PLoS ONE: Analyysi vapautettiin MikroRNA ja niiden kohdegeenien mahasyövän
tiivistelmä
Background
MikroRNA (miRNA) ovat laajalti tutkittu ei-koodaavat RNA: t, jotka säätelevät geenin ilmentymistä. MiRNA sääntely on purettu eri kasvaimissa kuten mahasyövän (GC) ja on potentiaalia ja ennustavia vaikutuksia. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää miRNA profiilin GC kudoksissa, jonka jälkeen arviointi vapautetuilla miRNA plasmassa GC potilaista. Käyttämällä tietokannat ja bioinformatiikan menetelmiä myös pyrittiin arvioimaan mahdollisia kohdegeenien vahvisti differentiaalisesti ilmaisi miRNA ja vahvistaa nämä havainnot GC kudoksissa.
Methods
Tutkimus käsitti 51 GC potilasta ja 51 valvontaa. Aluksi me seulotaan miRNA ilmaisun profiili 13 kudosnäytteistä GC ja 12 normaali mahan kudoksissa TaqMan alhaisen tiheyden array (TLDA). Toisessa vaiheessa, ilmentyvät eri miRNA oli validoitu replikointi kohortti käyttäen qRT-PCR kudosten ja plasman näytteitä. Myöhemmin olemme analysoineet potentiaali kohdegeenien vapautetuilla miRNA bioinformatiikan lähestymistapaa, määräytyy niiden ilmaisun GC kudoksissa ja suoritetaan korrelaatio analyysi kohdistamista miRNA.
Tulokset
Profilointi kanssa TLDA paljasti 15 vapautettiin miRNA GC kudoksiin verrattuna normaaleihin mahan limakalvoa. Replikointi analyysi vahvisti, että miR-148a-3p, miR-204-5p, miR-223-3p ja miR-375 oli johdonmukaisesti vapaimpiin GC kudoksissa. Analyysi GC potilaiden plasmanäytteistä osoitti merkittäviä alas-säätely miR-148a-3p, miR-375 ja ylös-säätely miR-223-3p verrattuna terveisiin henkilöihin. Edelleen, käyttämällä bioinformatiikan työkaluja tunnistimme tavoitteet Replikoidun miRNA ja suorittaa sairauteen liittyvän geenin rikastaminen analyysi. Loppujen lopuksi arvioida mahdollisten kohdegeenin
BCL2
ja
DNMT3B
ilmentymisen qRT-PCR GC kudoksessa, joka korreloi kohdistamista miRNA ilme.
Johtopäätökset
Tutkimuksemme paljastivat miRNA profiilin GC kudosten ja osoitti, että miR-148a-3p, miR-223-3p ja miR-375 on vapautettu GC plasmanäytteissä, mutta nämä kiertävä miRNA osoitti suhteellisen heikkoa diagnostinen suorituskyky ainoana biomarkkereita. Target geeni analyysi osoitti, että
BCL2
ja
DNMT3B
ilmentymistä GC kudoksessa korreloi niiden kohdistamista miRNA ilmaisua.
Citation: Juzėnas S, Saltenienė V Kupcinskas J, Linkin , Kiudelis G, Jonaitis L, et ai. (2015) analyysi vapautettiin MikroRNA ja niiden kohdegeenien mahasyövän. PLoS ONE 10 (7): e0132327. doi: 10,1371 /journal.pone.0132327
Editor: Lin Zhang, University of Pennsylvania School of Medicine, Yhdysvallat