Krooninen sairaus

tiivistelmä

DOC-2 /DAB2 interaktiivinen proteiini (DAB2IP) on uudenlainen tunnistettu tuumorisuppressorigeeniä joka estää solujen kasvua ja helpottaa solujen apoptoosin. Yksi geneettinen muunnos

DAB2IP

geeni oli kuitenkin liittyy lisääntynyt riski aggressiivinen eturauhassyöpä viime aikoina. Koska DAB2IP liittyy kehittämiseen keuhkosyövän ja alhaisen ilmentymisen DAB2IP havaitaan keuhkosyöpä, me arveltu, että vaihtelut

DAB2IP

geeni voi lisätä geneettinen alttius keuhkosyöpä. Eräässä tapauskontrollitutkimuksessa 1056 keuhkosyöpää ja 1056 sukupuolen ja iän taajuus-sovitetun syöpää vapaa tarkastuksia, tutkimme yhdistyksen välillä kaksi yhteistä polymorfismien

DAB2IP

geeni (-1420T G, rs7042542; 97906C A, rs1571801) ja keuhkosyövän riskiä. Olemme havainneet, että verrattuna 97906CC genotyypit, kantajia variantti genotyyppien (97906AC + AA) oli merkittävästi lisätä keuhkosyövän riskiä (oikaistu riskisuhde [OR] = 1,33, 95% CI = 1,04-1,70,

P

= 0,023) ja lukumäärä variantin (riski) alleeli työskenteli annosvasteellisella tavalla (

P

trendi = 0,0158). Lisäksi kerrostuminen analyysi osoitti, että riski yhdistys oli huomattavampi, joiden ikä oli alle 60 vuotta, miehiä, tupakoimattomat, ei-juovat, ylipaino ryhmiä ja niissä perheen syöpään historian ensimmäisen tai toisen asteen sukulaisia, ja 97906A vuorovaikutuksessa ylipainoinen keuhkosyövän riskiä. Olemme lisäksi havainneet lukumäärä riskin alleelien (97906A alleeli) on negatiivinen korrelaatio varhaiseen diagnosointiin iässä keuhkosyöpään miehillä (

P

= 0,003). Kuitenkaan mitään merkittävää yhteyttä ei havaittu -1420T G-polymorfismi. Meidän tiedot osoittivat, että 97906A variantti genotyypit liittyy lisääntynyt riski ja iällä keuhkosyöpään, erityisesti miehillä.

Citation: Yang L, Li Y, Ling X, Liu L, Liu B, Xu K , et ai. (2011) yhteinen Genetic Variant (97906C A) DAB2IP /AIP1 liittyy lisääntynyt riski ja iällä Lung Cancer in Chinese Males. PLoS ONE 6 (10): e26944. doi: 10,1371 /journal.pone.0026944

Editor: John D. Minna, Univesity Texas Southwestern Medical Center at Dallas, Yhdysvallat

vastaanotettu: 16 maaliskuu 2011; Hyväksytty: 06 lokakuu 2011; Julkaistu: 26 lokakuu 2011

Copyright: © 2011 Yang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus osittain tuettu National Natural Tiedesäätiö Kiinan myöntää 30872178, 81072366 (Dr. J. Lu) ja 30872142 (Dr. W. Ji), Guangdongin maakunnan Tieteellinen tutkimus Apurahat 8251018201000005 ja Guangdongin maakunnan korkean tason asiantuntijoiden Grants 2010-79 ( Dr. J. Lu). Lisäksi mitään ylimääräistä ulkoista rahoitusta saanut tätä tutkimusta varten. Kaikki rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Keuhkosyöpä on yleisin syöpätyyppi ja numero yksi kuolinsyy kasvaintyypeille maailmassa [1]. Yhdysvalloissa, arvioitiin, että siellä olisi 222520 uutta keuhkosyöpää ilmaantuvuutta ja 157300 keuhkosyöpäkuolemista vuonna 2010 [1]. Käytetään kansallista kuolema tutkimus ja syövän rekisteröinnin Kiina Manner osoitti myös, että keuhkosyöpä oli johtava kuolinsyy useimmissa kaupungeissa Kiinassa [2]. Guangzhou, esiintyvyys keuhkosyövän oli 61.18 /10

5 miehillä, ja 32.56 /10

5 naisilla vuonna 2004, vastaavasti, joiden kuolleisuus 59.37 /10

5 miehillä, ja 27,82 /10

5 naisilla [2]. Kaikki nämä osoittivat, että taakat keuhkosyöpään ovat vakavia kaikkialla maailmassa, erityisesti miehillä.

Epidemiologiset tutkimukset ovat osoittaneet, että kaikkein etiologiset tekijät keuhkosyövän ovat peräisin ympäristöstä, kuten tupakointi, työperäinen altistuminen polysyklisille aromaattiset hiilivedyt, asbesti, metallit, ja hitsaushuurut, ilmansaasteita, ja aliravitsemuksen tai ruokavalion [3]. Kuitenkin vain pieni osa ihmisistä, jotka altistavat vaarallisille ympäristötekijät kehitetty keuhkosyöpää sairaus, mikä viittaa siihen, että muut tekijät kuin ympäristö, kuten isäntä (esim krooniset keuhkosairaudet) tai geneettiset tekijät (esim geeni vaihtelu) voi altistaa yksilöt kehittää keuhkosyövän [4]. Äskettäin meta-analyysi mukaan lukien tulokset 41 tutkimuksesta osoitti, että keuhkosyöpä suvussa oli riskitekijä keuhkosyöpään [5]. Nämä osoittivat, että geneettinen tekijä on rooli inhimillisen keuhkosyöpään.

DAB2IP

, koodaus geeni DOC-2 /DAB2IP proteiini, joka tunnetaan myös apoptoosin signaali- säätelevä kinaasin 1-vuorovaikutuksessa proteiini-1 (AIP1), on uusi jäsen RAS GTPase- aktivoivan geenin perhe. DAB2IP, ei vain suoraan aktivoi TNF indusoi ASK1-JNK solun apoptoottisten signalointi ja estää TNF indusoi IKK- NF-KB solujen kasvua signalointi [6] – [8], se myös tukahduttaa fosfatidyyli 3-kinaasi (PI3K) -Akt koulutusjakso ja siten johtaa solun apoptoosin [9] ja säädellä negatiivisesti RAS-välitteisen solujen eloonjäämistä signaalin kautta vuorovaikutus DAB2 [10]. Lisäksi tutkimus paljasti myös funktio DAB2IP moduloinnissa epiteelin-to-mesenkymaalitransitioon ja syövän etäpesäkkeiden [11]. Johtuen poikkeava metylaatio

DAB2IP

promoottorialueen, alhainen ilmentyminen DAB2IP havaittiin useiden syöpätyyppien kuten keuhkosyöpä, ja kohonnut taso DAB2IP voi estää syövän kasvua [12] – [17]. DAB2IP hiirten osoitti, että puute DAB2IP proteiini voi voimakkaasti lisätä epiteelisolujen maahanmuutto- ja tulehduksellinen angiogeneesiin [18]. Kaikki tiedot viittaavat siihen, että

DAB2IP

voi toimia kasvainsuppressorigeenin.

DAB2IP

geenin etsii kromosomissa 9q33.1-33.3. On korkea polymorfinen, 1457 polymorfismit ja kaksi yhteistä eri selostukset on raportoitu tämän geenin. Äskettäin yksi tutkimus kertoo, että geneettistä vaihtelua (rs1571801) in introni 1

DAB2IP

geeni merkitsevästi yhteydessä lisääntynyt riski aggressiivinen eturauhassyöpä sekä Afrikkalainen Amerikan ja Euroopan väestöstä [19]. Koska suurin osa keuhkosyöpäpotilaita ovat miehillä ja DAB2IP puutteellinen myös perustettu keuhkosyövän [15], on todennäköistä, että geneettinen vaihtelu

DAB2IP

geeni voi osaltaan lisätä riskiä keuhkosyöpään kuin se teki eturauhassyövässä. Vaihtelut promoottorin tämän geeni voi vaikuttaa geenin toimintoja. Ottanut nämä yhdessä, me arveltu, että geneettisen vaihtelun

DAB2IP

geeni ja niiden mahdollisia vuorovaikutuksia ympäristötekijät liittyvät keuhkosyövän riskiä.

Tässä sairaalan johdolla tapauskontrollitutkimuksessa mukaan lukien 1056 keuhkosyöpäpotilaita ja 1056 sukupuolen ja iän taajuus-täsmäsi geneettinen jotka eivät liity syöpää vapaa valvontaa, me genotyyppi kaksi yhteistä polymorfismien

DAB2IP

geeni (-1420T G, rs7042542, vuonna promoottori alueella; 97906C A, rs1571801, in introni 1) ja tutkitaan niiden yhdessä keuhkosyövän riskiä.

Tulokset

Oppiaineet kohderyhmätiedot

jakaumat demografiset muuttujat ja riskitekijät 1056 tapaukset ja 1056 syöpää vapaa valvontaa on kuvattu muualla [20] ja nämä muuttujat edelleen oikaistu monimuuttuja logistiikkaregressiomallin hallita mahdollisia sekoittavia tärkeimmät vaikutukset tutkittiin SNP ja käytetään myöhemmin kerrostuminen ja geeneihin ympäristön vuorovaikutus analyysi. Lisäksi on 1056 tapauksia oli 683 (64,7%) tapauksista cantoneses, 90 (8,5%) teocheweses, 198 (18,8%) hakkases ja 85 (8,0%) henkilöillä muista maakunnista. ja 1056 tarkastusten oli 700 (66,2%) cantoneses, 81 (7,7%) teocheweses, 195 (18,5%) hakkases ja 80 (7,6%) henkilöillä muista maakunnista. Ero jakaumat Saharan kansakunnan tapausten ja kontrollien välillä ei ollut tilastollisesti merkitsevä (

P

= 0,8538) ja tätä käytettiin myöhemmin ja geeni-ympäristö vuorovaikutus ositus analyysi (taulukko 1).

jakaumat

DAB2IP

genotyypit ja keuhkosyövän riskiä

jakaumat kahden SNP genotyyppiä keskuudessa valvontaa ja tapauksissa, ja odotusarvo suhteet liittyy keuhkosyövän on esitetty yhteenvetona taulukossa 2. Sekä genotyypin taajuuksien hallinnassa väestön olivat yhtäpitäviä ennustettu alle Hardy-Weinberg tasapaino (

P

= 0,454 varten -1420T G;

P

= 0,113 varten 97906C A). Geneettinen kytkentäepätasapaino- välillä -1420T G-lokus ja 97906C lokus ei tapahtunut, koska LD analyysi kontrolleissa on esitetty (D ’= 0,015 ja r

2 = 0,001), mikä viittaa siihen, kukin voi olla itsenäinen vaikutus riski keuhkosyöpä.

Kuten taulukosta 2, alleelityypitys taajuus 97906C SNP osoitettiin merkittäviä eroja tapausten ja kontrollien (

P

= 0,0381). Monimuuttuja regressioanalyysimme osoitti, että oikaisun jälkeen sekoittavat tekijät, verrattuna CC genotyyppejä, CA oli huomattavasti suurempi riski sairastua keuhkosyöpään (oikaistu kertoimet suhdeluvut [OR] = 1,31; 95% CI = 1,01-1,68;

P

= 0,0436), AA homotsygoottinen oli ei-merkitsevästi suurempi riski sairastua keuhkosyöpään (oikaistu OR = 1,90; 95% CI = 0,80-4,53;

P

= 0,1438), koska se harvoin, mutta siellä oli merkittävä suuntaus alleelin annoksen vaikutus keuhkosyövän riskiä (

P

trendi = 0,0158). Yhteispäätösmenettelyn hallitseva malli perintö, kantajia alleelin (ts CA /AA genotyyppien) oli 0,33-kertainen riski sairastua keuhkosyöpään (95% CI = 1,04-1,70;

P

= 0,023 ). Kuitenkin -1420T G SNP, genotyyppi ja alleeli taajuuksilla ei eronnut merkittävästi tapausten välillä ja säätimet (

P

= 0,5263 ja 0,4549 vastaavasti). Johdonmukaisesti, ei ollut merkittävää yhdistyksen välillä tämän SNP ja keuhkosyövän riskiä.

ositus analyysi

DAB2IP

97906C genotyypit ja keuhkosyövän riskiä

arvioitiin edelleen yhdistyksistä 97906CA /AA variantti genotyyppien keuhkosyöpä riski ositettu valittu muuttujia. Kuten taulukosta 3, verrattuna yhteiseen villityypin homotsygoottinen genotyyppi, haitalliset genotyypit 97906CA /AA oli nopeampaa miehillä (säädä OR = 1,42, 95% CI = 1,06-1,89), nuoremmilla yksilöt (säädä OR = 1,51 , 95% luottamusväli = 1,06-2,14), tupakoimattomilla (säädä OR = 1,43, 95% CI = 1,00-2,10), vuonna nondrinkers (säädä OR = 1,45, 95% CI = 1,10-1,92), ylipainoisia ryhmissä ( säädä tai = 2,33, 95% CI = 1,30-4,16) ja niissä perheen syöpään historian ensimmäisen tai toisen asteen sukulaiset (säädä OR = 2,55, 95% CI = 1,04-6,25). Ottaa huomioon, ei ole merkittävää assosiaatio -1420T G-polymorfismi ja keuhkosyövän riskiä havaittiin tahansa alaryhmien (tuloksia ei ole esitetty).

Lisäksi olemme arvioida mahdolliset vuorovaikutukset (tai vaikutus muutokset ) välinen polymorfismi ja ikä, sukupuoli, tupakointi, alkoholin, suvussa syöpää, ja BMI ryhmien syöpäriskiä. Vaikka sopiva kerrannaisvaikutukset malleja, me vain todettu, että 97906A variantti genotyypit vuorovaikutuksessa BMI lisäämään syövän riskiä (vuorovaikutus koe

P

= 0,0348). Olemme edelleen analysoi mahdolliset vuorovaikutukset Multifactor Ulotteisuus Reduction (MDR) ohjelmisto, ja totesi, ettei ollut vuorovaikutuksia 97906A variantin genotyypit, BMI ja tupakointi kasvaa syöpäriskiä (vuorovaikutus koe

P

= 0,0003). Nämä tulokset viittaavat siihen mahdollisuus vuorovaikutukseen 97906A variantin genotyyppien ja ylipainoinen keuhkosyövän riskiä.

Ikä puhkeamista keuhkosyöpä ja muunnelmia

DAB2IP

Koska nuorena puhkeamisen syöpä on ominaisuus geneettinen alttius taudin, olemme analysoineet suhdetta ikä puhkeamisen keuhkosyöpäpotilaita ja genotyyppejä

DAB2IP

A Pearson korrelaatio analyysi osoitti, että ikä puhkeamista laski merkittävästi lukumäärä riskin alleelien lisääntyi miehillä (r = -0,11,

P

= 0,0026), mutta ei naarailla (r = -0,06,

P

= 0,2923). Olemme edelleen osoitettu niille 746 miespotilailla yhteen kolmesta ryhmien lukumäärän perusteella riskien alleeleja, ja totesi, että ikä puhkeamista (keskiarvo ± SD) oli 61,1 ± 11,7 vuotta vuonna 610 potilasta nollariskillä alleeli (eli CC genotyyppien), se oli merkitsevästi pienempi 124 potilailla, joilla on yhden riskin alleeli (CA genotyyppien) (58,8 ± 11,2); ja se laski edelleen 12 potilaalla kahden riski alleelien (AA genotyyppien) (55,4 ± 9,5). Kantajia 97906CA tai AA genotyyppien oli 2,3 vuotta 5,7 vuotta nuorempi kuin CC genotyyppien. (ANOVA testi

P

= 0,0386) (Fig. 1). Olemme edelleen suorittaa Coxin regressioanalyysi ja ilman säädöt sukupuolen, iän, savu tila, juomaa ja BMI, ja totesi, että geneettinen muunnos 97906A (97906CA ja AA) on

DAB2IP

oli itsenäinen tekijä varhaiseksi puhkeamista keuhkosyöpäpotilaiden (

P

= 0,033,

P

ad = 0,031).

välisestä assosiaatiosta 97906C genotyypin ja

DAB2IP

mRNA-tasot

Kuten kuviossa 2A on esitetty, mRNA: n tasot

DAB2IP

32 keuhkosyövän kudokset olivat merkittävästi alemmat kuin niiden vieressä normaaleissa kudoksissa (

P

0,001). Kuitenkin erot DAB2IP mRNA ilmaisun kesken 97906C genotyypit olivat pieniä eikä tuumorikudoksissa (

P =

0,188) eikä normaaleissa kudoksissa (

P =

0,165), kuten kuvassa 2B ja 2C. Siinä ehdotettiin, että SNP 97906C A voi olla mitään merkittävää vaikutusta tähän geenin ilmentymisen.

, suhteellinen mRNA tasot

DAB2IP

ilmaisuja keuhkosyöpä kudoksissa verrattuna niiden viereiseen normaaliin keuhkokudokset ; B, suhteellinen mRNA taso

DAB2IP

ilmentymisen 97906C genotyypin keuhkosyövässä kudoksissa. C, suhteellinen mRNA taso

DAB2IP

ilmentymisen 97906C genotyypin normaaleissa kudoksissa. Ei merkittävää yhteyttä välillä havaittiin 97906C genotyypin ja

DAB2IP

mRNA ole syövän kudoksissa eikä normaaleissa kudoksissa sarakkeet, keskiarvo kolmesta itsenäisestä kokeesta; baaria, SD; ja t-testiä käytettiin testaamaan eroja ekspressiotasoja eri konstruktien.

Detection of DAB2IP /MLL -fuusiogeenin

Genotyyppausanalyysiin on 97906C genotyypit niissä 82 keuhkosyövän kudoksia ja niiden viereisten normaaleissa kudoksissa, huomasimme, että syövän kudokset 19 tapauksista oli kantajia CA, 2 tapaukset olivat AA, viereisen normaaleissa kudoksissa 17 tapauksista oli kantajia CA ja yhdessä tapauksessa oli AA. Me monistettu fragmentti DAB2IP /MLL fuusio geenin kanssa PCR-menetelmällä kuten von Bergh AR kuvattu kaikille niille 82 keuhkosyöpään kudosten ja niiden viereisten normaaleissa kudoksissa. Kuitenkin emme onnistuneet havaitsemaan

AB2IP /MLL

fuusio geeni.

Keskustelu

Tässä keuhkosyöpä tapauskontrollitutkimuksessa eteläisessä Kiinan väestön, tutkimme yhdistys kahden yhteinen muunnelmia

DAB2IP

ja keuhkosyövän riskiä, ​​jossa on suhteellisen suuri otoskoko 1056 keuhkosyöpäpotilaita ja 1056 syöpää vapaa valvontaa. Merkittävää yhteyttä välillä havaittiin 97906C polymorfismi ja keuhkosyövän riskiä. 97906A variantti genotyypit havaittiin liittyvän suurentunut, erityisesti alaryhmiin aiheista nuorempia kuin 60 vuotta, miehiä, tupakoimattomia, koskaan juovat, overweighter tai obesities, ja ne, joilla perheen syöpä historiaa. Lisäksi lisääntynyt määrä riski alleeleja liittyi enemmän nuorena puhkeamista keuhkosyöpään. Kuitenkin polymorfismin -1420T G, ei löydetty näyttöä mistään yhteydestä tämän SNP ja keuhkosyövän riskiä. Parhaan tietomme mukaan tämä on ensimmäinen genotyyppi yhdistys tutkimus

DAB2IP

SNP ja keuhkosyövän riskiä.

Yksi tutkimus löysi intron1 geneettinen muunnos 97906A in

DAB2IP

liittyi suurentunut aggressiivinen eturauhassyöpä [19]. Koska kriittinen rooli DAB2IP etiologiassa keuhkosyövän, tässä huomasimme, että 97906C SNP liittyi myös lisääntynyt riski sairastua keuhkosyöpään miehillä; se viittaa siihen, että 97906A variantteja voi olla tärkeä rooli etiologic keuhkosyöpään. Meillä oli suorittanut bioinformatiikan ”analyysi VISTA työkalut (https://genome.lbl.gov/vista/index.shtml) vertaamalla genomi-rakenteet

DAB2IP

geenin joukossa ihmisen (GeneID: 153090) ja hiiren ( GeneID: 69601), rotta (GeneID: 192126), koira (GeneID: 491356), lehmä (GeneID: 541268), huomasimme, että 97906C lokus etsii evoluutiossa säilyneitä alueita (ecrs), jotka eivät muuttuneet evoluution ja palveli kuten toiminnallinen cis-vaikuttavan elementtejä [21]. Olemme edelleen analysoineet mahdollisimman geneettisesti tilastollinen samanlainen SNP on 97906C A 5 Mb kromosomi 9 kautta HapMap SNP tietokanta (julkaisu # 36, https://www.hapmap.org/9. marraskuuta 2009) genotyyppi on CHB trios kanssa ssSNPer web-käyttöliittymä (https://gump.qimr.edu.au/general/daleN/ssSNPer/). Ina alue 123228424 bp ylävirtaan 123728423 emäsparia alavirtaan 97906C A, löysimme myös yksi introni 1 polymorfismien rs1984038 joka oli 3184 emäsparia ylävirtaan 97906C A oli täysin LD (D ’= 1,00, r

2 = 1,00) jossa 97906C SNP mRNA- ilmauksia DAB2IP geenin keuhkosyöpään kudosten ja niiden viereisten normaaleissa kudoksissa; ja emme onnistuneet havaitsemaan mahdollisia vaikutuksia SNP on DAB2IP /MLL fuusio geenin syöpä kudoksiin. Kun nämä todisteet yhdessä, se osoitti, että 97906C A on säilynyt geneettinen markkeri.

kerrostuneisuus analyysissä, huomasimme, että variantti genotyyppien (97906CA + 97906AA) olivat voimakkaampia mies, nuorempi, tupakoimattomia, nondrinkers, ylipaino ryhmiä ja joilla suvussa syöpää. Tiukka ympäristötekijät, kuten tupakointi ovat keuhkosyövän riskiä ja geeni-ympäristö vuorovaikutus on tunnettu mukana etiologiassa keuhkosyövän [23], mutta tässä huomasimme, että 97906A variantti voi vaikuttaa kehitykseen keuhkosyövän lähinnä alkuperäisten perinyt vaikutus. Kuten on esitetty, 97906C A on merkittävämpi nuoret henkilöt, vuonna tupakoivilla ja nondrinkers. Jatkuvasti joilla suvussa syövän tahansa ensimmäisen tai toisen – asteen sukulaiset olivat enemmän taipumus kehittää keuhkosyöpä johtuu geneettisen taustan korkea 97906A taajuus. Lisäksi havaitsimme johdonmukaista näyttöä tilastollisesti merkitsevä vuorovaikutusta 97906A ja ylipaino. Meidän pitäisi androgeenien voi toimia välittäjänä läheinen korrelaatio androgeenien ja lihavuuden [24] ja androgeenien, toiminto ilmaus DAB2IP tukahduttamalla EZH2 ilmaisun [25]. Lisätutkimuksia tarvitaan paljastaa mekanismin kerääntyneestä tutkimukset ovat varmistaneet, että ylipaino lisää riskiä ihmisen syövän, mukaan lukien keuhkosyöpä [26].

Mielenkiintoista, Huomasimme myös, että 97906A variantti genotyypit liittyy varhaisessa puhkeamista ikä keuhkosyöpää sairastavien miesten in alleeli annosvaikutuskuvaajia tavalla. DAB2IP voivat koskea patogeneesiin keuhkosyöpään kuin tutkimus ovat osoittaneet, että eturauhasen syöpä DAB2IP vaikuttanut korjaus tehokkuutta DNA double-säikeen katkoksia aiheuttama lääketieteellisen ionisoivasta säteilystä, joka on riskitekijä keuhkosyövän [27]. Siten meidän havainnot osoittivat 97906C polymorfismi voi olla konservoitunut geenimerkki ennustaa keuhkosyövän riskiä ja edelleen iällä keuhkosyövän miehillä.

Koska tässä tutkimuksessa oli sairaalassa perustuva tapaus- verrokkitutkimuksen, rajoitettu Kiinan Han väestö, se voi olla joitakin rajoituksia. Kuitenkin genotyyppi frekvenssijakaumien (eli -1420G, 97906A alleelit olivat 0,103, 0,072, vastaavasti) on verrokeilla Tutkimuksemme olivat samanlaiset kuin Kiinan väestön myös HapMap tietokantaan (ts -1420G, 97906A alleelit olivat 0,114 , 0,067, vastaavasti). Lisäksi genotyyppi taajuudet kontrollien joukossa mahtuisi Hardy-Weinberg laki ehdotti myös satunnaisuuden aihe valinta. Von Bergh AR et al. raportoitu, että eksoni 2

DAB2IP

geeni fuusioitiin

MLL

geenin akuutti myelooinen leukemia potilaalle. Olemme kuitenkin jättänyt noudattamatta

DAB2IP /MLL

fuusio geenin 82 keuhkosyöpää kudoksia ja niiden viereisten normaaleissa kudoksissa, puhumattakaan mahdollisesta vaikutuksesta 97906C polymorfismi on

DAB2IP /MLL

fuusio geeni. Koska teknisten rajoitusten, emme vielä suorita muita käyttökelpoisia määrityksessä tunnistaa onko 97906C lokus on introni- tehostajana tai silmukoinnin liittyvä sivusto. Tässä yhdistys tutkimuksessa saavutimme 80,2% tutkimuksen voima havaita raakaa OR 1,35 varten 97906CA + AA genotyyppien (joka esiintyi 13,6% kontrollien) verrattuna 97906CC genotyyppi. Siksi se näyttää olevan, että 97906CA + AA genotyypit liittyy lisääntynyt riski sairastua keuhkosyöpään tuskin on saatu sattumalta.

Yhteenvetona tässä sairaalassa perustuva tapauskontrollitutkimuksessa keuhkosyöpään , huomasimme, että 97906A geneettistä vaihtelua on

DAB2IP

geeni liittyi varhain alkanut iän ja lisääntynyt keuhkosyövän riskiä miehillä, etenkin alaryhmiin aiheista nuorempia kuin 60 vuotta, mies, ei koskaan juovat, obesities , ja ne, joilla perheen syöpä historiaa. Parhaan tietomme mukaan tämä on ensimmäinen tutkimus 97906A geneettisten varianttien

DAB2IP

geeni ja keuhkosyöpää alttius. Suuremmat, mieluiten väestöpohjainen tapausverrokkitutkimukset, sekä hyvin suunniteltu mekaaniset tutkimukset, ovat perusteltuja vahvistaa havaintomme.

Materiaalit ja menetelmät

Tutkittavat ja näytekokoelmaa

Tutkittavat 1056 keuhkosyöpäpotilaita ja 1056 syöpää vapaa tarkastuksia rekrytoitiin aikaisemmin kuvatulla [20]. Lyhyesti, kaikki histopatologisesti vahvisti primaarisessa keuhkosyöpä otettiin peräkkäin palvelukseen kaupunkien sairaaloissa ja esikaupunkialueella Guangzhou maaliskuusta 2007 maaliskuu 2009. Ne, joilla on toisen keuhkotuumoreita tai primaarikasvainten ylempi henkitorven kaksijakoisuus suljettiin pois. 1056 syöpää vapaa tarkastuksia, jotka olivat taajuus-sovitettu tapauksiin iän (± 1 vuotta) ja sukupuoli valittiin satunnaisesti noin 10000 henkilöitä, jotka osallistuivat terve lääkärintarkastus ohjelmiin yhteisön terveysasemilla toteutettiin Guangzhou. Kaikki koehenkilöt olivat geneettisesti jotka eivät liity etnisten Han kiinalaisia ​​ja olivat Guangzhou ja ympäröiviä alueita Etelä-Kiinassa. Ei ole ollut verensiirtojen viimeisten 6 kuukauden aikana. Yksinkertainen kyselylomakkeen avulla keräämään tietoa demografisia ominaisuuksia, kuten tupakointi, alkoholin käyttö ja muut tekijät, kuten sukupuoli, ikä, painoindeksi allekirjoitettu suostumuslomakkeen sekä tapauksissa ja valvontaa. Tiedot osa-etninen (eli Kantonin, Teochewese, Hakkas, ja Han etnisten muista maakunnista ulkopuolella Guangdong) kerättiin myös haastattelun aikana. Kaikki osallistujat rekrytoitiin tutkimuksessamme oli allekirjoittanut suostumuksen muodossa ennen kyselyn haastattelu ja tutkimuksemme hyväksyi Institutional Review Boards Guangzhou Medical University.

SNP valinta

Käytimme TSSW ohjelman ( https://www.softberry.ru/berry.phtml) ennustaa promoottorialueen ja totesi, että 4000 emäsparin 5′-ylävirran alueelle

DAB2IP

geeni ovat potentiaalisia promoottorialue. Perustuu HapMap tietokantaan (HapMap Data Rel 27 PhaseII + III, Feb 09 on NCBI B36 kokoonpanoon, dbSNP B126), huomasimme, että siellä oli yhdeksän yhteinen SNP (eli pienin alleelifrekvensseiltään ≥5%) sisällä promoottorialueen

DAB2IP

geenin Kiinan Han Beijing väestöstä. Olemme edelleen valinnut tagSNPs perustuu pareittain LD analyysi (r

2 kynnys = 0,8) kanssa Haploview 4.2 ohjelmisto, ja totesi, että polymorfismi rs7042542 (-1420T G) oli tagSNP joka edustaa geneettistä tietoa muiden SNP (Kuva S1). Lisäksi lisäämällä rs1571801 (97906C A) SNP sisällä intronin 1

DAB2IP

geeni, joka oli raportoitu olevan merkittävästi liittyy lisääntynyt riski aggressiivinen eturauhassyöpä kahtena GWAS tutkimukset osoittaneet [19], me genotyyppi on tämän kahden SNP: (-1420T G, ja 97906C a) meidän tutkimuksessa (kuvio S2).

Genotyyppausanalyysiin

Genominen DNA uutettiin 1 ml leukosyyttisolun pelletti saatiin buffy coat sentrifugoimalla 5 ml perifeerisen veren, käyttäen DNA veren Mini Kit (Qiagen, Valencia, A), mukaisesti valmistajan ohjeiden mukaisesti. DNA puhtaus ja pitoisuudet määritettiin mittaamalla spektrofotometrinen absorbanssi aallonpituudella 260 nm ja 280 nm: ssä.

kaksi SNP: tä genotyypitettiin käyttäen polymeraasiketjureaktiota-restriktiofragmenttipituuspolymorfismin (PCR-RFLP) -menetelmää. Sillä -1420T G, 132 bp: n PCR-tuote monistettiin genomisesta DNA: sta käyttämällä erityisiä alukkeita: 5′-CTCCTGACCT CAGGTGATC C-3 ’(eteenpäin), 5′-TGGTGGGGAGGACAAAGATGCATCTGA-3′ (taaksepäin). PCR suoritettiin 25 ul reaktiojärjestelmistä. Alkuvaiheen denaturointi 94 ° C: ssa 5 minuutin ajan, oli 35 sykliä 94 ° C: ssa 30 s, 61 ° C: ssa 30 s, ja 72 ° C: ssa 60 s, ja sitten lopuksi jatkamisvaihe 72 ° C: ssa 7 min. Monistetut fragmentit pilkottiin MlyI (New England BioLabs), yön yli 37 ° C: ssa, ja tuotteet erotettiin 3,5% agaroosigeelissä. -1420GG Genotyyppi tuotti 2 bändejä (112 ja 20 bp), kun taas -1420TT genotyyppi tuotti yhden kaistan (132 emäsparia), ja heterotsygootit näkyvät kaikki 3 bändejä (132, 112 ja 20 bp) (Kuva S1). Sillä 97906C A, 98 bp: n PCR-tuote monistettiin genomisesta DNA: sta käyttämällä erityisiä alukkeita: 5’-AAACAGGCATAAGG TTTTAAGT-3 ’(eteenpäin), 5′-AATTTGACTTCCAAGTTGTC-3’ (taaksepäin). Pilkottiin Tsp5091 (New England BioLabs), yön yli 65 ° C: ssa, 97906AA genotyyppi tuotetaan 2 bändejä (52 ja 46 bp), 97906CC genotyyppi tuotti yhden vyöhykkeen (98 bp), ja heterotsygootit näytetään kaikki 3 osaan (98, 52 ja 46 bp) (kuva S2).

tuloksia arvioitiin kahdella experimenters itsenäisesti jotka sokaissut koehenkilöiden potilaan tai valvonta-asema. Me satunnaisesti valittua 10% näytteistä kunkin 2 SNP suorittamaan toistuvia määrityksiä, ja tulokset olivat 100% yhtäpitävät. Kohde-genotyyppi PCR-tuotteet puhdistettiin ja varmistettiin suoralla sekvensoinnilla (kuvio S3).

DAB2IP

mRNA: n ilmentymisen analyysi

suoritetaan qRT-PCR, onko 97906C vaikuttanut

DAB2IP

geeniekspressiota

in vivo

. 32 kasvain kudosten ja niiden viereisten normaaleissa kudoksissa kerättiin potilailta, jotka eivät saaneet kemoterapiaa ja /tai sädehoitoa ennen koki täydellisen resektioleikkaukselle ensisijaisen keuhkosyöpään. Kaikki kasvain näytteet histologisesti varmennettu ja genotyyppejä näistä näytteistä olivat kaikki sekvensointi vahvisti. Kokonais-RNA uutettiin käyttämällä Trizol-reagenssia (Invitrogen, Inc.). Alikvootti kokonais-RNA (1 ug) lisättiin sitten käänteiskopioitua komplementaarinen DNA käyttäen oligo-aluketta ja SuperscriptII (Invitrogen). Suhteellinen mRNA: n ilmentymisen tasot

DAB2IP

ja sisäinen viite-geenin

β-aktiini

havaittiin ABI Prism 7500 Sequence Detection järjestelmän (Applied Biosystems), joka perustuu SYBR-Green menetelmällä. Käytetyt alukkeet

DAB2IP

olivat 5′- CTG AGC GGG ATA AGT GGA TGG -3 ’(eteenpäin) ja 5′- AAA CAT TGT CCG TCT TGA GCT T -3’ (taaksepäin) ja

β-aktiini

olivat 5′-GGC GGC ACC ACC ATG TAC CCT-3 ’ja 5′-AGG GGC CGG ACT CGT CAT ACT-3’. Menetelmä 2

At käytettiin osoittamaan tasoon

DAB2IP

geenin ilmentyminen (kuva 2). Kaikki analyysit suoritettiin sokkona laboratorion kanssa henkilöiden tietämätön Genotyyppaustulokset. Kukin määritys tehtiin kolmena kappaleena.

havaitseminen

DAB2IP /MLL

-fuusiogeenin

Koska von Bergh AR et al. raportoitu, että eksoni 2

DAB2IP

geeni fuusioitiin intronin 9

MLL

geenin akuutti myelooinen leukemia potilaalle ja siten menettänyt toiminto, teimme PCR havaitsemaan mahdolliset vaikutukset of 97906C polymorfismi tekemisessä

DAB2IP /MLL

fuusio geeni. Genomi-DNA uutettiin 82 keuhkosyöpään kudosten ja niiden viereisten normaaleissa kudoksissa kerättiin aikana kirurginen ensimmäisen, toisen ja kasvaimen sairaaloissa Guangzhou Medical College (Guangzhou, Kiina) ja varastoidaan -80 ° C: ssa jääkaapissa. Me monistettu fragmentti DAB2IP /MLL fuusio geenin kanssa PCR-menetelmillä kuten von Bergh AR kuvattu [28]. Forward-aluketta oli lähellä eksoni 2

DAB2IP

geeni (5′-CATCTGATGCCGAGGCTGAA-3 ’), ja reverse-aluke oli eksoni 10

MLL

geeni (5′-GTCCACTCTG ATCCTGTGGACT -3 ’). PCR-tuotteet olisivat 700-900 emäsparin pituus. Monistettu fragmentit kloonattiin kanssa TOPO TA -kloonaustarvikesarjaa (Invitrogen, Carlsbad, CA) puhdistaa ja lisätä määrää, ja oli edelleen sekvensoitiin kaupallinen yhtiö Invitrogen kanssa Applied Biosystems ABI 3730 DNA-analysaattori.

Statistical analyysi

khin neliö testejä käytettiin arvioimaan eroja jakelu Saharan kansakunnan tapausten ja kontrollien välillä sekä alleeli ja genotyypit. Hardyn-Weinberg tasapaino (HWE) testattiin hyvyyttä-of-fit chi-neliö testi verrata odotettavissa genotyypin taajuuksia havaitun genotyypin taajuudet syöpää vapaa valvontaa. Yhdistyksen välillä tapaus-verrokki asema ja kunkin SNP mitattuna kertoimet suhde (OR) ja sen vastaavan 95%: n luottamusväli [29], arvioitiin käyttäen ehdoton logistista regressiomallia, ja ilman säätö ikä, sukupuoli, tupakointi alkoholin käyttö, BMI. Logistinen regressiomalli käytettiin myös suuntaus testiä. Vuonna kerrostuneisuus analyysissa arvioitiin pääasiallinen vaikutus

DAB2IP

kunkin alaryhmän ja vuorovaikutusta

DAB2IP

polymorfismien ja valittujen muuttujien syöpäriskiin sovittamalla monikertaisesti vuorovaikutus ehdoton logistisen regressiomallin ; Usea Ulotteisuus Reduction (MDR) ohjelmistoa käytettiin vahvistamaan mahdollista vuorovaikutusta [30]. 2LD ohjelma ja PROC alleeli tilastollista menettelyä SAS /Genetics (SAS Institute Inc., Cary, NC) ohjelmistoa käytettiin havaitsemaan LD kahden SNP. Pearsonin korrelaatio analyysit, ANOVA testaa ja Coxin regressiomallien käytettiin analysointiin alkamisiällä keuhkojen syöpäpotilaiden

DAB2IP

genotyypit. Kaikki tilastolliset testit olivat 2-puolinen ja P 0,05 katsottiin tilastollisesti merkitsevä.

tukeminen Information

Kuva S1.