [43]. DLG7 paikantuu karan pylväät mitoosin aikana [34], hyperstabilizes sukkularihmaston ja aktivoi kara tarkistuspisteen, kohdistaen valvonta kara vakautta koko solusyklin [44]. Viimeaikaiset tiedot munasarjasyöpäsoluja mukaan DLG7 on suora alavirtaan kohteena Notch 3 [45]. Tämä tieto lisää Notch polku molekyylitasolla signalointi verkkojen hallintaan DLG7 ilmaisun ja tarjoaa uuden avenue tavoittelemisen arvoista, kun pohditaan mahdollisuuksia terapeuttiseen kohdentamiseen DLG7. Kun yli-ilmennetään 293T-soluissa, DLG7 parantaa solun kasvu alhaisessa seerumissa ja parannettu pesäkkeiden muodostumisen [34]. Samanlaisia ​​tuloksia havaittiin NIH3T3 alkion fibroblasteissa yli-ilmentävät DLG7 [46]. Viime aikoina on ehdotettu, että DLG7 on onkogeenisia sen vaikutus pitoisuuksien vähentämistä tuumorisuppressori- p53-proteiinin [47]. N yli-ilmentyminen DLG7 NIH3T3-soluissa lisännyt alttiutta deoxycytosine analogit [46]; siksi, tutkimalla kohdentaminen DLG7 (esimerkiksi puuttumalla reitit valvoa DLG7, kuten ne vaikuttavat aurora-kinaasin tai Notch) voitaisiin parantaa tehoa kemoterapeuttisten in kastraatio korkilla. Nämä havainnot tukevat roolia DLG7 syövän etenemiseen ja ehdottaa sitä mahdollisena terapeuttisena kohteena arvoinen jatkotutkimuksen.

Vaikka rooli hypoksia DLG7 ilmaisua ei ole osoitettu suoraan, se on päätellyt, että havainto että DLG7 on Notch 3 tavoite munasarjasyöpäsoluja [45]. On osoitettu, että hypoksian valvonta transkriptio Notch tavoitteet neuroendocrine erilaistumista ihmisen CaP soluihin [48]; tämä merkitsee mahdollisuutta Notch signaloinnin hypoksia-välitteisen valvonta DLG7 ilmaisun korkki ja sen rooli osoitus kasvaimen aggressiivisuus. Etsimään mahdollisia mekanistinen perusta DLG7 herkkyys hypoksia, etsittiin promoottorialueen DLG7 varten sitoutumiskohtien transkriptiotekijän HIF. Käyttämällä julkaistut tiedot minimaalinen

cis

sääntelyvälineitä tekijöitä tarvitaan HIF-riippuvaisen transactivation [49,50] löysimme viisi otaksuttu HIF sitoutumiskohdat sijaitsevat 1134, 2498, 2616, 3815, ja 8310 nt ylävirtaan DLG7 transkription aloituspaikkoja, vastaavasti (CRG ja AEK, julkaisematon data). Useimmat näistä alueista sijaitsevat erittäin metyloitua aluetta; koska promoottori metylaatio säätelee ilmentymistä hypoksia-ohjattu geenien kontekstisidonnaisia ​​tavalla [50], hapen vaikutuksilta jännityksen ilmaus DLG7 olisi tutkittava tarkemmin.

tulokset validoivat selostukset DLGAP5, joka on

p

O

2-säädellään geenin [17], itsenäisenä ennustetekijöiden biomarkkereiden korkki. Sen potentiaali sovelluksia ovat jalostaminen nykyisten prognostisen välineitä korkki ja parempia ennustajia hoitotulokseen. Todisteet huomattava herkkyys CaP solujen hypoksia saattaa aiheuttaa tehostetun Hoidon tehoa paitsi korkki, mutta se voi toimia myös paradigman muita syövän muotoja.

Kiitokset

kiitos Drs. Lucio Miele ja Mohamed Hassan kriittistä lukemista käsikirjoituksen.