PLoS ONE: vertailu Nanostring nCounter® Tiedot FFPE Colon Cancer Näytteet ja Affymetrix Microarray Tiedot osuvan Jäädytetyt kudokset
tiivistelmä
ennustetta peräsuolen syöpä (CRC) vaiheen II ja III potilaiden edelleen haaste johtuen vaikeuksista löytää vankka biomarkkereita sopivia testaamiseen kliinisistä näytteistä. Suurin osa julkaistiin geenin allekirjoitusten CRC on kohdistunut tuore peräsuolen kudoksiin. Koska kokoelma jäädytetyn kudoksen ei ole käytännöllistä tavanomaisesta kirurgisia patologian käytännössä kliininen koe, joka parantaa ennustetekijöiden valmiuksia on normaalia patologinen lavastus paksusuolensyöpä täytyy olla suunniteltu formaliinilla kiinnitetyt, parafiiniin upotetut (FFPE) kudoksiin. NanoString NCounter
® alusta on geeniekspressioanalyysissä työkalu kehitetty käytettäväksi FFPE johdettuja näytteitä. Suunnittelimme mukautetun NCounter
® codeset perustuu elementtejä useilta julkaistu tuore kudos microarray-pohjainen ennustetekijöiden geeni allekirjoituksia paksusuolensyöpä, ja käytimme tätä foorumia järjestelmällisesti verrata geenien ilmentyminen tietoja FFPE Hyväksytty microarray joukko tietoja jäädytetty kudoksista . Tuloksemme osoittavat kohtalainen korrelaatio geenien ilmentymisen kahden alustojen ja löytö pieni joukko geenejä ehdokkaaksi biomarkkereita paksusuolensyöpä ennustetta, jotka ovat havaittavissa ja mitattavissa in FFPE kudosleikkeiden.
Citation: Chen X, Deane NG, Lewis KB, Li J, Zhu J, Washington MK, et al. (2016) vertailu Nanostring NCounter
® Tiedot FFPE Colon Cancer Näytteet ja Affymetrix Microarray Tiedot osuvan Jäädytetyt kudokset. PLoS ONE 11 (5): e0153784. doi: 10,1371 /journal.pone.0153784
Editor: Xiaofeng Wang, Cleveland Clinic Lerner Research Institute, Yhdysvallat