Krooninen sairaus

tiivistelmä

määrittäminen toiminnallinen vaikutus somaattisten mutaatioiden on ratkaisevan tärkeää ymmärtää kasvaimien syntyyn ja etäpesäke. Viimeaikaiset sekvenssit useiden syöpien ovat kattavia luetteloita somaattisista mutaatioista poikki koko genomeja, joiden tutkimus toiminnallisen vaikutuksen somaattisten mutaatioiden ei-koodaavat alueet. Täällä tutkimme somaattisia mutaatioita 3’UTRs geenien, jotka on tunnistettu neljässä syöpien ja laskennallisesti ennustaa, miten he voivat muuttaa miRNA kohdentamista, aiheuttaa mahdollisesti häiriöstä geenien ilmentymistä kätkeminen nämä mutaatiot. Huomaamme, että somaattiset mutaatiot luovat tai häiritä otaksuttu miRNA kohde sivustoja 3’UTRs monien geenien, mukaan lukien useita geenejä, kuten

MITF

,

EPHA3

,

TAL1

SCG3

, ja

GSDMA

, jotka on aikaisemmin yhdistetty syöpään. Olemme myös integroida somaattiset mutaatiot ituradan mutaatioita ja tulokset assosiaatiotutkimuksilla. Erityisesti tunnistamme otaksuttu miRNA kohde sivustoja 3’UTRs on

BMPR1B

,

KLK3

, ja

SPRY4

että häiritään sekä somaattisia ja ituradan mutaatioiden ja myös ovat kytkentäepätasapainossa lohkojen korkean pisteytyksen markkereita syöpään assosiaatiotutkimuksilla. Somaattiset mutaatio

BMPR1B

sijaitsee kohdepaikan miR-125b; ituradan mutaatioita tässä kohdesivustoa ovat aiemmin olleet molemmat osoittaneet häiritä sääntelyä

BMPR1B

by miR-125b ja yhteydessä syövän.

Citation: Ziebarth JD, Bhattacharya A, Cui Y (2012) Integrative Analysis somaattisista mutaatioista muuttamalla MicroRNA kohdistaminen Cancer Genomes. PLoS ONE 7 (10): e47137. doi: 10,1371 /journal.pone.0047137

Editor: Srikumar P. Chellappan, H. Lee Moffitt Cancer Center Research Institute, Yhdysvallat

vastaanotettu: toukokuu 10, 2012; Hyväksytty: 11 syyskuu 2012; Julkaistu: 16 lokakuu 2012

Copyright: © Ziebarth et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ osittain tukevat yliopisto Tennessee Center for Integrative ja Translational Genomics. Ei ylimääräistä ulkoista rahoitusta saatiin tätä tutkimusta varten. Rahoittaja ei ollut roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

perimää aikuisen ihmisen syövissä sisältävät tuhansia somaattisista mutaatioista [1], ja kriittinen näkökulma syövän tutkimuksen mitkä näistä somaattisista mutaatioista on ratkaiseva toiminnallisia vaikutuksia biologisiin prosesseihin liittyviä kasvaimien syntyyn ja etäpesäkkeiden [2 ], [3], [4]. Viime aikoihin asti pyrkimyksiä järjestyksessä syöpää genomeja ovat keskittyneet vaikutuksista mutaatioiden koodaavat alueet ja tunnistaa ei-synonyymi pistemutaatioita, pieni kehyksenvaihdon Poistoista tai suuria genomista uudelleen järjestelyt, esimerkiksi luoda fuusiot geenien [5], [6] . Kun nopea kehitys sekvensointiteknologioihin, on tullut mahdolliseksi sekvensoida ja verrata koko genomien normaalien ja syövän kudoksissa samasta yksilöstä tunnistaa somaattisia mutaatioita [7]. Äskettäin koko genomit normaalien ja syöpäkudosten potilailla, joilla on keuhkosyöpä [8], melanooma [9], pienisoluinen keuhkosyöpä (SCLC) [10], ja eturauhassyöpää [11] on sekvensoitu, joka tarjoaa somaattiset mutaatiot näissä syövät sekä koodaus- ja ei-koodaavia alueita. Kuitenkin on, että tässä vaiheessa ollut vähäistä tutkimus vaikutuksesta ei-koodaavan somaattisten mutaatioiden syöpään synnyssä.

Yksi vaikutus somaattisten mutaatioiden ei-koodaavat alueet, jotka on mahdollista vaikuttaa merkittävästi solutoiminnoille liittyvä syöpä on muuttaminen mikroRNA (miRNA) kohdistaminen. MikroRNA ovat pieniä, ei-koodaavat RNA: t, jotka toimivat posttranskriptionaalisella säätelijöinä mRNA: n ilmentymisen, tyypillisesti estämällä translaation tai aiheuttaa hajoamista niiden mRNA tavoitteita. Monet miRNA ovat ylös- tai alaspäin säädeltyjä syöpiä, mikä osoittaa, että ne toimivat onkogeenien tai tuumorisuppressorien, vastaavasti; ja miRNA ekspressioprofiileja on käytetty tarkasti luokitella syöpää alatyyppejä [12]. MikroRNA on osoitettu ohjaamaan monia tärkeitä solun prosesseja, jotka ovat muuttuneet syövissä, mukaan lukien erilaistuminen, proliferaatio ja apoptoosi [13]. Funktio miRNA on erityisen herkkä geneettisiä variantteja, koska täydentävät toisiaan siemenen alueen miRNA ja mRNA-sekvenssi on usein tarvitaan miRNA kohdistamista [14]. Siksi ei ole yllättävää, että ituradan mutaatioita, jotka häiritsevät miRNA kohdistaminen on havaittu tärkeä rooli useiden sairauksien [15], [16], [17], [18], mukaan lukien useiden syöpätyyppien [19], kuten melanooman [20], leukemia [21], [22], ja rintasyövän [23], [24], samoin kuin syövän syntyyn [25]. Ituradan mutaatioita, jotka muuttavat miRNA kohdesivustot on myös tutkittu olevan funktionaalisen aiheuttajaa variantteja taustalla olevia tuloksia genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS) [26], [27]. Äskettäin, somaattinen mutaatio 3’UTR

TNFAIP2

, tunnettu kohde

PRAM1

onkogeeni, luo uuden miRNA kohdepaikkaan, joka johtaa vähenemiseen

TNFAIP2

ilmentyminen potilaan akuutti myelooinen leukemia [28]. Tämä esimerkki valaisee mahdollisuutta somaattisten mutaatioiden muuttaa miRNA kohdentamista ja edistää synnyssä, mutta siellä on, tähän asti ollut rajoitettu tutkimus somaattisten mutaatioiden sijaitsee miRNA kohdesivustot.

Täällä systemaattisesti tutkia miten somaattinen mutaatiot voivat muuttaa miRNA kohdistaminen (kuvio 1). Ensin kerätään somaattiset mutaatiot 3’UTRs genominen alueet, joita tyypillisesti pidetään yleisin sitoutumiskohdat on miRNA, joka on saatu koko genomin sekvenssejä neljä syöpien ja analysoi kuvioita näiden 3’UTR mutaatioita. Seuraavaksi laskennallisesti ennustaa, kuinka 3’UTR somaattiset mutaatiot muuttavat miRNA kohdesivustot ja mitkä näistä somaattiset mutaatiot voivat olla erityisen merkityksellisiä syöpään synnyssä. Me määrittää somaattisia mutaatioita, jotka molemmat sijaitsevat geenit, jotka on yhdistetty syöpään ja muuttaa otaksuttu kohdesivustot syöpään liittyvien miRNA. Olemme myös yrittää yhdistää muuttaminen miRNA kohdistaminen syöpään integroimalla näiden somaattisen mutaation tuloksiin assosiaatiotutkimuksilla. Tunnistamme kolme miRNA kohdesivustot jotka ovat muuttuneet sekä somaattisia ja ituradan mutaatioita kytkentäepätasapainossa lohkojen paljon pisteitä merkkiaineiden tunnistettu GWAS syöpiä.

Somaattiset mutaatiot otaksuttu miRNA kohdesivustot ovat yhteydessä syöpään liittyvien geenien ja miRNA sekä tulokset syövän assosiaatiotutkimuksilla.

tulokset

Patterns somaattisten mutaatioiden 3’UTRs

keräsi yhteensä 610 somaattisten mutaatioiden 3’UTRs neljästä syöpiä (SCLC, melanooma, keuhko-, ja eturauhasen). Lukuun eturauhassyöpä, somaattiset mutaatiot määritettiin koko Genomikartoituksen yksittäisten näytteiden; Seitsemän näytteet sekvensoitiin eturauhassyöpään. Mikään somaattisten mutaatioiden 3’UTRs tunnistettiin useita syövän tyyppejä. Vain 1 (T C substituutio 30693148 3’UTR on

TUBB

joka havaittiin kaksi eturauhassyöpänäytteissä) 152 (0,66%) somaattiset mutaatiot 3’UTRs tunnistettu eturauhassyöpä oli löytyy useita näytteitä. Esiintyminen somaattisten mutaatioiden useita eturauhassyöpänäytteissä koko genomin oli samalla harvinaisia, koska vain 116 28626 (0,41%) somaattiset mutaatiot eturauhassyövän löytyi useita näytteitä genominlaajuisten. Verrata erilaisia ​​substituutioita, jotka on tapahtunut kussakin syövän tyypin, laskimme taajuus kunkin luokan yhden emäksen substituution (kuvio 2). Jakaumia substituutioiden 3’UTRs vaihteli syöpiä. Esimerkiksi suurin osa melanooman vaihdot olivat G A /C T, kun taas yleisin mutaatiot sekä keuhkojen ja SCLC näytteet G T /C somaattiset mutaatiot voivat luoda uusia tavoite sivustoja, jotka johtavat lisääntyneeseen eston käännöksen tai hajoamisen mRNA: iden. Erityisesti yksi somaattisista mutaatioista valitaan tällä menetelmällä vaikutti kokeellisesti validoitu kohdepaikan miR-125b in

BMPR1B

[46], joita tarkastellaan lähemmin seuraavassa jaksossa.

GWAS- ja CGAS perillä toiminnallinen analyysi somaattisista mutaatioista, jotka muuttavat miRNA kohdistaminen

genomin laajuinen ja kandidaattigeenifragmenttikloonien yhdistys tutkimukset ovat tunnistaneet suuri, ja kasvava osa genomista paikoista kätkeminen ituradan mutaatioita, joihin liittyy lisääntynyt riski syöpä. Monissa tapauksissa erityisiä ituradan mutaatioita että taustalla nämä yhteenliittymät ja niiden toiminnalliset vaikutukset eivät ole tiedossa; kuitenkin, ituradan mutaatioita, jotka muuttavat miRNA kohdistamisesta on tunnistettu lupaavia ehdokkaita mahdollisesti selittää lisääntynyt riski useita syöpiä [19]. Siksi yritimme yhdistää somaattisia mutaatioita, jotka muuttavat miRNA kohdistamisesta ituradan mutaatioita ja tulokset assosiaatiotutkimuksilla. Me pyrittiin määrittämään miRNA kohdesivustoa kytkentäepätasapainossa korkean pisteytyksen markkereita assosiaatiotutkimuksiin jotka muuttuvat, kun molemmat ituradan mutaatioiden ja somaattiset mutaatiot tunnistettiin syövissä. Erityisesti tunnistimme sekä kokeellisesti tuettu ja laskennallisesti ennustaa miRNA kohdesivustot muutettu somaattisia mutaatioita, jotka myös muuttaa ituradan mutaatioita, ja sitten, määritetään jos tavoite oli samassa haplotyyppi lohko kuin korkean pisteytyksen markkereita syöpään assosiaatiotutkimuksilla. Kolme geeniä,

BMPR1B

,

KLK3

, ja

SPRY4

, sisälsivät miRNA kohdesivustot muuttanut sekä somaattisia ja ituradan mutaatioita, jotka olivat sidos disequilbrium sisältävien lohkojen korkean pistemäärän assosiaatiotutkimuksessa markkereita (taulukko 2 ja kuva 4).

(a) Häiriöt kohdepaikkaan Mir-125b 3’UTR on

BMPR1B

. (B) Häiriöt kohdepaikkaan Mir-210 3’UTR on

KLK3

. (C) Häiriöt kohdepaikkaan Mir-608 3’UTR on

SPRY4

.

3’UTR

BMPR1B

sisältää sitoutumiskohdan miR-125b, joka on häirinnyt sekä somaattisen mutaation, joka tunnistettiin keuhkosyöpä (CHR4: g.96075969G T) ja ituradan SNP (rs1434536). Tämä tavoite sivusto on myös haplotyypin lohko rs11097457, yksi alkuun 100 eniten pisteitä merkkiaineiden Cancer Genetic merkkiaineet herkkyys (CGEMS) tutkimus, joka liittyy rintasyövän riski [46] (kuva 4a). R

2 vastinetta korrelaatiota rs11097457 ja rs1434536 vuonna 1000 Genomes Project [47] on 0,82. Kohdentaminen

BMPR1B

by miR-125b ja mahdollisuus, että perimä häiritä tämän tavoitteen päällä ja rooli syövän tutkittu jo aiemmin [46]. Saetrom et ai. todettiin, että rs1434536 oli vahva kytkentäepätasapainossa kaksi korkea pisteytys merkkiaineiden rintasyövän yhdistys tutkimus vahvisti yhdistys riippumaton rintasyöpä kohortin ja osoitti, että SNP häiritsi sääntelyä

BMPR1B

by miR-125b.

sekä somaattinen mutaatio (CHR 19: g.51363764A C) ja ituradan mutaation (rs1803136) 3’UTR on

KLK3

, geeni, jonka ilmentyminen on yleisesti käytetty diagnostisena markkeri eturauhassyövän [48], häiritsi ennakoi maalin sivustoja miR-675, miR-138, ja miR-210. Nämä kohdesivustot olivat samassa kytkentäepätasapainossa lohko, ja vain ~850 emäsparin päässä, mistä rs2735839 (kuva 4b), joka oli voimakkaasti yhteydessä lisääntynyt riski on GWAS eturauhassyövän [49]. Lisäksi somaattinen mutaatio (CHR 19: g.51363764A C) tunnistettiin myös potilaan eturauhasen syöpä [11]. On myös ollut edellisen todisteita siitä, että miR-675 [50], miR-210 [51] ja miR-138 [52] säädellä syövän solujen proliferaatiota. Löysimme myös somaattisen mutaation (CHR5: g. 141691500G T) ja ituradan mutaation rs72117814 sisällä ennustettu sitoutumiskohta miR-608 3’UTR on

SPRY4

joka sijaitsi samassa kytkentäepätasapainossa lohkon rs4624820, korkea-arvoinen markkerina kivessyöpä GWAS [53], [54] (kuvio 4c).

SPRY4

estää mitogeeniaktivoidun proteiinikinaasin reitti (MAPK), joka aktivoituu KITLG-KIT-reitin, joka on liittynyt kivessyöpä [53]. Koska ituradan mutaatioita, jotka häiritsevät tavoite sivustot

SPRY4

ja

KLK3

eivät sisälly 1000 Genomes Project tai HapMap tietoja, emme pystyneet laskemaan korrelaatio ituradan SNP ja korkea-arvoinen GWAS markkereita.

keskustelu

Viimeaikaiset sekvensointi koko genomien normaalien ja syövän kudoksissa samasta yksilöstä ovat kattavia luetteloita somaattisten mutaatioiden. Vaikka on ollut useita pyrkimyksiä tunnistaa toiminnallisia vaikutuksia somaattisten mutaatioiden koodaavat alueet [5], [55], ei-koodaavan somaattiset mutaatiot ovat saaneet melko vähän huomiota, vaikka merkitys näiden alueiden geenisäätelyn. Yksi raportti tutki määrien ei-koodaavan somaattiset mutaatiot multippeli myelooma ja havaittu, että monet ei-koodaavan mutaatiot olivat lähellä koodaavat alueet, joiden tiedetään somaattisia hypermutaatiolle ja että mutaatio taajuus joillakin-ei-koodaavat alueet oli suurempi kuin odotettua sattumalta [ ,,,0],56], mutta toiminnalliset vaikutukset ovat ei-koodaavan mutaatioita ei tutkittu. Täällä, teimme ensimmäinen yritys tunnistaa ei-koodaavan somaattisia mutaatioita, jotka saattavat aiheuttaa dysregulation geeniekspression ja edistää syövän synnyssä. Erityisesti olemme keskittyneet somaattisista mutaatioista sijaitsee 3’UTRs ja tutkitaan, kuinka nämä mutaatiot voivat muuttaa miRNA kohdistaminen. Huomasimme, että jakaumat erityyppisten yhden emäksen substituutioiden keskuudessa somaattiset mutaatiot 3’UTRs vaihteli eri syöpien, mutta yhtyi jakaumat koko genomin kussakin syöpätyypin (kuva 2). Tutkimme myös jakelua miRNA koko 3’UTRs ja todettiin, että keuhkosyöpä, oli suuri määrä somaattisen mutaation sijaitsee 3’UTR hyvin lähellä lopullista koodaavan eksonin. Jakelu mutaatioita koko geenejä on käytetty määrittämään soveltaminen on valikoivaa DNA: n korjaukseen, ja se on osoitettu, että DNA: n korjaus on yleisempää transkriptoidaan osa verrattuna ei-kopioidut kuituja ja 5′-pään geenien verrattuna 3 ”end [9]. Vaikka suuri määrä somaattisten mutaatioiden 3’UTR lähellä lopullista koodaus eksonissa keuhkosyöpä on vain alustava tulos perustuu suhteellisen pieni määrä somaattisista mutaatioista, tarkkailu samanlaisia ​​ongelmia kuin enemmän somaattiset mutaatiot tunnistetaan voivat mahdollistaa ymmärtämystä DNA: n korjautumista 3’UTR.

Yksi tapa, jolla somaattiset mutaatiot 3’UTRs voi olla toiminnallinen vaikutus on, jos ne vaikuttavat miRNA kohdistamista häiritsemällä tai luomalla miRNA kohdesivustot. Me erikseen mainittu somaattisia mutaatioita, jotka ennustetaan häiritä miRNA kohdesivustoa sisällä geenejä, kuten

TAL1

,

SCG3

, ja

GSDMA

, jotka yli-ilmentynyt syövän ja mutaatiot, jotka on ennustettu luoda uusia miRNA kohdekohtia sisällä geenejä, mukaan lukien

MITF

ja

EPHA3

, jotka ovat ali-ilmentynyt syövän. Vaikka on helppo selvittää, miten somaattisia mutaatiot voivat vaikuttaa miRNA toimintoa nämä kaksi tilaa (onkogeenien kanssa häiritsi sivustoja ja tuumorisuppressoreita kanssa luotu sivustoja), on todennäköistä, että häiriöstä miRNA funktion syöpä tapahtuu läpi monimutkaisempia suhteita, jotka eivät ole sopusoinnussa kaikkien syöpien. Esimerkiksi useita miRNA, kuten miR-17-19b klusterin [12], [57], [58], ja geenit, mukaan lukien

CDH1

[59], on osoitettu olevan onkogeenisen ominaisuuksia joissakin syöpätyyppeihin toimiessaan tuumorisuppressoreilla toisissa. Lisäksi, miRNA: n ilmentymisen kasvattamiseksi tavoitteensa joissakin tapauksissa [60].

Greenberg et ai. [61] tutki maailmanlaajuinen vaikutus somaattisten mutaatioiden melanooma, keuhkosyöpä ja leukemia. He havaitsivat, että mutaatiot melanooman vähensi sitoutumisen miRNA ja 3’UTRs, mutta eivät havainneet merkittävinä alenemisesta sitova somaattisten mutaatioiden muita syöpiä. Ne johtuvat tämän tuloksen UV-induced mutaatiot löydettiin melanooman pelkästä Strong-to-Heikko mutaatioita (eli ne mutaatiot, jotka vähentävät termodynaamisen hybridisaatio vakaus). Vaikka olemme keskittyneet miten somaattisten mutaatioiden vaikutti täydentävät toisiaan miRNA siemeniä ja kohdekohtia, eikä vaikutusta mutaatioiden sitoviin energia, useat tuloksemme yhtyi päätelmiin Greenberg et ai. Huomasimme, että taajuudet yhden emäksen substituutioiden vaihteli syöpätyyppeihin (kuvio 2), mikä lisää Strong-to-Heikko mutaatiot melanooman kuin muissa syövissä. Voimme myös käyttää tuloksia (taulukko S1) verrata Greenberg et ai. laskemalla lukumäärän suhde oletettujen miRNA kohdepaikkojen hajotettiin somaattisten mutaatioiden lukumäärä oletetun miRNA kohdepaikkojen luonut somaattiset mutaatiot. Häirityn on luotu kohdepaikkaan suhde on 1,18 melanooman mutaatioita, joka on samanlainen suhde löytyy SCLC (1,19), ja korkeampi kuin tähän eturauhasen (1,12) ja keuhkosyöpää (1,08), mikä viittaa siihen, että on mahdollista, että somaattisen mutaatioita melanooman johtaa kokonaismäärän vähentymiseen miRNA sitovia verrattuna normaaleissa kudoksissa ja muiden syöpien.

Yritimme tunnistaa merkittäviä toiminnallisia somaattiset mutaatiot hyödyntämällä tulokset assosiaatiotutkimuksilla. Havaitsimme tavoite sivustoja, jotka sisältävät sekä somaattiset ja ituradan mutaatioita ja ovat kytkentäepätasapainossa lohkojen korkean pisteytyksen markkeria assosiaatiotutkimuksilla syövistä. Tämä menettely yhdistää kaksi tietolähteitä osoittaa mahdollisuutta, että muutos kohdepaikan on rooli syövän; ituradan mutaation kohdepaikkaan on mahdollinen syy lisääntynyt riski liittyy linkitetty markkeri yhdistys tutkimuksessa, kun taas somaattinen mutaatio tavoite voi olla rooli tuumorigeneesiä muita henkilöitä. Havaitsimme kolme tavoitetta toimipaikkoja

BMPR1B

,

KLK3

, ja

SRPY4

jotka sisältävät sekä somaattiset ja ituradan mutaatioita ja ovat sidoksissa assosiaatiotutkimuksilla. Molemmat geenit sisältävät näitä somaattisten mutaatioiden ja miRNA jotka kohdistuvat alueet ovat aiemmin yhdistetty syöpään. 3’UTR somaattinen mutaatio

BMPR1B

tunnistettu keuhkosyöpä potilas häiritsee erityisen kohdepaikan miR-125b, joka on aiemmin tutkittu sen roolista syövässä [46]. Kohdepaikkaan sisältää SNP, rs1434536, joka on kytkentäepätasapainossa kaksi korkea pisteytys merkkiaineiden rintasyövän yhdistys tutkimus ja tulokset häiriöitä säätelyssä

BMPR1B

by miR-125b. Somaattiset mutaatio osoittaa toisen reitin, jonka kautta sääntelyn geenin miRNA voisi olla häiriöitä, mahdollisesti myötävaikuttaa kasvaimien syntyyn. Vaikka ei ole ollut niin voimakasta kokeellinen tuki mutaatiot häiritsevät säätelyyn

KLK3

[49] ja

SPRY4

[53], [54] mukaan miRNA syövässä, molemmat näistä geeneistä ovat vahva yhdistysten syöpä. Tasot

KLK3

käytetään yleisesti diagnosoimiseksi eturauhassyövän [48], ja somaattisen mutaation muuttamalla miRNA kohdistaminen

KLK3

todettiin eturauhassyöpä.

SPRY4

on mukana KITLG-KIT-reitin, joka on yhdistetty syöpään [53]. Lisäksi kaksi somaattiset mutaatiot (CHR 12: g.88889449G A ja CHR 12: g.88887136G A), in otaksuttu sitoutumiskohtia miR-203 ja miR-183, vastaavasti, sijaitsivat 3’UTR

KITLG

. Expression of miR-183: n on osoitettu korreloivan ilmentymisen miR-203 [62], ja molemmat miRNA ovat mukana ilmentymisen suppressioon kantasolujen tekijöiden syöpäsoluissa [62] ja leviämisen syövän [62], [ ,,,0],63].

KITLG

somaattiset mutaatiot ovat on kytkentäepätasapainossa lohko rs995030, merkkiaine SNP rs995030 joka liittyy vahvasti kivessyöpä riski [53]. Siksi nämä somaattiset mutaatiot 3’UTRs on

SPRY4

ja

KITLG

ovat lupaavia ehdokkaita maksuja kasvaimien synnyn, jonka häiriöstä KITLG-KIT-reitin.

Vaikka nykyisessä tutkimuksessa pystyi tunnistamaan somaattisia mutaatioita, jotka voivat vaikuttaa miRNA kohdentamista ja rooli syövän synnyssä, sitä rajoittaa useita tekijöitä. Ensinnäkin, kaikki yhtä lukuun ottamatta somaattisista mutaatioista tutkittu tässä tunnistettiin yhdellä potilaalla, ja sen vuoksi mutaatiot voivat ei tavallisesti löydy muista potilaista ovat tai eivät ole yleistettävissä muihin ihmisryhmiin ja syöpä etiologies. Toiseksi, koska suhteellisen pieni määrä kokeellisesti tunnettua miRNA sitoutumiskohtia ja ymmärtämättömyys yksityiskohtien miRNA kohdentamista, tässä tutkimuksessa oli, useimmissa tapauksissa vain pystyy tunnistamaan somaattisia mutaatioita, jotka muuttavat ennustettu miRNA kohdesivustot. Erityisesti olemme keskittyneet miten somaattisten mutaatioiden vaikutus sekvenssejä 3’UTRs täydentävät miRNA siemeniä, koska nämä ominaisuudet ovat olleet painopiste kaikkein miRNA kohdistaminen Ennustusalgoritmien; Tämä lähestymistapa laiminlyö miten somaattiset mutaatiot muissa paikoissa kohdepaikkaan, kuten 3 ’korvaavia sivustoja, voi vaikuttaa sitovia. Lisäksi, vaikka 3’UTRs on perinteisesti uskottu satama enemmistö miRNA kohdepaikkojen, useat viimeaikaiset kokeet ovat osoittaneet, että 5’UTRs [64] ja koodaavat alueet [65] sisältävät myös funktionaalisia miRNA tavoitteet. Tulevina vuosina, odotamme, että parannukset sekvensointiteknologioihin ehkä korjattava nämä puutteet, lisäämällä ymmärrystä siitä, miten muuttamisen miRNA kohdistamista ituradan ja somaattiset mutaatiot on rooli syövän ja muiden sairauksien tulevina vuosina. Uudet kokeelliset tekniikat, kuten CLIP-Seq [34], [35], on lupaus tarjota sekä laaja luettelot kokeellisesti tuettujen miRNA kohdesivustot ja perusta enemmän tietoa miRNA kohdentamista, mahdollisesti parantaa laskennallinen tavoite ennusteita. Myös määrä somaattisten mutaatioiden ja syöpään liittyvän markkereita GWAS todennäköisesti edelleen nopeasti, ja menetelmiä, jotka integroivat nämä varat tulee siten jatkuvasti hedelmälliseksi. Erityisesti, lisäämällä useita tunnettuja somaattisten mutaatioiden avulla tunnistamista varten mutaatioiden, joita esiintyy yleisesti syövän. Vaikka olimme määrittää yksi kohdepaikkaan (kohdepaikan miR-125b in

BMPR1B

), joka tarjosi yhdistelmä kokeellinen tuki, häiriöt sekä ituradan ja somaattiset mutaatiot, ja yhteyksiä yhdistyksen tutkimuksia, nämä kehittämällä resursseja voi pian tunnistamisen mahdollistamiseksi monia samanlaisia ​​etusijalle miRNA tavoitteita.

Materiaalit ja menetelmät

lähteet somaattisten mutaatioiden 3’UTRs

somaattiset mutaatiot koottu oheismateriaali alkuperäisen paperit keuhko [8] ja eturauhasen [11] syöpä ja ei-koodaavan variantit COSMIC-tietokannan [66] varten SCLC [10] ja melanooma [9]. Somaattiset mutaatiot määritettiin käyttäen kiinteitä, sillä SCLC [10], ja Illumina GAII alustoja, melanooman [10] ja eturauhassyövän [11]. Keuhkosyöpä mutaatiot [8] määritettiin käyttämällä 31- 35-base mate-pariksi lukee DNA nanoarrays tuotettu adsorboimalla järjestyksessä alustan pii substraattien grid-patterened taulukot. Määrittämään somaattisista mutaatioista, jotka sijaitsevat 3’UTRs vertasimme sijainti mutaation kanssa alun ja lopun sijainnit 3’UTRs of RefSeq geenit UCSC genomista selaimen [67], [68]. Tarvittaessa käytimme liftover väline Galaxy web-palvelin [69] muuntaa genomista sijainteja GRCh37 /hg19 kokoonpano ihmisen genomin.