Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

polymorfismit APEX nukleaasia (monikäyttöinen DNA korjaus entsyymi) 1-geeni (

APEX1

) voi olla mukana karsinogeneesissä vaikuttamalla DNA: n korjaukseen. Meidän tavoitteena oli tiivistää saatavilla olevat tiedot assosiaatiosta

APEX1

Asp148Glu (rs1130409) polymorfismi kanssa moninkertaiseen syöpien kautta meta-analyysi.

Menetelmät ja tulokset

yhteensä 58 pätevä artikkeleita lukien 22398 syöpäpotilaiden ja 26505 valvonta analysoitiin, ja tiedot poimittiin itsenäisesti kaksi tutkijaa. Analyysit koko datajoukon osoitti marginaalisesti merkitsevä yhteys on

APEX1

Asp148Glu polymorfismi syöpäriskiä alle alleelinen (riskisuhde (OR) = 1,05; 95%: n luottamusväli (95% CI): 0,99-1,11; P = 0,071), hallitseva (OR = 1,09; 95% CI: 1,01-1,17; p = 0,028), ja heterotsygoottinen genotyyppisten (OR = 1,08; 95% CI: 1,01-1,16; p = 0,026) malleja, joilla on merkittäviä heterogeenisyys ja julkaisu bias. In alaryhmäanalyyseissa syöpätyypin, joiden Bonferronin korjattu alpha 0,05 /6, merkittävää yhteyttä havaittiin mahasyövän molemmissa hallitseva (OR = 1,74; 95% CI: 1,2-2,51; P = 0,003) ja heterotsygoottinen genotyyppisten (OR = 1,66; 95% CI: 1,2-2,31; P = 0,002) malleja. In alaryhmäanalyysi etnisyys, riskiarvioita täydennettiin valkoihoisista, etenkin alle hallitseva (OR = 1,11; 95% CI: 1,0-1,24; P = 0,049) ja heterotsygoottinen genotyyppisten (OR = 1,11; 95% CI: 0,99-1,24; P = 0,063) malleja. Vuoteen tutkimuksen suunnittelu, ei ollut merkittäviä eroja väestöpohjainen ja sairaala perustuvat tutkimukset. In alaryhmäanalyysi otoskoko, riskiestimaattien olivat huomattavan yliarvioitu pienissä tutkimuksissa, ja mitään merkitystä saavutettiin suuri tutkimuksissa paitsi alla heterotsygoottista genotyyppisten malli (OR = 1,23; 95% CI: 1,06-1,43; p = 0,006, merkitsevä Bonferroni korjattu alpha 0,05 /2). Laadun pisteet, riski arvioiden, joskin nonsignificant, oli suurempi heikkolaatuisten tutkimusten kuin laadukkaita tutkimuksia. Edelleen meta-regressioanalyyseissä eivät esittäneet ainuttakaan maksuihin sekoittavien tekijöiden liittyvälle riskiestimaattien.

Johtopäätökset

havainnot viittaavat siihen, että

APEX1

Asp148Glu polymorfismi voi olla geneettinen riskitekijä kehittäminen mahasyövän. Lisätutkimukset suurten populaatioiden ovat perusteltuja.

Citation: Hu D, Lin X, Zhang H, Zheng X, Niu W (2013) APEX nukleaasia (monikäyttöinen DNA korjaus entsyymi) 1 Gene Asp148Glu polymorfismi ja syöpäriski A Meta-analyysissa 58 artiklan ja 48903 osallistujat. PLoS ONE 8 (12): e83527. doi: 10,1371 /journal.pone.0083527

Editor: Steven George Rozen, Duke-NUS, Singapore

vastaanotettu: toukokuu 16, 2013; Hyväksytty: 5. marraskuuta 2013 Julkaistu: 12 joulukuu 2013

Copyright: © 2013 Hu et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus tukivat Natural Science Foundation of Fujian (2012J01328). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

polymorfismit APEX nukleaasia (monikäyttöinen DNA korjaus entsyymi) 1-geeni (

APEX1

) voi olla mukana karsinogeneesissä korjaamalla DNA-vaurioita [1].

APEX1

koodaa suurta apurinic /apyrimidinic endonukleaasi ihmisen soluissa, ja menetys emäkset apurinic /apyrimidinic sivustot voivat yleensä estää etenemistä DNA: n replikaation laitteen ja aiheuttaa mutaatioita. Siksi geenivirheitä vastaava korjaus kapasiteetti

APEX1

pidetään usein looginen ehdokkaita sen toiminnallisia tutkimuksia. On syytä huomata, että yksi siirtymä 1349

th emäsparin T alleelin G-alleelin, asiakkuutta korvaamisesta 148

th aspartaattiaminohappo (Asp) ja glutamaatti (Glu) (Asp148Glu, rs1130409), että 5

th eksonin

APEX1

, on tutkittu laajasti yhdessä monenlaisia ​​syöpiä, kuten keuhkosyöpä, rintasyöpä, ja virtsarakon syöpä [2-4]. Tulokset Yksittäisten assosiaatiotutkimuksiin kirjallisuudessa, ovat kuitenkin usein kiistanalaisia ​​ja tuloksettomia. Kun keuhkosyöpä esimerkkinä,

APEX1

148Glu alleeli oli riski antavan tekijä kaukasialaisissa [5], mutta riski vähentävä tekijä aasialaiset [6]. Koska varoitus, tämä epäjohdonmukaisuus saattaa johtua läsnä geneettinen heterogeenisuus etnisen väestön riittämätön näyte koot mukana, ja mahdollisesti hallitsematon sekoittavia vaikutuksia. Valottaa näitä kysymyksiä ja tuottaa enemmän tietoa, pyrimme yhteenveto saatavilla olevat tiedot assosiaatiosta

APEX1

Asp148Glu polymorfismi kaikkien syöpien sekä Englanti ja kiinalaisen kirjallisuuden kautta meta-analyysi, ja edelleen tutkimaan mahdollisia lähteitä tutkimusten välisten heterogeenisuus ja mahdollisiin julkaisu puolueellisuudesta.

Methods

Meta-analyysi havainnointitutkimukset liittyy erityisiä haasteita, koska sen luontainen harhat ja eroavaisuudet tutkimuksen suunnittelu. Siksi suorittaa tämän meta-analyysin mukaan ohjearvojen mukainen, jonka meta-analyysi havainnointitutkimukset Epidemiology (MOOSE) lausunto [7] (Katso muistilista S1).

Haku strategia

Neljä tietokantaa kuten PubMed, EMBASE (Excerpta Medica tietokanta), Wanfang (http://www.wanfangdata.com.cn), ja CNKI (China National Knowledge Infrastructure, http://www.cnki.net) olivat etsinyt 1. toukokuuta 2013 havainnointitutkimukset tutkivat yhdistyksen välillä

APEX1

Asp148Glu polymorfismia ja kaikki syöpiä. Aihe termejä käytetään haussa olivat: ’apurinic /apyrimidinic’, ’APE1 ”,”

APEX1

”,” syöpä ”,” kasvain ”,” kasvain ”yhdistettynä” geeni ”,” polymorfismi ”, ”variantti”, ”mutaatio”, ”alleeli” tai ”genotyyppi”. Viittaus luettelot kaikista noudetun artikkeleita sekä ne katsauksissa samasta aiheesta haettiin myös tunnistamaan ylimääräisiä puuttuvat artikkeleita. Haetaan tuloksia rajoittuivat tutkimuksia tapauskohtaisesti valvonta suunnittelu ja artikkeleita julkaistaan ​​Englanti tai kiinan kielen.

Tutkimus valinta

Kaksi tutkijat (Dan Hu ja Wenquan Niu) itsenäisesti saanut kokotekstien mahdollisesti tukikelpoisesta artikkeleita perusteella niiden otsikot ja tiivistelmät. Jotta vältettäisiin kahteen kertaan osallistujien palvelukseen useammassa julkaisu, artikkeli kirjoittajat lähetetty sähköposti tutkivan tarvittaessa. Mikäli useampi kuin yksi julkaisu samalta tutkimuspopulaatiossa, tiedot viimeisimmästä tai täydellisin julkaisu poimittiin.

osallisuus /poissulkemisperusteet

analyysit rajoittuivat tutkimuksissa että tiukasti täyttänyt seuraavat mukaanottokriteerinä (kaikki kohdat on täytyttävä sisällytettäväksi): (1) kliininen päätepisteen (riippuva muuttuja): kaikentyyppiset syövät; (2) Tutkimuksen suunnittelu: joko retrospektiivinen tai sisäkkäisiä tapaus-verrokki suunnittelu; (3) riippumatonta muuttujaa: genotyyppi ja /tai alleeli laskee

APEX1

Asp148Glu polymorfismi. Tutkimukset jätettiin (yksi piste riitti syrjäytyminen), jos he tutkivat etenemisen, vakavuuden, fenotyypin muutos, ja hoitovaste tai eloonjääminen, samoin kuin ne olisivat konferenssissa tiivistelmiä, tapausselostukset tai sarja, pääkirjoitukset, kerronta arvioita, ja ei-Englanti ja ei-kiinalaisten artikkeleita.

data louhinta

tiedot poimittiin kaikki pätevä artikkelit itsenäisesti kaksi tutkijaa (Dan Hu ja Wenquan Niu) standardoitua Excel-mallin (Microsoft Corp., Redmond, WA). Erot ratkaistiin keskustelun ja tarkastelun artikkelia, ja päästiin lopulta.

Tiedot kerättiin ensimmäisen tekijän, julkaisuvuosi, etnisen tutkimuksen väestöstä, syöpä tyyppi, tutkimuksen suunnittelu , tapaus-verrokki asema, genotyyppien /alleelien

APEX1

Asp148Glu polymorfismin välillä potilaiden ja verrokkien, ja demografiset tiedot, jos saatavilla, kuten ikä, sukupuoli, tupakointi ja juominen.

laatupisteet arviointi

tutkimus laatu arvioitiin käyttämällä laadun arviointi pisteet kehitetty geneettisiä yhdistys tutkimukset Thakkinstian ja työtovereiden [8]. Yhteensä tulokset vaihtelevat 0 (huonoin) 12 (paras). Kriteerit laadun arviointi geneettisten assosiaatioita

APEX1

Asp148Glu polymorfismi ja syöpä on kuvattu taulukossa S1.

Tilastolliset analyysit

Tässä meta-analyysissä, neljä geneettinen malleja perintö suoritettiin

APEX1

Asp148Glu polymorfismi lukien alleeliset malli (jäljempänä 148Glu alleeli verrattuna 148Asp alleeli), hallitseva malli (jäljempänä 148Glu /148Glu genotyyppi sekä 148Glu /Asp genotyyppi vs. 148Asp /Asp genotyyppi), homotsygoottinen (jäljempänä 148Glu /148Glu genotyyppi vs. 148Asp /Asp genotyyppi) ja heterotsygoottinen (jäljempänä 148Glu /Asp genotyyppi vs. 148Asp /Asp-genotyyppi) genotyypin malleja.

random-vaikutukset mallia käyttäen Dersimonian Laird menetelmää käytettiin laskemaan painotettu kertoimet suhde (syrjäisimpien) ja vastaavat 95%: n luottamusväli (95% CI). Heterogeenisyys välillä tutkimuksissa arvioitiin χ

2 testiä, ja kvantitoitiin epäjohdonmukaisuus indeksi (

I

2) tilastotieto, joka vaihtelee 0%: sta 100% ja määritellään prosenttiosuutena on havaittu-tutkimus vaihtelu, joka johtuu heterogeenisyys sattuman sijaan.

Predefined alaryhmäanalyyseissa suoritettiin a priori mukaan syövän tyypistä, etnisen tutkimuksen väestön (valkoihoinen, Aasian, Afrikkalainen Amerikan, tai sekoitettu), tutkimuksen suunnittelu (väestöpohjainen tai sairaala-pohjainen), yhteensä otoskoko ( 300 kohteita tai ≥300 aiheet), ja laatupisteet (pisteet 7 tai pisteet ≥7). Tietyn syövän, tiedot esiteltiin ja tiivistää jos oli kolme tai useampia riippumattomia tutkimuksia säädettyä genotyyppi tai alleelin laskee ja Asp148Glu polymorfismin välillä potilaiden ja verrokkien.

Meta-regressio analyysit tehtiin arvioimiseksi missä määrin eri tutkimuksen tason muuttujia, kuten ikä, tupakointi, alkoholin ja laatupisteet, selitti potentiaali heterogeenisyys yhdistettyä vaikutusta arvioita

APEX1

Asp148Glu polymorfia syöpäriskiin.

lisäksi Egger testi, julkaisu bias arvioitiin trim-ja täyttö menetelmä, jolla voidaan arvioida määrää ja tuloksia teoreettisesti puuttuu tutkimusten takia julkaisun bias. P 0,05 pidettiin tilastollisen merkittävyyden, paitsi

I

2 ja Egger n tilastoihin, joiden merkitys määriteltiin P 0,10 [9]. Kaikki tilastolliset analyysit suoritti STATA ohjelmisto (StataCorp, TX, versio 11.2 for Windows).

Tulokset

hyväksyttävät artikkeleita

vuokaavio schematizing prosessin artikkelin valinta erityisiä syitä on esitetty kuviossa 1. Kaikkiaan 413 mahdollisesti merkitystä artikkeleita tunnistettiin alkuvaiheen jälkeen etsintä, ja 58 heistä katsottiin hyväksyttäviksi levityksen jälkeen edelleen osallisuutta /poissulkemisperusteet [3-6,10-63]. Kaikki pätevä tavarat, myös 52 artikkeleita kirjoitettu Englanti ja 6 artikkelit Chinese [39,48,51,52,55,57], julkaistiin välillä vuonna 2003 ja 2013. Koska viisi artikkelia annettavia tietoja etnisyys, kaksi syövän tyyppi ja kaksi läsnäolo vaihdevuodet oli 68 itsenäistä populaatioiden vertailut lopullisessa analyyseissä.

tutkimus ominaisuudet

perustason ominaispiirteet kaikkien pätevien populaatioiden on esitetty taulukossa 1, ja genotyyppi jakaumat ja alleelifrekvenssien

APEX1

Asp148Glu polymorfismin välillä syöpäpotilailla ja hallintalaitteet kaikkien pätevien populaatioiden on esitetty taulukossa S2. 68 pätevä populaatiot, 14 tehtiin keuhkosyöpään, 10 paksusuolisyövän, 9 virtsarakon syövän, 8 rintasyövän, 6 eturauhasen syöpä, 4 mahasyövän, 2 haimasyöpä, 2 pään ja kaulan syöpä, 2 leukemia syöpä, ja 1 melanooman, sappiteiden, kohdunkaulan, ruokatorven, kilpirauhasen, hepatosellulaarinen, GIOMA, kohdunkaulan, munuais-, endometrical karsinooma ja eturauhasen syöpiä, vastaavasti. Laatu tulokset kaikista 68 populaatioiden vaihtelivat 3-12, joiden keskiarvo 6,9 (keskihajonta: 1,92). Lisäksi oli 30 väestön mukana valkoihoisten, 29 liittyy aasialaiset, 4 liittyy Afrikkalainen-amerikkalaiset ja 5 joihin sekapopulaatioissa. Oli 27 populaatiot suoritettiin väestöpohjaisen suunnittelu ja 41 sairaalan-pohjainen suunnittelu. 32 68 väestön (47,1%) oli koko otoksen koko (summa potilaiden ja verrokkien) yhtä suuri tai suurempi kuin 300 osallistujaa tähän meta-analyysiin.

Ensimmäisen tekijän (vuosi)