PLoS ONE: In Silico Functional Pathway Lisäykset 86 Perustettu Eturauhassyöpä Risk Vaihtoehdot
tiivistelmä
periytyvyys on yksi vahvimmista riskitekijöistä eturauhassyövän, korostetaan geneettisen panos eturauhassyövän riskiä. Tähän mennessä 86 perustettu eturauhassyövän riskiä variantteja on todettu genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS). Sen määrittämiseksi, nämä vaara variantteja sijaitsevat lähellä geenejä, jotka ovat vuorovaikutuksessa yhdessä biologisissa verkoissa tai väyliä edistää eturauhassyövän aloittamisen tai etenemisen, me syntyy geeni sarjaa perustuu läheisyys 86 eturauhassyövän riskiä variantteja. Otimme kaksi lähestymistapaa tuottaa geenin luetteloihin. Ensimmäinen strategia sisällytetään kaikki välittömät reunustavat geenit, alku- ja loppupään riskin variantti, etäisyydestä riippumatta indeksistä variantti, ja toinen strategia mukana geenejä lähimpänä indeksi GWAS merkki ja varianttien korkean LD (r
2 ≥0.8 in eurooppalaiset) indeksin variantti kuluessa 100 kb ikkuna alku- ja loppupään. Pathway kartoitus kahden geenin sarjaa tuki on tärkeää androgeenin-reseptorivälitteisen signaloinnin eturauhassyövässä biologia. Lisäksi siili ja Wnt /β-kateniinin signalointireiteissä tunnistettiin koulutusjakson kartoitusta reunustavien geeniperimä. Olemme käyttäneet myös HaploReg resurssin tarkastella 86 riski loci ja variantit korkea LD (r
2 ≥0.8) toiminnallisia elementtejä. Huomasimme, että oli 12,8-kertainen (p = 2,9 x 10
-4) rikastamalla tehostajana motiiveja kantasolun linjan ja 4,4-kertainen (p = 1,1 x 10
-3) rikastamista DNaasi yliherkkyys eturauhasen adenokarsinoomasolulinjasta osoittaa, että riski ja korreloivat variantteja rikastetaan transkription sääte- motiiveja. Meidän pathway -pohjainen toiminnallinen merkinnästä eturauhassyövän riskiä varianttien esiin mahdollisia sääntelyyn toiminto GWAS riski markkereita, ja niiden korreloi variantteja, kohdistavat geenejä. Tutkimuksemme osoittaa myös, että nämä geenit voivat toimia yhteistoiminnassa keskeisillä signaalireitteihin eturauhassyövän biologiassa.
Citation: Loo LWM, Fong ayw, Cheng I, Le Marchand L (2015)
In Silico
toiminnallinen Pathway Lisäykset 86 Perustettu Eturauhassyöpä Risk vaihtoehdot. PLoS ONE 10 (2): e0117873. doi: 10,1371 /journal.pone.0117873
Academic Editor: Allen Gao, UC Davis Kattava Cancer Center, Yhdysvallat