Krooninen sairaus

tiivistelmä

TMPRSS2

/

ERG

uudelleenjärjestely,

PTEN

geenideleetio-, ja androgeenireseptorin (

AR

) geenimonistuman on havaittu eri vaiheissa ihmisen eturauhassyövän. Oletimme, että näiden markkereita yhdistettynä paneeli mahdollistaisi paremmin erottaa toisistaan ​​matalan riskin ja korkean riskin eturauhassyövän. Analysoimme 110 ensisijainen eturauhassyöpänäytteissä, 70 etäpesäkekasvainten näytteitä 11 potilaista, ja 27 Ksenograftikudoksista johdettu 22 edenneen eturauhassyövän potilailla fluoresenssi in situ hybridisaatio (FISH) analyysi koettimilla kohdistaminen

TMPRSS2 Twitter /

ERG

,

PTEN

, ja

AR

geenilokukset. Heterogeenisuus Havaitut poikkeavuudet arvioitiin. Geneettinen kuvioita myös korreloivat transkriptipitoisuuksissa. Niistä näytteistä täydelliset tiedot saatavilla, kolmen markkerin FISH paneeli havaittu kromosomiepänormaalisuuksista 53% ensisijaisen eturauhasen syöpiä ja 87% metastaattisen (Met) tai kastraatio kestävä (CRPC) kasvaimia. Määrä markkereita epänormaaliin FISH tulos oli erilainen jakautuminen ryhmien välillä (

P

0,001). Tällä potilaalla tasolla, Met /CRPC kasvaimet ovat 4,5 kertaa todennäköisemmin näyttää poikkeavuuksia kuin ensisijainen syöpäpotilailla (

P

0,05). Heterogeenisuus Met /CRPC kasvaimia on enimmäkseen eri potilaiden. Sisäinen potilas heterogeenisuus johtuu pääasiassa eroista ensisijainen eturauhasen kasvain ja etäpesäkkeitä, kun useita metastaasien osoittaneet yhdenmukaisia ​​poikkeavuuksia. Sisäinen kasvain vaihtelu on näkyvin kanssa

AR

kopioi numero primaarikasvaimia.

AR

kopiomäärä korreloivat hyvin

AR

mRNA: n ilmentymisen (rho = 0,52,

P

0,001). Etenkin

TMPRSS2: ERG

fuusio-positiivisia CRPC kasvaimia,

AR

mRNA ja

ERG

mRNA tasot korreloivat voimakkaasti (rho = 0,64,

P

0,001). Kaiken kaikkiaan kolmen markkeri FISH paneeli voi edustaa hyödyllinen väline riskin kerrostuminen eturauhassyöpäpotilaille.

Citation: Qu X, Randhawa G, Friedman C, Kurland BF, Glaskova L, Coleman I, et al. (2013) Kolmen osapuolen Marker FISH elin on havainnut Lisää Genetic Aberrations on

AR

,

PTEN

ja

TMPRSS2 /ERG

in kastraatio hylkivät tai Metastaattinen eturauhassyövistä kuin Ensisijainen eturauhasen kasvaimet. PLoS ONE 8 (9): e74671. doi: 10,1371 /journal.pone.0074671

Editor: Dean G. Tang, The University of Texas M. D Anderson Cancer Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 03 toukokuu 2013; Hyväksytty: 04 elokuu 2013; Julkaistu: 30 syyskuu 2013

Copyright: © 2013 Qu et ai. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus tukivat PNW SPORE P50 CA097186, P50CA138293, P01CA085859, PC093372, ja PC093509 myönsi National Cancer Institute. Ksenograftikudoksista sukupolvi ja kliinisestä näytteestä keräys tukivat Richard M. Lucas Foundation. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

löytö toistuva

ETS

geenin uudelleenjärjestäytymistä eturauhassyövissä on johtanut tutkimuksia arvioidaan toiminnallista roolia

ETS

geenien patogeneesissä tämän taudin ja niin ja ennustavia biomarkkerit. Yleisin tyyppi on

ETS

järjestelyjen jälkeen fuusio androgeenisäädellyn

TMPRSS2

kanssa onkogeenisel-

ERG

havaitaan noin puolet eturauhasen kasvaimia, mutta yksikään hyvänlaatuinen rauhaset [1]. Kuitenkin tutkimukset arvioidaan ennustetekijöiden merkitystä

TMPRSS2

:

ERG

fuusio ovat tuottaneet ristiriitaisia ​​tuloksia [2] – [5]. Muita geneettiset tekijät ovat todennäköisesti työskentelemään yhteistuumin fuusio aikana syövän etenemisen. Viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että geneettiset poikkeavuudet ovat paitsi yleinen eturauhassyövässä mutta myös vuorovaikutuksessa toisiinsa liittyviä reittejä, mikä osaltaan eteneminen invasiivisia sairauksia.

TMPRSS2

säätelevät androgeenien, ja androgeenireseptorin (AR) on usein monistetaan hoidetuilla potilailla androgeenien puute hoitoa [6], [7].

PTEN

poisto, toinen yleinen poikkeavuus eturauhassyövässä, korreloi ilmaus loppupään p-Akt ja liittyy syövän aiheuttamaa kuolleisuutta [8], [9].

ETS

geenin uudelleenjärjestelyjä osoitettiin yhteistyötä

PTEN

poisto ja vaikuttavat eturauhassyövän ennustetta [10], [11]. Välinen ylikuuluminen PI3K ja AR signalointireitteihin hiljattain ehdotettu mekanismi kehittämiselle kastraation resistenttien eturauhassyövän (CRPC) [12], [13].

PTEN

poisto osoitettiin tukahduttaa androgeenin reagoiva geenin ilmentymistä moduloimalla

AR

transkriptiotekijän aktiivisuutta. Myös

PTEN

ja

AR

ilmaisu on osoitettu korreloivat käänteisesti eturauhassyövässä [14].

Kriittinen kliininen kysymys koskee identifiointitunnusmerkit vasta diagnosoitu eturauhasen syöpiä, jotka erottavat aggressiivinen alkaen indolent käyttäytymistä. Molekyyli- heterogeenisyys eturauhasen syöpien viittaa siihen, että yksittäiset biomarkkerit eivät ehkä ole riittäviä, ja että useita geneettisiä markkereita voidaan paremmin liittää lopputulokseen. Tässä tutkimuksessa käytimme kolmen markkerin fluoresenssi in situ hybridisaatio (FISH) paneeli havaitsemiseksi

TMPRSS2

ja /tai

ERG

uudelleenjärjestelyt,

AR

geenimonistuksen, ja

PTEN

poisto sekä ensimmäisen ja CRPC eturauhassyöpänäytteissä ja verrataan esiintyvyys, concurrence, ja vuorovaikutus näiden kolmen merkkiaineita. Kun viittaus mRNA ilmaisun tuottaman tiedon vastaavia kasvain näytteet samoilta potilaan, myös osoittanut FISH havainnot korreloivat muutoksia geenien ilmentyminen. Intra- ja eri potilaiden kasvain heterogeenisuus analysoitiin myös.

Materiaalit ja menetelmät

Näytteet Acquisition

Etiikka ja ohjausjärjestelmästä.

Tutkimus hyväksyttiin Institutional Review Boards (IRB) ja Fred Hutchinson Cancer Research Center ja University of Washington Medical Center. IRB luopua tarve kirjallisen suostumuksen tässä tutkimuksessa, koska vain de-tunnistettu materiaaleja käytettiin, jotka olivat peräisin University of Washington Urology kudospankissa.

Patient näytteitä.

De tunnistamattomiksi arkistoitu käsittelemätöntä ensisijainen eturauhassyöpänäytteissä (n = 110) saatiin University of Washington (UW) ja Virginia Mason Hospital Seattlessa. Kaikkiaan 83 primaarikasvainten luotu analysoitavissa tietoja vähintään yhden kalan merkki paneelissa, mukaan lukien 69 potilasta, joilla

TMPRSS2 Twitter /

ERG

FISH data, 65 potilaalla on

AR

FISH tiedot ja 42 potilasta, joilla

PTEN

FISH tiedot. Etäpesäkekasvainten näytteitä (n = 70) kerättiin UW välillä ruumiinavauksia suoritettu 2-4 tuntia kuoleman 11 CRPC potilaita nopealla ruumiinavaus ohjelmaa [15]. Kasvaimet saatiin eri elinkohdissa, jäädytettiin välittömästi ja säilytettiin -80 ° C: ssa. Kaikki leikeltiin H Potilas näytteet olivat laser-capture microdissected ja monistettiin kaksi kierrosta aiemmin kuvatulla [18]. Probe merkintöjä ja hybridisaatio suoritettiin seuraten Agilent ehdotti protokollia ja loisteputki array kuvat kerättiin käyttäen Agilent DNA-siru skanneri G2565BA. Agilent Feature Extraction ohjelmaa käytettiin verkkoon, uute, ja normalisoida datan. Expression suhteet olivat log

2 skaalattu ja keskiarvokeskitettiin jokaisen eri geeniä.

Tilastollinen analyysi

täydentämiseksi vertailuja arkistoidut Primaarikasvaimen erillisellä kohortin metastasoivaa tautia sairastavaa potilasta, me tarkasteltu-potilas heterogeenisyys

AR

ja

PTEN

potilailla etäpesäkkeitä, olettamalla, että eturauhasen kasvaimia saattaa poiketa samanaikaisia ​​etäpesäkeleesioita. Lineaarinen sekamalleja satunnaisella potilaan vaikutuksia sovitettiin ei-eturauhasen kasvaimia, ja 95%: n luottamusväli laskettu aihealueittainen [19] ennustuksia keskimäärin ilmaisua. Jos potilaan eturauhasen kasvain kopiomäärä tila kuulunut luottamusväli, se tulkitaan näytöt mahdollisista eroista kopiomäärä tilan ensisijaisen ja etäpesäkeleesioita. Lineaarinen sekoitettu vaikutuksia mallin ja% ICC9 SAS makro käytettiin laskemiseen intraclass korrelaatiokertoimet ja niiden luottamusvälit [20]. Logistinen regressio ja yleistynyt arvioimalla yhtälöt (GEE) käytettiin varaaminen poikkeavuudesta perus- ja metastaattinen näytteitä, kontrolloiden kudoslähteeseen (nopea ruumiinavaus vs ksenografti) ja sisäinen potilas korrelaation kasvaimen tason analyysi. Heterogeenisyys kasvaimensisäistä varianssi eri tuumorikohdat myös tutkittu käyttäen lineaarisia sekamalleja. Muita tilastolliseen päättelyyn sisältyy Spearman korrelaatiokertoimet, ja Wilcoxonin summa testi verrata jakaumien määrä markkereita epänormaaliin ilme.

P

-arvot olivat kaksipuolinen; tilastolliset analyysit tehtiin käyttäen SAS /STAT-ohjelmiston, versio 9.3 (SAS Institute, Inc., Cary, NC).

Tulokset

esiintyvyydestä Genetic Aberrations havaitsemat Kolmen markkeri FISH Panel paikallisessa Ensisijainen ja Metastaattinen tai kastraatio kestävä (Met /CRPC) Potilaat

kolmen merkki FISH keskusyksikkö (Kuva 1) käytettiin tutkimuksessamme havaitaan usein geneettisiä poikkeavuuksia eturauhasen syöpä, ja nämä olivat huomattavasti yleisempiä Met /CRPC kasvaimia kuin käsittelemättömissä primaarikasvainten (kuvio 2A).

(A) Kuva 4-väri FISH tekniikka havaitsemiseksi uudelleenjärjestelyt

TMPRSS2

ja /tai

ERG

. FISH antureista tavoite 5 ’-

TMPRSS2

(punainen, koetin I), 3′ –

TMPRSS2

(vihreä, koetin II), 5 ’-

ERG

(kulta, koetin III), ja 3 ’-

ERG

(sininen, koetin IV) samanaikaisesti, havaitaan eri signaalimallit sisältää normaalit (i), yksi fuusio (ii), dual /monimutkainen fuusio (iii), vaihtoehtoiset uudelleenjärjestely ilman fuusio (iv), ja kopioluvun lisäys (CNI) ilman uudelleenjärjestelyjä. Otetut FISH kuvia (i) ja (ii) näkyvät vasemmassa paneelissa 1C; kuvat (iii) – (v), on esitetty vastaava kuva. (B) FISH koettimia käytetään havaitsemaan

AR

geenin monistaminen ja

PTEN

geenideleetio-

AR

geenimonistuman analysoitiin käyttämällä koettimia kohdistaminen

AR

(oranssi ) ja X-kromosomin sentromeeriantigeenia (vihreä, CEPX).

PTEN

geenideleetio- havaittiin käyttäen koettimia kohdistaminen

PTEN

(oranssi) ja kromosomin 10 centromere (vihreä, CEP10). (C) edustaja välifaasina FISH kuvia. Ylhäällä vasemmalla, normaali

TMPRSS2

ja

ERG

signaalikuviosta osoittavat kaksi neljästä koettimien per ydin; Alhaalla vasemmalla,

TMPRSS2

:

ERG

fuusio näkyy vierekkäin punainen ja sininen signaaleja samanaikaista puuttuvien tai erottaminen interstitiaalinen vihreän ja kullan signaalit; Yläreunassa keskellä, normaali

AR

signaalikuviosta osoitetaan yksi oranssi

AR

ja yksi vihreä X signaalin per ydin; Keskellä alareunassa,

AR

geenimonistuman esittää enemmän kuin kaksinkertainen määrä

AR

signaaleja kuin CEPX signaalit; Oikealla ylhäällä, normaali

PTEN

signaalikuviosta osoitetaan 2 oranssi

PTEN

ja 2 vihreää CEP10 signaalit per ydin; Alhaalla oikealla

PTEN

poisto näytetään yhtään tai 1 kopio

PTEN

signaalit per ydin.

Potilas on useita kasvaimia pidettiin epänormaali tietyn merkin, jos poikkeavuus havaittiin ainakin yksi kasvain. (A) Piirakkakuviot osoittavat prosenttiosuuden yksilöiden ilman (valkoiset), yksi (vaaleanharmaa), kaksi (tummanharmaa), ja kolme (musta) poikkeavuuksia havaitaan paneelin yksi ensisijainen eturauhassyövän (n = 34) ja metastasoituneen tai kastraatio kestävä eturauhassyövän (Met /CRPC) kohortti (n = 30), tässä järjestyksessä. Joukossa ensisijainen potilaat, tähdellä käytettiin korostamaan kohtalainen AR voitto (keskiarvo

AR

per ydin = 1,5 mutta 2). (BD) yleisyys kunkin alatyypin poikkeavuuksia havaitaan yksittäisen kalan merkki yksi ensisijainen potilasta (yksi kasvain potilasta kohden, n = 34), Met /CRPC kasvain (n = 81), ja Met /CRPC potilasta /ksenografteja (n = 30 ), vastaavasti.

TMPRSS2 Twitter /

ERG

poikkeavuuksia luokitellaan yhtenä fuusio (vaaleansininen), dual /monimutkainen fuusio (tummansininen), vaihtoehtoinen uudelleenjärjestelyt (vihreä), ja kopioi numero lisäys (CNI) ja normaali geeni alleelit (keltainen).

AR

FISH havaittu kohtalainen

AR

voitto (vaaleansininen), voitto X (tummansininen) ja

AR

geenimonistuman (vihreä).

PTEN

FISH poikkeavuuksia sisältää heterotsygoottinen (vaaleansininen) ja homotsygoottisia (vihreä)

PTEN

poistot. (E) Yhteistyössä esiintyminen poikkeavuuksia kolme merkkiä näytetään 3D-pallon tontteja ensisijaisen syövän kohortti (vasemmalla) ja Met /CRPC kohortti (oikealla).

TMPRSS2 Twitter /

ERG

,

PTEN

, ja

AR

tulokset esitetään X, Y ja Z akselit, vastaavasti. Arvo esitetään kunkin akselin välillä 0 1 ”0” tarkoittaa normaalia tietyn markkerin. Sillä

TMPRSS2 Twitter /

ERG

, ”0.5” tarkoittaa uudelleenjärjestelyt, mukaan lukien fuusio ja vaihtoehtoiset uudelleenjärjestelyt; ”1” tarkoittaa sitä, CNI normaalin alleelien ilman uudelleenjärjestelyn. Sillä

PTEN

FISH, sekä heterotsygoottinen ja homotsygoottisia poistot esitetään ”1”. Sillä

AR

FISH, ”1” osoittaa

AR

kopioi vahvistuksenkertojan ( = 2,0). Potilaat, joilla on sama yhdistelmä poikkeavuudet ryhmittyneet pallo, jonka tilavuus on suhteessa potilaiden prosenttiosuus vastaavissa kohortissa. Vain potilaalla, joiden tiedot kaikista kolmesta markkereita ovat mukana. Vihreä pallo ensisijainen potilaan juoni tarkoittaa kohtalaista

AR

voitto ( 1,5 mutta 2,0).

Niistä 34 ensisijainen kasvaimia, jossa kaikki 3 markkereita voitaisiin arvioida , 16 (47%) ei esiintynyt poikkeavuuksia, joissa

AR

,

PTEN

tai

TMPRSS2 /ERG

; 11 (32%) olivat epänormaali yksi merkki vain. Kuusi potilaiden kasvaimia (18%) havaittiin epänormaali kaksi markkereita, mukaan lukien 3

TMPRSS2

:

ERG

fuusio ja homotsygoottisia

PTEN

poisto, 2

TMPRSS2

:

ERG

fuusio ja heterotsygoottinen

PTEN

poisto, ja 1 ei-fuusio vaihtoehto uudelleenjärjestelyn yhdessä heterotsygoottista

PTEN

poisto. Kukaan potilaista olivat epänormaali kaikki kolme merkkiä, koska ei ollut havaittavissa

AR

poikkeavuus kun katkaisu

AR

voitto oli asetettu = 2,0

AR

per tuma, mielivaltaisesti määritelty tiukat sulku. Kaksi potilasta luokiteltaisiin lievä

AR

voitto, jos hän käyttää

AR

kopioluvun kohti ytimiä

= 1.5 kuin kynnysarvon, perustettiin keskiarvona + 3SD perustuvat luettelointi tuloksia normaalin eturauhasen epiteelisolujen 18 eri näytteistä.

Niistä 30 Met /CRPC potilasta /ksenografteissa FISH tuloksia kaikista kolmesta markkereita, 4 (13%) ei ollut epänormaalia merkki arvoja. Viisi (17%) on esitetty epänormaali yksi markkeri vain; 13 (43%) havaittiin poikkeavaksi kaksi markkereita, mukaan lukien 8 (27%) on esitetty poikkeavaksi

TMPRSS2 Twitter /

ERG

ja

AR

FISH ja 5 ( 17%) saatiin

TMPRSS2 Twitter /

ERG

ja

PTEN

. Kahdeksan potilasta (27%) oli epänormaali kaikilla kolmella testillä.

arvioitiin edelleen alatyyppeihin geneettisten poikkeavuuksien havaittu kukin markkeri Met /CRPC kohortin (kuvio 2 B-D). Uudelleenjärjestelyt

TMPRSS2

ja /tai

ERG

havaittiin 14 potilaalla (47%), mukaan lukien 5 (17%) kanssa tyypillinen yhden

TMPRSS2

:

ERG

fuusio, 5 (17%), jossa kaksi tai monimutkaisia ​​

TMPRSS2

:

ERG

fuusio, ja 4 (13%) vaihtoehtoisten uudelleenjärjestelyjä ilman fuusio. Kopioi numero lisäys (CNI) kromosomi 21 havaittiin 10 potilaalla (33%) käyttäen

TMPRSS2 Twitter /

ERG

FISH antureista.

AR

voitto yhdessä tai useammassa vaurioita havaittiin 18 potilaalla (60%), sisältäen 6 (20%), joka johtui vahvistus X-kromosomin ja 12 (40%) aidolla

AR

geenimonistuman (

AR Twitter /X = 2). Poistaminen

PTEN

havaittiin 15 potilaalla (50%), mukaan lukien 5, joilla on homotsygoottinen poisto.

Wilcoxonin summa testi ehdotti, että Met /CRPC kohortti (n = 30) oli yleensä lisää muutoksia havaita FISH kuin kohortin primäärisyövästä (N = 34) (W = 1287,

P

0,001).

AR

voitto, mukaan lukien kohtalainen voitto (W = 1334,

P

0,001), ja yhdistelmä

TMPRSS2 /ERG

ja

PTEN

muutokset (W = 1181,

P

= 0,005) olivat merkitsevästi yleisempiä Met /CRPC kasvaimia.

tutkimus yksittäisten merkkiaineiden heijastuu ainutlaatuinen suuntaukset muutoksia kunkin geneettisen epänormaaliuden aikana etenemisen eturauhasen syöpä. Noin 80% Met /CRPC näytteet tunnistettiin

TMPRSS2 Twitter /

ERG

FISH epänormaalia, verrattuna 48% vuonna perusnäytteelle, ja ero oli tilastollisesti merkitsevä (taulukko 1; kuvio 2B ) (

P

= 0,03). Tämä ero näytti johtuvan CNI poikkeavuus sijaan

TMPRSS2: ERG

fuusio itse; potilaiden prosenttiosuus fuusioon tai vaihtoehtoisia uudelleenjärjestelyn pysyy samanlaisena, mutta potilaiden prosenttiosuus dual fuusio toisin kuin yhden fuusio on selvästi suurempi Met /CRPC luokka kuin primaarikasvaimen ryhmä (kuvio 2B). Tutkitaan yksittäiset kasvaimet (säätämisen sisällä henkilön korrelaatio ja ksenografti tila), kertoimella Met /CRPC kasvaimen näytteille poikkeavuus oli 4,5 kertaa suurempi kuin kertoimet primaarikasvaimen (

P

= 0,05). Vaikka lähes kaikki ensisijainen syöpäpotilailla oli normaalia

AR

asema, yli 70% Met /CRPC potilaat osoittivat eriasteista

AR

geenikopiomäärä vahvistus (taulukko 1, kuvio 2C). PTEN FISH kohonneen heterotsygoottinen

PTEN

poisto ja homotsygoottisia

PTEN

häviämä Met /CRPC verrattuna ensisijaisen potilailla (taulukko 1, kuvio 2D) (

P =

0,07 klo kasvain tasolla,

P =

0,003 at potilaan tasolla). Huomattavaa on, että potilaan tason arviointeja oli hierarkia, joten jos yksi vaurio oli heterotsygoottinen ja toinen homotsygoottinen, potilas tasoa pidettiin homotsygoottinen.

Tiedot koko paneelin eri yksilöt osoittivat eturauhassyövän potilailla, joilla on

PTEN

poisto taipumus myös epänormaalista tuloksia

TMPRSS2 Twitter /

ERG

FISH (kuvio 2E). Niistä 34 ensisijainen syöpäpotilaat tietoja kaikista kolmesta markkereita, 6 8 yksilöiden

PTEN

poisto (75%) osoitti myös epänormaali

TMPRSS2 Twitter /

ERG

FISH tulos (kuvio 2E). Niistä 30 Met /CRPC potilailla saatavien tietojen kanssa joko molemmat tai kaikki kolme merkkiä, 13 14 yksilöiden

PTEN

poisto (93%) myös osoitti poikkeavuuksia

TMPRSS2

/

ERG

FISH-analyysillä. Vuonna Met /CRPC potilaille, epänormaali

TMPRSS2 /ERG

FISH tulokset olivat myös yleisempiä potilailla, jotka osoittavat voitto

AR

, ja päinvastoin (kuvio 2E). Kuusitoista ulos 17 potilaalla (94%) ja

AR

voitto osoitti

TMPRSS2 Twitter /

ERG

poikkeavuuksia. Kuusitoista 24 potilasta (67%) ja

TMPRSS2 Twitter /

ERG

poikkeavuudet osoitti myös

AR

voitto. Tarkemmat FISH tuloksia kaikilla metastasoituneen näytteet jokaisesta CRPC potilaan on koottu taulukkoon 2. Tulokset ksenograftin näytteet on lueteltu taulukossa 3.

Intra- ja Inter-potilaiden vertailu Genomisen Aberrations ja heterogeenisyys Kastrointi Kestää eturauhassyöpä

3-markkeri FISH analyysit tuottivat kaksi havaintoja Metastasoivassa eturauhassyöpä: (1) saman potilaan poikkeavuuksien etäpesäkkeitä olivat yleensä yhdenmukaiset kasvaimet; (2) useat ensisijainen eturauhasen kasvaimia CRPC potilaista osoitti profiili eroaa kaukainen metastaasien. FISH analyysit

AR

kopioluvun (kuvio 3A) ja

PTEN Twitter /CEP10 suhde (kuvio 3B) osoitti ristiriitaisia ​​tuloksia välillä primäärikasvaimissa ja etäpesäkeleesioita. Erityisesti potilaan # 9, eturauhasen kasvain osoitti

AR

kopioiden määrä kasvaa, kun taas etäpesäkeleesioita kaikilla oli keskimäärin

AR

2. Potilaan # 11, ensisijainen eturauhasen kasvaimia osoitti normaalia

AR

tuloksia, kun etäpesäkeleesioita osoitti

AR

voitto. Samoin eturauhasen vaurio potilailla # 3 osoittanut heterotsygoottinen

PTEN

poisto, kun kaikki etäpesäkeleesioita oli normaali

PTEN

. Sitä vastoin potilaan # 11 etäpesäkeleesioita osoitti homotsygoottinen

PTEN

poistetaan, kun eturauhasen vaurio ei. Muissa tapauksissa (# 8 ja # 10), eturauhasen kasvaimia eivät poikenneet etäpesäkeleesioita poikkeavissa

vs

normaali merkki signaaleja, mutta olivat ulkopuolella 95% luottamusväli aihealueittainen keskiarvo perustuu lineaariseen sekamalleja sopivat etäpesäkeleesioita.

Jokainen kasvain FISH tulos edustaa piirtämistä merkin (harmaa etäpesäkeleesioita, punainen eturauhasen) jossa on useita leesioita saman potilaan samaan X-koordinaatti. Luottamusväli aihealueittainen keskimääräinen kopioluku arvot näkyvät mustina. Kynnykset epänormaali signaalit merkitään vaakasuora katkoviivat kullakin viljelmällä. (A) keskimääräinen lukumäärä

AR

per ydin. (B) Keskimääräinen

PTEN Twitter /

CEP10

suhde.

yleensä yli 75%: n vaihtelu oli välillä-potilas, jolla on suhteellisen vähän within- potilaan vaihtelu: Tällä intraclass korrelaatiokerroin oli 0,76 (95% CI +0,54-0,90) ja keskimääräinen

AR

ja 0,82 (95% CI 0,62-0,92) ja

PTEN Twitter /CEP10. Kuitenkin, kun koko paneeli arvioitiin kunkin yksittäisen, 4 (# 3, # 5, # 9 ja # 11) ulos 8 potilaalla (50%) saatavien tietojen kanssa kaikkien kolmen merkkiaineita paikallisessa eturauhaskasvaimissa osoitti erilaisia ​​profiileja välillä ensisijainen ja etäpesäkkeitä. Edelleen vertailun käyttäen tietoja yksittäisten markkerien osoittivat eri poikkeaman ensisijainen peräisin etäpesäkkeitä. Niistä 8 potilaalla, joiden

TMPRSS2 Twitter /

ERG

FISH tuloksia eturauhasen kasvainten, 3 (37,5%) oli tuloksena eturauhasen erilaiset kuin muissa metastaasien (taulukko 2). Mielenkiintoista, potilas # 5 osoitti dual poisto fuusio keskuudessa metastaasien, kun taas vain yksi poisto fuusio havaittiin kasvain eturauhasen saman potilaan. Kun analyysit

AR

, 3 (# 3, # 9 ja # 11) 10 potilaasta (30%) osoitti tuloksia eturauhasen jotka poikkesivat extra-eturauhasen kasvaimia. Arviointi

PTEN

poisto osoittivat, että 2 (# 3 ja # 11) ulos 9 potilaalla (22,2%) osoitti erilaista

PTEN

FISH tulosten välillä eturauhasen päällä ja etäpesäkkeitä. Potilaalla # 11, kaikki extra-eturauhasen etäpesäke osoitti homotsygoottinen

PTEN

poisto, kun taas eturauhasen kasvaimia osoitti normaalia

PTEN

tuloksia. Samoin paneeli data vierassiirrännäisille myös, että ksenografti linjat peräisin samasta potilaasta näyttäisikin sama genominen poikkeavuus (taulukko 3).

sisäiset kasvaimen Arviot Perimän heterogeenisuus metastaattisessa Potilaat

Me vieressä pyrittiin arvioimaan vaihtelua genomista muutokset havaitaan FISH paneeli yksittäisissä soluissa käsittävät ensisijainen tai metastaattinen kasvain. Löysimme huomattavaa kasvaimensisäisellä vaihtelua

AR

kopioluvun eturauhasen kasvainten. Linear sekamalleja ennustettu

AR

kopioi numero solutasolla kasvaimen tyyppi, jossa satunnainen potilaan vaikutuksia. Taulukossa 4 esitetään arvioita määrä

AR

solua kohti, ja kovarianssi parametriestimaatit jotka osoittavat, miten sisällä kasvaimen vaihtelua ja mittausvirhe eroavat kasvaintyypeille. Eturauhasen kasvainten oli Suurin arvioitu kuluessa hengen

AR

keskihajonta (1,43

AR

solua kohti). Useita eturauhasen kasvaimia ja imusolmuke etäpesäke oli joitakin poikkeuksellisen suuri määrä, jotka ovat voineet vaikuttaa arvioon. Sillä

PTEN /CEP10

suhde, kovarianssi arvioissa todettiin myös olevan heterogeeninen tuumorin tyyppi (χ

2

6 = 20, p = 0,003), mutta kuitenkin potilaan eturauhasen

PTEN /

CEP10 kasvaimensisäisenä heterogeenisyys ei erilainen kuin etäpesäke (χ

2

1 = 0,7, p = 0,40). Taulukko 4 osoittaa, että kudos perustuva heterogeenisyys erot olivat alhaisen sisällä vaihtelee potilaskohtaisesti vatsakalvon ja lisämunuaisen vaurioita. Nämä vaikutukset saattavat pidä sekoittaa potilaan vaikutuksia, koska harvat potilaat oli lisämunuaisen tai vatsakalvon vaurioita. By uskottavuusosamäärä, tilastollisia malleja, joissa erilliset kovariaattina arvioita kullekin kasvaintyyppi sopii aineistoon paremmin kuin malli, joka ei eroteltu kasvaimet (χ

2

6 = 412,

P

0,001).

Korrelaatio Genomisen muutostyöt ja Gene Expression in kastraatio Kestää Eturauhassyöpä

tutkiakseen toiminnallinen yhteys geneettisten havaitut poikkeavuudet meidän paneeli, me korreloivat meidän FISH havainnot geenien ilmentyminen tietoja 91 matching Met /CRPC näytteitä, mukaan lukien 65 potilaan kasvaimia ja 26 ksenograftit (taulukko S1).

ensimmäinen verrattuna

AR

kopioiden määrä, määritetään FISH, jossa

AR

transkriptio runsaus, määräytyy cDNA microarray samasta kasvaimen näytteestä. Havaitsimme monenlaisia ​​

AR

ilmaisun Met /CRPC kasvaimet (kuvio 4A). Keskimäärin

AR

kohti tumaan ja taso suhteellinen

AR

mRNA korreloi positiivisesti rho = 0,52 (

P

0,001) (kuvio 4A). Vakioituna mediaani

AR

mRNA-ilmentymisen määrä kaikista kasvaimista sekä

AR

FISH ja mRNA: n ilmentymisen tiedot (n = 88), näytteiden

AR

voitto (n = 48), mukaan lukien voitto X (n = 17) ja

AR

vahvistus (n = 31) ilmaistaan ​​

AR

mRNA: ta 2,5 ± 0,3-kertaisesti (keskiarvo ± SE) on suurempi kuin mediaani, kun taas kasvaimet ilman

AR

voitto (n = 40) oli

AR

mRNA tasolla 0,7 ± 0,2-kertainen verrattuna siihen mediaanin (W = 1106

P

0,001). Kun kasvaimista

AR

voitto jaettiin edelleen ryhmiin voitto X (n = 17) vs

AR

geenimonistuman (n = 31), meidän tiedot osoittivat, että

AR

mRNA ilmentyi samalla tasolla kahden (W = 361,

P =

0,24).

(A) sirontakuvaajan osoittaa korrelaatio FISH ja ilmaisun tiedot

AR

(n = 88). X-akseli kuvaa keskimäärin

AR

signaaleja kohti ytimiä. Y-akseli kuvaa

AR

mRNA-tasolla havaittu ilmaisun array suhteessa mediaani. Musta ympyrät tarkoittavat näytteitä keskimäärin alle 2

AR

kohti ytimiä. Sininen neliö tarkoittavat näytteiden kopioluku voitto

AR

vuoksi voitto X Musta kolmiot merkitsevät näytteiden

AR

geenimonistuman. (B) sirontakuvaajan osoittaa vaikutus

TMRPSS2

:

ERG

fuusio ja

AR

ilme runsaudesta

ERG

transkripti (n = 80 ). X- ja Y-akseli kuvaa suhteellinen mRNA runsaasti

AR

ja

ERG

verrattuna mediaani vastaavasti. Avoimet ympyrät ja täytetyt neliöt edustavat tuumoreihin ja

TMPRSS2

:

ERG

fuusio, vastaavasti.

sitten arvioitiin vaikutus

TMPRSS2