Krooninen sairaus

tiivistelmä

Johdanto

MikroRNA (miRNA) säädellä RNA: iden (mRNA: t) ja siten se on liitetty erilaisia ​​sairauksia, kuten syöpää. MiRNA säädellä mRNA: t kautta sitoutuminen miRNA 5 ’siemenet sekvenssi (~ 7-8 nukleotidia) mRNA 3’ UTR; polymorfismit näillä alueilla on potentiaalia muuttaa miRNA-mRNA tavoite yhdistyksiä. SNP miRNA geenejä sekä miRNA-kohdegeenien on ehdotettu vaikuttavan syövän riskiä muuttunut miRNA ekspressiotasoja.

Methods

miRNA-SNP ja miRNA-kohde- geeni-SNP: tä tunnistettiin kirjallisuus. Käytimme SNP peräisin genominlaajuisten Association Study (GWAS) tiedot, jotka oli sovitettu yksilöiden miRNA ekspressiotietojen syntyvät Agilent alustan paksusuolen kasvainten ja ei-kasvain pariksi kudoksiin. Näitä näytteitä käytettiin arvioitaessa 327 miRNA-SNP paria yhdistysten välillä SNP ja miRNA ekspressiotasoja sekä SNP yhdistysten paksusuolensyöpä.

Tulokset

Kaksikymmentäkaksi miRNA ilmaistuna ei- kasvainkudoksessa olivat merkittävästi erilaiset genotyypin ja 21 SNP liittyi muuttuneeseen kasvain /ei-kasvain ero miRNA ilmaisumuotoja yli genotyypit. Kaksi miRNA liittyi SNP genotyyppi sekä ei-kasvain ja kasvain /ei-kasvain ero ilme. Niistä 41 miRNA merkitsevästi yhteydessä SNP melkein seitsemän oli merkittävästi differentiaalisesti ilmaistut paksusuolen kasvainkudoksessa. Kaksi 41 SNP merkitsevästi yhteydessä miRNA ekspressiotasoja liittyivät paksusuolen syövän riskiä: rs8176318 (

BRCA1

), OR

AA 1,31 95% CI 1,01, 1,78, ja rs8905 (

PRKAR1A

), OR

GG 2,31 95% CI 1,11, 4,77.

Johtopäätös

Niistä 327 SNP tunnistettu kirjallisuudessa olevan tärkeitä, koska ne saattavat sääntelyn miRNA ekspressiotasoja , 12,5%: lla oli tilastollisesti merkitsevästi assosiaatioita miRNA ilme. Kuitenkin vain kaksi näistä SNP liittyi merkittävästi paksusuolensyöpä.

Citation: Mullany LE, Wolff RK, Herrick JS, Buas MF, Slattery ML (2015) SNP asetus mikroRNA Expression ja myöhempi Colon Cancer Risk. PLoS ONE 10 (12): e0143894. doi: 10,1371 /journal.pone.0143894

Editor: Geraldo A. Passos, Universidade de Sao Paulo, Brasilia Huoneiston

vastaanotettu: 16 syyskuu 2015; Hyväksytty: 10 marraskuu 2015; Julkaistu: 02 joulukuu 2015

Copyright: © 2015 Mullany et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: Perustuen allekirjoitettu suostumuslomakkeet tutkimukseen osallistuneista, että tiedot voidaan luovuttaa mainittuihin tarkoituksiin suostumuksen muodossa. Tietojen pyyntö tulee osoittaa tohtori Slattery joka tarkistaa ja täydentää tarvittaessa. GWAS SNP tietoja latautumisen dbGaP jonka Fred Hutchinson Cancer Research Institute sekä Utah ja Minnesotan aiheista (tietovarasto numero ei ole vielä saatavilla).

Rahoitus: Rahoitusta Tämän tutkimuksen sai National Cancer Institute ( https://www.cancer.gov). Apuraha numerot ovat: CA163683 ja CA48998. Rahoitusta sai MLS. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

MikroRNA (miRNA) ovat pieniä, ei-koodaavan sääntelyyn RNA-molekyylien [1-5], että on kyky muuttaa geeniekspressiota ja siten biologisen reitin funktio. MiRNA on liitetty useisiin sairauksiin, kuten paksusuolen ja peräsuolen syövän riskiä ja eloonjääminen [6-8]. Tärkeys miRNA karsinogeeniseen prosessi on erityisen tutkimuksen. On ehdotettu, että SNP sijaitsee miRNA geenilokukset ja osoitettu liittyvän kolorektaalisyöpä saattavat toimia kautta niiden vaikutus miRNA ilmaisun tasolla [9]. Muut ovat ehdottaneet, että SNP: t sisällä miRNA kohdegeenien (eli mRNA: t) voivat vaikuttaa miRNA sitoutumisen näiden geenien kautta muuttaminen miRNA sitoutumiskohtien mRNA, mikä muuttaa mRNA: n [10]. Aikuinen miRNA tasot on ehdotettu korreloivan läsnäolo niiden kohde-mRNA:

in vitro

sisällä malliorganismien [11], ja sellaisenaan, SNP sisällä kohdegeenien voisi muuttaa miRNA ilmaisun takia muuttunut mRNA-tasoja. Siten se on myös ehdotettu, että SNP sisällä miRNA kohdegeenien (mRNA: t), jotka liittyvät sairauden riskin voitaisiin toimivan läpi niiden vaikutusta miRNA. Suurin osa miRNA asetuksen tapahtuu kautta sitoutuminen miRNA siementen alue (~ 7-8 nukleotidiä 5 ’UTR pää miRNA) ja 3’ UTR mRNA [12]; sellaisenaan, SNP sisällä 3 ’UTR miRNA-kohdegeenien voi luoda tai tuhota miRNA sitoutumiskohdat [10], ja ovat erityisen kiinnostavia tämän tutkimuksen.

Olemme ainutlaatuisessa asemassa arvioimaan, SNP in miRNA geenilokusten ja SNP miRNA kohdegeenien vaikuttaa miRNA ilmentymistä paksusuolikudos, ja puolestaan ​​tutkimaan, ovatko nämä samat vaihtoehdot vaikuttavat riskiä paksusuolen syöpä. Sen hypoteesin testaamiseksi, että SNP muuttaa miRNA ekspressiotasoja, käytämme ei-kasvainkudoksessa ja arvioida eroja ilmaisun poikki genotyyppi. Koska SNP voi muuttaa miRNA ekspressiotasot yhtä sekä kasvaimen ja ei-kasvainkudoksessa Tällainen yhdistys ei välttämättä edistä syöpäriskiä. Sen määrittämiseksi, SNP liittyy syöpää aiheuttavien prosessia miRNA asetuksella myös arvioida, jos miRNA lauseke on erilainen eri puolilla genotyyppien välillä kasvain ja ei-tuumorikudoksia. Lisäksi arvioimme jos miRNA, jotka liittyvät SNP: t ilmentyvät differentiaalisesti paksusuolen kasvaimissa. Lopuksi arvioidaan yhdistyksen välillä SNP liittyy miRNA ilme ja riskiä paksusuolen syöpä.

Methods

Tutkimuskanta

Tutkimusaineiston muodosti yksilöiden aiemmin rekisteröity tutkimuksessa Diet, Lifestyle, ja Colon syöpä yliopistossa Utahin ja Kaiser Permanente Medical Research Program (KPMRP) [13], joille GWAS tietoja sekä miRNA sekä kasvain ja ei-kasvainkudoksessa oli saatavilla, ja Twin Cities pääkaupunkiseudulla Minnesotassa varten GWAS tietoja ainoastaan ​​(taulukko 1). Oppiaineista sisältyy tapaus tapauksissa paksusuolen syövän välillä vuotiaita 30 ja 79, jotka olivat ei-latinalaisamerikkalainen valkoinen, Hispanic, tai Afrikkalainen Amerikan ja pystyivät antamaan allekirjoitettu tietoon perustuvan suostumuksen ennen osallistumista tutkimukseen. Tutkimuksen hyväksyi Utahin yliopistossa Institutional Review Board for Human aiheet.

miRNA käsittely

RNA (miRNA) eristettiin formaliiniin parafiiniin upotetut kudokset. Arvioimme dioja ja kasvainkudospalasta, jotka valmistettiin keston aikana tutkimuksen ennen aika miRNA eristäminen määrittää niiden sopivuus. Tutkimuksessa patologi tarkasteli dioja hahmotella kasvain ja ei-kasvainkudoksessa. Solut leikeltiin 1-4 peräkkäisen osiot aniliinia sinistynyt dioja käyttämällä H RNA saannot määritettiin käyttäen NanoDrop spektrofotometriä. 100 ng kokonais-RNA leimattiin Cy3 ja hybridisoitiin Agilent Human miRNA Microarray V19.0 ja skannattiin Agilent SureScan mikrosirujen skannerimalleittain G2600D. Agilent Human microarray synnytettiin käyttämällä tunnettuja miRNA sekvenssi-informaatiota koottu Sanger miRBase tietokantaan v19.0. Microarray sisältää koettimia 2006 ainutlaatuinen ihmisen miRNA, jolla on yhdestä neljään yksilöllinen koettimia kunkin tunnetun miRNA. Mirna array sisältää 60000 ainutlaatuinen ihmisen sekvenssit ja keskiarvot 30 rinnakkaista per Koetinsekvenssi. Tiedot poimittiin skannatun kuvan käyttämällä Agilent Feature Extract ohjelmisto v.11.5.1.1. Aineisto läpäistävä tiukat QC sovittuja perusteita Agilent että mukana testit liiallinen taustafluoresenssia, liiallinen vaihtelua Koetinsekvenssi jäljittelee array, ja toimenpiteet koko geenin signaalin array arvioimaan alhainen signaali. Jos näytteet eivät täyttäneet laatustandardit aiheuttamat parametrien näyte uudelleen leimattu, hybridisoitui paneelit, ja skannattu. Jos näyte ei QC arviointi toisen kerran näyte katsottiin huonolaatuisia ja yksilön jätettiin pois alavirtaan analyysi. Minimoida eroja, jotka voivat johtua joukko, määrä RNA, sijainti array, tai muita tekijöitä, jotka voivat virheellisesti vaikuttaa ilme, koko geenin signaali normalisoidaan kertomalla kukin näyte skaalauskertoimella ositettu kasvainpaikkaa. Kunkin kasvaimen, skaalauskerroin [14] (https://genespring-support.com/files/gs_12_6/GeneSpring-manual.pdf) on mediaani 75

th prosentit kaikkien näytteiden jaettuna yksittäisiä 75

persentiilin kunkin näytteen.

katso miRNA tavallisilla nimikkeistön käytetään miRBase tietokantaan [15]. Tässä merkitsemistavassa kolme ensimmäistä kirjainta merkitsee organismin, ja nämä seuraa yksilöllinen numero. Numero seuraa viiva ja numero (eli -1) jos useampi kuin yksi loci koodit miRNA. Kirjoitettua pääte tarkoittaa läheistä sukua miRNA. Jos kaksi miRNA on koodattu samalla esiaste tuote sitten sivutuotteena on määritetty pääte (*). Jos hallitseva /sivutuotteena tila ei ole tiedossa, pääte -5p ja -3p käytetään merkitsemään 5 ’ja 3’ käsivarren vastaavasti. Yksi esimerkki olisi, anna-7 voidaan raportoitu kirjallisuudessa aiemmin, mutta sen jälkeen anna-7 on edelleen rajattu useita läheistä sukua kypsä sekvenssit ja genomista loci, kuten let-7a-3p, let-7a-5p, ja let-7b-3p.

aiemmin testattu luotettavuutta Agilent Microarray ajan, toistamalla kahdeksan kasvain ja viisi vastaaviin normaaleihin näytettä (yhteensä 13 näytettä), jotka oli skannattava aikana tutkimuksen ja löysi toistettavuus korrelaatiokerroin 0,98 [16]; edellinen vertailu Agilent miRNA ilmaisun valitsemalla miRNA kyseiseen tuottamat qPCR osoitti 100% sopimuksen kannalta sekä muutoksen suunta ja taita muutos [17].

GWAS

Verta otettiin osallistujille joka toimitti tietoista suostumusta; nämä olivat mukana ne edellä mainitusta tutkimuksen yliopistossa Utahin KPMRP, ja Twin Cities pääkaupunkiseudulla Minnesotassa [13]. GWAS tiedot saatiin käyttämällä Illumina HumanHap 550k, 610K osana Gecco tutkimuksen ja on kuvattu aiemmin [18]. Vastuuseen joutuminen HapMap2 Release 24 suoritettiin käyttäen MACH joka luettiin HapMap Release 22 avulla BEAGLE. GWAS näytteitä saatu Utah ja Minnesotan ovat ladataan NCBI: n dbGaP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap) jonka Fred Hutchinson Cancer Research Centerissä.

Valinta miRNA liittyvien SNP

kirjallisuushaku suoritettiin tunnistamaan kaikki miRNA liittyviä SNP osoitettu liittyvän alttiuteen tahansa syöpätyypin ja tarkemmin sanottuna peräsuolen syöpä [9,19-51]. Me ulkopuolelle SNP huomiotta että epäonnistuneet Illumina laatutoimenpiteitä tai standardin laadunvalvonta [52]. Tarkemmin, SNP: tä pois, jos jokin seuraavista kriteereistä olivat tyytyväisiä: i) Illumina GenTrain pisteet 0,6 tai klusterin erotus 0,4; ii) ristiriitainen genotyypin puhelut missä tahansa pari kaksinkertaisen tutkimuksen näytteitä; iii) Mendelin virhe jompikumpi HapMap QC trios tai pieni määrä perheitä yksilöidyt BEACON data; iv) poikkesi huomattavasti Hardy-Weinberg Equilibrium (P 10

4).

Tilastollinen analyysi

Tutkimus tietovirta on esitetty kuviossa 1 ja esittää sekvenssi johtaa lopulliseen analyysi miRNA ja niihin liittyvien SNP. Meidän näyte koostui 344 potilaasta, joilla oli sekä miRNA datan ja GWAS datan ja 1115 tapauksissa ja 1173 säätimet SNP tietojen paksusuolen riskinarviointia. Aloitimme yhteensä 559 miRNA-SNP paria. Nämä parit laajennettiin käsittämään erityisiä miRNA terminologiaa (ts 3p, 5p, jne), jolloin saatiin 835 miRNA-SNP paria arvioitavaksi. Tästä numerosta, me ulkopuolelle miRNA, joita ei ole ilmaistu vähintään yksi paksusuolen näyte jätetään 622 paria. Olemme edelleen sulki pois kaikki SNP josta meillä ei ole GWAS tietoja, jättäen 552 paria. Myös ulkopuolelle SNP, joka ei ole vaihtelua (ts muutamia vähäisiä alleeli meidän näytteessä), jättäen 548 paria. Lopullinen analyysi mukana 327 paria, kun olemme edelleen sulkea pois mitään miRNA, ja niihin liittyviä SNP, joka ei ollut ilmentymistä ei ollut kasvainta paksusuolikudos vähintään 5% väestöstä.

Hyödynsimme eri bioinformatiikan työkaluja. DbSNP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/) käytettiin tunnistamaan SNP koordinaatit: kaikki SNP kromosomi koordinaatit ovat peräisin kokoonpanoon GRCh37 (GRCh37.p13). Ensembl n Vaihtoehto Vaikutus Predictor (VEP) väline hyödynnettiin läpi Ensembl GRCh37 sivusto (https://grch37.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html), jolloin saadaan variantti sijainti ja vaikutus. VEP käytettiin käyttäen kaikki oletusasetukset. Kaikki SNP löytyivät VEP. MiRNASNP v2.0, joka perustuu miRBase rakentaa 19 ja dbSNP versio 137 (https://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP2/index.php) [53] käytettiin tunnistamaan ennusti menetetty ja sai säännellä miRNA kuin tuloksena 3 ’UTR muutokset mRNA geenien johtuu SNP liittyy paksusuolen syövän riskiä. Nämä miRNA sitten arvioitiin myös niihin liittyvine SNP merkittäviä muutoksia miRNA ilme.

Kartoitimme miRNA ilmentymistä sekä ei-kasvain koolonkudoksessa ja ilmaisun eroja kasvaimen ja ei-kasvainkudoksessa saada parempi käsitys miten SNP liittyvät miRNA ilme. Tarkasteltaessa ei-kasvainkudoksessa pystyimme arvioimaan vaikutuksen SNP on miRNA ilme. SNP liittyvä miRNA ilme poikki genotyyppien kuin kasvain kudosta voitaisiin vaikuttaa perustason ilmentymistason miRNA mutta ei vaikuta syövän riskin, jos se yhtä muuttunut miRNA ilmentyminen kasvaimissa. Täten muutokset ilmaisun välillä kasvaimen ja ei-kasvainkudoksessa arvioitiin, koska ne saattavat tärkeitä syöpää aiheuttavia prosessia.

Tilastollinen analyysi suoritettiin kolmessa vaiheessa. Ensin arvioitiin miRNA lauseke lineaarinen trendi kaikkialla genotyyppien säätämisen ikä, tutkimuskeskuksen ja sukupuoli käyttäen lineaarista regressiomallia. P-arvot syntyvät bootstrap menetelmällä [54] luomalla jakelu 10000 β kertoimien genotyyppien ja arvioimalla H

0: β = 0 vs. H

1: p ≠ 0 käytetään R 3.1.2 (cran.r-project.org). Kaikki tilastollinen analyysi tehtiin käyttämällä miRNA ekspressiotietojen että oli sekä normalisoitu ja log2 muuttunut. Keskimääräinen ilmaisuja raportoitu taulukoissa 2, 3 ja 4 normalisoidaan muttei log2 muunnettava, jotta esittää tiedot enemmän intuitiivinen tavalla. Kaikki myöhemmät analyysi suoritettiin SAS 9.4 4 (SAS Institute, Cary, NC). Raportoimme raakaa p-arvot, koska jokainen pariksi analyysiä nimenomaan arveltu, sekä säädetyn p-arvo, ottaen huomioon kaikki 327 vertailut tehdään käyttämällä vääriä löytö määrä (FDR) [55]. Toiseksi arvioimme miRNA ja SNP aikaisemmin tunnistettu paria määrittää niiden yhdessä paksusuolensyöpä. Tässä analyysissä arvioimme ero miRNA ilmaisun välillä kasvain ja ei-kasvain koolonkudoksessa onko miRNA ilmentymistä differentiaalisesti ilmaistu koolontuumoreissa. Käytimme pariksi t-testi tämän analyysin ja lasketaan P-arvoja 10,000 bootstrap näytteitä. Lopuksi arvioitiin paksusuolensyöpä riskejä SNP, joka merkittävästi vaikuttanut miRNA ilmaisua käyttäen logistista regressioanalyysiä. Raportoimme kerroinsuhde (OR) ja 95% luottamusväli (CI), jotka on säädetty ikä, sukupuoli, ja opintokeskus.

Tulokset

Prior säädöistä useita vertailuja, kuusi SNP sisällä miRNA geenejä ja 16 SNP sisällä miRNA-kohdegeenien liittyi ilmennetty eri miRNA ei-kasvain koolonkudoksessa genotyypin (taulukko 2). Kaksitoista 16 miRNA-kohdegeenin SNP sijaitsisi 3 ’UTR. Kun tulokset vakioitiin monimuuttujille yksikään tunnistettu yhdistysten edelleen tilastollisesti merkitsevä.

Kuusi SNP sisällä miRNA geenejä ja 15 SNP sisällä miRNA-tavoitteet geenejä tunnistaa näiden liittyy ero miRNA tasojen kasvain ja ei-kasvainkudoksessa (taulukko 3); 12 15 SNP sisällä miRNA-kohdegeenien tapahtui 3 ’UTR. Kuten nähtiin ei-kasvain yhdistysten, nämä miRNA-SNP yhdistykset eivät olleet merkittäviä oikaistu monivertailuja.

Lisäksi arvioinnissa miRNA jotka vaikuttivat merkittävästi SNP ennen oikaisua monivertailu joko ei- kasvainkudoksessa tai, kun verrataan eroja kasvaimen /ei-kasvain (katso taulukot 1 ja 2) osoittivat, että kaikki, mutta seitsemän miRNA merkittävästi ilmentyvät differentiaalisesti välillä paksusuolen kasvaimen ja ei-kasvainkudoksessa (taulukko 4). Näiden miRNA liittyvät SNP: t ei-kasvainkudoksessa (taulukko 2), yhdeksän miRNA oli tilastollisesti merkitsevästi vaimentua kasvainkudoksessa ja kuusi oli voimistunut. Arviointi miRNA liittyy SNP taulukossa 3 (ilmentyvät differentiaalisesti koko genotyypin välillä kasvaimen /ei-kasvainkudoksessa tyypit) osoitti, että kuusi oli tilastollisesti merkitsevästi voimistunut ja kuusi oli vaimentua kasvainkudoksessa verrattuna ei-kasvainkudoksessa. Kaksi kolmesta miRNA havaitut sekä taulukoissa 1 ja 2, HSA-miR-146a-5p ja HSA-miR-25-3p, olivat molemmat tilastollisesti merkitsevästi yläreguloituja kasvainkudoksessa verrattuna ei-kasvainkudoksessa (taulukko 4).

Evaluation of assosiaatioita paksusuolensyöpä ja SNP jotka liittyivät merkittävästi miRNA ekspressiotasoja havaittiin kaksi SNP jotka olivat myös merkitsevästi liittyy lisääntynyt riski paksusuolen syövän (taulukko 5). Sisällä 3 ’UTR:

BRCA1

, The homotsygoottinen variantti genotyyppi rs8176318 liittyi lisääntynyt riski paksusuolen syövän (OR

AA 1,34 95% CI 1,01, 1,78. Siihen liittyvä miRNA, HSA-asennuspalveli- 525-5p, ei ollut esitetty suuri osa väestöstä homotsygoottinen-harvinainen genotyyppi, joten erot ilmaisumuotoja yli genotyypit voisi johtua alentamista prosenttia ilmentävät. toinen SNP, rs8905 sisällä 3 ’UTR on

PRKAR1A

liittyi yli kaksinkertainen lisääntynyt riski paksusuolen syövän (OR

GG 2,31 95% CI 1,11, 4,77). kolmas SNP, rs276466, liittyi lisääntynyt riski paksusuolen syövän kanssa heterotsygootti genotyyppi (OR

AG 1,21 95% CI 1,02, 1,44) vain eikä homozygoottisia harvinainen genotyyppi ja siksi voi olla väärä -alueella.

keskustelu

Se on ollut ehdotti, että SNP liittyvä riski paksusuolen syövän voitaisiin toimivan vaikuttamalla miRNA sääntelyä [9]. tässä tutkimuksessa selvitettiin SNP sisällä miRNA geenin ja miRNA-kohdegeenin alueilla aiemmin raportoitu kirjallisuudessa liittyy syövän, arvioida jos nämä SNP vaikuttaa miRNA ilmaisun ja muuttaa paksusuolen syövän riskiä. On 327 SNP /miRNA paria arvioitiin 22-SNP: itä, joilla on merkittäviä (P 0,05) erot miRNA ilmentymistä ei-kasvainkudoksessa genotyypin, ja 21-SNP: itä, joilla on merkittäviä ero miRNA ilmaisun välillä kasvaimen ja ei-tuumorikudoksen genotyyppi. Arvio näistä SNP paksusuolen syövän osoitti vain kaksi SNP liittyi merkittävästi paksusuolen syövän riskiä. Tämä viittaa siihen, että suurin osa arveltu yhdistysten ei tueta, kun arvioida suoraan miRNA tietoja.

Kaksi SNP miRNA-kohdegeenien tunnistettiin liittyy lisääntynyt riski paksusuolen syövän; Näiden SNP myös liittyi tilastollisesti merkitsevästi ero miRNA ilmaisumuotoja yli genotyypit. Näiden, rs8176318, joka sijaitsee 3 ’UTR:

BRCA1

ja ennustettu olevan sitoutumiskohdan HSA-miR-525-5p, kun G-alleelin (tai C meidän data) on läsnä [21] , liittyi lineaarisen vähentymisen HSA-miR-525-5p ilmentymistä ei-kasvainkudoksessa verrattaessa homozygoottisia yleinen (CC) ja homotsygoottisia harvinainen genotyyppien (AA). MiRNA HSA-miR-525-5p myös säädeltiin vähentävästi kasvain verrattuna ei-kasvainkudoksen (p = 0,0044) ja rs8176318 oli merkitsevästi yhteydessä lisääntyminen riskiä paksusuolen syöpä (OR

AA 1,34 95% CI 1,01, 1,78). Tämä vaihtoehto on raportoitu, koska ne liittyvät vähentynyt

BRCA1

ilmaisua, lisääntynyt rintasyövän riski, ja suurempi todennäköisyys ottaa vaiheen IV rintasyöpä [56]. Ekspressiotasot tämän miRNA ovat hieman alhainen, ja voi näin ollen vähemmän tarkka, mutta yhdessä nämä havainnot voisi tukea väitteelle, että SNP rs8176318 myötävaikuttaa ilmaantuvuutta ja etenemistä joidenkin rinta- ja paksusuolen syövät läpi muuttunut miRNA sääntely näissä kudoksissa.

Meillä on myös tunnistettu toinen SNP, rs8905, että 3 ’UTR:

PRKAR1A

, joka oli merkitsevästi yhteydessä vähentynyt ilmentyminen kasvaimissa verrattuna ei-kasvain kudoksen miRNA että tavoitteet

PRKAR1A

, HSA-miR-214-3p, henkilöillä on homotsygoottinen yleinen (TT) genotyyppi verrattuna heterozygoottiset ja homozygoottisia harvinainen (TG, GG vastaavasti) genotyypit. Lisäksi paljon suurempi prosenttiosuus kuin kasvainkudoksen ei ilmaissut HSA-miR-214-3p in heterozygoottiset genotyyppi verrattuna TT (yleinen) genotyyppi, ja vielä vähemmän ilmentymistä havaittiin homotsygoottisia harvinainen genotyyppi. HSA-miR-214-3p oli tilastollisesti merkitsevästi yläreguloituja kasvaimen vs. ei-kasvain kudosten ja SNP rs8905 nähtiin lisäämään merkittävästi riskiä paksusuolen syöpä (OR

GG 2,31 95% CI 1,11, 4,77). Tässä tapauksessa on todennäköistä, että muuttaminen miRNA ilmaisun johtuu SNP ja tämä vaikuttaa suoraan paksusuolen kasvaimen riski.

data teki tue joitakin kirjallisuuden suhteen SNP ja miRNA yhdistyksiä. Tuoreessa tutkimuksessa, kaksi SNP promoottorialueella HSA-miR-143/145, rs353292 ja rs353293, liittyivät merkittävästi lisääntynyt riski paksusuolen syövän (CRC) on pääasiassa Kiinan väestön [9]. Koska nämä SNP-kohdat ovat promoottorialueen miRNA, Li et al. ehdotti, että mekanismi, jolla nämä SNP-kohdat lisätä CRC riski oli ilmaisun kautta HSA-miR143 /145 [9]. Meidän tutkimuksen, sekä rs353292 ja rs353293 liittyi ero ilmentymisen HSA-miR-145-3p ja HSA-miR-143-5p välillä genotyyppien välillä kasvaimen ja ei-tuumorikudoksissa (taulukko 3). Molemmissa tapauksissa miRNA ilme oli suurempi keskuudessa yksilöiden kaksi kopiota yhteisen alleelin (ts homotsygoottinen yhteiset genotyyppi) ei-kasvainkudoksessa. Ottaa kopio variantin alleelin johti vähenemiseen miRNA ilmentyminen kasvainkudoksessa verrattuna ei-kasvainkudoksen. Näiden kahden, HSA-miR-145-3p merkittävästi ilmentyvät differentiaalisesti välillä kasvaimen ja ei-kasvainkudoksessa, mutta kumpikaan näistä SNP: t olivat merkitsevästi yhteydessä paksusuolen syöpä.

Dikaiakos et al. [44] raportoitu korkeampi ilmaantuvuus CRC joukossa yksilöiden CC genotyyppi ja C alleelin rs2910164, joka on esiaste miRNA alue HSA-miR-146a, ja ehdotti, että tämä lisääntynyt riski johtuu muutoksiin Mirna ilmaisun ja muutoksia sen rakenteeseen [44]. Havaitsimme, että miR-146a ilmentyy differentiaalisesti koko genotyyppien rs2910164 ei-kasvainkudoksessa välillä sekä kasvaimen ja ei-tuumorikudoksissa. Lisäksi, ekspressio HSA-miR-146a-5p oli tilastollisesti merkitsevästi yläreguloituja kasvainkudoksessa verrattuna ei-kasvainkudoksen, viittaa siihen, että tämä SNP voi vaikuttaa miRNA ilmaisua. Toisin kuin Dikaiakos, emme todeta, että tämä SNP liittyi paksusuolen syöpään.

katsauksessa Ryan et al. [20],

AFF1

rs17703261 ja

KIAA0423

(tai

FAM179B

) rs1053667, liittyivät merkittävästi erittelemättömät syöpäriskiä. Siinä työssä,

AFF1

rs17703261 oli käänteisesti yhteydessä syöpäriski (OR varten A /T oli 0,34 95% CI 0,20, 0,58) ja

KIAA0423

rs1053667 oli suoraan liittyy syövän riskiä ( TAI varten C /T oli 3,29 95% CI 1,72, 6,32) [20]. MiRNA jotka kohdistuvat

AFF1

ovat HSA-Mirs-19a, -19b, -585 ja -648. Tutkimuksessamme tunnistimme merkittävää vähenemistä ilmentymisessä HSA-miR-648 on homotsygoottinen harvinainen (TT) genotyyppi ei-kasvainkudoksessa. Lisäksi olemme havainneet, että ilmaus tästä miRNA merkittävästi vaimentua kasvainkudoksessa verrattuna ei-kasvainkudoksia. Emme kuitenkaan ole noudattanut yhdistyksen välillä

AFF1

rs17703261 kanssa riski sairastua paksusuolen syöpään. MiRNA että tunnistettiin kohdistaminen

KIAA0423

Ryan et al. oli HSA-MIRS-19a ja -19b. Havaitsimme huomattavasti pienempi ilmentyminen HSA-miR-19b-3p in heterozygoottiset genotyyppi verrattuna homozygoottisia yhteiseen genotyyppi ei-kasvain paksusuolen kudoksiin. Olemme myös löytäneet ilmaus tästä miRNA voimistuvan kasvaimen vs. ei-kasvainkudoksia. Kuitenkin, rs1053667 ei liittynyt riskiä paksusuolen syöpä.

Wu et al. [43] tutkinut useita SNP: t sisällä 3 ’UTR: t geenien B7 /CD28-signalointireitin, joka osallistuu T-solujen stimulaation, kuten rs7628626 (

CD80

), rs1305 (

VTCN1

), ja rs44044254 ja rs1559931 (

ICOS

). Heidän tutkimuksessaan he löysivät kohonnut CRC homozygoottisia harvinainen genotyyppi rs1305 ja alentuneeseen CRC codominant ja hallitseva malli rs4404254 ja rs1559931. Näimme hieman vähennetty, ei-merkittävän riskin kaikki nämä SNP: iden kanssa paksusuolen syöpä.

On ehdotettu, että miRNA ekspressiotasoja liittyy ilmentymisen niitä vastaavien kohdegeenien, ja että läsnäolo kohdegeenien ehkäisee miRNA hajoaminen nukleaasien [11]. Tutkia tätä suhdetta, käytimme miRNASNP v2.0 arvioimaan SNP vajaan 3 ’UTR mRNA muutosten ennustetaan miRNA sääntelyä. Monet SNP keskustelivat aiemmin oli dokumentoitu ennustettu menetys tai voitto miRNA kohdistaminen perustuu muutoksiin SNP tekee 3 ’UTR kohde-mRNA, ja siten sitova alue miRNA. Esimerkkinä tästä muutoksesta on SNP

AFF1

, rs17703261 jonka ennustetaan aiheuttavan menetyksen kohdistamista HSA-miR-648. Tämä miRNA on hieman vaimentua kasvain verrattuna ei-tuumorikudoksista meidän data. Homotsygoottinen harvinainen genotyyppi on merkittävästi pienempi ilmentyminen HSA-miR-648 kuin muut genotyypit. Muita esimerkkejä ovat

SLC10A7

rs105760 ja

KIAA0423

rs1053667, joiden ennustetaan aiheuttavan menetyksen kohdistamista HSA-miR-25-3p ja HSA-miR-19b-3p, vastaavasti. Rs1053667 ja rs105760 liittyi alentunut ekspressio kasvaimen verrattuna ei-tuumorikudoksissa ennustetun menettänyt miRNA kanssa variantin alleelin. Toinen esimerkki, rs9874 (

SELS) B ennustetaan aiheuttavan saaduista kohdistamista HSA-miR-181a-5p, ja nähdä lisää keskimääräistä ilmaisun välillä kasvaimen ja ei-kasvainkudoksen kanssa variantin alleelin. Lisäksi

BRCA1

rs8176318, ennustetaan olevan voitto toiminto HSA-miR-20a-3p. Arvioimme tämän miRNA /SNP pari ja ei nähnyt yhdistyksen ennustetun sai miRNA ja tämän SNP. Kuitenkin, kuten edellä mainittiin,

BRCA1

rs8176318 liittyi G alleelispesifinen (C pöydistä) miRNA HSA-miR-525-5p ja emme nähdä vähentää ilmentymistä HSA-miR-525- 5p ei-tuumorikudoksissa variantti alleeli sekä alentuneita keskimääräinen miRNA ilmentymistä kasvainkudoksessa verrattuna ei-kasvainkudoksessa. Nämä tulokset tukevat teoriaa, että menetys läsnäolo kohde (seurauksena SNP) aiheuttaa alentaminen on miRNA ilmaisua.

On olemassa useita näkökohtia arvioitaessa tuloksemme. Ensiksi, meidän tutkimus koostuu paksusuolensyöpä tapauksissa taas monet tutkimuksiin osallistui sekä paksusuolen ja peräsuolen syöpätapausta. Erot assosiaatioita syövän voisi vaihtelevat sen mukaan erot tapauksissa määritelmään. Meidän havainnot valaista monimutkaisuus miRNA sääntelyn, erityisesti roolia SNP karsinogeenisen prosessi, johon miRNA. MiRNA osallistuvat säätelyyn useiden geenien ja, vaikka SNP liittyivät miRNA, vaikutus miRNA muihin geenit voivat määrittää yhdessä syöpä. Esimerkiksi HSA-miRNA-25-3p, sekä sen säätely

SLC10A7

, liittyy

MCM7

,

MIR106B

,

MIR25

MIR93

ja

AP4M1

ja useita SNP, rs105756, rs999885, ja rs1527423. Tämä voi tehdä tulosten tulkintaa vaikeaa. Vaikka on olemassa tutkimus rajoituksia, suuri vahvuus tässä tutkimuksessa on kyky arvioida hypoteesit SNP /miRNA yhdistysten ja arvioimaan niihin liittyvien SNP ja miRNA paksusuolen syöpä.

Out of 327 ainutlaatuinen SNP-miRNA paria arvioida vasta 41 liittyi miRNA ekspressiotasoja. Näistä vain kaksi SNP: tä liittyy paksusuolen syövän riskiä. Vaikka on oletettu, että SNP miRNA alueet voivat vaikuttaa syövän riskiä miRNA sääntelyn, meidän tiedot viittaavat siihen, että tällaiset yhdistykset ovat suhteellisen harvinaisia ​​arvioitaessa paksusuolensyöpä.

Kiitokset

sisältö käsikirjoituksen ovat yksin vastuussa kirjoittajien ja eivät välttämättä edusta virallista kantaa National Cancer Institute. Haluamme tunnustaa Ulrike Peters valvontaa ja rahoitukseen liittyvät GWAS data, Erika Wolff ja Michael Hoffman varten miRNA käsittelyyn, ja Sandie Edwards hänen toimiaan yleisen tutkimuksen seurantaan ja kasvainkudoksen kokoelma