Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

CHL1

geeni (tunnetaan myös

CALL

) on 3p26.3 koodaa yhden pass transmembraaninen cell adheesiomolekyyli (CAM). Aiemmin CAM Tämän tyyppisiä, kuten L1, osoitettiin osallistuvan syövän kasvua ja etäpesäkkeiden.

Menetelmät /Principal Havainnot

Käytimme Clontech Cancer profilointi Array (19 erityyppisiä syöpiä, 395 näytteet) analysoida ilmaus

CHL1

geeni. Tulokset edelleen vahvistanut RT-qPCR rinta-, munuais- ja keuhkosyövän. Syöpä Profilointi Arrays paljasti ero geenin ilmentymistä: alassäätöä /hiljentäminen useimmissa primaarikasvainten ja ylössäätöä liittyy invasiivisen /metastaattinen kasvua. Usein alassäätöä ( 40% tapauksista) havaittiin 11 syöpätyyppien (rinta-, munuais-, peräsuoli, paksusuoli, kilpirauhanen, vatsa, iho, ohutsuoli, virtsarakon, ulkosynnytinten ja haimasyövän) ja usein säätelyä ylöspäin ( 40% tapauksista) – 5 tyyppiä (keuhko, munasarja, kohtu, maksa ja henkitorvi) syöpään. Käyttämällä reaaliaikainen kvantitatiivinen PCR (RT-qPCR) huomasimme, että

CHL1

ilmentyminen väheni 61%: lla rintojen, 60% keuhkojen, 87% selkeä solujen ja 89% papillaarisen munuaissyövän yksilöt (

P

0,03 kaikissa tapauksissa). Oli korkeampi taajuus

CHL1

mRNA väheneminen keuhkojen okasolusyöpä verrattuna adenokarsinooma (81% vs. 38%,

P

= 0,02) ilman yhdessä syövän etenemiseen.

Johtopäätökset /merkitys

tulokset viittasivat siihen, että

CHL1

on mukana kehittämässä erilaisten ihmisen syöpien. Aluksi aikana primaarikasvaimen kasvun

CHL1

voisi toimia oletetun tuumorisuppressori ja vaimentuu helpottaa

in situ

kasvaimen kasvun 11 syöpätyyppeihin. Olemme myös ehdottaneet, että uudelleen geenin ilmentymistä reunalla syöpäkasvaimen voisi edistää paikallista invasiivisia kasvua ja mahdollistaa edelleen metastaaseja munasarjassa, paksusuolen ja rintasyöpää. Tuloksemme tukevat myös rooli

CHL1

potentiaalisesti uusi erityinen biomarkkereiden alussa synnyssä kahden suuren histologista tyyppiä munuaissyövän.

Citation: Senchenko VN, Krasnov GS, Dmitriev AA, Kudryavtseva AV, Anedchenko EA, Braga EA, et ai. (2011) Differential ilmentäminen CHL1 Gene aikana kehitys Major ihmisen syövissä. PLoS ONE 6 (3): e15612. doi: 10,1371 /journal.pone.0015612

Editor: Tšad Creighton, Baylor College of Medicine, Yhdysvallat

vastaanotettu: 11 elokuu 2010; Hyväksytty: 17 marraskuu 2010; Julkaistu: 07 maaliskuu 2011

Copyright: © 2011 Senchenko et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat avustuksia 08-04-01577 ja 10-04-01213 Venäjän perustutkimusrahaston; Valtion Sopimukset 02.740.11.5227 ja 16.740.11.0173 Venäjän opetus- ja tiede; avustukset Ruotsin Cancer Society, Ruotsin Research Council, Ruotsin instituutin ja Karoliinisen instituutin ja National Cancer Institute, Center for Cancer Research, Intramural tutkimusohjelma NCI. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

syöpään liittyvien geenien jaetaan kahteen pääryhmään: syöpää aiheuttavia geenejä, jotka ohjaavat pahanlaatuisiksi ja ylläpitää kasvaimen kasvua, ja syövän etenemistä geenien orchestrate paikallinen invaasio ja leviämiselle metastaattisen solujen ja kasvua etäispesäkkeitä [1 ], [2], [3].

CHL1

geeni – close homologi L1, joka tunnetaan myös nimellä

CALL

– soluadheesiota L1 kaltainen (GenBank NM_006614.2) koodaa yhden pass transmembraaninen soluadheesiota molekyyli (CAM) pystyy sekä homotyyppisessä ja heterotypic sitova. Koodaaman proteiinin tämän geenin on jäsen L1-geenin perhe hermosolujen adheesiomolekyylien. Se on hermo kyylin, joka voi olla mukana signaalitransduktioreitteihin.

CHL1

ilmentyy normaaleissa kudoksissa paitsi aivoissa ja ilmaistaan ​​erilaisissa ihmisen syöpäsolulinjoissa ja primaarisen kasvaimen kudokset [4], [5]. Se on myös osoittanut, että geeni on mukana yleisesti kognitiivisten toimintojen (g /IQ) [6], [7], ja jotkut neurologisissa sairauksissa (ts skitsofrenia [8]). Poistamisen yhden kopion tästä geenistä voi olla vastuussa henkisen vikoja sairastavilla potilailla 3p- oireyhtymä. Viime aikoina useat CAM lukien L1 osoitettiin osallistuvan syövän kasvua ja etäpesäkkeiden [9], [10].

CHL1

sijaitsee 3p26, alueella, joka on osoitettu satama ehdokasta eturauhassyövän alttius Suomi eturauhassyöpä perheitä, vaikka mitään mutaatioita havaittiin koodaus geenin osan [11]. Siten nämä raportit viittaavat siihen, että

CHL1

on rooli syövän kehittymisessä [12], paitsi hermosolujen toimintaan. Aiemmin yhteistyössä tohtori Helen S. Smith, teimme poisto kartoitus lyhyen varren kromosomin 3 paneelissa rintasyövistä ja rajattuna kolme alueiden kätkeminen rintasyöpään ehdokas tuumorisuppressorigeeneille (APT), nimittäin, 3p24- 26, 3p21-22, ja 3p12-13 [13], [14], [15], [16]. Sitten kloonattu

CHL1 (CALL) B -geenin 1997/1998 ja analysoitiin sen ilmentymistä hiiren kehitykseen ja suorittaa laaja bioinformatiikan analyysi [5].

Täällä tarjotaan kattava tutkimus

CHL1

mRNA: n ekspression käyttämällä kahta menetelmää. Laadullinen analyysi tehtiin käyttämällä Clontech Cancer profilointia Arrays, ja edelleen reaaliaikainen kvantitatiivinen PCR (RT-qPCR) käytettiin validointiin microarray tiedot kolmen suuren syöpätyyppeihin: ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC), rintasyöpä (BC) ja munuaiskarsinoomia (RCC). Tuloksemme ehdotti kaksoisrooli

CHL1

kasvainten synnyssä: se saattaa edistää ensimmäistä kasvaimen kasvua ja sitten etenemiseen ja lopuksi kasvaimen leviäminen /etäpesäke. Tiedot tukee lisäksi asemaa

CHL1

potentiaalisesti uusi erityinen biomarkkereiden alussa synnyssä kahden suuren histologista tyyppiä munuaissyövän.

Työ on omistettu tohtori Helen S. Smith.

tulokset

in silico

analyysi CHL1 ilmaisun normaaleissa ja tuumorikudoksissa

Suurin julkinen ilme tietokannat mahdollistavat havaita ja mitata ilmaus useimpien, ellei kaikkien tiedossa RefSeq geenit (~20,000) normaaleissa ja tuumorikudoksissa. Käytimme useita julkisia web-pohjaisia ​​palvelimia analysoida hiiren ja ihmisen

CHL1

ilmaisun [17], [18], [19], [20]. Tiedot osoittavat, että

CHL1

ilmentyy monissa normaaleissa aikuisen ja sikiön kudoksissa paitsi aivoissa ja ääreishermoston [17], [19]. Muuttujalauseke nähtiin monissa kasvaimissa; se oli erityisen korkea melanooma solulinjassa G361. Mukaan Oncomine [18] alustavat tiedot perustuvat mikrosiruanalyysi,

CHL1

ilmaus vaihtelee myös useita merkittäviä syövän tyypit – munuaisten [21], [22], kohdunkaulan [23], paksusuolen [24], [ ,,,0],25], munasarja [26], keuhko [27], [28], vatsa [29] ja rintojen [30], [31] syöpä. Oncomine osoitti myös koekspressoimalla

CHL1

toisen tunnettujen syövän etäpesäkkeiden liittyvän geenin, lysyyli oksidaasi (

LOX

) [32] etäispesäkemelanoomassa.

tutkinta CHL1 ilmaisutapoja Cancer Profilointi Arrays

Käytimme Syöpä profilointi Taulukot I ja II (Clontech) testata

CHL1

ilmentymisen suuri näyte ihmisen ensisijainen kasvaimia mukaan lukien rinta-, keuhko-, munuais-, munasarja- , paksusuoli, vatsan ja toiset (Fig. 1). Vain 395 näytettä 486, mukaan lukien 90 etäpesäkkeitä ja 12 etäpesäkkeitä olivat informatiivisia. Ensin osoitti, että muutos

CHL1

ilmentyminen kaikissa tutkituissa kasvaimissa verrattuna sovitetun ei-syöpä (normaali) kudoksiin oli tilastollisesti merkitsevä (

P

0,05, Fisherin eksakti testi tai χ

2 kriteerit).

käytetyt lyhenteet: ADC – adenokarsinooma, ASC – adenosquamous syöpä, BAC – bronkiolialveolaaristen keuhkorakkuloiden adenokarsinooma, C – karsinooma, CAC – kystadenokarsinooma, CC-ADC – kirkas adenokarsinooman, EDST – endodermaalinen sinus kasvain, ENB – epiteelin nefroblastooma, ESS – kohdun limakalvon strooman sarkooma, FAC – follikulaarinen adenokarsinooma, FS – fibrosarcoma, I-DC – soluttautuminen duktaalikarsinooma, I-IDC – soluttautuminen intraduktaalinen karsinooma, I-LC – soluttautuminen lobulaarinen karsinooma, LC – lobulaarinen karsinooma, LDC – mixed lobulaarinen-duktaalikarsinooma, LM – sileälihaskasvaimen M – pahanlaatuinen melanooma, MAC – mucinous adenokarsinooma, MBC – mucinous rajatapaus syöpä, MC – medullaarikarsinoomaan, MMMT – pahanlaatuinen mixed MUllerin kasvain, NI-IDC – noninfiltrating intraduktaalinen karsinooma PAC – papillaarinen adenokarsinooma, PC – papillaarinen karsinooma, PSC – papillaarinen vakavien karsinooma, PSCA – papillaarinen vakavien cystadenoma, PSCAC – papillaarinen vakavien kystadenokarsinooma, RCC – munuaissolukarsinooma, S – seminooma, SC – vakavien syöpä, SCAC – vakavien kystadenokarsinooma, SCC – okasolusyöpä, TAC – putkimainen adenokarsinooma, TC – putkimainen syöpä, TCC – siirtymäkauden cell carcinoma, UBT – kohtu hyvänlaatuinen kasvain. Tähdellä (*) osoittavat näytteiden etäpesäkkeitä. ** G361 – melanooma solulinjaa. Boxed näytteet osoittavat sovitetun normaalin (vasemmalla) – primaarikasvaimen (alhaalla oikealla) parin, johon liittyy metastaattinen näyte (oikeassa yläkulmassa laatikko). T – kasvainnäytteestä; N – vastaaviin normaaleihin ohjaus yksilöitä.

Down-asetus.

Kuten käy Cancer Profilointi Array dataa kuvioissa 1 ja 2, suuri osa potilaista näkyy alas-säätely

CHL1

ilmentymistä rinta-, munuais-, peräsuoli, paksusuoli, kilpirauhasen, vatsan, ihon, ohutsuolen, virtsarakon, ulkosynnytinten ja haimasyöpä. Tulokset microarray data-analyysi esitettiin 11 syöpien taulukossa 1. Yhteensä tilastollisesti merkitsevä lasku

CHL1

ekspressio havaittiin rintasyövässä – 71% (45 63 tapausta), paksusuolen – 48% (23 48), peräsuolen – 50% (14 28), kilpirauhasen – 69% (11 16), kidney – 75% (21 28) ja ohutsuoli – 67% (6 9) syöpiä . Tärkeää on, tilastollisesti merkittävää lisäystä alassäätöä taajuus osoitettiin näytteissä etäpesäkkeitä verrattuna näytteisiin ilman etäpesäkkeitä paksusuolessa (83% vs. 36%,

P

= 0,01) ja peräsuolen (75% vs. 31 %,

P

= 0,05) syöpiä. Sama suuntaus havaittiin munasarjasyöpä (60% vs. 19%,

P

= 0,17).

Fraktio kasvainten

CHL1

ylössäätöä on osoittivat kanssa punainen, alassäätöä – vihreä, mRNA-tasolla säilyttäminen – keltainen. Data paljastuu Clontech mikrosiruanalyysillä. Tähdellä (*) osoittaa tilastollisesti merkitseviä eroja taajuuksien

CHL1

ilme muuttuu ylä- ja alassäätöä.

Up-regulation.

CHL1

ylössäätöä (taajuus 20%: sta 100%) havaittiin keuhkojen, munasarjojen, kohdun, maksan, ihon, eturauhasen, vatsa, kohdunkaula ja henkitorven syöpiin. Kuitenkin kasvu

CHL1

mRNA-tasolla oli tilastollisesti merkitsevä vain keuhkosyövän -64% (16 25,

P

0,01). Valtaosa tällaisista tapauksista (14 22, P 0,01) todettiin eri histotypes NSCLC (ADC, BAC, SCC) Stage I. Lisäksi havaitsimme useita tapauksia

CHL1

ajan asetuksen metastaattiset kasvaimet (vatsa, keuhko, henkitorvi, munasarja ja kohtu, taulukko 1). Siten tapauksissa

CHL1

ylössäätöä voisivat toimia esimerkkeinä

CHL1

tehtävä sekä perus- ja mahdollisesti edelleen etenemisen ja invasiivisia kasvaimen kasvua.

Puretaan.

kohtu ja munasarjasyöpä taajuus ylä- ja alas-asetus oli lähellä (41% ja 30%, 46% ja 27%, tässä järjestyksessä). Vuonna munasarjasyöpä alas-asetus oli vallalla tapahtuma (52%) näytteistä ilman etäpesäkkeitä, päinvastoin ylös-asetus oli vallalla (60%) ryhmässä etäispesäkekasval-. Vuonna mahasyöpä tilastollisesti merkitsevä muutos

CHL1

lauseke (sekä ylös- ja alas-asetus) osoitettiin ryhmässä etäpesäkkeitä verrattuna ryhmään ilman metastaaseja (88% vs. 45%,

P

= 0,02).

etäpesäkkeitä.

Havaitsimme uudelleen ilmentymä

CHL1

4 12 etäpesäkkeitä (ensimmäinen koordinoida) yhdessä alhaisen

CHL1

mRNA tasolla primaarikasvaimen (toinen koordinaatti): munasarjassa (24K /24L), paksusuoli (14o /14P, 14 V /14 W) ja rintojen (4I /4J, Fig. 1, Array I). Lisäksi löysimme myös hiljentäminen geenin ilmentymisen sekä etäpesäkkeiden ja ensisijainen kasvaimia, esimerkiksi rintasyövän (4G /4H, 4K /4L).

Euroopan CHL1 ilmentyminen rinta-, keuhko- ja munuaissyövän kudoksiin tutkittiin käyttäen RT-qPCR

CHL1

mRNA-pitoisuus laski useimmissa tutkittu tuumorinäytteissä verrattuna normaaliin näytteet, mutta joissakin kasvainnäytteissä

CHL1

ilmentyminen kasvoi -regulated (Fig. 3. A, B ja C).

. Suhteellinen

CHL1

mRNA tasolla (R) rintasyövässä (BC). N

0 – ilman etäpesäkkeitä, N

1-2 – etäpesäkkeitä alueellisiin imusolmukkeisiin. Näytteet # 1, 2 (vaihe I), # 3-22 (vaihe II), # 23 (vaihe IV); Näytteet # 3-9 (luokka 1), # 10-21 (luokka 2). B. suhteellinen

CHL1

mRNA tasolla (R) in keuhkosyöpä (NSCLC). SCC – keuhko- okasolukarsinoomia, ADC – keuhkojen adenokarsinooman, N – normaali näytteitä vapaa syövästä terveiltä luovuttajilta; N

0 – ilman etäpesäkkeitä, N

1-2 – etäpesäkkeitä imusolmukkeisiin; I, II ja III – vaiheet. C. Suhteellinen

CHL1

mRNA tasolla (R) Munuaisten syöpä (RCC). CC-RCC – kirkas cell munuaiskarsinoomissa, pRCC – papillaarinen munuaiskarsinoomissa; N

0 – ilman etäpesäkkeitä, N

1-2 – etäpesäkkeitä imusolmukkeisiin; I, II ja III – vaiheet.

Rintasyöpä (BC).

Huomasimme, että

CHL1

mRNA taso aleni 61% (14 23,

P

0,03), kasvoi 22% (5 23) ja ei muuteta 17% (4 23) näytteitä. Enimmäislaskun

CHL1

mRNA taso oli 20-kertainen, maksimaalinen lisäys oli 34-kertainen. Ei ollut selvää korrelaatiota muutoksesta

CHL1

ilmaisun ja kasvaimen etenemistä (Fig. 3A).

Ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC).

CHL1

mRNA taso aleni 60% (18 30, P 0,02) ja oli normaali 33% (10 30), eli vähemmän kuin 2-kertaiseksi muutoksia. Lasku tai lisätä mRNA havaittiin, eivät sisään- keuhkojen ei-syöpä (normaali) sovitetun kudoksiin eikä kudoksiin syöpään vapaa terveiltä luovuttajilta. Kuitenkin kaksi histologista alatyyppiä NSCLC (ADC ja SCC) taajuus mRNA muuttuu oli erilainen. Alassäätöä havaittiin 38% (5 14) ADC näytteitä. Kasvu on

CHL1

mRNA (7-kertainen) havaittiin vain yhdessä ADC-näytteen. Päinvastoin, SCC näytteissä

CHL1

ilmentyminen oli merkittävästi vähentynyt 81%, (13 16,

P

0,02).

LD

(taso mRNA laskua) vaihteli 2-100-kertaisesti ADC ja 2-44-kertaiseksi SCC. Oli enemmän merkittävää lisäystä

FD

(taajuus mRNA pienenee) arvot SCC verrattuna ADC (81% vs. 38%,

P

= 0,02) ilman huomattavaa yhdessä kasvaimen etenemisen (Fig. 3, B ja taulukko 2).

Tyhjennä solu munuaissolukarsinooma (CC-RCC), papillaarinen munuaissolukarsinooma (pRCC) ja munuaisten sinoomasolulinjoja.

merkittävä vähennys (3-302-kertainen)

CHL1

mRNA havaittiin 87% (26 30,

P

0,01) CC-RCC yksilöitä ja 89% (8 9,

P

0,02) on pRCC näytteeksi, joista

LD

av

(geometrinen keskiarvo LD) yhtä suuri kuin 18 ja 19-kertaiseksi (Fig. 3, C). Siksi voimme päätellä, että taajuuden ja keskimääräisen tason

CHL1

ilmaisu väheneminen olivat samanlaiset kaksi suurta histologista tyyppiä munuaissyövän, CC-RCC ja pRCC.

LD

av

arvo oli merkittävä kaikissa RCC kasvaimia kaikissa kehitysvaiheissa riippumattomia etäpesäkkeiden läsnä ollessa (taulukko 3). CC-RCC tai ilman etäpesäkkeitä,

FD

ja

LD

av

arvot olivat samanlaisia.

Arviot

CHL1

mRNA-tasot seitsemässä munuaisten syöpäsolulinjoissa paljasti vahvan säätely alaspäin tämän geenin: 80-kertainen (Caki2, KRC /Y), noin 1000-kertainen (TK164) ja yhteensä hiljentäminen (TK10, KH39, HN4, Caki1, kuva 4).

mRNA-tasolla kohdegeenin normalisoitiin viittaus geenien

RPN1

ja

GUSB

.

vertailu mikrosirujen ja RT-qPCR tiedot rinta-, munuais- ja keuhkosyövän

microarray tiedot 61 BC, 23 RCC ja 25 NSCLC näytteitä verrattiin RT-qPCR tiedot 23 BC, 30 CC-RCC ja 30 NSCLC näytteitä. Meidän array tutkimuksessa merkittävä

CHL1

alassäätöä osoitettiin useimpien RCC näytteitä; ylössäätöä havaittiin 3 tapauksissa vain. Tuloksemme osoittivat myös alas-säätely

CHL1

useimmissa BC näytteiden riipu siitä etäpesäkkeiden ja ylössäätöä 7 kasvaimissa vain. Lähes samat tulokset saatiin käyttäen RT-qPCR. Oli yhtäläisyyksiä array ja määrällisiä tietoja munuaisten ja rintasyövän (taulukko 4).

Syöpä profilointi Taulukot I ja II sisältävät hyvin heterogeeninen ryhmä keuhkosyövän eri histologisia alatyyppejä: BAC, ADC, SCC, karsinoidioireyhtymän vaiheen I ja II, vain kaksi etäpesäkkeitä ja rajoitettu määrä näytteitä jokaisen alatyypin. Kaiken kaikkiaan oli 15 SCC ja 5 ADC jota voisimme verrata RT-qPCR data. Löysimme ylössäätöä 11 SCC (6 11 tunnistettiin vaihe I) ja 4 ADC (3 ADC oli vaihe I samoin); alassäätöä 2 SCC (13%) ja 1 ADC (25%, Fig. 1). Viime aikoina olemme osoitti ylössäätöä useiden TSG on 3p keuhkojen ADC Stage I. Nämä kasvaimet luonnehdittiin korkea eriyttäminen grade [33]. Toisaalta, mukaan RT-qPCR data useammin heikentyneet ilmaisun oli 38% (5 14 tapausta) ADC ja 81% (13 16 tapausta, P 0,02) SCC (katso taulukko 2). Up-asetus havaittiin ainoastaan ​​7% (1 14 tapausta) ADC eikä koskaan SCC.

Keskustelu

CHL1

, joka sijaitsee 3p26.1, kuuluu perheeseen solun adheesiomolekyylien (CAM) – solun pinnan proteiinit välittäjinä solu-solu- ja solu-matriisi vuorovaikutuksia. Muutoksia CAM lausekkeen (mukaan lukien

CHL1

) ja toiminnot on liitetty kehityksen eri kasvaintyypeissä, esimerkiksi melanooma [34], munasarja [9], [35], eturauhassyöpä [11] ja paksusuolen syöpä [36]. Mukaan [9], arviointi LOH kuviot serous epiteelin munasarjasyöpä (EOC) ehdotti, että

CHL1

on tuumorisuppressorina ehdokas (APT). Tutkimuksissa julkaisema meitä ja muut kirjoittajat (katso johdanto) ehdotti, että

CHL1

geeni voisi olla yksi oletetun tuumorisuppressorigeeneille lokalisoitu ihmisen kromosomissa 3 [12]. Kuitenkin, yli-ilmentyminen

CHL1

havaittiin vakavien EOC näytteissä [9]. Lisäksi L1 CAM yli-ilmentymisen pahanlaatuisen melanooman osoitettiin liittyvän etäpesäkkeitä [34].

mukaan Oncomine alustavien microarray ilmaisun data [17] yhdessä vallalla

CHL1

alassäätöä in useita kasvaimia (RCC, keuhko- SCC, paksusuolen ADC), yliekspressio CHL1 havaittiin melanooma. Differentiaalinen ilmentyminen havaittiin keuhkoissa ADC [26], kohdunkaulan [22] ja rintojen [29], [30] syöpä.

Näiden tietojen perusteella, me arveltu, että CHL1 ja muut tunnustamista reseptoreihin tämäntyyppisten voisi on kaksi roolista syövässä: alkuvuodesta pre-invasiivisen kasvun he voisivat toimia TSG ja ovat vaiennettu; myöhemmin invaasio ja etäpesäkkeiden vaiheissa nämä geenit mahdollisesti uudelleen ilmaista reunalla kasvaimen ajaa paikallista invaasiota ja mahdollistaa metastaaseja.

Tämä hypoteesi analysoitiin nykyisessä tutkimuksessa yhdistämällä alustava ilmaisun seulonta 19 erityyppisiä kasvaimia kaupallisella mikrosiruja (yhteensä 395 informatiivinen näytteitä, taulukko 1) ja arviointi

CHL1

mRNA: n ekspression primaarikasvainten käyttäen RT-qPCR. Tämä menetelmä on laajalti käytetty vahvistaa sairauteen liittyvän ilmentymisen allekirjoituksia, jotka ovat peräisin mikrosiruja. Lisäksi tämä tekniikka soveltuu hyvin kääntämisestä mikrosiruja tiedot täsmällisiä ja määrällisiä, kliinisesti käyttökelpoinen määrityksissä [37].

Osoitimme tässä, että ilmaus

CHL1

vapautettiin suurimmissa epiteelin pahanlaatuisia kasvaimia ( 76%,

P

0,01, mukaan lukien 54% alassäätöä tapaukset mukaan microarray data). Tilastollisesti merkitsevä

FD

arvot on esitetty rinta-, paksusuolen, peräsuolen, kilpirauhasen, munuaisten ja ohutsuolen syöpä (taulukko 1). Kolmen sosiaalinen merkittävä /tärkeä syöpätyyppejä – rinta-, munuais- ja keuhko microarray data todensi RT-qPCR. Oli hyvä välistä yhdenmukaisuutta dataa kahden menetelmiä munuais- ja rintasyöpä. Mukaan Oncomine microarray data merkittävä väheneminen

CHL1

ekspressiotaso CC-RCC näytteistä osoitettiin samoin.

Clontech Microarray (yli-ilmentymisen 64% keuhkosyöpä näytettä) ja RT-qPCR ( alassäätöä 38%: ADC ja 81% of SCC näytettä) eivät olleet Concord koska eri syövän alatyyppejä oli läsnä tutkittu microarray näytteitä. Erimielisyys paneelit ja RT-qPCR tiedot NSCLC voi johtua myös epätasaisesti näytteitä eri sisältöä normaalien solujen sekä rajoitettu määrä näytteitä ja voi olla tilastollisesti merkitsevä. Vaikka nämä tiedot eivät ole tilastollisesti pätevä takia heijastaa tärkeitä trendejä ja yhdistyksiä.

Kuitenkin siellä oli melko hyvä sopimus välillä määrälliset tulokset keuhkosyövän ja Oncomine data [17] kaksi suurta keuhkosyövän histotypes – ADC ja SCC.

on tärkeää huomata, että Oncomine hyödyntää mikrosiruja perustuu täysin eri alustalla kuin Clontech Cancer Profilointi Arrays. Perinteinen mikrosirut (Affymetrix, Agilent) sisältää useita eri geenin immobilisoitujen koettimien lasilevyille. Vain yksi cDNA näyte voidaan hybridisoitiin dia. Päinvastoin, Clontech Cancer Profilointi Arrays sisältää useita immobilisoidun cDNA näytteitä eri kasvain- ja normaaleissa kudoksissa. Oncomine sisältää perinteisiä mikrosiruja datan mahdollistaen genominlaajuisia analyysi rajoitettu määrä näytteitä ja Cancer Profilointi Arrays mahdollistaa analyysin yhdestä geenistä monissa kasvaimissa yhdessä kokeessa.

mukaan Clontech Microarray data, mRNA noususta havaittiin useiden kasvaintyyppien – kohtu, munasarja, paksusuoli, maha, kilpirauhanen, keuhkot, munuaiset, ja henkitorven – pääasiassa ei-etäpesäkkeitä. Kuitenkin myös oli usein tapauksia

CHL1

mRNA tasolla kasvu etäpesäkkeitä, esimerkiksi mahan ja keuhkosyöpää.

Lisäksi neljässä etäpesäkkeitä (4I, 14o, 14V, 24K ) 12 analysoitaviksi tapauksissa (eli silloin, kun ensisijainen kasvain ja etäpesäke samalle potilaalle olivat saatavilla) havaitsimme lisääntynyt

CHL1

ilmentymistä etäpesäkkeitä verrattuna primaarikasvaimen (munasarja-, paksusuoli- ja rintojen). Samanlaisia ​​tuloksia äskettäin raportoitu etäpesäkkeitä liittyvän geenin lysyyli oksidaasi (

LOX

), jonka ilmentyminen liittyy sekä tuumorisuppressiogeeneksi ja syövän etenemistä riippuen transformaatio asema [32]. Yli-ilmentyminen toisen adheesiomolekyyli L1-geeni liittyy etäpesäke pahanlaatuisen melanooman [34].

Syöpä on tappava sairaus jossa invasiivisia paikallista kasvaimen kasvua ja metastaaseja kaukaisiin elintärkeitä elimiä johtaa lepotilassa ja /tai aktiivisen kasvun ja väistämättömiä kuoleman potilailla. Vastoin aikaisempia malleja uusia todisteita ehdotti, että metastaattinen soluja saattaa syntyä jo alkuperäisen kasvun ensisijainen paikallinen kasvain. Nämä solut sitten onnistua solumigraatio /invaasio, embolisaatiota, selviytyminen verenkierrossa, pidätys kaukainen kapillaarikerrosta, sekä ekstravasaatio osaksi ja lisääntymiseen sisällä kaukainen elin parenchyma. Epäonnistuminen missä tahansa näistä vaiheista voi tukkia koko metastaattisen prosessin ja voi johtaa ”lepotilassa syöpäsoluja ja lepääviä micrometastases”. Kirurginen poisto primaarikasvaimen voi sitten johtaa aktiiviseen kasvua [38]. Koska kasvain leviäminen on vastuussa useimpien kuolemien syöpäpotilaita, kehittäminen terapeuttisten aineiden, jotka estävät kasvaimen etäpesäke on ensiarvoisen tärkeää [39], [40], [41], [42], [43], [44] , [45], [46], [47].

Yksi meistä ennustettu aiemmin [5], että sytoplasmisen loppuun CHL1 proteiinia voisi vuorovaikutuksessa solun tukirangan ja saattaa aiheuttaa /säädellä filopodia muodostumista ajo kasvain solujen vaeltamiseen ja hyökkäys [41], [45], [46].

CHL1

käyttäytyminen syöpä on siis silmiinpistävän samanlainen

L1

[10], [40] ja

LOX

jotka molemmat toimivat kautta aktiini verkon.

Tässä tutkimuksessa todettiin, että

CHL1

voisi edistää syövän invasiivisia kasvua ja etäpesäkkeiden. Se voi toimia joko tuumorisuppressorina (varhainen kasvu) tai onkogeenin (invasiivinen ja metastaattinen kasvua, Fig. 1, taulukko 1).

CHL1

siis voisi kuulua uuteen nopeasti kasvava luokka syövän geenien, jotka voivat toimia joko APT tai onkogeenien [32], [41], [43], [46], [47], [48] . Aikana alkukasvu

CHL1

ei ilmenny (vaimennettu) kasvainsoluissa helpottamaan

in situ

kasvaimen kasvua. Re-ilmentyminen

CHL1

reunalla kasvaimen massan ja ympärillä kasvain alukset voivat edistää muuttoliikettä ja paikallista invasiivisia kasvuun ja lisäksi mahdollistetaan aloittamista metastaattinen prosessi. Siten tuloksemme yhdessä havaintoja,

CHL1

oli mutatoidun ehdokas syöpään liittyvän geenin paksusuolisyövän [1] ehdotti, että tämäntyyppinen tunnustamista reseptorien voi todellakin olla dual roolit karsinogeneesissä. Mutaatiot löydettiin solunulkoisesta osasta

CHL1

varaa terapeuttista vasta-valikoivasti potilaiden hoitoon [1]. Tämä vahvistaa

CHL1

uutena kohteena henkilökohtaista immuuni väliintuloa ilmentävien syöpien mutatoitunut

CHL1

. Uudet terapeuttiset pieni inhibiittorit suunnattu

CHL1

voitaisiin tehokkaasti elävänä uusien kasvainten muodostumista lepotilassa micrometastases.

Tuloksemme osoittivat, että

CHL1

geeni voisi olla suuri merkitys kehitettäessä merkittäviä ihmisen syövissä, ja myös mahdollisuus ehdottaa hypoteesi on todennäköinen kaksoisrooli

CHL1

, vaikka vain kolme syöpien (munasarja-, paksusuoli- ja rintojen) tukevat tiedot olivat tähän asti saatu. Usein lasku ilmaus taso oli vallalla 11 19 kasvaintyypeissä ja tilastollisesti merkitsevä rinta-, paksusuolen, peräsuolen, kilpirauhasen, munuaisten ja ohutsuolen syöpä.

Tuloksemme tukevat myös rooli

CHL1

potentiaalisesti romaani biomarkkereiden alussa synnyssä kahden suuren histologista tyyppiä munuaissyövän sekä CC-RCC ja pRCC. Tulokset johdettu 7 RCC solulinjojen ehdotti niitä mahdollisena malli järjestelmä tutkimus metylaation roolin

CHL1

hiljentäminen.

Materiaalit ja menetelmät

Syöpä profilointi paneelit analyysi

Cancer profilointi Taulukot I ja II (154 ja 241 näytteiden vastaavasti, yleisesti 19 erityyppisten syöpien nimittäin, rinta-, munuais-, peräsuoli, paksusuoli, maha, iho, kilpirauhasen, ohutsuoli, virtsarakon, vulva, haima, eturauhanen, kohdunkaula, kives, keuhko, munasarja, kohtu, maksa, henkitorvi) hankittiin BD Biosciences Clontech (Palo Alto, CA), käytettiin ekspression analysoimiseksi

CHL1

geenin normaaleissa ja tuumorikudoksissa. Koko näyte tietoa Array I ja II on esitetty Clontech Catalog: No. 7841-1 ja nro 631777 vastaavasti (katso ”Arrays Information S1”).

Analysoimme vain informatiivinen näytteitä selkeä suhde normaali- kasvaimen huomasi intensiteetti. Tiedot varten näytteet Cancer profilointia Array I on esitetty alla.

1. Rintojen. Useimmat kasvaimet tunkeutuvat tiehyen (DC), intraduktaalisissa (IC) ja lobulaarinen (LC) karsinoomat. Vaihe I: 2Q, 2R, 2S, 2T, 2U, 4S, 4D, 4F. Vaihe II: 2 W, 4E, 4L, 4N. Vaihe III: 4A, 4B, 4H, 4J, 4M. Koordinaatit 18 metastaattisen (m) kasvaimet ovat 2B, 2C, 2D, 2E, 2 H, 2I, 2J, 2M, 2 N, 2P, 4H, 4J, 4L, 4O, 4P, 4R, 4S, 4U. Koordinaatit etäpesäkkeiden ovat 4G, 4I, 4K.

2. Kohtu. Useimmat kasvaimet ovat adenokarsinoomat (ADC). Vaihe I: 8C, 8F, 8H, 8I, 8J, 8K, 8L, 8M, 8N, 8o, 8P, 8Q, 8R, 8S, 8U, 8X, 8Y, 8BB, 8CC, 8DD, 8EE, 8FF, 10A, 10B , 10C. Vaihe II: 8T. Koordinaatit etäispesäkekasval- 8W ja 8AA, Stage III. Koordinaatit etäpesäkkeiden ovat 8V, 8Z.

3. Kaksoispiste. Kaikki kasvaimet ovat ADC. Vaihe I: 14L. Vaihe II: 14M, 14P, 14 q, 14AA. Vaihe III: 14S, 14U, 14V, 14Y, 14BB. Muut näytteet eivät tietoa Stage. Koordinaatit 9 etäpesäkkeitä ovat 14E, 14N, 14P, 14U, 14W, 14Y, 14CC, 16A, 16C. Koordinaatit etäpesäkkeiden ovat 14o, 14T, 14V, 14X.

4. Vatsa. Useimmat kasvaimet ovat ADC. Ei ole tietoa Stage. Koordinaatit 11 etäpesäkkeitä ovat 20A, 20B, 20E, 20F, 20H, 20I, 20K, 20S, 20T, 20V, 20X.

5. Munasarja. Vaihe I: 24B, 24D, 24E. Vaihe II: 24F. Vaihe III: 24A, 24G, 24H, 24J, 24L. Useimmat kasvaimet ovat ADC. Koordinaatit etäispesäkekasval- ovat 24J, 24L, 24M, 24N. Koordinaatit etäpesäkkeiden ovat 24I, 24K.

6. Kohdunkaula. 24X (adenosquamous karsinooma).

7. Lung. Vaihe I: 28E (levyepiteelikarsinooma, SCC), 28F (karsinoidikasvaimet), 28H (SCC), 28 i (ADC), 28J (ADC), 28K (SCC), 28L (bronkiolialveolaaristen alveolaarinen adenokarsinooma, BAC), 28M (SCC ), 28N (ADC). Tuntematon Stage: 28A (SCC), 28B (BAC), 28C (SCC), 28D (SCC), 28G (SCC), 28 o (m, ADC), 28P (m, BAC), 28Q (SCC), 28R (karsinoidioireyhtymän ), 28S (ASC), 28T (SCC), 28U (SCC).

8. Munuainen. Vaihe III: 32D (karsinoidioireyhtymän). Tuntematon Stage: 32A (kirkas cell munuaissolukarsinooma, CC-RCC), 32B (RCC), 32C (RCC), 32E (RCC), 32F (siirtymäkauden cell carcinoma), 32G (RCC), 32H (m, RCC), 32i (oncocytoma), 32J (RCC), 32K (RCC), 32L (m, RCC), 32M (RCC), 32N (m, RCC), 32O (RCC), 32P (RCC), 32Q (RCC), 32R (RCC), 32S (RCC), 32T (RCC).

9. Peräsuolessa. Kaikki kasvaimet ovat ADC. Vaihe I: 36G. Vaihe II: 36J, 36F. Vaihe III: 36C, 36H, 36I, 36L. Koordinaatit 6 etäpesäkkeitä ovat 36B, 36E, 36L, 36M, 36q, 36R. Koordinaatti etäpesäkkeiden on 36K.

10. Ohutsuoli. 36Y (m, ADC), 36Z (ADC).

11. Kilpirauhanen. Kaikki kasvaimet ovat papillien ADC, vaihe II: 40D. Vaihe III: 40C, 40E.

12. Eturauhasen. Kaikki kasvaimet ovat ADC. Vaihe I: 40M.

13. Haima. Tuntematon Stage: 40U (ADC).

tiedot näytteiden Cancer profilointia Array II on esitetty alla.

1. Rintojen. Vaihe I: 6E (DC), 6G (mucinous ADC), 6M (DC). Vaihe II: 6I (DC), 6K (m, DC), 6L (DC), 6 N (DC). Vaihe III: 6F (m, DC), 6 H (m, DC), 6J (m, LC).

2. Kohtu. Vaihe I: 6T (ADC), 6Z (SCC), 6BB (ADC). Vaihe II: 6X (SCC), 6AA (ADC). Tuntematon Stage: 6V (SCC).

3. Munasarja. Vaihe I: 10E (papillaarilihaksessa vakavien cystadenoma), 10K (mucinous kystadenokarsinooma). Vaihe II: 10I (ADC), 10J (sileälihaskasvain). Vaihe III: 10G (ADC), 10H (CC-ADC), 10M (serous pinta papillaarinen karsinooma), 10N (papillaarinen vakavasta cystadenoma). Vaihe IV: 10L (ADC). Tuntematon Stage: 10F (sileälihaskasvain).

4. Kohdunkaula. Vaihe I: 10Z (ADC), 10aa (SCC), 10BB (SCC). Vaihe II: 10V (SCC). Vaihe III: 10S (m, SCC).

5. Kaksoispiste. Vaihe I: 14E (tubulovillous adenooma, muut kasvaimet ovat ADC), 14F. Vaihe II: 14L. Vaihe III: 14H (m), 14I (m), 14 j, 14K (m), 14M, 14N (m). Vatsa. .